blast验证引物教程1
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图解blast验证引物教程
——以文献报道的人类的ABCG2的引物为例
1、进入网页:/BLAST/
2、点击Basic BLAST中的nucleotide blast选项
3、完成2操作后就进入了Basic Local Alignment Search Tool界面
(1)在Enter Query Sequence栏中输入引物序列:
注:文献报道ABCG2的引物为5’-CTGAGATCCTGAGCCTTTGG-3’;
5’-TGCCCATCACAACATCATCT-3’
简便的做法是同时输入上下游引物。输入上下游引物系列都从5’—3’。输入上游引物后,加上≥20个字母n,再输入下游引物,如下图:
(2)在Choose Search Set栏中:
Database根据预操作基因的种属定了,本引物可选Human genomic + transcript或
Others (nr etc.)。本人倾向于选后者,觉得此库信息更多。如下图:
(3)在Program Selection中:选择Somewhat similar sequences (blastn)项,如下图:
(4)在此界面最下面:如下图
Show results in a new window项是显示界面的形式,可选可不选,在此我们选上了。关键要点击Algorithm parameters参数设置,进入参数设置界面。
4. 参数设置:
(1)在General Parameters中:Expect thresshold期望阈值须改为1000,大于1000也可以;
在Word size的下拉框将数字改为7。如下图:
(2)Scoring Parameters无须修改
(3)Filters and Masking中,一般来说也没有必要改
5.点击最下面一栏的BLAST按钮,如图:
6.点击BLAST按钮后,跳转出现如下界面:
7. 等待若干秒之后,自动跳转出现显示BLAST结果的网页。该网页用三种形式来显示blast的
结果。
(1)图形格式: