Blast
Blast使用方法文库
简介Blast，全称Basic Local Alignment Search Tool，即"基于局部比对算法的搜索工具"，由Altschul等人于1990年发布。
Blast能够实现比较两段核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能，它能够快速的找到两段序列之间的同源序列并对比对区域进行打分以确定同源性的高低。
Blast的运行方式是先用目标序列建数据库（这种数据库称为database，里面的每一条序列称为subject），然后用待查的序列（称为query）在database中搜索，每一条query与database 中的每一条subject都要进行双序列比对，从而得出全部比对结果。
Blast是一个集成的程序包，通过调用不同的比对模块，blast实现了五种可能的序列比对方式：blastp：蛋白序列与蛋白库做比对，直接比对蛋白序列的同源性。
blastx：核酸序列对蛋白库的比对，先将核酸序列翻译成蛋白序列（根据相位可以翻译为6种可能的蛋白序列），然后再与蛋白库做比对。
blastn：核酸序列对核酸库的比对，直接比较核酸序列的同源性。
tblastn：蛋白序列对核酸库的比对，将库中的核酸翻译成蛋白序列，然后进行比对。
tblastx：核酸序列对核酸库在蛋白级别的比对，将库和待查序列都翻译成蛋白序列，然后对蛋白序列进行比对。
Blast提供了核酸和蛋白序列之间所有可能的比对方式，同时具有较快的比对速度和较高的比对精度，因此在常规双序列比对分析中应用最为广泛。
可以毫不夸张的说，blast是做比较基因组学乃至整个生物信息学研究所必须掌握的一种比对工具。
下载NCBI提供免费下载，网址：ftp:///blast/executables/release/，可根据自己得机器选择相应操作系统的版本。
安装直接解压缩包即可。
解压缩命令：zcat *.tar.gz | tar xvf -使用Blast的运行分为两个步骤：第一，建立目标序列的数据库；第二，做blast比对。
Blast使用方法攻略
Blast使⽤⽅法攻略结果12列Query id,Subject id,% identity,alignment length,mismatches,gap openings,q. start,q. end,s. start,s. end,e-value,bit scoreBlast，全称Basic Local Alignment Search Tool，即"基于局部⽐对算法的搜索⼯具"，由Altschul等⼈于1990年发布。
Blast能够实现⽐较两段核酸或者蛋⽩序列之间的同源性的功能，它能够快速的找到两段序列之间的同源序列并对⽐对区域进⾏打分以确定同源性的⾼低。
Blast的运⾏⽅式是先⽤⽬标序列建数据库（这种数据库称为database，⾥⾯的每⼀条序列称为subject），然后⽤待查的序列（称为 query）在database中搜索，每⼀条query与database中的每⼀条subject都要进⾏双序列⽐对，从⽽得出全部⽐对结果。
Blast是⼀个集成的程序包，通过调⽤不同的⽐对模块，blast实现了五种可能的序列⽐对⽅式：blastp：蛋⽩序列与蛋⽩库做⽐对，直接⽐对蛋⽩序列的同源性。
blastx：核酸序列对蛋⽩库的⽐对，先将核酸序列翻译成蛋⽩序列（根据相位可以翻译为6种可能的蛋⽩序列），然后再与蛋⽩库做⽐对。
blastn：核酸序列对核酸库的⽐对，直接⽐较核酸序列的同源性。
tblastn：蛋⽩序列对核酸库的⽐对，将库中的核酸翻译成蛋⽩序列，然后进⾏⽐对。
tblastx：核酸序列对核酸库在蛋⽩级别的⽐对，将库和待查序列都翻译成蛋⽩序列，然后对蛋⽩序列进⾏⽐对。
Blast提供了核酸和蛋⽩序列之间所有可能的⽐对⽅式，同时具有较快的⽐对速度和较⾼的⽐对精度，因此在常规双序列⽐对分析中应⽤最为⼴泛。
可以毫不夸张的说，blast是做⽐较基因组学乃⾄整个⽣物信息学研究所必须掌握的⼀种⽐对⼯具。
BLAST
BLAST
核苷酸比对点击这 蛋白质比对点击这
核苷酸 BLAST
点击这里
核苷酸 BLAST
在此处输入核 苷酸序列
核苷酸 BLAST
还是刚刚的页面，有一些相关选项可以选择（我就保持默认），然后点击最后 的BLAST即可。
结果
核苷酸 BLAST 结果
结果保存三张图片，再加上原来使用的序列即可。
蛋白质 BLAST
点击 protein blast,输入蛋白质序列，blast即可，同样保 持三张图片和蛋白质序列。
作业2
本次作业如下： 至少用2条核苷酸序列和1条蛋白质序列进行BLAST相似性 搜索，结果可视化图像和相关序列拷贝作为作业。
BLAST
1，进入BLAST页面，选择Basic BLAST之下的 nucleotide blast或protein blast。 2，输入相关序列，然后BLAST， 3，保存结果，图片或文本形式。
BLAST
进入/ 在页面最后选择BLAST即可
blast 比对结果 解读
一、介绍blast比对技术blast比对技术是一种广泛应用于生物信息学领域的比对工具，能够对生物序列进行快速的比对和分析。
其基本原理是通过计算目标序列与已知序列的相似性，从而寻找可能的同源序列或者功能相似的序列。
blast比对技术被广泛应用于基因组学、蛋白质组学、转录组学等领域，是解析生物学序列和进行生物信息学分析的重要工具之一。
在进行blast比对分析时，我们通常会得到比对结果文件，下面将介绍如何解读blast比对结果。
二、blast比对结果格式blast比对结果一般以文本文件形式输出，包括多个字段，如query序列ID、subject序列ID、比对得分、相似度等信息。
以下是一个典型的blast比对结果的示例：Query_1 Subject_1 Score_1 Identity_1Query_2 Subject_2 Score_2 Identity_2Query_3 Subject_3 Score_3 Identity_3其中，Query表示查询序列的ID，Subject表示目标序列的ID，Score表示比对得分，Identity表示相似度。
根据这些信息，我们可以对比对结果进行解读和分析。
三、解读比对得分比对得分是比对结果中最重要的指标之一，在blast比对中常使用的得分算法包括bit-score和E-value。
bit-score是描述两条序列之间相似程度的一个数值，数值越大表示两条序列越相似。
E-value是指在随机情况下，得到某个比对得分的概率，E-value越小表示比对结果越显著。
通过分析比对得分，我们可以对比对结果的可靠性和显著性进行评估。
四、分析比对相似度相似度是描述两条序列之间相似程度的指标，通常以百分比形式呈现。
在blast比对结果中，相似度一般指两条序列之间的同义突变和插入缺失事件的比例。
较高的相似度通常说明两条序列具有较高的同源性，反之则说明两条序列差异较大。
通过分析比对相似度，我们可以判断查询序列与目标序列之间的同源关系。
Blast的使用
Blast任务提交表单（三）
3.设置结果输出显示格式 E值范围 选择需要显示的选项 以及显示的文件格式 显示数目 Alignment的显 示方式
筛选结果
其他一些显示格式参数 点击开始搜索
提交任务
返回查询号（request id）
修改完显示格式后点 击进入结果界面
可以修改显示结果格式
结果页面（一）
两个保守区域的 信息 返回
blast简介及其应用
序列相似性比较和序列同源性分析
序列同源性分析： 是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种 的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其它序 列间的同源性大小。这是理论分析方法中最关键的一步。 完成这一工作必须使用多序列比较算法。常用的程序包 有CLUSTAL等； 序列相似性比较： 就是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较， 用于确定该序列的生物属性，也就是找出与此序列相似 的已知序列是什么。完成这一工作只需要使用两两序列 比较算法。常用的程序包有BLAST、FASTA等；
单机版的Blast使用（一）
为什么使用单机版的Blast？ 1.特殊的数据库要求。 2.涉及序列的隐私与价值。 3.批量处理 4.其他原因？？
单机版的Blast使用（二）
单机版Blast的基本操作过程 1.下载单机版的Blast程序 ftp:///blast/executables/ 目录下，下载对应的操作系统版本。 2.解压程序包 Win:双击即可 Linux:解压命令：$ tar zxvf blast.tar.gz
选择搜索数据库 如果接受其他参数默认 设置，点击开始搜索
Blast任务提交表单（二）
2.设置各种参数部分
设置搜索的范围，entrez关键 词，或者选择特定物种
完整word版,BLAST相关术语及参数详解
Alignment: 序列比对。
将两个或多个序列排在一起，以达到最大一致性的过程（对于氨基酸序列是比较它们的保守性），这样可以评估序列间的相似性和同源性。
Algorithm: 算法。
在计算机程序中包含的一种固定过程。
Bit score: 二进制。
二进制值S＇源于统计性质被数量化的打分系统中产生的原始比对分数S。
由于二进制值相对于打分系统已经被标准化，它们常用于比较不同搜索之间的比对分数。
BLOSUM: 模块替换矩阵。
在替换矩阵中，每个位置的打分是在相关蛋白局部比对模块中观察到的替换的频率而获得的。
每个矩阵被修改成一个特殊的进化距离。
例如，在BLOSUM62矩阵中，是使用一致性不超过62%的序列进行配对来获得打分值的。
一致性大于62%的序列在配对时用单个序列表示，以避免过于强调密切相关的家族成员。
Conservation: 保守。
指氨基酸或DNA（普遍性较小）序列某个特殊位置上的改变，并不影响原始序列的物理化学性质。
Domain: 结构域。
蛋白质在折叠时与其他部分相独立的一个不连续的部分，它有着自己独特的功能。
DUST: 一个低复杂性区段过滤程序。
E value: E值。
期望值。
在一个数据库中所搜索到的打分值等于或大于S的不同比对的个数。
E值越低，表明该打分值的显著性越好。
Filtering: 过滤，也叫掩蔽（masking）。
指对那么经常产生乱真的高分数的核苷酸或氨基酸序列区域进行隐藏的过程。
Gap: 空位。
在两条序列比对过程中需要在检测序列或目标序列中引入空位，以表示插入或删除。
为了避免在比对时出现太多的空位，可以在收入空位的同时，从比对的打分值中减去一个固定值（空位值）。
在多余的核苷酸或氨基酸周围引入空位时，也要对比对的打分值进行罚分。
Global Alignment: 整体联配。
对两个核苷酸或蛋白质序列的全长进行的比对。
H: 相对熵值。
目标残基和底物残基频率的相对熵记作H。
H可以衡量某个位置（这个位置可以通过概率来区分比对）上由于偶然因素而得到的平均信息（用字节表示）。
blast比对结果解读
blast比对结果解读Blast比对结果解读需要根据具体情况和数据进行分析和解释。
Blast比对是一种用于序列比对的常用工具，可以将待比对的序列与数据库中的序列进行比较，寻找相似性和相关性。
以下是对Blast比对结果进行解读的常见步骤：1. 比对的参数：首先要了解使用的比对参数，如匹配得分、不匹配惩罚、开放缝隙惩罚和延伸惩罚等。
这些参数将影响比对结果的准确性和可靠性。
2. 比对结果摘要：查看比对结果的摘要信息，通常会包括比对的数据库、比对的序列长度、比对的序列ID和描述、比对的匹配位置和得分等。
这些信息能够初步了解比对的情况。
3. 相似序列：观察比对结果中与待比对序列相似的序列。
这些序列可能是同源序列、同一家族的序列或具有功能关联的序列。
4. 比对位点：检查比对位点的位置和得分，以确定相似序列中的保守区域和变异区域。
保守区域通常是序列中高度保守的功能区域，变异区域可能是序列中的差异或变异。
5. 比对质量：衡量比对的质量和可靠性。
可以检查比对的覆盖度、匹配度、比对得分等指标。
更好的比对结果应具有较高的覆盖度和匹配度，得分也相对较高。
6. 比对统计：可以根据比对结果统计某个序列在数据库中的分布情况，如相对频率、物种分布等。
这些统计信息可以用于揭示该序列的生物学意义和特征。
7. 结果验证：如果有需要，可以进行实验验证或其他的分析（如蛋白质结构预测、进化树构建等）来验证比对结果的准确性和可靠性。
综上所述，对于Blast比对结果的解读需要结合具体的问题和数据进行分析和判断，只有综合考虑多个方面的信息，才能对比对结果有一个全面的理解。
blast应用简介
4、Tblastn ︳Search translated nucleotide database using a protein query
5、 tblastx ︳Search translated nucleotide database using a translated nucleotide query
2、 BLAST的功能
BLAST主要有五个功能：
Basic BLAST （Choose a BLAST program to run.）
1、Nucleotide blast ︳Search a nucleotide database using a nucleotide query
2、protein blast ︳Search protein database using a protein query
Specialized BLAST
Choose a type of specialized search (or database name in parentheses.)
Make specific primers with Primer-BLAST Search trace archives Find conserved domains in your sequence (cds) Find sequences with similar conserved domain architecture (cdart) Search sequences that have gene expression profiles (GEO) Search immunoglobulins (IgBLAST) Search for SNPs (snp) Screen sequence for vector contamination (vecscreen) Align two sequences using BLAST (bl2seq) Search protein or nucleotide targets in PubChem BioAssay
blast是什么
二、BLAST 在生物上的含义BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。
BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。
BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。
BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。
如果您想进一步了解BLAST算法，您可以参考NCBI的BLAST Course ，该页有BLAST算法的介绍。
BLAST的功能BLAST对一条或多条序列(可以是任何形式的序列)在一个或多个核酸或蛋白序列库中进行比对。
BLAST还能发现具有缺口的能比对上的序列。
BLAST是基于Altschul等人在J.Mol.Biol上发表的方法(J.Mol.Biol.215:403-410(1990)),在序列数据库中对查询序列进行同源性比对工作。
从最初的BLAST发展到现在NCBI提供的BLAST2.0,已将有缺口的比对序列也考虑在内了。
BLAST可处理任何数量的序列,包括蛋白序列和核算序列;也可选择多个数据库但数据库必须是同一类型的,即要么都是蛋白数据库要么都是核酸数据库。
所查询的序列和调用的数据库则可以是任何形式的组合,既可以是核酸序列到蛋白库中作查询,也可以是蛋白序列到蛋白库中作查询,反之亦然。
GCG及EMBOSS等软件包中包含有五种BLAST：1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。
库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。
2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。
先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。
3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。
库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。
4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。
与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。
blast引物设计流程
blast引物设计流程BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 引物设计是分子生物学研究中一个非常重要的步骤。
它用于通过比对已知的DNA或RNA序列来选择特定区域的引物，以进行PCR（聚合酶链式反应）、RT-qPCR（逆转录定量聚合酶链式反应）和荧光原位杂交等实验技术。
在本文中，我们将详细介绍设计BLAST 引物的流程。
1.收集目标序列数据：首先，我们需要收集目标序列的数据。
目标序列可以是基因序列、mRNA序列或其他DNA/RNA序列。
这些数据可以从公共数据库（如GenBank）或实验室内部的数据库获得。
2.确定引物长度：下一步是确定引物的长度。
通常，引物的长度在18到25个碱基对之间，相对长度和GC含量对于PCR引物尤为重要。
3.构建BLAST数据库：在设计引物之前，我们需要构建一个BLAST数据库。
选择适当的引物长度和需要比对的目标序列，将这些序列导入数据库中。
BLAST数据库可以通过使用NCBI（National Center for Biotechnology Information）或其他Bioinformatics软件来构建。
4.查询引物序列：使用BLAST软件，将具有已收集的目标序列信息的引物序列输入到BLAST数据库中。
BLAST会在数据库中寻找与引物序列相似的序列。
基于比对结果，可以评估引物的特异性和亲合性。
5.分析BLAST结果：根据BLAST比对的结果，需要对引物进行评估和筛选。
主要考虑以下几个方面：-特异性:引物应该与目标序列非常特异性地结合，而不会与其他非靶DNA或RNA结合。
特异性可以通过比对结果中的E值（期望值）和匹配长度来评估。
-互补性:引物应与目标序列互补，以便正确结合并形成PCR产物。
通过比对结果来评估引物序列与目标序列的互补性。
- 引物结构: 引物应具有适当的物理参数，如长度、GC含量和熔解温度等。
这些特征可以使用Bioinformatics工具来评估和优化。
blast简介及其应用
我们通过blast搜索来获取一些这个序列的信 息。
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具体步骤
1.登陆blast主页 /BLAST/ 2.根据数据类型，选择合适的程序 3.填写表单信息 4.提交任务 5.查看和分析结果
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新旧BLAST的区别
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单机版的Blast使用
获取Blast数据库 a.直接从ncbi下载 ftp:///blast/db/ b.用Blast程序包提供的formatdb工具自 己格 式化序列数据成数据库。 假设有一序列数据（sequence.fa，多序列， fasta格式），欲自己做成Blast数据库，典 型的命令如下：
网络版本 包括NCBI在内的很多网站都提供了在线 的blast服务，这也是我们最经常用到的 blast服务。网络版本的blast服务就有方 便，容易操作，数据库同步更新等优点。 但是缺点是不利于操作大批量的数据，同 时也不能自己定义搜索的数据库。
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两种版本的Blast比较（二）
单机版 单机版的blast可以通过NCBI的ftp站点获得， 有适合不同平台的版本（包括linux，dos 等）。获得程序的同时必须获取相应的数据 库才能在本地进行blast分析。单机版的优点 是可以处理大批的数据，可以自己定义数据 库，但是需要耗费本地机的大量资源，此外 操作也没有网络版直观、方便，需要一定的 计算机操作水平。
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单机版的Blast使用
4.执行Blast比对 获得了单机版的Blast程序，解压开以后， 如果有了相应的数据库（db），那么就 可以开始执行Blast分析了。 单机版的Blast程序包，把基本的blast分 析，包括blastn，blastp，blastx等都整合 到了blastall一个程序里面。
NCBI中Blast种类简介
NCBI中Blast种类简介NCBI中Blast种类简介NCBI中Blast种类简介1． Blast Assembled Genomes在一个选择的物种基因组序列中去搜索。
2．Basic Blast2.1 nucleotide blast--- 用核酸序列到核酸数据库中进行搜索，包括3个程序2.1.1 Blastn----核酸序列（n）到核酸序列数据库中搜索，是一种标准的搜索。
2.1.2 megablast----该程序使用“模糊算法”加快了比较速度,可以用于快速比较两大系列序列。
可以用来搜索一匹ESTs序列和大的cDNA或基因组序列, 适用于由于测序或者其他原因形成的轻微的差别的序列之间的比较2.1.3 discontiguous megablast----与megablast不同的是主要用来比较来自不同物种之间的相似性较低的分歧序列。
2.2 Protein Blast2.2.1 Blastp ---蛋白质序列到蛋白质序列数据库中搜索，是一种标准的搜索。
2.2.2 psi-blast---位点特异迭代BLAST —用蛋白查询来搜索蛋白资料库的一个程式。
所有被BLAST发现的统计有效的对齐被总和起来形成一个多次对齐，从这个对齐，一个位置特异的分值矩阵建立起来。
这个矩阵被用来搜索资料库，以找到额外的显著对齐，这个过程可能被反复迭代一直到没有新的对齐可以被发现。
2.2.3 PHI-BLAST---以常规的表达模型为特别位置进行PSI - BLAST检索,找出和待查询序列具有一样的表达模型且具有同源性的蛋白质序列。
2.3 Translating BLAST2.3.1 blastx----先将待查询的核酸序列按6 种读框翻译成蛋白质序列,然后将翻译出的蛋白质序列与NCBI 蛋白质序列数据库比较。
2.3.2 tblastn-----先将核酸序列数据库中的核酸序列按6 种读框翻译成蛋白质序列,然后将待查询的蛋白质序列与翻译结果进行比较。
2021考研英语：blast的中文词义
2021考研英语：blast的中文词义考研英语有许多题目组成，方便大家及时了解，下面为你精心准备了“2021考研英语：blast的中文词义”，持续关注本站将可以持续获取的考试资讯!2021考研英语：blast的中文词义blast的中文解释及物动词：1.炸掉2.鼓风于…;喷射摩擦物3.使枯萎;摧毁4.吹奏;鸣5.严厉批评;痛斥6.猛力投掷7.吹出，喷发出8.诅咒9.向…射击10.击毙(down)11.【美口】服用(麻醉毒品)不及物动词：1.爆炸2.开枪;轰击3.枯萎4.吼鸣5.猛烈抨击6.疾飞;奔驰7.猛击高尔夫球n.1.一阵(疾风等);狂风暴雨2.(乐器的)吹奏;吹奏声3.送风;排气4.一次用的炸药量;爆炸;冲击波5.枯萎的原因6.猛烈抨击7.【口】猛烈的一击;【棒】安打，本垒打8.【美口】喧嚣的聚会;欢乐9.【医】胚细胞int.(表示厌烦等)该死!词形变化形容词blastic，blasting，blasty名称blaster，blasting时态blasted，blasted，blasting，blasts 英语解释make a strident soundhit harda strong current of aira highly pleasurable or exciting experiencea sudden very loud noisean explosion (as of dynamite)a very long fly ballintense adverse criticismuse explosives on例句an icy blast of wind一阵冰冷的风"Go and tell them to give another blast on the hooter, and make it really long and loud this time!"“你关照他们，再拉一次回声，要长，要响!”The engine spluttered and stopped"Damn and blast"my father exclaimed"The bloody petrol's run out"发动机发出一阵劈啪劈啪的声响，接着就停转了。
blast原理
blast原理blast的原理就是将想要明确注释的sequence（这个sequence就是query）先打断，即⼀条sequence变成多条sub-sequence（sub-sequence也就是word），然后拿这些sub-sequence与数据库中的序列⽐较（数据库中的序列是已经注释过的），然后将这些word向两边延展，延展⽅式是将单个word（就是图中黄⾊的线）对应的sequence（就是图中⿊⾊的线）保持不变，拿其他word的信息mapping到⿊⾊线上。
联系到实际实验就是，我⼿头的pep⽂件中的34条蛋⽩质序列就是34个query(就是黄⾊线)，在blast中，先将这34条序列每⼀条都打断，然后与斑马雀.fa的数据库（就是⿊⾊线）相互匹配，所以得到的结果是某⼀条scaffold（⿊⾊线）与某⼀个gene（黄⾊线）的匹配情况。
⽬的是想知道在某个物种中，某些gene的分布情况。
由此产⽣的gff⽂件中的内容是：1.scaf_id2.gene_name3.scaf_len（整个⼀条sacffold的length）4.sacf_start（可以mapping到这个gene_name的word的起始位点）5.scaf_end（可以mapping到这个gene_name的word的终⽌位点，scaf_start与scaf_end之间的内容包括了exon和intron）6.block_number(是scaf_start与scaf_end之间的gene_name的exon个数)7.block_start(某个block的起始位点，此处可能有多个，如果block_number是3，则有3个block，也就有3个block_start)8.block_end(某个block的终⽌位点，此处可能有多个，如果block_number是3，则有3个block，也就有3个block_end)9.identify(某个block的identify，此处可能有多个，如果block_number是3，则有3个block，也就有3个identify)10.align_rate。
英语重点词汇详解blast
英语重点词汇详解blastblast英[blɑːst]美[blæst]n.爆炸气浪；冲击波；一阵强风；一股强劲的气流；嘟声；吼鸣声；严厉责备；严词训斥；快乐的经历；热闹的聚会v.炸碎；发出响而持续的音乐声；猛力击；猛力踢；使枯萎；摧毁；损坏；该死的；飞驰；炸坏复数：blasts第三人称单数：blasts现在分词：blasting过去式：blasted过去分词：blasted英文释义：n.1. [countable] an explosion or a powerful movement of air caused by an explosion【可数】爆炸或由爆炸引起的强大气流2. [countable] a sudden strong movement of air【可数】空气的突然强烈运动3. [countable] a sudden loud noise, especially one made by a musical instrument that you blow, or by a whistle or a car horn【可数】突然的巨响，尤指由你吹奏的乐器、哨子或汽车喇叭发出的声音4. [countable] (used especially in newspapers) strong criticism【可数】(尤用于报纸)强烈的批评5. [singular] (informal, especially North American English) a very enjoyable experience that is a lot of fun(非正式，尤其是北美英语)非常愉快的经历6. [countable] (North American English, informal) advertising or information that is sent to a large number of people at the same time by email(北美英语，非正式用语)通过电子邮件同时发送给许多人的广告或信息v.1.To kill or destroy by hitting or shooting.摧毁：撞击或射击至死或毁灭2.To have a harmful or destructive effect on.损坏：对…产生伤害或破坏结果3.To cause to shrivel, wither, or mature imperfectly by or as if by blast or blight:枯萎：使枯萎，萎缩或发育不良，由枯萎病或就象由枯萎病所致4.To make or open by or as if by explosion:炸开：用或似乎用*炸开5.To criticize or attack vigorously.猛烈攻击：严厉批评或猛烈攻击6.To use or detonate explosives.使用* 或用* 炸开7.To emit a loud, intense sound; blare:吼叫：发出高声尖响；吼叫：举个例子：1.The blast burst Ollie Williams' eardrum. (13KB)爆炸声震破了奥利·威廉斯的耳鼓2.27 schoolchildren were injured in the blast. (13KB)27名学龄儿童在爆炸中受了伤。
blast方法
blast方法【释义】blastn.爆炸，爆破；冲击波；爆炸声，爆破声；强劲的（气或水）流，疾风；吹奏声，轰鸣；严厉的批评；狂欢，有趣的事；（球队或选手的）猛烈进攻；枪击；<美>（公司、组织等发出的）群发电子邮件v.炸毁，爆破；轰开，炸开（通路）；向……射击，枪击；发出刺耳的高音；严厉批评，痛斥；由爆炸引起；用力踢，猛击；喷射（水流、气流等）；使枯萎；<美，非正式>轻易击败；损坏，摧毁；开，炸开（通路）int.<非正式>该死，讨厌【名】（Blast）（德）布拉斯特（人名）复数blasts第三人称单数blasts现在分词blasting过去式blasted过去分词blasted【短语】1blast furnace冶高炉;炉窑鼓风炉;矿焦槽;爆炸炉2blast wave力冲击波;打击波;力爆炸波;爆炸冲击波3sand blast喷砂处理;喷砂;喷砂器;砂喷4blast off发射升空;升空;爆炸;点火起飞5Blast of Tempest绝园的暴风雨6shot blast喷丸处理;喷砂清理;喷丸;喷净法7Wind Blast西风烈;指秋风烈;烈风吹袭;四大名捕8hot blast热风;预热送风;冶热鼓风9air blast鼓风;爆炸气流;矿业空气冲击;空中爆炸【例句】1The blast burst Ollie Williams'eardrum.爆炸声震破了奥利·威廉斯的耳鼓。
2The blast may have vaporized the meteorite.爆炸可能使陨石汽化了。
327schoolchildren were injured in the blast. 27名学龄儿童在爆炸中受了伤。
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解BLAST（Basic Local Alignment Search Tool ）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。
BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。
BLAST吉果中的得分是对一种对相似性的统计说明。
BLAST采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。
Blast 中常用的程序介绍：1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。
库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。
2、BLAST）是核酸序列到蛋白库中的一种查询。
先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。
3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。
库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。
4、TBLASTI是蛋白序列到核酸库中的一种查询。
与BLAST）相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。
5、TBLAST）是核酸序列到核酸库中的一种查询。
此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36 种比对阵列。
下面是具体操作方法1,进入在线BLAST界面，可以选择blast特定的物种（如人，小鼠，水稻等）, 也可以选择blast 所有的核酸或蛋白序列。
不同的blast 程序上面已经有了介绍。
这里以常用的核酸库作为例子。
BLAST Assembled GenomesChoose a species genome to search, list all 勺BLAST M击B词c BLAST以核昔醱库的BM为例Choose a BLAST prbgram to run.Search a nucleotide database using a nucleotide queryAlgohthm^: blastn, megablast, discontiguous megablastSearch pruteiri database using a protein queryAlgorisms bhstp, psi-blast, phi-blastSearch protein u^irg a translated nudeotide querySearch translated nucleotide database using a protein querySearch translated nucleotide database a translated nucleotide query2,粘贴fasta格式的序列。
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Blast(来自丁香园)BLAST序列相似性检索<zt>＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝Blast是通过比对(alignment)在数据库中寻找和你的查询序列(query)相似度很高的序列!通俗地说就是在已知的序列数据库中找和你的序列差不多的序列。
序列类似性检索就是将新测定的核酸或蛋白质序列对核酸或蛋白质序列数据库进行检索，找出与之相似的序列，从而评判新测定的序列是重复别人的工作，还是在前人的基础上有所创新，或是发现了新的序列。
现在用于序列类似性检索的软件很多，下面主要介绍GenBank的序列类似性检索工具棗BLAST。
1. BLAST简介BLAST是Basic Local Alignment Search Tool的英文缩写，意即碱基局部对准检索工具，是一种序列类似性检索工具。
它采用统计学记分系统，能将真正配对的序列同随机产生的干扰序列区别开来；同时采用启发式算法系统，即采用的是局部对准算法(Local Alignment Algorithm)，而不是全序列对准算法(Global Alignment Algorithm)。
全序列对准算法是在检索结果中两个被比较序列所有片断均类似；而局部对准算法是找出两个被比较序列的“最类似”片断，并得出可能只包含两个序列的某个部分的对准结果。
在BLAST的基础上，NCBI又开发了BLAST 2.0、Gapped BLAST和PSI-BLAST。
BLAST 2.0•是一种新的BLAST检索工具，它对BLAST作了改进，运行速度更快，灵敏度更高，同时具有Gapped BLAST和PSI-BLAST两种软件的新功能。
Gapped BLAST允许在对准的序列中引入空位(•碱基缺失或插入)，引入“空位”(Gaps)意味着在比较两个相关序列时不会出现中断(Break)现象。
这些空位对准的记分系统更能反映相关序列的类似程度。
PSI-BLAST的全称是Position-Specific •Iterated BLAST，意即特殊位置重复BLAST，它提供了自动、易用的概貌(Profile)检索，是查找序列同源(Sequence Homologues)的有效方法。
目前，PSI-BLAST•仅用于比较蛋白质查询序列与蛋白质数据库中的序列的类似程度。
2. 使用NCBI BLAST服务的四种基本方法(1)经由WWW使用的BLAST使用BLAST最容易的方法是WWW方式。
在用户的浏览器中键入NCBI的URL地址：http//，进入NBCI主页，然后链接到BLAST主页。
BLAST•主页提供了好几种BLAST检索软件，包括BLAST、BLAST 2.0、Gapped BLAST和PSI-BLAST等，其中BLAST 和BLAST 2.0提供了基本检索和高级检索两种模式。
(2)网络版的BLASTBLAST2是标准的网络BLAST客户软件，它可以通过NCBI匿名的FTP服务器(ftp://)下的/blast/network/blast2/获取。
PowerBlast是用于大规模分析基因序列的网络BLAST客户应用软件，它可以通过•NCBI•匿名的FPT服务器(ftp://)下的/blast/network/blast2/powerBLAST/获取。
(3)独立运行的BLASTBLAST 2.0可以在本地计算机上独立运行，也可以在自建的序列数据库中进行BLAST检索，•还可以下载NCBI数据库中的记录。
BLAST运行的软硬件环境为IRIX 6.2、Solaris 2.5、•PEC OSF1(第四版)和Win32系统。
可独立运行的BLAST 2.0在NCBI匿名的FTP服务器(ftp://)下的/blast/executables/获取。
(4) 电子邮件的BLAST通过电子邮件对基因库进行BLAST检索。
3. BLAST的检索方法(1) BLAST数据库的选择BLAST检索的数据库包括两大类：一类是肽序列数据库，另一类是核酸序列数据库。
①肽序列数据库包括：nr: 所有无冗余基因库CDS转录产物、PDB、SwissProt以及PIR序列month: 最近30天注释的所有新增的或修订的基因库CDS转录产物、PDB、SwissProt•和PIR 序列。
SwissProt: SwissProt蛋白质序列数据库中最新的主要注释(无更新)序列。
yeast: Yeast(Saccharomyces Cerevisiae)蛋白质序列。
E.coli: E.coli基因CDS转录产物。
pdb: 从Brookhaven蛋白质序列数据和三维结构衍生出来的序列。
Kabat [Kabatpro]: 免疫学上感兴趣的蛋白质序列Kabat数据库。
alu: 从重复序列数据库(REPBASE)选取的Alu重复序列，适用于过滤查询序列中Alu重复序列。
通过匿名FTP从下的/pub/jmc/alu目录中获取。
②核酸序列数据库包括：nr: 所有无冗余的GenBank+EMBL+DDBJ+PDB序列；但不包括EST、STS、GSS或HTGS序列。
month: 最近30天注释的新增加的或修订的GenBank+EMBL+DDBJ+PDB序列dbEST: GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中EST部分的无冗余数据。
dbSTS: GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中STS部分的无冗余数据。
htgs: 高允许能力(High Throughput)基因序列。
yeast: yeast(Saccharomyces Cerevisiae)基因核酸序列。
E.coli: 大肠杆菌(E.coli)基因核酸序列。
pdb: 蛋白质数据库。
Kabat[Kabatnuc]: 免疫学上感兴趣的核酸序列Kabat数据库。
Vector: GenBank载体数据库。
mito: 线粒体序列数据库。
alu: 从重复序列数据库(REPBASE)选取的Alu重复序列，适用于过滤查询序列中Alu重复序列。
通过匿名FTP从下的/pub/jmc/alu目录中获取。
epd: 真核生物的启动子数据库。
gss: 基因搜寻序列，包括单递基因数据、外切核酸酶捕获序列和Alu PCR序列。
(2) BLAST程序的选择BLAST是一种碱基局部对准检索工具，实质上是一种序列类似性检索工具，它运行•blastp•、blastn、blastx、tblastn、•tblastx•等五种程序的启发式检索算法；这五种程序是利用改进的Karlin 和Altschul的统计学方法来描述检索结果的显著性。
这些程序不支持主题形式检索，也就是不支持主题词、自由词、文本词等检索。
下面介绍五种程序的基本功能。
blastp:将待查询的蛋白质序列及其互补序列一起对蛋白质序列数据库进行查询；blastn:将待查询的核酸序列及其互补序列一起对核酸序列数据库进行查询；blastx:先将待查询的核酸序列按六种可读框架（逐个向前三个碱基和逐个向后三个碱基读码）翻译成蛋白质序列，然后将翻译结果对蛋白质序列数据库进行查询；tblastn:先将核酸序列数据库中的核酸序列按六种可读框架翻译成蛋白质序列，然后将待查询的蛋白质序列及其互补序列对其翻译结果进行查询；• tblastx:•先将待查询的核酸序列和核酸序列数据库中的核酸序列按六种可读框架翻译成蛋白质序列，然后再将两种翻译结果从蛋白质水平进行查询。
因此，根据你查询的目的和序列选择合适的blast程序，有助于获得满意的检索结果。
(3) BLAST参数的设置BLAST提供了许多参数可限制你的检索，以达到满意的结果。
对于BLAST基本检索，•系统预设的参数默认值即可满足需要，不需要你重新设定。
但是对于BLAST高级检索，可开窗选择如下几种参数，也可在输入框增加其它参数。
①直方图(Histogram)：显示每次检索评分的直方图。
有yes、no两种选择，默认值为yes②描述(Descriptions)：限定描述性类似序列的条数。
有default、0、10、50、100、250•、500等七种选择，默认值为100。
③对准(Alignments)：限定检出高积分片断配对(High-scoring Segment Pairs,HSPs)的数据库序列的条数，有default、0、10、50、100、250、500等七种选择，默认值为50。
如果检索到的数据库序列超出设定值，BLAST仅显示最具统计学意义的配对序列，直到设定值。
④期望值(Expect,E值)：它是期望数据库中具有某一统计学意义配对序列的值。
有default、0.001、0.01、0.1、1、10、100、1000等选择值，•默认值为•10•，一般地，期望值越低，限制越严格，甚至会导致无随机配对序列。
⑤Cutoff：设定高积分片断配对(HSPs)的Cutoff值。
有default、60、70、80、90、100、110等七种选择值，其默认值一般通过期望值来计算得出。
一般地，Cutoff值越高，其限制就越严格，甚至会导致无随机配对序列。
⑥矩阵(Matrix)：为BLAST、BLASTX、TBLASTN和TBLASTX程序指定一个交替记分矩阵。
其默认值为BLOSUM62，有PAM40、PAM120、PAM250和IDENTITY等四种有效选择。
但交替记分矩阵对BLASTN不起作用。
⑦股(Strand)：把BLASTN检索限定在数据库序列的股的首端或末端；或者把BLASTN、BLASTX、TBLASTX检索限定在查询序列股的首端或末端的机读部分。
•••⑧过滤器•(•Filter)•：过滤器可以过滤查询序列中低成分复杂性•(•Low •Compositional•Complexity)片断。
它只过虑查询序列及其转录产物中的低成分复杂性片断，•不能过虑数据库序列中的低成分复杂性片断。
用户可以在BLAST和BLAST 2.0•的高级检索中选择相应的过滤程序以消除对检索结果的干扰，如不用过滤功能则选择“NONE”。
但是在BLAST和BLAST 2.0•基本检索中，因为，系统对于不同的BLAST程序设定了默认值，例如对于blastn程序，其默认值为“DUST”，对于其他程序，默认值为“SEG”，所以用户只须选择用不用过虑功能，而不必设定过虑程序。
值得注意的是，过滤器中的SEG和XUN程序不能过滤SWISS-PROT数据库中的低复杂性片断，因此，虽然过滤器可以应用于SWISS-PROT数据库序列，但并未起作用。
⑨NCBI-GI：在输出结果中除存取号和位点名称(Locus Name)外，还可以选择NCBI-GI标识号。
有yes 和no两种选择，其默认值为no。
(4) BLAST检索结果BLAST程序用大致相同的格式显示检索结果，它包括四个部分：一是程序的介绍；二是一系列配对数据库序列的描述，从积分高到低排列，一行描述一条序列；三是实际的序列对准；四是检索中设定的参数及其它统计数据。