分子生物网络分析(崔颖)复习题25页PPT
分子生物学基础PPT第五章
第二节 蛋白质生物合成的过程
图5-9 真核生物蛋白质合成起始复合体的形成
第二节 蛋白质生物合成的过程
三、肽链的延伸 肽链延伸也可被分为三步： 1．第一步，进位 氨酰-tRNA首先必须与GTP-EF-Tu复合体相结合，形 成氨酰-tRNA-GTP-EF-Tu复合体并与70S中的A位点相结合。 此时，GTP水解并释放GDP-EF-Tu复合体。如图5-11所示。 2．第二步，转肽 转肽是形成肽键的反应，转肽如图5-12所示。该过程 是在延伸因子从核糖体上解离下来的同时进行的。催化这 一过程的酶是存在于核糖体大亚基上的23S tRNA与酶蛋白 称为肽酰转移酶，催化的本质是使一个酯键转变成一个肽 键，由新加入的氨酰-tRNA上氨基酸的氨基对肽酰-tRNA上 酯键的羰基进行亲核反应而成。
第一节 参与蛋白质生物合成的物质
3．tRNA的种类 （1）起始tRNA和延伸tRNA 起始tRNA是指能特异地识别mRNA模板 上起始密码子的tRNA，其他的tRNA统称为延伸tRNA。 （2）同工tRNA 由于一种氨基酸可能有多个密码子，为了识别该 氨基酸就有多个tRNA，即多个tRNA代表一种氨基酸。为此将几个代表 相同氨基酸的tRNA称为同工tRNA。在一个同工tRNA组内，所有tRNA均 专一于相同的氨酰-tRNA合成酶。同工tRNA既要有不同的反密码子以 识别该氨基酸各种同义密码子，又要有某种结构上的共同性，能被 AA-tRNA合成酶识别。所以同工tRNA组内肯定具备了足以区分其他 tRNA组的特异构造，保证合成酶能准确无误地加以选择。 （3）校正tRNA 在蛋白质的结构基因中，一个核苷酸的改变可能 使代表某个氨基酸的密码子变成终止密码子（UAG、UGA、UAA），使 蛋白质的合成提前终止，合成无功能的或无意义的多肽，这种突变称 为无义突变。无义突变的校正tRNA可通过改变反密码子区校正无义突 变。大肠杆菌无义突变的校正tRNA见表5-7。
分子生物复习题及答案
分子生物复习题及答案一、选择题1. 基因的表达过程包括哪两个主要步骤？A. 转录与翻译B. 复制与转录C. 复制与翻译D. 转录与复制答案：A2. 以下哪个是真核生物中DNA聚合酶的主要作用？A. 催化DNA复制B. 催化RNA合成C. 催化蛋白质合成D. 催化DNA修复答案：A3. 以下哪个是mRNA的特点？A. 单链结构B. 双链结构C. 具有帽子结构D. 具有多聚腺苷酸尾答案：A4. 以下哪个是蛋白质合成过程中的翻译因子？A. 核糖体B. tRNAC. rRNAD. 氨基酸答案：B5. 以下哪个是真核生物中RNA干扰现象的主要功能？A. 基因表达调控B. 防御病毒C. DNA复制调控D. 细胞周期调控答案：A二、填空题6. 真核生物的基因表达调控主要发生在_________。
答案：转录水平7. 转录过程中，RNA聚合酶识别并结合到DNA上的特定序列称为_________。
答案：启动子8. 在蛋白质合成过程中，氨基酸通过_________与tRNA结合。
答案：氨酰-tRNA合成酶9. 真核生物的mRNA在出核时会经过5'端加帽和3'端加多聚腺苷酸尾的过程，这个过程称为_________。
答案：后转录修饰10. 基因编辑技术CRISPR-Cas9中，Cas9蛋白的作用是_________。
答案：核酸酶三、简答题11. 简述PCR技术的原理及其应用。
答案：PCR（聚合酶链式反应）技术是一种在体外快速扩增特定DNA片段的方法。
其原理是利用DNA聚合酶在已知引物的引导下，通过反复的变性、退火和延伸步骤，指数级地增加目标DNA的数量。
PCR技术广泛应用于基因克隆、遗传疾病诊断、法医学鉴定等领域。
12. 描述细胞周期中G1期的主要生物学事件。
答案：G1期是细胞周期的第一个生长阶段，细胞在这一阶段进行生物合成和生长，准备进入S期进行DNA复制。
在G1期，细胞合成RNA和蛋白质，进行细胞器的更新和修复，同时细胞会检测DNA损伤，确保在进入S期前DNA是完整无损的。
2019年-分子生物网络分析(崔颖)复习题-PPT精选文档-PPT精选文档
第4章 基因调控网络及其模型
一.名词解释： 1.基因调控网络、2.正向工程、逆向工程、3.布尔网络模型、
4.系统生物学、5.点吸引子，动态吸引子、6.有向图模型 、有向超图模型、7.线性组合模型、8.加权矩阵模型、9. 互信息关联模型、10.基序、11.模块、12.前馈环、13.反 馈环
第4章 基因调控网络及其模型
4.均匀网络；5.无标度网络；6.随机网络；7.鲁棒 性；8.脆弱性；9.设计网络；10.演化网络；11.马 太效应；12.分形几何；13.适应度；14.模块；15. 模体；16.等级网络；17.超家族；18.自相似性；
第2章 网络拓扑基本模型及其性质
二.简答题 1.规则网络的分几种类型？每种类型网络的平均路径长度、
二.简答题： 1.基因调控网络的研究内容是什么? 2.传统遗传学假说? 3.基因调控网络的组成？ 4.基因的表达是可控制及多层次的，主要有哪4个调控层次。 5.从生物网络的观点来看，GRN包括哪6种控制节点，并绘制基因调控网
络控制节点图。 6.基因调控网络的节点包括哪些？ 7.目前常见的基因调控网络包括哪些模型？ 8.生物网络的研究主要分为哪两类，研究内容都是什么？ 9.布尔网络的稳定状态分为哪些，布尔网络模型有哪些优点和缺点？ 10.布尔网络在基因调控网络中的主要应用体现在哪几个方面？ 11.布尔网络模型具有哪4个特点？
一、名词解释：复杂网络、直径、平均路径长度、聚类系数、
介数、紧密度、拓扑系数、度的分布函数、聚类系数的连 通度函数、随机图理论。
二、简答题： 1.哪些生物分子网络通常是无向网络？ 2.如何通过网络拓扑属性分析节点在网络中的作用？ 3.什么是中心（hub)节点？生物分子网络中的中心节点有什
么特点？ 4.网络中的弱连接和强连接都分别有什么作用？ 5.复杂网络的复杂性主要表现在哪几个方面？ 6.什么是度分布，通常有几种度分布函数，请举例说明。
《分子生物学》PPT课件
六、转录和修复
从目前的研究来看，修复发生于转录的整 个过程，如激活、起始和延伸都与修复有 关。在转录激活过程中，主要是AP-1和 NF-KB两种转录因子可能参与转录－偶联 修复。在转录起始过程中转录辅助因子TFII H也是一种修复因子。转录的延伸过程中， 转录的序列修复比非转录的序列更迅速。
七、大肠杆菌的挽回系统
2. 电离辐射引起的DNA损伤
电离辐射对DNA的损伤有直接效应和间接效应两 种途径。前者指辐射对DNA直接沉积能量，并 引起理化改变；后者是指电离辐射在DNA周围 环境的其它成分上沉积能量，而引起DNA分子 的变化。电离辐射的结果可以引起DNA的碱基 损伤、链断裂以及DNA的交联。
三、化学因素引起的DNA损伤
挽回系统〔retrieval system〕也称“复制后 修复〞〔post-replication repair〕因为它 们在复制后起作用，也称为“重组修复〞 〔recombination-repair〕。此系统在处 理复制含有损伤碱基模板后产生的子代二 倍体的缺陷中起作用。
八、SOS系统 许多损伤DNA或抑制大肠杆菌复制的手段引
四、交联修复 链间交联是由多种多样的致癌剂和化疗药物等
引起的。大肠杆菌和哺乳动物细胞内都存在 这种修复机制，但细节还不清楚。
五、双链断裂修复 双链断裂〔DSB〕发生在体细胞重组和转座的
生理条件下，也是电离辐射和氧化应激的主 要损伤形式。依赖DNA的蛋白激酶对哺乳动 物细胞中的双链断裂重接是必需的。
2. 碱基的自发性化学改变
这类损伤包括互变异构、碱基的 脱氨基作用、自发的脱嘌呤和 脱嘧啶、以及细胞代谢产物对 DNA的损伤。例如，腺嘌呤的 互变异构体〔A’〕可以与胞嘧 啶配对，模板链上存在这些异 构体的时候，子代链上就可能
分子生物学ppt复习资料
第一章 绪论 1、分子生物学研究领域共同遵守的三大基本原则： ①构成生物大分子的单体是相同的（共同的核酸语言(Nt) 共同的蛋白质语言(aa)） ②生物遗传信息表达的中心法则相同 ③生物大分子单体的排列（核苷酸、氨基酸） 广义的分子生物学（作业中有） ：泛指对生物大分子的研究，包括:蛋白质、核酸和多糖。
狭义的分子生物学（作业中有） ：则仅指对核酸（包括 DNA 和 RNA）的研究 第二章 遗传物质的分子本质 末端终止法( Sanger and Coulson, 1977), 双脱氧链终止法：引物合成法或酶催引物合成法（其原理是：DNA 链中核苷酸以 3’,5’-磷酸二酯键连接， 合成 DNA 所用的底物是 2’-脱氧核苷三磷酸。
2’,3’ddNTP 与普通 dNTP 不同，它们在脱氧核糖的 3’位置缺少一个羟基。
在 DNA 聚合酶作用下通过三磷酸基团掺入到延伸的 DNA 链中，但 由于没有 3’羟基，不能同后续的 dNTP 形成磷酸二酯键，因此，正在延伸的 DNA 链不能继续延伸。
在 DNA 合成反应 混合物的 4 种普通 dNTP 中加入少量的一种 ddNTP， 链延伸将与偶然发生但却十分特异的链终止竞争， 产物是一系列 的核苷酸链，其长度取决于引物末端到出现过早链终止位置间的距离。
在 4 组独立酶反应中分别采用 4 种不同的 ddNTP，结果将产生 4 组寡核苷酸，它们将分别终止于模板链的 A、C、G 或 T 位置。
）。
1、 DNA polymerase（DNA 聚合酶）的两种特性： （1）. DNA polymerase 能利用单链 DNA 作模板合成准确的 DNA 互补链 （2）. DNA polymerase 能利用 2‘,3’-双脱氧 ddNTP 作底物，将其掺入至寡核苷酸链的 3‘端，从而终止 DNA 链的 生长。
2、DNA 的分子二级结构（作业中有 DNA 超螺旋结构） ： (1)Main 主链：DNA 的密度表明 DNA 分子由两条反向平行（5’→3’）的围绕同一轴心旋转的多核苷酸链组成，脱 氧核糖通过 3’,5’-磷酸二酯键相连形成主链，呈右手双螺旋，处于螺旋的外侧。
分子生物网络分析---期末复习课
2.网络科学(Network Science)： 网络科学是研究利用网络来描述物理、生物
和社会现象，建立这些现象预测模型的科学.
有关原文：
Logically, the notion of network science is straightforward. It is organized knowledge of networks based on their study using the scientific method. This notion is immediately valuable in that it distinguishes science from technology. Throughout human history technology often evolved far earlier than the scientific knowledge on which it is based.
Page 27
随机图→复杂网络
在20世纪的后40年中，随机图理论一直 是研究复杂网络的基本理论。
在此期间，人们也做了试图解释社会网 络的一些实验。
下面介绍的小世界实验。
《分子生物网络分析》(Molecular Biology Network Analysis)
Page 28
1.2.3 小世界实验
Page 3
网络科学是一门新兴科学，研究物理、信息、生物、 认知和社会网络的相互联系。这门科学领域致力于发现主 导财务网络行为的普适性规律，算法和工具。美国科学院 国家研究委员会把网络科学定义为“使用科学方法研究网 络有组织的知识”。
网络科学的子科学包括：动态网络分析，社会网络分析， 复杂网络研究，网络优化、生物网络和图论。
第3章 生物网络特征及分类
Page 32
2.蛋白质组及人类相互作用组的研究迚展
人类基因组计划完成后，许夗科学家认为 下一步工作应该是研究生物系统的蛋白质 组学。
这比研究基因组学复杂得夗。
每个生物体的基因组通常是一个常数，而 每个生物体的各种细胞的蛋白质组却丌是 一个常数。
《分子生物网络分析》(Molecular Biology Network Analysis)
主要内容
3.1引言
3.2生物网络特征简介
3.3生物分子网络模型构建斱法
《分子生物网络分析》(Molecular Biology Network Analysis)
Page 11
収现生物网络幵应用网络图的典型案例
2008年6月27日召开的网络科学国际会议上， 美国宾夕法尼亚州立大学副教授収表题为 “生物网络：収现、分析和建模型”的报 告，介绉了网络科学不系统生物学交叉领 域的三个重大研究诼题。
Page 27
1.基因网络的研究迚展
1999年，全世界首例将基因疗法运用 于人类，引起普遍关注。 2002年，収现这种治疗引収了致命的 白血病。 2003年，収现夗例，暂停基因疗法。
《分子生物网络分析》(Molecular Biology Network Analysis)
Page 28
第一遗传密码：序列-序列
第二遗传密码：序列-构象
第三遗传密码：构象-构象
《分子生物网络分析》(Molecular Biology Network Analysis)
Page 37
3.遗传信息网络的研究迚展
第三密码其要点是核酸不其编码蛋白质在 空间结构上的相关性，“构象决定构象”， 又称“空间密码”。
Page 16
収现生物网络幵应用网络图的典型案例
分子生物课件题目
分子生物课件题目一．名词解释：（每题4分，共24分）1、基因家族2.MRNA选择性剪接3。
RNA干扰技术4。
基因定点突变5。
错义突变6。
转基因技术二．填空题（请将正确答案填在横线上，每空1分，共25分）1.原癌基因可以通过激活机制表达。
获得得启动子、增强子；基因易位；原癌基因扩增；点突变2.基因突变可引起遗传密码的改变。
根据基因突变引起的不同遗传效应，可分为：_____________、_______________、________________、_______________人类基因组遗传标记有____________、_____________、______________。
4、基因是负责编码rna 或________________所必需的全部核酸序列。
它包括________________三部分顺序。
5.基因治疗的基本策略是：_______________________________、____________________、______________________。
6、pcr-sscp分析是一种基于单链dna构象差别的快速、敏感、有效地检测dna___________和_____________方法。
7、 ________________________，对于“自杀基因”分子化疗的发展具有重要意义。
8.基因诊断的主要技术是DNA测序芯片技术。
III单选题（请在括号内填写正确答案，每题1分，共15分）1、原核生物与真核生物基因组比较，以下哪项是原核生物的特点：（）a.基因密度高b.无操纵子结构c.有多基因家族和假基因d.多复制起点2.在真核基因表达调控中，可提高转录速率。
（a）操纵子B.增强器C.消音器D.塔塔博克斯3、基因编码序列中中丢失7个核苷酸产生的突变属于：（）a、错义突变B.移码突变C.无义突变D.融合突变4、适合制备单链dna的载体是：（）a、粘性质粒b.m13噬菌体C.逆转录病毒D.腺病毒5。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
第2章 网络拓扑基本模型及其性质
三.计算题
1.初始网络含有4个节点，一条边，经过9步,构造BA模型，即 m0=4,m=3,t=9.
2.某随机网络含有节点数N=10，P值分别为：0，0.1，0.2，0.4请给出 随机化演示过程。
3.用WS小世界模型构造一个网络，其网络含有10个节点，P=0.25. 4.计算超家族中的子图性质。 5.构造等级网络. 6.盒计数法求维数。 7.盒计数法推广算法求网络分割。 8.重整化网络计算。 四.专业英语
第4章 基因调控网络及其模型
12.请详细介绍有向图模型。 13.连续网络模型评估主要依据哪些标准？ 14.基因调控网络的调控机制有哪些？ 15.顺式调控-顺式作用元件包括哪些，分别是如何定义的？ 16.反式调控-反式作用元件：包括哪些，分别是如何定义的？ 17.目前研究较多的网络模体主要有哪些，请给出相应的图示。 18.大肠杆菌网络中最常出现的基序有三种？ 19.大肠杆菌网络中出现的前馈环可能有几种？哪些是相干的前馈环，哪
第5章 蛋白质相互作用网络
• 三.论述题 1.为揭示蛋白质的进化率和它所在的模体之间的关系，如何
酿酒酵母的蛋白质相互作用网络进行分析。 2..请结合你所了解的蛋白质相互作用网络，讨论如何分析网
络中的模体和模块。
第6章 人类疾病网络
• 简答题： 1.人类疾病都是“基因病”包括哪几个类型。 2.癌症发生的主要机理是什么？ 3.人类癌症病症是如何产生的？
4.均匀网络；5.无标度网络；6.随机网络；7.鲁棒 性；8.脆弱性；9.设计网络；10.演化网络；11.马 太效应；12.分形几何；13.适应度；14.模块；15. 模体；16.等级网络；17.超家族；18.自相似性；
第2章 网络拓扑基本模型及其性质
二.简答题 1.规则网络的分几种类型？每种类型网络的平均路径长度、
第1章 生物分子网络基础
三.计算：
1.计算下图D点的拓扑属性 2.计算网络的拓扑属性。 3.计算图中BD边的介数。 4.计算图中点D的介数。 5.请指出图中的中心节点。 6.给出图的度分布情况。
E
F
D
A C
B
H G
图
第2章 网络拓扑基本模型及其性质
一.名词解释 1.全局耦合网络；2.最近邻耦合网络；3.星形网络；
第3章 生物网络特征及分类
简答题： 1.发现生物网络并应用网络图的典型案例. 2.生物学面临的新挑战是什么？ 3.人类基因组计划为分子网络的发展带来了新的机遇，促进
了哪些网络的快速发展？ 4.分子生物网络的基本络的超小世界性？ 7.生物分子网络大致上分成哪四个层次？ 8.分子生物网络的构建方法有哪几种？
第8章 代谢网络
• 一.名词解释 1.代谢 2.代谢途径 3.代谢网络 4.同化作用、异化作用 5.合成代谢、分解代谢 6.流，交换流，内部流
第8章 代谢网络
二.简答 1.代谢网络包括哪些研究内容？ 2.代谢的一个重要特征是什么？ 3.代谢网络模型的基本元件有哪些？ 4.代谢网络有哪些特性？ 5.三大营养物质代谢途径是什么？ 6.科学家提出了基于网络的代谢路径分析方法有哪些？ 7.代谢网络常用数据库有哪些，各自有什么特点？ 8.概括地说，MN分析主要包括哪 4个步骤？
第4章 基因调控网络及其模型
一.名词解释： 1.基因调控网络、2.正向工程、逆向工程、3.布尔网络模型、
4.系统生物学、5.点吸引子，动态吸引子、6.有向图模型 、有向超图模型、7.线性组合模型、8.加权矩阵模型、9. 互信息关联模型、10.基序、11.模块、12.前馈环、13.反 馈环
第4章 基因调控网络及其模型
第4章 基因调控网络及其模型
• 四.计算题 1.布尔网络模型
第5章 蛋白质相互作用网络
一.名词解释： 1.蛋白质相互作用 2.蛋白质相互作用网络 3.蛋白质组 4.蛋白质组学
第5章 蛋白质相互作用网络
二.简答题： 1.蛋白质有以下几种最基本的生理功能？ 2.蛋白质组学的研究目的、研究内容和意义？ 3.为什么蛋白质之间的相互作用是非常重要的生物学功能。 4.研究PPIN的计算方法中面临着哪些挑战性问题。 5.蛋白质互作检测技术有哪些？ 6.蛋白质互作数据库有哪些？ 7.举例说明蛋白质相互作用网络中的模体和模块及其特点。
些是不相干的前馈环？请给出图示。 20.请给出常用生物网络分析和可视化软件，并介绍其主要功能。 21.基因调控网络常用数据库有哪些，分别是包括哪些物种。 22.请给出基序和模块的区别？
第4章 基因调控网络及其模型
三.论述题 1.从UCSC上获取九个转录因子靶向的启动子，及共有
19,253个基因转录起始位点，上游约8kb，下游约2kb的 序列信息，以及相应的基因靶点数据，包括靶向基因及靶 向位置，请结合以上数据，论述如何构建及分析基因转录 调控网络。
一、名词解释：复杂网络、直径、平均路径长度、聚类系数、
介数、紧密度、拓扑系数、度的分布函数、聚类系数的连 通度函数、随机图理论。
二、简答题： 1.哪些生物分子网络通常是无向网络？ 2.如何通过网络拓扑属性分析节点在网络中的作用？ 3.什么是中心（hub)节点？生物分子网络中的中心节点有什
么特点？ 4.网络中的弱连接和强连接都分别有什么作用？ 5.复杂网络的复杂性主要表现在哪几个方面？ 6.什么是度分布，通常有几种度分布函数，请举例说明。
第8章 代谢网络
• 三.计算题. 请找出下列代谢网络中的ExPa路径。
END
第6章 人类疾病网络
• 论述题：
1.从OMIM数据库获得人类疾病1284个 疾病基因1777个，请结合已有知识分 析讨论如何构建人类疾病网络及如何 进行网络分析。
第7章 信号转导网络
• 一、名词解释： 1.第一信使 2.第二信使 3.信号转导 4.信号转导通路 5.信号转导网络
第7章 信号转导网络
第0章 引言
一、名词解释：网络、网络科学、分子生物网络 二、简答题： 1.网络科学的子学科包括哪些？ 2.美国宾夕法尼亚州立大学教授Albert在报告中介绍了在网络
科学和系统生物学交叉领域的3个重大研究课题是什么？ 3.生物网络主要研究的基本性质？ 4.生物分子网络的分类？
第1章 生物分子网络基础
二.简答题： 1.基因调控网络的研究内容是什么? 2.传统遗传学假说? 3.基因调控网络的组成？ 4.基因的表达是可控制及多层次的，主要有哪4个调控层次。 5.从生物网络的观点来看，GRN包括哪6种控制节点，并绘制基因调控网
络控制节点图。 6.基因调控网络的节点包括哪些？ 7.目前常见的基因调控网络包括哪些模型？ 8.生物网络的研究主要分为哪两类，研究内容都是什么？ 9.布尔网络的稳定状态分为哪些，布尔网络模型有哪些优点和缺点？ 10.布尔网络在基因调控网络中的主要应用体现在哪几个方面？ 11.布尔网络模型具有哪4个特点？
聚类系数，度分布都有哪些特点？ 2.随机网络图具有的性质？随机网络模型的拓扑特点？ 3.典型的小世界网络模型有哪些？并比较它们之间的网络拓
扑属性的异同？ 4.无标度网络的拓扑属性？ 5.比较无标度网络与随机网络模型。 6.Barabási和Albert提出了一个无标度网络模型，现在称为BA
模型考虑到实际网络的两个重要特征。 7.BA无标度网络的构造算法？
第2章 网络拓扑基本模型及其性质
8.BA模型存在两点不明确的缺点是什么？ 9.适应度模型的构造算法？ 10.局域世界演化网络模型的构造算法？ 11.模块迭代方法？ 12.WS小世界模型构造算法？ 13.NW小世界模型构造算法？ 14.如何判断网络子图为模体？ 15.等级网络构造算法 16.自相似性的特点？ 17.什么是盒子计数法？ 18.什么是重整化过程？
• 二、简答
1.简述信号转导过程。 2.至少列举3个常用的信号转导数据库，并说明其特点。 3.建立信号转导通路模型一般分哪几个步骤。 4.常用信号转导网络模型有哪些。 5.信号通路识别方法有哪些？ 6.请指出与脑肿瘤、乳腺癌以及肠癌有关的信号通路。 7.Petri网络模型包括的主要元素有哪些？ 8.信号转导网络有哪些用途？ 9.微分方程等定量分析模型有哪些优点和缺点。 10.请描述什么是概率图模型，又包括哪几个模型。