系统进化树的制作
合集下载
相关主题
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
外群 此为树根
源自文库
此为MP法原始的树
此为MP法经过Bootstrap计 算的树 并选择左边图标Place Root on Branch选择外群
树上的数字代表自展支持率，支持 率越高就代表属于这一支的可能性 越高，图上属于同一支的即代表在 进化上相对较近。
外群 此为树根
对比NJ法和MP法做出来的树， NJ法的自展支持率相对较高，且 两树中个别序列的位置也不同。
此为原始的树
此为经过Bootstrap计算的树 并选择左边图标Place Root on Branch 选择NC 006081为外群
树上的数字代表自展支持率，支持率 越高就代表属于这一支的可能性越高， 图上属于同一支的即代表在进化上相 对较近。
外群 此为树根，即所有 物种最近共同祖先
选择最大简约法（MP法）构建系统发育树
设置Bootstrap值为100
此为原始的树
此为经过Bootstrap计算的树 并选择左边图标Place Root on Branch选择NC 006081 作为外群
树上的数字代表自展支持率，支持率 越高就代表属于这一支的可能性越高， 图上属于同一支的即代表在进化上相 对较近。
外群
此为树根
对比NJ法和MP法做出来的树， NJ法的自展支持率相对较高，且 两树中个别序列的位置也不同。
打开ClustalX
进行完全比对
由于后面无法用aln格式转化的meg格式打开， 所以此改用fasta格式保存并命名为cob2
选择此项可打开比对过的文件
选择邻接法（NJ法）构建系统发育树
设置Bootstrap值为100 设置Gap处理为两两删除
设置模型为Kimura-2-Parameter
以同样的方法制作 cox1序列的系统发育树 结果如下
此为NJ法的原始树
此为NJ法经过Bootstrap计 算的树 并选择左边图标Place Root on Branch选择NC 006081 作为外群
树上的数字代表自展支持率，支持 率越高就代表属于这一支的可能性 越高，图上属于同一支的即代表在 进化上相对较近。