ntsys-pc遗传多样性分析软件使用说明

NTSYS-PC使用说明

1 数据的录入方法：

1.1 利用Ntedit直接录入数据

0、1二元数据中的数据缺失记为2。其中列标可以写为样品编号，在No.rows 栏中写入0、1数据总数，No.cols 栏中写入样品总数。文件另存为*.nts格式。

1.2 从excel表中直接读入数据

Excel表中输入数据格式如下图。A1必须为1，B1为0、1数据总数，C1为样品总数。

打开Ntedit程序，选择从Excel表输入，结果见上图。文件另存为*.Nts格式

1.3 Ntsys-pc可以直接运行*.phy格式的文件（由phylip和phytool产生）

1.4 DNA序列数据Ntsys-PC也可以分析，但好像用的人较少。建议大家使用phylip或者其他的软件。DNA序列数据在Excel 中输入格式如下：

1.5 其他数据的Excel输入如下：

2 聚类分析

Ntsys-pc2.02界面如下：

以下以图中数据为例介绍聚类过程：

2.1 首先用similarity程序组中的SimQual计算形似系数矩阵。Coefficient通常选用SM 或DICE，结果输出到另一文件

2.2 以上步的结果作为input file利用Clustering程序组中的SHAN或者Njoin进行计算，聚类分法选用UPGMA，ties选用FIND，Maximum no. tied trees至少大于样品数。

Njoin程序组界面如下，rooting method可以选用Outgroup，但需输入外元。

2.3 将SHAN或NJoin方法得到的tree file文件输入到Graphics程序组中的tree plot程序中计算

得到树图如下

利用options可以对树图进行描述与处理.在此略去.

2.4 一致性分析：

可以用Clustering中的consens程序进行，两个不同文件分别输入；同一文件中不同的进化树之间的分析，则只输入到input tree1 file即可。通常多选用MAJRUL方法

2.5 其他数据的聚类方法与此类似，在此不再赘述。