肾透明细胞癌差异表达基因的筛选及其核心基因相应miRNA和lncRNA预测分析

能相关，KEGG 信号通路富集结果则表明其主要与 PPAR、Rap1 以及细胞因子受体相互作用等信号通路相关。
从这些差异表达基因中筛选出 11 个核心基因，并预测到 134 个相应 miRNA，接着对 5 个与 ccRCC 总体生存率相
关的 miRNA 在 STARBASE 中共预测到 6 个相应 lncRNA。最后将 lncRNA、miRNA、核心基因以及相应信号通路在
Corresponding to：TAN Jian-ming，E-mail：tanjm156@
Abstract:【Objective】Identifying differentially expressed genes in renal clear cell carcinoma (ccRCC) and their asso⁃ ciated miRNA and lncRNA. Exploring potential biomarkers for diagnosis and treatment of ccRCC.【Methods】Screening out differentially expressed genes of ccRCC from TCGA database and GEO database and get them intersected. Then GO function analysis and KEGG pathway enrichment analysis were carried out for differentially expressed genes. Next, the MCODE software was used to screen out core genes in differentially expressed genes. Finally, the mirDIP database and STARBASE database were utilized to predict miRNA and lncRNA of the core genes.【Results】A total of 427 differential⁃ ly expressed genes were identified, which were mainly involved in the functions of Catalytic activity, Receptor activity and Cell adhesion molecule activity according to GO analysis. And the KEGG signal pathway enrichment results indicate that these genes mainly related to signal pathways such as PPAR signaling pathway, Rap1 signaling pathway, and Cytokine-cy⁃ tokine receptor interaction. A total of 11 core genes were selected from the differentially expressed genes and 134 miRNA
朱合欢，赵 虎，林智文，王 洁，路 君，谭建明
（厦门大学附属东方医院(福州总医院)//福建省移植生物学重点实验室，福建 福州 350025）
摘 要：【目的】筛选肾透明细胞癌（ccRCC）中差异表达基因并其相关 miRNA 和 lncRNA，寻找可作为 ccRCC
诊断及治疗的生物标志物。【方法】通过从 TCGA 数据库和 GEO 数据库筛选 ccRCC 差异表达基因并取交集，对
ZHU He-huan, ZHAO Hu, LIN Zhi-wen, WANG Jie, LU Jun, TAN Jian-ming
（Xiamen University Fuzhou General Hospital//Fujian Provincial Key Laboratory of Transplant Biology, Fuzhou 350025, China）
CYTOSCAPE 中构建出一个互作网络。【结论】利用生物信息学技术将 TCGA 数据库与 GEO 数据库结合起来，筛
选出 ccRCC 中差异表达基因，并对其中的核心基因进行 miRNA 与 lncRNA 预测分析，为后续找到可用于 ccRCC 临
床诊断的靶标与治疗的靶点提供了有力帮助。
关键词：肾透明细胞癌；差异表达基因；miRNA；lncRNA；生物信息学
中图分类号：R563.9
文献标志码：A
文章编号：1672-3554（2018）05-0771-09
Identification of Differentially Expressed Genes in Clear Cell Renal Cell Carcinoma and Prediction Analysis for Corresponding miRNA and lncRNA of Core Genes
第 39 卷 第 5 期 Байду номын сангаас018 年 9 月
中山大学学报（医学版） JOURNAL OF SUN YAT⁃SEN UNIVERSITY（MEDICAL SCIENCES）
Vol.39 No.5 September 2018
肾透明细胞癌差异表达基因的筛选及其核心基因相应 miRNA 和 lncRNA 预测分析
差异表达基因进行 GO 功能分析和 KEGG 通路富集分析，使用 MCODE 软件筛选出差异表达基因中的核心基因，
并利用 mirDIP 数据库和 STARBASE 数据库对核心基因上游的 miRNA 和 lncRNA 进行预测。【结果】共筛选出
427 个差异表达基因，这些差异表达基因在 GO 功能分析上主要与催化活性、受体活性和细胞黏附分子活性等功