分子生物学相关数据库

分子生物学相关数据库

Entrez

由NCBI开发的一个数据库检索系统，它综合了下述各大数据库的信息，包括核酸、蛋白以及Medline 文摘数据库，在这三个数据库中建立了非常完善的联系。因此，可以从一个序列查询到蛋白产物以及相关的结构、功能和文献信息，详见NCBI(美国国立生物技术信息中心) 简介。

EBI

欧洲生物信息学研究所(European Bioinformatics Institute,EBI)是EMBL的分部，位于英国Hinxton 的Wellcome Trust Genome Campus。

EBI维护和发布的数据库：

✓EMBL核酸数据库、欧洲原始核酸数据资源库

✓SwissProt蛋白质序列数据库[与瑞士生物信息学协会(Swiss Institute for Bioinformatics,SIB)的Amos Bairroch合作]

✓TrEMBL(SwissProt的附属数据库，由EMBL数据库编码序列翻译而来的蛋白质序列数据库)

✓分子结构数据库(Molecular Structure Database,MSD)[与Brookhaven 国家实验室(纽约)的蛋白质三维结构数据库(Protein Data Bank,PDB)合作]

✓放射杂交数据库(Radiation Hybrid database,RHdb)

✓其他组织合作产生的分子生物学数据库：EBI还提供网络服务，通过互联网、其WEB界面和FTP服务器可以访问最新收集到的数据，同时也提供数据库和序列相似性的搜索工具。

核酸数据库：

GenBank

GenBank是NIH的基因序列数据库，由美国国立卫生研究院全国生物技术信息中心（NCBI）建立并维护，是所有公开的DNA序列的集合( Nucleic Acids Research 1998 Jan 1;26(1):1-7)，GenBank包含所有已知的核苷酸及蛋白质序列、以及与之相关的生物学信息和参考文献，是世界上的权威序列数据库。GenBank 每条数据包含对序列的精确描述，序列来源生物的科学名称及树状分类，以及特征数据栏，提供序列的蛋白编码区和具有特殊生物学意义的位点，如转录单位(transcription units)、突变或修饰位点(sites of mutationsormodifications)及重复序列(repeats），还提供特定序列编码的蛋白质序列。参考文献还给出其在MEDLINE上的特定标识号。

EMBL-EBI

欧洲分子生物学实验室(EuropeanMolecularBiology Laboratory)于1974年由欧洲14个国家加上亚洲的以色列共同发起建立，包括一个位于德国Heidelberg的核心实验室，及三个位于德国Hamburg，法国Grenoble 及英国Hinxton的研究分部，是欧洲最重要和最核心的分子生物学基础研究和教育培训机构。.

EMBL-DNA数据库于1982年由EMBL建立，为欧洲最主要的核酸序列数据库，与美国的GenBank 及日本的DDBJ共同组成全球性的国际DNA数据库。EBI即现在的欧洲生物信息研究所，是EMBL在英国Hinxton的分部，主要负责建立EMBL－DNA数据库，可进行核苷酸序列检索及序列相似性查询。

目前此数据库由其分支机构—EBI（the European Bioinformatics Institute，欧洲生物情报研究所）维护。

DDBJ

日本DNA数据库DDBJ(DNA Data Bank of Japan)，于1984年建立，是世界三大DNA数据库之一，与NCBI的GenBank，EBI的EMBL数据库共同组成国际DNA数据库，每日交换更新数据和信息，并主持两个国际年会－国际DNA数据库咨询会议和国际DNA数据库协作会议。DDBJ 主要向研究者收集DNA序列信息并赋予其数据存取号，信息来源主要是日本的研究机构，亦接受其他国家呈递的序列，数据库通过WWW环球网，匿名FTP，e-mail或Gopher方式为广大研研究人员服务。

蛋白数据库：

ExPASy

ExPASy 是由位于瑞士日内瓦的 Swiss Institute of Bioinformatics 所建立，为全世界最重要的蛋白质资料库之一，也是GCG 最主要的蛋白质资料来源。主要内容包括蛋白质序列，构造及2-D PAGE (Two -dimentional polyacrylamide gel electrophoresis ) 的多个重要资料库，以及蛋白质序列和构造工具，FTP Server 和相关讯息。有许多用于分析上所需的工具，包括蛋白质功能预测、序列搜寻及比对，二级，三级和四级结构的预测等等。

ExPASy Proteomics tools包括Protein identification tools ，Protein characterization tool s，以及Sequence analysis tools三大部分，具体有：

✓Aldente：利用肽指纹图谱来辨别蛋白质。

✓Rasmol：观看生物分子3D微观立体结构的软件，可以旋转，以多个模式观看，并可以存成普通图形文件。

✓MolMol：将PDB等格式的蛋白质文件通过微调，存成普通的图形文件。

✓CLUSTALW：用来对蛋白质序列进行多序列比较的工具。多序列比较在分子生物学中是一个及基本方法，用来发现序列特征，进行蛋白质分类，证明序列见得同源性，帮助预测序列二级结构与三级结构，确定PCR引物，以及分子进化分析。

✓Fasta3：在internent上有许多的在线FASTA 查找服务，查找某数据库中的同源序列，也可下载后离线使用。

✓BLAST：在数据库中查找某一序列的类似序列，目前在internet上有许多的在线查找BLAST程序。

专门用于查找各大数据库中与用户提交序列类似的序列，分别为blastp,blastn,blastx,tblastn,tb lastn.

✓VMD: 用来显示生物分子的微观立体结构，可以利用内建的功能，做出动画效果。

✓Swiss-PdbViewer：是一个界面友好的应用程序，使用方便，可以同时分析几个蛋白质的PDB文件，可以将几个蛋白质叠加起来用来分析结构类似性，比较活性位点或其他有关位点，通过菜单操作与直观的图形，可以很容易获得氢键，角度，原子距离，氨基酸突变等数据。