第三章BLAST
第三章 扁形动物
由外胚层形成的单层表皮和中胚层形成的多层肌肉相互连接，
组成体壁包裹全身，有保护和运动的功能(如图1)
四.消化系统——不完全消化系统(如图)
有口无肛门，包括：口，咽，肠
寄生的种类趋于退化（吸虫纲）或消失（绦虫纲）
五.排泄系统——原肾管(Protonephridinm)
原肾管：在身体两侧由外胚层内陷而成的网状多分枝的管状
▪ （一）.代表动物——猪带绦虫
▪
1.形态特征：体呈扁平带状，全长2—4m ，由头节、颈
▪
节、 节片组成，头节上有小钩（25—
▪
50）和吸盘
▪
▪
▪
(对称着生4个），颈节是生长区，横分裂产生节片；节片
▪
依据生殖器官发育的程度可分为：未成熟节片（宽大于长）
▪
、 成熟节片（长宽相等）、妊娠节片（ 长大于宽）（如图 ）
扁形动物的体制和皮肌囊
梯 状 神 经 系 统
涡虫的实体
涡虫全体
涡虫消化系统模式图
涡虫的纵二分裂和再生
1.头节 2.颈节 3.囊 4.吸盘 5.小钩
囊 虫 病 患 者
猪带绦虫生活史
涡 虫 的 消 化 系 统 和 排 泄 系 统 示 意 图
▪
6.生殖与发育：无性生殖——横二分裂(如图)
▪
有性生殖——雌雄同体 异体受精
▪ （二）.涡虫纲分目：无肠目 单肠目 三肠目 多肠目
二.吸虫纲(Trematoda)
（一）.代表动物——华枝睾吸虫
▪
其成虫寄生在人、猫、狗等吃鱼的哺乳动物的胆管内，可引发肝
▪
吸虫病。于1875年在印度一华桥尸体的胆管内发现，又称华肝蛭
▪ 2.结构：多数器官退化，唯有排泄和生殖器官存在，另有体表多具
第三章 序列比对
第三章序列比对1 序列比对的概念序列比对的定义是：根据特定的计分规则，两个或多个符号序列按位置比较后排列，尽可能反映序列间的相似性，这一过程称为序列比对。
2 序列比对的意义生物信息学形成早期的主要研究内容就是序列比对，而当时序列比对研究的课题主要是生物大分子的进化。
核酸序列与蛋白质序列的突变是经实验证明的生物学现象，而现代生物学认为正是这种生物大分子序列的不断变化形成了生物进化的分子基础。
即在地质年代早期的地球生物中的核酸、蛋白质等序列经过几十亿年的演变后，成为了现今极其多样化的生物大分子序列。
我们并不知道这些分子序列祖先演化的实际过程，但可以找到现存序列的相似性，根据相似性去推导演化的过程。
正是通过序列比对找出序列之间的相似性。
序列比对找到的是相似性，可用这相似性去进行同源性分析。
后文所讲到的分子系统发育分析，就是通过序列比对，再进行聚类分析，然后依据所得结果确定被测分子序列的亲缘关系，构建进化树。
序列比对的一个用途就是用于搜索相似序列。
当你获得一段DNA序列或氨基酸序列后，发现对它一无所知时，可以在核酸序列数据库中搜索关于这一序列的信息，一个有效的方法是采用比对算法在数据库中找到一系列与该序列有相似性的序列，并按相似程度由高到低排列。
现在应用的多个序列搜索软件的本质差异基本上是比对算法的差异，随着数据库规模的扩大，对快速搜索的要求越来越高，而优化比对算法是解决问题的方案之一。
在基因组测序中，序列比对更是有重要作用。
基因组测序一般要将若干个拷贝的长核酸序列打断成有重叠区域的许多小片断，测序仪对小片断进行测序，然后把已知碱基排列顺序的小片断用比对算法找到有重叠区的另外的片断，把它们边接起来还原成原来的长核酸序列，得到长核酸序列的碱基排列顺序。
序列比对还可以寻找序列中的特定位点。
当一个基因的某一位点发生突变时，它与原基因进行比对时就能发现这个位点，这在寻找致病基因时尤为重要。
同时，通过比对，可找出不同序列间一些保守性的区域，它们可能行使重要的功能。
第三章 序列相似性比较
序列比对问题
基因在进化中存在插入/缺失突变，序列比对时应该 将这些考虑这些突变，以便获得到更好的对齐结果。
ATGCATGCATGCATGCATATATATATATATATATGCATGCATGCATGCATGC | | | | | | | | | | | | | || | | | | | | | | | | || | | | | | | | | | | | CGATCGATCGATCGATATATATATATGCATATATATGCATGCATGCATGCAT
等价矩阵 BLAST矩阵 转移矩阵 7 31 6
t= ACACACTGA Alignment-2 s= ACACAC-CA |||||| | t= ACACACTGA
7 31 2
氨基酸计分矩阵
氨基酸计分矩阵 —— 等价矩阵 —— 遗传密码矩阵 —— 疏水矩阵 —— PAM矩阵 —— BLOSUM矩阵
ATGCATGCATGCATGCATATATATATATATATATGCATGCATGCATGCATGC | | | || | | | | | | | | | | | CGATCGATCGATCGATATATATATATGCATATATATGCATGCATGCATGCAT
ATGCATGCATGCATGCATATATATATATATATATGCATGCATGCATGCATGC | | | | | | | | | | | | | || | | | | | | | | | | || | | | | | | | | | | | CGATCGATCGATCGATATATATATATGCATATATATGCATGCATGCATGCAT
CGATCGATCGATCGATATATATATATGCATATATATGCATGCATGCATGCAT
(完整word版)第三章 人体胚胎发育
第三章人体胚胎发育人胚胎在母体子宫中发育经历38周（约266天），可分为三个时期：①从受精到第2周末二胚层且不盘出现为胚前期（preembryohic period）；②从第3周至第8周末为胚期（embryonic period），于此期末，胚（embryo）的各器官、系统与外形发育初具雏形；③从第9周至出生为胎期（fetal period），此期内的胎儿（fetus）逐渐长大，各器官、系统继续发育成形，部分器官出现一定的功能活动。
此外，从第26周胎儿至出生后4周的新生儿发育阶段被称为围产期（perinatal stage）。
此时期的母体与胎儿及新生儿的保健医学称围产医学。
它是近年兴起的一门应用学科。
人体胚胎学总论或称人体早期发生，是指从受精至第八周末的发育时期，即胚前期和胚期。
此时期的胚胎发育变化甚大，并易受内、外环境因素的影响。
人体胚胎学总论的内容包括：生殖细胞和受精，卵裂和胚泡形成，植入和胚层形成，胚体形成和胚层分化，胎膜和胎盘。
本章还简述各期胚胎的外形特征和胚胎龄的推算、多胎和联胎，以及胚胎发育的某些机理。
一、生殖细胞和受精（一）生殖细胞生殖细胞（germ cell）又称起配子（gamete），包括精子和卵子，均为单倍体细胞，即仅有23条染色钵，其中一条是性染色体。
它们的发生概况见图20－1（详见第16、17章）。
图20－1精子与卵子发生1．精子的获能精子中的半数含Y染色体（23，Y），半数含X染色体（23，X）。
射出的精子虽有运动能力，却无穿过卵子周围放射冠和透明带的能力。
这是由于精子头的外表有一层能阻止顶体酶释放的糖蛋白。
精子在子宫和输卵管中运行过程中，该糖蛋白被女性生殖管道分泌物中的酶降解，从而获得受精能力，此现象称获能（capacitation）。
精子在女性生殖管道内的受精能力一般可维持1天。
2．卵子的成熟从卵巢排出的卵子处于第二次成熟分裂的中期，并随输卵管伞的液流进入输卵管，在受精时才完成第二次成熟分裂。
第三章序列比对
生物软件网： /
• 当然，DNAStar、DNAMan等软件也 可以进行比对。
• 载入的序列必须是fasta格式， 存储在记事本（.txt）中。
参数可以选择，或者默 认。
Clustal比对后的结果
3.3 多条序列比对方法
3.3.1 序列对数据库的比对检索分析 3.3.2 多重序列的本地化软件对齐 3.3.3 Clustal比对结果的编辑
Clustal的工作原理
Clustal输入多个序列
快速的序列两两比对，计算序列间的 距离，获得一个距离矩阵。
采用邻接法（NJ）构建一个树（引导树）
根据引导树，渐进比对多个序列。
Clustal的输入输出格式
• 输入序列的格式比较灵活，可以是前面介 绍过的FASTA格式，还可以是PIR、 SWISS-PROT、GDE、Clustal、 GCG/MSF、RSF等格式。
相似性 （similarity）
• 相似性是指序列比对过程中用来描述检测序列和目标序列之间相同 DNA碱基或氨基酸残基顺序所占比例的高低。
• 相似性本身的含义，并不要求与进化起源是否同一，与亲缘关系的 远近、甚至于结构与功能有什么联系。
• 当相似程度高于50%时，比较容易推测检测序列和目标序列可能是 同源序列；而当相似性程度低于20%时，就难以确定或者根本无法 确定其是否具有同源性。
• “Bl2Seq”是NCBI上Blast程序的一部分， 允许两条序列之行局部双序列比对，使 用这个程序执行蛋白质（或DNA序列） 的双序列比对非常容易。
• 网络服务如NCBI的“bl2seq”程序，地址： /Blast.cgi
点！
特殊BLAST
10
20
30
40
50
第三章序列比对
• 遗传密码矩阵
遗传密码矩阵通过计算一个氨基酸变成另一 个氨基酸所需的密码子变化的数目而得到。 通常为1 或 2，只有Met到Tyr为 3。
• 遗传密码矩阵 GCM矩阵
疏水矩阵
R
K
D
E
B
Z
S
N
Q
G
X
T
H
A
C
MP
V
L
I
Y
FWຫໍສະໝຸດ R 10 10• 当相似程度高于50%时，比较容易推测检测序列和目 标序列可能是同源序列；而当相似性程度低于20%时， 就难以确定是否具有同源性。
直系同源和旁系同源
直系同源（orthology）是指不同物种内的同源序列， 它们来源于物种形成时的共同祖先基因。
旁系同源（paralogy）是指同一物种中，由于基因的 复制而产生的几个同源基因。
将核酸序列按6条链 翻译成蛋白质序列 后搜索蛋白质序列 数据库
用检测序列蛋白质 搜索由核酸序列数 据库按6条链翻译成 的蛋白质序列数据 库
将核酸序列按6条链 翻译成蛋白质序列 后搜索由核酸序列 数据库按6条链翻译 成的蛋白质序列数 据库
多结构域蛋白 (H1N1) 的BLAST检索
H1N1聚合酶序列
9
9
8
8
6
6
6
5
5
5
5
5
4
3
3
3
3
3
2
1
0
K 10 10
9
9
8
8
6
6
6
5
5
5
5
5
序列对齐分析ppt课件
点，从而探索导致它们产生共同功能的序列模式 3、蛋白质序列与核酸序列相比 探索核酸序列可能的表达框架；把蛋白质序列与具有
三维结构信息的蛋白质相比，从而获得蛋白质折叠 类型的信息。 4、查询序列与整个数据库的所有序列进行比对 从数据库中获得与其最相似序列的已有的数据
PDB序列，除了EST、STS、 GSS和
0,1,2阶段的HTGS序列
month nr中过去30天的最新序列
dbest 非冗余的Genbank＋EMBL＋DDBJ＋ PDB的EST部分
dbsts 非冗余的Genbank＋EMBL＋DDBJ＋ PDB的STS部分
htgs 未完成的0,1,2阶段的高产量基因组序列 (3阶段完成的HTG序列在nr库里)
pdb
PDB结构数据库中的蛋白质序列
yeast 酵母基因组中编码的全部蛋白质
E.coli 大肠杆菌基因组中编码的全部蛋白质
Kabat Kabat的免疫学相关蛋白质序列
alu
由REPBASE中的Alu重复序列翻译而来，用来遮
蔽查询序列中的重复片段
7
BLAST的核酸数据库
数据库 简 述
nr
非冗余的GenBank＋EMBL＋DDBJ＋
10
NCBI的BLAST网址是： /BLAST/
11
第二节 多序列比对
一、概念 多序列比对：把两条以上可能有系统进化关系的
序列进行比对的方法。 进行多序列比对后可以对比对结果进行进一步处
理，例如构建序列模式的profile，将序列聚类 构建分子进化树等等。 二、软件 目前使用最广泛的多序列比对程序是 CLUSTALW(它的PC版本是CLUSTALX)。
生物信息学 第三章：序列比对原理
blastx Search protein database using a translated nucleotide query tblastn Search translated nucleotide database using a protein query
tblastx
Search translated nucleotide database using a translated nucleotide query
一、序列比对打分
序列分析的目的是揭示核苷酸或氨基酸序列编码的 高级结构或功能信息目的。
二、打分矩阵
稀疏矩阵、相似性打分矩阵
（一）DNA打分矩阵
即两个序列中相应的核苷酸相同，计1分；否则计0分。 如果考虑颠换和置换，可采用以下打分矩阵
（二） 氨基酸序列打分矩阵
1.PAM矩阵（Dayhoff突变数据矩阵）
（二）直系同源、旁系同源
直系同源基因（orthologous gene）是指在不同物种 中有相同功能的同源基因，它是在物种形成过程中 形成的。
旁系同源基因（paralogous gene）是指一个物种内 的同源基因。
直系同源基因和旁系同源基因统称为同源基因 （homolog）。
第二节 序列比对打分方法
ClustalX的比对步骤: 1.加载要比对的序列文件 序列格式可以支持NBRF/PIR、EMBL/Swiss-Ppot、 FASTA、GDE、Clustal、MSF、RSF等。
2.多序列比对
3.比对结果输出
（二）T-Coffee工具 （三）MultAlin工具 （四）MAFFT工具
比对结果
（二）高级BLAST工具 1、PSI-BLAST（position specific interated BLAST）
口腔医学专业英语
鼻凹 nasal pit鼻板 nasal placode鼻腭管 naso-palatal canal鼻鳍 nasal fin侧腭突 lateral palatal process ，也称继发腭( second palate )，腭突( palatine shelf )第一鳃弓软骨 Meckel's cartilage 额鼻突frontonasal process 腭裂 cleft palate分叉舌 bifid tongue ，也称舌裂( cleft tongue ， split tongue )颌裂 cleft jaw继发腭 secondary palate颊咽膜 orapharyngeal membrane 甲状舌管 thyroglossal duct 界沟 sulcus terminalis 颈窦 cervical sinus 口凹 oral pit 口咽膜 orapharyngeal membrane 拉特克囊 Rathke's pouch ，也称神经颊囊( craniobuccal pouch )，颅颊囊( craniopharyngeal pouch )联合 merge 联合突 copula 面裂 facial cleft 模式发育 patterning 奇结节 tuberculum impar 前腭突 median palatine process 前脑单脑室畸形 Holoprosencephaly 切牙管incisive canal 球状突 globular process 融合 fuse 鳃弓 branchial arch 鳃沟 branchial groove 上颌突 maxillary process 舌盲孔foramen cecum神经节原基 ganglionic placode施万细胞 Schwann 细胞为神经鞘膜细胞外间充质 ectomesenchyme 也称外胚间叶，系来自于神经嵴外胚层的结缔组织的总称维甲酸综合征 retinoic acid syndrome (RAS,妊娠早期服用过量13-顺-维甲酸引起的发育异常下颌软骨 Meckel's cartilage嗅板 olfactory placode嗅窝 nasal pit咽囊 pharyngeal pouch 也称鳃囊原发腭 primary palate原口 stomadeum中鼻突 medial nasal process主动脉的 conotruncal第二章牙的发育氨基葡萄糖 glycosaminoglycans成牙本质细胞 odontoblast成釉蛋白 ameloblastin成釉器 enamel organ成釉细胞 ameloblast分泌型成牙本质细胞 secretoryodontoblast赫特威上皮根鞘 Hertwing epithelialroot sheath基质小泡 matrix vesicle颈环 cervical loop静止型成牙本质细胞 resting odontoblast蕾状期 bud stage连接复合体 junctional complex 马拉瑟上皮剩余 Malassez epithelial rest帽状期 cap stage萌出 eruption非胶原蛋白 non-collagenous protein 内釉上皮层 inner enamal epithelium 前成牙本质细胞 preodontoblast 前期牙本质 predentin缩余釉上皮 reduced dentalepithelium托姆斯突 Tomes processe脱落 shedding 交替外釉上皮层 outer enamal epithelium星网状层 stellate reticulum牙板dental lamina牙囊dental sac牙乳头 dental papilla引导管 gubernacular canal釉丛蛋白 tuftelin釉结enamel k not釉龛enamelniche釉索enamel c ord釉质形成 amelogenesis原发性上皮带 primary epithelialband罩牙本质 mantle dentin中间层 stratum intermedium终棒 terminal web钟状期 bell stage第三章牙体组织玻璃粘连蛋白 vitronectin ，细胞外粘附蛋白，副纤维粘连蛋白成纤维细胞 fibroblast成牙本质细胞 odontoblast 成牙本质细胞突起 odontoblastic process ，也称 "Tomes'fiber"成牙本质细胞突周间隙periodontoblastic space成釉蛋白 ameloblastin穿通纤维 perforating fiber蛋白酶 proteinases第一章口腔颌面部发育神经嵴 neural crest NSPs第三期牙本质 tertiary dentin 芮氏线 lines of Retzius ，釉质生长线修复性牙本质 reparative dentin多细胞层 cell-rich zone 沙比纤维 Sharpey's fiber ，穿通纤维牙本质 dentin乏细胞层 cell-free zone, the zone of 神经壁层 parietal layer of nerves ，牙本质磷蛋白 dentin phosphophoryn ；Weil ， Weil 层Raschkow 丛dentin phosphoproteins ， DPP反应性牙本质 reaction dentin 神经传导学说 direct innervation 牙本质生长线 von Ebner 1ine反转线 reversal line theory 牙本质涎蛋白 dentin sialoprotein ，非釉原蛋白 non-amelogenins 生长激素抑制素 somatostatin DSP缝隙连接 gap junction 生长线 incremental lines ，同芮氏线牙本质涎磷蛋白 dentin骨钙素 osteocalcin 施雷格线 Schreger line sialophosphoproteins骨连接素 osteonectin 树突状细胞 dendritic cells 牙本质小管 dentinal tubule骨桥蛋白 osteopontin 双糖链蛋白聚糖 biglycan 牙本质牙骨质界 dentino-cemental骨样牙本质 osteodentin 丝氨酸蛋白酶 serine proteinases junction固有牙髓 pulp proper （ kallikrein-4 ）牙骨质 cementum管间牙本质 intratubular dentin 死区 dead tract 牙骨质生长因子 cementum growth管周牙本质 peritubular dentin 髓核 pulp core factor核心蛋白聚糖 decorin 髓周牙本质 circumpulpal dentin 牙骨质粘附蛋白 cementum adhesion 横纹 cross striations 糖胺聚糖 glycosaminoglycans protein基质金属蛋白酶 20 matrix 透明层 hyaline layer 牙面平行线 perikymata ，也称釉面横纹metalloproteinases 20 ， MMP20 透明牙本质 sclerotic dentin 牙髓 dental pulp继发性牙本质 secondary dentin ，牙发透明牙本质 transparent dentin 牙髓牙本质复合体 pulpo-dentinal育完成之后形成的牙本质托姆斯颗粒层 Tomes' granular layer complex腱蛋白 tenascin 托姆斯突凹 Tomes processes pit ， TPP 牙釉质 enamel绞釉 gnarled enamel 微孔 micropore 牙釉质溶解蛋白 enamelysin紧密连接 tight junction 未分化间充质细胞 undifferentiated 牙釉质牙本质界 enamel-dentinal科尔夫纤维 Korff's fiber, 最先形成mesenchymal cell junction （ EDJ）的牙本质纤维无细胞固有纤维牙骨质 acellular 牙釉质牙骨质界 enamelo-cemental类牙骨质 cementoid intrinsic fiber cementum, AIFC junction流体动力学说 hydrodynamic theory 无细胞外源性纤维牙骨质 acellular 油炸圈样 appearance of doughnut磨损 abrasion, attrition extrinsic fiber cementum, AEFC 有细胞固有纤维牙骨质 cellular纳米球 nanospheres 无细胞无纤维牙骨质 acellular intrinsic fiber cementum, CIFC耐龋潜能 cariostatic potential afibrillar cementum, AAC 有细胞混合性分层牙骨质 cellular脑啡肽 enkephalin 无细胞牙骨质 acellular cementum mixed stratified cementum, CMSC诺伊曼鞘 Neumann sheath 无釉柱牙釉质 rodless enamel 釉板 enamel lamellae欧文线 Owen line （加重的牙本质生长细胞牙骨质 cellular cementum 釉丛 enamel tufts线），也称 "contour line of Owen" 纤维粘连蛋白 fibronectin 釉丛蛋白 tuftelin前期牙本质 predentin 限制板 lamina limitans 釉蛋白 enamelin桥粒 desmosome 楔状缺损 wedge shaped defect 釉帽 enamel cap球间牙本质 interglobular dentin 新生线 neonatal line 釉面横纹 perikymata ，也称牙面平行线釉梭 enamel spindle釉小皮 enamel cuticle釉牙本质界 enamel-dentinal junction （EDJ）釉原蛋白 amelogenins釉柱 enamel rod釉柱鞘 enamel rod sheath原发性牙本质 primary dentin ，牙发育时期形成的牙本质原胶原 tropocollagen灶性孔 focal hole, FH罩牙本质 mantle dentin中间连接 intermediate junction 中间牙骨质intermediate cementum 重塑 remodeling 转导学说 transduction theory组织细胞 histiocyte第四章牙周组织不成熟的弹力纤维 oxytalan fibers弹力纤维 elastin fibers点彩 stippling凋亡 apoptosis附着龈 attached gingiva根尖组 apical group根间组 interradicular group固有牙槽骨 alveolar bone proper环行组 circular group结合上皮 junctional epithelium束骨 bundle bone水平组 horizontal group斜行组 oblique group牙槽骨 alveolar bone牙槽嵴组 alveolar crest group牙槽突 alveolar process牙槽龈组 alveologingival group牙骨膜组 dentoperiosteal group牙间乳头 interdental papilla牙龈 gingiva牙龈结合 dentogingival junction 牙龈上皮gingval epithelium 第六章涎腺半月板 demilune 胞吐 exocytosis 杯状细胞 goblet cell 储备细胞 reserve cell锇酸 osmic acid 分泌单位 secretoryunit 分泌管 secretory duct 富脯氨酸蛋白 proline-rich protein 富酪氨酸蛋白tyrosine-rich protein 干细胞 stem cell高血糖素样蛋白 glucogon-like protein颌下腺 submandibular gland 混合性腺泡 mixed acinus 肌动蛋白 actin 肌球蛋白 myosin 肌上皮细胞 myoepithelialcell 肌微丝 myofilament 浆液性腺泡serous acinus 浆粘液细胞 seromucouscell 晶样体 crystalloid 局浆分泌merocrine 抗蛋白溶解蛋白antiproteolytic protein篮细胞 basket cell 连接复合体junctional complex 酶原颗粒zymogen granule 排泄管 excretoryduct 粘多糖 mucin 粘液性腺泡mucous acinus 全浆分泌holocrine-type secretion 乳铁蛋白lactoferrin 闰管 intercalated duct 腮腺 parotid gland腮腺导管 Stensen duct腮腺素 parotin舌下腺 sublingual gland舍格伦综合征 Sj?gren syndrome肾素 rennin嗜酸粒细胞瘤 oncocytoma嗜酸细胞 oncocyte嗜酸性腺瘤 oxiphilic adenoma唾液 saliva唾液腺 salivary gland味觉素 gustin纹管 striated duct涎液素 ptyatin腺泡 acinus小涎腺 minor salivary gland 原始多潜能涎腺导管细胞 primitive pluripotential salivaryduct cells致密小体 dense body组氨酸 histidine第七章颞下颌关节多细胞带 cellularrich zone钙化软骨带 zone of calcifiedcartilage关节囊 capsule关节盘 disc滑膜 synovial membrane髁突 condyle颞下颌关节 temporo-mandibular joinTMJ纤维软骨带 fibrocartilaginous zone 纤维性关节表面带 fibrous articular surface第八章牙发育异常II 型牙本质结构不良 dentin dysplasia typeII ，冠部牙本质结构不良I 型牙本质结构不良 dentin dysplasiatype I 四环素牙 tetracycline stained teeth 遗传性乳光牙本质 hereditary白兰地型 brandywine isolate ，牙本质锁骨颅骨发育不全征 cleidocranial opalescent dentin形成缺陷的一种dysplasia ；也有称锁骨头颅发育不良阴影牙 ghost teeth ，区域性牙发育不斑釉 mottled enamel 胎生牙 natal teeth ，出生时即已萌出良半面过度增生 hemifacial hyperplasia 的牙鹰爪尖 talon cusp成熟不全型 hypomatuaration type 特纳牙 Turner's teeth ，与乳牙有关的釉珠 enamel pearl低磷酸酯酶症 hypophosphatasia 感染或创伤引起继生恒牙成釉细胞的损伤，远中磨牙 distomolar多生牙 hyperdontia; supernumerary 导致继生恒牙牙釉质形成不全或矿化不全早萌 premature eruptionteeth 弯曲牙 dilacerations 正中牙 mesiodens非氟性牙釉质浑浊症 non-fluoride 无牙 adontiaenamel opacities 先天性梅毒牙 congenital syphilis 第九章龋病氟牙症 dental fluorosis 小牙 microdontia 暗层 dark zone附加牙 supplemental teeth 新生牙 noenatal teeth ，出生后 30 天变形链球菌 mutans streptococci; S.副磨牙 paramolar 内萌出的牙mutans钙化不全型 hypocalcified type 形成不全型 hypoplastic type 表层 surface zone过早脱落 premature loss 雪帽型 snow-capped 病损体部 body of the lesion畸形舌侧尖 lingual cusp deformity 牙本质基质蛋白 1 dentin matrix 蛋白溶解－螯合学说畸形舌侧窝 lingual fossa deformity protein 1, DMP1 proteolysis-chelation theory畸形中央尖 central cusp deformity 牙本质结构不良 dentin dysplasia 蛋白溶解学说 proteolytic theory结合牙 concrescence 牙本质涎蛋白 dentin sialoprotein, 发酵乳杆菌 L. fermentus巨牙 macrodontia DSP 放线菌属 actinomyces壳状牙 shell-teeth 牙本质形成缺陷症 II 型干酪乳杆菌 L. casei矿化不全型 hypomineralized type dentinogenesis imperfecta type II 根龋 root caries牛牙症 taurodontism 牙变色 discoloration of teeth 化学寄生学说 chemico-parasitic前牙的牙外突 dens evaginatus of 牙骨质发育不全 hypocementosis theoryanterior teeth 牙骨质过度增生 hypercementosis 化学细菌学说 chemico-bacterial区域性牙发育不良 regional 牙内陷 dens invaginatus theoryodontodysplasia ，阴影牙牙釉质混浊症 enamel opacities 坏死崩解层 zone of destruction融合牙 fusion 牙釉质矿化不全 hypomineralized 获得性薄膜 acquired pellicle ，唾液乳牙滞留 persistence of deciduous enamel 薄膜teeth 牙釉质形成不全 enamel hypoplasia 急性龋 acute caries桑椹牙 mulberry molar 牙釉质形成缺陷症 amelogenesis 静止性龋 arrested caries少汗外胚层发育不良 hypohidrotic imperfecta 菌斑 bacterial plaqueectodermal dysplasia 牙釉质延伸 cervical enamel 慢性龋 chronic caries少牙 hypodontia extension 猛性龋 rampant caries双生牙 gemination 牙中牙 dens in dente 内氏放线菌 A. naeslundii水流围绕圆石 water streaming round 牙阻生 impaction of teeth 平滑面龋 smooth surface caries bouldings ，根部牙本质结构不良的表现延迟萌出 retarded eruption 轻链球菌 S. mitis乳杆菌属Lactobacilli 三联因素学说three primary factorsTNFdegeneration of the 急性化脓性牙髓炎pulpitis 急性浆液性牙髓炎pulpitis 急性牙髓炎可复性牙髓炎odontoblastic layer acute supurativeacute serousacute pulpitisreversible pulpitis periodontitis急性牙槽脓肿磷脂壁酸acute alveolar abscesslipoteichoic acids慢性闭锁性牙髓炎pulpitis 慢性溃疡型牙髓炎chronic closedchronic ulcerative慢性根尖脓肿abscess慢性根尖周炎periodontitis慢性牙槽脓肿abscess肽葡聚糖chronic periapicalchronic periapicalchonic alveolarpeplidoglyansnon-plaque-induced gingival lesions非炎症性noninflammatory奋森龈炎Vincent gingivitis福赛类杆菌Bcteroides forsythus ，Bf共聚coaggregation骨内袋intrabony pocket骨上袋supragingival pocket护骨因子osteoprotegerin,OPG坏死性牙周病necrotizingperiodontal diseases慢性增生性牙髓炎 chronichyperplastic pulpitistheory嗜酸乳杆菌 L. acidophilus酸原学说 acidogenic theory透明层 translucent zone ，硬化层脱矿层 zone of demineralization 唾液薄膜salivary pellicle ，获得性薄膜窝沟龋 pit and fissure caries细菌侵入层 zone of bacterial invasion血链球菌 S. sanguis牙本质龋 dentin caries牙骨质龋 cementum caries牙釉质龋 enamel caries远缘链球菌 S. sobrinus粘性放线菌 A. viscosus逆行性牙髓炎 retrograde pulpitis前列腺素prostaglandins ， PGs特发性吸收idiopathicresorption牙内吸收internal toothresorption牙髓变性pulp degeneration牙髓充血pulp hyperemia牙髓钙化pulp calcification牙髓坏疽pulp gangrene牙髓坏死pulp necrosis牙髓渐进性坏死 necrobiosis牙髓网状萎缩 reticular atrophy ofthe pulp牙髓纤维性变 pulp fibrosis 牙髓炎pulpitis牙体吸收 tooth resorption 牙外吸收external tooth resorption 转化生长因子 transfer growth第十二章牙周组织病白细胞介素 interleuk ins,IL白血病性龈增大 gingival enlargementassociated with leukemia伴白血病性龈炎 gingivitis withleukemia伴有牙髓病变的牙周炎 periodontitisassociated with endodontic lesions边缘性龈炎 marginal gingivitis变性 degeneration病损确立期 established lesion剥脱性龈病损 desquamative lesion ofgingival创伤 trauma创伤性咬合 traumatic occlusion蛋白酶 proteinases发育性或获得性异常及其状况第十章牙髓病白三烯 leukotrienes ， LTs 白细胞介素 interleukin不可逆性牙髓炎 irreversible pulpitis残髓炎 residual pulpitis成牙本质细胞层空泡变性 vacuolarfactor,TGF第十一章根尖周炎蜂窝织炎 cellulitis 根尖肉芽肿periapical granuloma 根尖周炎periapical periodontitis 急性根尖周炎acute periapical developmental oracquired deformities and conditions反应全身疾病的牙周炎 periodontitis as amanifestation of systemic diseases放线共生放线杆菌 Actinobacillus actinomycetem comitans ， Aa 非菌斑性牙龈病损metalloprotinases ，MMP hyperplasia 龈沟液gingival crevicular激素性龈炎 steroidhormone-influenced gingivitis急性坏死性溃疡性龈炎 acutenecrotizing ulcerative gingivitis急性坏死性龈炎acute necrotizinggingivitis继发性咬合创伤secondary occlusal trauma家族性龈纤维瘤病congenital familial fibromatosis浆细胞龈炎 plasma cell gingivitis 胶原酶collagenase金属蛋白酶 metalloproteinases 进展期advanced lesion聚集 aggregation菌毛 fimbriae老年性萎缩 senile atrophy 硫酸软骨素酶chondrosulphatase 慢性牙周炎 chronic periodontitis 慢性龈炎 chronic gingivitis 密螺旋体属 Treponema 破骨细胞分化因子osteoclastdifferentation factor,ODF前列腺素 E2 prostglandinE2 ， PGE2侵袭性牙周炎 aggressiveperiodontitis青春期龈炎 pubertal gingivitis人类白细胞抗原 human leucocyte antigen,HLA妊娠期龈炎 pregnancy gingivitis始发期 initial stage嗜麦芽糖密螺旋体 T. maltophilum梭螺菌龈炎 fusospirochetalgingivitis特发性浆细胞龈口炎 idiopathic plasma-cell gingivostomatitis特发性龈增生 idiopathic gingival透明质酸酶 hyaluronidase唾液粘蛋白 mucin维生素 C 缺乏性龈炎 vitamin Cdeficeint gingivitis萎缩 atrophy细胞因子 cytokine细胞粘附分子 cellular adhesion molecules ， CAM细菌性生物膜 dental pla que biofilm 先天性家族性纤维瘤病 congenital familialfibromatosis牙槽骨弥漫性萎缩diffuse atrophyofalveolar bone牙菌斑性牙龈病 dental plaque-inducedgingival disease牙龈病 gingival diseases 牙龈卟啉单胞菌 Porphyromonas gingivalis ，牙龈二氧化碳嗜纤维菌Cap nogingivalis牙龈乳头炎 papillary gingivitis牙龈退缩 gingival recession 牙周变性periodontal degeneration 牙周病periodontal disease 牙周脓肿 abcessesof the periodontium牙周炎 periodontitis牙周症 periodontosis炎症 inflammation咬合创伤 occlusal trauma 药物性龈炎medication-influenced gingivitis遗传性牙龈纤维瘤病 hereditarygingival fibromatosis遗传性龈增生 hereditary gingivalhyperplasia龈袋 gingival pocketfluid,GCF龈裂 gingival cleft; Stillman'Scleft龈增生 gingival hyperplasia营养不良 dystrophy营养不良性 dystrophic早老性萎缩 presenile atrophy早期病变 early lesion粘附 adhesion粘性放线菌 Actinomyces viscosus ， Av战壕口炎 trench mouth脂多糖 lipopolysaccharedes ， LPS中间密螺旋体中性多形核白细胞 polymorphonuclearleukocytes,PMN肿瘤 neoplasia肿瘤坏死因子-a tumor necrosisfactor- a, TNF-a组织金属蛋白酶的抑制剂 tissueinhibitors of metalloproteinase ， TIMP第十三章口腔粘膜病艾滋病 AIDS白斑 leukoplakia白塞综合征 Behcet syndrome白色海绵状斑痣 white sponge nevus白色念珠状菌 candida albicans白色水肿 leukoedema白皱折病 white folded disease斑 macule扁平苔藓 lichen planus,LP程序化细胞死亡 programmed cell death大疱 bulla单纯性疱疹 herpes simplex地图舌 geographic tongue淀粉样变性 amyloidosis多形渗出性红斑 erythema multiforme lymphoma 天疱疮细胞 Tzanck cellexsudativum 口腔毛状白斑 oral hairy 网状变性 reticular degeneration非典型性 atypia leukoplakia , OHL 韦格内肉芽肿Wegenergranulomatosis非霍奇金淋巴瘤 non-Hodgkin lymphoma 口腔念珠菌病 oral candidiasis 萎缩 atrophy复发性阿弗他口炎 recurrent aphthous 口腔粘膜下纤维化oral submucous 细胞凋亡 cell apoptosisstomatitis,RAS fibrosis 腺性唇炎 cheilitis glandularis复发性阿弗他溃疡 recurrent aphthous 溃疡 ulcer 肖曼小体 Schauann bodies ,多核巨细ulcer ， RAU 类天疱疮样扁平苔藓lichen Planus 胞内的包涵体复发性坏死性粘膜腺周围炎Pemphigoides,LPP 眼、口、生殖器三联综合征periadenitis mucosa necrotica 良性游走性舌炎 benign migratory oculo-oral-genital syndrome recurrens ， PMNR glossitis 增殖性红斑 erythroplasia过度不全角化 hyperparakeratosis 良性粘膜类天疱疮benign mucous 粘膜良性淋巴组织增生病benign过度角化 hyperkeratosis membrane pemphigoid lymphoadenosis of mucosa过度正角化 hyperorthokeratosis 硫黄素 T thioflavine T 周缘扩展现象 Nikolsky 征海绵形成 spongiosis 慢性盘状红斑狼疮chronic discoid红斑 erythroplakia lupus erythematosus 第十四章颌骨疾病红色增殖性病变 erythroplastic 梅一罗综合征 Melkersson-Rosenthal 板层骨 lamellar bonelesion syndrome 表皮树突状细胞 dermal dendrocyte获得性免疫缺陷综合征 acquired 糜烂 erosion 伯基特淋巴瘤 Burkitt's lymphoma immunodeficiency syndrome, AIDS ，艾滋念珠菌病 candidiasis 不确定细胞 indeterminate cell病疱 vesicle 成软骨细胞瘤 chondroblastoma基底细胞空泡性变及液化 vaculation 疱疹性口炎 herpetic stomatitis 虫蚀状 moth-eaten appearanceand liquefaction of hasal cell 气球变性 ballooning degeneration 出血性骨囊肿 hemorrhagic bone cyst棘层松解 acantholysis 桥粒芯胶粘蛋白 desmocollins 穿凿性吸收 tunneling resorption or棘层增生 acanthosis 桥粒芯糖蛋白 desmogleins dissecting resorption痂 crusts 丘疹 papule 穿凿样 punched-out appearance假膜 pseudomembra ne,伪膜区域剥脱性舌炎 glossitis areata 单纯性骨囊肿 simple bone cyst间杂型红斑 interspersed exfoliativa 单骨性骨纤维异常增殖症monostotic erythroplakia 人免疫缺陷病毒 human bibrous dysplasia 也称单骨性骨纤维结构胶样小体 colloid body , Civatte 小体immunodeficiency virus , HIV 不良角化不良 dyskeratosis 肉芽肿性唇炎 cheilitis 单核基质细胞 mononucleate stromal结节病 sarcoidosis granulomatosa cell均质型红斑 homogenous erythroplakia 上皮萎缩 epithelial atrophy 单核巨噬细胞系统mononuclear皲裂 rhagade 上皮异常增生 epithelial dysplasia phagocyte system抗核抗体 antinuclear antibody , ANA 舌乳头炎 lingual papillitis 动脉瘤性骨囊肿 aneurysmal bone cyst 颗粒型红斑 granular erythroplakia 嗜碱性变性 basophilic degeneration 多发性骨髓瘤 multiple myeloma口腔 Kaposi 肉瘤 oral Kaposi sarcoma 噬黑色素细胞 melanophages 多发性软骨瘤病 multiple口腔非霍其金淋巴瘤oral non-Hodgkin 天疱疮 pemphigus chondromatosis多骨性骨纤维异常增殖症 polyostotic 汉- 许- 克病Langerhans cell histiocytosis ，同郎格fibrous dysplasia 也称多骨性骨纤维结构Hand-Schiiller-Christian disease 汉斯细胞病( Langerhans cell disease )不良颌骨放线菌病 actinomycosis of jaws 朗汉斯巨细胞 Langhans giant cell恶性成骨细胞瘤 malignant 颌骨骨髓炎 osteomyelitis of jaws 勒-雪病 Letterer-Siwe disease osteoblastoma 颌骨结核 tuberculosis of jaws 良性成骨细胞瘤 benign oseoblastoma 腭隆突 torus palatinus 颌骨巨细胞病变 giant cell granuloma 淋巴结的交错突细胞 interdigitating放射性骨坏死 osteoradionecrosis 颌骨梅毒 syphilis of jaws dendritic cell非钙化骨样组织 unmineralized 弧立性骨髓瘤 solitary myeloma 硫磺颗粒 sulfur granuleosteoid 化牙骨质纤维瘤 cementifying fibroma 滤泡树枝状细胞 follicular dendritic富巨细胞性病变 giant cell rich 急性化脓性颌骨骨髓炎 acute celllesion suppurative osteomyelitis of jaws 慢性非化脓性硬化性骨炎Garr G s钙化骨 mineralized bone 继发软骨 secondary cartilage chronic nonsuppurative sclerosing孤立性骨囊肿 solitary bone cyst 继发性甲状旁腺功能亢进 secondary ostitis Garre骨化性骨膜炎 periostitis ossificans hyperparathyroidism 慢性骨髓炎伴增生性骨膜炎chronic 骨化性纤维瘤 ossifying fibroma 家族性颌骨多囊性病 familial osteomyelitis with proliferative骨巨细胞瘤 giant cell tumor of bone，mulitilocular cystic disease of jaws periostitisGCT 家族性颌骨纤维异常增殖症 familial 慢性化脓性颌骨骨髓炎chronic骨壳 involucrum fibrous dysplasia of the jaws suppurative osteomyelitis of jaws骨瘤 osteoma 家族性巨颌症 cherubism 慢性局灶性硬化性颌骨骨髓炎chronic 骨膜骨肉瘤 periosteal osteosarcoma 甲状旁腺功能亢进focal sclerosing osteomyelitis of jaws骨膜下骨吸收 subperiosteal bone Hyperparathyroidism 慢性弥漫性硬化性颌骨骨髓炎chronic resorption 假囊肿 pseudocyst diffuse sclerosing osteomyelitis of骨旁骨肉瘤 paraosteal osteosarcoma 间叶型软骨肉瘤 mesenchymal jaws骨肉瘤 osteosarcoma chondrosarcoma 慢性硬化性颌骨骨髓炎chronic骨软骨瘤 osteochondroma 浆细胞瘤 plasmacytoma sclerosing osteomyelitis of jaws骨软骨性外生骨疣结核性颌骨骨髓炎 tuberculous 磨砂玻璃样 groundglass appearance osteocartilaginous exostosis osteomyelitis of jaws 内生型软骨瘤 enchondroma骨髓瘤 myeloma 静止性骨腔 static bone cavity 破骨细胞瘤 osteoclastoma骨外骨肉瘤 extraosseous 巨大型骨样骨瘤 giant osteoid 侵袭性成骨细胞瘤aggressive osteosarcoma osteoma osteoblastoma骨外型软骨肉瘤 extraosseous 巨细胞肉芽肿 giant cell lesions of 侵袭性骨化性纤维瘤aggressive chondrosarcoma the jaws ossifying fibroma骨纤维结构不良 fibrous dysplasia of 巨细胞修复性肉芽肿 giant cell 青少年骨化性纤维瘤juvenilebone 也称骨纤维异常增殖症reparative granuloma ossifying fibroma骨小梁周围纤维化 peritrabecular 郎格汉斯细胞病 Langerhans cell 日光放射状（影像） sun-rayfibrosis disease ，同郎格汉斯细胞组织细胞增生症肉芽肿性炎症 granulomatous骨样骨瘤 osteoid osteoma ( Langerhans cell histiocytosis ) inflammation海绵型骨瘤 cancellous osteoma 郎格汉斯细胞组织细胞增生症软骨瘤 chondroma软骨颅 chondrocranium （染色体）三体 trisomy 艾滋病病毒相关性涎腺疾病软骨肉瘤 chondrosarcoma 垂直裂 vertical cleft HIV-associated salivary gland disease 软骨粘液样纤维瘤 chondromyxoid 错颌 malocclusion 暗细胞 dark cellsfobroma 骨剥露 denudation 奥辛兰 Alcian blue上皮样细胞 epithelioid cell 骨关节病 osteoarthrosis 半多能双储备细胞理论嗜酸性肉芽肿 eosinophilic granuloma 骨关节炎 osteoarthritis,OA semipluripotential bicellular reserve 树突状细胞系统 dendritic cell 骨赘性唇状突出 osteophytic lipping cell theorysystem 滑膜软骨瘤病 synovial 伴淋巴间质的未分化癌死骨 sequestrum osteochondromatosis undifferentiated carcinoma with髓外浆细胞瘤 extramedullary 髁突增生 condylar hyperplasia lymphoid stromaplasmacyfoma 类风湿肉芽肿 rheumatoid granuloma 变性型涎腺肿大症 degenerative髓外性尤文肉瘤 extramedullarg Ewing 类风湿性关节炎 rheumatoid sialosissarcoma arthritis ， RA 波形丝蛋白 vimnentin图顿巨细胞 Touton giant cell 类风湿性小结 rheumatoid nodule 成涎细胞瘤 sialoblastoma外伤性骨囊肿 traumatic bone cyst 颞下颌关节紊乱病 temporomandibular 大细胞癌 large cell carcinoma外生骨疣 exostosis joint disorders 导管发育异常 developmental下颌隆突 torus mandibularis 切线裂 tangential cleft anomalies of ducts纤维 - 骨病变 fibro-osseous lesion 绒毛状突起 villous projection 导管内乳头状瘤 intraductal新生儿上颌骨骨髓炎 neonatal 色素性绒毛结节性滑膜炎 pigmented papillomamaxillitis villonosdular synovitis 导管乳头状瘤 ductal papilloma牙骨质骨化性纤维瘤退行性关节病 degeneratitive joint 导管腺泡单位 ductoacinar unit cemento-ossifying fibroma disease 淀粉酶 amylase洋葱皮 onion-skin 纤维素样变 fibrinoid change 顶浆分泌 apocrine硬骨板 lamina dura 象牙化 eburnation （骨质）多动脉周围炎 polyarteritis原发性甲状旁腺功能亢进 primary 血管翳 pannus 多发性肌炎 polymyositis hyperparathyroidism 蚓状小体 vermiform bodies 多囊腮腺 polycystic parotid gland 致密型骨瘤 compact osteoma 游离小体 loose body 多能单储备细胞理论 pluripotential 致密性骨炎 condensing ostitis 原纤维化 fibrillation unicellular reserve cell theory中心型 central type 多细胞理论 multicellular theory周围型 peripheral type 第十六章涎腺非肿瘤性疾病与涎腺肿瘤多形性低度恶性腺癌 polymorphous 周围型软骨瘤 peripreral chondroma PAS periodic acid schiff 的缩写， PAS low-grade adenocarcinoma周围性巨细胞肉芽肿 peripheral giant 反应即过碘酸雪夫反应，用于对糖原的特殊多形性腺瘤 pleomorphic adenoma cell granuloma 染色恶性多形性腺瘤 malignant转化亢进 high-turnover state 癌胚抗原 carcinoembryonic antigen ，pleomorphic adenoma棕色瘤 brown tumor CEA 恶性淋巴上皮病变 malignant组织细胞增生症 X histiocytosisX 癌在多形性腺瘤中 carcinoma ex lymphoepithelial lesionpleomorphic adenoma; carcinoma in 发育性舌侧下颌涎腺陷入第十五章颞下颌关节病pleomorphic adenoma evelopmental lingual salivary gland放射线损伤 radiant impair inclusion disease 亲和素生物素过氧化物酶复合体非皮脂淋巴腺瘤 non-sebaceous 口腔干燥症 xerostomiaavidin biotin-peroxidase complex, ABC lymphadenoma链亲和素过氧化物酶 streptavidin 人类免疫缺陷病毒 hunman 非特异性透明细胞癌 clear cell peroxidase,S-Pimmunodeficiency HIV carcinoma, not otherwise specified 链亲和素生物素复合物溶菌酶 lysozyme 非特异性腺癌 adenocarcinoma not streptavidin-biotin complex SABC 乳铁蛋白 lactoferrin ， LF otherwise specified ， NOS 良性淋巴上皮病变 benign 乳头状淋巴囊腺瘤papillary分泌组份 secretory component lymphoepithelial lesion cystadenoma lymphomatosum 副涎腺 accessory salivary gland 亮细胞 light cells乳头状囊腺癌 papillary 干燥综合征 sicca syndrome 淋巴上皮癌 lymphoepithelial cystadenocarcinoma管状腺瘤 canalicular adenoma; carcinoma乳头状囊腺瘤 papillary cystadenoma tubular adenoma淋巴上皮囊肿 lymphoepithelial cyst 乳头状涎腺瘤 sialadenoma 过氧化物酶抗过氧化物酶 peroxidase 鳞状细胞癌 squamous cell carcinoma papilliferum anti-proxidase, PAP 流行性腮腺炎 epidemic parotitis; 上皮 - 肌上皮癌汗腺瘤 syringoma mumpsepithelio-myoepithelial carcinoma 合胞体 syncytium慢性复发性腮腺炎 chronic recurrent 上皮肌上皮岛 epi-myoepithelial 坏死性涎腺化生 necrotizing parotitisislandsialometaplasia 慢性涎腺炎 chronic sialadenitis 上皮膜抗原 epithelial membrane 混合瘤 mixed tumor慢性硬化性颌下腺炎 chronic antigen ， EMA获得性免疫缺陷综合征 acquired sclerosing sialadenitis of舍格伦综合征 Sj?gren's syndrome immune deficiency syndrome AIDS submandibular gland; K uttner 瘤 施墨试验 Schirmer test ，检查泪液分 霍奇金淋巴瘤 Hodgkin lymphoma 弥漫性大 B 细胞淋巴瘤 diffuse large 泌情况的一种试验肌上皮瘤 myoepithelioma B-cell lymphoma嗜酸细胞瘤 oncocytoma 基底储备细胞理论 basal reserve cell迷走涎腺 aberrant salivary glands 嗜酸性腺瘤 oxyphilic adenoma theory免疫球蛋白 A immunoglobulin A 透明细胞癌 clear cell carcinoma 基底鳞状的旋涡状 basisquamous 免疫细胞化学 immunocytochemistry 透明细胞瘤 clear cell tumorwhorling免疫组织化学 immunohistochemistry 未分化癌 undifferentiated carcimma 基底细胞腺瘤 basal cell adenoma 囊腺癌 cystadenocarcinoma 细胞角蛋白 cytokeratin 急性化脓性腮腺炎 acute pyogenic 囊腺瘤 cystadenoma 纤维连接蛋白 fibronectin paratitis内翻性乳头状瘤 inverted ductal涎石病 sialolithiasis急性涎腺炎 acute sialadenitis papilloma涎腺病毒病 salivary gland virus 挤压假象 crush artifact 皮脂淋巴腺癌 sebaceous disease甲状腺球蛋白 thyroglobulin lymphadenocarcinoma涎腺导管癌 salivary duct carcinoma 浆液细胞腺癌 serous cell carcinoma 皮脂淋巴腺瘤 sebaceous lymphadenoma 涎腺导管结石 salivary duct stone 结外边缘带 B 细胞淋巴瘤 extranodal 皮脂腺瘤 sebaceous adenoma 涎腺导管囊肿 salivary duct cyst marginal zone B-cell lymphoma 前淋巴瘤 prelymphoma 涎腺发育不全 aplasia of salivary 静止骨腔 static bony cavity桥本甲状腺炎 Hashimoto'sglanddepression巨细胞包涵体病 cytomegalic thyroiditi s涎腺发育异常 development anomalies of salivary gland涎腺放线菌病 actinomycosis of salivary glands涎腺结核 tuberculosis of salivarygland涎腺囊肿 salivary gland cyst涎腺退行性肿大 degenerativeswelling of salivary gland涎腺先天性缺失 congenital absenceof salivary gland涎腺炎 sialadenitis涎腺异位 hetrotopic of saIivarygland涎腺症 sialadenosis腺癌 adenocarcinoma腺淋巴瘤 adenolymphoma; Warthin 瘤腺鳞癌 adenosquamous carcinoma 腺泡细胞癌 acinic cell carcinoma 腺样囊性癌adenoid cystic carcinoma 小管 - 腺泡复合体tubelo-acinae-complexs小细胞癌 small cell carcinoma小叶状癌 lobular carcinoma血管瘤 haemangioma血型物质 blood group substances 粘液表皮样癌 mucoepidermoid carcinoma粘液腺腺瘤样增生 adenomatoid hyerplasia of mucous glands植物血凝素受体 lectin receptors 终末导管癌teminal duct carcinoma 转移性多形性腺瘤Metastasizing pleomorphic adenoma组织多肽抗原 tissuce peptide antigen ，TPA鼻唇囊肿 nasolabial cyst鼻腭管囊肿 nasopalatine duct cyst鼻牙槽囊肿 nasoalveolar cyst残余囊肿 residual cyst成人龈囊肿 gingival cyst of adults 发育性根侧囊肿 lateral periodontal cyst根尖囊肿 radicular cyst含牙囊肿 dentigerous cyst畸胎样囊肿 teratoid cyst 即婴儿龈囊肿Bohn 结节甲状舌管囊肿 thyroglossal tractcyst假性囊肿 pseudocyst颈部淋巴上皮囊肿 cervicallymphoepithelial cyst口腔淋巴上皮囊肿 oral lymphoepithelialcyst滤泡囊肿 follicular cyst锚纤维 anchoring fibrils萌出囊肿 eruption cyst皮样囊肿 dermoid cyst皮样样囊肿发 epidermoid切牙管囊肿 incisive canal cyst切牙窝 incisive fossa 球状上颌囊肿globlo-maxillary cyst 鳃裂囊肿 branchialcleft cyst 上皮斑 epithelial plaque 舌下囊肿ranula透明小体 Rushton body 外渗性粘液囊肿mucous extravasation cyst下颌感染性颊囊肿 mandibular infectedbuccal cyst下颌正中囊肿 median mandibular cyst 涎腺牙源性囊肿 sialo-odontogenic cystcyst新生儿牙板囊肿 dental lamina cyst of thenewborn牙旁囊肿 paradental cyst 牙源性产粘液囊肿mucus producingodontogenic cyst牙源性角化囊肿 odontogenic keratocyst牙源性囊肿 odontogenic cyst炎症性根侧囊肿 inflammatorycollateral cyst异位口腔胃肠囊肿 heterotopic oralgastrointestinal cyst婴儿龈囊肿 gingival cyst of infants釉突 enamel spur粘液囊肿 mucocele 痣样基底细胞癌综合征Gorlin 综合征痣样基底细胞癌综合征 naevoid basal cellcarcinoma syndrome潴留性粘液囊肿 mucous retentioncyst第十八章牙源性肿瘤壁成釉细胞瘤 mural ameloblastoma 标准或经典型骨内成釉细胞瘤 classic intraosseousameloblastoma成牙骨质细胞瘤 cementoblastoma 成牙组织 dental formative tissue 成釉细胞瘤ameloblastoma 成釉细胞肉瘤 ameloblasticsarcoma 成釉细胞纤维瘤 ameloblasticfibroma 成釉细胞纤维肉瘤 ameloblaticfibrosarcoma成釉细胞纤维牙本质瘤 ameloblasticfibrodentinoma成釉细胞纤维牙本质肉瘤 ameloblastic第十七章口腔颌面部囊肿腺牙源性囊肿 glandular odontogenicfibrodentinsarcomafibrous histocytoma,MFH多形型称为多形性恶性纤维组织细胞瘤 / 未分化高级别多 形性肉瘤 (pleomorphic malignant成釉细胞纤维 - 牙肉瘤 ameloblastic fibro-odontosarcoma丛状型 plexiform pattern 丛状型单囊成釉细胞瘤 plexiform unicystic ameloblastoma 促结缔组织增生型成釉细胞瘤 desmoplastic ameloblastoma单囊性成釉细胞瘤 unicystic ameloblastoma恶性成釉细胞瘤 malignant ameloblastoma 反折线 reversal line 非肿瘤性牙滤泡增生 non-neoplastic thickened follicle骨异常增殖症 osseous dysplasias 混合性牙瘤 complex odontoma 基底细胞型成釉细胞瘤 basal cell ameloblastoma 棘皮瘤型 acanthomatous type 畸形 malformation极性倒置 reversed polarity 角化成釉细胞瘤 keratoameloblastoma 颗粒细胞型 granular cell type 良性成牙骨质细胞瘤 benign cementoblastoma 滤泡型 follicular pattern玫瑰花样结构 rosette-like structure 明显的玻璃样变 marked hyalinization 前成釉细胞 preameloblast 乳头状角化成釉细胞瘤 papilliferous keratoameloblastoma牙本质生成性影细胞癌 dentinogenic ghost cell carcinoma牙本质生成性影细胞瘤 dentinogenic ghost cell tumor牙骨质样组织 cementoid 牙瘤 odontoma牙源性癌 odontogenic carcinoma 牙源性癌肉瘤 odontogenic sarcoma 牙源性钙化囊肿 calcifying odontogenic cyst ,COC 牙源性钙化囊性瘤 calcifying cystic odontogenic tumor牙源性钙化上皮瘤 calcifying epithelial odontogenic tumor; Pindborg 瘤牙源性角化囊性瘤 keratocystic odontogenic tumour牙源性颗粒细胞瘤granular cellodontogenic tumor 牙源性鳞状细胞瘤squamousodontogenic tumor牙源性囊肿恶变malignant changeodontogenic cysts牙源性肉瘤 odontogenic sarcoma 牙源性透明细胞癌 clear cell odontogenic carcinoma 牙源性透明细胞瘤 clear cell odontogenic tumor牙源性纤维瘤 odontogenic fibroma 牙源性腺样瘤 adenomatoid odontogenic tumor, AOT牙源性龈上皮错构瘤 odontogenic gingival epithelial hamartoma牙源性影细胞癌 odontogenic ghost cell carcinoma牙源性影细胞瘤 odontogenic ghost cell tumor牙源性粘液瘤 odontogenic myxoma 牙源性肿瘤 odontogenic tumor一般型成釉细胞瘤 classic ameloblastoma 影上皮细胞 ghost epithelial cell 原发性骨内癌 primary intraosseous carcinoma原发性骨内鳞状细胞癌 primary intraosseous squamous cell carcinoma粘液瘤 myxoma粘液纤维瘤 myxofibroma 真性牙骨质瘤 true cementoma 中心性巨细胞病变(肉芽肿) central giant cell lesion ( granuloma ) 周边型 peripheral ameloblastoma 周边性牙源性纤维瘤 peripheral odontogenicfibroma转移性(恶性)成釉细胞瘤 metastasizing ( malignant ) ameloblastoma组合性牙瘤 compound odontoma第十九章 口腔颌面部其他组织来源的肿瘤 和瘤样病变边缘不规则 border irregularity 不对称 asymmetry 车轮状 - 多形性 storiform-pleomorphic成人型纤维肉瘤 adult fibrosarcoma 成釉细胞癌 ameloblastic carcinoma 丛状血管瘤 tufted angioma 又称进展 性毛细血管瘤 (progressive capillaryhemangioma)、 Nakagawa 血管母细胞瘤 ( angioblastoma ofNakagawa)动静脉性血管瘤 arteriovenous hemangioma多形性组织细胞增生症 polymorphic histocytosis,PH恶性黑色素瘤 malignant melanoma 恶性淋巴瘤 malignant lymphoma 恶性雀斑样痣 lentigo melanoma 恶性肉芽肿 malignant granuloma恶性纤维组织细胞瘤 malignant。
生物信息学笔记
第一章绪言生物信息学的主要信息载体：DNA和蛋白质生物主要的遗传物质DNA生物的物质基础蛋白质一、生物信息学概述1、定义生物信息学（Bioinformatics）是生命科学、现代信息科学、数学、物理学以及化学等多个学科交叉结合形成的一门学科，是利用信息技术和数学方法对生命科学研究中的生物学数据进行存储、检索和分析的科学。
2、特点⁕以计算机为主要工具，以大量生物数据库和分析软件为基础⁕依赖于Internet⁕为人类揭示生命的奥秘提供了一条新的途径二、生物信息学的发展前基因组时代——生物数据库的建立、检索工具的开发、DNA和蛋白质序列分析、全局和局部的序列对位排列基因组时代——基因寻找和识别、网络数据库系统的建立、交互界面的开发后基因组时代——大规模基因组分析、蛋白质组分析三、生物信息学应用基础研究和教学：分子生物学研究的重要手段之一；生命科学的教学药物开发：新药筛选、药靶设计、分子药理学研究疾病诊断：利用疑难病症的病原DNA序列诊断疾病；遗传病的筛查其他：环境监测；食品安全检测；海关检测第二章数据库及其检索生物信息学数据库的建立及定义生物信息数据库：生物分子数据、分子结构结构及功能等实验证据一级数据库是直接来源于实验室获得的数据，即DNA和蛋白质数据库（X）在生物信息学中数据库查询是指对数据库中的注释信息进行基于关键词匹配查找，而数据库检索是指通过特定的序列相似性比对算法，在核酸或蛋白质序列数据库中获得序列信息（√）一、数据库定义数据库（database）是一类用于存储和管理数据的计算机文档，是统一管理的相关数据的集合，其存储形式有利于数据信息的检索与调用。
数据库的每一条记录（record）,也可以称为条目（entry），包含了多个描述某一类型数据特性或属性的字段（field），如基因名、来源物种、序列的创建日期等；值（value）则是指每条记录中某个字段的具体内容。
二、生物信息数据库的分类（1）按照数据来源一级数据库：数据直接来源于实验获得的原始数据，只经过简单的归类整理和注释二级数据库：对原始生物分子数据进行整理、分类的结果，是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定的应用目标而建立的。
第三章 牙体组织
第三章牙体组织牙体组织由釉质、牙本质、牙骨质和牙髓构成。
釉质覆盖在牙冠的表面，牙本质构成牙的主体，牙骨质覆盖在牙根部的表面。
牙中央的腔隙称为髓腔，充满疏松的牙髓组织。
第一节釉质覆盖于牙冠表面的一层硬组织，颜色为乳白色或淡黄色。
在切牙的切缘处厚约2mm，磨牙牙尖处厚约2.5mm。
一、理化特性釉质是人体中最硬的组织，其洛氏硬度值(Knoop hardness numbe r) 为300KHN。
无机盐占釉质总重量的96~97%，主要由钙、磷离子组成的羟磷灰石晶体[Ca10(P04)6(OH)2]的形式存在。
晶体内可含其他元素，F-的存在可使晶体稳定性加强，形成[Ca10(P04)6F2]，具有抗龋性。
有机物不足1%。
釉质细胞外基质蛋白主要有釉原蛋白、非釉原蛋白和蛋白酶。
釉原蛋白形成“纳米球”的结构，在釉质晶体的成核及晶体的生长中起作用。
在釉质发育时期含量达90%，在成熟釉质中消失。
非釉原蛋白与羟磷灰石亲和力强，能促进晶体成核和影响晶体形态。
存在于釉质分泌早期和成熟后的釉丛、柱鞘。
釉基质蛋白酶是基质蛋白，参与前两者的修饰和剪接。
釉质中的水有两种形式：结合水和游离水。
大部分水是以结合水的形式存在，分布在晶体周围。
二、组织学结构（一）釉柱：是细长的柱状结构，起自釉牙本质界，贯穿釉质全层。
在窝沟底部呈放射状，向窝沟底部集中；在牙颈部呈水平状排列。
釉柱在光镜下纵剖面为柱状，横剖面呈鱼鳞状。
（二）施雷格线：落射光观察牙纵磨片时，在釉质内4/5处出现的明暗带。
是由于釉柱排列方向不同所致。
（三）无釉柱釉质：在近釉牙本质界和牙表面约30mm厚的釉质内没有釉柱的结构，仅为晶体平行排列而成。
这是由于成釉细胞在分泌早期托姆氏突尚未形成，而在分泌活动停止时托姆氏突腿缩而致。
（四）釉质生长线：是釉质周期性生长速度改变形成的间隙线。
在乳牙和第一恒磨牙有一条加重的生长线，称为新生线。
是由于釉质一部分形成于胎儿期，一部分形成于婴儿出生后。
第三章 序列对齐分析
NCBI的BLAST网址是： /BLAST/
第二节 多序列比对
一、概念 多序列比对：把两条以上可能有系统进化关系的 序列进行比对的方法。 进行多序列比对后可以对比对结果进行进一步处 理，例如构建序列模式的profile，将序列聚类 构建分子进化树等等。 二、软件 目前使用最广泛的多序列比对程序是 CLUSTALW(它的PC版本是CLUSTALX)。
第三章 序列对齐分析
第一节 概念
一、序列对齐（sequence alignment）的概念 通过将两个或多个核酸序列或者蛋白质序列进 行对齐，并将其中相似的结构区域突出显示。通过 比较序列与已知序列（尤其是功能和结构已知的序 列）之间的同源性，预测未知序列的功能。
二、比对的方式 1、蛋白质序列之间或核酸序列之间的两两比对 通过比较两个序列之间的相似区域和保守性位点，寻 找二者可能的分子进化关系。 2、多个蛋白质或核酸同时进行比较 寻找这些有进化关系的序列之间共同的保守区域、位 点，从而探索导致它们产生共同功能的序列模式 3、蛋白质序列与核酸序列相比 探索核酸序列可能的表达框架；把蛋白质序列与具有 三维结构信息的蛋白质相比，从而获得蛋白质折叠 类型的信息。 4、查询序列与整个数据库的所有序列进行比对 从数据库中获得与其最相似序列的已有的数据
二、BLAST主要工具 BLAST程序
程序
数据库
查询
简述
blastp
可能找到具有远源进化 关系的匹配序列 blastn 核酸 核苷酸 适合寻找分值较高的匹 配，不适合远源关系 blastx 蛋白质 核酸(翻译) 适合新DNA序列和EST 序列的分析 tblastn 核苷酸(翻译) 蛋白质 适合寻找数据库中尚未 标注的编码区 tblastx 核酸(翻译) 核酸(翻译) 适合分析EST序列
(完整版)口腔医学专业英语
第一章口腔颌面部发育鼻凹nasal pit鼻板nasal placode鼻腭管naso-palatal canal鼻鳍nasal fin侧腭突lateral palatal process，也称继发腭（second palate），腭突（palatine shelf）第一鳃弓软骨Meckel's cartilage额鼻突frontonasal process腭裂cleft palate分叉舌bifid tongue，也称舌裂（cleft tongue，split tongue）颌裂cleft jaw继发腭secondary palate颊咽膜orapharyngeal membrane甲状舌管thyroglossal duct界沟sulcus terminalis颈窦cervical sinus口凹oral pit口咽膜orapharyngeal membrane拉特克囊Rathke's pouch，也称神经颊囊（craniobuccal pouch），颅颊囊（craniopharyngeal pouch）联合merge联合突copula面裂facial cleft模式发育patterning奇结节tuberculum impar前腭突median palatine process前脑单脑室畸形Holoprosencephaly切牙管incisive canal球状突globular process融合fuse鳃弓branchial arch鳃沟branchial groove上颌突maxillary process舌盲孔foramen cecum神经嵴neural crest神经节原基ganglionic placode施万细胞Schwann细胞为神经鞘膜细胞外间充质ectomesenchyme 也称外胚间叶，系来自于神经嵴外胚层的结缔组织的总称维甲酸综合征retinoic acid syndrome （RAS），妊娠早期服用过量13-顺-维甲酸引起的发育异常下颌软骨Meckel's cartilage嗅板olfactory placode嗅窝nasal pit咽囊pharyngeal pouch也称鳃囊原发腭primary palate原口stomadeum中鼻突medial nasal process主动脉的conotruncal第二章牙的发育氨基葡萄糖glycosaminoglycans成牙本质细胞odontoblast成釉蛋白ameloblastin成釉器enamel organ成釉细胞ameloblast分泌型成牙本质细胞secretory odontoblast赫特威上皮根鞘Hertwing epithelial rootsheath基质小泡matrix vesicle颈环cervical loop静止型成牙本质细胞restingodontoblast蕾状期bud stage连接复合体junctional complex马拉瑟上皮剩余Malassez epithelial rest帽状期cap stage萌出eruption非胶原蛋白non-collagenous proteinNSPs内釉上皮层inner enamal epithelium前成牙本质细胞preodontoblast前期牙本质predentin缩余釉上皮reduced dental epithelium托姆斯突Tomes processe脱落shedding 交替外釉上皮层outer enamal epithelium星网状层stellate reticulum牙板dental lamina牙囊dental sac牙乳头dental papilla引导管gubernacular canal釉丛蛋白tuftelin釉结enamel knot釉龛enamel niche釉索enamel cord釉质形成amelogenesis原发性上皮带primary epithelial band罩牙本质mantle dentin中间层stratum intermedium终棒terminal web钟状期bell stage第三章牙体组织玻璃粘连蛋白vitronectin，细胞外粘附蛋白，副纤维粘连蛋白成纤维细胞fibroblast成牙本质细胞odontoblast成牙本质细胞突起odontoblastic process，也称"Tomes' fiber"成牙本质细胞突周间隙periodontoblastic space成釉蛋白ameloblastin穿通纤维perforating fiber蛋白酶proteinases第三期牙本质tertiary dentin多细胞层cell-rich zone乏细胞层cell-free zone, the zone of Weil，Weil层反应性牙本质reaction dentin反转线reversal line非釉原蛋白non-amelogenins缝隙连接gap junction骨钙素osteocalcin骨连接素osteonectin骨桥蛋白osteopontin骨样牙本质osteodentin固有牙髓pulp proper管间牙本质intratubular dentin管周牙本质peritubular dentin核心蛋白聚糖decorin横纹cross striations基质金属蛋白酶20matrixmetalloproteinases 20，MMP20继发性牙本质secondary dentin，牙发育完成之后形成的牙本质腱蛋白tenascin绞釉gnarled enamel紧密连接tight junction科尔夫纤维Korff's fiber, 最先形成的牙本质纤维类牙骨质cementoid流体动力学说hydrodynamic theory磨损abrasion, attrition纳米球nanospheres耐龋潜能cariostatic potential脑啡肽enkephalin诺伊曼鞘Neumann sheath欧文线Owen line（加重的牙本质生长线），也称"contour line of Owen"前期牙本质predentin桥粒desmosome球间牙本质interglobular dentin芮氏线lines of Retzius，釉质生长线沙比纤维Sharpey's fiber，穿通纤维神经壁层parietal layer of nerves，Raschkow 丛神经传导学说direct innervation theory生长激素抑制素somatostatin生长线incremental lines，同芮氏线施雷格线Schreger line树突状细胞dendritic cells双糖链蛋白聚糖biglycan丝氨酸蛋白酶serine proteinases（kallikrein-4）死区dead tract髓核pulp core髓周牙本质circumpulpal dentin糖胺聚糖glycosaminoglycans透明层hyaline layer透明牙本质sclerotic dentin透明牙本质transparent dentin托姆斯颗粒层Tomes' granular layer托姆斯突凹Tomes processes pit，TPP微孔micropore未分化间充质细胞undifferentiatedmesenchymal cell无细胞固有纤维牙骨质acellularintrinsic fiber cementum, AIFC无细胞外源性纤维牙骨质acellularextrinsic fiber cementum, AEFC无细胞无纤维牙骨质acellular afibrillarcementum, AAC无细胞牙骨质acellular cementum无釉柱牙釉质rodless enamel细胞牙骨质cellular cementum纤维粘连蛋白fibronectin限制板lamina limitans楔状缺损wedge shaped defect新生线neonatal line修复性牙本质reparative dentin牙本质dentin牙本质磷蛋白dentin phosphophoryn；dentin phosphoproteins，DPP牙本质生长线von Ebner 1ine牙本质涎蛋白dentin sialoprotein，DSP 牙本质涎磷蛋白dentin sialophosphoproteins牙本质小管dentinal tubule牙本质牙骨质界dentino-cemental junction牙骨质cementum牙骨质生长因子cementum growth factor牙骨质粘附蛋白cementum adhesion protein牙面平行线perikymata，也称釉面横纹牙髓dental pulp牙髓牙本质复合体pulpo-dentinal complex牙釉质enamel牙釉质溶解蛋白enamelysin牙釉质牙本质界enamel-dentinal junction（EDJ）牙釉质牙骨质界enamelo-cemental junction油炸圈样appearance of doughnut有细胞固有纤维牙骨质cellular intrinsic fiber cementum, CIFC有细胞混合性分层牙骨质cellular mixed stratified cementum, CMSC釉板enamel lamellae釉丛enamel tufts釉丛蛋白tuftelin釉蛋白enamelin釉帽enamel cap釉面横纹perikymata，也称牙面平行线釉梭enamel spindle釉小皮enamel cuticle釉牙本质界enamel-dentinal junction （EDJ）釉原蛋白amelogenins釉柱enamel rod釉柱鞘enamel rod sheath原发性牙本质primary dentin，牙发育时期形成的牙本质原胶原tropocollagen灶性孔focal hole, FH罩牙本质mantle dentin中间连接intermediate junction中间牙骨质intermediate cementum重塑remodeling转导学说transduction theory组织细胞histiocyte第四章牙周组织不成熟的弹力纤维oxytalan fibers弹力纤维elastin fibers点彩stippling凋亡apoptosis附着龈attached gingiva根尖组apical group根间组interradicular group固有牙槽骨alveolar bone proper环行组circular group结合上皮junctional epithelium束骨bundle bone水平组horizontal group斜行组oblique group牙槽骨alveolar bone牙槽嵴组alveolar crest group牙槽突alveolar process牙槽龈组alveologingival group牙骨膜组dentoperiosteal group牙间乳头interdental papilla牙龈gingiva牙龈结合dentogingival junction牙龈上皮gingval epithelium第六章涎腺半月板demilune胞吐exocytosis杯状细胞goblet cell储备细胞reserve cell锇酸osmic acid分泌单位secretory unit分泌管secretory duct富脯氨酸蛋白proline-rich protein富酪氨酸蛋白tyrosine-rich protein干细胞stem cell高血糖素样蛋白glucogon-like protein颌下腺submandibular gland混合性腺泡mixed acinus肌动蛋白actin肌球蛋白myosin肌上皮细胞myoepithelial cell肌微丝myofilament浆液性腺泡serous acinus浆粘液细胞seromucous cell晶样体crystalloid局浆分泌merocrine抗蛋白溶解蛋白antiproteolytic protein篮细胞basket cell连接复合体junctional complex酶原颗粒zymogen granule排泄管excretory duct粘多糖mucin粘液性腺泡mucous acinus全浆分泌holocrine-type secretion乳铁蛋白lactoferrin闰管intercalated duct腮腺parotid gland腮腺导管Stensen duct腮腺素parotin舌下腺sublingual gland舍格伦综合征Sj?gren syndrome肾素rennin嗜酸粒细胞瘤oncocytoma嗜酸细胞oncocyte嗜酸性腺瘤oxiphilic adenoma唾液saliva唾液腺salivary gland味觉素gustin纹管striated duct涎液素ptyatin腺泡acinus小涎腺minor salivary gland原始多潜能涎腺导管细胞primitivepluripotential salivary duct cells致密小体dense body组氨酸histidine第七章颞下颌关节多细胞带cellularrich zone钙化软骨带zone of calcified cartilage关节囊capsule关节盘disc滑膜synovial membrane髁突condyle颞下颌关节temporo-mandibular join，TMJ纤维软骨带fibrocartilaginous zone纤维性关节表面带fibrous articularsurface第八章牙发育异常II型牙本质结构不良dentin dysplasiatype II ，冠部牙本质结构不良I型牙本质结构不良dentin dysplasiatype I白兰地型brandywine isolate，牙本质形成缺陷的一种斑釉mottled enamel半面过度增生hemifacial hyperplasia成熟不全型hypomatuaration type低磷酸酯酶症hypophosphatasia多生牙hyperdontia; supernumeraryteeth非氟性牙釉质浑浊症non-fluorideenamel opacities氟牙症dental fluorosis附加牙supplemental teeth副磨牙paramolar钙化不全型hypocalcified type过早脱落premature loss畸形舌侧尖lingual cusp deformity畸形舌侧窝lingual fossa deformity畸形中央尖central cusp deformity结合牙concrescence巨牙macrodontia壳状牙shell-teeth矿化不全型hypomineralized type牛牙症taurodontism前牙的牙外突dens evaginatus ofanterior teeth区域性牙发育不良regionalodontodysplasia，阴影牙融合牙fusion乳牙滞留persistence of deciduous teeth桑椹牙mulberry molar少汗外胚层发育不良hypohidroticectodermal dysplasia少牙hypodontia双生牙gemination水流围绕圆石water streaming roundbouldings，根部牙本质结构不良的表现四环素牙tetracycline stained teeth锁骨颅骨发育不全征cleidocranialdysplasia；也有称锁骨头颅发育不良胎生牙natal teeth，出生时即已萌出的牙特纳牙Turner's teeth，与乳牙有关的感染或创伤引起继生恒牙成釉细胞的损伤，导致继生恒牙牙釉质形成不全或矿化不全弯曲牙dilacerations无牙adontia先天性梅毒牙congenital syphilis小牙microdontia新生牙noenatal teeth，出生后30天内萌出的牙形成不全型hypoplastic type雪帽型snow-capped牙本质基质蛋白1dentin matrix protein 1, DMP1牙本质结构不良dentin dysplasia牙本质涎蛋白dentin sialoprotein, DSP牙本质形成缺陷症II型dentinogenesis imperfecta type II牙变色discoloration of teeth牙骨质发育不全hypocementosis牙骨质过度增生hypercementosis牙内陷dens invaginatus牙釉质混浊症enamel opacities牙釉质矿化不全hypomineralized enamel牙釉质形成不全enamel hypoplasia牙釉质形成缺陷症amelogenesis imperfecta牙釉质延伸cervical enamel extension牙中牙dens in dente牙阻生impaction of teeth延迟萌出retarded eruption遗传性乳光牙本质hereditary opalescent dentin阴影牙ghost teeth，区域性牙发育不良鹰爪尖talon cusp釉珠enamel pearl远中磨牙distomolar早萌premature eruption正中牙mesiodens第九章龋病暗层dark zone变形链球菌mutans streptococci; S. mutans表层surface zone病损体部body of the lesion蛋白溶解－螯合学说proteolysis-chelation theory蛋白溶解学说proteolytic theory发酵乳杆菌L. fermentus放线菌属actinomyces干酪乳杆菌L. casei根龋root caries化学寄生学说chemico-parasitic theory 化学细菌学说chemico-bacterial theory 坏死崩解层zone of destruction获得性薄膜acquired pellicle，唾液薄膜急性龋acute caries静止性龋arrested caries菌斑bacterial plaque慢性龋chronic caries猛性龋rampant caries内氏放线菌 A. naeslundii平滑面龋smooth surface caries轻链球菌S. mitis龋病dental caries乳杆菌属Lactobacilli三联因素学说three primary factorstheory嗜酸乳杆菌L. acidophilus酸原学说acidogenic theory透明层translucent zone ，硬化层脱矿层zone of demineralization唾液薄膜salivary pellicle，获得性薄膜窝沟龋pit and fissure caries细菌侵入层zone of bacterial invasion血链球菌S. sanguis牙本质龋dentin caries牙骨质龋cementum caries牙釉质龋enamel caries远缘链球菌S. sobrinus粘性放线菌 A. viscosus第十章牙髓病白三烯leukotrienes，LTs白细胞介素interleukin不可逆性牙髓炎irreversible pulpitis残髓炎residual pulpitis成牙本质细胞层空泡变性vacuolardegeneration of the odontoblastic layer急性化脓性牙髓炎acute supurativepulpitis急性浆液性牙髓炎acute serous pulpitis急性牙髓炎acute pulpitis可复性牙髓炎reversible pulpitis慢性闭锁性牙髓炎chronic closedpulpitis慢性溃疡型牙髓炎chronic ulcerativepulpitis慢性牙髓炎chronic pulpitis慢性增生性牙髓炎chronic hyperplasticpulpitis逆行性牙髓炎retrograde pulpitis前列腺素prostaglandins，PGs特发性吸收idiopathic resorption牙内吸收internal tooth resorption牙髓变性pulp degeneration牙髓充血pulp hyperemia牙髓钙化pulp calcification牙髓坏疽pulp gangrene牙髓坏死pulp necrosis牙髓渐进性坏死necrobiosis牙髓网状萎缩reticular atrophy of thepulp牙髓纤维性变pulp fibrosis牙髓炎pulpitis牙体吸收tooth resorption牙外吸收external tooth resorption转化生长因子transfer growth factor,TGF第十一章根尖周炎蜂窝织炎cellulitis根尖肉芽肿periapical granuloma根尖周炎periapical periodontitis急性根尖周炎acute periapicalperiodontitis急性牙槽脓肿acute alveolar abscess磷脂壁酸lipoteichoic acids慢性根尖脓肿chronic periapical abscess慢性根尖周炎chronic periapicalperiodontitis慢性牙槽脓肿chonic alveolar abscess肽葡聚糖peplidoglyans致密性骨炎condensing osteoitis肿瘤坏死因子tumor necrosis factor，TNF第十二章牙周组织病白细胞介素interleuk ins,IL白血病性龈增大gingival enlargementassociated with leukemia伴白血病性龈炎gingivitis with leukemia伴有牙髓病变的牙周炎periodontitisassociated with endodontic lesions边缘性龈炎marginal gingivitis变性degeneration病损确立期established lesion剥脱性龈病损desquamative lesion ofgingival创伤trauma创伤性咬合traumatic occlusion蛋白酶proteinases发育性或获得性异常及其状况developmental or acquired deformities andconditions反应全身疾病的牙周炎periodontitis asa manifestation of systemic diseases放线共生放线杆菌Actinobacillusactinomycetem comitans，Aa非菌斑性牙龈病损non-plaque-inducedgingival lesions非炎症性noninflammatory奋森龈炎Vincent gingivitis福赛类杆菌Bcteroides forsythus，Bf共聚coaggregation骨内袋intrabony pocket骨上袋supragingival pocket护骨因子osteoprotegerin,OPG坏死性牙周病necrotizing periodontaldiseases基质金属蛋白酶matrixmetalloprotinases，MMP激素性龈炎steroid hormone-influencedgingivitis急性坏死性溃疡性龈炎acutenecrotizing ulcerative gingivitis急性坏死性龈炎acute necrotizinggingivitis继发性咬合创伤secondary occlusaltrauma家族性龈纤维瘤病congenital familialfibromatosis浆细胞龈炎plasma cell gingivitis胶原酶collagenase金属蛋白酶metalloproteinases进展期advanced lesion聚集aggregation菌毛fimbriae老年性萎缩senile atrophy硫酸软骨素酶chondrosulphatase慢性牙周炎chronic periodontitis慢性龈炎chronic gingivitis密螺旋体属Treponema破骨细胞分化因子osteoclast differentation factor,ODF前列腺素E2 prostglandinE2，PGE2侵袭性牙周炎aggressive periodontitis 青春期龈炎pubertal gingivitis人类白细胞抗原human leucocyte antigen,HLA妊娠期龈炎pregnancy gingivitis始发期initial stage嗜麦芽糖密螺旋体T. maltophilum梭螺菌龈炎fusospirochetal gingivitis特发性浆细胞龈口炎idiopathic plasma-cell gingivostomatitis特发性龈增生idiopathic gingival hyperplasia透明质酸酶hyaluronidase唾液粘蛋白mucin维生素C缺乏性龈炎vitamin C deficeint gingivitis萎缩atrophy细胞因子cytokine细胞粘附分子cellular adhesion m olecules，CAM细菌性生物膜dental pla que biofilm先天性家族性纤维瘤病congenital familial fibromatosis牙槽骨弥漫性萎缩diffuse atrophy of alveolar bone牙菌斑性牙龈病dental plaque-induced gingival disease牙龈病gingival diseases牙龈卟啉单胞菌Porphyromonas gingivalis，P.g牙龈二氧化碳嗜纤维菌Cap no gingivalis 牙龈乳头炎papillary gingivitis牙龈退缩gingival recession牙周变性periodontal degeneration牙周病periodontal disease牙周脓肿abcesses of the periodontium 牙周炎periodontitis牙周症periodontosis炎症inflammation咬合创伤occlusal trauma药物性龈炎medication-influenced gingivitis遗传性牙龈纤维瘤病hereditary gingival fibromatosis遗传性龈增生hereditary gingival hyperplasia龈袋gingival pocket龈沟液gingival crevicular fluid,GCF龈裂gingival cleft; Stillman'S cleft龈增生gingival hyperplasia营养不良dystrophy营养不良性dystrophic早老性萎缩presenile atrophy早期病变early lesion粘附adhesion粘性放线菌Actinomyces viscosus，Av 战壕口炎trench mouth脂多糖lipopolysaccharedes，LPS中间密螺旋体T.medium中性多形核白细胞polymorphonuclearleukocytes,PMN肿瘤neoplasia肿瘤坏死因子-αtumor necrosis factor-α，TNF-α组织金属蛋白酶的抑制剂tissueinhibitors of metalloproteinase，TIMP第十三章口腔粘膜病艾滋病AIDS白斑leukoplakia白塞综合征Behcet syndrome白色海绵状斑痣white sponge nevus白色念珠状菌candida albicans白色水肿leukoedema白皱折病white folded disease斑macule扁平苔藓lichen planus,LP程序化细胞死亡programmed cell death大疱bulla单纯性疱疹herpes simplex地图舌geographic tongue淀粉样变性amyloidosis多形渗出性红斑erythema multiformeexsudativum非典型性atypia非霍奇金淋巴瘤non-Hodgkin lymphoma复发性阿弗他口炎recurrent aphthousstomatitis,RAS复发性阿弗他溃疡recurrent aphthousulcer，RAU复发性坏死性粘膜腺周围炎periadenitismucosa necrotica recurrens，PMNR过度不全角化hyperparakeratosis过度角化hyperkeratosis过度正角化hyperorthokeratosis海绵形成spongiosis红斑erythroplakia红色增殖性病变erythroplastic lesion获得性免疫缺陷综合征acquiredimmunodeficiency syndrome, AIDS ，艾滋病基底细胞空泡性变及液化vaculationand liquefaction of hasal cell棘层松解acantholysis棘层增生acanthosis痂crusts假膜pseudomembrane，伪膜间杂型红斑interspersed erythroplakia胶样小体colloid body，Civatte小体角化不良dyskeratosis结节病sarcoidosis均质型红斑homogenous erythroplakia皲裂rhagade抗核抗体antinuclear antibody，ANA颗粒型红斑granular erythroplakia口腔Kaposi肉瘤oral Kaposi sarcoma口腔非霍其金淋巴瘤oral non-Hodgkinlymphoma口腔毛状白斑oral hairy leukoplakia，OHL口腔念珠菌病oral candidiasis口腔粘膜下纤维化oral submucousfibrosis溃疡ulcer类天疱疮样扁平苔藓lichen PlanusPemphigoides,LPP良性游走性舌炎benign migratoryglossitis良性粘膜类天疱疮benign mucousmembrane pemphigoid硫黄素T thioflavine T慢性盘状红斑狼疮chronic discoid lupuserythematosus梅一罗综合征Melkersson-Rosenthalsyndrome糜烂erosion念珠菌病candidiasis疱vesicle疱疹性口炎herpetic stomatitis气球变性ballooning degeneration桥粒芯胶粘蛋白desmocollins桥粒芯糖蛋白desmogleins丘疹papule区域剥脱性舌炎glossitis areataexfoliativa人免疫缺陷病毒humanimmunodeficiency virus，HIV肉芽肿性唇炎cheilitis granulomatosa上皮萎缩epithelial atrophy上皮异常增生epithelial dysplasia舌乳头炎lingual papillitis嗜碱性变性basophilic degeneration噬黑色素细胞melanophages天疱疮pemphigus天疱疮细胞Tzanck cell网状变性reticular degeneration韦格内肉芽肿Wegener granulomatosis萎缩atrophy细胞凋亡cell apoptosis腺性唇炎cheilitis glandularis肖曼小体Schauann bodies，多核巨细胞内的包涵体眼、口、生殖器三联综合征oculo-oral-genital syndrome增殖性红斑erythroplasia粘膜良性淋巴组织增生病benignlymphoadenosis of mucosa周缘扩展现象Nikolsky征第十四章颌骨疾病板层骨lamellar bone表皮树突状细胞dermal dendrocyte伯基特淋巴瘤Burkitt's lymphoma不确定细胞indeterminate cell成软骨细胞瘤chondroblastoma虫蚀状moth-eaten appearance出血性骨囊肿hemorrhagic bone cyst穿凿性吸收tunneling resorption ordissecting resorption穿凿样punched-out appearance单纯性骨囊肿simple bone cyst单骨性骨纤维异常增殖症monostoticbibrous dysplasia 也称单骨性骨纤维结构不良单核基质细胞mononucleate stromal cell 单核巨噬细胞系统mononuclear phagocyte system动脉瘤性骨囊肿aneurysmal bone cyst多发性骨髓瘤multiple myeloma多发性软骨瘤病multiple chondromatosis多骨性骨纤维异常增殖症polyostotic fibrous dysplasia 也称多骨性骨纤维结构不良恶性成骨细胞瘤malignant osteoblastoma腭隆突torus palatinus放射性骨坏死osteoradionecrosis非钙化骨样组织unmineralized osteoid 富巨细胞性病变giant cell rich lesion钙化骨mineralized bone孤立性骨囊肿solitary bone cyst骨化性骨膜炎periostitis ossificans骨化性纤维瘤ossifying fibroma骨巨细胞瘤giant cell tumor of bone，GCT骨壳involucrum骨瘤osteoma骨膜骨肉瘤periosteal osteosarcoma骨膜下骨吸收subperiosteal bone resorption骨旁骨肉瘤paraosteal osteosarcoma骨肉瘤osteosarcoma骨软骨瘤osteochondroma骨软骨性外生骨疣osteocartilaginous exostosis骨髓瘤myeloma骨外骨肉瘤extraosseous osteosarcoma 骨外型软骨肉瘤extraosseous chondrosarcoma骨纤维结构不良fibrous dysplasia of bone 也称骨纤维异常增殖症骨小梁周围纤维化peritrabecular fibrosis骨样骨瘤osteoid osteoma海绵型骨瘤cancellous osteoma汉-许-克病Hand-Schiiller-Christian disease颌骨放线菌病actinomycosis of jaws颌骨骨髓炎osteomyelitis of jaws颌骨结核tuberculosis of jaws颌骨巨细胞病变giant cell granuloma颌骨梅毒syphilis of jaws弧立性骨髓瘤solitary myeloma化牙骨质纤维瘤cementifying fibroma 急性化脓性颌骨骨髓炎acute suppurative osteomyelitis of jaws继发软骨secondary cartilage继发性甲状旁腺功能亢进secondary hyperparathyroidism家族性颌骨多囊性病familial mulitilocular cystic disease of jaws家族性颌骨纤维异常增殖症familial fibrous dysplasia of the jaws家族性巨颌症cherubism甲状旁腺功能亢进Hyperparathyroidism 假囊肿pseudocyst间叶型软骨肉瘤mesenchymal chondrosarcoma浆细胞瘤plasmacytoma结核性颌骨骨髓炎tuberculousosteomyelitis of jaws静止性骨腔static bone cavity巨大型骨样骨瘤giant osteoid osteoma巨细胞肉芽肿giant cell lesions of thejaws巨细胞修复性肉芽肿giant cellreparative granuloma郎格汉斯细胞病Langerhans cell disease，同郎格汉斯细胞组织细胞增生症（Langerhans cell histiocytosis）郎格汉斯细胞组织细胞增生症Langerhans cell histiocytosis，同郎格汉斯细胞病（Langerhans cell disease）朗汉斯巨细胞Langhans giant cell勒-雪病Letterer-Siwe disease良性成骨细胞瘤benign oseoblastoma淋巴结的交错突细胞interdigitatingdendritic cell硫磺颗粒sulfur granule滤泡树枝状细胞follicular dendritic cell慢性非化脓性硬化性骨炎Garré'schronic nonsuppurative sclerosing ostitisGarre慢性骨髓炎伴增生性骨膜炎chronicosteomyelitis with proliferative periostitis慢性化脓性颌骨骨髓炎chronicsuppurative osteomyelitis of jaws慢性局灶性硬化性颌骨骨髓炎chronicfocal sclerosing osteomyelitis of jaws慢性弥漫性硬化性颌骨骨髓炎chronicdiffuse sclerosing osteomyelitis of jaws慢性硬化性颌骨骨髓炎chronicsclerosing osteomyelitis of jaws磨砂玻璃样groundglass appearance内生型软骨瘤enchondroma破骨细胞瘤osteoclastoma侵袭性成骨细胞瘤aggressiveosteoblastoma侵袭性骨化性纤维瘤aggressiveossifying fibroma青少年骨化性纤维瘤juvenile ossifyingfibroma日光放射状(影像)sun-ray肉芽肿性炎症granulomatousinflammation软骨瘤chondroma软骨颅chondrocranium软骨肉瘤chondrosarcoma软骨粘液样纤维瘤chondromyxoidfobroma上皮样细胞epithelioid cell嗜酸性肉芽肿eosinophilic granuloma树突状细胞系统dendritic cell system死骨sequestrum髓外浆细胞瘤extramedullaryplasmacyfoma髓外性尤文肉瘤extramedullarg Ewingsarcoma图顿巨细胞Touton giant cell外伤性骨囊肿traumatic bone cyst外生骨疣exostosis下颌隆突torus mandibularis纤维-骨病变fibro-osseous lesion新生儿上颌骨骨髓炎neonatal maxillitis牙骨质骨化性纤维瘤cemento-ossifyingfibroma洋葱皮onion-skin硬骨板lamina dura原发性甲状旁腺功能亢进primaryhyperparathyroidism致密型骨瘤compact osteoma致密性骨炎condensing ostitis中心型central type周围型peripheral type周围型软骨瘤peripreral chondroma周围性巨细胞肉芽肿peripheral giantcell granuloma转化亢进high-turnover state棕色瘤brown tumor组织细胞增生症X histiocytosisX第十五章颞下颌关节病（染色体）三体trisomy垂直裂vertical cleft错颌malocclusion骨剥露denudation骨关节病osteoarthrosis骨关节炎osteoarthritis,OA骨赘性唇状突出osteophytic lipping滑膜软骨瘤病synovialosteochondromatosis髁突增生condylar hyperplasia类风湿肉芽肿rheumatoid granuloma类风湿性关节炎rheumatoid arthritis，RA类风湿性小结rheumatoid nodule颞下颌关节紊乱病temporomandibularjoint disorders切线裂tangential cleft绒毛状突起villous projection色素性绒毛结节性滑膜炎pigmentedvillonosdular synovitis退行性关节病degeneratitive jointdisease纤维素样变fibrinoid change象牙化eburnation （骨质）血管翳pannus蚓状小体vermiform bodies游离小体loose body原纤维化fibrillation第十六章涎腺非肿瘤性疾病与涎腺肿瘤PAS periodic acid schiff的缩写，PAS反应即过碘酸雪夫反应，用于对糖原的特殊染色癌胚抗原carcinoembryonic antigen，CEA癌在多形性腺瘤中carcinoma expleomorphic adenoma; carcinoma inpleomorphic adenoma艾滋病病毒相关性涎腺疾病HIV-associated salivary gland disease暗细胞dark cells奥辛兰Alcian blue半多能双储备细胞理论semipluripotential bicellular reserve celltheory伴淋巴间质的未分化癌undifferentiated carcinoma with lymphoid stroma变性型涎腺肿大症degenerative sialosis 波形丝蛋白vimnentin成涎细胞瘤sialoblastoma大细胞癌large cell carcinoma导管发育异常developmental anomalies of ducts导管内乳头状瘤intraductal papilloma导管乳头状瘤ductal papilloma导管腺泡单位ductoacinar unit淀粉酶amylase顶浆分泌apocrine多动脉周围炎polyarteritis多发性肌炎polymyositis多囊腮腺polycystic parotid gland多能单储备细胞理论pluripotential unicellular reserve cell theory多细胞理论multicellular theory多形性低度恶性腺癌polymorphous low-grade adenocarcinoma多形性腺瘤pleomorphic adenoma恶性多形性腺瘤malignant pleomorphic adenoma恶性淋巴上皮病变malignant lymphoepithelial lesion发育性舌侧下颌涎腺陷入evelopmental lingual salivary gland depression放射线损伤radiant impair非皮脂淋巴腺瘤non-sebaceous lymphadenoma非特异性透明细胞癌clear cell carcinoma, not otherwise specified非特异性腺癌adenocarcinoma not otherwise specified，NOS分泌组份secretory component副涎腺accessory salivary gland干燥综合征sicca syndrome管状腺瘤canalicular adenoma; tubular adenoma过氧化物酶抗过氧化物酶peroxidase anti-proxidase, PAP汗腺瘤syringoma合胞体syncytium坏死性涎腺化生necrotizing sialometaplasia混合瘤mixed tumor获得性免疫缺陷综合征acquired immune deficiency syndrome AIDS霍奇金淋巴瘤Hodgkin lymphoma肌上皮瘤myoepithelioma基底储备细胞理论basal reserve cell theory基底鳞状的旋涡状basisquamous whorling基底细胞腺瘤basal cell adenoma急性化脓性腮腺炎acute pyogenic paratitis急性涎腺炎acute sialadenitis挤压假象crush artifact甲状腺球蛋白thyroglobulin浆液细胞腺癌serous cell carcinoma结外边缘带B细胞淋巴瘤extranodal marginal zone B-cell lymphoma静止骨腔static bony cavity巨细胞包涵体病cytomegalic inclusiondisease口腔干燥症xerostomia链亲和素过氧化物酶streptavidinperoxidase,S-P链亲和素生物素复合物streptavidin-biotin complex SABC良性淋巴上皮病变benignlymphoepithelial lesion亮细胞light cells淋巴上皮癌lymphoepithelial carcinoma淋巴上皮囊肿lymphoepithelial cyst鳞状细胞癌squamous cell carcinoma流行性腮腺炎epidemic parotitis; mumps慢性复发性腮腺炎chronic recurrentparotitis慢性涎腺炎chronic sialadenitis慢性硬化性颌下腺炎chronic sclerosingsialadenitis of submandibular gland; Küttner瘤弥漫性大B细胞淋巴瘤diffuse large B-celllymphoma迷走涎腺aberrant salivary glands免疫球蛋白A immunoglobulin A免疫细胞化学immunocytochemistry免疫组织化学immunohistochemistry囊腺癌cystadenocarcinoma囊腺瘤cystadenoma内翻性乳头状瘤inverted ductalpapilloma皮脂淋巴腺癌sebaceouslymphadenocarcinoma皮脂淋巴腺瘤sebaceous lymphadenoma皮脂腺瘤sebaceous adenoma前淋巴瘤prelymphoma桥本甲状腺炎Hashimoto's thyroiditis亲和素生物素过氧化物酶复合体avidinbiotin-peroxidase complex, ABC人类免疫缺陷病毒hunmanimmunodeficiency HIV溶菌酶lysozyme乳铁蛋白lactoferrin，LF乳头状淋巴囊腺瘤papillarycystadenoma lymphomatosum乳头状囊腺癌papillarycystadenocarcinoma乳头状囊腺瘤papillary cystadenoma乳头状涎腺瘤sialadenoma papilliferum上皮-肌上皮癌epithelio-myoepithelialcarcinoma上皮肌上皮岛epi-myoepithelial island上皮膜抗原epithelial membrane antigen，EMA舍格伦综合征Sjögren's syndrome施墨试验Schirmer test，检查泪液分泌情况的一种试验嗜酸细胞瘤oncocytoma嗜酸性腺瘤oxyphilic adenoma透明细胞癌clear cell carcinoma透明细胞瘤clear cell tumor未分化癌undifferentiated carcimma细胞角蛋白cytokeratin纤维连接蛋白fibronectin涎石病sialolithiasis涎腺病毒病salivary gland virus disease涎腺导管癌salivary duct carcinoma涎腺导管结石salivary duct stone涎腺导管囊肿salivary duct cyst涎腺发育不全aplasia of salivary gland涎腺发育异常development anomalies ofsalivary gland涎腺放线菌病actinomycosis of salivaryglands涎腺结核tuberculosis of salivary gland涎腺囊肿salivary gland cyst涎腺退行性肿大degenerative swelling ofsalivary gland涎腺先天性缺失congenital absence ofsalivary gland涎腺炎sialadenitis涎腺异位hetrotopic of saIivary gland涎腺症sialadenosis腺癌adenocarcinoma腺淋巴瘤adenolymphoma; Warthin瘤腺鳞癌adenosquamous carcinoma腺泡细胞癌acinic cell carcinoma腺样囊性癌adenoid cystic carcinoma小管-腺泡复合体tubelo-acinae-complexs小细胞癌small cell carcinoma小叶状癌lobular carcinoma血管瘤haemangioma血型物质blood group substances粘液表皮样癌mucoepidermoidcarcinoma粘液腺腺瘤样增生adenomatoidhyerplasia of mucous glands植物血凝素受体lectin receptors终末导管癌teminal duct carcinoma转移性多形性腺瘤Metastasizingpleomorphic adenoma组织多肽抗原tissuce peptide antigen，TPA第十七章口腔颌面部囊肿鼻唇囊肿nasolabial cyst鼻腭管囊肿nasopalatine duct cyst鼻牙槽囊肿nasoalveolar cyst残余囊肿residual cyst成人龈囊肿gingival cyst of adults发育性根侧囊肿lateral periodontal cyst根尖囊肿radicular cyst含牙囊肿dentigerous cyst畸胎样囊肿teratoid cyst即婴儿龈囊肿Bohn结节甲状舌管囊肿thyroglossal tract cyst假性囊肿pseudocyst颈部淋巴上皮囊肿cervicallymphoepithelial cyst口腔淋巴上皮囊肿oral lymphoepithelialcyst滤泡囊肿follicular cyst锚纤维anchoring fibrils萌出囊肿eruption cyst皮样囊肿dermoid cyst皮样样囊肿发epidermoid切牙管囊肿incisive canal cyst切牙窝incisive fossa球状上颌囊肿globlo-maxillary cyst鳃裂囊肿branchial cleft cyst上皮斑epithelial plaque舌下囊肿ranula透明小体Rushton body外渗性粘液囊肿mucous extravasation cyst下颌感染性颊囊肿mandibular infected buccal cyst下颌正中囊肿median mandibular cyst 涎腺牙源性囊肿sialo-odontogenic cyst 腺牙源性囊肿glandular odontogenic cyst新生儿牙板囊肿dental lamina cyst of the newborn牙旁囊肿paradental cyst牙源性产粘液囊肿mucus producing odontogenic cyst牙源性角化囊肿odontogenic keratocyst 牙源性囊肿odontogenic cyst炎症性根侧囊肿inflammatory collateral cyst异位口腔胃肠囊肿heterotopic oral gastrointestinal cyst婴儿龈囊肿gingival cyst of infants釉突enamel spur粘液囊肿mucocele痣样基底细胞癌综合征Gorlin 综合征痣样基底细胞癌综合征naevoid basal cell carcinoma syndrome潴留性粘液囊肿mucous retention cyst第十八章牙源性肿瘤壁成釉细胞瘤mural ameloblastoma标准或经典型骨内成釉细胞瘤classic intraosseous ameloblastoma成牙骨质细胞瘤cementoblastoma成牙组织dental formative tissue成釉细胞瘤ameloblastoma成釉细胞肉瘤ameloblastic sarcoma成釉细胞纤维瘤ameloblastic fibroma成釉细胞纤维肉瘤ameloblatic fibrosarcoma成釉细胞纤维牙本质瘤ameloblastic fibrodentinoma成釉细胞纤维牙本质肉瘤ameloblastic fibrodentinsarcoma成釉细胞纤维-牙肉瘤ameloblasticfibro-odontosarcoma丛状型plexiform pattern丛状型单囊成釉细胞瘤plexiform unicystic ameloblastoma促结缔组织增生型成釉细胞瘤desmoplastic ameloblastoma单囊性成釉细胞瘤unicystic ameloblastoma恶性成釉细胞瘤malignant ameloblastoma反折线reversal line非肿瘤性牙滤泡增生non-neoplastic thickened follicle骨异常增殖症osseous dysplasias混合性牙瘤complex odontoma基底细胞型成釉细胞瘤basal cellameloblastoma棘皮瘤型acanthomatous type畸形malformation极性倒置reversed polarity角化成釉细胞瘤keratoameloblastoma颗粒细胞型granular cell type良性成牙骨质细胞瘤benigncementoblastoma滤泡型follicular pattern玫瑰花样结构rosette-like structure明显的玻璃样变marked hyalinization前成釉细胞preameloblast乳头状角化成釉细胞瘤papilliferouskeratoameloblastoma牙本质生成性影细胞癌dentinogenicghost cell carcinoma牙本质生成性影细胞瘤dentinogenicghost cell tumor牙骨质样组织cementoid牙瘤odontoma牙源性癌odontogenic carcinoma牙源性癌肉瘤odontogenic sarcoma牙源性钙化囊肿calcifying odontogeniccyst ,COC牙源性钙化囊性瘤calcifying cysticodontogenic tumor牙源性钙化上皮瘤calcifying epithelialodontogenic tumor; Pindborg瘤牙源性角化囊性瘤keratocysticodontogenic tumour牙源性颗粒细胞瘤granular cellodontogenic tumor牙源性鳞状细胞瘤squamousodontogenic tumor牙源性囊肿恶变malignant change inodontogenic cysts牙源性肉瘤odontogenic sarcoma牙源性透明细胞癌clear cellodontogenic carcinoma牙源性透明细胞瘤clear cellodontogenic tumor牙源性纤维瘤odontogenic fibroma牙源性腺样瘤adenomatoid odontogenictumor, AOT牙源性龈上皮错构瘤odontogenicgingival epithelial hamartoma牙源性影细胞癌odontogenic ghost cellcarcinoma牙源性影细胞瘤odontogenic ghost celltumor牙源性粘液瘤odontogenic myxoma牙源性肿瘤odontogenic tumor一般型成釉细胞瘤classic ameloblastoma影上皮细胞ghost epithelial cell原发性骨内癌primary intraosseouscarcinoma原发性骨内鳞状细胞癌primaryintraosseous squamous cell carcinoma粘液瘤myxoma粘液纤维瘤myxofibroma真性牙骨质瘤true cementoma中心性巨细胞病变（肉芽肿）central giantcell lesion （granuloma）周边型peripheral ameloblastoma周边性牙源性纤维瘤peripheralodontogenic fibroma转移性（恶性）成釉细胞瘤metastasizing（malignant）ameloblastoma组合性牙瘤compound odontoma第十九章口腔颌面部其他组织来源的肿瘤和瘤样病变边缘不规则border irregularity不对称asymmetry车轮状-多形性storiform-pleomorphic成人型纤维肉瘤adult fibrosarcoma成釉细胞癌ameloblastic carcinoma丛状血管瘤tufted angioma又称进展性毛细血管瘤(progressive capillaryhemangioma)、Nakagawa 血管母细胞瘤（angioblastoma of Nakagawa）动静脉性血管瘤arteriovenoushemangioma多形性组织细胞增生症polymorphichistocytosis,PH恶性黑色素瘤malignant melanoma恶性淋巴瘤malignant lymphoma恶性雀斑样痣lentigo melanoma恶性肉芽肿malignant granuloma恶性纤维组织细胞瘤malignant fibroushistocytoma,MFH （多形型称为多形性恶性纤维组织细胞瘤/未分化高级别多形性肉瘤(pleomorphic malignant fibroushistiocytoma/undifferentiated high gradepleomorphic sarcoma)；巨细胞型称为巨细胞恶性纤维组织细胞瘤/伴巨细胞的未分化多形性肉瘤（giant cell malignant fibroushistiocytoma/undifferentiate pleomorphicsarcoma with giant cell）；炎症型称为炎症性恶性纤维组织细胞瘤/伴有明显炎症反应的未分化多形性肉瘤（inflammatorymalignant fibroushistiocytoma/undifferentiate pleomorphicsarcoma with prominent inflammation）；粘液型被归在纤维母细胞/肌纤维母细胞性肿瘤中,称为粘液纤维肉瘤(myxofibrsarcoma)；血管瘤样型则归为分化不确定的肿瘤中，称为血管瘤样纤维组织细胞瘤（angiomatoidfibrous hisiocytoma））非霍奇金淋巴瘤non- Hodgkinlymphoma,NHL分叶状纤维瘤leaf-fibroma复合痣compound naevus汞纹amalgamtatoo海绵状血管瘤cavernous hemangioma黑色素瘤melanoma黑色素胚前瘤menotic progonoma黑素细胞痣melanocytic naevus化脓性肉芽肿pyogenic granuloma霍奇金病Hodgkin disease,HD棘层松解性鳞状细胞癌acantholytic。
第三章 人体胚胎发育
第三章人体胚胎发育人胚胎在母体子宫中发育经历38周（约266天），可分为三个时期：①从受精到第2周末二胚层且不盘出现为胚前期（preembryohic period）；②从第3周至第8周末为胚期（embryonic period），于此期末，胚（embryo）的各器官、系统与外形发育初具雏形；③从第9周至出生为胎期（fetal period），此期内的胎儿（fetus）逐渐长大，各器官、系统继续发育成形，部分器官出现一定的功能活动。
此外，从第26周胎儿至出生后4周的新生儿发育阶段被称为围产期（perinatal stage）。
此时期的母体与胎儿及新生儿的保健医学称围产医学。
它是近年兴起的一门应用学科。
人体胚胎学总论或称人体早期发生，是指从受精至第八周末的发育时期，即胚前期和胚期。
此时期的胚胎发育变化甚大，并易受内、外环境因素的影响。
人体胚胎学总论的内容包括：生殖细胞和受精，卵裂和胚泡形成，植入和胚层形成，胚体形成和胚层分化，胎膜和胎盘。
本章还简述各期胚胎的外形特征和胚胎龄的推算、多胎和联胎，以及胚胎发育的某些机理。
一、生殖细胞和受精（一）生殖细胞生殖细胞（germ cell）又称起配子（gamete），包括精子和卵子，均为单倍体细胞，即仅有23条染色钵，其中一条是性染色体。
它们的发生概况见图20－1（详见第16、17章）。
图20－1精子与卵子发生1．精子的获能精子中的半数含Y染色体（23，Y），半数含X染色体（23，X）。
射出的精子虽有运动能力，却无穿过卵子周围放射冠和透明带的能力。
这是由于精子头的外表有一层能阻止顶体酶释放的糖蛋白。
精子在子宫和输卵管中运行过程中，该糖蛋白被女性生殖管道分泌物中的酶降解，从而获得受精能力，此现象称获能（capacitation）。
精子在女性生殖管道内的受精能力一般可维持1天。
2．卵子的成熟从卵巢排出的卵子处于第二次成熟分裂的中期，并随输卵管伞的液流进入输卵管，在受精时才完成第二次成熟分裂。
第三章 序列对齐分析
第三章3腔肠动物门
水 螅 纲 － 代 表 动 物
2020/4/23
2、钵水母纲（cyphozoaS）
• 生活在海洋中的大型水母，不具缘膜； • 无水螅型或水螅型不发达； • 内外胚层均有刺细胞。 • 生殖细胞由内胚层产生。 海蜇：每年4、5月捕获，加石灰、明矾，
纲。
2020/4/23
2020/4/23
珊 瑚 纲 － 代 表 动 物
2020/4/23
2020/4/23
返回总目录
基部肌原纤维呈环状排列，收缩时 使身体和触手变细； • 腺细胞：
能分泌酶进入中央腔消化食物。
2020/4/23
3、消化循环腔
• 又称肠腔（gastrovascular cavity），为胚胎发 育中的原肠。
• 消化循环腔内腺细胞分泌的主要是蛋白酶，所 以一般不能消化淀粉，但可以在8－12h内将捕 获的食物分散消化。
元与效应器之间存在突触传递（乙酰胆碱）。 • 腔肠动物的神经传递速度很慢：海葵 12－
15cm/s；人类 12500cm/s。
2020/4/23
2020/4/23
腔肠动物－神经系统（水螅）
繁殖与生活史
• 无性繁殖 :
出芽生殖。
（群体生活
的种类，芽
体不离开母
体而形成一
个复杂的群
体。）
水
• 水螅、薮枝
态各异。 • 无世代交替，无水母型，仅水螅型——水螅型有口道和
隔膜（mesenteries）。 体壁内胚层向胃腔延伸形成，增加胃腔的表面积。 隔膜的排列和数量是分类的主要依据之一
2第三章核武器的杀伤破坏因素玉田一中
沾染区划定 通常将0.5cGy·h-1的地域定为沾染边界。 将地面沾染的严重程度划分为四级： 0.5～10cGy·h-1的地域为轻微沾染区； 10～50cGy·h-1的地域为中等沾染区； 50～100cGy·h-1的地域为严重沾染区； 大于100cGy·h-1的地域为极严重沾染区。 人体或物体表面沾染用单位面积上的放射性活度表示（Bq·m-2、Bq·cm距离看到一时间极短的发光区，有菜花状云团和空心水 柱，水柱回落形成巨浪和放射性云雾
杀伤因素 分类
核爆炸时在瞬间产生的巨大能量，形成瞬时杀伤和剩余杀伤两类。 瞬时杀伤（instantaneous killing factor）： 光辐射、冲击波、早期核辐射。 在爆炸的几秒至几十秒之内。
人体受冲击波的冲力作用后，获得加速度，发生位移或被抛掷（想象蚂蚁被风扇吹），在移 动和降落过程中，与地面或其它物体碰撞而发生各种损伤。如肝、脾破裂，软组织撕裂，颅脑损 伤，骨折，脱臼，甚至肢体离散。
2.间接冲击伤：由于冲击波的作用，使各种工事，建筑物倒塌，产生大量高速飞射物，间接地 使人员产生的各种损伤，常见的有挤压伤、砸伤、飞石伤、玻片伤、泥沙堵塞上呼吸道窒息等。
物质污染用比活度表示（Bq·kg-1、Bq·g-1）。 空气或液体污染用放射性浓度表示 （Bq·L-1、Bq·ml-1）。
核武器伤概述
一、核武器的杀伤范围 核爆炸时三种瞬时杀伤因素的作用而使人员发生现场死亡（阵亡）和损伤的地域，
称为杀伤区。 从爆心投影点到达能发生不同程度杀伤（杀情）的距离称为杀伤半径，其最远处
四、影响核武器杀伤作用的主要因素 核武器的杀伤作用受多种因素的影响，主要有三个方面。
（一）核武器的当量和爆炸方式 （二）人口密度和防护情况 （三）自然条件
第三章 真核细胞的基本结构-线粒体
外膜
内膜
膜间腔
基质
5
外膜（outer membrane）
外膜是线粒体最外层所包绕的一层单位膜，厚约5～
7nm，光滑平整。
外膜含有多种转运蛋白（孔蛋白)，它们形成较大的
水相通道跨越脂质双层，使外膜出现直径2~3nm的小 孔，可以通过分子量在10kD以下的物质，包括一些
小分子多肽。
6
线 粒 体 的 膜 结 构
内膜和基质。
脂类占线粒体干重的25％～30％，大部分是磷脂。 线粒体含有DNA和完整的遗传系统，多种辅酶(如CoQ、FMN、
FAD和NAD+等)、维生素和各类无机离子。
线粒体含有众多酶系，目前已确认有120余种，是细胞中含酶最
多的细胞器。
内、外膜的标志酶分别是细胞色素氧化酶和单胺氧化酶；基质和
基质内或依附于线粒体内膜。在一个线粒体内往往有 一至数个mtDNA分子。
所有mtDNA编码的蛋白质在线粒体的核糖体上进行合
成。
19
线 粒 体 基 因 组
20
线粒体基因组
线粒体基因组与核基因组相比要经济或紧凑，核基因
组中编码功能的序列还不足10％，而在线粒体基因组 中只有很少非编码的序列。而且在很多情况下，其 DNA序列中几乎不含终止密码。
若缺血051小时供血情况不能及时改善时线粒体内膜的结构和功能发生变化膜通透性改变激活的atp酶活性下降线粒体凝集内腔浓缩膜间腔扩大体积增加
线粒体
（mitochondria）
新疆医科大学生物教研室 周勇
1
概述
线粒体由德国生物学家Altmenn于1894年发现，当时
称为“bioblast”(生命小体）。
基粒头部具有酶活性，能催化ADP磷酸化生成ATP，
第三章序列比较
第三章序列比较序列比较是生物信息学中最基本、最重要的操作。
序列比较的根本任务是：通过比较生物分子序列，发现它们的相似性，找出序列之间共同的区域，同时辨别序列之间的差异。
在分子生物学中，DNA或蛋白质的相似性是多方面的，可能是核酸或氨基酸序列的相似，可能是结构的相似，也可能是功能的相似。
一个普遍的规律是序列决定结构，结构决定功能。
研究序列相似性的目的之一是，通过相似的序列得到相似的结构或相似的功能。
这种方法在大多数情况下是成功的，当然也存在着这样的情况，即两个序列几乎没有相似之处，但分子却折叠成相同的空间形状，并具有相同的功能。
这里先不考虑空间结构或功能的相似性，仅研究序列的相似性。
研究序列相似性的另一个目的是通过序列的相似性，判别序列之间的同源性，推测序列之间的进化关系。
这里将序列看成由基本字符组成的字符串，无论是核酸序列，还是蛋白质序列，都是特殊的字符串。
本章着重介绍通用的序列比较方法。
第一节序列的相似性序列的相似性可以是定量的数值，也可以是定性的描述。
相似度是一个数值，反应两个序列的相似程度。
关于两条序列之间的关系，有许多名词，如相同、相似、同源、同功、直向同源、共生同源等。
在进行序列比较时经常使用“同源”（homology）和“相似”（similarity）这两个概念，这是经常容易被混淆的两个不同的概念。
两个序列同源是指它们具有共同的祖先，在这个意义上无所谓同源的程度，两个序列要么同源，要么不同源。
而相似则是有程度的差别，如两个序列的相似程度达到30%或60%。
一般来说，相似性很高的两个序列往往具有同源关系。
但也有例外，即两个序列的相似性程度很高，但它们可能并不是同源序列，这两个序列的相似性可能是由随机因素所产生的，这在进化上称为“趋同”（convergence），这样一对序列可称为同功序列。
直向同源序列来自于不同的种属，而共生同源序列则是来自于同一种属序列，其产生是由于进化过程中的序列复制。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
Basic local alignment search tool
BL mary of key points about pairwise alignment • Introduction to BLAST: practical guide to database searching • The BLAST algorithm • BLAST search strategies
Step 4a: 选择可选的搜索参数Select optional search parameters
Step 4a: 选择可选的搜索参数Select optional search parameters
⑤ 矩阵matrix：对于blastp的蛋白质-蛋白质搜索有5种氨基 酸替代矩阵：PAM30,PAM70,BLOSUM45,BLOSUM62(默 认值)以及BLOSUM80.一些其他的BLAST服务器还提供了 很多其他的替代矩阵，如PAM250。通常情况下明智的选择 是在一次BLAST搜索中使用几种不同的打分矩阵。
NP_006735
Step 1: Choose your sequence
三种主要的输入方式： 剪切然后粘贴DNA或蛋白质序列 使用FASTA格式的序列 简单地使用索引号码(如一个RefSeq或GenBank (GI)的序号)。 Sequence can be input in FASTA format or as accession number
Step 2: Choose the BLAST program
blastn (nucleotide BLAST)：将一个核酸的查询序列与一个 核酸序列数据库相比较。 blastp (protein BLAST)：将一个氨基酸的查询序列与一个 蛋白质序列数据库相比较。这类搜索有专门与蛋白质搜索 相关的可选参数，如对各种PAM和BLOSUM打分矩阵的选 择。 tblastn (translated BLAST)：将一个蛋白质查询序列与一 个以所有阅读框动态翻译成蛋白质的核酸序列数据库进行 比较。可以用此程序来判断一个DNA数据库是否编码所感 兴趣的查询蛋白。用RBP查询是否可以在某个已测序的 DNA数据库中找到匹配项呢？
去冗余GenBank编码序列PDB + SwissProt + PIR + PRF
Step 4a: 选择可选的搜索参数Select optional search parameters
当确定了要输入的序列和要搜索的数据库之后，还 有10个其他的可选参数要确定。 ① Limit by Entrez Query：任何NCBI BLAST 搜索 的范围都可以用在Entrez搜索中使用的任何一种范 围限定词来限定。
对于蛋白质搜索，窗口大小可以被设定为3(默认值)或者2。当用一个查询序列来进行 数据库搜索时，BLAST算法首先将查询序列分割成一系列具有特定长度(字段长度)的小的 序列段(字段)。
对于blastp，更大的字段长度将得到更高的搜索精度。对于任意的字段长度，每个字 段的匹配结果将被延伸以得到BLAST的输出结果。实际应用中对于蛋白质搜索很少需要 改变字段的长度。
Database 1
DNA 1
protein 6
protein 6
DNA 36
DNA
DNA potentially encodes six proteins
5’ CAT CAA 5’ ATC AAC 5’ TCA ACT
5’ CATCAACTACAACTCCAAAGACACCCTTACACATCAACAAACCTACCCAC 3’ 3’ GTAGTTGATGTTGAGGTTTCTGTGGGAATGTGTAGTTGTTTGGATGGGTG 5’
Why use BLAST?
BLAST 具有非常广泛的应用： 确定一个DNA或蛋白质序列身份。如可能通过一个负杂 交实验或芯片实验发现一个特殊的DNA序列中你所使用的 实验条件下是被显著调控的，那么就可以通过将这个DNA 序列在一个蛋白质数据库中进行搜索，来寻找哪些蛋白质 是与你的DNA序列所编码的蛋白质相关性最高的。 发现新基因。如一个对于全基因组DNA的BLAST搜索可 能会发现一个DNA所编码的蛋白质是以前所没有报道过的 确定一个特定基因或蛋白质有哪些已经发现了的变种。 例如，很多病毒都具有极强的突变能力；HIV-1pol有哪些 已知的变异体？
Example of the FASTA format for a BLAST query 一个FASTA格式的序列以一个单行的说明开始，接下来是 若干个行的序列数据。
在一个BLAST搜索中输入accession number通常要容易 些。BLAST程序可以识别和忽略出现在你的输入序列字母 中间的数字。
BLAST
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) allows rapid sequence comparison of a query sequence against a database. The BLAST algorithm is fast, accurate, and web-accessible.
tblastx (translated BLAST)：将一个核酸查询序列的6种框架 的翻译结果与一个核酸序列数据库的6种框架翻译产物进行比 较。该程序不能使用BLAST网页上提供的主要的去冗余(nr)数 据库，因这一操作很消耗计算机资源。
Choose the BLAST program
Program Input blastn DNA blastp protein blastx DNA tblastn protein tblastx DNA
Why use BLAST?
BLAST 是NCBI中用来将一个蛋白质或DNA序列和各种数 据库中的其他序列进行比对的主要工具。 BLAST搜索是研 究一个蛋白质和基因的最基本的方法之一。
Why use BLAST?
BLAST 具有非常广泛的应用： 确定特定的蛋白质或核酸序列有哪些已知的直系同源或 旁系同源序列。除了RBP外，还有哪些其他的脂质运载蛋 白是我们所知道的？当一个新的细菌的基因组被测序后， 几千种蛋白质被确定，其中有多少蛋白质是同源的？从这 里面测出的基因中有多少是在GenBank中找不到显著性同 源物的？ 确定哪些蛋白质和基因在特定的物种中出现。植物中是 否也存在像RBP这样的脂质运载蛋白？鱼类中是否有反转 录酶基因(HIV-1 pol 基因)？
Step 4a: 选择可选的搜索参数Select optional search parameters
Step 4a: 选择可选的搜索参数Select optional search parameters
④ 字段长度word size：BLAST程序是通过比对未知序列与数据库序列中的短序列来发现 最佳匹配序列的。最初进行“扫描”(scanning)就是确定匹配片段。序列的匹配程序由短 序列(定义为“word”,即字)的联配得分总和来决定。联配时，“字”的每个碱基均被计分 ：如果碱基对完全相同(如A与A)，得某一正值；如果碱基对不很匹配(W与A或T)，则得 某一略小的正值；如果两个碱基不匹配，则得一负值。总的合计得分便决定了序列间的 相似程度。
Step 2: Choose the BLAST program
blastx (translated BLAST)：将一个核酸的查询序列按所有可 能的阅读框翻译后的序列与一个蛋白质序列数据库进行比较。 如若有一个DNA序列，想知道它编码什么蛋白质，用此程序进 行搜索。它会自动将DNA翻译成6种可能的蛋白质。然后此程 序就会将翻译的6个蛋白质序列逐一与蛋白质序列数据库中的 各个成员进行比较。
Four components to a BLAST search
(1) Choose the sequence (query) (2) Select the BLAST program (3) Choose the database to search (4) Choose optional parameters Then click “BLAST”
5’ GTG GGT 5’ TGG GTA 5’ GGG TAG
Step 3: choose the database
BLAST搜索可使用的数据库会列在每一个BLAST 页面上，对于蛋白质数据库搜索(blastp和blastx)， 两个主要的选择即nr数据库和SwissProt。 nr = non-redundant (most general database) dbest = database of expressed sequence tags dbsts = database of sequence tag sites gss = genomic survey sequences htgs = high throughput genomic sequence
对于核酸序列，默认的字段长度是11，BLAST的字长缺省值为11，即BLASTN将扫 描数据库，直到发现那些与未知序列的11个连续碱基完全匹配的11个连续碱基长度片段 为止。然后这些片段(即字)被扩展。11个碱基的字长已能有效地排除中等分叉的同源性和 几乎所有随机产生的显著联配。它可以被增大(15)或减小(7)。降低字段长度将会使搜索变 得更准确同时也会变得更慢。
Step 2: Choose the BLAST program
Step 2: Choose the BLAST program
blastn (nucleotide BLAST) blastp (protein BLAST) tblastn (translated BLAST) blastx (translated BLAST) tblastx (translated BLAST)
Step 3: choose the database