胚胎发育相关基因stk40的蛋白表达和生物信息学分析

论著

胚胎发育相关基因stk40的蛋白表达和生物信息学分析

崔骥 张军强 陈洁 朱丹丹 郭锡熔 童国庆

摘要 目的 检测胚胎发育相关基因stk40的表达,并对其进行生物信息学分析。方法 取小鼠早期各发育阶段的胚胎样本,用Western blot 方法检测stk40的蛋白表达。用生物信息学软件或数据库分析预测stk40基因及其编码蛋白的基因结构、染色体定位、蛋白质理化性质、二级结构、疏水性/亲水性及结构域。结果 证实stk40蛋白在小鼠8细胞发育阻滞胚胎中的表达显著低于发育正常的早期胚胎。生物信息学分析显示,stk40基因mR NA 全长3877bp,开放阅读框长1350bp,编码449个氨基酸,相对分子质量50563 9;定位于染色体4D2 2区域,含13个外显子和12个内含子。蛋白结构域分析提示,stk40基因编码蛋白存在一ST Y K c 结构域,可能与细胞有机体的发生有关。结论 st k40基因编码蛋白的成功检测及生物信息学分析为进一步研究该基因奠定了基础。

关键词 胚胎发育;stk40基因

中图分类号 Q132 文献标识码 A 文章编号 0253 3685(2011)05 0500 03Protein expression and bioinformatics analysis of stk40gene related to embryo development CU I Ji ,ZHANG Junqiang ,CHEN Jie ,et al.Fo rth Schoo l of Clinica l Medicine ,Nanjing Medical U niversity ,Nanjing 210004,CHI NA

Abstract Objective T o detcet the pro tein ex pr essio n of stk40and analyze the bio info rmat ics of embry o development r elated g ene.Methods W estern blo t w as perfo rmed to detcet the protein ex pression of stk40in the ear ly developmental embr yo s of mo use.A n initial bioinfo rmatics ana lysis was perfor med o n its gene str ucture,g eno me lo ca lizatio n,the physical and chemical characterist ics of its coding pro tein,secondar y str ucture,hydrophobicity /hydr ophilicity,st ructur al domain and so on.Results I t was demonstrated that the prot ein ex pression o f stk40w as low er in t he development arr ested 8 cell embryo s than that in t he no rmal ones.Bio informat ics analysis sho wed that stk40g ene was a 3877bp mRN A,containing 1350nucleotides o f an o pen r eading fr ame predicting 449amino acids with a molecular mass o f 50563.9.NCBI M ap View er ana lysis rev ea led that the stk40gene w as located on chromo so me 4D2 2and w as composed o f 13exo ns and 12intro ns.T he stk40had a ST Y K c do main related to emerg ence of cellular o rganisms.Conclusion T he detcetion and analysis of stk40gene may pro vide foundatio n and no vel info rmation for the furt her st udy.

Key words Embryo dev elo pment;stk40Gene

[Jia ngsu M ed J ,Ma rch 2011,37(5):500 502.]

基金项目:江苏省自然科学基金项目(BK2009047);南京医科大学科技发展基金重点项目(07NM U Z026);南京市卫生局项目(ZKX08006)

作者单位:210004 南京医科大学第四临床医学院(崔骥、朱丹丹);南京医科大学附属南京妇幼保健院(张军强、陈洁、郭锡熔、童国庆)

责任作者:童国庆 E mail:tongguoqing@

发育阻滞现象是哺乳动物早期胚胎在体外培养过程中表现出的重要特征之一。大约有不到50%的胚胎在体外受精后可以发育到囊胚阶段[1],而这些发育到囊胚阶段的胚胎在移植入子宫后大部分不能继续种植发育

[2]

。胚胎发育过程与多种因素有

关,包括氧自由基的损害[3]和培养液成分的平衡等外界因素,胚胎自身的基因调控等内在因素[4],而胚胎自身基因调控的研究近年来备受关注。迄今,有关早期胚胎发育调控的关键转录因子已有一些报道,如Oct4、So x2和Nanog 可共同组成调控网络,调控胚胎的早期发育[5]

。然而,目前发现的基因不能完全诠释胚胎发育阻滞的机制,因此,继续寻找与发现新的、调控早期胚胎发育的关键转录因子,并对其调控机制进行研究仍十分必要。本研究试图从小鼠早期胚胎中检测出该基因的蛋白表达,并对该基因进行生物信息学分析,为其功能研究提供有用的线索和依据。