VASP5.3.5并行版详细安装教程
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vasp5.3.5安装教程
制作者:甄江苏(湘潭大学材料科学与工程学院)1.安装Intel编译器:
。。。。。。。。
然后添加环境变量,在/etc/profile文件中最下面插入:
source /opt/intel/composer_xe_2015.2.164/bin/ifortvars.sh intel64
source /opt/intel/composer_xe_2015.2.164/mkl/bin/mklvars.sh intel64
然后在终端执行:
[root]# source /etc/profile
这里提供的安装包会把其他的Intel的组件包括并行编译器也安装上,但是后面不用它的mpirun这个命令,而是用mpich的mpirun命令,所以进入/opt/intel/composer_xe_2015.2.164/文件夹,把文件夹mpirt改名,让它的路径失效,比如改成mpirt11111。
此外,安装完后后,最好把licence文件放到安装目录里,Intel编译器指定的license 存放目录之一是/opt/intel/composer_xe_2015.2.164/license/这个文件夹,这个文件夹要自己新建,然后把license文件拷贝进去即可,不然的话,对于共享此软件的其他节点来说,会找不到license。
然后进入/opt/intel/composer_xe_2015.2.164/mkl/interfaces/fftw3xf/文件夹,执行:[root]# make libintel64
将会生成一个名为libfftw3xf_intel.a的静态库文件,用于后面vasp的链接。
2.安装openmpi:(openmpi总是出问题,无法多节点并行,原因不明,所以建
议用后面的mpich)
进入openmpi解压目录,执行:
[root]# ./configure --prefix=/opt/openmpi CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort
[root]# make all install
然后添加环境变量,在/etc/profile中添加:
export PATH=$PATH:/opt/openmpi/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/openmpi/lib
export MANPATH=$MANPATH:/opt/openmpi/share/man
然后在终端执行:
[root]# source /etc/profile
3.安装mpich3:
将mpich3压缩包解压,然后进入,执行:
[root]# ./configure --prefix=/opt/mpich3 --enable-fortran=all --enable-cxx
F77=ifort FC=ifort FCFLAGS="-O2 -xHost"FFLAGS="-O2 -xHost"\
CC=icc CXX=icpc CFLAGS="-O2 –xHost" CXXFLAGS="-O2 -xHost"\ --enable-threads=multiple --enable-fast=all --enable-mpit-pvars=all [root]# make -j 8
[root]# make install
然后添加环境变量:
export PATH=$PATH:/opt/mpich3/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/ mpich3/lib
然后在终端执行:
[root]# source /etc/profile
注意,安装完并行库(不论是openmpi还是mpich)后,都要设置一下:
在/etc/目录中新建一个名为mpd.conf的文本文件,在里面填写上:
MPD_SECRETWORD=mr45-j9z
然后保存退出,给这个文件加上权限:
[root]# chmod 600 /etc/mpd.conf
4.安装vasp(包含NEB)
将vasp的两个压缩包放到一个文件夹中(比如命名为V ASP_Install),并将这两个压缩包解压,会得到名为vasp.5.3和vasp.5.lib两个目录,然后进入vasp.5.lib文件夹中,找到名为makefile.linux_ifc_P4的文件,打开修改:
将“FC=ifc”改为“FC=ifort”,然后保存退出,并在终端执行:
[root]# make -f makefile.linux_ifc_P4
这将会生成一个名为libdmy.a的文件
然后编译vasp主文件
首先进入网站:/vtsttools/download.html
下载两个VTST相关的压缩包(下图显示的两个)
然后解压
或者直接在终端执行:
svn co /svn/vtsttools
这将会直接将这两个文件的解压版本和另外一个doc文件夹下载到linux本地的vtsttools文件夹下
然后将vtstcode目录中的所有文件拷贝到vasp.5.3目录中,如果有覆盖情况,则选择覆盖
修改vasp.5.3目录中的main.F文件,定位到文件中“CHAIN_FORCE”这行,在“LATT_CUR%A”前面加上“TSIF, ”如图所示:
然后保存退出。
然后将vasp.5.3目录中的makefile.linux_ifc_P4文件重命名为makefile,并修改内容:
这个文件的上半部分是串行的配置,下半部分是并行的配置(但上半部分某些配置是全局的),我们主要修改下半部分,上半部分有小改动(行号可能和你们的不一样,但是大概就在那个位置):
将62, 64, 79和98行用“#”注释掉:
在108行后面加上“-heap-arrays 64”,而123行的OFLAG后面可以修改可以不修改,就是优化用的。