洮湖日本沼虾遗传多样性的RAPD和SSR分析

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不同抽薹性萝卜遗传多样性的SSR分子标记分析

不同抽薹性萝卜遗传多样性的SSR分子标记分析关键词：萝卜;抽薹;SSR标记;遗传多样性萝卜（RaphanuativuL.）在世界各地均有种植，其中欧美国家主要栽培小型四季萝卜，亚洲国家则主要栽培大型萝卜[1]。

萝卜是我国重要的十字花科蔬菜作物，年种植面积在120万hm2左右，位居全国各类蔬菜种植面积第3位，在蔬菜生产和供应上起到了重要作用[2]。

在生产上，萝卜比较容易发生“未熟抽薹”或“先期抽薹”現象，即萝卜肉质根在未完全膨大时就抽薹，从而降低或失去商品价值，造成经济损失。

我国拥有众多萝卜种质资源，但开始耐抽薹品种选育的研究较晚，导致日本和韩国的耐抽薹品种大量进入国内，占据主要市场。

因此，加强对耐抽薹萝卜种质资源的研究，不断培育新的种质资源，是加快耐抽薹萝卜育种进程的重要途径。

简单序列重复（impleequencerepeat，SSR）通常又称为微卫星或者STMS（equence-taggedmicroatellite），是基于PCR的分子标记，普遍分布于真核生物基因组中，具有信息含量高、稳定性好、多态性高、操作和分析简单等优点，现被广泛用于蔬菜种质资源遗传多样性分析[3]及种质资源鉴定[4]等研究。

近几年以萝卜为材料利用SSR标记进行的研究，主要包括图谱构建[5-7]、基因组学[8]、转录组学[9]、表观遗传学[10]、纯度鉴定[11-12]、育性鉴定[13]和肉质根色[14]等方面。

本研究对57份不同抽薹性萝卜材料进行SSR分析，旨在从分子水平上研究各材料遗传背景和亲缘关系，为选育耐抽薹萝卜品种提供理论依据，以期实现分子标记辅助育种。

1材料与方法1.1材料1.2方法1.2.1DNA提取2022年2月26日，在蔬菜种质与品种创新四川省重点实验室进行萝卜穴盘育苗，待幼苗长至3张真叶时采嫩叶，用天根生化科技（北京）有限公司生产的高效植物基因组DNA提取试剂盒提取基因组DNA，微量分光光度计（NanoDrop2000）检测DNA浓度和质量，将DNA浓度调至10ng/μL，-20℃冰箱（海尔医用低温保存箱）保存备用。

不同形态变异类型日本囊对虾的遗传多样性及形态差异分析的开题报告

不同形态变异类型日本囊对虾的遗传多样性及形态差异分析的开题报告题目：不同形态变异类型日本囊对虾的遗传多样性及形态差异分析摘要：日本囊对虾（Metapenaeus joyneri）是中国近海重要渔业资源之一，其不同形态变异类型的遗传多样性及形态差异需要深入研究。

本研究旨在利用分子标记和形态学分析方法，探究日本囊对虾不同形态变异类型的遗传多样性及形态差异，并为日本囊对虾资源保护和合理利用提供科学依据。

研究内容：本研究将采用PCR-RFLP和微卫星标记技术，对不同形态变异类型的日本囊对虾群体进行遗传多样性分析，探究其种群遗传结构和遗传多样性水平。

同时，利用形态学测量方法，对不同形态变异类型的日本囊对虾进行形态差异分析，探究其形态多样性及其与遗传多样性之间的关系。

研究意义：日本囊对虾是中国海洋渔业的重要资源之一，其种群遗传结构和遗传多样性水平的分析可以为其资源保护和合理利用提供科学依据。

同时，对不同形态变异类型的日本囊对虾进行形态差异分析，可以深入了解其形态多样性及其与遗传多样性之间的关系，为其分类和演化研究提供重要数据支持。

研究方法：本研究将采集不同形态变异类型的日本囊对虾样本，利用PCR-RFLP和微卫星标记技术对其进行遗传多样性分析，计算遗传多样性参数，如遗传多样性指数、遗传分化指数等，并进行群体遗传结构分析。

同时，采用形态学测量方法对样本进行测量，如体长、体重、鳃弓长度等，探究不同形态变异类型之间的形态差异情况，并进行多元统计分析。

预期结果：本研究可望为不同形态变异类型的日本囊对虾提供遗传多样性和形态差异的详细分析结果，填补了该领域的研究空白。

预计能够为日本囊对虾资源保护和合理利用提供科学依据，为其分类和演化研究提供重要数据支持。

江苏地区日本沼虾种质资源的RAPD分析

江苏地区日本沼虾种质资源的RAPD分析陈婵娟;张鑫;许志强;窦红霞;葛家春;黄亚红【期刊名称】《江苏农业科学》【年(卷),期】2008(000)002【摘要】用RAPD技术研究了江苏地区10个日本沼虾群体的遗传多样性和亲缘关系.以40个随机引物(10个碱基)对沼虾基因组DNA进行扩增,选取其中18个扩增产物多态性好的引物进行分析.结果共扩增出234个DNA片段,大小在250～2 000 bp之间;126个位点表现为多态位点,多态位点比例为53.85%.常州滆湖繁保区的日本沼虾遗传多样性最高,遗传多样性指数为0.174 2;宿迁骆马湖池塘养殖的日本沼虾遗传多样性最低,遗传多样性指数为0.126 3.UPGMA聚类分析表明,常州滆湖繁保区的日本沼虾和苏州太湖胥口镇渔洋山西南侧水域的日本沼虾亲缘关系最近,总体上亲缘关系和地理位置呈正相关.【总页数】4页(P62-65)【作者】陈婵娟;张鑫;许志强;窦红霞;葛家春;黄亚红【作者单位】南京大学生命科学学院,江苏南京,210093;江苏省淡水水产研究所,江苏南京,210017;南京农业大学动物科技学院,江苏南京,210095;江苏省淡水水产研究所,江苏南京,210017;江苏省淡水水产研究所,江苏南京,210017;南京大学生命科学学院,江苏南京,210093;江苏省淡水水产研究所,江苏南京,210017;南京大学生命科学学院,江苏南京,210093【正文语种】中文【中图分类】S932.5【相关文献】1.日本沼虾4个地理群体遗传变异的RAPD分析 [J], 蒋速飞;傅洪拓;熊贻伟;吴滟;龚永生;何新龙2.江苏及安徽地区十个中华绒螯蟹成蟹群体的RAPD分析 [J], 丁淑燕;黄亚红;柏如发;郝忱;唐建清;潘建林;朱清顺3.长江、高邮湖、太湖日本沼虾遗传多样性的RAPD分析 [J], 朱银安;单红;王庆;周国勤4.日本沼虾4个地理群体遗传变异的RAPD分析 [J], 蒋速飞;傅洪拓;熊贻伟;吴滟;龚永生;何新龙5.海南沼虾(♀)×日本沼虾(♂)的人工种间杂交及其RAPD分析 [J], 蒋速飞;傅洪拓;龚永生;吴滟因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

太湖日本沼虾与秀丽白虾的食性与食物碳源分析

太湖日本沼虾与秀丽白虾的食性与食物碳源分析温周瑞;谢平【摘要】2005年1月至11月对太湖梅梁湾和贡湖湾的日本沼虾（Macrobrachium nipponense）与秀丽白虾（Exopalaemon modestus）的食性与食物碳源进行了采样分析。

经胃含物显微观察，太湖梅梁湾、贡湖湾日本沼虾与秀丽白虾主要食物种类有有机碎屑、浮游植物、水生植物、原生动物、轮虫、枝角类、桡足类、底栖动物、鱼类等。

出现频率较高的主要是有机碎屑、水生植物、枝角类、浮游植物、轮虫等。

食物出现频率的高低表现出时空变化，与水体中食物的丰富度有关。

稳定性同位素分析结果表明，日本沼虾和秀丽白虾δ13 C值表现出空间差异，同位素混合模型分析表明，日本沼虾比秀丽白虾更偏向于底栖食物性，沿岸带的虾类比敞水区更偏向于底栖食性，与胃含物分析结果相符。

【期刊名称】《长江大学学报（自科版）农学卷》【年(卷),期】2013(000)010【总页数】7页(P36-42)【关键词】日本沼虾 (Macrobrachium nipponense);秀丽白虾 (Exopalaemon modestus);食性;δ13C;太湖【作者】温周瑞;谢平【作者单位】湖北省水产科学研究所，湖北武汉430071; 中国科学院水生生物研究所，东湖湖泊生态系统试验站，淡水生态与生物技术国家重点实验室，湖北武汉430072;中国科学院水生生物研究所，东湖湖泊生态系统试验站，淡水生态与生物技术国家重点实验室，湖北武汉430072【正文语种】中文【中图分类】S966.12日本沼虾（Macrobrachium nipponense）和秀丽白虾（Exopalaemon modestus）是湖泊生态系统的重要成员，不仅是食物链的重要环节，也是人类喜爱的水产品。

太湖盛产日本沼虾与秀丽白虾，其产量历年平均在50万～75万kg 左右，约占全湖渔业产量的5%～10%［1］。

有关日本沼虾和秀丽白虾食性的研究报道不多，赖伟等［2］、施炜钢等［3］曾经研究过太湖秀丽白虾的食性，但太湖日本沼虾的食性尚未见有研究报告。

刺参遗传多样性的微卫星及RAPD分析的开题报告

刺参遗传多样性的微卫星及RAPD分析的开题报告
一、研究背景
刺参是我国农渔业最重要的经济海参之一，其品种众多、产地广泛，以其高蛋白、低
脂肪、高营养、滋补养生等特点而备受消费者青睐。

然而，由于过度捕捞、环境污染、海洋气候等因素的影响，刺参的资源量已经大幅减少，因此开展对刺参的遗传多样性
研究，有助于为其保护和育种提供科学依据。

二、研究目的
本研究旨在通过微卫星和RAPD技术对刺参的遗传多样性进行分析，探讨其种群结构
和遗传多样性状况，为刺参保护和育种提供科学依据。

三、研究方法
1.样本采集
本研究采用不同产地的刺参样本，共计100个。

2. DNA提取
采用组织DNA提取试剂盒对样本进行DNA提取。

3. 微卫星分析
选取10对已发表的适用于刺参的微卫星引物，采用PCR扩增。

将扩增产物进行聚丙
烯酰胺凝胶电泳分析，检测分离大小和数量和PCR产物的等位基因。

4. RAPD分析
采用10个随机引物进行RAPD扩增。

将扩增产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳分析，检测分离大小和数量和PCR产物的等位基因。

5.数据分析
使用POPGENE软件分析微卫星分子多态性信息，包括等位基因数、平均杂合度、平均PIC等遗传学参数。

使用WingF1软件分析RAPD分子多态性信息，包括遗传距离、相似性系数等参数。

同时，对不同种群的遗传多样性进行比较和分析。

四、研究意义
通过对刺参遗传多样性的研究，可以为刺参保护和育种的工作提供可靠的遗传学依据。

同时，也为其他经济海参的遗传多样性研究提供参考。

洪泽湖日本沼虾_9_个野生群体遗传多样性微卫星分析

多态性较高，可有效进行后续分析。 9 个野生群体的遗传多样性参数如表 4 所
示，在 9 个群体中，蒋坝群体平均等位基因数最大（A=10.50），界集群体最小（A=8.75）；避风港群体
平均多态信息含量（PIC=0.773 2）和平均期望杂合度（He=0.804 4）最大，鲍集群体最小（PIC=0.657 2， He=0.698 2）。由此可知，避风港、蒋坝群体遗传多样性较高，而鲍集、界集群体相对较低。
根据各位点等位基因频率，基于无限等位基因模型（Infinite allele model，IAM）、逐步突变模型（Stepwise mutation model，SMM）和双相突变模型（Twophased model of mutation，TPM），利用 BOTTLENECK 3.4[22] 计算平均期望杂合度（Expected average heterozygosity，HEQ），重复为 1 000 个，并通过符号检验（Sign test）和 Wilcoxon 符号秩次检验（Wilcoxon sign rank test）分析杂合过度是否显著，以通过分析群体突变 - 漂移平衡来估计群体数量动态变化。
表 3 洪泽湖日本沼虾 8 个微卫星位点有效等位基因数、杂合度及多态信息含量 Tab. 3 Statistic number of effective alleles，expected and observed heterozygosity and polymorphism information content
118.5°
蒋坝JB 119°E
图 1 洪泽湖流域 9 个日本沼虾群体的采样位点 Fig. 1 Sample sites of 9 M.nipponense stocks in Hongze Lake

3种分子标记分析罗非鱼选育群体的多态性效率比较

3种分子标记分析罗非鱼选育群体的多态性效率比较颉晓勇;钟金香;李思发【摘要】应用RAPD、AFLP、SSR等3种分子标记,对吉富品系尼罗罗非鱼选育群体的多态性进行了分析.在40条RAPD引物、19对SSR引物、64对AFLP引物中,具有多态性、重复性好的引物分别为17条、19对和8对,扩增出多态性条带数分别为35、92、181条.结果表明,RAPD、AFLP、SSR多态性条带比例分别为20.35％、79.64％和58.77％,平均每个(对)多态性引物可以扩增出多态性片段数目分别为2.06、4.84和22.63.说明SSR和AFLP是研究吉富罗非鱼选育群体更为有效的分子标记.【期刊名称】《广东农业科学》【年(卷),期】2014(041)024【总页数】4页(P114-117)【关键词】罗非鱼;分子标记;多态性;比较【作者】颉晓勇;钟金香;李思发【作者单位】中国水产科学研究院南海水产研究所/广东省渔业生态环境重点实验室,广东广州510300;广东省水产技术推广总站,广东广州 510220;上海海洋大学/农业部淡水水产种质资源重点实验室,上海201306【正文语种】中文【中图分类】Q347;S917.4遗传标记的发展先后经历了形态标记、细胞学标记、生化标记和DNA分子标记4个阶段[1]。

前3种标记都是对基因的间接反映，DNA分子标记则是DNA水平遗传变异的直接反映，因此DNA标记得以在遗传育种、系统分类、基因定位等各个方面得到广泛应用。

DNA分子标记本质上是指能反映生物个体或种群间基因组中某种差异的特异特DNA片段[2]。

被大量使用的分子标记包括RFLP、RAPD、AFLP、SSR、SNP等。

多态性标记是指材料间的带型存在差异的分子标记，是构建遗传连锁图谱、基因定位等研究的基础。

吉富品系尼罗罗非鱼是由4个原产非洲的野生群体与4个亚洲养殖群体经混合杂交选育所得，引入我国时为其第3代，其遗传基础尚不够稳定。

日本沼虾淀山湖野生群体和养殖群体肌肉营养成分分析

日本沼虾（Ｍａｃｒｏｂｒａｃｈｉｕｍｎｉｐｐｏｎｅｎｓｉｓ）俗称青虾，是长江中下游地区的优势种群，也是中国淡水名特优养殖的优良品种之一。日本沼虾肉质鲜美、营养价值高，深得消费者尤其是江浙沪一带人们的喜爱。在上海淀山湖水域及其周边地区，人们自２０世纪９０年代起开展日本沼虾池塘养殖，对淀山湖群体的生殖特性、苗种繁育［１］、成虾养殖［２－４］等已有相关研究，但在其营养品质方面还缺乏相关资料。本研究以日本沼虾淀山湖野生群体和养殖群体为试验对象，对两个群体虾肌肉的营养成分进行初步分析和比较，旨在为日本沼虾淀山湖群体的遗传育种研究和品种改良提供参考。
收稿日期：２０１８－０８－２９作者简介：范武江（１９７４—），男，高级工程师，博士，从事水产动物遗传育种研究。通信作者：张根玉（１９６３—），男，研究员，研究方向为水产养殖。项目资助：上海市科技兴农重点攻关项目［沪农科攻字（２０１６）第６－２－３号］。
１８２
水产科技情报２０１９，４６（４）
氨基酸的含量；按ＧＢ５００９．９１—２０１７的方法检测
钠元素的含量；采用原子吸收分光光度法检测铁、
镁、锌、铜、钙等６种微量元素的含量；按ＧＢ／Ｔ
２２２２３—２００８采用气相色谱法检测脂肪酸含量。
采用面积归一法对每种组分进行相对定量。
１．３营养品质评价
根据ＦＡＯ／ＷＨＯ的氨基酸评分标准模式和
水产科技情报２０１９，４６（４）ｄｏｉ：１０．１６４４６／ｊ．ｃｎｋｉ．１００１－１９９４．２０１９．０４．００１
１８１
日本沼虾淀山湖野生群体和养殖群体肌肉营养成分分析

长吻鮠遗传多样性的RAPD分析

长吻鮠遗传多样性的RAPD分析
莫艳秀;王晓清;莫永亮
【摘要】采用RAPD技术从30个随机引物中筛选出20个引物对洞庭湖区野生长吻鮠群体的遗传多样性进行研究,结果共检测出105个位点,其中54个(51.43%)呈多态;利用POPGEN软件获得野生长吻鮠群体10个个体间的遗传距离,个体间遗传距离(D)在0.1685～0.6425,个体间遗传相似系数(S)在0.3575～0.8315.通过与其他鱼类的遗传多样性的研究结果比较可初步判断,洞庭湖区野生长吻鮠群体的遗传多样性较低.由于没有以前的遗传多样性分析资料,因此不能评判过度捕捞和自然环境的破坏等因素对长吻鮠遗传多样性的影响程度.
【期刊名称】《江西水产科技》
【年(卷),期】2010(000)002
【总页数】4页(P13-16)
【关键词】长吻鮠;遗传多样性;随机扩增多态DNA
【作者】莫艳秀;王晓清;莫永亮
【作者单位】湘南学院组织胚胎学教研室,湖南,423043;湘南学院组织胚胎学教研室,湖南,423043;湘南学院组织胚胎学教研室,湖南,423043
【正文语种】中文。

日本沼虾4个地理群体遗传变异的RAPD分析

[收稿日期]5　[基金项目]中国水产科学研究院基金();江苏省“三项”工程(56);科技部农转资金(FN 63)　[第一作者简介]蒋速飞(),男,江苏金坛市人,南京农业大学在读硕士生,主要从事水产动物遗传育种研究　[通讯作者]傅洪拓日本沼虾4个地理群体遗传变异的RAPD 分析蒋速飞　(南京农业大学无锡渔业学院,江苏无锡214081) 傅洪拓　南京农业大学无锡渔业学院,江苏无锡214081;中国水产科学研究院淡水渔业研究中心,江苏无锡214081 熊贻伟,吴　滟,龚永生,何新龙　(中国水产科学研究院淡水渔业研究中心,江苏无锡214081)[摘要]采用随机扩增多态DNA (RAPD )技术对取自六安、龙感湖、淮南和高淳等4个地理群体的日本沼虾(Macrobrac hium ni pponense)各30个个体进行遗传多样性分析。

在事先优化的反应条件下,所使用的OP P 、OP X 2个系列40个随机引物中,有16个引物扩增出清晰稳定的片断,共产生173个位点,大小在250～2000bp ,利用Pop G en 1132进行分析,日本沼虾多态位点为75个(多态性片断的比例为4314%),Sha n 2non 信息指数为011771～012466。

遗传距离显示日本沼虾群体间有一定遗传分化,其中高淳群体和龙感湖群体之间遗传距离最大(011712),六安群体和淮南群体之间最小(011146)。

用U P G MA 对4个地理群体进行聚类分析,六安和淮南群体首先聚在一起,高淳和龙感湖群体最后。

[关键词]日本沼虾(Macrobrac hium ni p ponense );地理群体;RAPD ;遗传变异[中图分类号]Q75;Q9591223+163[文献标识码]A [文章编号]16731409(2006)02017904日本沼虾(Macmb rachi um ni p p onensi s )俗称青虾,广泛分布于我国各地的江河、湖泊、水库、池塘及沟渠中,是我国淡水天然虾类中的一个重要种群,也是我国淡水养殖的重要虾类之一,其市场销售量经久不衰,深受消费者青睐。

中国沼虾属分子系统学及日本沼虾群体遗传结构的研究

中国沼虾属分子系统学及日本沼虾群体遗传结构的研究【摘要】：沼虾属Macrobrachium是一类生存环境多样,起源与分化过程尚不甚明了,分类地位具争议性的动物类群。

众多学者在分类方面已做了大量的研究,然而由于其鉴别特征的保守性及形态性状多态性丰富等特点,导致了沼虾属种类鉴定的困难,使得相关研究难以深入。

本研究以中国境内分布的沼虾属种类为主要研究对象,利用DNA测序、PCR-RFLP技术和ISSR技术等分子生物学实验手段,运用支序系统学与分子进化生物学理论及分析方法,以地理群体为基本研究单元,展开从地理种群-物种-属的逐级水平的系统学研究。

探讨长臂虾亚科各属、沼虾属各种及日本沼虾不同地理群体的分子遗传学特征,并重建系统发育树。

其次,在重建系统发育关系树的基础上,诠释现存的种、属分类问题。

此外,本研究对揭示沼虾属种间的系统发育关系、澄清其种属分类问题、对整个沼虾属的系统演化与分类格局关系的研究具有重要意义。

还可揭示主要经济种类日本沼虾地理群体之间的遗传多样性信息,为有效保护和合理开发利用野生资源提供重要的理论基础。

本研究主要从以下几个方面进行研究:1.应用支序系统学的原理和方法,选取长臂虾亚科9属60物种和Procaridae科2物种(外群)的形态和生态性状。

并对其分类学、系统学、形态学及部分生物学等方面的文献资料进行综合分析,进行形态学观察和系统发育研究。

构建的严格一致树显示,(1)两个外群聚为一支,与内类群的物种分开,位于支序图的基部。

内类群长臂虾亚科的60个物种由3个主要特征(即尾节常具2对末端刺,有2或更多对中央刚毛,第三颚足常具2关节鳃)构成一支,形成一个单系群。

(2)沼虾属也形成一个单系群,由头胸甲具肝刺,无鳃甲刺支持与其它几个属区分开来。

(3)其他几个属间的亲缘关系并不明确。

说明Holthuis(1950)和Chace(1992)所建立的分类系统虽然能够将一些种类区分开来,但是无法反映出这些类群的亲缘关系。

日本沼虾不同亚型维甲酸类X受体(RXR)cDNA克隆及序列分析

日本沼虾不同亚型维甲酸类X受体(RXR)cDNA克隆及序列分析王文青;朱小玲【期刊名称】《淡水渔业》【年(卷),期】2010(040)001【摘要】采用RT-PCR和RACE末端扩增技术,从日本沼虾(Macrobrachium nipponense)卵巢组织中获得了5种不同构型的RXR基因cDNA序列.结果显示:RXR基因中MnRXRL2含有最长的开放阅读框(open reading frame,ORF),其全长1698 bp,编码337个氨基酸.对比5个不同构型的核苷酸序列,有四个不同的剪接位点,一个发生在5'端A/B区域,产生了3种不同形式的5'端序列;一个在RXR 受体结构的D区即铰链区域,使T-盒区长度也有3种形式(VQEERQR/VQVGGIEEERQR/VQVGGIE);两个发生在LBD区,其中一个是在H2-H3螺旋区域,产生了2种不同形式(MnRXRL/MnRXRS),另外一个是在D区产生了中断,缺失了E/F区域(MnRXRM).将各个序列编码的氨基酸序列与其他物种相比,与甲壳类的同源性较高,表明RXR在进化中较为保守.【总页数】8页(P3-10)【作者】王文青;朱小玲【作者单位】上海海洋大学水产与生命学院,上海,201306;上海海洋大学水产与生命学院,上海,201306【正文语种】中文【中图分类】Q785【相关文献】1.早幼粒细胞白血病/维甲酸受体α融合基因的不同亚型对早幼粒细胞白血病患者临床表现的影 [J], 赵燕莉;张丛丛2.海湾扇贝维甲酸受体（RXR）cDNA克隆与表达分析 [J], 张瑞;阙华勇;丛日浩;李莉;张国范3.不同亚型急性早幼粒细胞白血病患者维甲酸受体α融合基因的表达分析 [J], 朱蓓;段衍超;王克强4.维甲酸受体RARα与RXRα在卵巢癌组织中的表达及其临床意义分析 [J], 李鼎;高向阳5.稳定无活性维甲酸X受体（RXR）四聚体构象的天然小分子首次被发现 [J],因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

秀珍菇全基因组SSR_位点分析及其在遗传多样性评估中的应用

湖南农业大学学报(自然科学版)2023，49(2)：176–182．DOI：10.13331/ki.jhau.2023.02.008Journal of Hunan Agricultural University(Natural Sciences)引用格式：周思琦，龚文兵，夏志兰，吴秋云，王亚东．秀珍菇全基因组SSR位点分析及其在遗传多样性评估中的应用[J]．湖南农业大学学报(自然科学版)，2023，49(2)：176–182．ZHOU S Q，GONG W B，XIA Z L，WU Q Y，WANG Y D．Genome-wide SSR characterization and its applicationin evaluating the genetic diversity of Pleurotus pulmonarius[J]．Journal of Hunan Agricultural University(Natural Sciences)，2023，49(2)：176–182．投稿网址：秀珍菇全基因组SSR位点分析及其在遗传多样性评估中的应用周思琦1，龚文兵2，夏志兰1*，吴秋云3,4，王亚东1(1.湖南农业大学园艺学院，湖南长沙410128；2.中国农业科学院麻类研究所，湖南长沙410221；3.园艺作物种质创新与新品种选育教育部工程研究中心，湖南长沙410128；4.蔬菜生物学湖南省重点实验室，湖南长沙410128)摘要：利用GenBank数据库中秀珍菇(Pleurotus pulmonarius)的全基因组序列进行简单重复序列(SSR)位点挖掘。

在秀珍菇PM_ss5基因组中共检测出2348个SSR位点，相对丰度为平均1 Mb中含有59个SSR位点；所有SSR 位点中，以二核苷酸SSR为主(51.8%)，三核苷酸SSR次之(27.7%)；经鉴定的秀珍菇SSR位点包含141种碱基基序，优势碱基基序为GA/TC、CT/AG；SSR长度变化范围为10~156 bp，其中，10~15 bp的SSR位点占比为77.2%；在秀珍菇和其他4种侧耳属真菌基因组中，都是以短核苷酸SSR为主，秀珍菇二核苷酸SSR占比高于其他侧耳属菌株；利用筛选的53对多态性引物对18个秀珍菇菌株进行遗传多样性分析，结果发现参试菌株表现出中度遗传多样性，平均Shannon信息指数为0.38，平均Nei’s基因多样性为0.23，平均有效等位基因数为1.35。

基于RAPD和EST-SSR标记的秀珍菇菌株聚类分析

基于ＲＡＰＤ和ＥＳＴ－ＳＳＲ标记的秀珍菇菌株聚类分析摘要：本研究利用RAPD标记和EST-SSR标记对10个不同来源的秀珍菇菌株进行聚类分析。

200条RAPD引物中127条有扩增产物，引物可用率为63.5%。

从NCBI数据库中下载秀珍菇及相近侧耳属食用菌EST序列2167条，聚类比对后得到全长为713.541 kb的非冗余EST 1442条,搜寻后得到的29个EST-SSR全部设计引物，其中26对引物(89.7%)显示多态性。

根据l7条RAPD核心引物和10对EST-SSR核心引物的扩增结果，对10个秀珍菇菌株进行了RAPD标记、EST-SSR标记及二者相结合的聚类分析。

3种分析结果相近，且与菌丝、子实体生长特性分析结果相统一10个供试菌株区分为5组：1～4号菌株为一组，6号和7号菌株为一组，8号和9号菌株为一组，5号和10号菌株各自为一组。

关键词：秀珍菇;RAPD标记;EST-SSR标记;聚类分析文献标识码：S646.1A秀珍菇(Pleurotus geesteranus)隶属于真菌门(Eumycota), 担子菌纲(Basidiomycetes), 伞菌目(Agaricales),侧耳科(Pleurotaceae), 侧耳属(Pleurotus)，是近年来栽培面积最广的珍稀食用菌之一。

该菌味道鲜美，营养丰富，深受广大消费者的青睐。

菌种作为食用菌最重要的基础生产资料，其收集、保存、遗传多样性评价以及利用，已成为遗传育种领域中一个重要的研究方向。

但目前，国内秀珍菇经常出现异种同名或同种异名现象，造成菌种混乱，严重影响了产业发展。

近年来分子标记的发展及应用大大推动了种质资源材料间的遗传学关系分析和资源利用研究,通过分子标记揭示出的不同物种DNA分子水平上的多态性可反映出生物物种间甚至种内的遗传多样性。

目前国内外文献中，已有大量关于分子标记在香菇、双孢蘑菇等真菌上进行遗传多样性和亲缘关系分析的报道，主要应用的标记类型有RAPD、RFLP、IGS和ISSR［1］，也有用SCAR标记的报道［2］。