系统发育树构建(MEGA4的使用步骤)
系统发育树构建步骤
如何建树step 1. 将16S rDNA序列在NCBI上进行BLAST比对(/BLAST/) BLAST是目前常用的数据库搜索程序，它是Basic Local Alignment Search Tool的缩写，意为“基本局部相似性比对搜索工具”(Altschul et al.,1990 [62];1997[63])。
国际著名生物信息中心都提供基于Web的BLAST服务器。
BLAST算法的基本思路是首先找出检测序列和目标序列之间相似性程度最高的片段，并作为内核向两端延伸，以找出尽可能长的相似序列片段。
首先登录到提供BLAST服务的常用网站，比如国内的CBI、美国的NCBI、欧洲的EBI和日本的DDBJ。
这些网站提供的BLAST服务在界面上差不多，但所用的程序有所差异。
它们都有一个大的文本框，用于粘贴需要搜索的序列。
把序列以FASTA格式(即第一行为说明行，以“>”符号开始，后面是序列的名称、说明等，其中“>”是必需的，名称及说明等可以是任意形式，换行之后是序列)粘贴到那个大的文本框，选择合适的BLAST程序和数据库，就可以开始搜索了。
如果是DNA序列，一般选择BLASTN搜索DNA数据库。
这里以NCBI为例。
登录NCBI主页-点击BLAST-点击Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn)-在Search文本框中粘贴检测序列-点击BLAST!-点击Format-得到result of BLAST。
BLASTN结果如何分析(参数意义)：例如：>gi|28171832|gb|AY155203.1| Nocardia sp. ATCC 49872 16S ribosomal RNA gene, complete sequenceScore = 2020 bits (1019), Expect = 0.0Identities = 1382/1497 (92%), Gaps = 8/1497 (0%)Strand = Plus / PlusQuery: 1 gacgaacgctggcggcgtgcttaacacatgcaagtcgagcggaaaggccctttcgggggt 60|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||Sbjct: 1 gacgaacgctggcggcgtgcttaacacatgcaagtcgagcggtaaggcccttc--ggggt 58Query: 61 actcgagcggcgaacgggtgagtaacacgtgggtaacctgccttcagctctgggataagc 120|| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||Sbjct: 59 acacgagcggcgaacgggtgagtaacacgtgggtgatctgcctcgtactctgggataagc 118其中，Score指的是提交的序列和搜索出的序列之间的分值，越高说明越相似。
Mega的使用以及进化树的绘制
1.MEGA构建系统进化树的步骤2.CLUSTALX进行序列比对1.MEGA构建系统进化树的步骤1. 将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件，注意：所有序列的方向都要保持一致( 5’-3’)。
如图：2. 打开MEGA软件，选择"Alignment" - "Alignment Explorer/CLUSTAL"，在对话框中选择Retrieve sequences from a file, 然后点OK，找到准备好的序列文件并打开，如图：。
3. 在打开的窗口中选择”Alignment”-“Align by ClustalX” 进行对齐，对齐过程需要一段时间，对齐完成后，最好将序列两端切齐，选择两端不齐的部分，单击右键，选择delete即可，如图：。
4. 关闭当前窗口，关闭的时候会提示两次否保存，第一次无所谓，保存不保存都可以，第二次一定要保存，保存的文件格式是.meg。
根据提示输入Title，然后会出现一个对话框询问是否是Protein-coding nucleotide sequence data, 根据情况选择Yes或No。
最后出现一个对话框询问是否打开，选择Yes，如图：。
5. 回到MEGA主窗口，在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” -“Neighbor-joining”，打开一个窗口，里面有很多参数可以设置，如何设置这些参数请参考详细的MEGA说明书，不会设置就暂且使用默认值，不要修改，点击下面的Compute按钮，系统进化树就画出来了，如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“Minimun-evolution”,如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“Maximun-parsimony”,如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“UPGMA”，如图：6. 最后，使用TreeExplorer窗口中提供的一些功能可以对生成的系统进化树进行调整和美化。
MEGA 软件——系统发育树构建方法
• 双击图标
，
• 下载下来的序列片段保存文件为FASTA格式，打开方式为TXT格式。 • 将Blast对比后所Download的序列筛选后，构建系统发育进化树。 • 构建系统发育树需要测序所得序列1个，Blast对比得出序列5-10个， 构建出的为单枝系统发育进化树。通过这个对比可以确定出所测 定的序列最相似物种，当相似度为99%甚至100%时，基本可以确 定所测定的基因序列所属物种。
ME待测PCR产物送测序后，一个星期左右会得到生物 公司发的邮件，里面包含测序结果的附件，下载后得到文件压缩 包 ，将文件包解压，可以看到文件夹里有文件
• 测序公司会提供一款解读软件Chromas，免安装类型，能够直接 打开测序结果并通过软件直接进入NCBI数据库进行Blast搜索。
• 可培养真菌可以选定对比物种种属后构建大型系统发育进化树， 不可培养真菌则可直接构建系统发育进化树。
• 双击
后打开MEGA软件
分子系统发育树构建的简易方法
分子系统发育树构建的简易方法
分子系统发育树的构建是根据分子序列的差异来推断不同物种之间的进化关系。
下面是一个简易的分子系统发育树构建方法：
1. 选择目标基因序列：选择与所研究物种相关的基因序列（如核糖体RNA或蛋白质编码基因）作为目标序列。
2. 数据收集：收集各个相关物种的目标基因序列数据。
可以通过公共数据库（如NCBI）或研究文献中的已有数据进行获取。
3. 序列比对：使用序列比对软件将收集到的序列进行比对，找出相同和不同的碱基或氨基酸位置。
常用的比对软件有CLUSTALW和MAFFT。
4. 构建进化树：根据序列比对结果，使用进化树构建软件（如MEGA）进行系统发育树的构建。
常用的进化树构建方法包括最大简约法（UPGMA）和最大似然法（ML）。
5. 进化树评估：对构建的系统发育树进行评估，可以使用Bootstrap方法进行支持值分析，提高树的可靠性。
6. 结果解读：根据构建的系统发育树，可以解读不同物种之间的进化关系和群体间的分化程度。
需要注意的是，分子系统发育树是基于目标基因序列的进化关系推断，仅仅代表目标基因的进化历史，并不一定能完全反映
整个物种的进化历史。
因此，在研究中还需要综合考虑其他重要因素，如形态特征和生态行为等。
Mega构建进化树的方法
Open a saved alignment session：使用它可以打开一 个已经比对好的序列文件；
Retieve a sequence from a file ：这种情况同第一种情
况相似。
3
选择选项1，弹出下面对话框
4
• 根据情况选择“yes”或“no”
5
从”Data”菜单中读取序列文件,如6 选择保存的fasta格式的序列文件,如7
MEGA构建进化树的方法
MEGA简介
Molecular Evolutionary Genetics Analysis Functions
• conducting automatic and manual sequence alignment • inferring phylogenetic trees • mining web-based databases • estimating rates of molecular evolution • testing evolutionary hypotheses.
9
10
在窗口10中点击“Phylogeny”下拉菜单
11
然后选择Bootstrap Test of Phylogeny。最大简 约法 Maximum Parsimony；邻接法 Neighbor Joining；最小进化法 Minimum Evolution。
三种方法中选择Neighbor Joining，出现窗口12
12
在12窗口设置好各种参数，然后，点击“Compute”进 行运算，构建进化树
结果如窗口13所示：在实际运行得到拓扑图之后， 上面有两个选项，点击 Original tree，可以选择查 看计算所得到的所有结构树。
进化树分析软件MEGA的用法
将clustal 排好的序列转成MEGA 格式
MEGA4.0.1
eDataDistanceEPhylogenyPatternSelectionAlignmentWindowsHelp
We 20:45:42
2.打开MEGA 格式的文件，点PHYLOGENY 要建BOOTSTRA 脸验的树，如下图。
有四种建树方法，NJ,MP,ME,andUPGMA。
后面以NJ 为例。
DataFile
Got 。
the 、正GA 橇，ebpa3 Tutorial&nHowto 匚第ME tickni3toacika*adaiafi
3。
点击NJ后如下图。
点击绿色方格可以改变BOOTSTRA呻重复的次数（＞100）, GAP是pairwise还是completedeletion（一般选PAIRWISE）,适合你数据的替换
模型（有MODELTEST可以检验）。
（一定要根据自己的数据来设这些值）
4。
一切就绪后，点击COMPUTE结果如下，红圈中的数字就是bootstrap值，一般大于70%的枝认为比较有意义.
5。
如果有外类群，你可以直接点击你的外类群，得到有根树
网M4:Tre&Explcrer(C:\Use
FileImageSubtreeVie
口昌电配e t
AOriginaltreeIBootstrapc
RootonBranch
6。
基本过程就是这样，MEGA还有其他一些功能，希望大家继续补充。
mega4使用说明
MEGA的使用产生背景及简介随着不同物种基因组测序的快速发展，产生了大量的DNA序列信息，这时就需要一种简便而快速的统计分析工具来对这些数据进行有效的分析，以提取其中包含的大量信息。
MEGA就是基于这种需求开发的。
MEGA 软件的目的就是提供一个以进化的角度从DNA和蛋白序列中提取有用的信息的工具，并且，此软件可以免费下载使用。
现在我们使用的是MEGA4的版本。
它主要集中于进化分析获得的综合的序列信息。
使用它我们可以编辑序列数据、序列比对、构建系统发育树、推测物种间的进化距离等。
此软件的输出结果资源管理器允许用户浏览、编辑、打印输入所得到的结果而且所得到的结果具有不同形式的可视化效果。
此外，该软件还能够得出不同序列间的距离矩阵，这是他不同与其他分析软件的地方。
在计算矩阵方面有一些自己的特点：1.推测序列或者物种间的进化距离2.根据MCL(Maximum Composite Likeliood method)的方法构建系统发育树3.考虑到了不同碱基替换的不同的比率，考虑到了碱基转换和颠换的差别。
4.随时可以使用标注：所以的结果输入都可以使用标注，而且标注的内容可以被保存，复制。
具体使用我们以分析20个物种的血红蛋白为例来具体说明此软件的具体使用情况。
一．启动程序1.运行环境：在Windows 95/98, NT, ME, 2000, XP, vista等操作系统下均可使用。
2.下载安装：可以直接登陆进行下载安装，另外还可以从/tools/phylogeny.php中的链接进去。
3.双击桌面快捷方式图标，进入主界面；或者从开始菜单，单击图标启动。
二．序列分析。
1.启动单击后，会出现如下界面：这里有三个选项，分别对应三种不同的情况：以下分别予以介绍：Create a new alignment ：是在你没有任何比对的时候使用，比如你只有一个fasta格式的序列就可以选择这个选项。
Open a saved alignment session：使用它可以打开一个我们已经比对好的序列文件；Retieve a sequence from a file ：这种情况同第一种情况相似，只是不用选择是DNA 还是蛋白质序列比对，选择的也是fasta格式的文件，打开后的界面都是一样的。
MEGA 系列软件系统发育树构建方法
MEGA软件——系统发育树构建方法1)序列文本构树之前先将每个样品的序列都保存在同一个txt文本文件中，序列只包含序列字母（ATCG或氨基酸简写字母）。
文件名名称可以已经您的想法随意编辑（不能有中文）。
保存为fasta格式2)右键点击fasta文件，打开方式，mega3、全选，点击alignment，algin by culstx（按钮W），OK4、关闭此窗口，点击Yes保存5、再次点击Yes保存，6、点击cancel取消7、选择是否为编码蛋白质的核酸序列8、选择是否用mega打开文件9、点击YES，激活mega，此时mega的菜单栏与刚开始打开的菜单栏有区别。
10、系统发育树构建原理不讲了，此处以构建NJ树为例。
点击工具栏上的phylogeny，construct phylogeny，neighbor joining (NJ).出现如下界面(注意几个绿颜色的小方块)：点击第一个小绿方块，选择，小绿方块会变成四个点的省略号，再点击出现如下页面：选择Bootstrap，后面的replication改为1000，点击对勾。
然后点击第三个小绿方块，这个时候对于蛋白质序列以及DNA序列，两者模型的选择是不同的。
对于蛋白质的序列，多选择Poisson Correction (泊松修正)这一模型。
而对于核酸序列，多选择Kimura 2-parameter (Kimura-2参数) 模型。
所有设置完毕之后，点击compute，雏形的树就出来了：可以对此树做出一些修改，比如线条粗细，树的形状等等，此处自己多试试。
6)树的修饰建好树之后，往往需要对树做一些美化。
这个工作完全可以在word中完成，达到发表文章的要求。
点击image，copy to clipboard。
新建一个word文档，选择粘贴。
见下图：在图上点击右键，就可以对文字的字体大小，倾斜等做出修饰。
见下图：PDF，见下图：将打印出来的PDF保存在桌面上，打开，如下图：此时，点击工具，高级编辑工具，裁剪工具，如下图所示：选择需要的区域以删除周围的空白区，双击发育树，会出现下图：点击确定，出现下图(把空边切掉了)：点击文件，另存为，在保存类型一栏中选择TIFF格式，点击确定后会生成下面这个图片，所生成图片绝对可以满足文章的发表：OK，结束了，自己玩一把吧。
怎样使用MEGA建立进化树
怎样使用MEGAt 立进化树如何使用MEGA4.0#立进化树 1、首先是双击软件打开如下图所示|M| ijaKMr3 valj 141 Mrhr ArgrwricQt iVvta“qplii ：护 忏冲 i 二客H - I 号筍需.廿星"LIF M ■ H 、-| II ■ DKi -Mjrsrze: H r« r-r r ^c>az^ LCS2、现在是处于DNA序列，而我们要做蛋白质的进化树的话，就如下操作M4. Aligmr>&nl Explof頁H L lQnmt*Ftji Editm e祁3、接下来我们要进行序列的输入，点击左边那个红箭头，贝U出现下面的窗口刚M4： Alfgnment Explorer匚;日屯EJrt S«ar di Aflgmnenl Wfrb $e<)□ d| D ◎日「蹇輻酋1 41象Protein S^quer匚弊1|主曲色"匕色丄4、然后右击sequenee 1,修改名字，如改成DPVFrotejn Sequence?5、然后从Word里复制蛋白质序列，然后在下面的位置粘贴G 辱CopfPTCtfiT X CU,書 f sterna6则可出现如下图的序列了□ QCW1C3 iRWfl Wq^ri[ V^i>n irequ^Ki 幷册枷・1話皿讥曲佰i"—喇・ct Mgeirc 惟■ sy7、然后点击窗口上的保存图标保存 8、重复从3开始，直到你的序列输入完9、序列输入元后进行最后的保存，方法如下垂邑trit 5|讨之斗和"1 of op«r * dow亠 P TOUMT 1 <io-jrr<n接下来打开册b M 罗哥 H*lpi t X t tt b要输入ul7两次保存名字一然后关闭这个窗口出现下面这个窗口■■■MM Jfc接下来就可以建立各种样式的进化树〜乜 MdngHie-r jein^ IMJL* &? Wrigym 佔抽杓也山-« UW3ML ■> ■小h,鼻 陆01申*貝Trfl 和 Hi^Tgrn^ ，HnNkk T ivn HnM "d i-Oi^4*cflArs R 协 FriWrt '^l^diCNHE軒I 匚 fkrti tiiitanr-ri : hy A 护产就 匸沁”-嗯，只是把过程写出来，方便大家建立进化树，不足的地方，大家补充好〜。
MEGA4的中文使用说明
MEGA4的中文使用说明Posted on 10 六月 2009 ，阅读 568产生背景及简介随着不同物种基因组测序的快速发展，产生了大量的DNA 序列信息，这时就需要一种简便而快速的统计分析工具来对这些数据进行有效的分析，以提取其中包含的大量信息。
MEGA 就是基于这种需求开发的。
MEGA 软件的目的就是提供一个以进化的角度从DNA 和蛋白序列中提取有用的信息的工具，并且，此软件可以免费下载使用。
现在我们使用的是 MEGA4 的版本。
它主要集中于进化分析获得的综合的序列信息。
使用它我们可以编辑序列数据、序列比对、构建系统发育树、推测物种间的进化距离等。
此软件的输出结果资源管理器允许用户浏览、编辑、打印输入所得到的结果而且所得到的结果具有不同形式的可视化效果。
此外，该软件还能够得出不同序列间的距离矩阵，这是他不同与其他分析软件的地方。
在计算矩阵方面有一些自己的特点：1. 推测序列或者物种间的进化距离2. 根据MCL(Maximum Composite Likeliood method)的方法构建系统发育树3. 考虑到了不同碱基替换的不同的比率，考虑到了碱基转换和颠换的差别。
4. 随时可以使用标注：所以的结果输入都可以使用标注，而且标注的内容可以被保存，复制。
具体使用我们以分析 20 个物种的血红蛋白为例来具体说明此软件的具体使用情况。
启动程序1. 运行环境：在Windows 95/98, NT, ME, 2000, XP, vista 等操作系统下均可使用。
2. 下载安装：可以直接登陆 进行下载安装，另外还可以从/tools/phylogeny.php 中的链接进去。
3. 双击桌面快捷方式图标，进入主界面；或者从开始菜单，单击图标启动。
序列分析1.启动单击后，会出现如下界面：这里有三个选项，分别对应三种不同的情况：以下分别予以介绍：Create a new alignment ：是在你没有任何比对的时候使用，比如你只有一个fasta 格式的序列就可以选择这个选项。
MEGA4的中文使用说明
MEGA4的中文使用说明产生背景及简介随着不同物种基因组测序的快速发展，产生了大量的DNA 序列信息，这时就需要一种简便而快速的统计分析工具来对这些数据进行有效的分析，以提取其中包含的大量信息。
MEGA 就是基于这种需求开发的。
MEGA 软件的目的就是提供一个以进化的角度从DNA 和蛋白序列中提取有用的信息的工具，并且，此软件可以免费下载使用。
现在我们使用的是 MEGA4 的版本。
它主要集中于进化分析获得的综合的序列信息。
使用它我们可以编辑序列数据、序列比对、构建系统发育树、推测物种间的进化距离等。
此软件的输出结果资源管理器允许用户浏览、编辑、打印输入所得到的结果而且所得到的结果具有不同形式的可视化效果。
此外，该软件还能够得出不同序列间的距离矩阵，这是他不同与其他分析软件的地方。
在计算矩阵方面有一些自己的特点：1. 推测序列或者物种间的进化距离2. 根据MCL(Maximum Composite Likeliood method)的方法构建系统发育树3. 考虑到了不同碱基替换的不同的比率，考虑到了碱基转换和颠换的差别。
4. 随时可以使用标注：所以的结果输入都可以使用标注，而且标注的内容可以被保存，复制。
具体使用我们以分析 20 个物种的血红蛋白为例来具体说明此软件的具体使用情况。
启动程序1. 运行环境：在Windows 95/98, NT, ME, 2000, XP, vista 等操作系统下均可使用。
2. 下载安装：可以直接登陆 进行下载安装，另外还可以从/tools/phylogeny.php 中的链接进去。
3. 双击桌面快捷方式图标， 进入主界面；或者从开始菜单，单击图标启动。
序列分析1.启动单击后，会出现如下界面：这里有三个选项，分别对应三种不同的情况：以下分别予以介绍：Create a new alignment ：是在你没有任何比对的时候使用，比如你只有一个fasta 格式的序列就可以选择这个选项。
mega_4.0中文说明
随着不同物种基因组测序的快速发展，产生了大量的DNA 序列信息，这时就需要一种简便而快速的统计分析工具来对这些数据进行有效的分析，以提取其中包含的大量信息。
MEGA 就是基于这种需求开发的。
MEGA 软件的目的就是提供一个以进化的角度从DNA 和蛋白序列中提取有用的信息的工具，并且，此软件可以免费下载使用。
现在我们使用的是 MEGA4 的版本。
它主要集中于进化分析获得的综合的序列信息。
使用它我们可以编辑序列数据、序列比对、构建系统发育树、推测物种间的进化距离等。
此软件的输出结果资源管理器允许用户浏览、编辑、打印输入所得到的结果而且所得到的结果具有不同形式的可视化效果。
此外，该软件还能够得出不同序列间的距离矩阵，这是他不同与其他分析软件的地方。
在计算矩阵方面有一些自己的特点1. 推测序列或者物种间的进化距离2. 根据MCL(Maximum Composite Likeliood method)的方法构建系统发育树3. 考虑到了不同碱基替换的不同的比率，考虑到了碱基转换和颠换的差别。
4. 随时可以使用标注：所以的结果输入都可以使用标注，而且标注的内容可以被保存，复制。
具体使用我们以分析 20 个物种的血红蛋白为例来具体说明此软件的具体使用情况。
序列分析1.启动单击后，会出现如下界面：这里有三个选项，分别对应三种不同的情况：以下分别予以介绍：Create a new alignment ：是在你没有任何比对的时候使用，比如你只有一个fasta格式的序列就可以选择这个选项。
Open a saved alignment session：使用它可以打开一个我们已经比对好的序列文件；Retieve a sequence from a file ：这种情况同第一种情况相似，只是不用选择是DNA还是蛋白质序列比对，选择的也是fasta 格式的文件，打开后的界面都是一样的。
选择你保存的fasta 格式序列后就会出现：菜单的使用Data菜单Creat anew ：创建一个新的数据比对文件，也就是说当我们比对完一组后，想接着比对另一组，那么使用它就可以不用退出直接把数据文件导入；Open：打开先前已经比对并保存好的文件，它包含两个子菜单：retive sequence from file和saved aligment session ；Close:关闭当前的比对数据文件；Savesession：保存当前比对结果，可以给比对的结果一个文件名；Export alignment：将当前的序列比对结果输出到指定文件，有两种输入格式可供选择：MGTA和FASTA.DNA sequence：使用它来选择输入的数据DNA 序列，这里需要说明的是如果你输入的数据是氨基酸序列的话，比对窗口只显示一个标签，若是DNA 序列的话则显示两个标签，一个是DNA 序列的，另一个是氨基酸序列的。
MEGA 4构建进化树的步骤
用MEGA 4构建进化树的过程
自己直接从NCBI对测序结果直接Blast，获得的比对结果选取同源性大于96%的序列，直接Download另存为.fasta格式，然后直接用MEGA打开一个序列，对下载的每个序列用记事本打开，检查序列的格式是否统一，再通过该软件的菜单栏的Edit→Insert Sequence From File(添加所要比对的的序列)→Alignment →Align by ClustalW→出现的界面点击OK→Data→Expert Alignment→MEGA Format(保存该文件并命名)→出现界面Protein Coding Nucleotide Sequence Data →点击NO→关闭该比对界面→出现界面Open The Data File in MEGA→点击YES→出现一个新界面，不用管它，点击另一个界面菜单Phylogeny→Bootstrap Test of Phylogeny→根据需要选择自己所要的进化树结构类型。
怎样使用MEGA建立进化树
如何使用MEGA4.0建立进化树1、首先是双击软件打开如下图所示
2、现在是处于DNA序列，而我们要做蛋白质的进化树的话，就如下操作
3、接下来我们要进行序列的输入，点击左边那个红箭头，则出现下面的窗口；
4、然后右击sequence 1,修改名字，如改成DPV
5、然后从Word 里复制蛋白质序列，然后在下面的位置粘贴
6、则可出现如下图的序列了
7、然后点击窗口上的保存图标保存
8、重复从3开始，直到你的序列输入完
9、序列输入完后进行最后的保存，方法如下：
要输入ul7两次保存名字—然后关闭这个窗口。
接下来打开
出现下面这个窗口！
接下来就可以建立各种样式的进化树！
嗯，只是把过程写出来，方便大家建立进化树，不足的地方，大家补充好！
（注：可编辑下载，若有不当之处，请指正，谢谢!）。
系统发育树构建构建步骤
主要目的：
• 了解分子进化及系统发育分析 • 掌握多序列比对方法 • 熟悉系统发育树建立方法 • 掌握用Mega软件进行构建系统发育树
• 系统发生（phylogeny）——是指生物形 成或进化的历史
• 系统发生学(phylogenetics)——研究物种 之间的进化关系
• 系统发育树（phylogenetic tree）——描 述物种之间进化关系
• 两个临近的分支的连接处称为节点 （node）,表示推断祖先的现存类群在树最 底部的分支点成为根节（root node）, 一 个单一的共同的祖先被定义为进化支 （clade）或者单源群（monophyletic group）
• 树的分支模式被成为拓扑结构（tree topology）
系统发育树建立方法
• Clustalx比对结果是构建系统发育树的前提
具体步骤
• 根据需要，选定要比对的菌株及相应的序 列。将序列COPY至记事本
• 1）File Load sequences 找序列 • 2）Alignment complete alignment
Align 自动生成文件于桌面（序列所 在文件夹）. • . aln是所需文件
Mega下载地址/
作业： 1.使用entrez获取登录号为P26374的蛋白序列，然后 通过blastp，搜索nr库中最相似的10个序列，记录登 录号，用Mega软件进行系统发育树构建（要求用两 种以上方法）。
打开软件clustalx
• CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比对程 序的Windows版本。Clustal X为进行多重 序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体 的环境。 序列将显示屏幕的窗口中。采用多色彩的 模式可以在比对中加亮保守区的特征。窗 口上面的下拉菜单可让你选择传统多重比 对和轮廓比对需要的所有选项。