GeneBank数据库使用

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GenBank数据库检索及其应用(1)

GenBank数据库检索及其应用(1)
简介
GenBank数据库是由美国国立生物技术信息 中心(NCBI)维护的一级核酸序列数据库。
GenBank数据库的数据来源有三种: 1、直接来源于测序工作者提交的序列; 2、与其它数据机构协作交换的数据; 3、美国专利局提供的专利数据。
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11
GenBank数据库
简介 检索界面
1、基本检索界面
文献数据库 分子数据库
基因组数据库
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5
NCBI的资源与工具
工具
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6
NCBI的资源与工具
检索工具
数据分析工具
下载工具 程序软件
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7
NCBI的资源与工具
数据提交
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8
NCBI的资源与工具
培训
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9
GenBank数据库
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10
GenBank数据库
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25
GenBank数据库基本检索功能
“ras”[GENE]
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26
GenBank数据库基“ra本s”检[G索EN功E]能
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27
GenBank数据库
简介 检索界面 基本检索功能
(一)字段限制检索 (二)特殊标志符检索
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28
特殊标志符的格式(核酸序列) :
(1)mRNA 记录(NM_*): e.g.:NM_000492
(2)基因组的DNA重叠群(NT_*): e.g.:NT_000347
(3)完整的基因组或染色体(NC_*): e.g.:NC_000907
(4)基因组的局部区域(NG_*): e.g.:NG_000019

基因库(Genbank)的数据提交和信息查询

基因库(Genbank)的数据提交和信息查询

I 等, 以及知名的 蛋 白质 数据库 S s — s P OF PR P F和 P B等 建立 了综合 数据 库 R 、 I、R D
( l r e a bs ,1) I e a dD t a 1 。在 基因遗 传疾病 描 n ̄ t a e ) 述方面 ,加强 了与孟 德尔 人类遗 传 学联机 数0 2 1 C3 I 了 自己的生物大分 子三维 机构库 — 分子 机
构模型库 Mv] ( deu r t en aae。 Ⅱ I el I dl g b8) BC av i
1 如 何 向 G n ak递 交 数 据 eB n
G n ak序 列资源 主要 有两 个 来 源 :一 eB n 种是序 列发现者 直接 递交 。现在许 多期 刊都 要求作 者在论文 发表 前需将 其核 酸序列 发送
E ̄ N3 L的 国际合作 …。现 在, 这三个数 据 库分 别 收集所 在 区域 的核酸序 列 信息 ,形成 了 国
作 者 单 位 : 1 1. 3 0 3 医学 情 报研 究 所 0
维普资讯
浙江省医学科学院学报 2吆 年 3 总第 4 期 ) o 月( 9

形式的表 格 叫做 B t …,它提供 了一 a 恼t
种 简便 、快 捷的序 列提交 方法 另一 种方 式 是 作者 通过 邮寄 磁盘 或通 过 电子 邮件 ( E— mi al )递交 。但 在递交 前 必须用 N B 提供 的 CI Sq i 工 具软 件 对 所 要 递 交 的 序 列 进行 处 eu n 理 o eu 1Sqi n软件是可 以独立 运行 于 MA 、( C P: 和 L X平台的 序列提交 软件 ,可 通过 I NI 的 匿 名 文 件 传输 方 式 获 得 . 其 路 径 为 :/ ci a n . v pb s u 以前使 用 / nb. m i g /h /e r h o q 的 ; t n 件 已被 Sq n替代 ,但 仍可 使 Ma  ̄i 软 eu i

NCBI及GeneBank介绍(CHENGWEI)-XXXX0327

NCBI及GeneBank介绍(CHENGWEI)-XXXX0327

3. 检索事例
检索号:JX984951 Norovirus Hu/GII.4/GZ2010-
L88/Guangzhou/CHN/2011 capsid protein (VP1) gene, complete cds
cds:Coding sequence.
电子显微镜下 诺如病毒形态
诺如病毒三维结构
2.2. PubMed
PubMed comprises more than 22 million
citations for biomedical literature from MEDLINE((美)联机医学文献分析和检索 系统), life science journals, and online books. Citations may include links to fPuulbl-Mteexdt由c源on自ten(t 美fro)m联P机ub医Me学d文C献en分tra析l 和a检nd索pu系bl统ish、er生w命eb科sit学es杂. 志和网上图书的 超过22,000,000篇生物医学引文组成。引 文也可能链接自PubMed Central 和出版 商网站的全文。
GenBank识别 标志
意义
LOCUS ACCESSION
标识字符串及短描述字 唯一的提取号
DEFINITION VERSION KEYWORDS SOURCE ORGANISM REFERENCE
简单的描述 可更新的序列版本号 关键字 来源生物体 生物体分类谱系 引文编号
AUTHORS TITLE JOURNAL
STSs(Sequenced tagged site):短的在 基因组上可以被唯一操作的序列,用于产 生作图位点。
在操作中,STS是用于辨别PCR引物对并生 成作图试剂的唯一的序列,每个STS序列位 点对应于基因组中一个单独的位置。

genbank数据库检索及其应用

genbank数据库检索及其应用

PubMed Central等多个数据库。
eUtils
03
提供一系列API接口,用于批量检索和数据分析。
检索方式选择
简单检索
通过关键词或标识符进行 检索,结果可能包含多个 数据库的数据。
高级检索
通过限定字段、组合关键 词等方式进行更精确的检 索。
结构化检索
利用特定的查询语言或语 法结构进行高级检索。
Genbank数据库检索及其应用
目 录
• Genbank数据库简介 • Genbank数据库检索方法 • Genbank数据库在生物信息学中的应用 • Genbank数据库在医学领域的应用 • Genbank数据库的未来发展与挑战 • 总结与展望
01 Genbank数据库简介
数据库概述
Genbank数据库是一个全球性的、不断更新的核酸序列数据库,包含了来自各种生物的基因序列信息 。
筛选结果
根据需要筛选出符合条件的记录。
排序结果
根据相关性、日期或其他标准对结果 进行排序。
数据导出
将检索结果导出为多种格式(如 FASTA、GenBank、CSV等),便于 进一步分析或使用。
数据可视化
利用相关工具将数据以图表等形式呈 现,更直观地展示结果。
03 Genbank数据库在生物 信息学中的应用
VS
详细描述
通过对Genbank数据库中基因序列的深 入研究,科学家可以发现某些基因可能与 特定疾病的发生和发展密切相关,这些基 因可能成为潜在的药物靶点。通过实验验 证这些靶点的功能和作用机制,可以为新 药研发提供重要的线索和依据,加速新药 的研发进程。
Байду номын сангаас
个性化医疗与精准诊断
总结词

引物设计GeneBank数据库和软件的使用

引物设计GeneBank数据库和软件的使用

引物设计的原则
5、引物序列与模板序列组成的相似性
可能的错误引发位点决定于引物序列组 成与模板序列组成的相似性,相似性高 则错误引发率高 。
引物设计的原则
6、最好在模板cDNA的保守区内设计
DNA序列的保守区是通过物种间相似序 列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物 种的同一基因,通过序列分析软件(比 如DNAman)比对(Alignment),各 基因相同的序列就是该基因的保守区。
But …
引物编辑
引物编辑
Edit primer here
Analysis the edit result
Accept the edit result Return to the main window
Some other useful function of PP5
Enzyme
中间四个钮分 ADD: 从所有 DELETE:从 EDIT: 编辑酶 FILTER: 如果 筛选所需酶, 可 的接头Overha 接头为那几个 到酶切结果, 有 Table: 酶切位 SEQ; 整段序列
6.应注意碱基分布的均衡性。引物应避 免嘌呤或嘧啶的堆积现象,避免连续出 现4个以上的同一碱基。
7. 检查两条引物是否存在二级结构或二 聚体。(dnaman分析)
8. 计算Tm值
利用GeneBank查找DNA序列
利用GeneBank数据库可以查找已知蛋白 DNA序列,确定启动子,外显子序列, 进行同源性搜索,检测引物的匹配程度。
引物设计的原则
7、引物自身及引物之间不应存在互补序 列
引物自身不应存在互补序列,否则引物 自身会折叠成发夹结构(Hairpin)使引 物本身复性。这种二级结构会因空间位 阻而影响引物与模板的复性结合。

GeneBank的使用

GeneBank的使用

GenBank数据库
n 物种:GenBank 库里的数据按来源于大约100,000个 物种,其中56%是人类的基因组序列(所有序列中的 34%是人类的EST序列)
n 记录:每条GenBank数据记录包含对序列的简要描 述,它的科学命名,物种分类名称,参考文献,序 列特征表,及序列本身
GenBank数据库
ACCESSION
n ACCESSION (编号):具有唯一性和永久性,在文 献中引用这个序列时,应该以此编号为准。
KEYWORDS
n KEYWORDS (关键词)字段:由该序列的提交者提 供,包括
– 该序列的基因产物 – 其它相关信息
SOURCE
n SOURCE (数据来源)字段:说明该序列是从什么生 物体、什么组织得到的
n 序列特征表:包含对序列生物学特征注释如:编码 区、转录单元、重复区域、突变位点或修饰位点等
n 分类:所有数据记录被划分为如细菌类、病毒类、 灵长类、啮齿类,以及EST数据、基因组测序数据 、大规模基因组序列数据等16类,其中EST数据等 又被分成若干文件
注释内容
n 序列条目关键字:
– LOCUS (代码), – DEFINITION (说明), – ACCESSION(编号), – NID符(核酸标识), – KEYWORDS (关键词), – SOURCE (数据来源), – REFERENCE (文献), – FEATURES (特性表), – BASE COUNT (碱基组成) – ORIGIN (碱基排列顺序)。
n 次关键字ORGANISM (种属):指出该生物体的分类 学地位
REFERENCE
n REFERENCE(文献)字段:说明该序列中的相关文献 ,包括

如何在genbank中查找一基因的序列

如何在genbank中查找一基因的序列

如何在genbank中查找一基因的序列如何在genbank中查找一基因的序列1、在GeneBank 中查找基因序列只要输入accession号就可以了,下面网址就是一个基因的全部序列信息的例子,,在记录的末尾有各种记录的详细说明,如果你没有accession号,可以把你手头的编号用source 等信息源转换成accession号,中文教程太古老了,如果你是初学者一定要养成看英文文献的习惯,要是特别想看中文翻译的话,书店里随便一本生物信息学书里都会介绍数据库的,不过有些翻译过来的东西真的很别扭,希望对你有帮助。

2、关于在GeneBank中查找序列我有几点体会:最直接、最简单的方法是手头有基因的accession号;如果没有就需要明确两个重要的内容,即基因名称及物种信息(如果有最好是拉丁全名),基因名称尽可能详细,避免搜出一些不相关的信息;搜索的时候建议先用NCBI的Gene数据库搜索,这样得到的accession号是属于NCBI工作人员重新整理过的Refseq的序列,这样会比较可靠;当然这个要看你的分析目的,如果你是要对该序列进行下游的分子生物学操作or分析,选这种序列我觉得会比较好,如果是要进行多序列的分析or其他目的需要全面分析该序列的,可能需要其他序列做补充,但是我觉得序列越多问题越说不清楚,因为毕竟不是自己的序列,如果Gene数据库里没有收录,那就只有在Nucleotide数据库里找了,但是还是建议采用Refseq的序列,Refseq序列特征如下:Accession prefix Molecule type CommentAC_ Genomic Complete genomic molecule, alternate assemblyNC_ Genomic Complete genomic molecule, reference assemblyNG_ Genomic Incomplete genomic regionNT_ Genomic Contig or scaffold, clone-based or WGSaNW_ Genomic Contig or scaffold, primarily WGSaNS_ Genomic Environmental sequenceNZ_b Genomic Unfinished WGSNM_ mRNANR_ RNAXM_c mRNA Predicted modelXR_c RNA Predicted modelAP_ Protein Annotated on AC_ alternate assemblyNP_ ProteinYP_c ProteinXP_c Protein Predicted modelZP_c Protein Predicted model, annotated on NZ_ genomic recordsa Whole Genome Shotgun sequence data.b An ordered collection of WGS for a genome.c Computed.其他值得考虑的是,对于真核生物最好找注释为全长的mRNA序列,原核生物最好有起始密码子和终止密码子;其他未尽事宜大家补充!3、如何在genbank查找某个细菌的基因序列你输入这个细菌的名字直接查,一般会有的~~~~~而且一般第一个会是全基因组序列~~~进入ncbi的首页,database选nucleotide,输入你的关键词,如果库里收录里就会有的4、如何查找基因序列——在Genbank中寻找目的基因的实例(1)根据文献搞reasearch肯定要读文献的,如果你曾经在文献中看到过你感兴趣的基因,而且文中还提到了该基因在Genbank中的ID号,那就好办了,直接打开,在Search后的下拉框中选择Nucleotide,把Genbank ID 号输入GO前面的文本框中,点“GO”,就可以找到他了。

genbank名词解释

genbank名词解释

genbank名词解释
GenBank名词解释:
GenBank是一个公共数据库,用于存储和共享生物学序列信息,包括DNA序列、RNA序列和蛋白质序列等。

它是全球最大的基因序列数据库之一,由美国国
家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)维护
和管理。

GenBank的创建目的是为了促进科学研究和生命科学领域的进展。

它为科学家、研究人员和学术机构提供了一个集中存储和查询生物学序列数据的平台。

科研人员可以通过GenBank找到已经发布的序列数据,从而进行相关研究和分析。

GenBank包含了来自各种生物物种的序列数据,包括人类、动物、植物、微生
物等。

这些序列有时是基因组的完整组成部分,有时是特定基因的片段。

科学家将自己的研究成果上传到GenBank,以便与他人分享和交流。

GenBank中的每个序列都有一个唯一的标识号,称为Accession号,用于确保
数据的唯一性和可追溯性。

这些数据还包括序列的描述信息、来源、相关文献等。

科研人员可以使用关键词、序列特征等方式进行搜索和筛选,以找到他们感兴趣的序列数据。

GenBank的数据是公开的,任何人都可以免费访问和使用。

这使得科学家们能
够更好地共享和利用基因序列数据,推动生命科学研究的进展,并为解决许多生物学问题提供了重要的资源。

总之,GenBank是一个重要的生物信息学工具,为全球科学家提供了一个方便
的平台来存储、共享和查询生物学序列数据。

它的建立和运行有助于推动生物学领域的研究和发展。

如何在genbank中查找一基因的序列

如何在genbank中查找一基因的序列

如何在genbank中查找一基因的序列如何在genbank中查找一基因的序列1、在GeneBank 中查找基因序列只要输入accession号就可以了,下面网址就是一个基因的全部序列信息的例子,,在记录的末尾有各种记录的详细说明,如果你没有accession号,可以把你手头的编号用source 等信息源转换成accession号,中文教程太古老了,如果你是初学者一定要养成看英文文献的习惯,要是特别想看中文翻译的话,书店里随便一本生物信息学书里都会介绍数据库的,不过有些翻译过来的东西真的很别扭,希望对你有帮助。

2、关于在GeneBank中查找序列我有几点体会:最直接、最简单的方法是手头有基因的accession号;如果没有就需要明确两个重要的内容,即基因名称及物种信息(如果有最好是拉丁全名),基因名称尽可能详细,避免搜出一些不相关的信息;搜索的时候建议先用NCBI的Gene数据库搜索,这样得到的accession号是属于NCBI工作人员重新整理过的Refseq的序列,这样会比较可靠;当然这个要看你的分析目的,如果你是要对该序列进行下游的分子生物学操作or分析,选这种序列我觉得会比较好,如果是要进行多序列的分析or其他目的需要全面分析该序列的,可能需要其他序列做补充,但是我觉得序列越多问题越说不清楚,因为毕竟不是自己的序列,如果Gene数据库里没有收录,那就只有在Nucleotide数据库里找了,但是还是建议采用Refseq的序列,Refseq序列特征如下:Accession prefix Molecule type CommentAC_ Genomic Complete genomic molecule, alternate assemblyNC_ Genomic Complete genomic molecule, reference assemblyNG_ Genomic Incomplete genomic regionNT_ Genomic Contig or scaffold, clone-based or WGSaNW_ Genomic Contig or scaffold, primarily WGSaNS_ Genomic Environmental sequenceNZ_b Genomic Unfinished WGSNM_ mRNANR_ RNAXM_c mRNA Predicted modelXR_c RNA Predicted modelAP_ Protein Annotated on AC_ alternate assemblyNP_ ProteinYP_c ProteinXP_c Protein Predicted modelZP_c Protein Predicted model, annotated on NZ_ genomic recordsa Whole Genome Shotgun sequence data.b An ordered collection of WGS for a genome.c Computed.其他值得考虑的是,对于真核生物最好找注释为全长的mRNA序列,原核生物最好有起始密码子和终止密码子;其他未尽事宜大家补充!3、如何在genbank查找某个细菌的基因序列你输入这个细菌的名字直接查,一般会有的~~~~~而且一般第一个会是全基因组序列~~~进入ncbi的首页,database选nucleotide,输入你的关键词,如果库里收录里就会有的4、如何查找基因序列——在Genbank中寻找目的基因的实例(1)根据文献搞reasearch肯定要读文献的,如果你曾经在文献中看到过你感兴趣的基因,而且文中还提到了该基因在Genbank中的ID号,那就好办了,直接打开,在Search后的下拉框中选择Nucleotide,把Genbank ID 号输入GO前面的文本框中,点“GO”,就可以找到他了。

GeneBank

GeneBank

GenBank数据库简介1. GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织,包括EMBL和DDBJ。

是NIH 遗传序列数据库,一个所有可以公开获得的DNA序列的注释过的收集。

GenBank 同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。

唯一人类基因序列集合(UniGene),人类基因组基因图谱,分类学浏览器,同国立癌症研究所合作的癌症基因组剖析计划(CGAP)等数据库。

GenBank以指数形式增长,核酸碱基数目大概每14个月就翻一个倍。

2. 纪录样本- 关于GenBank的各个字段的详细描述,以及同Entrez搜索字段的交叉索引。

3. 访问GenBank - 通过Entrez Nucleotides来查询。

用accession number,作者姓名,物种,基因/蛋白名字,还有许多其他的文本术语来查询。

关于Entrez 更多的信息请看下文。

用BLAST来在GenBank和其他数据库中进行序列相似搜索。

用E-mail来访问Entrez和BLAST可以通过Query和BLAST服务器。

另外一种选择是可以用FTP下载整个的GenBank和更新数据。

4. 增长统计- 参见公布通知的 2.2.6(每个分类的统计),2.2.7(每个物种的统计),2.2.8(GenBank增长)小节。

5. 公布通知,最新- 最近和即将有的变化,GenBank的分类,数据增长统计,GenBank的引用。

6. 公布通知,旧- 同上相同,是过去公布的统计。

7. 遗传密码- 15个遗传密码的概要。

用来确保GenBank中纪录的编码序列被正确的翻译。

向GenBank提交数据:1. 关于提交序列数据,收到accession number,和对纪录作更新的一般信息。

2. BankIt - 用于一条或者少数条提交的基于WWW的提交工具软件。

(请在提交前用VecScreen去除载体)3. Sequin - 提交软件程序,用于一条或者很多条的提交,长序列,完整基因组,alignments,人群/种系/突变研究的提交。

genbank使用方法 -回复

genbank使用方法 -回复

genbank使用方法-回复使用GenBank的步骤及方法GenBank是一个公共的DNA和RNA序列数据库,由美国国立生物技术信息中心(NCBI)维护和管理。

它为全球科研人员提供了一个共享和访问遗传信息的平台。

在本文中,我们将一步一步介绍如何使用GenBank数据库。

第一步:访问GenBank网站首先,在您的网页浏览器中输入"第二步:注册GenBank账号如果您还没有GenBank账号,您需要先注册一个账号。

点击网页右上方的"Sign In"按钮,然后选择"Register for an NCBI account"。

填写所需信息并创建一个新账号。

第三步:搜索DNA或RNA序列一旦您登录了GenBank账号,您可以使用搜索栏输入想要获得的DNA 或RNA序列的名称、关键词或序列标识符。

点击"Search"按钮开始搜索。

第四步:浏览搜索结果GenBank将根据您的搜索条件提供一系列匹配的结果。

您可以根据文章标题、序列长度、申请人等标准查看和筛选搜索结果。

点击每个搜索结果可以查看更多详细信息,如序列特征、注释和相关文章等。

第五步:下载序列数据一旦您找到了您想要的序列,您可以下载相关的序列数据。

在搜索结果页面上,您可以看到一个"Send to:"栏,里面有多个选项供您选择,包括"File"、"Text"和"Clipboard"。

选择您喜欢的选项,并点击相关按钮下载序列数据。

第六步:分析序列数据下载的序列数据可以用于各种生物信息学分析,如序列比对、蛋白质结构预测和基因功能注释等。

您可以使用各种生物信息学软件来执行这些分析,并根据您的研究目的进行解释和研究。

第七步:提交序列数据如果您有新的DNA或RNA序列数据,并希望将其存储在GenBank数据库中供他人使用,您可以将其提交给GenBank。

GenBank数据库检索及其应用

GenBank数据库检索及其应用

repeat_unit LTR
单个的重复元件 长末端重复序列
D_segment J_ segment N_ region S_ region
免疫球蛋白重链的可变区, T细胞受体β链
免疫球蛋白重链、轻链以及 T细胞α、β、γ的结合链
插入重排免疫球蛋白片段间 的核苷酸
免疫球蛋白重链的开关区
Satellite misc_binding primer_bind protein_bind
限制检索界面:
检索结果显示界面:
限制检索(Limits):
限制检索范围
ras
限制检索范围
排除某种类 型的序列
限制分子类型
限制分子类型
限制基因位点
限制基因位点
限制序列片 段的显示
限制序列片 段的显示
限制数据来源
限制数据来源
限制数据 修订日期
限制数据 修订日期
简介 检索入口
GenBank数据库检索及其应用 ——Entrez检索功能
重庆医科大学图书馆 李轶
简介
GenBank数据库是由美国国立生物技术信息 中心(NCBI)维护的一级核酸序列数据库。
GenBank数据库的数据来源有三种: 1、直接来源于测序工作者提交的序列; 2、与其它数据机构协作交换的数据; 3、美国专利局提供的专利数据。
(5)从人类基因组序列注释、加工得到的序列模型记录(XM,XP, or XR_*):
e.g.:XM_000483
特殊标志符的格式(核酸序列):
4 、 PDB序列接受号:1个阿拉伯数字+3个字母 e.g.:1TUP
序列接受号的检索限定词为[ ACCN]or[ACCESSION]
AF123456[ACCN]

Genbank使用-推荐下载

Genbank使用-推荐下载

GenBank Overview基本信息• 什么是GenBank?GenBank是一个有来自于70,000多种生物的核苷酸序列的数据库。

每条纪录都有编码区(CDS)特征的注释,还包括氨基酸的翻译。

GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织,包括EMBL和DDBJ。

• 纪录样本- 关于GenBank的各个字段的详细描述,以及同Entrez搜索字段的交叉索引。

• 访问GenBank - 通过Entrez Nucleotides来查询。

用accession number,作者姓名,物种,基因/蛋白名字,还有许多其他的文本术语来查询。

关于Entrez更多的信息请看下文。

用BLAST来在GenBank和其他数据库中进行序列相似搜索。

用E-mail来访问Entrez和BLAST可以通过Query和BLAST服务器。

另外一种选择是可以用FTP下载整个的GenBank和更新数据。

• 增长统计- 参见公布通知的2.2.6(每个分类的统计),2.2.7(每个物种的统计),2.2.8(GenBank增长)小节。

• 公布通知,最新- 最近和即将有的变化,GenBank的分类,数据增长统计,GenBank的引用。

• 公布通知,旧- 同上相同,是过去公布的统计。

• 遗传密码- 15个遗传密码的概要。

用来确保GenBank中纪录的编码序列被正确的翻译。

(向)GenBank提交(数据)• 关于提交序列数据,收到accession number,和对纪录作更新的一般信息。

• BankIt - 用于一条或者少数条提交的基于WWW的提交工具软件。

(请在提交前用VecScreen去除载体)• Sequin - 提交软件程序,用于一条或者很多条的提交,长序列,完整基因组,alignments,人群/种系/突变研究的提交。

可以独立使用,或者用基于TCP/IP的“network aware”模式,可以链接到其他NCBI的资源和软件比如Entrez和PowerBLAST。

GeneBank数据库使用

GeneBank数据库使用

GenBank数据库
序列特征表:包含对序列生物学特征注释如 :编码区、转录单元、重复区域、突变位点 或修饰位点等
分类:所有数据记录被划分为如细菌类、病 毒类、灵长类、啮齿类,以及EST数据、基 因组测序数据、大规模基因组序列数据等16 类,其中EST数据等又被分成若干文件
注释内容
序列条目关键字:
GATCCTCCATATACAACGGTATCTCCACCTCAGGTTTAGATCTCAACAACGGAACCATTGC CGACATGAGACAGTTAGGTATCGTCGAGAGTTACAAGCTAAAACGAGCAGTAGTCAGCTC TGCATCTGAAGCCGCTGAAGTTCTACTAAGGGTGGATAACATCATCCGTGCAAGACCAAGA ACCGCCAATAGACAACATATGTAACATATTTAGGATATACCTCGAAAATAATAAACCGCCA CACTGTCATTATTATAATTAGAAACAGAACGCAAAAATTATCCACTATATAATTCAAAGAC GCGAAAAAAAAAGAACAACGCGTCATAGAACTTTTGGCAATTCGCGTCACAAATAAATTT TGGCAACTTATGTTTCCTCTTCGAGCAGTACTCGAGCCCTGTCTCAAGAATGTAATAATACC CATCGTAGGTATGGTTAAAGATAGCATCTCCACAACCTCAAAGCTCCTTGCCGAGAGTCGC CCT
GenBank数据库结构
作用:了解序列数据库的格式,有助于更好 地提高数据库检索的效率和准确性。
DDBJ数据库的内容和格式与GenBank相同, 此处不作详细介绍。
分别介绍EMBL和GenBank的数据库结构

GenBank数据库检索及其应用(2013)

GenBank数据库检索及其应用(2013)

序列片段的显示
GenBank数据库限制检索功能
数据来源
GenBank数据库限制检索功能
数据来源
GenBank数据库限制检索功能
分子类型
GenBank数据库限制检索功能
分子类型
GenBank数据库限制检索功能
基因定位
GenBank数据库限制检索功能
基因定位
GenBank数据库限制检索功能
真核启动子上游的CAAT 盒,与RNA结合相关 真核启动子的TATA盒 原核启动子中的-35框 原核启动子的Pribow盒
variation
modified_base gene misc_signal
包含稳定突变的序列
修饰过的核苷酸
GC_signal
RBS
真核启动子的GC盒
核糖体结合位点 RNA转录本的剪切识别 位点 增强子


限定词
/map=


区分内含子剪切位点和 “5„-GT.AG-3'”剪切位点
相关特性在基因图谱上的 位置 被修饰碱基的简写 从5‟→3‟注明遗传元件的顺 序 提供测序用遗传物质的物 种的科学名称 序列特性所导致的表型
所获序列植物的栽培变种 /mod_base= 序列来源于某种生物的特 /number= 定发育阶段 序列特性来源于实验还是 /organism= 推理 指出在记录中的来源特性 /phenotype= 在其他物种中还有不同的 来源特性 序列所代表的功能 /plasmid= 序列来源于某种物种的单 /protein_id= 倍体 描述序列来源物种的生理 /proviral 、环境和地理信息 序列特性的俗名 /rearranged
简介 检索界面 基本检索功能

GenBank数据库格式的详细说明

GenBank数据库格式的详细说明

GenBank数据库格式的详细说明Posted on 19 四月 2009 by 柳城,阅读 609 简洁版GenBank是美国国立卫生研究院维护的基因序列数据库,汇集并注释了所有公开的核酸以及蛋白质序列。

每个记录代表了一个单独的、连续的、带有注释的DNA或RNA片段。

这些文件按类别分为几组:有些按照系统发生学划分,另外一些则按照生成这些序列数据的技术方法划分。

目前GenBank中所有的记录均来自于最初作者向DNA序列数据库的直接提交。

这些作者将序列数据作为论文的一部分来发表,或将数据直接公开。

GenBank由位于马里兰州Bethesda的美国国立卫生研究院下属国立生物技术信息中心建立,与日本DNA数据库(DDBJ)以及欧洲生物信息研究院的欧洲分子生物学实验室核苷酸数据库(EMBL)一起,都是国际核苷酸序列数据库合作的成员。

所有这三个中心都可以独立地接受数据提交,而三个中心之间则逐日交换信息,并制作相同的充分详细的数据库向公众开放(虽然格式上有细微的差别,并且所使用的信息系统也略有不同)。

GenBank数据库格式的详细说明/Sitemap/samplerecord.htmlEMBL和GenBank数据库格式的对比EMBL GenBank含义ID LOCUS 序列名称DE DEFINITION 序列简单说明AC ACCESSION 序列编号SV VERSION 序列版本号KW KEYWORDS 与序列相关的关键词OS SOURCE 序列来源的物种名OC ORGANISM 序列来源的物种学名和分类学位置RN REFERENCE 相关文献编号,或递交序列的注册信息RA AUTHORS 相关文献作者,或递交序列的作者RT TITLE 相关文献题目RL JOURNAL 相关文献刊物杂志名,或递交序列的作者单位RX MEDLINE 相关文献 Medline引文代码RC REMARK 相关文献注释RP 相关文献其它注释CC COMMENT 关于序列的注释信息DR 相关数据库交叉引用号FH FEATURES 序列特征表起始FT 序列特征表子项SQ BASE COUNT 碱基种类统计数空格ORIGIN 序列。

NCBI及GeneBank介绍(CHENGWEI)-20130327

NCBI及GeneBank介绍(CHENGWEI)-20130327
• /unigene/statistics/
NCBI资源十分丰富,要想熟练地在NCBI获得 有用信息,还需要不——基本检索功能
(三)序列长度检索([SLEN])
2.5 核苷酸序列数据库 ——基本检索功能
(四)范围检索
1、序列接受号范围检索:
AF114696:AF114714[ACCN]
序列接受号的检索限定词为[ACCN]or[ACCESSION] 2、序列长度范围检索:
GenBank is the NIH genetic sequence database, an annotated collection of all publicly available DNA sequences.GenBank is part of the International GenBank是美国国立卫生研究院维护的基 Nucleotide Sequence Database Collaboration 因序列数据库,汇集并注释了所有公开的核 , 酸序列。 which comprises the DNA DataBank of Japan (DDBJ), the European Molecular Biology GenBank由美国国立卫生研究院下属国立 Laboratory (EMBL), and GenBank at NCBI. These 生物技术信息中心建立,与日本DNA数据库 three organizations exchange data on a daily basis.
5.NCBI热门资源——SNPs Single Nucleotide Polymorphisms
dbSNP — 单核苷酸多态性数据库,包括SNPs,小
范围的插入/缺失,多态重复单元,和微卫星变异。 人类的和其他物种的遗传变异数据可以提交到 NCBI数据库的单核苷酸多态性库中。 /snp

NCBI及GeneBank介绍(CHENGWEI)-20130327

NCBI及GeneBank介绍(CHENGWEI)-20130327
点击进入核酸数据库检索界面一限定词检索基因名物种名作者等二特殊标志符检索ay123456af123456等三序列长度检索slen四范围检索限制检索25核苷酸序列数据库基本检索功能一限定词检索基因名物种名作者等二特殊标志符检索1基因信息号gi
NCBI及GenBank数据库的使用
动物科学学院 程伟 2013年3月27日
3. 主要用于已知序列和数据库中的序列比较。
基本的blast程序
blastn页面
向GenBank提CBI热门资源——OMIM
在线人类孟德尔遗传 Online Mendelian Inheritance in Man
综合的、权威的、经常更新的人类基因和遗传表型的概要, 包括所有已知的孟德尔遗传病和超过12,000种基因。
内容提要
1.NCBI的介绍 2.GeneBank及PubMed的介绍 3.检索事例 4.BLAST (Basic Local Alignments Tool) 序列相似性比较工具介绍 5.NCBI热门资源介绍
1.WHAT IS NCBI?
1.1.NCBI主页
1.2.跨库检索功能
Entrez是NCBI网站的一个信息检索系统,GenBank是从 中检索的数据库。
• /unigene/statistics/
NCBI资源十分丰富,要想熟练地在NCBI获得 有用信息,还需要不断地摸索!
谢谢!
2.5 核苷酸序列数据库 ——基本检索功能
(三)序列长度检索([SLEN])
2.5 核苷酸序列数据库 ——基本检索功能
(四)范围检索
1、序列接受号范围检索:
AF114696:AF114714[ACCN]
序列接受号的检索限定词为[ACCN]or[ACCESSION] 2、序列长度范围检索:
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GenBank数据库结构

作用:了解序列数据库的格式,有助于更好地提高数据库 检索的效率和准确性。

DDBJ数据库的内容和格式与GenBank相同,此处不作详细 介绍。

分别介绍EMBL和GenBank的数据库结构
NCBI
GenBank数据库数据注释
(/genbank/ )
NCBI
序列本身
GenBank数据库

序列特征表:包含对序列生物学特征注释如:编码区、转
录单元、重复区域、突变位点或修饰位点等

分类:所有数据记录被划分为如细菌类、病毒类、灵长类 、啮齿类,以及EST数据、基因组测序数据、大规模基因 组序列数据等16类,其中EST数据等又被分成若干文件
NCBI
注释内容
NCBI
D31716 特性表
关键字
CDs are recurring units in polypeptide chains
NCBI
序列本身
D31716
序列本身
NCBI
NCBI
序列结束
4859 bp
NCBI
D31716
NCBI
GenBank数据记录
NCBI
GenBank数据记录
NCBI
字从第三列开始,特性表说明符从第五列开始。


每个字段可占一行,也可以占若干行。
若一行中写不下时,继续行以空格开始
NCBI
GenBank数据库

物种:GenBank 库里的数据按来源于大约100,000个物种, 其中56%是人类的基因组序列(所有序列中的34%是人类的 EST序列)

记录:每条GenBank数据记录包含对序列的简要描述,它 的科学命名,物种分类名称,参考文献,序列特征表,及
哪一部分与文献有关。
FEATURES

FEATURES (特性表):具有特定的格式,用来详细描述序
列特性。

特性表中带有‘/db-xref/’标志的字符可以连接到其它数据
库,如分类数据库(taxon 9606), 以及蛋白质序列数据库
(PID:g181254)。

序列中各部分的位置都在表中标明,5’非编码区,编码区 ,3’非编码区,多聚腺苷酸重复区域等。
有关文件。

索引文件是根据数据库中作者、参考文献等建立的,用于
数据库查询。

GenPept是由GenBank中的核酸序列翻译而得到的蛋白质
序列数据库

NCBI
数据格式为FastA。
GenBank数据库结构

GenBank中最常用的是序列文件。 序列文件的基本单位:是序列条目,包括核苷酸碱基排列 顺序和注释两部分。

序列条目关键字:

• LOCUS (代码), • DEFINITION (说明), • ACCESSION(编号), • NID符(核酸标识), • KEYWORDS (关键词), • SOURCE (数据来源), • REFERENCE (文献), • FEATURES (特性表), • BASE COUNT (碱基组成) • ORIGIN (碱基排列顺序)。 新版的核酸序列数据库将引入新的关键词SV (序列版本号),用“编 号.版本号”表示,并取代关键词NID
NCBI
…… (该序列没有完全列出)
GenBank数据库—数据库格式(1)

FASTA格式:将一个DNA或者蛋白质序列表示为一个带有一些标记 的核苷酸或氨基酸字符串。

大于号(>)表示一个新文件的开始 结束用(//) FASTA格式并没有什么特殊的要求。
NCBI
FASTA格式序列的提交
NCBI
GenBank数据库—数据库格式(1)

FASTA格式特点:
• •

只存储了最少量的信息
• 它将所存储的信息转化为简单的字符串
人和计算机对其存储的信息都具有极大的可读性
FASTA格式在许多分子生物学软件包中得到广泛应用。
NCBI
GenBank数据库—数据库格式(2)

GenBank纯文本文件格式(GenBank flatfile, GBFF): GenBank、EMBL、DDBJ每天都相互同步更新各自的数据 库,它们是怎样交换数据的呢?
GenBank数据库结构

GenBank序列文件由单个的序列条目组成。 序列条目由字段组成,每个字段由关键字起始,后面为该 字段的具体说明。

字段分若干次子字段,以次关键字或特性表说明符开始。
NCBI
每个序列条目以双斜杠“//”作结束标记
GenBank数据库结构

序列条目的格式非常重要,关键字从第一列开始,次关键
NCBI
GBFF文件格式

GBFF是GenBank数据库的基本信息单位,

是最为广泛使用的生物信息学序列格式之一。
NCBI
>LOCUS SCU49845 5028 bp DNA PLN 21-JUN-1999 DEFINITION Saccharomyces cerevisiae TCP1-beta gene, partial cds, and Axl2p (AXL2) and Rev7p (REV7) genes, complete cds. ACCESSION U49845 VERSION U49845.1 GI:1293613 KEYWORDS . SOURCE baker's yeast. ORGANISM Saccharomyces cerevisiae Eukaryota; Fungi; Ascomycota; Hemiascomycetes; Saccharomycetales; Saccharomycetaceae; Saccharomyces. REFERENCE 1 (bases 1 to 5028) AUTHORS Torpey,L.E., Gibbs,P.E., Nelson,J. and Lawrence,C.W. TITLE Cloning and sequence of REV7, a gene whose function is required for DNA damage-induced mutagenesis in Saccharomyces cerevisiae JOURNAL Yeast 10 (11), 1503-1509 (1994) MEDLINE 95176709 REFERENCE 2 (bases 1 to 5028) AUTHORS Roemer,T., Madden,K., Chang,J. and Snyder,M. TITLE Selection of axial growth sites in yeast requires Axl2p, a novel plasma membrane glycoprotein JOURNAL Genes Dev. 10 (7), 777-793 (1996) MEDLINE 96194260 REFERENCE 3 (bases 1 to 5028) AUTHORS Roemer,T. TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (22-FEB-1996) Terry Roemer, Biology, Yale University, New Haven, CT, USA FEATURES Location/Qualifiers source 1..5028 /organism="Saccharomyces cerevisiae" /db_xref="taxon:4932" /chromosome="IX" /map="9" CDS <1..206 /codon_start=3 /product="TCP1-beta" /protein_id="AAA98665.1" /db_xref="GI:1293614" /translation="SSIYNGISTSGLDLNNGTIADMRQLGIVESYKLKRAVVSSASEA AEVLLRVDNIIRARPRTANRQHM" gene 687..3158 /gene="AXL2" CDS 687..3158 /gene="AXL2" /note="plasma membrane glycoprotein" /codon_start=1 /function="required for axial budding pattern of S.cerevisiae" /product="Axl2p" /protein_id="AAA98666.1" /db_xref="GI:1293615" /translation="MTQLQISLLLTATISLLHLVVATPYEAYPIGKQYPPVARVNESF …… (有部分序列未列出) VDFSNKSNVNVGQVKDIHGRIPEML" BASE COUNT 1510 a 1074 c 835 g 1609 t ORIGIN 1 gatcctccat atacaacggt atctccacct caggtttaga tctcaacaac ggaaccattg 61 ccgacatgag acagttaggt atcgtcgaga gttacaagct aaaacgagca gtagtcagct …… (有部分序列未列出) 4921 ttttcagtgt tagattgctc taattctttg agctgttctc tcagctcctc atatttttct 4981 tgccatgact cagattctaa ttttaagcta ttcaatttct ctttgatc //
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