ntsys-pc遗传多样性分析软件使用说明
黑平菇及白色变异平菇单核菌株的遗传多样性分析
夏会楠，李东晓，周金看，等．黑平菇及白色变异平菇单核菌株的遗传多样性分析［Ｊ］．江苏农业科学，２０２４，５２（７）：４１－４７．ｄｏｉ：１０．１５８８９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００２－１３０２．２０２４．０７．００６黑平菇及白色变异平菇单核菌株的遗传多样性分析夏会楠，李东晓，周金看，王春霞，郭金英，郑素月（河北工程大学园林与生态工程学院，河北邯郸０５６０３８） 摘要：以筛选平菇杂交过程中优良菌株为目标，分析黑平菇以及白色变异平菇单核菌株遗传多样性。
用２４个白色变异平菇原生质体单核菌株以及３７个黑平菇原生质体单核菌株为试验材料，采用酯酶同工酶技术以及ＩＳＳＲ分子标记技术对其单核菌株进行遗传多样性分析。
结果表明，酯酶同工酶白色变异原生质体单核菌株菌株共检测出７条迁移率不同的酶带，黑平菇单核菌株共检测出８条迁移率不同的酶带，多态性条带分别占６５．８％、７５％；ＩＳＳＲ分子标记技术将平菇白色变异单核菌株以及黑平菇单核菌株的原生质体单核菌株从５个ＩＳＳＲ引物中分别扩增出６８、７４条清晰的ＤＮＡ多态片段，多态性位点分别占７８．５％、６３％。
两类聚类分析结果表明，当ＧＳ为０．７５时，将２４个平菇白色变异菌株单核菌株分为两大类；当ＧＳ为０．７９左右时，将３７个黑平菇单核菌株分为两大类。
说明酯酶同工酶技术以及ＩＳＳＲ分子标记技术可以用于单核菌株遗传多样性分析，为平菇杂交育种过程中优良亲本单核体的选择提供理论依据。
关键词：平菇；单核菌株；酯酶同工酶；ＩＳＳＲ分子标记 中图分类号：Ｓ６４６．１＋４０．３２ 文献标志码：Ａ 文章编号：１００２－１３０２（２０２４）０７－００４１－０７收稿日期：２０２３－０６－１２基金项目：河北省高等学校学科技术研究项目（编号：ＱＮ２０２１２１０）；邯郸市科技技术研究与发展计划（编号：２１４２２０１２３２６）；河北省农业科技成果转化项目（编号：２０２３６０１０１０１００１４）。
作者简介：夏会楠（１９９８—），女，河北承德人，硕士，研究方向为食药用真菌。
ISSR分析 NTSYS软件使用步骤
6 建树：打开 NTSYSpc 软件，在“Graphics”文件，然后点击 computer 运行，
7 上一步运行后的结果如下
带叶兜兰 长瓣兜兰 杏黄兜兰 亨利兜兰
硬叶兜兰
紫毛兜兰 文山兜兰 巨瓣兜兰 麻栗坡兜兰 同色兜兰 紫纹兜兰 天伦兜兰
2 用 ntedit 软件打开刚才的 excel 文件，将生成的文件保存成 .NTS 格式。文 件名为“11111”,
3 用 NTSYSpc 软件的 Similarty 菜单下的“genetic distance”项插入刚才保存的 “11111.NTS” 文件， 测出遗传距离 genetic distance” 并继续保存文件名为 5555， “ . 格式为.NTS （展示如下图）
用 ntedit 软件打开上一步保存的文件名为“5555”的文件，观察基因距离 genetic distance 的结果如下：
4
5 集群： 打开 NTSYSpc 软件，在“Clustering”菜单下的“SAHN”项插入刚才保存的 “5555.NTS” 文件，点击 computer 运行，并将运行后的结果保存为文件“6666” ， 格式为.NTS
交给上课老师
介绍：
主要实验仪器： （包括名称、型号或者规格）
PCR 扩增后的电泳结果
（包括原始图片、数据）
图 1 1-16 号部分样品基因组 DNA 的 电 泳 图 谱
实验结果分析步骤
1
将数条带的结果输入到 excel 里面，将文件保存成 50/95 格式。
其中 1 表示有带，0 表示无带，B 字母下的 29 表示带型总数，C 字母下的 12 表示样本数。
生物科学大实验报告
成绩：
实验题目：植物 ISSR 分子标记技术的应 用（四）——ISSR—PCR 扩增结果的数据 统计和分析
NTsys-pc2.02图解使用说明
NTsys-pc2.02图解使用说明Edit by mycobio2004.111 数据的录入方法：1.1 利用Ntedit直接录入数据0、1二元数据中的数据缺失记为2。
其中列标可以写为样品编号，在No.rows 栏中写入0、1数据总数，No.cols 栏中写入样品总数。
文件另存为*.nts格式。
1.2 从excel表中直接读入数据Excel表中输入数据格式如下图。
A1必须为1，B1为0、1数据总数，C1为样品总数。
打开Ntedit程序，选择从Excel表输入，结果见上图。
文件另存为*.Nts格式1.3 Ntsys-pc可以直接运行*.phy格式的文件（由phylip和phytool产生）1.4 DNA序列数据Ntsys-PC也可以分析，但好像用的人较少。
建议大家使用phylip或者其他的软件。
DNA序列数据在Excel中输入格式如下：1.5 其他数据的Excel输入如下2 聚类分析Ntsys-pc2.02界面如下以下以图中数据为例介绍聚类过程：2.1 首先用similarity程序组中的SimQual计算形似系数矩阵。
Coefficient通常选用SM 或DICE，结果输出到另一文件。
2.2 以上步的结果作为input file利用Clustering程序组中的SHAN或者Njoin进行计算，聚类分法选用UPGMA，ties选用FIND，Maximum no. tied trees至少大于样品数。
Njoin程序组界面如下，rooting method可以选用Outgroup，但需输入外元。
2.3 将SHAN或NJoin方法得到的tree file文件输入到Graphics程序组中的tree plot程序中计算得到树图如下利用options可以对树图进行描述与处理.在此略去.2.4 一致性分析：可以用Clustering中的consens程序进行，两个不同文件分别输入；同一文件中不同的进化树之间的分析，则只输入到input tree1 file即可。
绿竹7个种源的遗传多样性ISSR分析
绿竹7个种源的遗传多样性ISSR分析王月英;夏海涛;金川;李效文;张岩【摘要】The genetic diversity among different provenances was analyzed by ISSR molecular marker in order to prove relationship among 7 provenances of Dendrocalamopsis oldhami.The results showed that 20 effective primers were screened ont from 30 ISSR primers, which amplified a total of 273 sites, among of which 176 sites showed polymorphism, accounted for 64.5％ of the total.Cluster analysis showed 7 provenances of Dendrocalamopsis oldhami were divided into 3 groups, genetic distance of different provenances was 0.015 - 0.465.Genetic relationship of cultivated species of Dendrocalamopsis oldhami was closer, and the countries of origin of Dendrocalamopsis oldhami (Munro) Keng f from.striata Y.Y.Wang et W.Y.Zhang and Dendrocalamopsis oldhami(Munro) Keng f f.revolute (W.T.Lin et J.Y.Lin) W.T.Lin were Ruian and Cangnan.%为了探明绿竹7个种源间的亲缘关系,利用ISSR分子标记技术进行了遗传多样性分析,结果表明:从30条ISSR引物中筛选出20条有效引物,共扩增出273个位点,其中176个位点表现多态性,占总数的64.5%,并通过聚类分析将绿竹7个种源分成3组,不同种源间的遗传距离为0.015～0.465.绿竹栽培种之间的亲缘关系较近,花秆绿竹和花绿竹的原产地应为瑞安和苍南.【期刊名称】《浙江农业学报》【年(卷),期】2011(023)003【总页数】4页(P479-482)【关键词】绿竹;种源;ISSR分析;遗传距离【作者】王月英;夏海涛;金川;李效文;张岩【作者单位】浙江省农业科学院,亚热带作物研究所,浙江温州325005;浙江省农业科学院,亚热带作物研究所,浙江温州325005;浙江省农业科学院,亚热带作物研究所,浙江温州325005;浙江省农业科学院,亚热带作物研究所,浙江温州325005;浙江省桐庐县林业局,浙江桐庐311500【正文语种】中文【中图分类】S795.5绿竹(Dendrocalamopsisoldhami)主要分布于浙江南部、福建、台湾、广东等区域,是我国中南亚热带地区的优良笋用丛生竹。
如何用NTsys构建0、1数据(AFLP)进化树
NTSYS-PC使用说明NTSYS是一个聚类分析的软件，可以用来分析AFLP，RAPD等电泳带型，也可用于微生物群落多样性的相似性分析。
下面简单介绍一下其用法：1.先建立一个0，1构成的矩阵：在excel中，按如下规则输入数据，A1=1表示有带记为1，B1=535表示AFLP样本数， C1=19表示有19个带型，D1=0表示无带记为0。
第二行表示的是样本名称。
从第三行开始的A列表示带型名称。
见下图：2.选择另存为，在其中的保存类型中选择“文本文件(制表符分隔)”然后点保存，确认。
3.打开NTSYS软件点“Similarity”下拉选择”“Qualitative date”在“input file”中选择刚才保存的.txt文件，在“output file”中输入保存文件名。
“Byrows”一项不选×，“coefficient”中选择J，点compute进行运算。
4．点软件左边第二项选择“SAHN”在“input file”中选择上一步运算出来的文件在“output tree file”中输入保存文件名。
点compute进行运算。
5.选择左边第二项中的“Cophenetic Values”在“input tree file”中选择刚才计算的tree文件，输入output的文件名，点compute进行计算。
6.作Mat检测：点击左面第三项，选择“Matrix comparison plot”在“input file(1)”中选择“Qualitative date”计算出的结果，在“input file(2)”中选择“Cophenetic Valuess”计算出的结果。
点击compute进行计算，r值在0.7以上为可信。
甘蔗种质遗传多态性的 ISSR 分析
甘蔗种质遗传多态性的 ISSR 分析黄河星;杨俊贤;吴文龙;杨善;莫俊杰;周鸿凯【摘要】本研究以30个甘蔗栽培种或原种为材料，用 ISSR 标记方法进行了遗传多态性分析。
结果表明：供试30份甘蔗种质材料的遗传相似性系数在0.375～1.000之间，其中，甘蔗栽培种与热带种的遗传相似性系数在0.850～0.950之间，说明这些甘蔗栽培种与热带种的血缘关系近；甘蔗栽培种与割手密之间遗传相似性系数在0.525～0.675之间，说明这些甘蔗栽培种与割手密有一定的血缘关系；甘蔗栽培种与斑茅的遗传相似性系数为在0.375～0.525之间，表明这些甘蔗栽培品种与斑茅的血缘关系较远(实质上参试的甘蔗品种都不是斑茅的后代)；参试的23份栽培种之间的遗传相似性系数关系在0.725～1.000之间，说明这些甘蔗栽培种之间的血缘关系较近，种质血缘窄，应加强含有多个野生种质的杂交后代的选育。
同时，聚类分析结果表明，在遗传相似性系数为0.720水平上可将30份供试甘蔗种质材料分为3个类群，其中3个热带种和23个栽培种聚为一类，3个割手密聚为一类，斑茅单独聚为一类。
%ISSR molecular markers were applied to analyze the genetic polymorphism of 30 sugarcane clones. The results showed that the genetic similarity coefficient among the selected sugarcane germplasm materials were between 0.375~1.000. Those between sugarcane cultivars and Saccharum officinarum were 0.850~0.950, indicating close consanguinity. Those between sugarcane cultivars and Saccharum spontaneum L. were 0.525~0.675, indicating some consanguinity. Those between sugarcane cultivars and Saccharum arundinaceum were 0.375~0.525, indicating remote consanguinity (as a matter of fact, all the cultivars used in the experiment is not thedescendants of Saccharum arundinaceum). The genetic similarity coefficient among the 23 cultivars were 0.725~1.000, indicating close kinship and narrow genetic diversity, and therefore multiple wild germplasm should be introduced into cane hybrids in the future breeding. The cluster analysis on the level of genetic similarity coefficient of 0.720 classified the 30 sugarcane germplasm materials into 3 groups: Saccharum officinarum and cultivars, Saccharum spontaneum L., and Saccharum arundinaceum.【期刊名称】《甘蔗糖业》【年(卷),期】2014(000)006【总页数】6页(P12-17)【关键词】ISSR 标记;甘蔗;遗传多样性【作者】黄河星;杨俊贤;吴文龙;杨善;莫俊杰;周鸿凯【作者单位】广东海洋大学农学院，广东湛江 524088;广州甘蔗糖业研究所广东省甘蔗改良与生物炼制重点实验室，广东广州 510316;广州甘蔗糖业研究所广东省甘蔗改良与生物炼制重点实验室，广东广州 510316;广东海洋大学农学院，广东湛江 524088;广东海洋大学农学院，广东湛江 524088;广东海洋大学农学院，广东湛江 524088【正文语种】中文【中图分类】S566.10 引言甘蔗品种的遗传背景极为复杂，其基因组构成除热带种血缘外，还含有多种野生种的血缘，如印度种、割手密种、大茎野生种、中国种以及斑茅等。
NTSYS软件使用说明
NTSYS软件使用说明NTSYS软件使用说明1、软件简介NTSYS软件是一款专为生物学研究设计的统计分析工具。
它能处理大规模数据集，提供多种数据分析方法和可视化功能，帮助研究人员快速准确地分析数据。
2、安装与启动2.1 安装NTSYS软件在官方网站上NTSYS软件的安装包，然后按照安装向导的指示进行安装。
安装完成后，将在电脑桌面上NTSYS软件的快捷方式。
2.2 启动NTSYS软件双击NTSYS软件的快捷方式图标，即可启动NTSYS软件。
在启动过程中可能需要输入许可证信息，根据实际情况填写。
3、数据导入3.1 导入文本数据在NTSYS软件中，可以导入以文本格式保存的数据。
首先菜单栏的“文件”，然后选择“导入”-“文本文件”。
接下来，选择需要导入的文本文件，并按照指示完成导入过程。
3.2 导入Excel数据NTSYS软件也支持导入Excel数据。
在菜单栏的“文件”中选择“导入”-“Excel文件”，然后选择需要导入的Excel文件，并按照指示完成导入过程。
4、数据预处理4.1 数据过滤在NTSYS软件中，可以根据特定的条件对数据进行过滤。
菜单栏的“数据”-“过滤”，选择需要过滤的数据集和条件，并按照指示完成过滤设置。
4.2 数据清洗NTSYS软件提供了数据清洗的功能，可以删除重复数据、空值数据等。
菜单栏的“数据”-“清洗”，选择需要清洗的数据集，并按照指示完成清洗过程。
5、数据分析5.1 描述性统计NTSYS软件可以对数据进行描述性统计分析，包括均值、标准差、最大值、最小值等。
菜单栏的“统计”-“描述性统计”，选择需要分析的数据集，并按照指示完成分析过程。
5.2 方差分析NTSYS软件支持方差分析，可以分析一组或多组数据之间的差异。
菜单栏的“统计”-“方差分析”，选择需要分析的数据集和方差分析方法，并按照指示完成分析过程。
5.3 相关分析通过NTSYS软件进行相关分析，可以研究两个或多个变量之间的相关性。
马铃薯实生群体遗传多样性的SSR分析
马铃薯实生群体遗传多样性的SSR分析艾星梅;郭华春【摘要】以云南马铃薯品种‘剑川红’植株1个浆果中的天然实生种子产生的70个单株以及B20[CIP010(♀)×CIP004(♂)]杂交组合后代100个实生苗单株为材料,采用12对SSR引物对自交种和杂交实生群体的遗传差异性进行分析,旨在从后代群体中找到与母本(亲本)在分子水平上表现一致的植株,为种质资源的长期保存提供依据.结果表明:(1)‘剑川红’自交群体的多态性比率为81.6％,比杂交组合B20实生群体的多态性比率72.8％略高,说明2个群体的多态性比率均较高.(2)聚类分析结果显示,自交后代和杂交后代群体的遗传相似系数均较高,变化范围均在0.74～0.96之间,说明2个群体均发生了不同程度的遗传分离,但分离的程度较小,绝大多数条带表现一致.(3)在所有供试材料中,同一浆果中均未发现与‘剑川红’母株在分子水平上表现完全一致的单株.研究认为,在分子水平上寻找完全不分离的实生群体难度非常大,需进一步评价与母株(亲本)在分子水平上相似株系的田间表现,从而确定是否可以通过相近或极相近株系来恢复种源.【期刊名称】《西北植物学报》【年(卷),期】2013(033)008【总页数】7页(P1558-1564)【关键词】马铃薯;实生群体;遗传多样性;SSR【作者】艾星梅;郭华春【作者单位】西南林业大学园林学院,昆明650224;云南农业大学薯类作物研究所,昆明650201;云南农业大学薯类作物研究所,昆明650201【正文语种】中文【中图分类】Q789马铃薯（Solanum tuberosum）通过有性繁殖产生的实生种子能够摒除绝大多数病毒病（纺锤块茎类病毒除外），能够生产出基本上无任何病原菌的后代群体［1］，因此，生产上有利用实生种子进行育苗移栽生产实生薯，解决就地留种、防止病毒侵染。
但由于马铃薯遗传基础高度杂合，其有性繁殖后代分离严重，影响了实际应用。
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NTSYS-PC使用说明
1 数据的录入方法：
1.1 利用Ntedit直接录入数据
0、1二元数据中的数据缺失记为2。
其中列标可以写为样品编号，在No.rows 栏中写入0、1数据总数，No.cols 栏中写入样品总数。
文件另存为*.nts格式。
1.2 从excel表中直接读入数据
Excel表中输入数据格式如下图。
A1必须为1，B1为0、1数据总数，C1为样品总数。
打开Ntedit程序，选择从Excel表输入，结果见上图。
文件另存为*.Nts格式
1.3 Ntsys-pc可以直接运行*.phy格式的文件（由phylip和phytool产生）
1.4 DNA序列数据Ntsys-PC也可以分析，但好像用的人较少。
建议大家使用phylip或者其他的软件。
DNA序列数据在Excel 中输入格式如下：
1.5 其他数据的Excel输入如下：
2 聚类分析
Ntsys-pc2.02界面如下：
以下以图中数据为例介绍聚类过程：
2.1 首先用similarity程序组中的SimQual计算形似系数矩阵。
Coefficient通常选用SM 或DICE，结果输出到另一文件
2.2 以上步的结果作为input file利用Clustering程序组中的SHAN或者Njoin进行计算，聚类分法选用UPGMA，ties选用FIND，Maximum no. tied trees至少大于样品数。
Njoin程序组界面如下，rooting method可以选用Outgroup，但需输入外元。
2.3 将SHAN或NJoin方法得到的tree file文件输入到Graphics程序组中的tree plot程序中计算
得到树图如下
利用options可以对树图进行描述与处理.在此略去.
2.4 一致性分析：
可以用Clustering中的consens程序进行，两个不同文件分别输入；同一文件中不同的进化树之间的分析，则只输入到input tree1 file即可。
通常多选用MAJRUL方法
2.5 其他数据的聚类方法与此类似，在此不再赘述。