分子生物学相关数据库
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分子生物学相关数据库
Entrez
由NCBI开发的一个数据库检索系统,它综合了下述各大数据库的信息,包括核酸、蛋白以及Medline 文摘数据库,在这三个数据库中建立了非常完善的联系。因此,可以从一个序列查询到蛋白产物以及相关的结构、功能和文献信息,详见NCBI(美国国立生物技术信息中心) 简介。
EBI
欧洲生物信息学研究所(European Bioinformatics Institute,EBI)是EMBL的分部,位于英国Hinxton 的Wellcome Trust Genome Campus。
EBI维护和发布的数据库:
✓EMBL核酸数据库、欧洲原始核酸数据资源库
✓SwissProt蛋白质序列数据库[与瑞士生物信息学协会(Swiss Institute for Bioinformatics,SIB)的Amos Bairroch合作]
✓TrEMBL(SwissProt的附属数据库,由EMBL数据库编码序列翻译而来的蛋白质序列数据库)
✓分子结构数据库(Molecular Structure Database,MSD)[与Brookhaven 国家实验室(纽约)的蛋白质三维结构数据库(Protein Data Bank,PDB)合作]
✓放射杂交数据库(Radiation Hybrid database,RHdb)
✓其他组织合作产生的分子生物学数据库:EBI还提供网络服务,通过互联网、其WEB界面和FTP服务器可以访问最新收集到的数据,同时也提供数据库和序列相似性的搜索工具。
核酸数据库:
GenBank
GenBank是NIH的基因序列数据库,由美国国立卫生研究院全国生物技术信息中心(NCBI)建立并维护,是所有公开的DNA序列的集合( Nucleic Acids Research 1998 Jan 1;26(1):1-7),GenBank包含所有已知的核苷酸及蛋白质序列、以及与之相关的生物学信息和参考文献,是世界上的权威序列数据库。GenBank 每条数据包含对序列的精确描述,序列来源生物的科学名称及树状分类,以及特征数据栏,提供序列的蛋白编码区和具有特殊生物学意义的位点,如转录单位(transcription units)、突变或修饰位点(sites of mutationsormodifications)及重复序列(repeats),还提供特定序列编码的蛋白质序列。参考文献还给出其在MEDLINE上的特定标识号。
EMBL-EBI
欧洲分子生物学实验室(EuropeanMolecularBiology Laboratory)于1974年由欧洲14个国家加上亚洲的以色列共同发起建立,包括一个位于德国Heidelberg的核心实验室,及三个位于德国Hamburg,法国Grenoble 及英国Hinxton的研究分部,是欧洲最重要和最核心的分子生物学基础研究和教育培训机构。.
EMBL-DNA数据库于1982年由EMBL建立,为欧洲最主要的核酸序列数据库,与美国的GenBank 及日本的DDBJ共同组成全球性的国际DNA数据库。EBI即现在的欧洲生物信息研究所,是EMBL在英国Hinxton的分部,主要负责建立EMBL-DNA数据库,可进行核苷酸序列检索及序列相似性查询。
目前此数据库由其分支机构—EBI(the European Bioinformatics Institute,欧洲生物情报研究所)维护。
DDBJ
日本DNA数据库DDBJ(DNA Data Bank of Japan),于1984年建立,是世界三大DNA数据库之一,与NCBI的GenBank,EBI的EMBL数据库共同组成国际DNA数据库,每日交换更新数据和信息,并主持两个国际年会-国际DNA数据库咨询会议和国际DNA数据库协作会议。DDBJ 主要向研究者收集DNA序列信息并赋予其数据存取号,信息来源主要是日本的研究机构,亦接受其他国家呈递的序列,数据库通过WWW环球网,匿名FTP,e-mail或Gopher方式为广大研研究人员服务。
蛋白数据库:
ExPASy
ExPASy 是由位于瑞士日内瓦的 Swiss Institute of Bioinformatics 所建立,为全世界最重要的蛋白质资料库之一,也是GCG 最主要的蛋白质资料来源。主要内容包括蛋白质序列,构造及2-D PAGE (Two -dimentional polyacrylamide gel electrophoresis ) 的多个重要资料库,以及蛋白质序列和构造工具,FTP Server 和相关讯息。有许多用于分析上所需的工具,包括蛋白质功能预测、序列搜寻及比对,二级,三级和四级结构的预测等等。
ExPASy Proteomics tools包括Protein identification tools ,Protein characterization tool s,以及Sequence analysis tools三大部分,具体有:
✓Aldente:利用肽指纹图谱来辨别蛋白质。
✓Rasmol:观看生物分子3D微观立体结构的软件,可以旋转,以多个模式观看,并可以存成普通图形文件。
✓MolMol:将PDB等格式的蛋白质文件通过微调,存成普通的图形文件。
✓CLUSTALW:用来对蛋白质序列进行多序列比较的工具。多序列比较在分子生物学中是一个及基本方法,用来发现序列特征,进行蛋白质分类,证明序列见得同源性,帮助预测序列二级结构与三级结构,确定PCR引物,以及分子进化分析。
✓Fasta3:在internent上有许多的在线FASTA 查找服务,查找某数据库中的同源序列,也可下载后离线使用。
✓BLAST:在数据库中查找某一序列的类似序列,目前在internet上有许多的在线查找BLAST程序。
专门用于查找各大数据库中与用户提交序列类似的序列,分别为blastp,blastn,blastx,tblastn,tb lastn.
✓VMD: 用来显示生物分子的微观立体结构,可以利用内建的功能,做出动画效果。
✓Swiss-PdbViewer:是一个界面友好的应用程序,使用方便,可以同时分析几个蛋白质的PDB文件,可以将几个蛋白质叠加起来用来分析结构类似性,比较活性位点或其他有关位点,通过菜单操作与直观的图形,可以很容易获得氢键,角度,原子距离,氨基酸突变等数据。