构建系统发育树的方法 PPT
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13
构建发育树
再点击phylogency----construct/test neighborjioning tree-----然后选择上述保存的文件.mas 然后参数选择Bootstrap method 1000 其他默 认，点击compute
14
得到系统发育树
谢谢
15
系统发育树构建
1
16SrRNA片段获取
细菌培养液 DNA提取
基因组DNA
PCR扩增 16SrRNA
测序
2
序列比对
1.使用DNAstar中的SeqMan对未知菌测序得到 的两条序列进行组装连接 SeqMan使用方法：1.打开软件如图
3
2.点击Add Sequence 然后选择侧得的序列 （带有图的）
4Fra Baidu bibliotek
3.点击 Assemble 得到如下图，然后双击 Contig1
5
4.得到下图，减掉两端不好的序列，点击 Contig，再点击save consensus ，保存。
6
NCBI比对
5.将得到的序列输入到NCBI上进行比对
7
6.Blast DAN
8
7.输入组装的DNA序列
9
大家有疑问的，可以询问和交流
可以互相讨论下，但要小声点
10
8.选择相似的菌种
11
9.下载FASTA格式
12
10.MEGA7比对
1.打开软件点击Align-Edit/Build Alignment 然后 OK-DNA 再然后是Edit ---insert sequence from 选择序列（相似菌和目的菌，fasta格式） ----选中序列---点击Alignment ---Align by clustalW----保存（mas格式）
构建发育树
再点击phylogency----construct/test neighborjioning tree-----然后选择上述保存的文件.mas 然后参数选择Bootstrap method 1000 其他默 认，点击compute
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得到系统发育树
谢谢
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系统发育树构建
1
16SrRNA片段获取
细菌培养液 DNA提取
基因组DNA
PCR扩增 16SrRNA
测序
2
序列比对
1.使用DNAstar中的SeqMan对未知菌测序得到 的两条序列进行组装连接 SeqMan使用方法：1.打开软件如图
3
2.点击Add Sequence 然后选择侧得的序列 （带有图的）
4Fra Baidu bibliotek
3.点击 Assemble 得到如下图，然后双击 Contig1
5
4.得到下图，减掉两端不好的序列，点击 Contig，再点击save consensus ，保存。
6
NCBI比对
5.将得到的序列输入到NCBI上进行比对
7
6.Blast DAN
8
7.输入组装的DNA序列
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大家有疑问的，可以询问和交流
可以互相讨论下，但要小声点
10
8.选择相似的菌种
11
9.下载FASTA格式
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10.MEGA7比对
1.打开软件点击Align-Edit/Build Alignment 然后 OK-DNA 再然后是Edit ---insert sequence from 选择序列（相似菌和目的菌，fasta格式） ----选中序列---点击Alignment ---Align by clustalW----保存（mas格式）