第三章 ChemOffice 软件的操作与使用

等工具和对象的旋转、缩放等操作
3. Newman（纽曼）投影式
关键在于化学键的叠放顺序（图层相互覆盖的问题）， 方法是选中一部分对象，按鼠标右键选择Send to Back和 Bring to Front以改变其层次关系。 Newman投影式绘 制相对比较简单。
4. 立体化学
下图中的四个结构 式是同一种物质
执行【Structure】/【Predict 1H-NMR-Shift】菜单命令
分别执行【View】/【Show Analysis Window】和 【View】/【Show Chemical Properties Window】 菜单命令
执行【View】/【Show Period Table Window】 菜单命令，并可以得到 该元素的物理性质
箭头、轨道、绘图元素、括弧、 化学符号、询问工具模板 氨基酸模板 芳香族、双环、生物艺术模板 玻璃仪器模板 构象异构体模板 环戊二烯、环烷模板 DNA、RNA模板
超分子模板
绘图实例
绘制阿司匹林结构式
O
利用模板按左图绘制出简式；
O
O
单击选取框按钮，选中画好的 阿司匹林结构式；
第二个图形是使用Object 菜单的ShowStereochemistry 命令建立的 第三个图形是第二个图 形水平反转的结构
第四个图形是第三 个图形垂直旋转180度 的结果
为了出现Rotate180 Vertical，这个菜单项 需要同时按住Alt键
3.2.3 ChemNMR-核磁谱的计算
执行【Structure】/【Clean Up Structure】菜单命令，整理图形 到最佳状态。
OH
aspirin
图形存盘 ChemDraw文件的扩展名为“cdx”，执行 【File】/【Save As】菜单命令，即可保存。
图形的旋转与缩放 检查结构错误和整理结构式
执行【Structure】/Check Structure】功能自动执行 执行【Structure】/【Convert Name to Structure】菜单命令 如aspirin、EDTA、morphine、 2-acetoxybenzoic acid等
主
菜单栏
结构工具栏
主工具栏
格式栏
界
面
模板工具栏
绘图区
状态栏
O H2N CH CH2 C OH
N NH
H OH H HO H H OH OH OH H O
HO H
H
O
H
OH H HO H OH OH
模 板
垂直工具栏上的【模板】按钮包含了常 用的和重要的模板如多种较复杂的分子 种类和玻璃仪器模板 官能团模板 己糖模板 苯环模板 多面体模板 立构中心模板
模型窗口 旋转柄 旋转柄
建立3D模型的方法 利用键工具建立
线状模型 棒状模型 球棍模型 圆柱键模型 比例模型
利用文本工具建立
使用子结构建立 使用模板建立
ChemDraw结构式与3D模型间的转换
ChemDraw结构式转换为3D模型 选中结构式，复制到3D窗口中，自动转变成3D模型。 直接打开ChemDraw文件 在3D窗口中执行【File】/【Open】菜单命令，在【文件类 型】窗口中选中“ChemDraw（*.cdx,*chm）”类型，单击 “打开”按钮打开文件。 3D模型转换为平面结构式 选中3D模型，执行【Edit】/【Copy As】/【chemDraw Structure】菜单命令，复制该模型粘贴到ChemDraw窗口中。
根据化合物名称得到结构式
根据结构得出化合物命名 预测核磁共振化学位移 分子结构估计性质 元素周期表
符号、字体和颜色
快捷菜单和快捷键 绘制化学反应式 绘制实验装置
3.2.2 结构绘制功能
1. 简单的无机反应式和有机分子式
ChemDraw中可以一次性输入反应式文本，在应用 “Formula” 进行优化，其Formula格式化的智能程度较其他软件有所增 强。
ChemDraw提供了核磁位移的估计计算，可以在 选定分子后在Estimate菜单选择1H NMR Shift或1C NMR Shift，相应给出分子各个H或C的位移。列表 给出详细资料：
心血管药物心得安 （propranolol）
执行【Structure】/【Predict 13C-NMR-Shift】菜单命令
3. 3 Chem3D的使用
Chem3D是与ChemDraw配合使用的软件，主要是为了打开三维结构， 再使用各种量子化学软件计算和预测该结构的各种性质。 它能很好地同ChemDraw一起协同工作，ChemDraw上画出的二维结构 式可以正确地自动转换为三维结构，
旋转柄
垂直工具栏
Chem3D中α-D-葡萄 糖的显示效果图
3.2
3.2.1 概述
ChemDraw的使用
3.2.2 化学结构绘图 3.2.3 ChemNMR-核磁谱的计算 3.2.4 ChemProp-分子物理化学性质计算和标准 命名
3.2.5 原子轨道和分子轨道图的制作
3.2.1 概述
ChemDraw奉行的理念是： 化学家能懂的， ChemDraw也应该能懂
显示3D模型信息
将鼠标移动至3D模型的原子上，会弹出一个窗口显示该 原子的相关信息； 将鼠标移动至3D模型的化学键上，会弹出一个窗口显示 该化学键的相关信息，包括键长、键级等。 按住【Shift】键不动，用鼠标顺序选中连续的3个原 子，然后将鼠标停留在任一个原子上，即可显示这3个 原子形成的键角； 要显示更详细的信息，可执行【Analyze】/【Show Measurements】/【Show Bond Lengths】菜单命令
美国剑桥(CambridgeSoft)公司() 其最新版本ChemOffice Ultra 2004是目前世界上最优秀、最 重要和最权威的桌面化学办公应用软件，集强大的应用功能 于一身，为化学工作者提供了优秀的化学辅助系统。 它既可以轻松的绘出分子结构图和化学反应方程式、实验
根据分子式检索
输入分子式
与输入分子式 相关的结构选 项有7项，可 单击 按钮逐 项查看
输入C5-6N2，按回车键
单击【Switch to Table】 按钮，显示窗口变成列表
根据化学名称检索
输入*nico*， 按回车键
单击 按钮逐项查看，可显示大名鼎鼎的尼古丁分子， 其貌不扬但危害巨大。
室仪器装置和化学工艺流程图等，并应用到字处理软件中；
而且可以将化合物名称直接转为结构图，省却绘图的麻烦； 也可以对已知结构的化合物命名，给出正确的化合 物名称。
包含三大模块
1. ChemDraw模块——化学结构绘图 是世界上最受欢迎的化学结构绘图软件，是国际 上个论文期刊指定的格式。 2. Chem3D模块——分子构型与仿真分析 具有完整的界面及功能，提供工作站级的3D分子 轮廓图及分子轨道特性分析，并和数种量子化学 软件结合在一起。 3. ChemFinder模块——化学信息搜寻整合系统 智能型的快速化学搜索引擎。可以建立化学数据 库、储存及搜索，也可以使用现成的化学数据库。
整理结构与简单优化
执行【Edit】/【Select All】菜单 命令，将模型全部选中； 执行【Tools】/【Clean Up Structure】菜单命令，整理结构 执行【MM2】/【Minimize】菜 单命令，弹出【Minimize Energy】对话框。 单击RUN按钮开始对模型进行 优化，最终给出能量最低状态。
根据相对分子量检索 使用化学反应数据库 查找免费网络资源
3.4.2 根据结构式检索
ChemFinder自带多个数据库，其扩展名为 “sfw” 启动ChemFinder 打开对话框，其中包括3个选项卡，单击 【Existing】选项卡 单击选中“CS_DEMO”数据库，单击“打 开”按钮
绘制实验装置图
执行【View】/【Other Toolbars】/ 【Clipware，Part1或Part2】菜单命令 可以用磨口玻璃仪器接插件迅速搭 建化学反应装置
3.2.4 ChemProp—— 分子物理化学性质计算和标准命名
7.2.5 原子轨道图与分子轨道图的制作
ChemDraw绘制轨道的方法是使用轨道绘制工具箱，这 个工具箱能够绘制s轨道、σ轨道、单瓣轨道、p轨道、 杂化轨道、d轨道和dz2轨道。每种轨道都包括有三种填 充类型：背景色、阴影和纯色，具体的颜色则可以自己 设置。下图是一个例子：
化学办公软件
第三章 ChemOffice 软件的使用
3. 1 简 介 3. 2 ChemDraw的使用 3. 3 Chem3D的使用 3. 4 ChemFinder的使用
分子式和结构式是化学家的语言
随着计算机的广泛运用及计算 机功能的增强，用计算机绘制分 子的化学结构已经成为现实。
目录
3.1 简介
关键在于第五个碳原子的向下方 向的键，为了避免与其他键交叉 需要按住Alt键再绘制。接着选中 整个图形，按住Shift键进行缩放 （不对称缩放），把高度缩小至 50%，用文本输入工具输入相应 的基团，再用楔键工具修改即可
使用单键工具按 住Alt键绘制，适 当减少长度以免 与下面的键接触
绘制这个图形使用单键、文本、楔键
以乙烯为例，首先使用文本输入工具输入分子式CH 2CH 2， 则会自动生成3D的乙烯分子，然后使用Analyze菜单的 Extended Huckel Surfaces功能，再使用View菜单的Molecular Orbitals（显示各种分子轨道），出现对话框后可以选择显示 HOMO还是LUMO，根据参数的不同产生的轨道形状不同， 还可以选择不同的表面显示效果。
单键工具
文本 工具
这根直线其实是五个单键连起来的2. HawortFra bibliotek（霍沃思）投影式