凝胶成像及Quantity One中文操作说明

第一章简介

凝胶电泳是每个做分子生物学的研究者天天都要打交道的基本技术。电泳之后的信息处理与电泳本身同样重要。目前有大量软件可以用于分析电泳结果，要向大家介绍的是Bio-Rad公司的1D凝胶分析软件Quantity One（Bio-Rad还有一个做2D凝胶分析的软件PDQuest）。Quantity One软件是常用1D凝胶分析软件中功能最强大，自动化程度最高的软件。这个软件的最新版本可以在Bio-Rad的网

（）免费下载，以供试用或用户升级之用。

Quantity One软件的主要功能包括定量分析(Volumes Quick Guide)，电泳条带分析(Band Analysis)，差显分析(Differential Display Analysis)，克隆计数(Colony Counting Analysis)等，此外，还可以直接控制Bio-Rad公司的各类图像仪和ExQuest自动切胶仪，使您的凝胶分析工作变得极为轻松。

Quantity One软件拥有与windows操作系统下绝大多数应用软件相同的友好界面。

插入密码狗，打开Quantity One软件，可以看到最上缘蓝色横条幅是标题栏，往下依次是菜单栏和工具栏。

File 图像打开、保存、引入、打印等操作

Ma

tch

分子量估算、条带匹配分析

Edit 图像普通编辑操作Vo

lumn

定量分析

View 图像缩放、三维视图、看光密度值等操作

An

alysis

浓度估算、克隆计数等分析

每个菜单的主要功能如下：

往

下一行是工具栏，上面每个按钮的功能见下表：

Quantity One 软件Help àQuick Guide 快捷指南提示如何实现一个功能，如定量分析(Volumes Quick Guide)，电泳条带分析(Band Analysis)，差显分析(Differential Display Analysis)，克隆计数(Colony Counting Analysis)等。快捷指南下有1，2，3…步骤，根据提示完成。

使用Quantity One 软件进行电泳结果分析，通常包括图像获取、图像预处理、分析、结果输出四部分。图像获取就是通过软件控制扫描仪（GS-800、PharosFX 等）或凝胶成像系统（GelDoc 、ChemiDoc 、VersaDoc 等），图像预处理就是将扫描或拍照获得的原始图像进行初步处理，以便更好地进行后续分析。接下来是分析过程，根据分析的方法和目的不同，又可以分为定量分析、条带分析、克隆计数、差异（聚类）分析等等。不管如何分析，最终我们都必须通过软件的输出功能，得到我们想要的结果。Quantity One 软件提供了多种结果输出方式。在接下来的几章里，我们将按照这个思路，一步步引导您使用这一软件。

Imag

e

图像旋转、翻转、裁切等操作 Re ports 分析结果输出 Lane 泳道分析

Wi ndow

窗口分析 Band 条带分析

He lp 帮助、快捷菜单、软件注册等

第二章图像获取

Quantity One 4.4－4.6版本可以控制Bio-Rad目前几乎所有的图像仪，如GelDoc XR、ChemiDoc XRS 等。这些图像仪采集到的图像，可以直接保存成软件可直接分析的图像，即扩展名1sc的原始图像文件。下面将具体介绍如何通过Quantity One软件从GelDoc XR获取图像。

GelDoc XR是Bio-Rad凝胶成像系统中最常用，操作最简便的仪器，它可以用来拍摄EB、SYBR Green 等染料染的核酸电泳凝胶；Sypro Ruby、银染、考马斯亮蓝等方法染的蛋白电泳凝胶；以及化学显色的印记膜等。

使用GelDoc XR之前，先接通电源，打开位于仪器背面右下角的电源开关；然后根据具体的应用选择合适的照明和滤光片位置。原则如下：

表格形式

模式1. 如果样品是通过EB、SYBR Green、Sypro Ruby等染料通过紫外激发来显色，就先将样品置于紫外透射平台(UV Transilluminator)的中间，关上暗箱门，然后按下面板上的“Trans UV”按钮，并将滤光片选择杆置于位置“I”处。

模式2. 如果样品是通过金属银、考马斯亮蓝等染料染色，就先将白光转换屏 (White Light Conversion Screen)取下，打开下部的开关，放在紫外透射平台上，样品置于白光转换屏中间。关上暗箱门，然后按下面板上的“Trans White”按钮，并将滤光片选择杆置于位置“I”处。

模式3. 如果是化学显色等非透明可见样品，则用模式2中所示方法，将样品置于白光转换屏中间。关上暗箱门，然后按下面板上的“Epi White按钮”，并将滤光片选择杆置于位置“O”处。

接下来打开Quantity One软件，选择File》GelDoc XR，按以下顺序操作：

①按下Live/Focus，成像仪进入实时成像；

②选择照明模式，一般核酸胶用UV,蛋白胶用White模式；注意，选择完成后，要按下成像仪面板上相应的光源按钮

③此功能有三个上下键按钮：IRIS（光圈），ZOOM（缩放），FOCUS（聚焦），您可在软件上直接调节或在仪器面板上手工调节调节步骤：

a 调大IRIS，以看到图像

b 点ZOOM,将胶适当放大

c 调节IRIS至合适大小（一般情况下尽量选择小光圈，因为小光圈景深大，图像更清晰)

d 调节FOCUS，至图像最清晰按

④按“Auto Expose”；如是，单击Auto Expose,系统将自动选择曝光时间成像，如不满意，单击Manual Expose，并输入曝光时间（秒），图像满意后保存,在自动曝光期间，图象会持续的输入到CCD中，直到达到一定比例的饱和象素值，此比例在Options dialog box 中设定 (默认值 = 0.15％)。