生物化学核酸化学

二、DNA的三级结构
细胞中，由于DNA与其 他分子的相互作用，使 双螺旋进一步扭曲和折 叠形成的构象 超螺旋是DNA三级结构 的主要形式，有正超螺 旋和负超螺旋之分； 天然环状DNA一般都以 负超螺旋构象存在； 负超螺旋 正超螺旋
第四节
一、结构特点
RNA的结构与功能
1. 碱基组成 A、G、C、U （A＝U/G≡C） 稀有碱 基较多，稳定性较差，易水解 2. 多为单链结构，可发生分子自身回旋，互补碱基区 形成局部螺旋结构，不能配对碱基区形成突环； 3. 分子较小(相对于DNA而言) 4. 分类 mRNA tRNA rRNA 其他具特殊功能的RNA 少数RNA病毒
室温条件下，DNA在碱中变性，但不水解，RNA水解；
核酸分子在缓冲液中带有电荷，可利用电泳进行分离；
二、核酸的紫外吸收特性


嘌呤碱和嘧啶碱具有共轭双 键体系，核酸（包括碱基、 核苷、核苷酸）具有独特的 紫外线吸收（240－290nm强 吸收）光谱，一般在260nm 左右有最大吸收峰 以A260/A280进行定性、定量 DNA的减色效应 DNA和RNA溶液中加入溴乙锭 （EB），在紫外光下发出红 橙色荧光；



4.分子杂交
DNA单链与在某些区域有互补序列的异源DNA单链 或RNA链形成双螺旋结构的过程。这样形成的新 分子称为杂交DNA分子。 核酸的杂交在分子生物学和遗传学的研究中具有 重要意义。

Southern 印迹法（Southern bolting） Northern 印迹法（Northern bolting） Western 印迹法（Western bolting ）



三、核酸的生物学功能
DNA是主要的遗传物质，是遗传信息的载体、负责遗 传信息的储存与发布，并通过复制将遗传信息传给子代。
RNA功能的多样性：
1、参与蛋白质的生物合成 2、RNA的转录后加工与修饰 3、参与基因表达与细胞功能的调节 4、生物催化作用 5、遗传信息的加工与进化
第二节 核酸的结构
第一节 核酸概述

核酸与蛋白质是最重要的生物大分 子。核酸有两类：脱氧核糖核酸 （ deoxyribonucleic acid, DNA ）和核糖 核酸（ribonucleic acid, RNA）。 核酸是现代生物化学、分子生物学的 重要研究领域，是基因工程操作的核心分 子。

一、核酸的研究发现史
3. 核酸的复性

变性核酸的互补链在适当的条件下，重新缔合成为双 螺旋结构的过程称为复性。
DNA复性后，一系列性质将得到恢复，但是生物活性一 般只能得到部分的恢复，具有减色效应。 将热变性的DNA骤然冷却至低温时，DNA不可能复性。 变性的DNA缓慢冷却时可复性，因此又称为“退火”。 复性影响因素 片段浓度/片段大小/片段复杂性（重复序列数目）/ 溶液离子强度
2.0 nm
1
、由两条方向相反的DNA单链沿同 一中心轴，平行盘绕形成的右手螺旋， 螺旋表面有大沟和小沟之分； ；
2、碱基位于螺旋内侧，碱基平面与纵
轴垂直，磷酸和脱氧核糖基位于螺旋外 侧；糖环平面与中轴平行。
3、螺旋直径为2
小 沟
nm，每条链相邻两个 碱基平面之间的距离为0.34 nm；每10个 核苷酸形成一个螺旋，螺矩为3.4 nm。
三、核酸的变性、复性与分子杂交
1. 变性


稳定核酸双螺旋次级键断裂，空间结构破坏，变成单链 结构的过程。核酸的的一级结构(碱基顺序)保持不变。 变性表征 生物活性部分丧失、粘度下降、浮力密度升高、紫外吸 收增加（增色效应） 变性因素 pH（>11.3或<5.0） 变性剂（脲、甲酰胺、甲醛） 低离子强度 加热
二、tRNA
• 三叶草形二级结构模型； • 碱基配对构成双螺旋区叫臂，
不配对部分叫环，tRNA一般 具四臂四环结构； 氨基酸臂 二氢尿嘧啶环 反密码环 额外环 TψC环（假尿嘧啶环） • 碱基组成中含有较多的稀有核 苷酸；
倒L形的三级结构
tRNA的三级结构
tRNA的功能：
●转运氨基酸
●识别密码子
4、严格遵守碱基互补原则：
A-T，之间形成两个氢键； G-C，之间形成三个氢键； A＝T，G＝C，且A+G=C+T;
大 沟
DNA双螺旋构象的多态性
除B型结构外，还有： A型结构 碱基平面倾斜20º ，螺旋变粗变 短，螺距2～3nm。 Z型结构 左手螺旋，只有小沟
稳定双螺旋结构的力
①碱基堆积力形成疏水环境（主要因素） 。 ②碱基配对的氢键。GC含量越多，越稳定。 ③磷酸基上的负电荷与介质中的阳离子或组蛋白的正离子 之间形成离子键，减少双链间的静电斥力 ④碱基处于双螺旋内部的疏水环境中，可免受水溶性活性 小分子的攻击。
鸟嘌呤核苷
Adenosine
Guanosine
Cytidine
Uridine
稀有核苷：
5
假尿嘧啶核苷（ψ） 二氢尿嘧啶核苷 等；
OH
源自文库
四、核苷酸（nucleotide）
核苷酸：核苷中的戊糖羟基被磷酸酯化 核苷+磷酸 HOCH OH 戊糖+碱基+磷酸 O
2
HOCH2 H H
O H
OH H
H H
H H
OH OH D- 核 糖
DNA的碱基顺序本身就是遗传 信息存储的分子形式。生物界 物种的多样性即寓于DNA分子 中四种核苷酸千变万化的不同 排列组合之中。
二、DNA的二级结构
DNA的双螺旋模型

1953年，J. Watson和 F. Crick 在前人研究 工作的基础上，提出 了著名的 DNA 双螺旋 结构模型。
DNA双螺旋结构模型要点
二、核酸的种类和分布
核酸按其所含糖的不同分为两大类： 脱氧核糖核酸 Deoxyribonucleic Acid （DNA） 核糖核酸 Ribonucleic Acid（RNA）
真核细胞 98％细胞核内（染色体中） 线粒体 核外 叶绿体 拟核
DNA 原核细胞 病毒：
核外：质粒（plasmid） DNA病毒
2. 热变性和Tm


DNA的变性过程是突变性的，它在很窄的温度区间内完成。 通常将紫外吸收达最大量（完全变性）一半（双螺旋结构失 去一半）时的温度称熔点或熔解温度，用Tm表示。 一般DNA的Tm值在70-85C之间。DNA的Tm值与分子中的G 和C的含量有关。 G和C的含量高，Tm值高。测定Tm值，可反映DNA分子中G, C含量，可通过经验公式计算：（G+C)%=(Tm-69.3)X2.44
核酸由核苷酸组成，核苷酸又由碱基、戊糖与磷酸组成；
核 酸（nucleic acid)
核苷酸(nucleotide)
磷酸 (phosphoric acid) 核苷(nucleoside) 戊糖 (pentose)
元素组成： C H O N
碱基 (base)
P
一、戊糖
组成核酸的戊糖有两种。DNA所含的糖为 βD-2-脱氧核糖；RNA所含的糖则为β-D-核糖。
第五节
一、一般的理化性质

核酸的性质
两性解离 / 一般呈酸性（在中性溶液中带负电荷）， DNA的pI为4～4.5，RNA的pI为2～2.5。 于水，不溶于有机溶剂；能被乙醇或异丙醇沉淀。
提纯的DNA为白色纤维状固体，RNA为白色粉末，微溶 DNA分子由于直径小而长度大，溶液粘度高；RNA分子
粘度较小；核酸变性后粘度降低。
● 参与tRNA与mRNA的结合
大肠杆菌5SrRNA的结构
四、mRNA

是蛋白质合成的模板，占细胞总RNA的3％～5％； 真核细胞mRNA的结构有明显特征，3‘-末端有一段长 达200个核苷酸左右的聚腺苷酸(polyA)，称为 “尾结 构” ，5’ -末端有一个甲基化的鸟苷酸，称为“帽 结构” 。
NH2
N H
N
N H
N
A
G
2. 嘧啶碱
5
4 1
3
嘧啶
6
2
胞嘧啶 cytosine
NH2 N
尿嘧啶 uracil
O
胸腺嘧啶 thymine
O NH
NH
N H
O
N H
O
N H
O
C
U
T
胞嘧啶为两类核酸所共有，胸腺嘧啶只存在于DNA中， 尿嘧啶只存在于RNA中；
核酸中也存在一些不常见的稀有碱基。稀有碱 基的种类很多，大部分是上述碱基的甲基化产物。
HOCH2 H H OH O H H OH H OH H OH HOCH2 H O H H OH
D- 核 糖
D-2- 脱 氧 核 糖
Ribose
Deoxyribose
二、碱基
8
7 9
5 4
6
1
1. 嘌呤碱
腺嘌呤Adenine
NH2 N
2 3
嘌呤
鸟嘌呤guanine
O
N
N NH
两类核酸中 的嘌呤碱基 完全相同；
●参与翻译起始
●参与DNA的反转录
●参与基因表达调控
三、rRNA
占RNA总量的80％，是构成核糖体的骨架；
原核生物 核糖体 30s 70s rRNA 16s 5s 、23s 80s 核糖体 40s 真核生物 rRNA 18s 5s、5.8s、28s
50s
50s
rRNA的功能：
● 组成核糖体 ● 催化肽键合成

本


章
小
结



核酸是遗传物质载体的证明和研究历史 核酸的化学结构：戊糖、碱基（A、T、G、C、U）， 核苷、核苷酸及其衍生物的结构特点（原子编号） DNA的结构：一级结构（核酸序列及其表示）、二 级结构（ Watson －Crick双螺旋模型、Z－DNA）、 结构维持的化学键 RNA结构与功能：碱基组成特点、RNA的种类结构及 功能 核酸的性质：酸碱性、变性与复性、分子杂交
多聚核苷酸的表示方式
T
OH OH OH
U
OH OH
OH 5’
3’
5’ RNA
3’
DNA
5′PdAPdCPdGPdTOH 3′ 或5′ACGTGCGT 3′ ACGTGCGT
5′PAPCPGPUOH ′ 5′ACGUAUGU 3′ ACGUAUGU
第三节 DNA的结构
一、DNA的一级结构 脱氧核苷酸的排列顺序； 可用碱基排列顺序表示 连接键： 磷酸与戊糖顺序相连形 成主链骨架 碱基形成侧链 多核苷酸链的方向性；
1868年，F. Miescher从细胞核中分离 得到一种富含磷的酸性物质，即现在被称 为脱氧核糖核蛋白的物质。
1889年，Altman等从酵母和动物的细 胞核中制备了不含蛋白质的核酸，首次使 用“核酸”一词命名。
1944年，Avery的肺炎双球菌转化实验：
or and
揭示了核酸的生物学功能；
可分离
甲基鸟苷5’，5’-三磷
尾结构：
● 转录后由poly(A)聚合酶催化加尾 ● PolyA是mRNA由核进入胞质所必需的形式。 ● polyA与mRNA半寿期有关， PolyA大大提高mRNA在胞 质中的稳定性。
帽结构：
●由甲基化酶催化形成； ●可抵抗5’核酸外切酶降解mRNA； ● 可为核糖体提供识别位点，使mRNA很快与核糖体结合， 促进蛋白质合成起始复合物的形成；
OH H D-2- 脱 氧 核 糖
H H
五、核苷酸衍生物

1. 继续磷酸化
NH2 N O O P O
-
N N N H H
O O P O
-
O O P O
-
OCH2 H H
O
OH OH AMP 三磷酸腺苷 (AT P) ADP
ATP
2.环化磷酸化
3‘，5’-环腺苷酸 （ cAMP）
3‘，5’-环鸟苷酸 （ cGMP）
三、核苷（nucleoside）
核苷： 戊糖+碱基 糖与碱基之间的C-N键，称为C-N糖苷键，核酸分子 中为β －糖苷键。
5’ 4’ 3’ 2’ 1’
5’ 4’ 3’ 2’ 1’
(OH)
(OH)
为与碱基分子中的原子标号相区别，糖的碳原子编 号加上 ’ 。
常见核苷：
NH2 N N HOCH2 H H OH O H H OH 腺嘌呤核苷 N N N H2N N N HOCH2 O H H H OH H OH OH N HO HOCH2 H H OH O H H OH 胞嘧啶核苷 H OH N N HO HOCH2 H O H H OH 尿嘧啶核苷 NH2 N N OH
RNA主要存在于细胞质中，少量存在于细胞核中；

转移RNA（transfer RNA, tRNA） 占细胞总RNA的10～15％ ; 核糖体RNA （ ribosome RNA, rRNA） 占细胞总RNA的80％ ; 信使RNA （messenger RNA, mRNA） 占细胞总RNA的5％ ; 其它具特殊功能的RNA; RNA病毒; 植物病毒基因组大多是RNA
3. 肌苷酸及鸟苷酸(强力味精)
IMP
GMP
4. 辅酶
NAD、NADP、FMN
六、多聚核苷酸（核酸）

多聚核苷酸是通过一个核苷酸的C3’-OH 与另一分子核苷 酸的5’-磷酸基形成3’,5’-磷酸二酯键相连而成的链状聚 合物。
5’
3’ 5’
3’
5′-磷酸端（常用5’-P表示）；3′-羟基端（常用3’-OH表 示） 多聚核苷酸链具有方向性，当表示一个多聚核苷酸链时，必须 注明它的方向是5′→3′或是3′→5′。