GenBank数据库检索及其应用

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genbank格式解读

genbank格式解读
GenBank是一个用于存储和分享生物信息数据的数据库，它包含了大量的
DNA序列、蛋白质序列和其他生物学信息。

GenBank格式是一种用于描述这些生
物信息数据的标准格式。

GenBank格式包含了多个部分，每个部分提供了不同的信息。

以下是GenBank
格式的主要部分：
1. LOCUS：这部分包含了序列的名称、长度和描述信息。

它告诉我们序列的
基本属性。

2. DEFINITION：在这部分，我们可以找到对序列的简要描述，包括它的来源、功能和重要性等信息。

3. ACCESSION：这部分提供了序列的唯一标识符，以便于搜索和引用。

4. VERSION：这部分包含了序列的版本号，表示数据的更新和修订历史。

5. FEATURES：这是一个关键部分，描述了序列中的各个功能区域和特征，如
基因、启动子、编码区等。

6. ORIGIN：这部分包含了序列的碱基序列，以及用于排列序列的行号。

通过解读GenBank格式，我们能够获取到序列的基本信息、描述、标识符和功能区域等重要内容。

这对于了解和研究生物信息非常有帮助。

需要注意的是，GenBank格式并不限于DNA和蛋白质序列，它还可以包含其
他类型的生物信息数据，比如RNA序列、基因组装序列等。

因此，掌握GenBank格式的解读方法，对于生物信息学研究人员和生命科学领域的专业人士来说，是非常重要的。

通过准确理解和解读GenBank格式，我们能
够更好地挖掘和利用这些宝贵的生物信息资源，为生物学研究作出贡献。

genbank数据库检索及其应用

PubMed Central等多个数据库。
eUtils
03
提供一系列API接口，用于批量检索和数据分析。
检索方式选择
简单检索
通过关键词或标识符进行检索，结果可能包含多个数据库的数据。
高级检索
通过限定字段、组合关键词等方式进行更精确的检索。
结构化检索
利用特定的查询语言或语法结构进行高级检索。
Genbank数据库检索及其应用
目录
• Genbank数据库简介 • Genbank数据库检索方法 • Genbank数据库在生物信息学中的应用 • Genbank数据库在医学领域的应用 • Genbank数据库的未来发展与挑战 • 总结与展望
01 Genbank数据库简介
数据库概述
Genbank数据库是一个全球性的、不断更新的核酸序列数据库，包含了来自各种生物的基因序列信息。
筛选结果
根据需要筛选出符合条件的记录。
排序结果
根据相关性、日期或其他标准对结果进行排序。
数据导出
将检索结果导出为多种格式（如 FASTA、GenBank、CSV等），便于进一步分析或使用。
数据可视化
利用相关工具将数据以图表等形式呈现，更直观地展示结果。
03 Genbank数据库在生物信息学中的应用
VS
详细描述
通过对Genbank数据库中基因序列的深入研究，科学家可以发现某些基因可能与特定疾病的发生和发展密切相关，这些基因可能成为潜在的药物靶点。通过实验验证这些靶点的功能和作用机制，可以为新药研发提供重要的线索和依据，加速新药的研发进程。
Байду номын сангаас
个性化医疗与精准诊断
总结词

如何在genbank中查找一基因的序列

如何在genbank中查找一基因的序列1、在GeneBank 中查找基因序列只要输入accession号就可以了，下面网址就是一个基因的全部序列信息的例子，/Sitemap/samplerecord.html，在记录的末尾有各种记录的详细说明，如果你没有accession号，可以把你手头的编号用source等信息源转换成accession号，中文教程太古老了，如果你是初学者一定要养成看英文文献的习惯，要是特别想看中文翻译的话，书店里随便一本生物信息学书里都会介绍数据库的，不过有些翻译过来的东西真的很别扭，希望对你有帮助。

2、关于在GeneBank中查找序列我有几点体会：最直接、最简单的方法是手头有基因的accession号；如果没有就需要明确两个重要的内容，即基因名称及物种信息（如果有最好是拉丁全名），基因名称尽可能详细，避免搜出一些不相关的信息；搜索的时候建议先用NCBI的Gene数据库搜索，这样得到的accession号是属于NCBI工作人员重新整理过的Refseq的序列，这样会比较可靠；当然这个要看你的分析目的，如果你是要对该序列进行下游的分子生物学操作or分析，选这种序列我觉得会比较好，如果是要进行多序列的分析or其他目的需要全面分析该序列的，可能需要其他序列做补充，但是我觉得序列越多问题越说不清楚，因为毕竟不是自己的序列，如果Gene数据库里没有收录，那就只有在Nucleotide数据库里找了，但是还是建议采用Refseq的序列，Refseq序列特征如下：Accession prefix Molecule type CommentAC_ Genomic Complete genomic molecule, alternate assemblyNC_ Genomic Complete genomic molecule, reference assemblyNG_ Genomic Incomplete genomic regionNT_ Genomic Contig or scaffold, clone-based or WGSaNW_ Genomic Contig or scaffold, primarily WGSaNS_ Genomic Environmental sequenceNZ_b Genomic Unfinished WGSNM_ mRNANR_ RNAXM_c mRNA Predicted modelXR_c RNA Predicted modelAP_ Protein Annotated on AC_ alternate assemblyNP_ ProteinYP_c ProteinXP_c Protein Predicted modelZP_c Protein Predicted model, annotated on NZ_ genomic recordsa Whole Genome Shotgun sequence data.b An ordered collection of WGS for a genome.c Computed.其他值得考虑的是，对于真核生物最好找注释为全长的mRNA序列，原核生物最好有起始密码子和终止密码子；其他未尽事宜大家补充！3、如何在genbank查找某个细菌的基因序列？你输入这个细菌的名字直接查，一般会有的~~~~~而且一般第一个会是全基因组序列~~~进入ncbi的首页，database选nucleotide，输入你的关键词,如果库里收录里就会有的4、如何查找基因序列？——在Genbank中寻找目的基因的实例（1）根据文献搞reasearch肯定要读文献的，如果你曾经在文献中看到过你感兴趣的基因，而且文中还提到了该基因在Genbank中的ID号，那就好办了，直接打开，在Search后的下拉框中选择Nucleotide，把Genbank ID号输入GO前面的文本框中，点“GO”，就可以找到他了。

GeneBank的使用

GenBank数据库
n 物种：GenBank 库里的数据按来源于大约100,000个物种，其中56%是人类的基因组序列(所有序列中的 34%是人类的EST序列)
n 记录：每条GenBank数据记录包含对序列的简要描述，它的科学命名，物种分类名称，参考文献，序列特征表，及序列本身
GenBank数据库
ACCESSION
n ACCESSION (编号)：具有唯一性和永久性，在文献中引用这个序列时，应该以此编号为准。
KEYWORDS
n KEYWORDS (关键词)字段：由该序列的提交者提供，包括
– 该序列的基因产物 – 其它相关信息
SOURCE
n SOURCE (数据来源)字段：说明该序列是从什么生物体、什么组织得到的
n 序列特征表：包含对序列生物学特征注释如：编码区、转录单元、重复区域、突变位点或修饰位点等
n 分类：所有数据记录被划分为如细菌类、病毒类、灵长类、啮齿类，以及EST数据、基因组测序数据、大规模基因组序列数据等16类，其中EST数据等又被分成若干文件
注释内容
n 序列条目关键字：
– LOCUS (代码), – DEFINITION (说明)， – ACCESSION(编号)， – NID符(核酸标识), – KEYWORDS (关键词)， – SOURCE (数据来源)， – REFERENCE (文献)， – FEATURES (特性表)， – BASE COUNT (碱基组成) – ORIGIN (碱基排列顺序)。
n 次关键字ORGANISM (种属)：指出该生物体的分类学地位
REFERENCE
n REFERENCE(文献)字段：说明该序列中的相关文献，包括

GenBank数据库检索及其应用_Entrez检索功能

查新咨询与文献检索教学G enBank 数据库检索及其应用———Entrez 检索功能李　轶(重庆医科大学图书馆,重庆　400016)摘要:G enBank 数据库是世界上著名的生物信息数据库,包含了目前所有已知的核苷酸序列和蛋白质序列以及与它们相关的文献著作和生物学注释。

详细介绍了它的Entrez 检索功能。

关键词:G enBank ;Entrez ;生物信息学;数据库中图分类号:G 252.7 文献标志码:A 文章编号:1671-3982(2008)05-0049-03G enB ank database retrieval and its application :E ntrez retrieval function LI Yi (Library of Chongqing Medical University ,Chongqing 400016,China )Abstract :G enBank ,a fam ous biological in formation database ,covers all known nucleic and protein sequenc 2es ,as well as the related documents and biological notes.This paper gives a detail introduction of how to use its Entrez retrieval function.K ey Words :G enBank ;Entrez ;bioin formatics ;database收稿日期:2008-01-09作者简介:李　轶(1976-),女,重庆市人,本科,馆员,发表论文2篇。

G enBank 数据库是世界上著名的生物信息数据库,属一级核酸序列数据库。

它包含了目前所有已知的核苷酸序列和蛋白质序列及其相关的文献著作和生物学注释。

genbank简介+

GenBank Overview基本信息∙什么是GenBank？GenBank是一个有来自于70,000多种生物的核苷酸序列的数据库。

每条纪录都有编码区（CDS）特征的注释，还包括氨基酸的翻译。

GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织，包括EMBL和DDBJ。

∙纪录样本- 关于GenBank的各个字段的详细描述，以及同Entrez搜索字段的交叉索引。

∙访问GenBank - 通过Entrez Nucleotides来查询。

用accession number，作者姓名，物种，基因/蛋白名字，还有许多其他的文本术语来查询。

关于Entrez更多的信息请看下文。

用BLAST来在GenBank和其他数据库中进行序列相似搜索。

用E-mail来访问Entrez和BLAST可以通过Query和BLAST服务器。

另外一种选择是可以用FTP下载整个的GenBank和更新数据。

∙增长统计- 参见公布通知的2.2.6（每个分类的统计），2.2.7（每个物种的统计），2.2.8（GenBank增长）小节。

∙公布通知，最新- 最近和即将有的变化，GenBank的分类，数据增长统计，GenBank的引用。

∙公布通知，旧- 同上相同，是过去公布的统计。

∙遗传密码- 15个遗传密码的概要。

用来确保GenBank中纪录的编码序列被正确的翻译。

（向）GenBank提交（数据）∙关于提交序列数据，收到accession number，和对纪录作更新的一般信息。

∙BankIt - 用于一条或者少数条提交的基于WWW的提交工具软件。

（请在提交前用VecScreen去除载体）∙Sequin - 提交软件程序，用于一条或者很多条的提交，长序列，完整基因组，alignments，人群/种系/突变研究的提交。

可以独立使用，或者用基于TCP/IP的“network aware”模式，可以链接到其他NCBI的资源和软件比如Entrez和PowerBLAST。

Genbank使用

GenBank Overview基本信息•什么是GenBank？GenBank是一个有来自于70,000多种生物的核苷酸序列的数据库。

每条纪录都有编码区（CDS）特征的注释，还包括氨基酸的翻译。

GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织，包括EMBL 和DDBJ。

•纪录样本- 关于GenBank的各个字段的详细描述，以及同Entrez搜索字段的交叉索引。

•访问GenBank - 通过Entrez Nucleotides来查询。

用accession number，作者姓名，物种，基因/蛋白名字，还有许多其他的文本术语来查询。

关于Entrez更多的信息请看下文。

用BLAST来在GenBank和其他数据库中进行序列相似搜索。

用E-mail来访问Entrez和BLAST可以通过Query和BLAST服务器。

另外一种选择是可以用FTP下载整个的GenBank和更新数据。

•增长统计- 参见公布通知的2.2.6（每个分类的统计），2.2.7（每个物种的统计），2.2.8（GenBank增长）小节。

•公布通知，最新- 最近和即将有的变化，GenBank的分类，数据增长统计，GenBank的引用。

•公布通知，旧- 同上相同，是过去公布的统计。

•遗传密码- 15个遗传密码的概要。

用来确保GenBank中纪录的编码序列被正确的翻译。

（向）GenBank提交（数据）•关于提交序列数据，收到accession number，和对纪录作更新的一般信息。

• BankIt - 用于一条或者少数条提交的基于WWW的提交工具软件。

（请在提交前用VecScreen去除载体）• Sequin - 提交软件程序，用于一条或者很多条的提交，长序列，完整基因组，alignments，人群/种系/突变研究的提交。

可以独立使用，或者用基于TCP/IP的“network aware”模式，可以链接到其他NCBI的资源和软件比如Entrez和PowerBLAST。

GenBank的检索

NCBI的检索NCBI包括五个部分，第一部分是欢迎进入NCBI，包括NCBI的最新信息、计划与活动、读者来信、服务地址和用户评论等。

第二部分是基因序列数据库(GenBank)，包括基因库概述、检索与投稿。

第三部分是数据库服务，包括免费的PubMed检索、Entrez检索、BLAST序列族性检索、电子邮件服务（详见本章第四节）、匿名FTP服务。

第四部分是NCBI的其它资源。

GenBank的检索在NCBI主页的第二部分点击“Searching GenBank”，即可进入GenBank的检索屏幕。

NCBI•提供了五种检索，即Entrez浏览检索、BLAST序列类似性检索、dbEST检索、dbSTS•检索和文本检索(Text Searching)。

一、Entrez浏览检索1.Entrez检索的数据库及其检索信息Entrez浏览器(Entrez Browser)可以检索以下与NCBI•链接的基因序列数据库的分子生物数据和书目文献资料。

••••(1) GenBank、EMBL、DDBJ中的DNA序列；••••(2) SWISS-PROT、PIR、PRF、PDB中的蛋白质序列以及DNA序列数据库中翻译的蛋白质序列；••••(3) 基因和染色体图像数据；••••(4) PDB以及收入NCBI分子模型数据库(MMDB)的蛋白质三维结构；••••(5) 通过PubMed检索Medline和PreMedline数据库。

••••2.Entrez检索功能••••Entrez提供了以下三种检索功能。

••••(1)自由词检索功能••••用户可以通过文本词、关键词、截词、期刊名或文献的作者检索Entrez数据库。

截词用*号，期刊名必须用Medline刊名缩写，作者姓名必须是姓在前，名在后，用首字母缩写。

••••(2)索引词表(List Terms)检索功能••••索引词表检索是当你键入检索词，Entrez•在你选定的字段中显示从该检索词开始的一个索引词表窗口，这时，你可以选择一个或几个词进行检索，这对单词拼写不准确时非常有用。

genbank名词解释

genbank名词解释
GenBank名词解释：
GenBank是一个公共数据库，用于存储和共享生物学序列信息，包括DNA序列、RNA序列和蛋白质序列等。

它是全球最大的基因序列数据库之一，由美国国
家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information，NCBI）维护
和管理。

GenBank的创建目的是为了促进科学研究和生命科学领域的进展。

它为科学家、研究人员和学术机构提供了一个集中存储和查询生物学序列数据的平台。

科研人员可以通过GenBank找到已经发布的序列数据，从而进行相关研究和分析。

GenBank包含了来自各种生物物种的序列数据，包括人类、动物、植物、微生
物等。

这些序列有时是基因组的完整组成部分，有时是特定基因的片段。

科学家将自己的研究成果上传到GenBank，以便与他人分享和交流。

GenBank中的每个序列都有一个唯一的标识号，称为Accession号，用于确保
数据的唯一性和可追溯性。

这些数据还包括序列的描述信息、来源、相关文献等。

科研人员可以使用关键词、序列特征等方式进行搜索和筛选，以找到他们感兴趣的序列数据。

GenBank的数据是公开的，任何人都可以免费访问和使用。

这使得科学家们能
够更好地共享和利用基因序列数据，推动生命科学研究的进展，并为解决许多生物学问题提供了重要的资源。

总之，GenBank是一个重要的生物信息学工具，为全球科学家提供了一个方便
的平台来存储、共享和查询生物学序列数据。

它的建立和运行有助于推动生物学领域的研究和发展。

genbank序列条目的主要内容

一、GenBank序列条目的概述GenBank是一个公共数据库，收录了全球范围内大量的生物学序列信息。

这些序列包括了DNA序列、RNA序列以及蛋白质序列等。

GenBank数据库的建立旨在为科研人员提供一个信息共享的评台，以便更好地开展生物信息学研究和基因组学研究。

二、GenBank序列条目的结构GenBank序列条目通常由多个部分组成，主要包括以下几个方面的信息：1. LOCUS部分：该部分包括了序列的名称、长度、分子类型以及其他相关的信息。

2. DEFINITION部分：该部分包括了对序列的简要描述。

3. ACCESSION部分：该部分包括了序列的访问编号，用于标识该序列在数据库中的唯一性。

4. VERSION部分：该部分包括了序列的版本信息，用于标识同一序列的不同版本。

5. KEYWORDS部分：该部分包括了序列的关键词信息，便于用户进行检索和分类。

6. SOURCE部分：该部分包括了序列的来源信息，例如该序列来自哪种生物体。

7. ORGANISM部分：该部分包括了序列的生物学分类信息，例如属、种、亚种等信息。

8. REFERENCE部分：该部分包括了与该序列相关的文献引用信息。

9. FEATURES部分：该部分包括了序列的特征信息，例如基因的编码区域、启动子区域等。

10. BASE COUNT部分：该部分包括了序列中各种碱基的数量统计信息。

11. ORIGIN部分：该部分包括了序列的具体碱基序列信息。

三、GenBank序列条目的应用GenBank数据库中的序列信息对于生物学领域的研究具有重要意义。

科研人员可以通过GenBank数据库快速获取到所需的生物学序列信息，从而开展基因功能研究、进化分析、生物信息学分析等工作。

GenBank数据库也为生物学领域的大数据分析提供了重要的数据支持，有利于推动生物学研究的发展。

四、GenBank序列条目的质量保证为了确保GenBank数据库中的序列信息的准确性和可靠性，数据库管理人员会对提交的序列信息进行严格的筛选和审核。

如何在genbank中查找一基因的序列

如何在genbank中查找一基因的序列如何在genbank中查找一基因的序列1、在GeneBank 中查找基因序列只要输入accession号就可以了，下面网址就是一个基因的全部序列信息的例子，，在记录的末尾有各种记录的详细说明，如果你没有accession号，可以把你手头的编号用source 等信息源转换成accession号，中文教程太古老了，如果你是初学者一定要养成看英文文献的习惯，要是特别想看中文翻译的话，书店里随便一本生物信息学书里都会介绍数据库的，不过有些翻译过来的东西真的很别扭，希望对你有帮助。

2、关于在GeneBank中查找序列我有几点体会：最直接、最简单的方法是手头有基因的accession号；如果没有就需要明确两个重要的内容，即基因名称及物种信息（如果有最好是拉丁全名），基因名称尽可能详细，避免搜出一些不相关的信息；搜索的时候建议先用NCBI的Gene数据库搜索，这样得到的accession号是属于NCBI工作人员重新整理过的Refseq的序列，这样会比较可靠；当然这个要看你的分析目的，如果你是要对该序列进行下游的分子生物学操作or分析，选这种序列我觉得会比较好，如果是要进行多序列的分析or其他目的需要全面分析该序列的，可能需要其他序列做补充，但是我觉得序列越多问题越说不清楚，因为毕竟不是自己的序列，如果Gene数据库里没有收录，那就只有在Nucleotide数据库里找了，但是还是建议采用Refseq的序列，Refseq序列特征如下：Accession prefix Molecule type CommentAC_ Genomic Complete genomic molecule, alternate assemblyNC_ Genomic Complete genomic molecule, reference assemblyNG_ Genomic Incomplete genomic regionNT_ Genomic Contig or scaffold, clone-based or WGSaNW_ Genomic Contig or scaffold, primarily WGSaNS_ Genomic Environmental sequenceNZ_b Genomic Unfinished WGSNM_ mRNANR_ RNAXM_c mRNA Predicted modelXR_c RNA Predicted modelAP_ Protein Annotated on AC_ alternate assemblyNP_ ProteinYP_c ProteinXP_c Protein Predicted modelZP_c Protein Predicted model, annotated on NZ_ genomic recordsa Whole Genome Shotgun sequence data.b An ordered collection of WGS for a genome.c Computed.其他值得考虑的是，对于真核生物最好找注释为全长的mRNA序列，原核生物最好有起始密码子和终止密码子；其他未尽事宜大家补充！3、如何在genbank查找某个细菌的基因序列你输入这个细菌的名字直接查，一般会有的~~~~~而且一般第一个会是全基因组序列~~~进入ncbi的首页，database选nucleotide，输入你的关键词,如果库里收录里就会有的4、如何查找基因序列——在Genbank中寻找目的基因的实例（1）根据文献搞reasearch肯定要读文献的，如果你曾经在文献中看到过你感兴趣的基因，而且文中还提到了该基因在Genbank中的ID号，那就好办了，直接打开，在Search后的下拉框中选择Nucleotide，把Genbank ID 号输入GO前面的文本框中，点“GO”，就可以找到他了。

genbank使用方法 -回复

genbank使用方法-回复使用GenBank的步骤及方法GenBank是一个公共的DNA和RNA序列数据库，由美国国立生物技术信息中心（NCBI）维护和管理。

它为全球科研人员提供了一个共享和访问遗传信息的平台。

在本文中，我们将一步一步介绍如何使用GenBank数据库。

第一步：访问GenBank网站首先，在您的网页浏览器中输入"第二步：注册GenBank账号如果您还没有GenBank账号，您需要先注册一个账号。

点击网页右上方的"Sign In"按钮，然后选择"Register for an NCBI account"。

填写所需信息并创建一个新账号。

第三步：搜索DNA或RNA序列一旦您登录了GenBank账号，您可以使用搜索栏输入想要获得的DNA 或RNA序列的名称、关键词或序列标识符。

点击"Search"按钮开始搜索。

第四步：浏览搜索结果GenBank将根据您的搜索条件提供一系列匹配的结果。

您可以根据文章标题、序列长度、申请人等标准查看和筛选搜索结果。

点击每个搜索结果可以查看更多详细信息，如序列特征、注释和相关文章等。

第五步：下载序列数据一旦您找到了您想要的序列，您可以下载相关的序列数据。

在搜索结果页面上，您可以看到一个"Send to:"栏，里面有多个选项供您选择，包括"File"、"Text"和"Clipboard"。

选择您喜欢的选项，并点击相关按钮下载序列数据。

第六步：分析序列数据下载的序列数据可以用于各种生物信息学分析，如序列比对、蛋白质结构预测和基因功能注释等。

您可以使用各种生物信息学软件来执行这些分析，并根据您的研究目的进行解释和研究。

第七步：提交序列数据如果您有新的DNA或RNA序列数据，并希望将其存储在GenBank数据库中供他人使用，您可以将其提交给GenBank。

genbank数据库检索

EMBL数据库
01
数据来源
EMBL数据库主要来源于欧洲分子生物学实验室（EMBL），提供高质量的DNA序列数据。
数据特点
02
03
检索方式
EMBL数据库的数据质量较高，但相对较小，主要服务于欧洲的科研机构。
提供多种检索方式，如关键词、序列ID等，支持高级检索功能。
DDBJ数据库
数据来源
DDBJ数据库主要来源于日本，提供大量的DNA序列数据。
总结词
高级检索功能提供了更灵活的检索方式，支持多字段、多条件的组合检索。
详细描述
高级检索允许用户根据多个字段进行筛选，如物种、基因类型、基因组位置等，并支持逻辑运算符（AND、OR、NOT）进行组合。高级检索功能可以帮助用户更精确地定位目标序列记录，提高检索效率。
04
GenBank数据库与其他数据库的比较
序列相似性检索
总结词
通过序列相似性检索可以找到与已知序列相似的其他序列，适用于未知基因名称和功能的情况。
详细描述
用户可以将已知序列输入到相似性检索中，GenBank数据库将返回与输入序列相似度较高的相关序列记录。相似性检索基于序列比对算法，可以帮助用户发现潜在的同源基
因和相关物种中的基因。
高级检索功能
准确性和可靠性。
04
检索功能强大
GenBank数据库提供多种检索方式，支持高级检索功能，方便用
户快速找到所需数据。
05
GenBank数据库的应用
基因组学研究
基因组测序
GenBank数据库包含了大量基因组序列数据，为基因组测序提供了重要的参考信息。
基因定位与注释
通过比对和分析GenBank中的基因序列，可以对新测序的基因组进行定位和注释，揭示基因的功能和表达。

GeneBank数据库使用

GenBank数据库
序列特征表：包含对序列生物学特征注释如：编码区、转录单元、重复区域、突变位点或修饰位点等
分类：所有数据记录被划分为如细菌类、病毒类、灵长类、啮齿类，以及EST数据、基因组测序数据、大规模基因组序列数据等16 类，其中EST数据等又被分成若干文件
注释内容
序列条目关键字：
GATCCTCCATATACAACGGTATCTCCACCTCAGGTTTAGATCTCAACAACGGAACCATTGC CGACATGAGACAGTTAGGTATCGTCGAGAGTTACAAGCTAAAACGAGCAGTAGTCAGCTC TGCATCTGAAGCCGCTGAAGTTCTACTAAGGGTGGATAACATCATCCGTGCAAGACCAAGA ACCGCCAATAGACAACATATGTAACATATTTAGGATATACCTCGAAAATAATAAACCGCCA CACTGTCATTATTATAATTAGAAACAGAACGCAAAAATTATCCACTATATAATTCAAAGAC GCGAAAAAAAAAGAACAACGCGTCATAGAACTTTTGGCAATTCGCGTCACAAATAAATTT TGGCAACTTATGTTTCCTCTTCGAGCAGTACTCGAGCCCTGTCTCAAGAATGTAATAATACC CATCGTAGGTATGGTTAAAGATAGCATCTCCACAACCTCAAAGCTCCTTGCCGAGAGTCGC CCT
GenBank数据库结构
作用：了解序列数据库的格式，有助于更好地提高数据库检索的效率和准确性。
DDBJ数据库的内容和格式与GenBank相同，此处不作详细介绍。
分别介绍EMBL和GenBank的数据库结构

GenBank数据库检索及其应用——Entrez检索功能 - 重庆医科大学

（3）完整的基因组或染色体（NC_*）:
e.g.:NC_000907 （4）基因组的局部区域（NG_*）:
e.g.:NG_000019
（5）从人类基因组注释、加工得到的序列模型（XM，XP，or XR_*）： e.g.:XM_000483
特殊标志符的格式（核酸序列）：
4 、 PDB序列接受号：１个阿拉伯数字＋３个字母
检索史管理（History）
简介
检索界面基本检索功能
特征栏辅助检索
限制检索（Limits）
预检索/索引检索（Preview/Index）
检索史管理（History）剪贴板管理（Clipboard）
简介
检索界面基本检索功能
特征栏辅助检索
限制检索（Limits）
预检索/索引检索（Preview/Index）
检索史管理（History）剪贴板管理（Clipboard）详细匹配过程（Details）
“penicillin-binding”
“mycobacterium tuberculosis”
penicillin-binding AND “mycobacterium tuberculosis”[ORGN]
特征栏辅助检索
限制检索（Limits）
预检索/索引检索（Preview/Index）
检索史管理（History）剪贴板管理（Clipboard）详细匹配过程（Details）
预检索/索引检索
详细匹配过程Βιβλιοθήκη 限制检索检索史管理
剪贴板管理
简介
检索界面基本检索功能
特征栏辅助检索
限制检索（Limits）
简介检索界面
1、基本检索界面

GenBank数据库简介

基因酷系列电子书欢迎登陆基因酷FTP专区下载GenBank数据库简介基本信息：1.GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织，包括EMBL和DDBJ。

是NIH遗传序列数据库，一个所有可以公开获得的DNA序列的注释过的收集。

GenBank同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。

唯一人类基因序列集合（UniGene），人类基因组基因图谱，分类学浏览器，同国立癌症研究所合作的癌症基因组剖析计划（CGAP）等数据库。

GenBank以指数形式增长，核酸碱基数目大概每14个月就翻一个倍。

2.纪录样本 - 关于GenBank的各个字段的详细描述，以及同Entrez搜索字段的交叉索引。

3.访问GenBank - 通过Entrez Nucleotides来查询。

用accession number，作者姓名，物种，基因/蛋白名字，还有许多其他的文本术语来查询。

关于Entrez更多的信息请看下文。

用BLAST来在GenBank和其他数据库中进行序列相似搜索。

用E-mail来访问Entrez和BLAST可以通过Query和BLAST服务器。

另外一种选择是可以用FTP下载整个的GenBank和更新数据。

4.增长统计 - 参见公布通知的2.2.6（每个分类的统计），2.2.7（每个物种的统计），2.2.8（GenBank增长）小节。

5.公布通知，最新 - 最近和即将有的变化，GenBank的分类，数据增长统计，GenBank的引用。

6.公布通知，旧 - 同上相同，是过去公布的统计。

7.遗传密码 - 15个遗传密码的概要。

用来确保GenBank中纪录的编码序列被正确的翻译。

向GenBank提交数据：1.关于提交序列数据，收到accession number，和对纪录作更新的一般信息。

2.BankIt - 用于一条或者少数条提交的基于WWW的提交工具软件。

（请在提交前用VecScreen去除载体）3.Sequin - 提交软件程序，用于一条或者很多条的提交，长序列，完整基因组，alignments，人群/种系/突变研究的提交。

NCBI及GeneBank介绍(CHENGWEI)-XXXX0327

GenBank is the NIH genetic sequence database, an annotated collection of all publicly available DNA
sGeeqnueBnacneks.是Ge美nB国an国k 立is 卫par生t o研f 究the院I维nte护rna的tio基nal 因N序uc列leo数tid据e 库Se，qu汇en集ce并D注ata释ba了se所C有oll公abo开ra的tio核n , 酸w序hi列ch。comprises the DNA DataBank of Japan 生以(LtGh物D及aerbeDn技oe欧BBroaa术rJ洲tgon)ar,k信y分n由it(zh息E子a美etMi中o生B国EnsL心u物国)er,xo建学acp立nhe立da实a卫nGng，验ee生nMd与B室a研ota日anl核究eok本cna苷u院atDlNda酸N下arCAil数B属数yBIbi.据国据oaTslhio库立库seg.sye 一起，都是国际核苷酸序列数据库集团的成员。
2.5 核苷酸序列数据库 ——基本检索功能
（三）序列长度检索（[SLEN]）
2.5 核苷酸序列数据库 ——基本检索功能
（四）范围检索
1、序列接受号范围检索：
AF114696:AF114714[ACCN]
序列接受号的检索限定词为[ACCN]or[ACCESSION] 2、序列长度范围检索：
OMIM强调表型和基因型关系。每天更新，词目包含大量的其他遗传资源。
/omim/
5.NCBI热门资源——ESTs
Expressed sequence tag
• ESTs表达序列标签，是一些短的（300~500bp）、单次（测序）阅读的cDNA序列。它们代表了特定组织或发育阶段表达的基因。也包括来自于差异显示和RACE实验的 cDNA序列。