分子系统学的新进展ppt课件
合集下载
相关主题
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
species of North America and a new effort has been mounted by Rockefeller University, the University of Guelph, and the Smithsonian Institution. Their collective goal is to obtain DNA barcodes for 10,000 bird species by 2010. •
Neighbor-Joining Tree of Genetic Distances in COI Among and Within 100 Hominidae.
Ten species in one: DNA barcoding reveals cryptic species in the neotropical skipper butterfly
DNA条形码国际组织
生物条形码联合体CBOL- Consortium for the Barcode of Life：
22国家的45 研究机构 2004年首届会议： London meeting (7th-9th of
February) 有46个国家的220名代表参加。 目标Goals
分子系统学的新进展
黄原 2006-9
主要内容
1 DNA条形码 2 组装生命之树 3 谱系基因组学 4 系统发育信息学 5 系统发育分类学 6 系统发育生物学
1. DNA条形码 DNA barcode
什么是DNA条形码?
能够用于识别和鉴定某一类群所有物种的一段DNA序列. DNA条形码是由 DNA 序列上A、C、G和T 4种碱基组成
及其次序决定的。
DNA条形码标记的要求
在某一类群的所有物种中都有这段 DNA序列.
必须是物种特异性的. 可以使用简便的方法进行研究. 在物种之间长度变异不大.
建议的DNA条形码标记
COI gene 18S rRNA gene 16S rRNA gene
DNA条形码的意义
DNA条形码识别中存在的困难
Input order alters results Euclidean distances? Mitochondrial heteroplasmy Identical sequences in different species Introgression Hybrid speciation Incomplete lineage sorting NUMTs- Nuclear Pseudogenes
Assembling the Tree of Life (ATOL)
Tree of Life: 10M species
David Hillis, Science 300:1687 (2003)
现在是组装地球上所有生物的系 统发育树的时候
基因组学和DNA测序技术已经能够满足组装 生命之树所需要的数据.
•Fish-Bol: An “All Fishes” initiative has been undertaken by an international
collaboration organized by Paul Hebert at the University of Guelph. The Sloan Foundation has awarded support for a June 2005 workshop aimed at planning a barcode project for 500,000 specimens and more than 20,000 species.
The Barcode of Life Database (BoLD) has 32,000 + sequences, (12,000 spp +).
Projects examples
•Birds of the World: DNA barcodes have been determined for most of the bird
Differences in DNA barcodes help create trees showing genetic distances between species.
DNA分类学 （ DNA Taxonomy ）
定义：应用DNA序列作为唯一数 据来描述和定义分类单元。
2. 组装生命之树
生物信息学的理论和方法已经能够满足组装 生命之树需要的计算和数据管理任务
Assembling the Tree of Life
NSF Proposal： Phylogeny & predictive
claห้องสมุดไป่ตู้sification for life on earth
in 10-15 years
The Assembling the Tree of Life (AToL) Program
快速而准确的识别和鉴定物种 使非专业人员也能鉴定物种 野外物种识别
DNA条形码是技术而非科学
DNA条形码仅供物种识别. DNA条形码应该跟物种学名一样有承载
它的凭证标本( vouchered specimen)或 在微小型种类中有数码图象凭证. DNA条形码序列应该提交到专门的条形 码数据库中. 根据DNA条形码进行物种识别的前提条 件是已经测得并建立了相关类群所有物 种的条形码标记的数据库.
construct a universal Tree of Life for all 1.7 million named species of living organisms on earth.
加速DNA条形码的研究 建立向公众开放的DNA条形码数据库 促进条形码识别根据的开发
http://barcoding.si.edu Funded by Sloan Foundation
http://www.barcodinglife.com/pm2/project/public_project.php
Neighbor-Joining Tree of Genetic Distances in COI Among and Within 100 Hominidae.
Ten species in one: DNA barcoding reveals cryptic species in the neotropical skipper butterfly
DNA条形码国际组织
生物条形码联合体CBOL- Consortium for the Barcode of Life：
22国家的45 研究机构 2004年首届会议： London meeting (7th-9th of
February) 有46个国家的220名代表参加。 目标Goals
分子系统学的新进展
黄原 2006-9
主要内容
1 DNA条形码 2 组装生命之树 3 谱系基因组学 4 系统发育信息学 5 系统发育分类学 6 系统发育生物学
1. DNA条形码 DNA barcode
什么是DNA条形码?
能够用于识别和鉴定某一类群所有物种的一段DNA序列. DNA条形码是由 DNA 序列上A、C、G和T 4种碱基组成
及其次序决定的。
DNA条形码标记的要求
在某一类群的所有物种中都有这段 DNA序列.
必须是物种特异性的. 可以使用简便的方法进行研究. 在物种之间长度变异不大.
建议的DNA条形码标记
COI gene 18S rRNA gene 16S rRNA gene
DNA条形码的意义
DNA条形码识别中存在的困难
Input order alters results Euclidean distances? Mitochondrial heteroplasmy Identical sequences in different species Introgression Hybrid speciation Incomplete lineage sorting NUMTs- Nuclear Pseudogenes
Assembling the Tree of Life (ATOL)
Tree of Life: 10M species
David Hillis, Science 300:1687 (2003)
现在是组装地球上所有生物的系 统发育树的时候
基因组学和DNA测序技术已经能够满足组装 生命之树所需要的数据.
•Fish-Bol: An “All Fishes” initiative has been undertaken by an international
collaboration organized by Paul Hebert at the University of Guelph. The Sloan Foundation has awarded support for a June 2005 workshop aimed at planning a barcode project for 500,000 specimens and more than 20,000 species.
The Barcode of Life Database (BoLD) has 32,000 + sequences, (12,000 spp +).
Projects examples
•Birds of the World: DNA barcodes have been determined for most of the bird
Differences in DNA barcodes help create trees showing genetic distances between species.
DNA分类学 （ DNA Taxonomy ）
定义：应用DNA序列作为唯一数 据来描述和定义分类单元。
2. 组装生命之树
生物信息学的理论和方法已经能够满足组装 生命之树需要的计算和数据管理任务
Assembling the Tree of Life
NSF Proposal： Phylogeny & predictive
claห้องสมุดไป่ตู้sification for life on earth
in 10-15 years
The Assembling the Tree of Life (AToL) Program
快速而准确的识别和鉴定物种 使非专业人员也能鉴定物种 野外物种识别
DNA条形码是技术而非科学
DNA条形码仅供物种识别. DNA条形码应该跟物种学名一样有承载
它的凭证标本( vouchered specimen)或 在微小型种类中有数码图象凭证. DNA条形码序列应该提交到专门的条形 码数据库中. 根据DNA条形码进行物种识别的前提条 件是已经测得并建立了相关类群所有物 种的条形码标记的数据库.
construct a universal Tree of Life for all 1.7 million named species of living organisms on earth.
加速DNA条形码的研究 建立向公众开放的DNA条形码数据库 促进条形码识别根据的开发
http://barcoding.si.edu Funded by Sloan Foundation
http://www.barcodinglife.com/pm2/project/public_project.php