SNPs检测方法比较
基因组学中的SNP分析
基因组学中的SNP分析SNP（Single Nucleotide Polymorphism）是指基因组中的单个核苷酸突变。
SNP分析是基因组学研究中的重要分析方法之一，为了更好地了解SNP分析在基因组学中的作用，我们需要从以下几个方面进行逐步的了解。
一、SNP的特征SNP是常见的继承性遗传变异，主要发生在基因组中7-10%的位置。
它具备许多有价值的特征，例如高度多态性、共有性基因性和容易鉴定性等。
SNP的多态性使其成为研究人类及其他物种遗传标记的优良素材。
SNP基于其出现的频率可以分为高频和低频。
高频SNP在人类人群中具有普遍性，低频SNP在某些群体中出现的频率很低。
SNP在基因组中的位置也非常有规律，即位于编码区、非编码区、隐形区，以及转录因子结合区等重要区域中。
二、SNP分析的方法SNP分析的方法根据分析的目的和数据场景不同，可以分为不同的方法。
常见的SNP分析技术包括测序分析、芯片分析和PCR分析等。
测序分析是快速发展的分析技术，包括全基因组测序和目标基因测序两种。
芯片分析是目前应用比较广泛的SNP分析技术，可快速、准确地进行大规模的SNP检测。
PCR分析适用于单个SNP的检测和测序后验证，具有快速、灵敏度高、操作简单等优点。
三、SNP分析的应用SNP分析在基因组学中的应用非常广泛，主要应用于以下几个方面：1、研究遗传多样性SNP在人群中的频率不同，可以用于描述人类、动植物的遗传多样性，推断人类或种群的出现时间及演化过程等。
2、研究遗传病理学SNP分析也可用于研究不同类型的疾病和病态的发生机制，便于快速准确地识别和分析疾病易感性基因。
3、研究药理学SNP分析也可以帮助研究药物代谢方面的基因，寻找药物作用机制、筛选新药等。
4、研究育种学SNP不仅可应用于人类、动植物的遗传多样性研究中，还可以帮助育种与遗传改良中研究重要基因资源。
四、SNP分析的未来SNP分析虽然已经在基因组学研究中得到了广泛的应用，但随着科技的不断进步，SNP分析的应用范围将会更广泛。
SNP检测技术
PCR-RFLP方法
原理：利用限制性内切酶的酶切位点的特异性， 用两种或两种以上的限制性内切酶作用于同一DNA片 断，如果存在SNP位点，酶切片断的长度和数量则会 出现差异，根据电泳的结果就可以判断是否SNP位 点。 特点：该技术应用的前提是SNP的位点必须含有该 限制内切酶的识别位点，它是SNP筛查中最经典的 方法之一.
（2）富有代表性 某些位于基因内部的SNP 有可
能直接影响蛋白质结构或表达水平, 因此, 它们可能代 表疾病遗传机理中的某些作用因素。
SNP 的特点
（3）遗传稳定性 与微卫星等重复序列多态性标
记相比, SNP 具有更高的遗传稳定性。
（4）易实现分析的自动化 SNP标记在人群中
只有两种等位型(allele) 。这样在检测时只需一个 “ + \- ”或“全\无”的方式，而无须象检测限制性 片 段长度多态性，微卫星那样对片段的长度作出测 量，这使得基于SNP的检测分析方法易实现自动 化。
它包括单碱基的转换, 颠换、 插入及缺失等形式
SNP在基因组内的形式:
一是遍布于基因组的大量单碱基变异; 二是分布在基因编码区(coding region) , 称其 为cSNP，属功能性突变。
SNP在单个基因或整个基因组的分布是不均匀的： （1）非转录序列要多于转录序列 （2）在转录区非同义突变的频率, 比其他方式突变 的频率低得多。
MassARRAY技术流程：
应用：
1. 确定基因多态性和疾病的关系 2. 解释个体间的表型差异对疾病的易感程度 3. 对未来疾病做出诊断 4. 研究不同基因型个体对药物反应的差异，指导 药物开发及临床合理用药 5. 个体间SNP千差万别，通过SNP检测等技术进 行法医鉴定及个体识别
SNP检测方法汇总
现在SNP的常用检测方法主要有：Taqman法、质谱法、芯片法、测序法。
Taqman法：准确性高，适合于大样本、少位点，价格比较贵；质谱法：准确性高，适合于大样本、多位点（能检测25个位点）；芯片法：准确性较低，适合于超多位点分析；测序法：非常准确，但是价格也非常的高，但是对于少样本、超多位点还是非常好的选择。
SNP检测方法汇总分析SNP的方法有许多种，本文收集目前还在用的方法，按通量从高到低排列：全基因组测序这是最贵的方法，但也是看SNP最全的方法大概一个人样本，花2万元外显子组测序外显子组测序，也可以得到较全面的SNP信息大概一个人样本，花1.5万元随着人全基因组测序的价格降到2万元左右，外显子组测序会很快退出市场全基因组SNP芯片原理，核酸杂交，荧光扫描Illumina和Affymetrix都有很著名的全基因组SNP芯片，例如：Affymetrix: CytoScan，SNP 6.0，Illumina: 660，中华，450K等SNP芯片，在2000~5000元每样本，还是比全基因组测序的2万元一个样本的价格要低质谱法原理，精确测量PCR产物的分子量，就可以知道SNP位点上是A/C/G/T中的哪一个Sequenome MassArray法测中等通量的SNP位点是十分准确的单个位点、单个样本的费用约2元人民币无需预制芯片、预订荧光探针,只要合成常规的PCR引物就可以做实验了如果测几十个点，到上百个点，是很方便的方法SNPseq法此方法为天昊公司所创，一次测几百个位点原理：用Goldgate法做出针对某些位点的多重PCR片段高通量测序，数据分析得到SNP位点结果SNPlex中等偏高通量的方法，一次几十个位点原理：用末端特异的引物做多重PCR，把模板进行扩增基于毛细管电泳，把片段分离开，读颜色SNaPshot中等通量的方法设计3'位挨着目标位点的探针用双脱氧的荧光标记ddNTP做一个碱基的延伸毛细管电泳，看延伸的这个碱基是什么颜色Taqman法Taqman原理，如果要找原理，请回复“荧光”两字Taqman方法，一次一管测一个位点通量最低，但是结果可靠原理：设计与SNP位点互补的荧光探针，其中一个标VIC（红色荧光基团）,另一个标FAM（绿色荧光基团），同时分别有淬来基团吸光Taq酶有5'-->3'的外切酶活性，如果探针粘有模板上，就被切碎探针被切碎后，荧光基团与淬灭基团分离，发出荧光。
SNP筛查
SNP筛查SNP筛查采用的是PCR产物直接测序法，而不应该采用PCR片段经克隆后测序的方法。
因为PCR扩增过程终会出现许多错误配现象，但不可能所有的错配都发生在同一位置。
PCR片段直接测序时，其结果是PCR片段众多分子的混合物的结果。
如果在某一点上出现了几十次错配现象，但大多数分子（或许是几十万个分子）在这个点上应该还是正确的，在测序时，错配现象也就反映不出来了，因此，PCR片段直接测序的结果反映的是PCR用模版最原始的结果。
而PCR片段经克隆后测序是测定了某一个分子的DNA序列，在几十个循环的PCR 扩增过程中，很难保证某一个分子的任何点都不发生错配，PCR片段经克隆后的测序结果，往往存在一些错配的序列。
Sequence analysis and editing for bisulphite genomic sequencing projects CATS法(Comparative Anchor Tagged Sequences，CATS)即比较锚定示踪序列，作为不同物种基因组共有的DNA序列，可作为比较基因组定位的锚定参考位点和界标（Lyons，1997）.CATS法选择研究较深入，标记稠密的人和哺乳动物（如小鼠）间在进化上高度保守的功能基因序列设计引物，借助PCR技术搜寻研究欠深入的其他哺乳动物基因组中的基因。
基于目标基因的CATS法主要是根据2个或2个以上的物种中已知的外显子序列设计引物，用于扩增其他物种中非编码的内含子序列。
由于非编码区核苷酸的变异率明显高于编码序列，内含子区段包含的丰富的序列变异被广泛地应用于系统发生和种群遗传学分析（OpBrien et al . , 1993 ; Lyons，1997）目前用于SNP位点检测和搜寻的技术较多（Kwok，2000；Syvanen，2001）Vinter（The sequence of the Human Genome,Science）估计，在所有的SNP中，仅仅只有2000个与氨基酸变异联系在一起。
SNP检测方法汇总
现在SNP得常用检测方法主要有：Taqman法、质谱法、芯片法、测序法。
Taqman法：准确性高，适合于大样本、少位点，价格比较贵；质谱法：准确性高，适合于大样本、多位点（能检测25个位点）；芯片法：准确性较低，适合于超多位点分析；测序法：非常准确，但就是价格也非常得高，但就是对于少样本、超多位点还就是非常好得选择。
SNP检测方法汇总分析SNP得方法有许多种，本文收集目前还在用得方法，按通量从高到低排列：全基因组测序这就是最贵得方法，但也就是瞧SNP最全得方法大概一个人样本，花2万元外显子组测序外显子组测序，也可以得到较全面得SNP信息大概一个人样本，花1、5万元随着人全基因组测序得价格降到2万元左右，外显子组测序会很快退出市场全基因组SNP芯片原理，核酸杂交，荧光扫描Illumina与Affymetrix都有很著名得全基因组SNP芯片，例如：Affymetrix: CytoScan，SNP 6、0，Illumina: 660，中华，450K等SNP芯片，在2000~5000元每样本，还就是比全基因组测序得2万元一个样本得价格要低质谱法原理，精确测量PCR产物得分子量，就可以知道SNP位点上就是A/C/G/T中得哪一个Sequenome MassArray法测中等通量得SNP位点就是十分准确得单个位点、单个样本得费用约2元人民币无需预制芯片、预订荧光探针,只要合成常规得PCR引物就可以做实验了如果测几十个点，到上百个点，就是很方便得方法SNPseq法此方法为天昊公司所创，一次测几百个位点原理：用Goldgate法做出针对某些位点得多重PCR片段高通量测序，数据分析得到SNP位点结果SNPlex中等偏高通量得方法，一次几十个位点原理：用末端特异得引物做多重PCR，把模板进行扩增基于毛细管电泳，把片段分离开，读颜色SNaPshot中等通量得方法设计3'位挨着目标位点得探针用双脱氧得荧光标记ddNTP做一个碱基得延伸毛细管电泳，瞧延伸得这个碱基就是什么颜色Taqman法Taqman原理，如果要找原理，请回复“荧光”两字Taqman方法，一次一管测一个位点通量最低，但就是结果可靠原理：设计与SNP位点互补得荧光探针，其中一个标VIC（红色荧光基团）,另一个标FAM（绿色荧光基团），同时分别有淬来基团吸光Taq酶有5'-->3'得外切酶活性，如果探针粘有模板上，就被切碎探针被切碎后，荧光基团与淬灭基团分离，发出荧光。
SNP检测方法汇总
SNP检测方法汇总SNP（Single Nucleotide Polymorphism）是存在于基因组中的最小的遗传变异单位，是指基因组中单个核苷酸发生变化的现象。
SNP检测方法是针对这些变异进行分析和检测的工具或技术。
本文将对目前常用的SNP检测方法进行汇总和介绍。
1.基于PCR的SNP检测方法PCR是一种常用的DNA复制技术，在SNP检测中有多种变体，包括追踪标记PCR（TaqMan PCR）、Allele-Specific PCR（AS-PCR）、限制性片段长度多态性（RFLP）PCR等。
这些方法都利用PCR扩增目标DNA片段，并通过引入特定的引物或酶切位点来区分不同等位基因的差异。
2.基于测序的SNP检测方法测序是一种直接测定DNA序列的方法，可以通过测序检测SNP。
在基于测序的SNP检测中，有两种主要的方法：Sanger测序和大规模并行测序（Next-Generation Sequencing，NGS）。
Sanger测序是一种经典的测序方法，能够准确地确定单个核苷酸的序列，但是对于大规模SNP检测来说成本较高。
而NGS技术则可以同时测定多个样本的DNA序列，且速度和成本都更高效。
3.基于芯片的SNP检测方法芯片技术是通过固相法在芯片上固定已知的DNA片段，再与样本中的DNA进行杂交来实现SNP检测。
常用的芯片技术包括基于碱基延伸法（Primer Extension Assay）的Oligonucleotide Ligation Assay （OLA）、基于碱基延伸法的SNPstream和基于液相杂交法的GeneChip等。
这些方法在检测过程中通常采用荧光探针标记样本的SNP位点，通过荧光检测的方式进行分析和鉴定。
4.基于质谱的SNP检测方法质谱技术是通过检测质量-电荷比（m/z）来对样本中的DNA片段进行分析和检测的方法。
基于质谱的SNP检测主要采用基因分型质谱法（genotyping mass spectrometry），其中常用的方法有MALDI-TOF质谱（Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry）和Sequenom质谱。
SNP检测方法范文
SNP检测方法范文SNP（Single Nucleotide Polymorphism，单核苷酸多态性）是一种常见的遗传变异类型，它指的是基因组中单个核苷酸的变异，这种变异可能会导致个体间的差异，包括对疾病易感性、药物反应以及其他特征的影响。
因此，对SNP进行快速、准确的检测成为了当今遗传研究的重要任务之一、本文将介绍几种常用的SNP检测方法。
1. PCR-RFLP（Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism）：这是一种最早被使用的SNP检测方法。
它基于PCR扩增SNP位点周围的DNA序列，然后用限制性内切酶进行酶切。
由于SNP位点的突变可能导致酶切位点的消失或生成，通过分析产生的DNA片段的长度差异，可以确定该位点上的SNP类型。
2. Sanger测序法（Sanger sequencing）：这是一种经典的DNA测序方法，也可以用于SNP的检测。
方法是通过PCR扩增SNP位点附近的DNA序列，并使用荧光标记的末端引物进行测序。
通过分析测序结果，可以确认SNP位点上的碱基变异。
3. TaqMan探针法：这是一种基于荧光信号的SNP检测方法。
方法利用了TaqMan探针在荧光信号上的变化，从而实现对SNP的检测。
基本原理是引入两个探针，一个与正常碱基互补，另一个与变异碱基互补，进而实现对SNP类型的区分。
4. MassARRAY系统（Sequenom）：这是一种基于质谱分析的SNP检测方法。
该系统使用基质辅助激光解吸离子化时间飞行质谱（MALDI-TOF MS）技术，通过测量SNP位点的质荷比（m/z），可以区分不同的SNP类型。
5. SNP芯片（SNP Array）：这是一种高通量的SNP检测技术。
SNP 芯片基于DNA杂交原理，将待测DNA样本与芯片上的大量探针进行杂交。
通过信号的检测和分析，可以获得待测样本的SNP信息。
高通量、低成本SNP、突变或甲基化检测方法—HRM 技术应用
HRM 介绍HRM 技术是high-resolution melting analysis 即高分辨熔解曲线分析技术，是近年国外兴起的一种全新的突变扫描和基因分型的遗传分析方法。
基于高效稳健的PCR 技术，HRM 不受突变碱基位点与类型局限，无需序列特异性探针，在PCR 结束后直接运行高分辨熔解，即可完成对样品突变、单核苷酸多态性-SNP、甲基化、HLA 配型等的分析。
因操作简便快速，使用成本低，结果准确，实现了真正的闭管操作，HRM 技术受到普遍关注。
HRM 原理HRM 的主要原理是根据DNA 序列的长度，GC 含量以及碱基互补性差异，应用高分辨率的熔解曲线对样品进行分析，极高的温度均一性和温度分辨率使分辨精度达到对单个碱基差异的区分。
随着高精度PCR 仪（LightCycler® 480 和Rotor-Gene 6000 ）和饱和染料（LC Green 、Eva Green 等）的出现，HRM 技术的普及使用成为可能。
HRM 应用• SNP（单核苷酸多态性）的筛查。
•基因突变扫描，包括缺失、重复、点突变。
•新突变的筛查。
•甲基化的筛查。
•遗传育种中特定突变的筛查、未知突变的发现。
• HLA 基因组配型、等位基因频率分析、物种鉴定、品种鉴定、甲基化研究。
•法医学鉴定、亲子鉴定。
•动植物品质相关多态性位点的研究等。
植物抗逆性，突变与性状关联性研究。
HRM 特点•高通量：1 次可同时检测10-384 样本，适合大样本、多SNP、多突变位点及多位点甲基化的扫描。
•高敏度：肿瘤研究中低突变率样品基因突变检测，最低检测到0.1%的突变样品基因突变，即检测到1000 个正常细胞中1 个突变细胞，适用于手术和其它微量组织中突变检测。
检测灵敏性远高于“PCR+测序”的25% ，即100 个正常细胞中至少有25 个突变细胞，测序仅适用手术组织。
•特异性好：PCR 产物无需后续处理，特异性高达100% 。
如何进行标签SNP(Tag SNP)的选择(haploview与hapmap)
A better description is needed that includes the tagging algorithm, the LD(r2) cut-off and the version of the HapMap CHB reference data used.用hapmap载入基因后，用Haploview来选Tag SNP的，但是发现和某些文献报道的Tag SNP不同，这个很正常，在参数不改变的前提下，Haploview选择tagSNP存在一定的随机性。
例如，假设位点A，B，C，D处于同一个单倍域内，通过运行Haploview的tagger program，你会发现A被选为tagSNP，并且位点A可以capture位点B,C,D。
但是如果你再运行一次tagger program，可能位点B被选择为tagSNP。
在这种情况下，你其实可以选择A,B,C,D中任何一个位点作为tagSNP（理想状态下）。
在这里，如果位点A是一个导致氨基酸改变的SNP位点，或者有功能研究认为该位点存在一定的功能时，你最好选择该位点，这样有利于你文章的讨论部分的说明。
貌似在运行“run tagger”前将r2值设定为1，就可以了。
hapmap上的数据一直在更新，所以如果你根据hapmap上的数据来选择tagsnp，必须提供数据库的版本号码：具体查询版本号的方法如图所示.tagging algorithm指的是什么？是什么公式啊？这是我投稿后审稿人给的我修稿意见。
他的意思是让我从这几方面描述如何选择tagging SNPs：A better description is needed that includes the tagging algorithm, the LD(r2) cut-off and the version of the HapMap CHB reference data used你说我怎么说呢？还有，我是不是得用Hapmap phase II genotype data？de Bakker PI, Yelensky R, Pe’er I, Gabriel SB, Daly MJ, et al. (2005) Efficiencyand power in genetic association studies. Nat Genet 37: 1217–1223.文章链接如下：http://good.gd/540445.htm爱番茄/Category/study/page/2挑选标签单核苷酸多态性（SNP tagging）是在疾病关联研究中节省费用的一个重要的策略，而且随着高密度HapMap计划的完成它变得更为重要。
SNP的检测方法(直接测序法与PCR-SSCP)
SNP的检测方法（直接测序法与PCR-SSCP）人类基因组中存在着广泛的多态性，最简单的多态形式是发生在基因组中的单个核苷酸的替代，即单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms, SNPs）。
S NP通常是一种二等位基因的（biallelic），即二态的遗传变异，SNP的数量大、分布广，在组成人类基因组的30亿个碱基中，平均每1000个就有一个SNP。
SNP作为第三代遗传标记，在复杂疾病的基因定位、关联分析、个体疾病易感性分析与药物基因组学的研究中发挥着愈来愈重要的作用。
1.直接测序法进行SNP分析在所有SNP的检测方法中，对欲检测片段进行直接扩增、测序是最为准确的方法。
通常情况下，纯合型SNP位点的测序峰为单一峰型，而杂合型SNP位点的测序峰为套峰，因而很容易将其区分开来。
通过直接测序方法进行SNP检测的检出率接近100%。
2. PCR-SSCP方法单链构象多态性分析（single-strand conformation polymorphism，SSCP）是一种简单、高效地检测DNA或RNA序列中点突变的技术，由于实验成本较低，也是一种目前较为常用的方法。
检测原理：单链DNA片段呈复杂的空间折叠构象，这种立体结构主要是由其内部碱基配对等分子内相互作用力来维持的，当有一个碱基发生改变时，会或多或少地影响其空间构象，使构象发生改变，空间构象有差异的单链DNA分子在聚丙烯酰胺凝胶中受排阻大小不同。
因此，通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)，可以非常敏锐地将构象上有差异的分子分离开。
需要注意的问题：A．PCR-SSCP只能作为一种突变检测方法，要最后确定突变的位置和类型，还需进一步测序。
B．由于SSCP是依据点突变引起单链DNA分子立体构象的改变来实现电泳分离的，这样就可能会出现当某些位置的点突变对单链DNA分子立体构象的改变不起作用或作用很小时，再加上其他条件的影响，使聚丙烯酰胺凝胶电泳无法分辨造成漏检。
snp位点比对方法
snp位点比对方法在基因组学和生物信息学领域，SNP（单核苷酸多态性）位点的比对分析是研究基因变异和关联研究的重要步骤。
本文将详细介绍几种常见的snp位点比对方法，以供研究者参考。
一、基于序列比对的snp位点比对方法1.BLAST（Basic Local Alignment Search T ool）：BLAST是一种广泛应用于生物信息学领域的序列比对工具，通过将待查询的SNP序列与数据库中的序列进行比对，从而找到相似性较高的序列。
研究者可以根据比对结果判断SNP位点的保守性及其在基因组中的位置。
2.Clustal Omega：Clustal Omega是一种多序列比对工具，适用于对多个SNP序列进行全局比对。
该工具采用了一种高效的算法，可以在短时间内完成大规模序列比对，有助于分析SNP位点在不同物种或个体之间的变异情况。
二、基于变异位点的snp位点比对方法1.dbSNP：dbSNP（Single Nucleotide Polymorphism Database）是一个包含大量已知SNP位点的数据库。
研究者可以通过dbSNP查询特定SNP 位点的相关信息，如染色体位置、基因型频率等。
此外，dbSNP还提供了与其他数据库的链接，方便研究者进行更深入的研究。
2.SNPpy：SNPpy是一个基于Python的snp位点比对工具，可以快速识别和注释样本中的SNP位点。
该工具支持多种输入格式，如VCF（Variant Call Format）、CSV等，并提供了丰富的过滤和统计功能，以满足研究者的不同需求。
三、基于群体遗传学的snp位点比对方法1.PLINK：PLINK是一个用于群体遗传学研究的软件工具，可以处理大规模的SNP数据。
通过PLINK，研究者可以进行snp位点比对、关联分析、群体分层等研究。
此外，PLINK还支持多种遗传图谱和基因型填充方法，为研究者提供了强大的分析功能。
2.EIGENSTRAT：EIGENSTRAT是一种基于PCA（主成分分析）的群体分层校正方法，适用于snp位点比对和关联研究。
snp进行亲子鉴定 标准 -回复
snp进行亲子鉴定标准-回复什么是SNP？SNP（单核苷酸多态性）是一种遗传变异形式，它是基因组上最常见的形式。
SNP是指DNA中的单个核苷酸发生突变，导致DNA序列的差异。
这种变异形式被广泛应用于一系列生物学研究领域，包括亲子关系鉴定。
亲子鉴定是通过比较父母与子女之间的DNA序列，来确定亲子关系的方法。
传统的亲子鉴定方法通常是通过分析DNA中的STR（短串联重复序列）来进行，但这种方法可能存在限制，例如需要大量样本、进行复杂的实验流程等。
相比之下，SNP在亲子鉴定中有着更多的优势。
首先，SNP在整个基因组中的分布比STR更为稀疏。
这意味着，在进行亲子鉴定时，只需要检测少量的SNP位点即可达到准确的结果。
这样可以节省成本和时间，提高鉴定的效率。
其次，SNP鉴定的结果更为准确和稳定。
由于SNP位点的遗传特征具有稳定性，因此SNP在亲子鉴定中的误差率相对较低。
这使得使用SNP 进行亲子鉴定更加可靠和可信。
那么，如何进行基于SNP的亲子鉴定？一般而言，该过程可以分为以下几个步骤：1. 样本采集：从父亲、母亲和孩子的口腔粘液样本、血液样本或其他身体组织中，提取DNA样本。
这些样本可以通过专业的亲子鉴定机构或者医疗机构进行采集。
2. SNP位点筛选：选择一组具有高度多态性的SNP位点。
这些位点分布在基因组的不同区域，以保证鉴定的准确性。
通常，SNP位点的选择是根据先前的亲子关系鉴定研究得到的结果进行的。
3. SNP分型：对采集到的样本DNA进行SNP分型。
这可以通过基因芯片技术或者基于PCR的方法进行。
基因芯片技术可以同时分析数千个SNP位点，而基于PCR的方法则针对特定的SNP位点进行检测。
4. 数据分析：通过比较父亲、母亲和孩子的SNP分型数据来确定亲子关系。
一般来说，孩子的SNP分型数据应该包含与父母各自相似的地方，而不包含其它未知来源的SNP。
5. 结果解释：根据数据分析的结果，可以确定亲子关系的概率。
SNP检测方法
13
LNA(locked nucleic acids)
其结构是在RNA分子的2′ 羟基和核糖环的4′碳原 子间连入一个亚甲基的 “桥”。 特点： 1.能以很高的亲和性和互 补的DNA、RNA 或LNA 结合（构象更利于杂交 的稳定） 2.匹配和不匹配的△Tm增 加
14
DASH
(dynamic allele-specific hybridization）
27
28
2)连接酶
联合链式反应 (combined chain reaction , CCR) 连接-滚环扩增反应 (ligation-rolling circle amplication , LRCA)
29
26
基本步骤
1.测序引物和DNA模板杂交（PCR扩增的、单链的），与 酶和底物孵育。 2.四种dNTP（dATPS，dTTP，dCTP，dGTP）之一被加 2. 入反应体系，如与模板配对，与引物的末端形成共价 键，dNTP的焦磷酸基团（PPi）释放出来。 3.一系列的酶学反应，发出可见光信号。每个光信号的峰 高与反应中掺入的核苷酸数目成正比。 4. ATP和未掺入的dNTP由三磷酸腺苷双磷酸酶降解，淬 灭光信号，并再生反应体系。 5.然后加入下一种dNTP。
15
2）杂交+荧光共振
分子信标（双分子间杂交） 蝎状探针（分子内杂交）
16
分子信标（Molecular beacons）
17
蝎状探针 （Scorpion primer）
18
2.基于酶的方法 基于酶的方法
1）DNA聚合酶 2）连接酶 3）限制性内切酶 4）外切酶FEN 5）RNase H
19
1）DNA聚合酶
SNPs的检测方法
SNP检测
SNP(single nucleotide polymophism) ，即单核苷酸多态，是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态。
一般来说，一个SNP 位点只有两种等位基因，因此又叫双等位基因。
SNP研究包括SNP发现（discovery）、SNP验证（validation）以及SNP筛选（Screening or Scoring）。
广泛用于群体遗传学研究（如生物的起源、进化及迁移等方面，将逐渐取代微卫星而成为新一代的分子生物学标记），和疾病相关基因的研究，在药物基因组学、诊断学和生物医学研究中起重要作用。
1.直接测序法
在所有SNP的检测方法中，对待检测片段进行直接扩增、测序是最为准确的方法，也是SNP 分析的金标准。
通过直接测序方法进行SNP检测的检出率接近100%。
服务内容
（1）样品基因组DNA提取
（2）根据不同的区域进行引物设计、合成
（3）对所有样品进行基因扩增并纯化
（4）测序
（5）统计与分析
客户提供
血液样品：样品为EDTA抗凝或柠檬酸钠抗凝，样品量大于1ml，样品采集后于-20℃或-80℃保存；组织样品：样品可以为新鲜组织（最好-80℃保存）、石蜡包埋组织或95%乙醇中固定的组织，组织量大于50μg 细胞、菌液等。
我们提供
详细的实验流程；
电泳图；
测序谱图；
SNP基因型统计结果。
基于二代测序技术对SNP检测软件的比较研究
基于二代测序技术对SNP检测软件的比较研究随着二代测序技术的发展，越来越多的SNP（Single Nucleotide Polymorphisms）检测软件被开发出来。
SNP是常见的遗传变异形式，被广泛应用于人类遗传研究、种群遗传学和病理学研究等领域。
为了更好地进行SNP检测，研究人员开发了许多不同的软件工具，并进行了比较研究，以评估其性能和准确性。
在SNP检测软件的比较研究中，有几个关键的性能指标：1.准确性：软件检测到的SNP是否与实际情况一致。
2.召回率：软件检测到的SNP在实际存在的SNP中的比例。
3.特异性：软件检测到的SNP中实际存在的SNP的比例。
4.运行时间：软件完成SNP检测的所需时间。
首先，BWA-GATK是广泛使用的SNP检测软件之一、BWA（Burrows-Wheeler Aligner）用于从原始DNA测序数据中对序列进行比对，GATK （Genome Analysis Toolkit）用于SNP的检测和变异的标记。
BWA-GATK的准确性很高，而且能够检测到大部分的SNP。
然而，BWA-GATK的运行时间较长，在大规模的数据集中可能会有较高的计算成本。
其次，SAMtools是另一个常用的SNP检测软件。
它提供了一系列的命令行工具，用于进行比对、处理和分析测序数据。
SAMtools的准确性和召回率都很高，而且能够处理大规模的数据集。
然而，由于其命令行操作的复杂性，使用SAMtools进行SNP检测需要一定的编程技能。
另外，FreeBayes是一个开源的SNP检测软件，具有较高的准确性和召回率。
FreeBayes使用贝叶斯模型来对测序数据进行统计分析，从而提高SNP的检测准确性。
虽然FreeBayes的运行时间较长，但相对于其他软件来说，其速度仍然比较快。
此外，GATK-HaplotypeCaller是GATK软件包中另一个常用的SNP检测工具。
它使用了全局分析的方法，从而提高了SNP检测的准确性。
SNP及检测技术
1定义：单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP)，主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性.它是人类可遗传的变异中最常见的一种。
占所有已知多态性的90%以上。
SNP在人类基因组中广泛存在，平均每500～1000个碱基对中就有1个，估计其总数可达300万个甚至更多。
SNP所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异,这种变异可由单个碱基的转换（transition）或颠换（transversion)所引起，也可由碱基的插入或缺失所致。
但通常所说的SNP并不包括后两种情况。
单核苷酸多态性（SNP）是指在基因组上单个核苷酸的变异，包括置换、颠换、缺失和插入。
所谓转换是指同型碱基之间的转换，如嘌呤与嘌呤( G2A) 、嘧啶与嘧啶（T2C) 间的替换；所谓颠换是指发生在嘌呤与嘧啶(A2T、A2C、C2G、G2T) 之间的替换。
从理论上来看每一个SNP 位点都可以有4 种不同的变异形式，但实际上发生的只有两种,即转换和颠换，二者之比为2:1。
SNP 在CG序列上出现最为频繁，而且多是C转换为T ,原因是CG 中的C 常为甲基化的，自发地脱氨后即成为胸腺嘧啶.一般而言，SNP 是指变异频率大于1 ％的单核苷酸变异。
在人类基因组中大概每1000 个碱基就有一个SNP ,人类基因组上的SNP 总量大概是3 ×106个。
依据排列组合原理，SNP 一共可以有6种替换情况,即A/ G、A/ T、A/ C、C/ G、C/ T 和G/ T ，但事实上，转换的发生频率占多数，而且是C2T 转换为主，其原因是Cp G的C 是甲基化的，容易自发脱氨基形成胸腺嘧啶T , Cp G 也因此变为突变热点。
理论上讲，SNP既可能是二等位多态性，也可能是3个或4个等位多态性，但实际上,后两者非常少见，几乎可以忽略。
因此,通常所说的SNP都是二等位多态性的.这种变异可能是转换(C T，在其互补链上则为G A)，也可能是颠换（C A，G T，C G，A T）。
两种SNP分型方法的比较及其在柚品种鉴定中的应用_杨润婷
园艺学报 2013，40（6）：1061–1070 http: // www. ahs. ac. cn Acta Horticulturae Sinica E-mail: yuanyixuebao@两种SNP分型方法的比较及其在柚品种鉴定中的应用杨润婷1,2，吴波1,2，李翀1，曾培1，曾继吾2，钟云2，姜波2，周碧容2，钟广炎2,*（1西南大学园艺园林学院，重庆 400715；2广东省农业科学院果树研究所，农业部热带南亚热带果树生物学与遗传资源利用重点实验室，广州 510640）摘 要：用两种常用的SNP分型方法，等位基因特异性PCR法（Allele-specific PCR，AS-PCR）和高分辨率熔解曲线分析（High resolution melting analysis，HRMA），对16个柚栽培品种和8个柚杂种后代材料进行了7个SNP位点的分型研究。
结果表明这两种方法所得的分型结果相同，都将24个样本分成了22种基因型。
值得一提的是，样本‘八朔’与‘红八朔’，‘红甘夏’与‘川野夏橙’之间在所测位点无差别，表明其应当是同一来源的无性系变异。
‘早熟真龙柚’和‘中熟真龙柚’的分型结果表明它们的基因型不同，看来并非是起源同一基因型的不同芽变品种，也不存在亲子关系。
可见，AS-PCR和HRMA均适用于柚类品种的区分和鉴定。
AS-PCR法是一种准确、低成本的SNP分型方法，适合普通实验室使用，惟对PCR反应体系要求严格。
HRMA分型法具有准确、快速、简便、分析量大的特点，但需要专门的设备，试剂成本也高。
关键词：柚；单核苷酸多态性；等位基因特异性PCR；高分辨率熔解曲线分析；基因分型中图分类号：S 666 文献标志码：A 文章编号：0513-353X（2013）06-1061-10 Comparison of Allele-specific PCR and High Resolution Melting Analysis in SNP Genotyping and Their Application in Pummelo Cultivar IdentificationYANG Run-ting1,2，WU Bo1,2，LI Chong1，ZENG Pei1，ZENG Ji-wu2，ZHONG Yun2，JIANG Bo2，ZHOU Bi-rong2，and ZHONG Guang-yan2,*（1College of Horticulture and Landscape，Southwest University，Chongqing 400715，China；2Key Laboratory of Tropical and Subtropical Fruit Biology and Genetic Resource Utilization，Ministry of Agriculture，Fruit Tree Institute，Guangdong Academy of Agricultural Sciences，Guangzhou 510640，China）Abstract：Allele-specific PCR（AS-PCR）and high resolution melting analysis（HRMA）are two widely used SNP genotyping methods but no research has been done to compare them in terms of genotyping efficiency. In this study，16 pummelo cultivars and 8 pummelo hybrids were genotyped using AS-PCR and HRMA respectively on two different sets of 7 SNP loci. It was shown that both methods generated the same genotyping results in which 24 accessions were assigned into 22 genotypes. It was noteworthy that Hassaku and Red Hassaku were identical at all SNP loci，indicating both accessions should收稿日期：2013–03–07；修回日期：2013–06–04基金项目：国家自然科学基金项目（30971992）；国家重点基础研究发展计划（973）项目（2011CB100600）* 通信作者Author for correspondence（E-mail：gy_zhong@）1062 园艺学报40卷have originated asexually from the same mother cultivar，as was the same case for the two Japanese summer orange cultivars，Beni Amanatsu and Kawano Natsudaidai. Interestingly，the early- and middle-season‘Zhenlong’pummelo cultivars possessed different genotypes，indicating clearly that they unlikely had the same origin as bud mutations as was thought before，and further analysis of HRMA results showed there is no direct hereditary relationship between them. Our results showed that both AS-PCR and HRMA were suitable methods for the identification of pummelo-related accessions. AS-PCR is a reliable and low-cost SNP genotyping method and easily accessible to ordinary laboratories though the method was found to be sensitive to changes in PCR conditions. HRMA is proven to be a reliable，quick，simple and high throughput SNP genotyping method；However，it uses special equipment and expensive reagents.Key words：pummelo；single nucleotide polymorphism；allele specific-PCR；high resolution melting analysis；genotyping单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）是指单个核苷酸的变异导致的DNA序列多态性，且等位基因频率不低于1%（Brookes，1999）。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
一、定义
单核苷酸多态性( single nucleotide olymorphisms ,SNPs)，主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA 序列多态性。
二、SNPs的研究意义
遗传标记
具有已知性、可遗传性、可检测性，用于疾病基因的定位、克隆和鉴定。
基因多态与疾病相关性
研究SNPs 本身对机体的影响，尤其是疾病的易感性、个性化医疗。
三、SNPs检测方法的分类
1、测序方法：常规测序，Pyrosequencing（焦磷酸测序），微测序(SNaPshot)
2、基于杂交的方法：Taqman 探针法，Microarray 芯片法，
3、引物延伸：MALDI-Tof，dHPLC（变性高效液相色谱技术）
4、以构象为基础的方法：RFLP，SSCP，DGGE
5、溶解曲线：HRM(高分辨率溶解曲线分析技术)
四、各方法概述与比较
测序方法
1、测序方法------ 一般测序和焦磷酸测序
步骤：
序列比对-- 引物设计-- DNA 提取-- PCR - 割胶纯化-- 直接测序或装克隆测序。
优点：
SNP 分析金标准，能发现已知SNP，也能发现未知SNP。
缺点：
每个样本的每个位点均需要经PCR 扩增，跑胶，然后切胶纯化，再测序。
步骤多而分散，成本较高，工作量大，周期长，价格昂贵，不适合大样本多位点检测。
2、测序方法------微测序方法（SNaPshot）
微测序流程：
1）.设计PCR 扩增含SNPs 位点的一段DNA
2）.对PCR 产物进行纯化（去除引物和dNTP)
3）.引物延伸
4）.延伸产物检测（放射性同位素标记法、发光检测法、凝胶为基础的荧光检测法、质谱分析法、变性高压液相色谱法等）
优势：
类似普通测序，但10 个位点PCR 产物同时引物延伸，通量增加。
劣势：
前处理等同普通测序：每个样品的每个位通过点都需要PCR预先扩增，跑胶，割胶，DNA 纯化。
不同是10 个位点可以同时测序，提高了测序效率，但对延伸引物要求极高，如每个引物有4-6 个碱基差异，不能有互补区段，还要相同条件延伸，除厂家已经验证的少数位点外，很难自己设计针对新位点的检测。
多个分散步骤，费钱费时，易出错。
3、测序方法------费用成本组成：
♦基因组DNA提取费用
♦引物设计及合成费用
♦ PCR扩增费用
♦ PCR产物纯化费用
♦测序费用
基于杂交的方法
1、杂交方法----Taqman探针技术
步骤：
序列比对-- 引物和特异探针设计-- DNA 提取-- PCR -- 结果分析。
优点：
准确度高，适合样本多、位点数量少的检测。
缺点：
价格昂贵（探针合成费用高），仅检测已知SNP 位点，不能同时发现未知SNP。
Taqman费用成本组成
♦DNA提取费用
♦引物合成费用
♦荧光探针合成费（昂贵）
♦ PCR扩增费用
2）杂交方法---Microarray芯片法
优点：
高通量，适用于全基因组SNP 扫描，适用于少样本、多（全）SNP 位点筛查；
缺点:
准确度偏低，需要第二种方法验证；
只能识别已知SNP 位点；
不适宜多样本、少数SNP 位点的检测；
价格昂贵。
引物延伸
1、引物延伸----- MALDI-Tof
质谱分析操作流程:
①人类基因组DNA 的制备；
② PCR；
③ PCR 产物的纯化；
④等位基因特异性引物延伸反应；
⑤等位基因特异性引物延伸反应产物的纯化；
⑥样品的制备；
⑦检测及基因分析。
优点：
快捷、所需样标本量极少。
缺点：
前处理工艺复杂，包括一次PCR、一次特异引物延伸、两次纯化。
要求高，必须去除样品中的干扰性离子（钠，钾），方能
获得真实信息的MALDI-TOF 波谱。
适宜于已经优化的特定SNP 检测，不适宜该服务商未做过的新SNP 检测。
MALDI-Tof费用及网上报价评价
2、引物延伸---dHPLC
流程：DNA 提取- PCR 扩增-变性后缓慢复性-检测以及分析
优点：快速、低成本、高灵敏
缺点：
可判断有否突变，不能确定SNP 的位置和类型，需用标准样品或结合测序验证。
只能检测杂合突变是DHPLC 的主要不足之处。
在SNP 筛查的检测通量、灵敏度与成本等方面与最新的
HRM 技术相比都明显落后。
dHPLC检测的成本构成：
♦ DNA提取费用
♦引物合成费用
♦ PCR扩增费用
♦ dHPLC检测费用
溶解曲线
1、溶解曲线----HRM技术
步骤：
序列比对---引物设计--- DNA 提取---荧光染料（EvaGreen 或LC green）PCR ---结果分析。
优点：
高通量、简单、快速、省钱、高灵敏度；
闭管检测，避免污染造成的假阳性；
可检测已知和未知SNP；<400bp扩增产物内SNP，灵敏度和精确度100%。
与传统的扩增后需借助额外的仪器进行凝胶电泳的非均一性的突变检测（例如dHPLC）相比，HRM 提供了更高特异性和灵敏度的检测，同时允许了更高的样本检测通量，大大降低了成本。
缺点：
如LightCyclerTM 480 PCR 仪，或LightScanner 等少量仪器可以使用。
专业技术要求高，需要专业人员操作。
HRM检测成本构成：
♦ DNA提取费用；
♦ PCR反应费用；
♦荧光染料Evagreen费用（较低）。
HRM检测SNP特点：
检测成本最低；
唯一真正实现高通量的SNP检测方法，人工成本最低；
唯一闭管操作，步骤最少，可靠性极高。