生物学数据库

生物学数据库(转载)

发信站: 北大未名站(2002年09月13日11:16:40 星期五), 站内信件

【以下文字转载自LifeScience 讨论区】

【原文由pearson 所发表】

生物学是当今医学界的一大热门学科；分科细，覆盖面广，数据量大，科技含量高是它

的特点。目前还没有哪家院校能建立起自己完整的生物学数据库，所以能够到网上查询数据就成了研究生物学必备的技能。下面泪出当前世界上较有名的网上生物学数据库，

具体的查询防范请参照《如何查找网上医学资料》，和该数据库的使用说明。

★★★★

核酸数据库:

★EMBL Database：/ebi_docs/embl_db/ebi/topembl.html

欧洲分子生物学实验室（European Molecular Biology Laboratory ）核酸序列数据库

，为欧洲最主要的核酸序列数据库，世界两大核酸数据库之一。目前此数据库由其分支机构—EBI（the European Bioinformatics Institute，欧洲生物情报研究所）维护。

★GenBank：/Web/Genbank/index.html

美国国家生物技术情报中心（NCBI，National Center for Biotechnology Informatio

n

）基因序列数据库。美国最主要的核酸序列数据库，世界两大核酸数据库之一。

★DDBJ：http://www.ddbj.nig.ac.jp/

DNA database of Japan (Mishima)，位于日本的核酸序列数据库，为亚洲主要的核酸序

列数据库。

★HIV Database：/

HIV序列数据库。

★IMGT：/imgt/

ImMunoGeneTics数据库含有与免疫系统有关的核酸序列数据。

★dbEST：/dbEST/index.html

序列表达标记数据库（Expressed Sequences Tags）。

★BERLIN：ftp:///pub/databases/berlin/

5S rRNA 数据库。

★EPD：ftp:///pub/databases/epd/

真核启动子数据库（Eukaryotic Promoter database）

★★★★

蛋白数据库

★SWISS-PROT：/ebi_docs/swissprot_db/swis

shome.html

SWISS-PROT 蛋白序列数据库，由日内瓦大学医学生物化学系（the Department of Medical Biochemistry of the University of Geneva ）与EMBL（European

Molecular Biology Laboratory，欧洲分子生物学实验室）共同维护，是欧洲最主要的

蛋白序列数据库，世界两大蛋白序列数据库之一。

★PIR：/Dan/proteins/pir.html

PIR（Protein Identification Resource）蛋白序列鉴定数据库，由美国国家生物医学

研究基金会（National Biomedical Research Foundation)维护。是美国最主要的蛋白

序列数据库，为世界两大蛋白序列数据库之一。

★PDB：/pdb/index.html

Brookhaven蛋白序列三维立体结构数据库。

★PROSITE：http://www.expasy.ch/prosite/

蛋白特征序列字典。

★ENZYME：http://www.expasy.ch/enzyme/

蛋白酶数据库。

★REBASE：/rebase/rebase.html

限制酶数据库。

★HSSP：ftp:///pub/databases/hssp/

同类二级结构蛋白（Homology-derived secondary structure of proteins ）数据库。

★BLOCKS：/

蛋白序列块数据库（Protein Blocks Database）。

★KABAT：/

具有免疫学重要性的蛋白数据库（Database of Proteins of immunological interest

）。

★OMEGA ：biogen.fr/

蛋白结构信息数据库（protein structural information）。

★TMBASE：/software/tmbase/TMBASE_doc.html

跨膜蛋白数据库，包括一些预测工具。

★★★★

基因组数据库

★DICTYDB:/others/dsmith/dictydb.html

盘基网柄菌（Dictyostelium discoideum ）基因组数据库。

★EcoGene:http://susi.bio.uni-giessen.de/ecdc.html

大肠杆菌（Escherichia coli）K12基因组数据库。

★FL YBASE:/flybase/index.html

果蝇（Drosophila ）基因组数据库。

★MAIZEDB:/

玉米基因组数据库。

★SGD:/Saccharomyces/

酵母菌（Saccharomyces）基因组数据库。

★STYGENE:http://www.ucalgary.ca/~kesander/salty.html

沙门氏菌（Salmonella typhimurium ）LT2基因组数据库。