MEGA软件——系统发育树构建方法
MEGA5使用说明
MEGA软件——系统发育树构建方法（图文讲解）
2012年12月02日⁄Evolution⁄字号小中大⁄评论 3 条⁄阅读 3,872 次[点击加入在线收藏夹]
一、序列文本的准备
构树之前先将目标基因序列都分别保存为txt文本文件中（或者把所有序列保存在同一个txt文本中,可以用“>基因名称”作为第一行，然后重起一行编辑基因序列），序列只包含序列字母（ATCG或氨基酸简写字母）。
文件名名称可以已经您的想法随意编辑。
二、序列导入到Mega 5软件
（1）打开Mega 5软件，界面如下
（2）导入需要构建系统发育树的目的序列
OK
选择分析序列类型（如果是DNA序列，点击DNA，如果是蛋白序列，点击Protein）
出现新的对话框，创建新的数据文件
选择序列类型
导入序列
导入序列成功。
（3）序列比对分析
点击工具栏中“W”工具，进行比对分析，比对结束后删除两端不能够完全对齐碱基
（4）系统发育分析
关闭窗口，选择保存文件路径，自定义文件名称
三、系统发育树构建
根据不同分析目的，选择相应的分析算法，本例子以N—J算法为例
Bootstrap 选择1000，点击Compute，开始计算
计算完毕后，生成系统发育树。
根据不同目的，导出分析结果，进行简单的修饰，保存
本方法来自网络，经小编microibs编辑，修改补充，如果转载请注明PLoB出处。
MEGA 软件——系统发育树构建方法
• 双击图标
，
• 下载下来的序列片段保存文件为FASTA格式，打开方式为TXT格式。 • 将Blast对比后所Download的序列筛选后，构建系统发育进化树。 • 构建系统发育树需要测序所得序列1个，Blast对比得出序列5-10个， 构建出的为单枝系统发育进化树。通过这个对比可以确定出所测 定的序列最相似物种，当相似度为99%甚至100%时，基本可以确 定所测定的基因序列所属物种。
ME待测PCR产物送测序后，一个星期左右会得到生物 公司发的邮件，里面包含测序结果的附件，下载后得到文件压缩 包 ，将文件包解压，可以看到文件夹里有文件
• 测序公司会提供一款解读软件Chromas，免安装类型，能够直接 打开测序结果并通过软件直接进入NCBI数据库进行Blast搜索。
• 可培养真菌可以选定对比物种种属后构建大型系统发育进化树， 不可培养真菌则可直接构建系统发育进化树。
• 双击
后打开MEGA软件
系统发育树构建MEGA的使用步骤课件
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系统发育树构建MEGA的使用步骤
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系统发育树构建MEGA的使用步骤
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此课件下载可自行编辑修改，供参考！ 感谢您的支持，我们努力做得更好！
系统发育树构建MEGA的使用步骤
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系统发育树构建MEGA的使用步骤
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系统发育树构建MEGA的使用步骤
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系统发育树构建MEGA的使用步骤
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系统发育树构建MEGA的使用步骤
系统发育树构建
——MEGA4的使用步骤
系统发育树构建MEGA的使用步骤
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MEGA 简介
• MEGA的全称是Molecular Evolutionary Genetics Analysis 分子进化遗传分析 。
• MEGA 可用于序列比对、进化树的推断、估计分 子进化速度、验证进化假说等。MEGA 还可以通 过网络（NCBI）进行序列的比对和数据的搜索。
• 目前最新版本：MEGA 4.1 Beta
系统发育树构建MEGA的使用步骤
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系统发育树构建MEGA的使用步骤
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系统发育树构建MEGA的使用步骤
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系统发育树构建MEGA的使用步骤
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系统发育树构建MEGA的使用步骤6系源自发育树构建MEGA的使用步骤7
系统发育树构建MEGA的使用步骤
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系统发育树构建MEGA的使用步骤
MEGA软件——系统发育树构建方法
MEGA软件——系统发育树构建方法1)序列文本构树之前先将每个样品的序列都分别保存为txt文本文件中，序列只包含序列字母（ATCG或氨基酸简写字母）。
文件名名称可以已经您的想法随意编辑。
2)序列导入MEGA 5首先打开MEGA 5软件，界面如下：然后，导入需要构建系统进化树的序列：点击OK出现新的对话框，创建新的数据文件导入成功3)序列比对分析点击W，开始比对。
比对完成后删除序列两端不能完全对其的碱基。
系统分析然后，关闭该窗口，在弹出的对话框中选择保存文件，文件名随便去，比如保存为1。
4)系统发育树构建以NJ为例Bootstrap选择1000，点Computer，开始计算计算完毕后，生成系统发育树。
以下“系统发育树树的修饰”方法沿用斑竹brightfuture01的方法5)树的修饰建好树之后，往往需要对树做一些美化。
这个工作完全可以在word中完成，达到发表文章的要求。
点击image，copy to clipboard。
新建一个word文档，选择粘贴。
见下图：在图上点击右键-编辑图片，就可以对文字的字体大小，倾斜等做出修饰。
见下图：这个时候可以通过Adobe professional 对其进行图像导出：先将此word文档打印成PDF，见下图：将打印出来的PDF保存在桌面上，打开，如下图：此时，点击工具，高级编辑工具，裁剪工具，如下图所示：选择需要的区域以删除周围的空白区，双击发育树，会出现下图：点击确定，出现下图(把空边切掉了)：点击文件，另存为，在保存类型一栏中选择TIFF格式，点击确定后会生成下面这个图片，所生成图片绝对可以满足文章的发表：OK，结束了，自己玩一把吧。
MEGA-系统发育树-快速入门
系统发育树
1.软件准备
DNAman、MEGA
2.序列文件转换格式
2.1先准备一个txt记事本文件，在序列的上一行添加字符>和名称（如>R31-ITS1），然后用MEGA打
开seq格式的序列文件，复制序列到名称下一行
2.2将所需要的比对的所有序列以相同方式写入同一个txt文件中
2.3在MEGA中用ALIGN功能打开准备好的txt文件，选择create a new alignment，数据类型选DNA，
然后从编辑edit中导入新的序列文件（即txt文本）即可导入所需序列
2.4删除无关序列后，先对序列进行分析然后再把序列对齐，类型选DNA，参数默认
颜色一致即为对齐，不一致的就是突变的位点。
然后通常需要把首尾两端没有对齐的序列删掉（只处理首尾两端未对其的序列）
对齐部分
未对齐的删掉
2.5处理完后保存文件并关闭当前窗口，如果不是连续使用的话，切换不同功能时一般点close date
关闭之前的数据
3.构建系统发育树
3.1邻接法构建系统发育树。
MEGA
Search 菜单： 用来快捷查找序列中的标记未定或者目的碱基或残基。 Find motif：选择后出现如左图对话框： 输入你想要查看的一小段序列。找到后会以黄色标出； Find next：在序列的下游查找目的序列片段； Find preious：在序列的上有查找目的序列片段； Find marked sites：查找标记位点； Highlight motif：突出标记已经选择的位点。
Web 菜单 这个菜单提供一个链接 Genbank 的入口，可以在网上直接做Blast 搜索。当 手上没有准备好要比对的序列时，可以直接去网上搜索。 Query gene banks：开启NCBI 的主页； Do blast search:开启NCBI BLAST 主页； Show browser：开启网页浏览器。 Sequencer 菜单 此菜单下只有一个子菜单：edit sequencer file，用来打开一个打开文件对话 框，此对话框可以打开一个sequencer data file，一旦打开，这个文件就在trace data file viewer/editor 的对话框中展示出来。这个编辑窗口允许你查看和编辑automatd DNA sequencer 产生的trace data。它可以阅读和编辑ABI 和Staden 格式文件并 且序列可以直接被导入到序列比对窗口或被上传到网页浏览器做blast 搜索。
氨基酸序列是与DNA序列对应的翻译蛋白的序列，如果DNA序列是非编码的，则氨 基酸序列标签可以忽略。
Undo：撤销上一步操作； Copy：复制；cut：剪切；Paste：粘贴；前面三个操作都可以只针对一个碱 基或氨基酸残基也可以是一段甚至是整个序列； Delete：从比对表格中删除一段序列； Delete gaps：去掉序列中的空缺； Insert blank sequence：重新插入一空行；标签和序列都是空的； Insert sequence from file：从已保存的文件中插入新的序列； Select sites：选择一列序列，与点击比对表上方的灰白空格作用类似； Select sequence：选择一行序列，与点击比对表格左侧的标签名作用类似； Select all：全选； Allow base editing：只读保护，只有选择后才能对序列进行编辑操作，否则 所以的序列为只读格式，不能进行任何编辑操作。
MEGA 系列软件系统发育树构建方法
MEGA软件——系统发育树构建方法1)序列文本构树之前先将每个样品的序列都保存在同一个txt文本文件中，序列只包含序列字母（ATCG或氨基酸简写字母）。
文件名名称可以已经您的想法随意编辑（不能有中文）。
保存为fasta格式2)右键点击fasta文件，打开方式，mega3、全选，点击alignment，algin by culstx（按钮W），OK4、关闭此窗口，点击Yes保存5、再次点击Yes保存，6、点击cancel取消7、选择是否为编码蛋白质的核酸序列8、选择是否用mega打开文件9、点击YES，激活mega，此时mega的菜单栏与刚开始打开的菜单栏有区别。
10、系统发育树构建原理不讲了，此处以构建NJ树为例。
点击工具栏上的phylogeny，construct phylogeny，neighbor joining (NJ).出现如下界面(注意几个绿颜色的小方块)：点击第一个小绿方块，选择，小绿方块会变成四个点的省略号，再点击出现如下页面：选择Bootstrap，后面的replication改为1000，点击对勾。
然后点击第三个小绿方块，这个时候对于蛋白质序列以及DNA序列，两者模型的选择是不同的。
对于蛋白质的序列，多选择Poisson Correction (泊松修正)这一模型。
而对于核酸序列，多选择Kimura 2-parameter (Kimura-2参数) 模型。
所有设置完毕之后，点击compute，雏形的树就出来了：可以对此树做出一些修改，比如线条粗细，树的形状等等，此处自己多试试。
6)树的修饰建好树之后，往往需要对树做一些美化。
这个工作完全可以在word中完成，达到发表文章的要求。
点击image，copy to clipboard。
新建一个word文档，选择粘贴。
见下图：在图上点击右键，就可以对文字的字体大小，倾斜等做出修饰。
见下图：PDF，见下图：将打印出来的PDF保存在桌面上，打开，如下图：此时，点击工具，高级编辑工具，裁剪工具，如下图所示：选择需要的区域以删除周围的空白区，双击发育树，会出现下图：点击确定，出现下图(把空边切掉了)：点击文件，另存为，在保存类型一栏中选择TIFF格式，点击确定后会生成下面这个图片，所生成图片绝对可以满足文章的发表：OK，结束了，自己玩一把吧。
MEGA构建系统进化树的步骤(以MEGA7为例)
MEGA构建系统进化树的步骤（以MEGA7为例）本文是看中国慕课山东大学生物信息学课程总结出来的分子进化的研究对象是核酸和蛋白质序列。
研究某个基因的进化，是用它的DNA序列，还是翻译后的蛋白质序列呢？序列的选取要遵循以下原则：1）如果DNA序列的两两间的一致度≥70%，选用DNA 序列。
因为，如果DNA序列都如此相似，它的蛋白质会相似到看不出区别，这对构建系统发生树是不利的。
所以这种情况下应该选用DNA序列，而不选蛋白质序列。
2）如果DNA序列的两两间的一致度≤70%，DNA序列和蛋白质序列都可以选用。
1. 将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件，注意：所有序列的方向都要保持一致( 5’-3’)。
想要做系统发生树先要做多序列比对，然后把多序列比对的结果提交给建树软件进行建树，所以在用MEGA建树时可以输入一个已经比对好的多序列比对，也可以输入一条原始序列，让MEGA先来做多序列比对，再建树（一般我们都是原始序列）。
所以我们以后者为例。
2.打开MEGA软件，选择主窗口的”File”→“Open A File”→找到并打开fasta文件，这时会询问以何种方式打开，我们是原始序列，需要先进行多序列比对，所以选择“Align”。
如果是比对好的多序列比对可以直接选择“Analyze”。
3.在打开的Alignment Explorer窗口中选择”Alignment”-“Align by ClustalW”进行多序列比对（MEGA提供了ClustalW和Muscle两种多序列比对方法，这里选择熟悉的ClustalW），弹出窗口询问“Nothing selected for alignment，Select all？”选择“OK”。
4. 之后，弹出多序列比对参数设置窗口。
这个窗口和EMBL在线多序列比对一样，可以设置替换记分矩阵、不同的空位罚分（罚分填写的是正数，计算时按负数计算）等参数。
MEGA 5.05使用教程
MEGA常用工Biblioteka 及使用方法超通俗版本将拼好后的序 列和下载的序 列填在一个txt 文档中
保存后，将文件后缀由 .txt 改成 .fas
打开MEGA 5.05软件，点击菜单栏File，选择open a file，打开刚才的 .fas文件。弹出窗口后选择Align。弹出副窗口。
关于系统 发育树
点击主窗口中Phylogeny下选择想用的算法（最大似然法ML或者是邻 接法NJ），一般选用ML。
各参数设置如图，点击 Computr进行计算，构建 出一个系统发育树。
左侧工具栏可对 树的拓扑结构进 行调整。点击保 存，将文件保存 成mts格式（仅 可以用MEGA打 开）。也可以点 击上方工具栏中 的Image，save as 为其他格式 。若想更改字体 ，可将文件保存 成PDF格式后， 用Adobe Illustrator CS5 对其进行修改。
点击TA图标，可弹出小窗口，由次窗口可知简约信息位点，不变位点 等信息。点击工具栏statistics，选择第一项进行核酸比较，可在excel 表中导出碱基组成信息。
关于遗传 距离
点击主窗口中Distance中的第一项，可对物种之间遗传距离进行计算 。注意Bootstrap参数设置（一般为1000）。模型选用Kimura双参数模 型进行计算。点击Computr进行计算
在主窗口中，点击上方工具栏W标志，将序列比对对齐。
序列对齐，修饰后，点击工具栏 保存图标，将文件进行保存。格式为 mas格式
保存后关闭上一个副窗口，回到主窗口，重新在File中打开刚保存的 .mas格式的文件。弹出新的副窗口（序列已对齐）
MEGA构建系统进化树的步骤(以MEGA7为例)
MEGA构建系统进化树的步骤（以MEGA7为例）本文是看中国慕课山东大学生物信息学课程总结出来的分子进化的研究对象是核酸和蛋白质序列。
研究某个基因的进化，是用它的DNA序列，还是翻译后的蛋白质序列呢？序列的选取要遵循以下原则：1）如果DNA序列的两两间的一致度≥70%，选用DNA 序列。
因为，如果DNA序列都如此相似，它的蛋白质会相似到看不出区别，这对构建系统发生树是不利的。
所以这种情况下应该选用DNA序列，而不选蛋白质序列。
2）如果DNA序列的两两间的一致度≤70%，DNA序列和蛋白质序列都可以选用。
1. 将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件，注意：所有序列的方向都要保持一致( 5’-3’)。
想要做系统发生树先要做多序列比对，然后把多序列比对的结果提交给建树软件进行建树，所以在用MEGA建树时可以输入一个已经比对好的多序列比对，也可以输入一条原始序列，让MEGA先来做多序列比对，再建树（一般我们都是原始序列）。
所以我们以后者为例。
2.打开MEGA软件，选择主窗口的”File”→“Open A File”→找到并打开fasta文件，这时会询问以何种方式打开，我们是原始序列，需要先进行多序列比对，所以选择“Align”。
如果是比对好的多序列比对可以直接选择“Analyze”。
3.在打开的Alignment Explorer窗口中选择”Alignment”-“Align by ClustalW”进行多序列比对（MEGA提供了ClustalW和Muscle两种多序列比对方法，这里选择熟悉的ClustalW），弹出窗口询问“Nothing selected for alignment，Select all？”选择“OK”。
4. 之后，弹出多序列比对参数设置窗口。
这个窗口和EMBL在线多序列比对一样，可以设置替换记分矩阵、不同的空位罚分（罚分填写的是正数，计算时按负数计算）等参数。
mega-6-构建系统发育树
（用于分子进化分析中的序列必须是直系同源的，才能真实反映进化过程。）
系统发生树
系统发生树（英文：Phylogenetic tree）又称为 演化树（evolutionary tree）。以树的表现形式， 描述被认为具有共同祖先的各物种间演化关系。
2、为了美观，也是为了满足发表文章的要求，需要对进 化树进行树形、字体、字号的修改：
点击View，选择Options。弹出窗口中，在Tree标签中可 以修改枝与枝之间的距离（Taxon Separation）、枝长 （Branch Length）和树宽（Tree Width），调整至美观 即 可 。 Branch 标 签 中 ， 可 以 选 择 勾 选 “ Hide values lower than %”，一般隐藏50%以下的数值。其他的参数可 以自行研究，一般默认即可。点击主菜单栏里的Image， 保存成.pdf等,这之后用其他软件编辑图片。即可更改字 体字号再导成图片就可以了。
转换好的meg文件，会弹出一个提示信息，点击ok。
三、构建进化树
主菜单 a file打开比对结果.meg的文件,主窗口举例选择 邻位相连法（Neighbor-joining）建树。
结果输出：这个过程所耗时间和序列的数量和长短成正比， 程序就会产生一个树。
四、进化树的优化
1、利用该软件可得到不同树型
系统进化树分有根(rooted)和无根(unrooted)树。 有根树反映了树上物种或基因的时间顺序，而无
根树只反映分类单元之间的距离而不涉及谁是谁 的祖先问题。
有根树与无根树
两个临近的分支的 连接处称为节点 （node） 表示推断祖先的现 存类群在树最底部 的分支点成为根节 （root node） 分支（branches） 分类（taxa，the singular form is taxon)
手把手教你构建系统进化树
3、比对序列，比对结果转化为*.meg格式
用 Mega 6.0 的 ClustalW 做多序列联配，比对结果用 *.meg格式保存。或者用Clustal X软件进行比对，比对结果 保存为*.aln,再用Mega 6.0转化为*.meg格式。
4、构建系统进化树
打开保存的*.meg格式文件，选择邻接法构建系统发育 进化树。
以外米缀蛾的cds为例，点击cds，出现下图。
点击FASTA，出现下图。
该图为外米缀蛾的 FASTA格式，如何保 存见下图
一般情况下点 击该页的右上 角有send 图标， 选择后点击 create file 即 可下载。Txt可 以打开。 该图显示的是 序列全长的 FASTA格式下 载。
因为我采取基于氨 基酸序列比对，所 以选择coding sequences和fasta protein，下载编码 区氨基酸序列。
文件名未下载时不要更改，下下来之后再更改
MEGA6可以识别fasta格式文件。如图，将全 部-基因.txt重命名为全部-基因.fasta
•选择打开方式为MEGA6，打开全部-基因.fasta，自动跳出序列窗口 •用ClustalW做多序列联配
如何构建系统进化树
YZU.TRY
系统发生树（英文： Phylogenetic tree ） 又称为演化树（ evolutionary tree ），是 表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关 系的树。是一种亲缘分支分类方法 （ cladogram ）。在树中，每个节点代表其 各分支的最近共同祖先，而节点间的线段长 度对应演化距离（如估计的演名称要么全部 斜体，要么全部不斜体，无法只让拉丁文斜体
利用MEGA-X选择模型及构建美化进化树
利⽤MEGA-X选择模型及构建美化进化树今天主要介绍的是在MEGA-X图形界⾯下构建系统发育树并且对发育树进⾏美化。
下载安装好MEGA-X后，⾸先打开软件。
此处我们以⼀株细菌的16S rRNA序列为⽬标序列，⾸先在NCBI中进⾏Blast⽐对，下载将要⼀起⽐对建树的菌株序列。
在NCBI中输⼊序列或者上传⽂件，选择数据库时可以选择「Nucleotide collection(nr/nt)」或者「16S ribosomal RNA sequences」数据库，⼀般来说nr/nt库信息⽐较全⾯。
我们选择了10个不同种的16S rRNA序列进⾏下载。
另外，此处还可以⽐对下载2-3条⼤肠杆菌（Escherichia coli）和沙门⽒杆菌（Salmonella）的16S rRNA序列作为外类群（在Organism选项中进⾏物种限定），后⾯推断进化时间的时候可以⽤到。
将所有下载的序列整理在⼀个⽂件中，为了⽅便后⾯的建树可以将菌株名称后⾯多余的信息在这⾥替换删除掉（只是名称上的信息，不要改动碱基序列），然后将⽂件的扩展名改为.fasta。
在MEGA-X⾸页选择DATA，点击Open a File/Session，选择刚才的⽂件。
打开⽂件时询问「Analyze or Align File?」，此处点击Align。
序列中可能会出现混合碱基符号，混合碱基符号指两种或多种碱基(核苷)混合物的表⽰符号，或未完全确定可能属于某两种或多种碱基(核苷)的符号：R表⽰A+G；Y表⽰C+T；M表⽰A+C；K表⽰G+T；S表⽰C+G；W 表⽰A+T；H表⽰A+C+T；B表⽰C+G+T；V表⽰A+C+G；D表⽰A+G+T；N表⽰A+C+G+T。
接下来选择序列⽐对的⽅法：Muscle或者ClustalW。
ClustalW的基本原理是⾸先做序列的两两⽐对，根据该两两⽐对计算两两距离矩阵，是⼀种经典的⽐对⽅法，使⽤范围也⽐较⼴泛。
Muscle的功能仅限于多序列⽐对，它的最⼤优势是速度，⽐ClustalW的速度快⼏个数量级，⽽且序列数越多速度的差别越⼤。
使用MEGA6软件建树
使用MEGA6.0软件构建系统发育树所有序列可以在Bioedit里整理成为一个FASTA文件将FASTA格式的文件在MEGA软件里打开123点击Open A File/Session，打开FASTA格式的文件4点击Align56点击Edit，Select All7点击W图标，或者8 点击OK（默认参数）910 删除头尾有空缺的地方11 点击Data，选择phylogenetic Analysis，将这个窗口最小化12 MEGA软件窗口增加了两个方框13 点击Phylogeny，选择需要建树的类型，以NJ树为例14 询问是否使用当前数据继续建树，点击Yes15 数值设置好后，点击Compute16 表示程序正在运行17 原始结果显示如下，可以根据自己的需求进行调整18 View里可以调整数值宽度等1920 图片导出，点击Image，选择Copy to Clipboard，粘贴到word文档2121 选中图片，点击编辑图片，对字体大小及内容能够进行调整与修改AAG51164.1Arabidopsis thalianaAAL35328.1 Oryza sativ aCAA43142.1 Malus domesticaNP 001281081.1 Zea maysGAQ91141.1Klebsormidium flaccidumAAA34144.1 Solanum lycopersicumADD85140.1 Triticum aestiv umNP 031615.1 Mus musculusNP 001286337.1Drosophila melanogaster AES82664.1 Medicago truncatulaCAA55612.1 Saccharomyces cerev isiae。
系统发育分析-MEGA
系统发育分析-MEGA实 验 目 的1. 学会使用 MEGA 构建进化树，熟悉建树相关参数；2. 会分析建树结果，体会不同方法的差异。
实 验 内 容 实 验 流 程一、 准备工作首先现在MEGA 的官网上下载MEGA X ：正式下载前还需要输入一些信息：在宿舍用Wi-Fi 下载也是极慢（1M/min ），用VPN1分钟就直接下好了，安装：由于我们之前的同源序列中只有直系同源序列，因此我们需要再在序列库中寻找MTPAP的并系同源序列。
首先在NCBI的HomoloGene库中搜索MTPAP，得到以下结果：点击Orthologs，可以发现许多的直系同源基因，由于之前选择的5条序列相似度过高，因此我们重新下载10条直系同源核酸与蛋白序列：发现了一个从未听说过，但功能却极为强大的网站——GeneCard：信息：所有序列整理好后如下图所示：在此之前，先将物种名单信息上传至NCBI的Taxonomy - Common Tree中，找到要与建树结果比对的标准树：使用TreeViewX打开下载得到的phy文件：可以看到，重新下载的物种数据分布比较宽泛，避免因序列信息过于相似而使建树结果出现分歧。
二、直系同源序列的比对现在正式开始使用MEGA X进行序列分析。
先利用MEGA的多序列比对功能得到meg文件。
导入序列：使用ClustalW进行比对：比对结果：保存比对结果（可以选择fasta格式或是meg格式）。
三、对五种建树方法的探索我们分别尝试五种建树方法，并于标准树做对比：1. ML法建树参数设置：Original ML Tree：100次Bootstrap后得到的一致树：可以看到，Bootstrap前后，直系同源序列的关系都与是否与已知物种分类关系相同，只是拓扑结构略有区别。
2. NJ法建树参数设置：Original NJ Tree：100次Bootstrap后得到的一致树：相对于ML法，NJ法建树速度极快，但是建树结果就是在是差强人意了。
图文详解MEGA5构建系统发育树
图文详解MEGA 5构建系统发育树(2013-10-11 20:52:49)如遇不妥，请指正。
软件下载：MEGA 5 ; DNAMAN 71 •准备序列文件准备fasta格式序列文件(fasta格式：大于号> 后紧跟序列名，换行后是序列。
举例如下)。
每条序列可以单独为一个文件，也可以把所有序列放在同一文件内。
核酸序列：>sequence1_nameCCTGGCTCAGGATGAACGCT氨基酸序列：>sequence2_nameMQSPINSFKKALAEGRTQIGF2 .多序列比对打开MEGA 5，点击Align，选择Edit/Build Alignment ，选择Create a new alignment ，点击OK。
MEGA 5,05File Analysis HelpOpen Saved Alignment Session,..玄Show Web Browser& Query DstabankEDo BLAST SearchSelect an Option -■ * Create a new dig nment( Open a saved alignment sessiDn「Retrieve sequencer from a file4 OK X Parcel这时需要选择序列类型，核酸（DNA ）或氨基酸（Protein ）选择之后，在弹出的窗口中直接 Ctrl + V 粘贴序列（如果所有序列在同一 个文件中，即可全选序列，复制）。
也可以：点击 Edit ，选择Insert Seque nee From File ，选择序列文件（可多选）。
TA■I 鼻■ •DataModefcAl 卯Edrt/View £equ>ercer Ries (Tracc)^Edrt/Build AlignmentDistancM5： Aligrrnnent Editor© S3（为选中状态）。
系统进化树制作步骤MEGA5.10
系统进化树制作步骤MEGA5.1
先要把格式弄成该软件识别的meg格式，fasta格式也行，只要能够导入
1导入，点击左上角Align，选择创建新的比对Alignment，点击OK，
2提示创建DNA分析文件，进入如下右边界面
3打开fasta格式的序列文件，如下
4选择Alignment中的比对选项，使用Clastaw比对，会有比对参数，默认即可，点OK，会自行完成比对。
5比对好的文件须保存，选Data中的save session，提示保存命名
即导入数据如右。
7选中带有TA的方框，如上图，点击主界面上的进化树选项，如下图中间，可选择不同的
进化树类型，一般用NJ树。
8出现提示参数，默认即可，点compute执行。
会完成进化树
9做好的进化树可以以图片方式保存。
手把手教你构建系统进化树
9、要学生做的事，教职员躬亲共做； 要学生 学的知 识，教 职员躬 亲共学 ；要学 生守的 规则， 教职员 躬亲共 守。2021/6/292021/6/29Tuesday, June 29, 2021
10、阅读一切好书如同和过去最杰出 的人谈 话。2021/6/292021/6/292021/6/296/29/2021 8:10:36 AM
以外米缀蛾的cds为例，点击cdsTA格式，如何保 存见下图
一般情况下点
击该页的右上 角有send 图标， 选择后点击 create file 即 可下载。Txt可 以打开。
该图显示的是
序列全长的 FASTA格式下 载。
因为我采取基于氨
17、儿童是中心，教育的措施便围绕 他们而 组织起 来。2021/6/292021/6/292021/6/292021/6/29
2、Our destiny offers not only the cup of despair, but the chalice of opportunity. (Richard Nixon, American President )命运给予我们的不是失望之酒，而是机会之杯。二〇二一年六月十七日2021年6月17日星期四 3、Patience is bitter, but its fruit is sweet. (Jean Jacques Rousseau , French thinker)忍耐是痛苦的，但它的果实是甜蜜的。10:516.17.202110:516.17.202110:5110:51:196.17.202110:516.17.2021 4、All that you do, do with your might; things done by halves are never done right. ----R.H. Stoddard, American poet做一切事都应尽力而为，半途而废永远不行6.17.20216.17.202110:5110:5110:51:1910:51:19 5、You have to believe in yourself. That's the secret of success. ----Charles Chaplin人必须相信自己，这是成功的秘诀。-Thursday, June 17, 2021June 21Thursday, June 17, 20216/17/2021
实习八系统发育树构建2
实习八系统发育树构建：MEGA西北农林科技大学生物信息学中心2014.11实习目的:1. 了解MEGA可以实现的主要进化分析2. 学会使用MEGA进行多序列比对、确定最优模型并构建系统发育树实习内容：MEGA（Molecular Evolutionary Genetics Analysis）是一个运用广泛的进化分析综合软件，1993年首次发布，新版本的MEGA6推出一年多以来，就已经被引用超过700次，MEGA5（2011年）的引用至今有近16700次，MEGA4（2007年）引用近23900次。
软件的主要功能包括序列比对、确定最优替换模型、构建系统发育树、计算进化距离、估计分子进化速率、估计分化时间、推算祖先序列、计算选择压、在线搜索，系统发育树编辑等。
适用不同操作系统的软件可以通过/index.php下载，按照默认设置轻松安装。
本次实习我们用未经比对的一组序列学习使用MEGA构建系统发育树。
尽管有大量的进化分析软件可供选择，但进化分析的一个核心观念是：决定分析结果好坏的不是软件或分析方法的选择，而是所分析序列的质量：序列的插入缺失，序列的有信息位点的多少等。
举例来说，并不是相似度越高的序列越好，相反，相似度高的序列具有的反映序列差异的信息位点较少，而可能不利于准确地判断两两序列间的关系。
1.1 序列格式MEGA能识别多种序列格式（Figure 1），可以在类似文本编辑器的窗口编辑并转换序列格式。
由于MEGA有内嵌的序列比对功能，因此最常用的格式为FASTA，如果是比对后的序列，可以是FASTA 或PHYLIP。
MEGA在进行分析时需要使用自己的文件格式MEG（.meg）和MAS（.mas），其他格式的数据MEGA会提示转换。
其中MEG格式为ASCII编码，可以通过文本编辑器查看（Figure 2），而MAS是二进制数据，文本编辑器不能查看。
此外MEGA还可以查看和编辑Newick（.nwk）格式的树形文件，软件自己的树形文件格式为MTS（.mts）。
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MEGA软件——系统发育树构建方法
1)序列文本
构树之前先将每个样品的序列都分别保存为txt文本文件中，序列只包含序列字母（ATCG或氨基酸简写字母）。
文件名名称可以已经您的想法随意编辑。
2)序列导入MEGA 5
首先打开MEGA 5软件，界面如下：
然后，导入需要构建系统进化树的序列：
点击OK
出现新的对话框，创建新的数据文件
导入成功
3)序列比对分析
点击W，开始比对。
比对完成后删除序列两端不能完全对其的碱基。
系统分析然后，关闭该窗口，在弹出的对话框中选择保存文件，文件名随便去，比如保存为1。
4)系统发育树构建
以NJ为例
Bootstrap选择1000，点Computer，开始计算
计算完毕后，生成系统发育树。
以下“系统发育树树的修饰”方法沿用斑竹brightfuture01的方法
5)树的修饰
建好树之后，往往需要对树做一些美化。
这个工作完全可以在word中完成，达到发表文章的要求。
点击image，copy to clipboard。
新建一个word文档，选择粘贴。
见下图：
在图上点击右键-编辑图片，就可以对文字的字体大小，倾斜等做出修饰。
见下图：
这个时候可以通过Adobe professional 对其进行图像导出：先将此word文档打印成PDF，见下图：
将打印出来的PDF保存在桌面上，打开，如下图：
此时，点击工具，高级编辑工具，裁剪工具，如下图所示：
选择需要的区域以删除周围的空白区，双击发育树，会出现下图：
点击确定，出现下图 (把空边切掉了)：
点击文件，另存为，在保存类型一栏中选择 TIFF格式，点击确定后会生成下面这个图片，所生成图片绝对可以满足文章的发表：
OK，结束了，自己玩一把吧。
如有侵权请联系告知删除，感谢你们的配合！。