blast验证引物教程1

图解blast验证引物教程

——以文献报道的人类的ABCG2的引物为例

1、进入网页：/BLAST/

2、点击Basic BLAST中的nucleotide blast选项

3、完成2操作后就进入了Basic Local Alignment Search Tool界面

（1）在Enter Query Sequence栏中输入引物序列：

注：文献报道ABCG2的引物为5’-CTGAGATCCTGAGCCTTTGG-3’;

5’-TGCCCATCACAACATCATCT-3’

简便的做法是同时输入上下游引物。输入上下游引物系列都从5’—3’。输入上游引物后，加上≥20个字母n，再输入下游引物，如下图：

（2）在Choose Search Set栏中：

Database根据预操作基因的种属定了，本引物可选Human genomic + transcript或

Others (nr etc.)。本人倾向于选后者，觉得此库信息更多。如下图：

（3）在Program Selection中：选择Somewhat similar sequences (blastn)项，如下图：

（4）在此界面最下面：如下图

Show results in a new window项是显示界面的形式，可选可不选，在此我们选上了。关键要点击Algorithm parameters参数设置，进入参数设置界面。

4. 参数设置：

（1）在General Parameters中：Expect thresshold期望阈值须改为1000，大于1000也可以；

在Word size的下拉框将数字改为7。如下图：

（2）Scoring Parameters无须修改

（3）Filters and Masking中，一般来说也没有必要改

5．点击最下面一栏的BLAST按钮，如图：

6.点击BLAST按钮后，跳转出现如下界面：

7. 等待若干秒之后，自动跳转出现显示BLAST结果的网页。该网页用三种形式来显示blast的

结果。

（1）图形格式：