细菌de novo测序

细菌de novo ，是基于高通量测序数据，对细菌基因组进行从头组装的方法。基于组装结果，我们可以预测细菌基因组中所包含的基因，并通过功能数据库

比对获得基因的功能信息。根据不同组装精细程度的需求，我们提供细菌框架图、细菌精细图和细菌完成图三种策略，为您提供全面的细菌de novo解决方案。

技术参数

参考文献

[1] Liu F, Hu Y, Wang Q, et al . Comparative genomic analysis of Mycobacterium tuberculosis clinical isolates [J]. BMC genomics, 2014, 15(1): 469.[2] Salipante S J, Roach D J, Kitzman J O, et al . Large-scale genomic sequencing of extraintestinal pathogenic Escherichia coli strains [J]. Genome research,

2014: gr. 180190.114.

案例解析

［案例一］ 结核分枝杆菌临床分离株的比较基因组学分析[1]

结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis）是引起结核病的病原菌，特别是多重耐药和泛耐药结核分枝杆菌菌株的出现对结核病的防治产生了挑战。本文通过对7 株抗性范围不同的临床菌株进行了全基因组测序，并与其他7 株来源不同的菌株进行了比较。通过对抗性数据库注释发现了39 处耐药相关的变异，包括14 处先前报道过的位点以及25处新的位点，并发现了主要抗原变异来源PE-PPE-PGRS 基因的16 处InDel。通过对SNP、InDel 及CRISPR结构的查找和注释发现，多重耐药菌株和泛耐药菌株间在基因组水平上并没有显著的差异，表明临床结核分枝杆菌的耐药性进化过程是十分复杂而多变的。

［案例二］ 肠外致病性大肠杆菌的大规模基因组测序[2]

大肠杆菌（E. coli）为埃希氏菌属（Escherichia）代表菌。一般多为条件致病菌，统称致病性大肠杆菌，可导致严重腹泻和败血症等。本研究使用了Illumina HiSeq测序平台对312例血液和肠外尿通路的大肠杆菌进行de novo测序，结果表明，转化了已知抗性的细菌会表现抗生素抗药性；来自相同祖先的不同菌株的毒力基因在遗传过程中会全部保留。Core-pan基因分析显示ExPEC大肠杆菌具有很高基因组多样性。系统发生关系分析表明，不同感染区域内的ExPEC大肠杆菌没有明显的系统发育分离现象。

基因岛

重复序列基因预测非编码RNA 基本功能注释

样品要求

文库类型测序策略数据量类型

分析内容

项目周期

细菌框架图

细菌精细图细菌完成图45个自然日

HiSeq PE150

HiSeq PE150PacBio RS II 无

≤30 Scaffolds

1 Scaffold, 0 Gap

30个自然日60个自然日

350bp文库 ≥100X 350bp文库≥100X

6Kbp文库 ≥100X 10 Kb文库 ≥50X

致病性分析共线性分析变异检测Core－pan分析

进化分析

基因组DNA 基因组DNA

基因组DNA

图1 全基因组SNP密度分布

图2 大肠杆菌全基因组进化树