discovery本科试验教程

合集下载

Discovery教程(上册)

Discovery教程(上册)

Discovery教程(上册)(基本操作、数据加载)目录GeoGraphix Discovery 教程说明 (1)第一章建立工区 (3)1建立一个工区 (3)第二章输入人文数据和井数据 (10)2输入人文数据 (10)3输入和查看数据服务公司的一般井数据 (15)4用Excel 表格输入普通井数据 (21)5给井输入ASCII文本文件 (28)6输入测井曲线 (41)第三章建立底图 (44)1显示人文地理/大地网格图层 (44)2图层显示属性(线条、文字等。

) (47)3底图属性(比例尺、标题等) (50)第四章在底图上添加井数据 ...... 错误!未定义书签。

1在底图上添加作业者、井名和井号、总深度等错误!未定义书签。

2在底图上显示WellBase图层 ............. 错误!未定义书签。

3建立研究区 ........................................... 错误!未定义书签。

4建立/显示WellBase 海拔深度图层 .. 错误!未定义书签。

5建立/显示WellBase 地层厚度图层 .. 错误!未定义书签。

第五章井数据查看和质量控制.... 错误!未定义书签。

1在底图上选井查看可用的井数据 ....... 错误!未定义书签。

第六章在地质剖面上进行分层和层位对比错误!未定义书签。

1通过GeoAtlas建立一个横剖面 ......... 错误!未定义书签。

2建立测井曲线显示模板 ....................... 错误!未定义书签。

3修改/定制剖面 ..................................... 错误!未定义书签。

4建立在GeoAtlas 中显示的剖面线 .... 错误!未定义书签。

5在XSection中的地层划分/地层对比错误!未定义书签。

第七章等高线地质解释............ 错误!未定义书签。

7在IsoMap图层上作海下构造顶部等高线错误!未定义书签。

Discovery Studio官方教程--基于MODELER构建抗体模型

Discovery Studio官方教程--基于MODELER构建抗体模型

抗体3D结构的预测(MODEL ANTIBODIES)教程介绍抗体分子是生物学和医学领域用途最为广泛的蛋白分子。

以肿瘤特异性抗原或肿瘤相关性抗原、抗原独特型决定簇、细胞因子及其受体、激素及一些癌基因产物作为靶分子,利用传统的免疫方法或通过细胞工程、基因工程等技术制备的多克隆抗体、单克隆抗体、基因工程抗体广泛应用于疾病诊断、治疗及科学研究等领域,并以其毒副作用小、天然和高度特异性的疗效,创造出了巨大的社会效益和经济效益。

抗体和抗体-抗原复合物的结构通常被用于了解基于抗体的药物的作用机制,在抗体工程上提供帮助。

X射线晶体学方法有助于抗体结构的解析,但是与计算模拟相比,耗费的经济成本和时间成本太高。

本教程中使用DS基于一个合成人类Fv区域的序列构建3D抗体模型,相对于X射线晶体结构选择性评估模型的质量。

随着大量的抗体Fv区域、Fab区域和高度保守区的结构被解析出来,使用同源模建的方法构建抗体结构成为可能。

构建一个抗体Fv或Fab区域结构模型的一个典型的流程是首先根据已知抗体模板结构构建框架结构,然后必要的时候使用额外的模板优化互补决定区。

在本教程中的任务包括以下几个步骤:♦结构模板的识别♦抗体Framework区模型的构建♦构建抗体Loop区♦模型可靠性的评估抗体序列的分析和识别载入序列。

在本教程中对于序列的分析这一步对于构建抗体结构不是必须的,但是对于序列上述两个序列依次分别为抗体MA5的重链(H)序列和轻链(L)序列。

计算完成之后会自动打开一个序列注释结果窗口(如上图),蓝色的表示轻链可变区,粉红色的表示CDR loop区,同样的结构域在序列注释窗口显示同样的颜色。

如果你在序列注释窗口中选择一段loop区,相应的氨基酸会在下方的序列窗口中以同样的颜色显示出来。

小技巧:鼠标右键点击序列窗口的标尺工具可以选择Residue ID,显示出每个氨基酸的残基号。

同理,可以用同样的方法把重链的序列分析注释显示出来。

Discovery Studio官方教程(Help-Tutorials) 分子对接前的准备受体和配体

Discovery Studio官方教程(Help-Tutorials) 分子对接前的准备受体和配体

Discovery Studio基本操作介绍在使用软件进行课题研究前,我们首先应该了解并掌握该软件使用的一些基本操作。

为后续的体系处理做好准备工作。

这个教程包括:●小分子配体准备●蛋白文件的处理小分子配体准备在Discovery Studio(DS)中,可以直接构建分子结构,也可以将在其它画图软件中画好的结构直接拷贝到DS中,本教程演示如何在DS中构建小分子结构。

1. 调用Sketching功能从View菜单下,打开Toolbars,选择Sketching。

Toolbars中将显示各种Sketching的工具,这些工具可以用来构建化合物的初始结构。

2. 利用Sketching构建化合物的3D空间构象打开一个分子显示窗口(Molecule Window),菜单栏File|New|Molecule Window。

注:DS中有四种窗口模式,包括Molecule window(显示分子结构),Protein Sequence Window (显示蛋白序列),Nucleotide Sequence Window(显示核酸序列),Script Window(显示脚本语言),因此我们需要根据载入的文件类型选择窗口。

DS中构建化合物的3D空间构象非常容易,也非常灵活。

本教程以以下化合物为示例,以图示的方法演示如何构建化合物的结构。

NHCl OOSOHNNH选择,在窗口中画出结构1。

点击(可以通过菜单栏View|Toolbars|Sketching调出)将其选中,然后选择菜单栏Chemistry|Bond|Aromatic得到结构2。

选择,鼠标指于芳环单键处并单击,构建稠环结构3。

选择,构建连接单键,再选择,鼠标指于C原子处并单击构建环状结构,最后得到结构4。

选择和构建单键和环状结构,选择再次点击相应的键就可以构建双键结构,最终可得到结构5。

更换元素类型,选中某个碳原子,选择菜单栏Chemistry|Element更换相应元素即可,最后得结构6。

DiscoveryStudio2.1中文教程

DiscoveryStudio2.1中文教程

DiscoveryStudio2.1中⽂教程DS2.1教程介绍●⽤户界⾯和⿏标UI and mouse●打开并游览数据opening and viewing a data组合库设计●枚举组合库enumerate library●Pareto optimization of a combinatorial subset library药效团Pharmacophore●创建药效团(基于结构)creating pharmacophores (structure-based)●配体分析器ligand profiler●通⽤特征药效团⽣成common feature pharmacophore generation●创建和使⽤基于⽚段的药效团creating and using fragment-based pharmacophores●创建特定特征creating custom features蛋⽩质同源模建protein modeling●同源模建细胞外淀粉酶●Loop 构建Looper with antibodies●ZDOCK定量构效关系QSAR●建⽴⼀个QSAR⽅程building a QSAR equation受体配体相互作⽤Receptor-ligand interaction●使⽤libdock完成⼩分⼦对接Docking small molecules with libdock模拟Simulation●带有限制体⼩肽的模拟simulation of a small peptide with restraints (protein simulation)●在最⼩化之前之后,使⽤能量计算协议(QM-MM)计算能量去测定活⼒,rank order pose和⽐较energies using the calculate energy (QM-MM)protocol to determine energies,rank order poses and compare energies before and after minimization静电势计算Electrostatics●泊松玻尔兹曼——有限差分●计算蛋⽩质离⼦化和残基的pK●计算电势●计算溶剂化能开发客户端Developer Client⽤户界⾯和⿏标教程需要数据⽂件:1TPO.pdb 和1BVN.pdb背景可视化和基本的结构分析⼯具在⽣物和⽣化系统中是很重要的。

Discovery基础教程(下)

Discovery基础教程(下)

Discovery教程(下册)(测井解释)重新编排:源智2006.6.6Discovery教程(下册)编排:源智时间:2006.6.6目录第十章测井分析和解释 (1)1选一口井在PRIZM测井曲线视图中打开 (1)2默认显示模板和解释集 (7)3查看井曲线信息 (13)4结合曲线别名 (17)5修改/定制测井曲线查看模板 (20)6在交会图视图中打开一口井 (24)7在报告视图中打开一口井 (27)8修改/定制报告视图模板 (30)9建立一个解释集 (33)10用一个解释集模板打开井 (36)11建立一个新的用户定义公式集 (38)12建立用户定义的公式和曲线 (40)13在测井曲线视图模板中查看用户定义的曲线 (45)14显示井段 (48)15添加一个面积填充 (50)16划分地层顶面 (54)17粘贴中途测试和射孔信息 (61)18添加产层标签 (64)19添加石油估算储量计算 (67)20在报告视图中查看总净产层和估算储量 (69)第十一章制作测井曲线解释等值线 (73)1建立净砂层IsoMap图层 (73)2在GeoAtals中显示PRIZM IsoMap图层 (77)第十章测井分析和解释1选一口井在PRIZM测井曲线视图中打开岩石物理分析和测井解释是地球科学工作流程的一个非常重要的部分。

储层计算和经济分析则是解释成功的关键。

注:完成这部分教程需要有Demo license 或PRIZM license。

.在这一部分的工作流程中,你将熟悉PRIZM,GeoGraphix Discovery的岩石物理分析和测井解释模块的基本功能。

如果你已经完成了教程的XSection 部分,那么已经对PRIZM有了一些了解。

要点:从定义上讲,PRIZM的解释要附属于一个工区。

在PRIZM中建立解释之前,在Project Explorer中必须已经存在一个相应的工区。

在本教程中,岩石物理将附属于Stratton Tutorial 工区。

Discovery Studio官方教程(Help-Tutorials) 分子动力学模拟

Discovery Studio官方教程(Help-Tutorials) 分子动力学模拟

Discovery Studio Molecular Dynamics教程Molecular Dynamics –分子动力学方法介绍分子动力学(Molecular Dynamics, MD)是分子模拟中最常用的方法之一。

该方法基于分子力场,能够动态的描述分子的运动状况,继而描述生命的动态过程。

分子动力学在生命科学领域中的应用非常广泛,如蛋白质折叠的机理研究、酶催化反应的机理研究、与功能相关蛋白质的运动研究、生物大分子大范围构象变化的研究等等。

近几十年来,分子动力学方法已经成功的运用于大分子体系低能量构象的模建、X射线晶体衍射以及NMR实验结果的处理。

[1,2]现在分子动力学方法已经成了理论生物学研究中必不可少的方法之一。

[3,4]分子动力学模拟主要包括如下几个步骤:1.模拟体系升温过程(Heating Stage)2.模拟体系平衡过程(Equilibrium Stage)3.模拟体系采样过程(Production Stage)4.分析体系的目标性质(Analysis)然而,由于一般的待模拟体系的初始结构或多或少的存在缺陷(比如,初始结构不完整或存在不合理的结构区域),所以我们往往需要对初始结构进行预处理才能进行分子动力学模拟。

一个完整的分子动力学模拟过程应包括如下几个步骤:1.初始结构检查及预处理2.给模拟体系赋力场参数3.考虑溶剂效应4.初始结构能量最小化5.动力学模拟(包括升温、平衡、采样)6.结果分析目前,常用的分子动力学模拟软件都基于Unix(Linux)操作系统。

实施每一个模拟的步骤都需要特定的命令来调用相关的程序对模拟体系进行处理。

同时,模拟者还需要熟知每个参数的意义并定义相关的参数值。

最终分析过程也需要配合其他软件才能完成。

这对初级分子动力学模拟者而言是非常困难的(模拟者不仅需要掌握分子动力学软件的使用命令,还需要掌握操作系统相关的命令)。

为了解决这样的问题,Discovery Studio为用户提供了基于窗口的分子动力学模拟工具。

oxford discovery教材介绍

oxford discovery教材介绍

oxford discovery教材介绍
Oxford Discovery是一套由牛津大学出版社出版的教材系列,适用于幼儿园至小学初级阶段的学生。

该教材以发现和探索为主题,在培养学生的自主学习和解决问题能力的基础上,提供全面的课程教学。

Oxford Discovery教材的主要特点包括:
1. 主题明确:教材内容以有趣的主题和故事为线索,激发学生的学习兴趣。

2. 真实世界连接:教材通过与学生日常生活和实际经验相关的活动,帮助学生将所学知识应用于实际情境中。

3. 提供多样化的资源:教材配备了学生用书、教师用书、教学活动书、听力CD等资源,全面支持教学活动的开展。

4. 强调学习技能:教材注重培养学生的听、说、读、写等语言技能,使学生能够在不同的交流情境中灵活运用所学知识。

5. 探究和合作学习:教材通过小组合作、问题解决、实验活动等方式,培养学生的探究精神和合作能力。

6. 注重评价和反馈:教材提供了丰富的练习和评价工具,帮助教师和学生及时了解学习进展,并提供针对性的反馈和指导。

总的来说,Oxford Discovery教材以其富有趣味性和实用性的特点,在教学实践中得到了广泛应用,并取得了良好的效果。

discoverystudio4.5教程

discoverystudio4.5教程

discoverystudio4.5教程
Discovery Studio 4.5是一款生物信息学和计算生物学软件套件,由Accelrys(现在是BIOVIA)开发。

它提供了一系列功能强
大的工具和功能,可用于蛋白质建模、分析、虚拟筛选、药物设计等任务。

要学习Discovery Studio 4.5的使用,可以参考以下教程:
1. 官方教程:Accelrys官方网站上提供了一些针对Discovery Studio 4.5的教程和在线帮助文档,可以登录官方网站查找相
关资源。

2. 在线教程:在互联网上可以找到一些免费的在线教程,如YouTube上的视频教程、论坛上的帖子等,这些教程可以帮助你了解Discovery Studio 4.5的基本操作和功能。

3. 书籍和教材:有一些专门针对Discovery Studio的书籍和教材,可以购买或借阅这些资料来深入学习和理解软件的使用。

4. 培训课程:有些机构或专业培训机构提供Discovery Studio
的培训课程,可以参加这些课程来系统地学习软件的使用技巧和应用。

5. 学术论文和研究文章:可以阅读与Discovery Studio相关的
学术论文和研究文章,了解其他研究者是如何使用该软件进行科学研究的。

请注意,Discovery Studio 4.5是商业软件,购买和使用需要相关许可证。

discovery studio libdock打分 -回复

discovery studio libdock打分 -回复

discovery studio libdock打分-回复在药物研发的过程中,从候选化合物中发现有潜力的药物分子是一项非常重要的任务。

分子对接(molecular docking)是一种常用的药物设计方法,可以预测小分子(如药物)与生物大分子(如蛋白质)之间的结合趋势和亲和性。

而Discovery Studio的LibDock是其中一种流行的分子对接工具,它能够用于评估候选化合物与特定蛋白质靶点的结合能力,并预测它们的亲和力。

在使用Discovery Studio LibDock进行打分时,可以按照以下步骤进行操作。

第一步,准备蛋白质和配体文件。

在进行LibDock打分之前,需要准备好目标蛋白质和候选化合物的分子结构文件。

蛋白质的结构可以通过晶体学实验或者通过计算方法得到,而候选化合物的分子结构可以通过化学实验或者计算方法生成。

第二步,设置LibDock参数。

在开始进行分子对接时,需要设置相应的参数来控制计算过程和结果的精度。

Discovery Studio LibDock提供了一系列的参数设置选项,如收敛时迭代次数、搜索空间的大小、分子内的氢键等。

不同的参数设置可能会对结果产生影响,因此需要根据具体情况进行调整。

第三步,运行LibDock分子对接。

当参数设置好之后,可以运行LibDock 分子对接来评估候选化合物与蛋白质之间的亲和性。

LibDock会将候选化合物在蛋白质上进行位置和取向的搜索,并给出每个候选化合物的打分。

较高的分数表示较好的结合亲和性。

第四步,分析和解释结果。

分析和解释LibDock分子对接的结果是非常关键的一步。

可以通过分子对接得分、结合位点的残基相互作用和空间构型等来评估候选化合物与蛋白质之间的结合趋势和亲和力。

根据这些信息,可以选择潜在的药物分子进行进一步的验证和优化。

总结起来,Discovery Studio LibDock是一种常用的分子对接工具,能够用于评估候选化合物与特定蛋白质靶点的结合能力,并预测它们的亲和力。

大学生实验流程

大学生实验流程

大学生实验流程University students often conduct experiments as part of their coursework or research projects. 大学生经常在课程或研究项目中进行实验。

These experiments can vary greatly in terms of complexity and methodology, but they all share a common goal of exploring and understanding the world around us. 这些实验在复杂性和方法学上差异很大,但它们都有一个共同的目标,那就是探索和理解我们周围的世界。

The process of conducting an experiment as a university student typically starts with identifying a research question or problem to investigate. 作为大学生进行实验的过程通常是从确定要研究的问题或问题开始。

This step is crucial as it sets the foundation for the entire experiment and helps guide the research process. 这一步至关重要,因为它为整个实验奠定了基础,并有助于引导研究过程。

Once the research question is established, students must then design an experimental procedure to test their hypothesis. 一旦确定了研究问题,学生们必须设计一个实验程序来验证他们的假设。

This often involves determining the materials and methods needed for the experiment,as well as considering potential variables and controls. 这通常涉及确定实验所需的材料和方法,同时考虑潜在的变量和对照。

discovery studio libdock打分 -回复

discovery studio libdock打分 -回复

discovery studio libdock打分-回复什么是Discovery Studio LibDock打分?Discovery Studio LibDock打分是一种计算药物分子与蛋白质相互作用能力的计算方法。

它可以预测分子和蛋白质之间的结合能力和亲和性,并帮助研究人员进行合理的化学药物设计和优化。

步骤一:数据准备在进行Discovery Studio LibDock打分之前,首先需要准备蛋白质和分子的结构数据。

蛋白质的结构可以从晶体结构数据库中下载或通过同源建模得到。

分子结构可以通过药物化学数据库或分子设计软件进行获取。

步骤二:准备蛋白质在进行计算之前,需要对蛋白质进行预处理。

这包括去除重复、修复氨基酸残基和构建缺失的原子等操作。

确保蛋白质的结构完整和准确,以保证后续计算的可靠性和准确性。

步骤三:分子准备对于分子的准备步骤与蛋白质类似。

需要修复分子的结构问题,如修复化学键、填补缺失的原子、生成离子态等。

确保分子的结构完整和准确,以便计算分析的准确性。

步骤四:配置计算参数在进行Discovery Studio LibDock打分之前,需要配置一系列计算参数,以便于计算引擎进行准确的计算。

这些参数包括搜索空间的大小、搜索的迭代次数、相互作用力场的选择等。

根据具体的研究需要和目标设置适当的参数。

步骤五:运行计算配置完计算参数后,可以开始进行Discovery Studio LibDock打分的计算。

运行计算需要一定的计算机资源和时间,根据计算机性能和计算任务的复杂度,计算时间可以从几分钟到几小时不等。

步骤六:分析结果计算完成后,可以对计算结果进行分析和解读。

Discovery Studio LibDock打分会给出每个分子与目标蛋白质的结合能力分值。

较高的分值表示分子与蛋白质的结合能力较好,有较高的亲和性。

根据分子的打分结果,可以对分子进行排序和筛选,选择具有较好结合能力的分子进行后续研究。

oxford discover test book -回复

oxford discover test book -回复

oxford discover test book -回复题目: 《Oxford Discover Test Book》的使用指南介绍:Oxford Discover系列教材是由国际知名出版社牛津大学出版社推出的一套针对儿童学习英语的教材。

其中,《Oxford Discover Test Book》作为该系列的一部分,旨在帮助教师和学生进行各单元知识的复习和评估。

本文将一步一步回答关于这本测试书的相关问题。

一、测试书概述《Oxford Discover Test Book》是一本图书,专门为配套的Oxford Discover系列教材而设计。

它包含一系列测试,旨在帮助学生巩固和评估相关的英语知识和技能。

二、测试内容该测试书包含了与Oxford Discover系列教材里的每个单元相关的测试。

这些测试主要涵盖以下几个方面的内容:1. 听力:通过听力练习,学生可以提高他们的听力技巧,理解各种听觉场景下的英语对话和文章。

2. 阅读:通过阅读测试,学生可以发展他们的阅读技能,理解和分析不同文本形式的英语信息。

3. 写作:通过写作任务,学生可以提升他们的书面表达能力,用英语写简单的短文和句子。

4. 口语:通过口语任务,学生可以锻炼他们的口语表达能力,参与对话和角色扮演等练习。

三、测试形式《Oxford Discover Test Book》提供多种形式的测试,以满足不同层次和学习目标的需求。

以下是其中几种常见的测试形式:1. 单项选择题:通过从多个选项中选择正确答案来测试学生对听力和阅读材料的理解程度。

2. 填空题:要求学生填写有关听力和阅读材料的缺失信息,以展示他们的理解和推理能力。

3. 完型填空题:要求学生选择正确的单词或短语来填写有关听力和阅读材料的空白处,以补全信息和展示词汇掌握情况。

4. 书面表达:要求学生按照所给的主题或问题,用英语写出短文、句子或对话,以评估他们的写作能力。

5. 口语表达:要求学生根据所给的场景或任务,进行对话或角色扮演,以展示他们的口语交际能力。

discovery studio libdock打分 -回复

discovery studio libdock打分 -回复

discovery studio libdock打分-回复如何用Discovery Studio LibDock进行分子对接的打分。

第一步:介绍Discovery Studio LibDockDiscovery Studio LibDock是一种结构基准虚拟高通量筛选方法,可用于预测蛋白质与小分子之间的相互作用。

它通过评估潜在配体与受体之间的相互作用能量,为药物设计和发现提供了重要的信息。

LibDock使用一种称为LibGen的工具生成具有药物活性的化合物库,然后通过评分功能根据受体的结合亲和力对这些化合物进行排序。

第二步:准备工作在使用Discovery Studio LibDock进行打分之前,首先需要准备好所需的文件和参数。

包括受体的结构文件(通常是PDB格式),配体库的分子文件(SDF或MOL2格式)和相应的参数文件。

参数文件通常包括LibDock 的配置设置和评分函数的定义。

第三步:导入受体和配体在Discovery Studio的主界面中,选择“File”菜单中的“Import”选项,然后选择受体和配体文件进行导入。

根据需要,可以选择导入多个受体和/或多个配体。

第四步:生成配体库在导入受体和配体后,需要使用LibGen工具来生成配体库。

打开LibDock 工具箱,选择“Ligand Generation”选项卡,并按照提示设置所需的参数。

然后点击“Generate”按钮开始生成配体库。

生成的配体库可以保存在硬盘上以供后续使用。

第五步:设置打分参数在生成配体库后,需要设置打分参数。

点击LibDock工具箱中的“Scoring Function”选项卡,然后选择所需的评分函数。

Discovery Studio提供了多种评分函数选项,包括PMF、DSX、PLP、LUDI等。

根据实际需要,选择适合研究对象的评分函数。

第六步:运行打分点击LibDock工具箱中的“Docking Protocol”选项卡,并根据需要设置进一步的参数,如搜索算法、搜索空间等。

oxford discover test book -回复

oxford discover test book -回复

oxford discover test book -回复如何使用《Oxford Discover Test Book》进行教学。

第一步:了解《Oxford Discover Test Book》《Oxford Discover Test Book》是一本由牛津大学出版的教材,专为全球学生设计的一套测试书。

它提供了一系列的练习和测试,可以帮助学生在各种语言技能和知识领域中进行评估和提高。

第二步:确定使用《Oxford Discover Test Book》的目的在开始使用《Oxford Discover Test Book》之前,教师需要明确使用该教材的目的。

是用于课堂教学中的测试评估,还是用作学生的自主学习和练习?根据不同的目的,教师可以灵活选择使用该教材的方式和教学策略。

第三步:选择合适的单元和主题进行测试《Oxford Discover Test Book》按照不同的主题和单元进行了分类,教师可以根据教学进度和学生的学习需求选择合适的单元和主题进行测试。

每个单元通常包括听力理解、阅读理解、语言运用等不同形式的测试题目,以全面评估学生的语言水平和能力。

第四步:准备测试材料和活动在使用《Oxford Discover Test Book》进行测试之前,教师需要先准备相应的测试材料和活动。

可以利用书中提供的测试题目和练习,也可以根据自己的教学需求进行个性化编写。

同时,还可以结合教材中的其他资源,如录音材料、图片和视频等,增加测试的趣味性和多样性。

第五步:设计测试活动并进行评估在进行测试时,教师可以根据学生的年龄、能力水平和学习特点进行个性化设计。

可以采用小组合作、竞赛对抗等形式,使测试活动更加生动有趣。

同时,教师可以根据学生的表现来进行评估,如口试、笔试、作业等,以获得更全面和准确的评价结果。

第六步:分析测试结果和提供反馈经过测试后,教师需要分析学生的测试结果,发现学生的优势和不足之处。

可以根据不同的测试题目和技能领域,提供相应的反馈和指导,帮助学生提高自己的学习和应对能力。

discovery简要教程

discovery简要教程

DISCOVERY篇一.井数据加载一)在wellbase中的操作:加载井位坐标和分层数据1.井坐标的加载(井头资料header)在wellbase中点击import spreadsheet,具体格式如下:点击excel表中的transfer to geographix2.井层位数据的加载(层位tops)在wellbase中点击import spreadsheet,具体格式如下:在此步中,只需要设置well id即可,就可以与上面的井坐标相联系。

formation设为各个标志层,formation source 设为default,filed设为Top Md 点击transfer to geographix二).在prizm中的操作(测井曲线加载)file—import—ASCII import—选择需要输入的井(文本文件)在wellbase中查找该井的id,填入well :4,点击开始的深度,选择井深单位metersAC为DT 单位US/MT , DEN为RHOB(密度)单位:GM/CC SP 单位MV GR单位API 在测井曲线的输入时,因为别名很多,可以在prizm中查看。

project---settings—default curves中可以查看所以测井曲线的别名。

二.地震数据的加载一)在seisbase中的操作1.制备测线位置excel表,在sv seg-y trace viewer中查看测线的trace header中的21-24中查看最小最大的炮点号。

测线桩号x y 海拔工程89294stk 1 4129627 16594333 2685.07 qh2d89294stk 684 4150754 16606533 2688.1 qh2d95294stk 970 4111675 16583770 2687 qh2d95294stk 1 4129626 16594332 2685.07 qh2d2.在seisbase中加载seisbase-import spreadsheet点击绿色的transfer to geographix在seisbase中输出sp1文件: 使测线与测线的坐标结合file-exports—segp1 export 选择文件名(cewang)――format:DD.D二)在seisvision中的操作1.生成测线load seismic-load 2d data---(1/5)select seg-y: browse----accept 下一步――下一步――CMP 21 4-(4/5)create line name and version T(第三个)――下一步――(5/5)点击load。

Discovery-Studio-讲义中文

Discovery-Studio-讲义中文

附录:准备一个PDB文件作为同源性建模模板同源建模的基本原理是,你映射的一个未知的蛋白质序列一种已知蛋白质的结构。

因此,如果你没有已知的蛋白质,或模板,你将无法建立模型。

模板的共同来源是蛋白质在结构生物信息学研究的实验室数据银行(目标)。

该网站RCSB是HTTP:/ /。

org /。

蛋白质数据库(PDB)可能是世界上领先的公共源三维生物分子数据(1)。

截至七月2006,超过37000项可在PDB。

每个月都有更多的人加入。

X射线衍射仪和其它固态技术占大多数的结构。

然而,超过5500的核磁共振结构还可用。

这些沉积的结构包括蛋白质,肽,核酸,碳水化合物,这些分子的配合物。

在发现工作室环境中工作的这些分子是一个关键的过程给你的建模工作。

这个练习如何准备一个PDB文件作为一个模板同源建模项目。

你将在课程中学习如何:•加载PDB文件直接从蛋白质数据银行,•生产和检验蛋白质报告,•清除晶体单元电池,•分裂分子,•删除不需要的组件,和保存已完成的文件。

1、开始发现工作室2在3D窗口中显示的结构是两人HDAC8蛋白的晶体结构在复杂的抑制剂,684个晶体的水,和几个离子。

抑制剂是曲古抑菌素A,一个很的结构。

3、检查蛋白质报告在深入了解蛋白质,我们应该花一点时间来看看有什么。

一种快连锁。

但我们要清楚我们几个非原子以及。

4、删除单元电池晶体单元单元在分子力学计算中的意义不大。

有时它只是更容易这个文件是由多个部分组成的。

我们可以通过层次结构查看组件其他练习窗口。

然而,我们实际上可以分开的组件的PDB文件更快的四的成分是蛋白质(1t64_a和1t64_b),配体(1t64_nonprotein),和结晶水(1t64_water)。

拆分命令的三个选项允许在如何处理对象的操作中有一定的灵活性。

所有打出的层次结构视图中所有链和非蛋白结构为独立的对象,并列出每个氨基酸序列为序列单独序列。

蛋白打出所有的蛋白链结构为独立的对象层次结构中的每个视图和列表的氨基酸序列为序列单独序列。

discovery 蛋白和蛋白对接流程

discovery 蛋白和蛋白对接流程

discovery 蛋白和蛋白对接流程Discovery蛋白和蛋白对接是一种在生物化学和生物物理学研究中常用的方法,用于研究蛋白质之间的相互作用和结合方式。

本文将介绍Discovery蛋白和蛋白对接的基本原理、流程以及在药物研发和生物学研究中的应用。

一、Discovery蛋白和蛋白对接的基本原理Discovery蛋白和蛋白对接是通过计算机模拟来预测蛋白质相互作用的方法。

它基于蛋白质的结构信息,通过计算和模拟来预测蛋白质之间的结合方式和亲和力。

对接方法主要包括两个步骤:蛋白质的构象采样和蛋白质之间的相互作用能量评估。

其中,蛋白质的构象采样是通过改变蛋白质的构象来寻找最佳的结合方式,而蛋白质之间的相互作用能量评估则是通过计算和评估不同构象下的相互作用能量来确定最稳定的结合方式。

二、Discovery蛋白和蛋白对接的流程1. 数据准备:首先,需要准备目标蛋白质和配体的结构信息。

目标蛋白质的结构可以通过X射线晶体学、核磁共振等实验方法获得,而配体的结构信息则可以通过化学合成或计算模拟获得。

2. 蛋白质的构象采样:在对接过程中,目标蛋白质和配体的构象是可以改变的。

通过改变蛋白质的构象,可以寻找到最佳的结合方式。

构象采样可以通过分子动力学模拟、蒙特卡洛模拟等方法进行。

3. 相互作用能量评估:在蛋白质的构象采样完成后,需要对不同构象下的蛋白质之间的相互作用能量进行评估。

常用的评估方法包括基于物理力场的评估方法和机器学习的评估方法。

4. 结果分析:最后,根据相互作用能量的评估结果,可以确定最稳定的结合方式。

同时,还可以分析蛋白质之间的相互作用位点和作用模式,为后续的实验研究和药物设计提供指导。

三、Discovery蛋白和蛋白对接的应用1. 药物研发:Discovery蛋白和蛋白对接在药物研发中具有重要的应用价值。

通过预测药物和蛋白质的结合方式,可以筛选和设计更加有效和选择性的药物分子。

这可以加速药物研发的过程,降低研发成本。

oxford discover test book -回复

oxford discover test book -回复

oxford discover test book -回复如何使用牛津探索测试书。

第一步:了解牛津探索测试书牛津探索测试书是一系列教材辅助材料,旨在帮助学生提高英语听力、阅读、写作和口语技能。

这些测试书涵盖了各个年龄段和英语水平的学生,从幼儿园到中学。

每本书都提供了一系列的测试和练习题,以及答案和解释,帮助学生巩固所学知识并评估他们的学术进展。

第二步:选择合适的测试书根据学生的年龄和英语水平,选择合适的牛津探索测试书。

这些书通常分为不同的级别,例如幼儿园级别、小学级别和初中级别。

你可以根据学生的需求和教学目标来选择适合的书籍。

确保选购的测试书与学生正在学习的课程内容相符。

第三步:使用测试书进行评估测试书的主要用途是评估学生的英语水平和知识掌握程度。

从第一单元开始,让学生完成相应的测试和练习题。

可以根据教学进度决定每次使用测试书的频率。

评估的结果可以帮助你了解学生的弱点和需求,为制定个性化的学习计划提供指导。

第四步:关注答案和解析每个测试书都提供了答案和解析,供学生和教师参考。

在学生完成测试或练习题后,你可以与学生一起检查答案,并解释正确的答案和解决问题的方法。

这有助于巩固学生的知识,并帮助他们理解正确的语言用法和表达方式。

第五步:针对性练习和训练牛津探索测试书还提供了一系列的练习题,帮助学生更好地掌握所学知识。

根据学生在评估中的表现,你可以选择相关的练习题进行针对性的训练。

这种个性化的练习可以使学生更加自信,并提高他们的学习效果。

第六步:利用测试书提高学习效果除了评估和练习,牛津探索测试书还提供了一些额外的学习资源,如听力和口语训练。

这些资源可以帮助学生提高听力理解能力和口语表达能力。

利用这些资源,你可以为学生提供更全面的英语学习体验,并进一步提高他们的学习效果。

第七步:定期评估和跟踪学生的进展定期使用牛津探索测试书评估学生的英语水平和学术进展非常重要。

通过反复测试,你可以了解学生的进步情况,并根据需要进行相应的调整和指导。

discoverystudio4

discoverystudio4

discoverystudio4.5教程Discovery Studio 4.5 是一个用于计算化学和生物学的集成科学环境。

它提供了一系列工具和功能,用于分子建模、药物发现、蛋白质分析、蛋白质结构预测等任务。

下面是一些 Discovery Studio 4.5 的教程资源:1. 官方文档:可以下载 Discovery Studio 4.5 的官方文档,其中包含了详细的教程和使用指南。

你可以从 Accelrys 官方网站上找到这些文档。

2. 作业指南:Discovery Studio 4.5 附带了一些常见的使用案例和作业指南,可以帮助用户逐步了解和掌握软件的功能和操作。

3. 网上教程:你可以在各种科学论坛、博客和教育网站上找到关于 Discovery Studio4.5 的在线教程。

例如,你可以搜索"Discovery Studio 4.5 tutorial" 来找到相关资源。

4. 视频教程:有一些通过视频形式展示的 Discovery Studio 4.5 教程,通过观看这些视频可以更直观地学习软件的使用方法。

你可以在视频分享网站如 YouTube 上搜索 "Discovery Studio 4.5 tutorial" 来找到相关视频。

5. 在线培训课程:有一些专门的在线培训课程提供 Discovery Studio 的教学。

这些课程通常需要付费,但它们可以提供结构化的学习经验和个人指导。

请注意,Discovery Studio 4.5 是专业的科学软件,使用前可能需要一定的化学和生物学知识基础。

使用教程和指南可以帮助你更好地理解软件的功能和使用方式,但实践中仍然需要经验和专业指导。

guided discovery教学法

guided discovery教学法

Guided Discovery教学法是一种新的、有效的教学方法,它将教师的作用转变为指导者,让学生积极参与到学习中来,从而使学习更加有效和有趣。

首先,Guided Discovery教学法以学生为中心,倡导学生自主学习。

教师首先提出问题,帮助学生发掘问题和发现解决问题的方法。

这使学生能够探究、探索,激发他们的学习兴趣,提高他们的学习能力。

其次,Guided Discovery教学法注重问题解决能力的培养。

学生在回答老师提出的问题的过程中,要思考、分析和解决问题。

这样可以增强学生的思考能力,帮助他们形成分析、解决问题的能力。

第三,Guided Discovery教学法强调学习与实践相结合,使学生从实践中学习。

教师可以给学生提供实际的案例和任务,让学生通过实践来加深理解。

这样不仅可以增加学生的学习兴趣,还可以让学生更加深入地理解知识点。

最后,Guided Discovery教学法重视学生的反馈。

在课堂上,教师应该及时反馈学生的学习情况,给予学生正确的指导,帮助他们更好地理解知识点。

总之,Guided Discovery教学法是一种有效的教学方法,它能够激发学生的学习兴趣,培养他们的思考能力和问题解决能力,促进学生从实践中学习,提高学习效率。

  1. 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性,平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
  2. 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
  3. 3、如文档侵犯您的权益,请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间:9:00-18:30)。

GeoGraphix Discovery 教程说明
什么是GeoGraphix Discovery?
欢迎使用GeoGraphix Discovery –GESXplorer、PRIZM、SeisVision 和GMAplus。

GeoGraphix Discovery是基于先进的Windows NT?/ Windows 2000?的、方便研究人员桌面使用的一体化解释软件。

整套2001.1 释放版GeoGraphix Discovery 的组成有:
GESXplorer:一体化地质解释系统,包括绘图(GeoAtlas和LandNet)、网格制作和曲线制作(IsoMap)、矢量和光栅测井曲线的解释性剖面(X剖面)。

PRIZM: 为研究人员设计的多井测井曲线分析系统,用于评价、分析、管理和操作测井数据,确定油藏模型。

PRIZM包括完整的分析性剖面和地质绘图能力。

作为Discovery 的一部分,PRIZM 具有紧密联系地质解释、绘图和地震解释的能力。

SeisVision: 为研究人员设计的地震解释系统,用于评价、分析、管理已有和潜在油气藏的构造和地层。

作为Discovery 的一部分,SeisVision 具有将地质解释、测井数据管理、作图、作曲线和可视化紧密一体化的能力。

Data Manager:ProjectExplorer、CoordinateSystemManager、QueryBuilder、SeisBase、WellBase、和ZoneManager 都允许Discovery的所有组件访问和操作公用数据。

GMAplus: LogM是测井曲线编辑和合成记录。

除多井剖面追踪模拟以外,它为模拟单井测井曲线合成地震记录提供了解释性编辑平台。

STRUCT是个地震构造正演模拟工具,用于在很少或没有井控的地区建立复杂地质模型,并通过它产生相应的合成地震剖面。

此外,Landmark 客户可以通过OpenWorks 的WellXchange-OpenWorks Connect, SeisXchange, 和SeisVision将OpenWorks 和SeisWorks 项目工区与GeoGraphix Discovery 项目工区联系起来。

基于加强对地震勘探基本原理的理解和认识;了解地震数据、测井数据加载方式,掌握层位标定、同相轴追踪和断层识别;了解和熟悉地震资料解释的基本流程和方法;获得地震资料解释的基本成果的试验目的,此次课设的主要内容主要包括一下几个方面:
⑴工区建立;
⑵地震数据及测井数据的加载;
⑶地震解释
第一章工区建立
一.启动GeoGraphix Discovery
在桌面上点击GeoGraphix Discovery 图标或选开始>> 所有程序>> GeoGraphix >> Discovery >> ProjectExplorer.打开ProjectExplorer窗口。

如果是第一次启动ProjectExplorer,只有实例工区列出。

二.建立新工区
1.点击File>>New>>Projec t点击“下一步”。

如图:
2.输入新工区名(zhaojun)、对工区描述、选择米制单位(metric)。

点击“下一步”。

3.在Database Coordinate System 对话框中,为工区选Region(区域)、System (系统)、Zone(区)、Datum(基准点)。

工区的所有数据都将用选择的坐标系统存储。

点击“下一步”。

即在Region中的World里选A sia→China,在System中选Universal Transverse Mercator,Zone中选50:114E-120E Longitude,在Detum中选World Geodetic System 1984(WGS 1984)
4.在New Project Wizard中出现Extents(范围)对话框。

选取默认值,点击完成。

5.ProjectExplorer开始建立新工区,此过程要用几分钟。

6.工区建立以后将自动激活。

左板面中Stratton Tutorial的旁边出现黄色箭头,和ProjectExplorer标题条上出现名字证明已经激活。

注:如果要激活另一个工区,选工区名,再选 File >> Activate Project(或者,单击工具上的Activate Project按钮,或在菜单上单击右键使用Activate(激活)快捷命令)。

注:ProjectExplorer还可以用来管理工区的图层、过滤器、横剖面、地震解释、测井数据和有利区等组成。

比如,可用Quick Filter(快速过滤)下拉式列表显示。

ProjectExplorer窗口右版面中的特定类型的图层。

右击窗口右版面中的短菜单还可以检查属性、拷贝、重命名、或删除一些工区组分。

第二章数据加载
一.地震数据加载
1.在ProjectExplorer中,点击Tools>> GeoGraphix>>SeisVision。

或者在侧边
栏中选择快捷键。

2.在SeisVision对话框中加载3D数据体(sgy格式)。

如下图:
第一步:导入SEG-Y 数据
第二步:设置相应SEG-Y数据参数(一般为默认值)
第三步:设置主测线、联络测线、X、Y的道头位置
第四步:扫描数据(修改三点坐标)
第五步:浏览工区所在的坐标位置
第六步:以3DX格式输出加载的数据体,并选择存储位置。

二.测井数据加载
1.再在ProjectExplorer中,点击Tools>> GeoGraphix>>WellBase。

或者在侧
边栏中选择快捷键
2.在WellBase Information Manager中,选择File>> Import>> Spreedsheet,打开先前保存的xls格式的井数据。

3.在以宏打开的xls中将井头资料补充完整并加载到WellBase中。

4. 用同样方法加入分层数据。

5.在WellBase Information Manager窗口中可以查看各井的数据。

者在侧边栏中选择快捷键。

井(文本文件)
9.点击开始的深度,选择井深单位meters,AC为DT 单位US/MT , DEN为RHOB (密度)单位:GM/CC。

在测井曲线的输入时,因为别名很多,可以在prizm中
查看。

project---settings—default curves中可以查看所以测井曲线的别名。

测井曲线加载完毕后,可在Prizm中查看。

第三章地震解释
一.建立地震解释工区
1.依次选择File>>New Interpreteation,在New Interpreteation对话框中填入
解释名称,点击OK。

如下图示:
Manager对话框中单击Add。

选择生成的3dx格式3D数据体路径,依次单击下一步>>完成。

如下图示:
4.在SeisVision中,则显示出工区平面位置。

如下图示:
5.在工区中,单击右键,在Display Tools中打开某条纵测线或联络测线处的地震剖面。

如下图示:
二.导入分层数据和井坐标
1.将分层数据和井加载到地震剖面中。

2. 在底图中显示井名
3. 设置基准面高程和替换速度
4. 过井的位置打开一道地震剖面
5. 在地震剖面中显示井名
6.制作单井的合成记录及层位标定
①在底图或地震剖面上,按住shift键并单击左键选中某口井,然后单击右键在
菜单中选择synview选项。

②调整合成地震记录的显示方式,并进行层位的标定。

③保存单井合成记录及标定的层位
④标定的层位在地震剖面中的显示
三.层位解释1.选定解释的层位
2.主测线每隔5条解释一条,联络测线每10 条解释一条,解释完后,如下图示:
3.根据图中断层数量,添加断层名。

(本实验画出了5条)
添加断层名
4.在图中将各断层标出来
生成3D图
四.绘制等t0图
在显示屏底部任务条上单击GeoAtlas图标激活GeoAtlas。

如果GeoAtlas没有打开,在任何GeoGraphix 模块(如:WellBase, ProjectExplorer等)的GeoGraphix 工具条上选中并打开,或用显示屏底部左角的Start(开始)菜单上选Programs >> GeoGraphix >> Discovery >> GeoAtlas将其打开。

3.在GeoAtlas中, 如果还没有图层显示(如果GeoAtlas窗口是空白), 选File >> New >>
Map. 如果有图层显示,在图上任意位置单击右键从下拉菜单上选Select Layers(选择图层)。

出现Layer Selection(图层选择)对话框。

相关文档
最新文档