chech cifA B 类错误说明

关于CIF检测中出现的A,B等类错误的说明，共8份----1-3
关于CIF检测中出现的A,B等类错误的说明，共8份-1
一般分为8类，分别为：
# _0xx - general
# _1xx - cell/symmetry
# _2xx - adp-related
# _3xx - intra geometry
# _4xx - inter geometry
# _5xx - coordination geometry
# _6xx - void tests
# _7xx – various test
下面我们分几次把问题的简要说明翻译成献给大家，希望能对您有所帮助！
_201 检测分子结构主体中各向同性的非氢原子，各向同性在通常的精修中并不常用，只是在处理无序是才用到。

_202 检测溶剂分子或阴离子中各向同性的非氢原子
_211 检测主体分子的NPD ADP's 。

检测主体分子中各相异性参数中
负值部分
_212 检测溶剂或阴离子分子的NPD ADP's 。

检测溶剂或阴离子分子中各相异性参数中负值部
_213 主体分子中ADP maximum/minimum 比例检测，较大的值意味着无序没有处理。

_214 溶剂或阴离子中ADP maximum/minimum 比例检测，较大的值意味着无序没有处理。

_220 检测主体结构非氢原子Ueq(max)/Ueq(Min)范围。

对比平常之大的比值发出警报。

太高或太低的值表明原子可能定错(i.e. Br versus Ag)
_221 检测非主体结构非氢原子Ueq(max)/Ueq(Min)范围。

对比平常之大的比值发出警报
_222 检测主体结构氢原子Ueq(max)/Ueq(Min)范围。

对比平常之大的比值发出警报
_223 检测非主体结构氢原子Ueq(max)/Ueq(Min)范围。

对比平常之
大的比值发出警报
_230, _233 : Hirschfield 刚性键检查。

相近化学特征的原子应具有相同程度的各相异性参数，无序或过度精修可能会导致
大小不一。

原子的错误判定也会有这样的结果。

DELREF 技术(e.g.DIFABS, SHELXA, XABS2) 校正的数据通常对含重原子
的键有较大的DELU 值
_241, _242 检测相对于相邻原子过高或过低的U(eq)值。

原子的U(eq) 值会被拿去与所有非氢原子的平均U(eq)去比较，
如果值太大，可能是原子定错了。

_013 : 检测报告与衍射范围和数据的完整度
_020 : 检测R(int)。

R(int)最好小于0.1。

但是基于非常有限数量的平均数据的R(int) 没什么意义
_021 : 检查观测衍射数目/期望数目的比值期待数目对应于劳埃群的不对称单元中的数目。

对于中心对称的结构，期望币值为小于或等于1.0;对于非中心对称结构则小于2。

超过这些数据可能是：对称性消光没有从观测数据中消除或采用过多的数据进行精修
_022 :检测完整度，检测报道的独立衍射点与期望的给定的分辨率
_023 : Check θmax。

检测分辨率。

当sin (θ)/λ <0.6时，发布警告。

_024 : 检测优化的平均Friedel 对。

对于含有比硅轻的原子的MoKa 数据，平均Friedel 对是优先的。

SHELXL97 精修中采用MERG 4。

_025 : 检查h,k,l范围
_026 : 检查弱点，检查2σ以上的独立数据的衍射是否充分
_030 检测精修的消光参数是否有意义，检测它的值是否明显大于相应的s.u。

如果不是，这个参数应从结构模型精修中删除。

目前默认值为3.33 s.u
_032 检测Flack 参数的S.U.
_033 检测Flack参数偏离零的程度，即检查绝对构型的正确性。

_040 检查化合物中碳原子上是否有氢原子
_041 比较报道的与计算的总分子式Compare the Reported and Calculated Sum Formula
_042 比较报道的与计算的残基分子式Compare the reported and Calculated Moiety Formula
_043 比较报道的和计算的分子量Compare Reported and Calculated Molecular Weight
_044 比较报道的和计算的分子量密度
_045 比较报道的和计算的Z值
_046 检测报道的Z, MW, D(calc) 是否一致
_050 检测给出的mu值
_051 测试报道的和计算的mu 的差别。

_052 测试吸收校正方法的条件
_053 测试晶体尺寸最小值xtal_dimension_min的条件
_054 测试晶体尺寸中间值
_055 测试晶体尺寸最大值
_056 检测晶体半径Test for specification xtal_radius
_057 检测必需的吸收校正Test for absorption correction needed _058 检测规定的最大透过率Tmax
_059 检测规定的最小透过率Tmin
_060 RR Test
_061 RR' Test
_062 Rescale Tmin & Tmax
_063 测试晶体尺寸最小的一个尺寸应远大于采用的Xray束。

例外的情况是使用β滤波器和足够大的准直仪。

_064 Test for T(max) .GE. T(min)
_065 检测（半）经验吸收校正的应用情况est for applicability of (semi-)empirical abs.corr.
_070 检测原子标签的重复情况Test for duplicate atom labels
_071 检测是否有无法解释的标签
_080 检测最大的漂移/误差比值maximum shift/error
_081 检测给出的漂移/误差比值Test for maximum shift/error given
_082 检测合理的R1 值
_084 检测合理的R2值
R2 一般是基于F2精修出的R1的两倍
_086, _087 检测合理的S 值
_088 检测合理的Data / parameter 比值(中心对称)
_089检测合理的Data / parameter 比值(非中心对称)
_095 检测给出的最大残余密度
_096 检测给出的最大残余密度
_097检测给出的最大残余密度
_098检测给出的最小残余密度
_099检测给出的小于0的最小残余密度
_410, _413 : 检测分子键或分子内短程的H----H相互作用。

当对称性错误的时候，空间群错误时（偏低或偏高）
按照错误的对称操作衍生出来的原子上的氢原子本应不存在，这是就可能会产生果断的相互作用。

短程分子内
作用可能源于H原子被放错误计算出来的原子上。

也有可能是标志着分子位于不合适的点操作上而造成错的错误
（比如2代替了“-1”），当忽略晶胞转换时常发生。

短相互作用用1.2A 的范德华半径来表示，对分子间弱相互作
用警报发生于距离短于 2.4A。

对分子内来说，警报值发生在小于2.0A。

这种警报对团簇构型很有意义，尤其是
当氢原子按照理想位置参与计算时
_412 & _413报告CH3 H-atoms的相互作用，这些氢最好采用理论计算方法获取。

_416 : 检测分子内D-H .. H-D 作用。

主要与放错位置的无序有关_417 : 检测分子间D-H .. H-D 作用。

主要与放错位置的无序有关
_420 : 检测D-H 没有受体用通常的氢键标准判断，氢键受体必须潜在。

对OH和常见的-NH and -NH2很少有例
外。

通常出现的错误是：A common -OH 上氢键指向有误。

.
_430 : 检测D..A 距离。

通常在D..A距离小于范德华半径之和减去0.2时，会警报。

_431 : 检测Hl...D 距离，检测与卤素有关的分子间的距离
_432 : 检测分子间距离
Alert level A
PLAT031_ALERT_4_A Refined Extinction Parameter within Range ...... 0.00 Sigma
--------------------------------------------------------------------------------A lert level B
PLAT232_ALERT_2_B Hirshfeld Test Diff (M-X) Zn -- O1 .. 21.64 su
PLAT232_ALERT_2_B Hirshfeld Test Diff (M-X) Zn -- O2 .. 12.23 su
后两个B类错误可以在-lst文件中BOND的下一行使用如写命令，然后精修：
ELMU Zn O1 Zn O2
SIMU 0.007 0.001 Zn O1 Zn O2
第一个问题在INS文件中把EXTI这行命令删掉再修就可以了
Alert level B
PLAT230_ALERT_2_B Hirshfeld Test Diff for C4 -- C29 .. 7.42 su
PLAT024_ALERT_4_B Merging of Friedel Pairs is STRONGLY
Indicated . !
第一个错误是由于键长偏差过大造成的。

第二个错误提示精修中加入Merg3或者Merg 4来合并Friedel Paris, 这个你要根据实际情况来确定是否需要进行合并Friedel Paris.
精修时还出现Extinction (EXTI) or solvent water (SW AT) correction may be required
是什么意思？
精修时还出现Extinction (EXTI) or solvent water (SW AT) correction may be required
是什么意思？
就是需要矫正系统消光
在命令部分添加exti命令就可以了！
1._diffrn_measured_fraction_theta_full Low ....... 0.90甚么意思？如何修改？谢谢
数据完整度不够
可以尝试删除高角度数据，看可能达到0.95以上
弱弱地问：什么叫高角度数据？如何确定高角度数据？
就是theta角比较大的数据，也就是分辨率比较高的数据。

这些数据对确定晶体对称性非常关键。

所以一般要求theta角能尽量大些。

但是，实际上，高角度的衍射强度往往很弱，当你晶体不是很好的情况下，很多理论上的衍射点由于信噪比太低实验上不能探测到，
所以造成最后计算的完整度可能偏小。

为了达到发表文章的完整度最小要求0.95，有时候会删去部分高角度数据。

但是也不能删得太厉害，因为分辨率也是有要求的（最最少要达到0.94 Ang）。

两者兼顾，都达标是比较理想的。

用shel命令可删除高角度数据，如：
SHEL 50 0.84
就是删除theta角大于25度，或分辨率小于0.84 Ang的数据。

（在Mo x-ray中，theta 25 度对应的分辨率就是0.84 Ang）
2. 求助B类错误，谢谢！
PLAT242_ALERT_2_B Check Low Ueq as Compared to Neighbors for Cl1
这个如何改???
没有必要处理这类错误，一般的化学杂志是不会介意的。

这是由于C1原子周围的其它原子热因子过大造成的。

3, Alert level A
PLAT213_ALERT_2_A Atom O1 has ADP max/min Ratio ............. 5.80 prola
ins中加口令isor O1
4, PLAT080_ALERT_2_A Maximum Shift/Error ............................ 0.37 修正轮数不够多Maximum Shift/Error 值应该接近于0，至少要在
0.02以下。

5, PLAT220_ALERT_2_A Large Non-Solvent O Ueq(max)/Ueq(min) ...
7.95 Ratio
PLAT222_ALERT_3_A Large Non-Solvent H Ueq(max)/Ueq(min) ...
7.78 Ratio
这二条是指原子有较大的非正定，说明没有修正好可以考虑将这个有较大无序的O进行分比（如占位率0.5：0.5）再修。

如果是衍射数据质量不够好而无法得到好的修正结果，那只有重新采集数据了。

6, PLAT417_ALERT_2_B Short Inter D-H..H-D H6A .. H7B .. 1.53 Ang.
H--H距离太近，如果有极合理的解释或许还能接受。

7, Hirshfeld Test Diff for C1 - C2 .. 7.53 su
ins文件里加入delu 0.02 c1 c2
8 Alert level B
PLAT232_ALERT_2_B Hirshfeld Test Diff (M-X) Mn1 - O1 .. 13.17 su
PLAT232_ALERT_2_B Hirshfeld Test Diff (M-X) Mn1 - N1 .. 11.40 su
ins文件里加delu 0.02 Mn1 O1 N1
PLAT031_ALERT_4_A Refined Extinction Parameter within Range ...... 0.00 Sigma
在.ins中, 除去exti
PLAT223_ALERT_4_A Large Solvent/Anion H Ueq(max)/Ueq(min) ... 7.81 Ratio
个别C的Ueq特别大, 导致相连的H的Ueq特别大。

赵导那些个C,考虑统计分布处理。

PLAT731_ALERT_1_A Bond Calc 0.86(9), Rep 0.851(10) ...... 9.00 su-Ra
O31 -H31A 1.555 1.555
O的H就不要修了，
让H31A跟在O31后，用AFIX 3
同时，删去dfix 0.85 0.01 o31 h31a。