遗传图谱制胶染胶流程
分子标记与遗传图谱
分子标记与遗传图谱AFLP的原理是基于PCR技术扩增基因组DNA限制性片段，基因组DNA先用限制性内切酶切割，然后将双链接头连接到DNA片段的末端，接头序列和相邻的限制性位点序列作为引物结合位点。
限制性片段用二种酶切割产生，一种是罕见切割酶，一种是常用切割酶。
选择特定的片段进行PCR扩增，由于在所有的限制性片段两端加上带有特定序列的“接头”，用与接头互补的但3’端有几个随机选择的核苷酸的引物进行特异PCR扩增，只有那些与3’端严格配对的片段才能得到扩增。
再在有高分辨力的测序胶上分开这些扩增产物，用放射性法、荧光法或银染染色法均可检测之。
该技术包括三个步骤： DNA被限制性内切酶切割，然后与AFLP聚核苷酸接头 adapter 连接；利用PCR方法，通过变性、退火、延伸循环，选择性扩增成套的限制性片段，经过多次循环，可使目的序列扩增到0.5～1μg；利用聚丙烯酰胺凝胶电泳分离扩增的DNA片段。
利用一套特别的引物在不需要知道DNA序列的情况下，可在一次单个反应中检测到大量的片段。
由于AFLP扩增可使某一品种出现特定的DNA 谱带，而在另一品种中可能无此谱带产生；这种通过引物诱导及DNA扩增后得到的DNA多态性可作为一种分子标记；所以说AFLP技术是一种新的而且有很大功能的DNA指纹技术。
简单序列长度多态性 Simple Sequence Length Polymorphisms,SSLP 限制性片断长度或PCR产物长度因为小卫星或微卫星随机重复数量的变化形成的差异。
SSLP具有多等位性，有两种SSLP常用于作图：小卫星序列：又称可变串联重复，其重复单位为数十个核苷酸。
微卫星序列：或简单重复序列，其重复单位为1-6个核苷酸，由10-50个重复单位串联组成。
微卫星序列的应用比小卫星序列的应用普遍的多，原因有二：小卫星序列大多集中在染色体的端部；而微卫星序列在整个基因组中分布广密度高；微卫星序列PCR分析：PCR扩增的DNA长度少于300bp时，反应既快速又精确。
物理图谱与遗传图谱知识总结(doc8)
遗传图谱通过遗传重组所得到的基因在具体染色体上线性排列图称为遗传连锁图。
它是通过计算连锁的遗传标志之间的重组频率，确定他们的相对距离，一般用厘摩(cM，即每次减数分裂的重组频率为1%)来表示。
绘制遗传连锁图的方法有很多，但是在DNA多态性技术未开发时，鉴定的连锁图很少，随着DNA多态性的开发，使得可利用的遗传标志数目迅速扩增。
早期使用的多态性标志有RFLP(限制性酶切片段长度多态性)、RAPD(随机引物扩增多态性DNA)、AFLP(扩增片段长度多态性)；80年代后出现的有STR(短串联重复序列，又称微卫星)DNA遗传多态性分析和90年代发展的SNP(单个核苷酸的多态性)分析。
物理图谱物理图谱是利用限制性内切酶将染色体切成片段，再根据重叠序列确定片段间连接顺序，以及遗传标志之间物理距离［碱基对(bp)或千碱基(kb)或兆碱基(Mb)］的图谱。
以人类基因组物理图谱为例，它包括两层含义，一是获得分布于整个基因组30 000个序列标志位点(STS，其定义是染色体定位明确且可用PCR扩增的单拷贝序列)。
将获得的目的基因的cDNA克隆，进行测序，确定两端的cDNA序列，约200bp，设计合成引物，并分别利用cDNA和基因组DNA作模板扩增；比较并纯化特异带；利用STS 制备放射性探针与基因组进行原位杂交，使每隔100kb就有一个标志；二是在此基础上构建覆盖每条染色体的大片段：首先是构建数百kb的YAC(酵母人工染色体)，对YAC进行作图，得到重叠的YAC连续克隆系，被称为低精度物理作图，然后在几十个kb的DNA片段水平上进行，将YAC随机切割后装入粘粒的作图称为高精度物理作图.因限制性内切酶在DNA链上的切口是以特异序列为基础的,核苷酸序列不同的DNA,经酶切后就会产生不同长度的DNA片段,由此而构成独特的酶切图谱。
因此，DNA物理图谱是DNA分子结构的特征之一。
DNA是很大的分子,由限制酶产生的用于测序反应的DNA片段只是其中的极小部分,这些片段在DNA链中所处的位置关系是应该首先解决的问题,故DNA物理图谱是顺序测定的基础,也可理解为指导DNA测序的蓝图。
遗传学实验20种技术
一、DNA提取1、实验原理通常采用机械研磨的方法破碎植物的组织和细胞，由于植物细胞匀浆含有多种酶类(尤其是氧化酶类)对DNA的抽提产生不利的影响，在抽提缓冲液中需加入抗氧化剂或强还原剂(如巯基乙醇)以降低这些酶类的活性。
在液氮中研磨，材料易于破碎，并减少研磨过程中各种酶类的作用。
十二烷基肌酸钠、十六烷基三甲基溴化铵(简称为CTAB)、十二烷基硫酸钠(简称SDS)等离子型表面活性剂，能溶解细胞膜和核膜蛋白，使核蛋白解聚，从而使DNA得以游离出来。
再加入苯酚和氯仿等有机溶剂，能使蛋白质变性，并使抽提液分相，因核酸(DNA、RNA)水溶性很强，经离心后即可从抽提液中除去细胞碎片和大部分蛋白质。
上清液中加入无水乙醇使DNA沉淀，沉淀DNA溶于TE溶液中，即得植物总DNA溶液。
二、RNA提取1、实验原理Trizol试剂是由苯酚和硫氰酸胍配制而成的单相的快速抽提总RNA的试剂,在匀浆和裂解过程中,能在破碎细胞、降解蛋白质和其它成分,使蛋白质与核酸分离,失活RNA酶,同时能保持RNA的完整性。
在氯仿抽提、离心分离后,RNA处于水相中,将水相转管后用异丙醇沉淀RNA2、操作步骤1、取植物嫩叶,液氮研磨,每1.5ml tube分装0.1克样品;2.每管加入0.5ml Trizol液,迅速混匀,注意样品总体积不能超过所用Trizol体积的10%。
3、室温下静置5~10分钟以利于核酸蛋白质复合体的解离4、加入O.5mI的氯仿,盖紧离心管,用手剧烈摇荡离心管15秒,室温静置5分钟5、10000r/min离心10分钟6、取上清液(水相)转入一新的离心管,加入等体积异丙醇,室温放置10分钟,10000r/min离心10分钟。
7、弃去上清液,加入至少1ml的70乙醇,涡旋混匀,4℃下7500r/min离心5分钟。
8、小心弃去上清液,然后室温或真空干燥5—10分钟,注意不要干燥过分,否则会降低RNA的溶解度。
然后将RNA溶于TE或DEPC处理过的水中,必要时可55℃—60℃水溶10分钟。
SSR分子标记技术在遗传学实验教学中的应用
SSR分子标记技术在遗传学实验教学中的应用夏曦中;车婧;章志宏;王建波【摘要】该实验是科研成果转化为实验教学的一个案例.选择位于水稻不同连锁群上的6对SSR引物构建了2个杂交稻及其亲本的SSR指纹图谱,建立了一套适合于本科生实验的杂交水稻亲本鉴定的稳定的SSR技术体系.筛选的6对引物进行PCR扩增得到的杂交稻均有2条带.由SSR指纹图谱分析可得:杂交稻P5的亲本是P2和P4,P6的亲本是P1和P3.通过本实验巩固了学生关于分离定律的学习,并有所延伸.%This is a case to turn an achievement in scientific research into the teaching experiment. It helps students to learn the theory and method of SSR marker from the experiment, and helps them grasp the technology how to identify the genetic relatives based on SSR fingerprint. It is adapted to teaching experiment that the technology of the six SSR primers in different chromosomes in hybrid rice is selected to distribute the SSR fingerprint of two hybrid rice combinations and their parents. The two bands of hybrid rice are complement types of their parents. Baaed on the SSR fingerprint, it can conclude that P2 and P4 are the parents of P5, and P1 and P3 are the parents of P6. Mendel's law of segragation and other knowledge can be consolidated by this experiment.【期刊名称】《实验技术与管理》【年(卷),期】2012(029)006【总页数】3页(P48-50)【关键词】遗传标记;遗传学实验;SSR;杂交水稻【作者】夏曦中;车婧;章志宏;王建波【作者单位】武汉大学生命科学学院,湖北武汉430072;武汉大学生命科学学院,湖北武汉430072;武汉大学生命科学学院,湖北武汉430072;武汉大学生命科学学院,湖北武汉430072【正文语种】中文【中图分类】Q3-3;G642.423Abstract：This is a case to turn an achievement in scientific research into the teaching experiment.It helps students to learn the theory and method of SSR marker from the experiment，and helps them grasp the technology how to identify the genetic relatives based on SSR fingerprint.It is adapted to teaching experiment that the technology of the six SSR primers in different chromosomes in hybrid rice is selected to distribute the SSR fingerprint of two hybrid rice combinations and their parents.The two bands of hybrid rice are complement types of their parents.Based on the SSR fingerprint，it can conclude that P2and P4are the parents of P5，and P1and P3are the parents of P6.Mendel’s law of segragation and other knowledge can be consolidated by this experiment.Key words：genetic marker；genetics experiment；SSR；hybrid rice遗传标记包括形态学标记、细胞学标记、生化标记与分子标记。
PCR-DGGE技术
究微生物群落结构的主要分子生物学方法之一。
DGGE(denaturing gradient gel electrophoresis)，即变性梯度凝 胶电泳，是根据DNA在不同浓度的变性剂中解链行为的不同而导致电泳迁 移率发生变化，从而将片段大小相同而碱基组成不同的DNA片段分开。 具体而言，就是将特定的双链DNA片段在含有从低到高的线性变性剂 梯度的聚丙烯酰胺凝胶中电泳，随着电泳的进行，DNA片段向高浓度变性 剂方向迁移，当它到达其变性要求的最低浓度变性剂处，双链DNA形成部 分解链状态，这就导致其迁移速率变慢，由于这种变性具有序列特异性， 因此DGGE能将同样大小的DNA片段很理想地分开，它是一种很有用分子标 记方法。
DGGE图谱的聚类分析、相似性分析：DGGE 胶通过扫描仪输
入计算机,通过Molecular Analysis软件进行相似性分析。通过DGGE 后得到的指纹图谱,每一个条带代表某个微生物优势菌群,通过测序和 序列比对,可以得出此优势菌群的种类。
DGGE图谱的主成分分析
DGGE图谱的数字化——Quantity one
3 DGGE分析
（2）电泳
上样的胶孔要用去离子水冲洗干净并吸干。 PAGE胶装入电泳支架时注意用去离子水润滑橡胶垫。装入后在胶孔中加入 缓冲液。
上样时上样器要深入胶孔底部。
尽量在同一个胶上比较所有样品，每一个胶上要有marker lane。 将胶放入电泳槽中时注意正负极。 建议低电压电泳一段时间，在样品完全进入胶中之后再升电压。
多样性指数的计算
用Quantity One（Bio-Rad，USA）软件对DGGE图谱进行 数字化处理。按照如下公式计算多样性指数（ShannonWiener index）
其中，s代表每泳道中的条带数量；Pi为泳道中第i条带灰度 （height of the peak）占该泳道总灰度的比例。 菌群均匀度（evenness，E）：E=H′/H′max，H′max=ln S
DNA指纹图谱分析实验
DNA指纹图谱分析实验一. 实验目的1. 掌握DNA指纹图谱技术的概念、原理和基本操作过程2. 学习DNA的限制性酶切的基本技术3. 掌握琼脂糖凝胶电泳的基本操作技术，学习利用琼脂糖凝胶电泳测定DNA片段的长度，并能对实验结果进行分析。
二. 实验原理1984年英国莱斯特大学的遗传学家Jefferys及其合作者首次将分离的人源小卫星DNA 用作基因探针，同人体核DNA的酶切片段杂交，获得了由多个位点上的等位基因组成的长度不等的杂交带图纹，这种图纹极少有两个人完全相同，故称为"DNA指纹"，意思是它同人的指纹一样是每个人所特有的。
DNA指纹的图像在X光胶片中呈一系列条纹，很像商品上的条形码。
DNA指纹图谱，开创了检测DNA多态性（生物的不同个体或不同种群在DNA结构上存在着差异）的多种多样的手段，如RFLP（限制性内切酶酶切片段长度多态性）分析、串联重复序列分析、RAPD（随机扩增多态性DNA）分析等等。
各种分析方法均以DNA的多态性为基础，产生具有高度个体特异性的DNA指纹图谱，由于DNA指纹图谱具有高度的变异性和稳定的遗传性，且仍按简单的孟德尔方式遗传，成为目前最具吸引力的遗传标记。
DNA指纹具有下述特点：1．高度的特异性：研究表明，两个随机个体具有相同DNA图形的概率仅3×10－11；如果同时用两种探针进行比较，两个个体完全相同的概率小于5×10－19。
全世界人口约50亿，即5×109。
因此，除非是同卵双生子女，否则几乎不可能有两个人的DNA指纹的图形完全相同。
2．稳定的遗传性：DNA是人的遗传物质，其特征是由父母遗传的。
分析发现，DNA?指纹图谱中几乎每一条带纹都能在其双亲之一的图谱中找到，这种带纹符合经典的孟德尔遗传规律，即双方的特征平均传递50％给子代。
3．体细胞稳定性：即同一个人的不同组织如血液、?肌肉、毛发、精液等产生的DNA指纹图形完全一致。
琼脂糖凝胶电泳
琼脂糖凝胶电泳琼脂糖凝胶电泳是一种凝胶电泳方法，用于生物化学、分子生物学、遗传学和临床化学，以分离琼脂糖基质中的大分子混合群，例如DNA、RNA 或蛋白质。
琼脂糖是从海藻中提取的天然线性聚合物，当在缓冲液中加热并冷却时，通过氢键形成凝胶基质。
它们是分离中、大型核酸最常用的介质，分离范围广。
琼脂糖凝胶电泳实验常用以DNA 切胶回收，DNA 分离和用于佐证DNA 是否重组、质粒等是否切开。
今天我们就来聊聊琼脂糖凝胶电泳实验的一些小技巧小细节。
第一步：胶液的制备称取0.4g 琼脂糖，置于200ml 锥形瓶中，加入50ml 0.5×TBE 稀释缓冲液，放入微波炉里加热，直到琼脂糖全部熔化，取出摇匀，此为0.8%琼脂糖凝胶液。
总液体量不宜超过锥瓶的50%容量。
否则会溢出来的。
毛博就吃过这个亏。
还要擦洗微波炉。
加热过程中要不时摇动，使附于瓶壁上的琼脂糖颗粒进入溶液。
加热时应盖上封口膜，以减少水份蒸发。
第二步：胶板的制备倒胶时的温度不可太低，否则凝固不均匀。
东一块西一块的。
果冻做出来就不好看啦。
速度也不可太快，否则容易出现气泡。
果冻做出来里面都是气泡。
怎么吃呀？待胶完全凝固后拨出梳子，注意不要损伤梳底部的凝胶。
第三步：加样注意上样时要小心操作，避免损坏凝胶或将样品槽底部凝胶刺穿。
果冻下面被戳个窟窿，还怎么吃呀？第四步：电泳加完样后，合上电泳槽盖，立即接通电源。
控制电压保持在60-80V，电流在40mA 以上。
当溴酚蓝条带移动到距凝胶前沿约2cm 时，停止电泳。
第五步：染色未加EB 的胶板在电泳完毕后移入0.5μg/ml 的EB 溶液中，室温下染色20-25 分钟。
第六步：观察和拍照在波长为254nm 的长波长紫外灯下观察染色后的或已加有EB的电泳胶板。
DNA 存在处显示出肉眼可辨的桔红色荧光条带。
紫光灯下观察时应戴上防护眼镜或有机玻璃面罩，以免损伤眼睛。
除这些细节之外，还有一些注意事项：1. 酶切时所加的DNA 溶液体积不能太大，否则DNA 溶液中其他成分会干扰酶反应。
马铃薯SSR标记变性聚丙烯酰胺凝胶银染干胶的简易制备
第６ 期
２ １ ６月 ０ ０年
种
子
（ ｅｄ Ｓｅ ）
・
问题探讨 ・
马 铃薯 Ｓ Ｒ标 记变 性 聚 丙烯 酰 胺 凝胶 银 染 干胶 的简 易 制备 Ｓ
王兆富 王 ， 芳 郝大 海 段 晓艳 苏 。 ， ， 跃 冯泽蔚 李灿 辉 。 。
（． １云南师范大学生命科学学院 ， 昆明 ６０９ ； ２ 贵州省农业技术推广总站， 贵 阳 ５００ ） ５０２ ． ５０ １
报 道 的银染 、 凝胶 干燥或 干胶 制备 等方法 ， 均根据 各 自 实 验条件或 研究 目的而设计 ， 各有 所长 。可见 ， 因地 制
马铃薯 （ｏａｕ ｂｒｓｍ Ｌ ）是全 球 四大 粮食 Ｓｌｎｍ ｔ ｅ ｕ ． ｕ ｏ 作物 之一 ， 普通 栽培 品种为 同源 四倍体 ， 遗传 背景较 狭 窄 ； 四倍体遗 传 的特 点 ， 但 导致 品种 资源间存 在复杂 的 异质性 ； 】 利用 传 统 的形 态 学 特 征 、 艺 学 性状 和 常 农 规生化标 记等 难 以得 到准确鉴 定 。 简单序列 重复 （ Ｓ 标 记 具 有 特异 性 强 、 态性 ＳＲ） 多
２ 个马铃薯品种 （ 试管苗材料来源于云南师 ４ 系） 范大 学薯类作 物研究 所 。
１ ２ 试剂与 仪器 ．
试剂 ： 仿 、 水 乙醇 、 烯 酰胺 、 甲双丙 烯 酰 氯 无 丙 亚
胺 、 Ｅ Ｄ、 硫 酸 铵 、 酸银 、 氧化 钠 、 乙酸 、 Ｔ ＭＥ 过 硝 氢 冰 甲
醛 、 素等 ， 尿 均为 国产 分 析 纯 ； 仪器 ： 外分 光 光度 计 、 紫
文 章 编 号 ： １０ — ７ ５ ２ １ ）６０ ６ －４ ０ １ ４ ０ （０ ０ ０ －０００
实验一二重组质粒DNA提取双酶切鉴定凝胶电泳紫外分光法
高酸 中和 至中 性 纯化
变性的染色体DNA与变性的蛋白质以及细胞碎片凝聚 成网络状大分子不溶性沉淀物
质粒DNA又恢复天然构型，溶解在上清液中 RNA酶消化除去RNA，并用酚抽提法除去残留的蛋白质
3.2 主要试剂及作用
溶液Ⅰ：由葡萄糖、EDTA、Tris•HCl组成.(保护、缓冲)
①
葡萄糖的作用是增加溶液的粘度,减少抽提过程中的 机械
34
1.1 影响DNA在凝胶中迁移速率的因素
1 DNA分子的大小 2 构象 3 凝胶浓度 4 电压 5 缓冲液
1.2 不同浓度琼脂糖的凝胶分离范围
琼脂糖浓度（％，W/ V )
DNA分子的有效分离范围（kb)
0.7 0.9 1.2 1.5 2.0
0.8-10 0.5-7 0.4-6 0.2-3 0.1-2
4.室温凝胶30分钟
5.拔梳子，放入电泳槽。
缓缓地将梳子垂直从梳孔拔出，尽可能使梳子是 同时从各个胶孔拔出的。暂时不用的胶最好放入 电泳槽电泳液中浸泡。电泳液要浸没胶1mm。
三、上样电泳
注意事项 步骤 1.样品中加入loading buffer使其终浓度为 Loading buffer浓度不宜过低，点样时样 1 X，混匀 品不能很好的沉在胶孔里；不宜过高， 电泳时容易形成带形的变形。注意混匀。 2.点样 沿着胶孔的边缘匀速加入。尽量避免碰 坏胶孔。枪头不要吸过多的气泡，拔起 时不要过猛带出样品。每点一个样完， 吸取buffer洗枪头，避免样品混杂。如果 是有特殊要求，例如回收，强烈建议每 点一个样换一次枪头。加样的速度当然 是越快越好，注意保证质量。点样的量 不要太大，一方面是体积不要太大，溢 出污染邻位样品；一方面两不要太大， 容易导致脱尾和模糊不清。 胶孔与电极成水平状态，防止样品跑歪。 跑胶期间不时回来看看，防止样品跑出 胶等意外发生。
ssr分子标记实验步骤详解
1 SSR简介 2 SSR标记基本原理 3 SSR标记的优点及分类 4 SSR的利用价值及引物 5 实验操作及流程
1.SSR标记简介
SSR(Simple Sequence Repeats)标记是近年来发展起来的一种以特异引物 PCR为基础的分子标记技术，也称为微卫星DNA，其串联重复的核心序列为1-6bp ，其中最常见的是双核苷酸重复，即（CA）n和（TG）n每个微卫星DNA的核心序 列结构相同，重复单位数目10-60个，其高度多态性主要来源于串联数目的不同 。
4.微卫星的利用价值：
由于核心序列重复数的不同，等位的SSR位点可呈现出多态性（SSLP， simple sequence length polymorphism）。大多表现为共显性遗传，有的表现为显 性遗传。由于SSR DNA两侧序列（离开20bp以上）表现出保守特征，所以可设计 出上下游PCR引物，扩增出包含SSR的DNA序列。
5.银染
(1)固定：电泳结束后关闭电源，并将胶小心的抖动让凝胶脱落，最后将其放于脱色摇 床上，50rpm平行摇动5min以上。
(2)渗透：固定好后回收固定液，并用蒸馏水轻轻清洗一遍凝胶，洗净完后倒掉废水， 然后加入预先配好的300ml0.2%AgNO3溶液，将其放于脱色摇床上50rmp平行摇动12min。
(3)显色：将染色好后的染色液回收，然后用蒸馏水轻轻的清洗两遍，并倒掉废水，加 入显色液，立即把胶展平，使染色液均匀作用，然后放于脱色摇床上50rmp平行摇动直至 显色。
⑷数码照相摄像：凝胶条带显色出来后，回收显色液，用蒸馏水轻轻的快速清洗两遍 并倒掉废水，最后倒入适量的蒸馏水并小心的把凝胶捞起来，最后放到灯光处拍照。
微卫星分析常用于： （1）遗传图谱构建； （2）种质鉴定； （3）遗传多样性分析； （4）标记辅助选择 （5）基因定位； （6）数量性状基因座（QTL）分析； （7）系谱分析； （8）亲源关系鉴定等。
聚丙烯酰胺凝胶快速、高效银染方法的建立
３ ．华 中 农业 大 学 水 产学 院 ， 汉 ４ ０ ７ 武 ３ ００
摘 要：聚丙烯酰胺 凝胶 电泳 目前 已经广 泛应用 在 Ｓ Ｒ标记 、 Ｎ Ｓ Ｓ Ｐ标记 以及遗传 图谱 的构建 等过程 中，但是 一直 以来凝胶银 染方法 由于染色 时间长 、染色步骤 繁琐，使 得对于开展 大批量 的实验研 究极 为不利 。文章通过对 常
ｓａ ｃ ｓ ｔ ｔ Ｃ ｉｅ ｅ ｃ ｄ ｍ ｉ ｅ ｃ ｎ ｅ ， ｉ ｚ ｏ ３ ０ ０ Ｃ ｉａ ｅ ｒ ｈ ｎ ｔｕｅ ｈｎ ｓ ａ ｅ ｙｏ ｓ ｒ Ｓ ｉ ｃ ｓ Ｊｎ ｈ ｕ ４ ０ ， ｈｎ ； Ｉ ｉ ， Ａ ｆＦ ｈ ｙ ｅ ｇ ４
２Ｆ ｅｈ ａｅ Ｆｉ ｅｉ Ｒ ｓａｃ ｅ ｔ ， ｈｎ ｓ Ａ ａ ｅ ｙｏ Ｆｓｅ Ｓ ｉ ｃｓＷｕｉ １０ １Ｃ ｉａ ． ｒｓｗ ｔｒ ｓ ｒ ｓ ｅｅｒｈＣ ｎｅ Ｃ ｉｅｅ ｃｄ ｍ ｉ ｒ ｃｅ ｅ， ｘ ４ ８ ， ｈｎ ； ｈ ｅ ｒ ｆ ｈｙ ｎ ２
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第十一章遗传作图课件
核苷酸杂交:
DNA芯片
动态等位基因特异 的杂交
第三节 遗传作图的方法
▪ 遗传学简介 ▪ 等位基因随机分离定律 ▪ 独立遗传定律 ▪ 完全连锁 ▪ 不完全连锁 ▪ 不完全显性 ▪ 共显性
孟德尔第一定律
等位基因随机分离(The Law of Segregation)
Parents
♂ AA
♀
×
aa
F1
▪ ♪ 在基因组编码顺序中, SNP 大多位于密码 子的摇摆位置, 表现为基因沉默而被大量保 留下来;
▪ ♪ 大多数SNP所在的位置不能被限制酶识 别, 必须采取测序或寡核苷酸杂交检测;
▪ ♪ SNP 在基因组中的数量极大.二倍体细胞
/SNP/index.html
基因标记的缺点
高等生物, 如 脊椎动物和显花植物等, 可用 作标记的基因十分有限, 许多性状都涉及多 基因；
高等生物基因组中存在大量的基因间隔区, 纯粹用基因作为标记将在遗传图谱中留下大 片的无标记区段；
只有部分基因其等位基因成员可以通过常规 试验予以区分, 因而产生的遗传图是不完整 的, 必需寻找其他有效的标记；
单一标记分析法、区间作图法、复合区间作图法、混合
5.作图实例
本章要点:
遗传作图 遗传作图的方法 PIC SSLP SNP 共分离 图位克隆 转化、转导、结合转移 思考如何将一种分子标记(如RFLP)标记在连锁遗传图上?
不完全连锁
连锁遗传定律 (48)
(2)
(2) (48)
根据重组率计算遗传距离
2.连锁分析
连锁发生的时期
减数分裂Ⅰ期,同源染色体复制后不分离 →双价体→重组
重组(recombination)或交换(crossingover):在双价体中,并列的同源染色体臂发 生机械断裂,彼此交换DNA区段,这一过程被 称为交换或重组.
分子遗传学的实验技术
分子遗传学的实验技术分子遗传学是研究基因和遗传变异的分子层面机制的学科。
在过去几十年里，分子遗传学已经取得了巨大的发展，并成为生物学研究的重要工具之一。
在分子遗传学的研究过程中，实验技术起到了关键的作用，为研究人员提供了许多有力的方法和手段。
本文将介绍分子遗传学中常用的实验技术。
一、聚合酶链式反应（PCR）PCR是一种基于DNA复制原理的核酸扩增技术，可以在短时间内从极少量的DNA样本中扩增出大量的目标DNA片段。
PCR技术在分子遗传学中广泛应用于基因测序、基因突变分析、DNA指纹图谱构建等方面。
通过PCR技术，研究人员可以快速准确地检测和分析基因的变异情况，揭示基因与遗传疾病之间的关联。
二、凝胶电泳凝胶电泳是一种常用的分离和检测DNA、RNA和蛋白质的技术。
通过将DNA、RNA或蛋白质样品置于电泳缓冲液中，应用电场使其在凝胶基质上移动，根据其大小、电荷等因素，分离成不同的带状条带。
凝胶电泳技术可以用于分析PCR产物、检测基因突变、构建基因图谱等，为研究人员提供了可靠的分子遗传学实验手段。
三、DNA测序DNA测序是分子遗传学研究中一项重要的技术，用于确定DNA序列。
目前，主要的DNA测序方法有Sanger测序和下一代测序技术。
Sanger测序是一种经典的测序方法，通过反复扩增DNA片段并与特异性引物结合，利用互补规则合成互补链。
下一代测序技术则通过高通量并行测序的方式，在较短的时间内得到大量的DNA序列信息。
DNA 测序技术在分子遗传学中广泛应用于基因组学、突变检测、基因演化等研究领域。
四、蛋白质质谱蛋白质质谱是一种用于鉴定和定量蛋白质的技术。
蛋白质质谱技术通过分析蛋白质的质量和序列信息，可以确定蛋白质的组成、结构和功能等方面的信息。
蛋白质质谱在分子遗传学中常用于蛋白质组学研究，可以帮助研究人员识别和定量复杂蛋白质样品中的蛋白质，并揭示蛋白质的功能和相互作用关系。
五、原位杂交原位杂交是一种通过DNA或RNA探针与样品中的靶标核酸互补配对的技术。
DNA指纹图谱
用DNA指纹图谱作 为证据对当事罪犯的 指控，已在警方和法 庭采用。
离心管要对称和平衡!
四、实验步骤
（一）DNA样品的酶切
设置DNA样品的双酶切反应，按下列顺序加样（体积：μl）：
反应管
样品DNA
10
反应缓冲液（10×）
2
双蒸水
6
EcoRⅠ
1
PstⅠ
1
总体积
20
加完反应液，温和混匀，置于37℃水浴中反应1h，取出备用。
（二）酶切产物的琼脂糖凝胶电泳
1制胶
（1）用透明胶带或有机玻璃条挡住胶托的两端， 放在水平的工作台上，在胶托上放好梳子。
电泳仪、电泳槽、制胶托架、 样品梳、微波炉、水浴锅、离 心机、移液器
三、实验原理
发现：
1984年 Jeffreys及其同伴 人体核DNA的酶切片段 人源小卫星DNA用作基
因探针 由多个位点上的等位基
因组成的长度不等的杂 交带图纹
1
2
DNA指纹图谱的制作过程
3
基因组(Genome)DNA经过：
溴化乙锭是一种强烈的致癌物质，使用时必 须带手套 。实验结束后，含溴化乙锭的凝胶 要进行净化处理。
制胶用的梳子取出后放水槽中冲洗干净，并 放在塑料托盘中。
实验结束后把胶托洗好并放在塑料托盘中， 电泳槽中的缓冲液请勿倒掉。凝胶集中在废 胶桶中。
胶托及梳子洗干净后放在塑料托盘中
southern印记技术的基本流程
southern印记技术的基本流程下载温馨提示:该文档是我店铺精心编制而成，希望大家下载以后，能够帮助大家解决实际的问题。
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链霉菌操作手册讲解
链霉菌室实验操作手册（2003年）第一章培养基抗生素生长因子 (3)常用抗生素及其使用浓度 (3)LB（Luria-Bertani）培养基 (3)LA (3)基本培养基（MM） (3)R5（1L）链霉菌原生质体转化时用 (4)YEME(酵母膏-麦芽膏培养基) 1L（液体培养链霉菌） (4)TSBY （1L）（液体培养链霉菌） (4)MS培养基 (5)2CMY培养基（用于井岗的接合转移） (5)YMS培养基（阿维，井岗产孢） (5)YD培养基 (5)生长因子补充物的使用浓度 (6)第二章DNA基本操作 (7)大肠杆菌质粒的抽提 (7)酶连反应 (7)DNA片段凝胶回收 (8)DNA纯化 (9)E.coil总DNA的提取 (9)链霉菌质粒DNA的小量提取（还需改进） (10)去磷酸化处理（详见分子克隆实验指南以及Takara的CIAP使用说明） (10)AT克隆（详见说明书） (10)Southern Blot (11)第三章PCR及相关技术 (13)PCR (13)PCR重组（详见《PCR技术实验指南》p429 重叠延伸技术） (14)PCR定点诱变（DpnI法） (14)第四章基因片段转移技术 (15)大肠杆菌CaCl2法制备感受态细胞及DNA转化 (15)DNA转化 (15)大肠杆菌质粒的快速检测 (15)接合转移（详见英文《手册》249页） (16)链霉菌原生质体的制备 (16)链霉菌原生质体的转化 (17)PCR-Targeting技术中E.coli电转化感受态的制备及电转化 (17)第五章RNA操作技术 (19)链霉菌总RNA的抽提 (19)链霉菌的RT-PCR（promega RT kit） (19)第六章蛋白质基本操作技术 (21)SDS-PAGE，考马斯亮蓝染色 (21)大肠杆菌可溶性蛋白表达及抽提（用于由IPTG诱导的表达体系）： (21)链霉菌总蛋白抽提： (22)大肠杆菌目标蛋白的诱导及总蛋白检测（含T7表达系统如BL21菌株中的pET系列表达体系）： (22)Western Blot (23)第七章遗传作图相关技术 (25)链霉菌孢子悬液的制备 (25)链霉菌中NF的证明 (25)孢子杂交 (25)在遗传图谱上两个标记基因之间定位新的基因 (25)第八章其他技术 (27)链霉菌菌种保藏 (27)检测链霉菌淀粉酶的活性 (27)第一章培养基抗生素生长因子常用抗生素及其使用浓度抗生素英文名称及缩写抗性基因贮藏液浓度(mg/ml)使用终浓度（μg/ml）链霉菌大肠杆菌M M2CM Y E M E L A或L B氨苄青霉素氯霉素潮霉素卡那霉素壮观霉素链霉素硫链丝菌素红霉素阿泊拉霉素Ampicillin, AmpChloramphenicol, CmlHygromycin, HygKanamycin, KmSpectinomycin, SpcStreptomycin, StrThiostrepton, ThioErythomycin, EryApramycin, Amblacathygaac或aphaadAstrtsrerm Eaac(3)IV10025(无水乙醇配)5025505025(DMSO配)10050R10102?5010510010R－2550502510－50R－－－50－2.5－5050-1002550505025不敏感2030-50*–表示无记录或不能使用，贮存液除特别说明外均用无菌水配制*此表仅供参考！！！*R表示不敏感*Km 和Am有交叉抗性，所以同时具有这两种抗性基因时应适当提高抗生素的量，并作好对照。
dna印迹法名词解释
dna印迹法名词解释
DNA印迹法，又称为DNA分型、DNA指纹、DNA鉴定，是一种常用的分子
生物学技术，用于确定个体的遗传信息。
它通过分析DNA序列中的特定区域，得
出一个独特的DNA图谱，可以被用来识别个体之间的遗传差异。
DNA，即脱氧核糖核酸（Deoxyribonucleic acid），是构成生命的基本分子之一。
它携带着生物体遗传信息，决定了个体的生物特征、性状和遗传表达。
每个人的DNA序列都是独特的。
DNA印迹法的基本原理是通过PCR（聚合酶链式反应）技术扩增DNA特定的片段，然后用凝胶电泳将扩增产物进行分离。
凝胶电泳后，利用染色剂，可以将DNA在凝胶上显示成条带状的图谱。
这些图谱是由不同长度的DNA片段组成，不同个体之间的DNA图谱也存在差异。
DNA印迹法的应用非常广泛。
在刑事侦破方面，DNA印迹法可以通过对现场
遗留的生物材料（如血液、唾液、头发等）进行分析，从而确定嫌疑人或受害者的身份。
在亲子关系确定方面，DNA印迹法可以通过比对父母和子女的DNA，来判
断亲子关系的真伪。
此外，DNA印迹法也被广泛应用于研究基因遗传、人类进化、人口遗传学等领域。
DNA印迹法作为一种高精确性的识别手段，具有重要的法医学和生物学意义。
它不仅可以帮助解决刑事案件和亲子关系纠纷，还可以促进科学研究的发展，为社会公正和个人权益的维护作出贡献。
2 遗传图绘制
问题：分析基因组的重复区域时会发生错误。
因此，必须首先建立一个基因组的图谱，通过 标明基因和其他显著特征的位置，为测序提供指导。 一旦得到了基因组的图谱，测序阶段可以采用以下 方法进行： 1. 全基因组鸟枪法（whole-genome shotgun method） 全基因组鸟枪法是一种快速获得真核基因组的方法。 2. 克隆重叠群法（clone contig method）：（作图法测 序，限制测序）。 这种逐步测序的方法花时间多，但精确。
•数目多，覆盖密度大，被称为第三代分子标记
根据SNP在基因中的位置，SNP可分为：
基因编码区SNP（coding SNP, cSNP）
基因周边SNP（peripheral SNP, pSNP）
基因间SNP （intronicSNP, iSNP）
从对生物的遗传性状的影响，基因编码区SNP cSNP又可分为两种： 1.同义cSNP(synonymous cSNP)：SNP引起的编码 序列的改变并不影响其翻译的蛋白质的氨基酸序 列; 2. 非同义cSNP（non-synonymous cSNP）：指碱 基序列的改变可使以其为蓝本翻译的蛋白质序列 发生改变，从而影响了蛋白质的功能，这种改变 常是导致生物性状改变的直接原因。
•SNP只涉及单个碱基的变异，这种变异可以由单个碱基的转 换（包括C与T互换，G与A互换），或颠换（包括C与A、G与 T、C与G、A与T互换）引起。
•点突变，位于密码子的摇摆位置，表现为沉默突变而被大 量保留下来。大多数不能被限制酶识别，必须采取测序或寡 聚核苷酸杂交检测 •在人类基因组中可达到300万个，平均每1000个碱基对就 有一个
第2章 遗传图的绘制
结构基因组的研究策略
为何要绘制遗传图与物理图
八种常用生化实验步骤资料
实验一基因的PCR扩增技术一、实验目的与原理简介聚合酶链式反应（polymerase chain reaction）是体外克隆基因的重要方法，它可在几个小时内使模板分子扩增百万倍以上。
因此能用于从微量样品中获得目的基因，同时完成了基因在体外的克隆，是分子生物学及基因工程中极为有用的研究手段。
常规PCR反用于已知DNA序列的扩增，具体可分为三个主要过程：一、变性。
通过升高温度使DNA双链模板分子中氢断裂，形成单链DNA分子，温度为94℃，时间1min。
二、复性。
降低温度使DNA单链分子同引物结合。
温度为55℃，时间1min。
三、延深。
升高温度，在DNA聚合酶最佳活性的条件下在引物3端加入dNTP，实现模板的扩增，温度为72℃，时间2min。
同时第一步变性前要在94℃下预变性5分钟，使DNA双链完全解开。
经过 25-35个循环之后，在72℃下继续延伸10分钟。
PCR反应包含的七种基本成分：1）热稳定性DNA聚合酶：Taq DNA聚合酶是最常适用的酶，商品化Taq DNA酶的特异性活性约为80000单位/mg.2）寡核苷酸引物：寡核苷酸引物的设计是影响PCR扩增反应的效率与特异性的关键因素。
3）脱氧核苷三磷酸（dNTP）：标准的PCR反应体系应包括4种等摩尔浓度的脱氧核苷三磷酸，即dATP、dTTP、dCTP和dGTP。
每种dNTP的浓度一般在200-250μl之间，高浓度的dNTP对扩增反应会起抑制作用，可能是dNTP与Mg2+螯合有关。
4）二价阳离子：一般需要Mg2+来激活热稳定的DNA聚合酶，由于dNTP与寡聚核酸结Mg2+合，因而反应体系中阳离子的浓度一般要超过dNTP和引物来源的磷酸盐基团的摩尔浓度。
Mg2+的最佳浓度为1.5mmol/L。
5）维持PH值的缓冲液：用Tris-Cl在室温将PCR缓冲液的PH值调至8.3-8.8之间，标准PCR缓冲液浓度在10mmol/L。
在72℃温育时，反应体系的温度将下降1个多单位，致使缓冲液的PH值接近7.2。