医学课件细胞总RNA提取及逆转录
外周血单个核细胞总RNA的分离纯化及其逆转录
4. 加10ul DEPC(焦磷酸二乙酯)水溶解RNA。
逆转录-PCR的原理
提取组织或细胞中的总RNA,以其中的mRNA作 为模板,采用Oligo(dT)或随机引物,利用逆转录 酶特异性地反转录成cDNA,再以cDNA为模板进 行PCR扩增,而获得目的基因。转录产物具有连 续的氨基酸编码区,不需要进行剪接,可在原核 细胞中表达。
RNA极易降解,因其RNA酶分布广、活性强、 且难以失活,痕量的RNA酶就能够造成严重的 RNA降解,实验中采用多种措施抑制RNA酶的 活性,减少RNA的降解。
抑制RNA酶活性的试剂
1. 焦磷酸二乙酯(DEPC),一种强烈的烷化剂,能 够和RNA酶的活性基团组氨酸的咪唑环反应而以 抑制外源RNA酶。 2. 异硫氰酸胍,一种强蛋白变性剂,可使包括 RNA酶在内的所有酶活性丧失,抑制外源性RNA 酶活性。
实验步骤—— PCR扩增
反应体系:
10×Buffer 2 ml
Mg2+
1.5 ml
dNTP
2 ml
cDNA
5 ml
Taq
0.2 ml
primer
2 ml
ddH2O 总体积
17.3 ml 30 ml
反应条件: 94℃ 5min 94 ℃ 45s 56 ℃ 30s ×30c 72 ℃ 30s 72 ℃ 5min 4 ℃ 保存
结果与分析
PCR产物进行琼脂糖电泳鉴定,标明目的条 带,非目的条带。
具体实验结果分析,如果实验失败,请分析 原因,按实际实验出发。
注意事项——预防RNase污染
RNA基本操作技术ppt课件
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2、RNA的浓度
OD260 值 =1 , 相 当 于 单 链 DNA 或 RNA 为 40μg/mL,寡核苷酸为20μg/mL。
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3、RNA的完整性
rRNA大小完整,而且28S rRNA和 18S rRNA亮度 接近2:1;mRNA分布均匀,则认为RNA质量较好。
3、取上层水相于一新的离心管,按每mlTrizol液加 0.5ml异丙醇的比例加入异丙醇,室温放置10分钟, 12000g离心10分钟
4、弃去上清液,按每ml Trizol液加入至少1ml的比例 加入75%乙醇,涡旋混匀,4℃下7500g离心5分钟
5、小心弃去上清液,然后室温或真空干燥5-10分钟, 注意不要干燥过分,否则会降低RNA的溶解度。然 后将RNA溶于水中,必要时可55℃-60℃水溶 10分 钟。RNA可进行mRNA分离,或贮存于70%乙醇并 保存于-70℃
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RNA的纯度、浓度与完整性
1、RNA的纯度
纯的RNA样品其OD260/OD280应介于1.8-2.0 之间。 1)若RNA样品OD260/OD280比值太小,说明有蛋 白质或酚的污染; 2)比值大于2.0时,可能被异硫氰酸胍等污染;
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总RNA的提取和RT-PCRPPT课件
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操作步骤
1. 细胞中加入1 ml Trizol(RNAisoPlus)用移液枪反复吹吸直无明显沉 淀后,室温放置5min,使其充分裂解。
(注意:此时可放入-70℃长期保持。 )
2. 按200 ul 氯仿/ml Trizol加入氯仿,振荡混匀后室温放置2-3 min。
总RNA的提取、定量与 RT-PCR
周珏宇 博 士
南方医科大学 生物化学与分子生物学实验教学中心
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目的
完整RNA的提取和纯化,是进行RNA 方面的研究工作如 Nothern杂交、mRNA分离、RT-PCR、定量PCR、 cDNA合成及体外翻译等的前提。
掌握从细胞中提取总RNA的方法
(注:千万不要吸取中间界面;若同时提取DNA和蛋白质,则保留下层 酚相存于4℃冰箱,若只提RNA,则弃下层酚相。)
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操作步骤
5. 加入等体积异丙醇后,上下颠倒混匀,4℃放置5-10 min。 6. 4℃ 12,000g离心10 min,弃上清,离心后在管侧和管底出现胶状沉
淀。 7. 加入1 ml 75%乙醇,(切勿触及沉淀!)温和振荡离心管,悬浮沉淀。 8. 4℃ 12,000g离心5 min,尽量弃上清。 9. 室温晾干或真空干燥5 min。(注:RNA样品不要过于干燥,否则很
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紫外吸收检测RNA的浓度
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加 样 枪 的 使 用
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操作步骤
样品处理
提取组织RNA时,每50~100mg组织用1ml Trizol试剂对组织进行 裂解;
总RNA的提取和RCRPPT课件
加 样 枪 的 使 用
操作步骤
样品处理
提取组织RNA时,每50~100mg组织用1ml Trizol试剂对组织进行 裂解;
RNA酶污染来源
RNA酶可耐受多种处理而不被灭活,如煮沸、高压灭菌 等。
严格控制外源性RNA酶的污染:外源性的RNA酶存在于 操作人员的手汗、唾液等,也可存在于灰尘中,造成器 械、玻璃制品、塑料制品、电泳槽、研究人员的手及各 种试剂的污染。
最大限度地抑制内源性的RNA酶:而各种组织和细胞中 则含有大量内源性的RNA酶。
悬浮细胞先离心沉淀,每5-10 ×106个细胞加1ml Trizol后,反复用 枪吹打或剧烈振荡以裂解细胞。
培养贴壁细胞不须消化,可直接用Trizol进行消化、裂解,Trizol体 积按10cm2/ml比例加入。 (注意:匀浆一定要彻底,是提取高质量RNA的前提;细胞数量与 Trizol的比例,细胞的数量不能过多。)
难溶解。) 10. 加入10 ul无RNase的水,充分震荡混匀。
紫外光吸收法
原 理:
1. 物质在光的照射下会产生对光的吸收效应 2. 而且物质对光的吸收是具有选择性的 3. 各种不同的物质都具有其各自的吸收光谱
因此不同波长的单色光通过溶液时其光的能量就会 被不同程度的吸收,光能量被吸收的程度和物质的浓度 有一定的比例关系.
操作步骤
5. 加入等体积异丙醇后,上下颠倒混匀,4℃放置5 min。 6. 4℃ 12,000g离心10 min,弃上清,离心后在管侧和管底出现胶状沉
RNA提取-反转录-半定量PCR
RNA提取原理及每个步骤的原理一、实验目的:提取组织中RNA,作为逆转录cDNA的原料二、实验原理:(异硫氰酸胍-酚-氯仿一步法)a) TRIZOL试剂是直接从细胞或组织中提取总RNA的试剂,它在破碎和溶解细胞时能保持RNA的完整性。
试剂主要成分为异硫氰酸胍和苯酚,其中异硫氰酸胍可裂解细胞,促使核蛋白体的解离,使RNA与蛋白质分离,并将RNA释放到溶液中。
加入氯仿后离心,样品分成水样层(无色)和有机层(黄色)。
RNA存在于水样层中。
收集上面的水样层后,RNA可以通过异丙醇沉淀来还原。
在除去水样层后,样品中的DNA和蛋白也能相继以沉淀的方式还原。
乙醇沉淀能析出中间层的DNA,在有机层中加入异丙醇能沉淀出蛋白。
三、实验材料:氯仿,异丙醇,Rnase-free ddH2O,75%乙醇(用Rnase-free水配制)四、实验步骤:(TIANGEN:Phase lock Gel TM Henny 配合Trizol A+提总RNA 操作)实验流程图细胞细胞选择冷贴壁细胞斗悬浮细胞pHS.71.匀浆处理(*打开离心机,降温)a) -80℃冻存组织,转移至普通2ml管中,每30mg组织加1ml Trizol A+。
用匀浆仪匀浆,样品体积不超过Trizol A+体积的10% (注:先加7003 Trizol A+,再加3003,防止外溢;一般匀浆1.5~2min,可设Timer)裂解细胞,促使核蛋白体的解离,使RNA与蛋白质分离,并将RNA释放到溶液中2.将匀浆样品在20℃左右放置5min使RNA充分释放到溶液中3. 将Phase lock Gel TM(PLG)置于离心机中,15000Xg 离心30s离心到底部,不让贴壁4.将第2步中的匀浆样品全部转移至离心后的PLG中,每1ml Trizol A+加入0.2ml氯仿,盖好管盖,剧烈震荡15s分层,PLG可在在水相和有机相之间形成一层致密的固体,将中间层的蛋白杂质和下层有机相完全锁在固体之下,这样,全部水相样品可轻松吸出,完全不用担心混入杂质,也不用担心酚氯仿会不小心流出来。
分子生物学 第7章 RNA复制与逆转录ppt课件
精选ppt课件2021
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tRNA
R U5 PB
gag
R′ U′5
R U5 PB
gag
R′ U′5
PB
gag
负链 DNA
An
pol
env
U3 R
以 tRNA 为引物开始合成 cDNA 负链
pol
env
U3 R An
RNase H 降解模板 R 和 U5
An
pol
env
U3 R
负链 DNA3′端与模板 R 区配对(第一次跳跃)
精选ppt课件2021
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7.2.1 RNA复制酶类
由病毒自己编码的RNA复制酶主要是依赖RNA的RNA 聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase,RdRP)。
RNA复制酶功能与特性: ⑴ 以“–RNA”为模板合成“+RNA”活性高,而以“+RNA” 为模板合成“–RNA”活性低; ⑵ 合成RNA链方向为5′→3′; ⑶ 能将互补的双链RNA分开; ⑷ 缺少核酸酶活性,校正功能低,差错率高; ⑸ 多数分布在细胞质中,少数在细胞核中; ⑹ 酶活性具有可调控性,复制时,RdRP抑制外壳蛋白表达, 而成熟期,外壳蛋白抑制RdRP活性。
这类病毒包括滤泡性口腔炎病毒、流感病毒、
副流感病毒、莴苣坏死黄化病毒、麻疹病毒、狂犬病毒
等。
脱壳
病毒
RdRP
加工
亲代 –RNA
+RNA ① RdRP
子代
mRNA ② 翻译
–RNA
GpppN GpppN
帽子 mRNA
③ 翻译
子代病毒颗粒 组装
RNA 复制酶 病毒外壳蛋白 致病蛋白
《RNA的提取》课件
可以采用离心、过滤、沉淀等方法去 除杂质,或者使用特定的吸附剂将杂 质吸附后一起去除。
提取效率低下的问题及解决方案
问题
在提取过程中,有时会出现提取效率低下的 问题,即提取出的RNA量较少或质量较差 。
解决方案
可以尝试优化提取条件,如改变缓冲液成分 、调整pH值、增加样本量等;同时,也可 以采用一些先进的提取方法和技术,如磁珠 法、亲和层析法等,以提高提取效率。
《RNA的提取》 PPT课件
目录
• RNA提取概述 • 实验材料准备 • RNA提取的方法 • RNA的质量检测 • RNA提取的常见问题及解决方案 • 实验结果分析
01 RNA提取概述
RNA的简介
总结词
RNA的基本信息
详细描述
RNA,全称为核糖核酸,是一种重要的生物分子,参与遗传信息的转录和翻译过程。它由核糖核苷酸通过磷酸二 酯键连接而成,分为mRNA、tRNA和rRNA三种类型,分别在蛋白质合成中起信使、转运和结构作用。
在提取过程中,应尽量保持低温,避免长时间暴露在高温 环境中;同时,控制好pH值,避免过酸或过碱环境对RNA 的破坏;此外,使用RNA酶抑制剂可以有效防止RNA被酶 降解。
提取过程中杂质的去除问题及解决方案
问题
在提取过程中,常常会伴随一些杂质 如蛋白质、多糖、色素等,这些杂质 会影响后续的实验结果。
谢谢聆听
酚-氯仿提取法
原理
利用酚和氯仿的混合液抽提细胞破碎后的上清液,使 RNA进入水相,而DNA和蛋白质则进入有机相。
01
步骤
样品匀浆→加酚-氯仿→离心取水相→ 加乙醇沉淀RNA→洗涤→溶解。
02
03
特点
酚-氯仿提取法是一种比较经典的方法 ,操作简便,但可能会损失部分RNA 。
实验一、RNA提取方法及原理30页PPT
谢谢!
51、 天 下 之 事 常成 于困约 ,而败 于奢靡 。——陆 游 52、 生 命 不 等 于是呼 吸,生 命是活 动。——卢 梭
53、 伟 大 的 事 业,需 要决心 ,能力 ,组织 和责任 感。 ——易 卜 生 54、 唯 书 籍 不 朽。——乔 特
实验一、RNA提取方法及原理
11、用道德的示范来造就一个人,显然比用法律来约束他更有价值。—— 希腊
1ห้องสมุดไป่ตู้、法律是无私的,对谁都一视同仁。在每件事上,她都不徇私情。—— 托马斯
13、公正的法律限制不了好的自由,因为好人不会去做法律不允许的事 情。——弗劳德
14、法律是为了保护无辜而制定的。——爱略特 15、像房子一样,法律和法律都是相互依存的。——伯克
55、 为 中 华 之 崛起而 读书。 ——周 恩来
RNA提取-逆转录
RNA提取和RT-PCR1.准备工作:检查提RNA专用的枪头,EP管,以及PBS,Trizol,氯仿,酚氯仿,异丙醇,75%乙醇,DEPC水(0.1%)。
2.从4℃取出Trizol恢复室温,预冷离心机到4℃。
3.用室温的PBS把细胞洗一次,加入1ml Trizol裂解细胞,静置5分钟,反复吹打10次,收集到EP管内,-80℃可储存一个月(解冻时需要离心)。
4.向Trizol裂解液内加入200ul氯仿,上下用力颠倒混匀半分钟,静置3分钟。
5.4℃,12000g离心15分钟,此时可见细胞裂解液分三层:上层为水相的RNA;中层为DNA,脂类等;下层为细胞残渣,蛋白,多糖等。
6.转移上层的水相到新的EP管内,150ul吸三次,共450ul。
7.补充200ul的DEPC水,总体积即为650ul,加入等体积的酚氯仿,混匀,静置3分钟后,4℃离心,12000rcf,15分钟。
8.取上清500ul到新的EP管内,167ul吸三次。
加入等体积的异丙醇,混匀,静置10分钟后,4℃,12000g离心10分钟。
9.小心去掉上清,注意不要丢失RNA沉淀,加入1ml 75%乙醇, 上下颠倒,使沉淀块重悬起,加75%乙醇后4℃可储存一周, -20℃可储存一年。
10.4℃,12000g离心10分钟,小心去掉上清,尽量吸干管壁的液体,注意不要丢失RNA沉淀,若沉淀松动可再次离心。
晾干约15分钟,至管壁无液体。
11.加入适量体积(20-30ul)的DEPC水溶解RNA,58℃水浴10分钟。
12.取出3 ul定量,测量buffer: 10mM TrisCl(pH7.8),根据定量结果进行逆=40µg/ml,A260/A2801.8~2.1)转录。
(1A26013.逆转录:a.根据定量结果取2μg RNA补充DEPC水至14μl;b.加入1μg oligod(T),70℃5min,取出后立刻冰上孵育5min;c.进行逆转录反应:在上一步反应管中直接加共40μl,42℃反应1h。
细胞总RNA提取及逆转录ppt课件
逆转录酶:
• RT
存在于逆转录病毒 体内。 常见有哺乳动 物型37oC,禽类型 42oC 。
以mRNA为模板的 DNA聚合酶,构成与 RNA碱基相互补DNA
mRNA
AAAAAA(n)
10min 68-70oC, annealing mRNA
mRNA cDNA
1-2h
AAAAAA(n) 3 -TTTTTT(18)-5 37-42oC, RTase
❖留意: RNA沉淀的溶解一定要耐心 充分,一定要用加样器反复多次吹打方 可。但由于溶液体积非常小,要防止出 现气泡影响RNA的溶解。
防止气泡的方法: 用加样器的第一挡 每次吹打都不要打出气体
判别溶解程度:
吹打时液体流动不拐弯 为止。
14) 吸出 4.5 l溶液放到冰上备用 (将用于电泳)。
•第二步:逆转录反响
最常用的RNase抑制剂: 与蛋白质中的组氨酸结合,使蛋白量
变性。
有效浓度:0.05%---0.1%(DEPC水),室温磁力搅拌20分钟。
用于浸泡各种器材。
灭活条件:高压。
在Tris溶液中半衰期为1.25min。
试剂的配制:无RNase的溶液(用DEPC水配制, 高压)
储存方法:不能用聚苯乙烯器皿。4 C ,或液氮中。
留意: 电泳槽的清洁! 一切试剂、器材、溶液需求灭RNA酶处置。 琼脂糖凝胶要新颖配制! 紫外透射仪察看电泳结果
第二步:向上述反响溶液中依次参与以下试剂:
5RT-buffer
RNasin (40U/ml) dNTPs (10mmol/L) AMV
4 l 1 l 4 l 1 l
轻弹管底混合,置42℃水浴1h。
2、肝素: 运用浓度:0.1—10mg/ml 效 果: 37 C 时,可抑制95%的RNase 活力。
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RNase抑制剂介绍
1、DEPC ( 二乙基焦炭酸盐) 最常用的RNase抑制剂: 与蛋白质中的组氨酸结合,使蛋白质 变性。 有效浓度:0.05%---0.1%(DEPC水),室温磁力搅拌20分钟。 用于浸泡各种器材。 灭活条件:高压。 在Tris溶液中半衰期为1.25min。
试剂的配制:无RNase的溶液(用DEPC水配制, 高压)
储存方法:不能用聚苯乙烯器皿。4 C ,或液氮中。
2、肝素: 使用浓度:0.1—10mg/ml
效
果: 37 C 时,可抑制95%的RNase 活力。
如果与DEPC联合应用, 具有极强的抑制 效果。
三、RNA提取的实验操作
5)加入200 l氯仿, 震荡混匀20-30s, 室温放置5min(此期间液体开始分层, 此时不要轻易搅动液体)。 6)10000 rpm,离心5min。
Protein
RNA (清澈透明) DNA
7) 将清澈透明的上层水相 转移至另一离心管中。
8) 沉淀RNA: 加入0.5ml异丙醇,上下颠倒混匀,室温放置10min。 10000rpm,离心10min。弃上清。 9) 加1ml 75%乙醇洗涤管壁。 (注意贴管壁在沉淀的对侧缓慢加入,不要搅动沉淀 ) 10) 7500rpm离心1min,弃上清。 再离心几秒钟,将管壁液体(用加样器)完全移净。
3、rRNA: 80-85% 大亚基60S: 28S=4718nt 小亚基40S: 18S=1874nt
二、RNA提取的注意事项
RNA酶:广泛存在:灰尘、人体唾液、实验器材表面。 生物活性非常稳定:耐热、耐酸、耐碱。 1、 尽量避免外源性RNase 污染 A. 操作环境空气洁净。带手套、口罩。 B. 用新开封的化学试剂。(试剂应该专用) C. 一次性塑料器材最好是新开封, (DEPC水处理后)高压灭菌。 D. 玻璃器材、水都应该经过去RNase 处理。 对玻璃器材还应该进行高温烘烤。 2、抑制内源性RNase 活性: RNase 抑制剂。
3、以总RNA为模板的逆转录反应
•第一步: 提取小鼠肝脏组织的RNA
一、真核细胞的总RNA
1、mRNA: 1-5% 5`鸟嘌呤7位甲基化—CH3修饰。 1)免受核酸酶破坏, 2)起始、促进蛋白质合成。 3`poly(A)尾巴结构 20--200个A. 翻译所必需。 起始密码:AUG 终止密码:UAA,UAG,UGA。 2、tRNA: 10-15% 5S=120nt 5.8S=160nt
1、打开电源
2、离心管中的液体为2/3,盖紧盖子,防止离心机被腐蚀。 3、将样品标记好并配平, 对称放入离心机(管 的连接处朝外)。 4、设定离心的转速和时 间。 5、统一离心。
Team Work
1代表转速盘上方的数据,2代表下方的数据。
实验一、 细胞总RNA的提取及
逆转录
实验内容: 1、小鼠肝脏组织总RNA的提取 2、RNA的变性琼脂糖凝胶电泳
课间介绍 RNA提取的几种方法
1、异硫氰酸胍法: GuSCN 是一种强的蛋白质变性剂,裂解细胞的同 时,还能有效地抑制内源性 RNase的活性,通过有机 溶剂的分步抽提,可获得纯度较高的细胞总RNA。 特点:需低温操作,但价格经济。 2、Trizol 试剂(商品化产品) 特点:在室温下可以提取细胞总RNA, 简单、快速、提取量大、纯度高。 3、mRNA提取试剂盒 真核细胞mRNA的3末端有ploy(A)尾,利用寡聚 dT 纤维素结合mRNA,将其从细胞总RNA中分离出来。
【每名同学的3个实验报告放在一起,最后一次实验课交。 学生交卷后签名。教师按学号排卷。】
先介绍本轮实验中两种 常用仪器的使用方法
1. 加样器 2. 离心机
一、加样器的使用及注意事项
1、 用途 —— 微量吸取液体 2、 每组3支加样器
顶部标记加样器的最大量程,分别为: 20 l: 100 l: 1000 l: 0.5 ~ 20 l 20 ~ 100 l 200 ~ 1000 l
分子生物学实验
~欢迎大家参加分生实验课的学习!
1、 每组同学做一份实验;
2、 遵守实验室规则,穿白衣;
3、 同学们在听课时要作好记录;
4、 上课时间。
2013年 五年制 实验课考试形式
1. 实验成绩考核占总成绩15%。 2. 每次实验报告5分含随堂测试,共三次,合15分。 3. 缺实验课成绩者,本课程不予通过。
练习:加样器读数为 100,实际体积各为多少?
5、加样器使用步骤:
1)选择加样器,观察读数,调节读数。 安装吸头要紧密(不要用手直接拿吸头),安装后旋转固定一下。 2)在液面外,先按到第一挡。 3)将吸头插入液面下的适当深度:
过深可能会腐蚀加样器, 过浅可能会吸入空气。
第一挡为实际读数体积,
第二挡为帮助彻底打出液体,避免吸头内液体残留。 4)缓慢松开拇指 ,吸取液体。
3、 根据取样量,选择合适量程的加样器。 Q:如果要吸取5μl、50μl、150μl、 500μl的
液体,应选择哪个加样器?
4、如何调节?
(1)首先观察目前的读数,假设为050: 最大量程为20l的加样器 — 5l 最大量程为100l的加样器 — 50l 最大量程为1000l的加样器 — 500l (2) 顺时针调节--- 读数变小 逆时针调节--- 读数变大 (3) 注意:调节前,加样器读数正处于最大量程或最 小量程时,如果向错误方向调节,马上会超出量 程,将会损害加样器的精度。
RNA分离的关键因素:避免RNA酶1) 发放口罩、帽子、手套,每个组来一个人领取。 将1mL Trizol试剂移入Eppendorf管中。 2) 实验教师操作 : 取新鲜小鼠肝脏组织,组织块 不宜过大,放在玻片上立即研磨,研磨要彻底。
3) 将研磨后的组织 ( 小米粒大小 ) 转移至 1mL 的 Trizol 试 剂 中 , 盖 紧 盖 , 上 下 颠 倒 混 合 2min 以 上 。 使组织细胞充分裂解。肉眼观察可见液体变成 均匀浑浊状。 4)室温孵育10 min。
完全放开拇指后,停留半秒钟。急于离开液面,易吸入空气。 5)抬起加样器,估计体积是否正确,将外壁液体用容器口引流回去 6)贴容器内壁,加样器推到第二挡将液体匀速打出。(吸头内有液 体时,不能将加样器平放或倒置,液体会倒流损坏加样器!) 7) 观察吸头内液体是否完全打出,将吸头弃于废物盒内。
二、离心机的使用及注意事项