基因组作图ppt课件(1)

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基因组 Microsoft PowerPoint 演示文稿

基因组  Microsoft PowerPoint 演示文稿

第一节 病毒基因组
病毒基因组结构与功能的特点 1.不同病毒基因组大小相差较大 2.不同病毒基因组可以是不同结构的核酸 3.病毒基因组有连续的也有不连续的 4.病毒基因组的编码序列大于90% 5.单倍体基因组 6.基因有连续的和间断的 7.相关基因丛集 8.基因重叠
DNA I
重叠基因 (overlapping gene)
决定细胞的寿命
(二)DNA分子标记的发展
1.限制性片段长度多态性
(restriction fragment length polymorphism, RFLP)
第一代DNA标记,1980年提出来的
用同一个限制性核酸内切酶消化不同个体的 同一段DNA时,会得到长度不同的限制性片段,称 为RFLP。
2. 微卫星DNA多态性

1。高度重复序列
重复次数>105
2。中度重复序列
重复次数101~105
3。单拷贝序列
一次或少数几次
串联重复顺序(tandem repeats)
固定的重复单位头尾相连所形成的重复顺序片段。
约占整个人类基因组的10% (1)编码区串联重复顺序
(2)非编码区串联重复顺序
大卫星DNA: 经典卫星DNA
10kb

•External Links •Cyp 450 Family •Cytokine Family •High Mobility Group (HMG) Chromosomal Proteins •Wnt Family: FRP/FrzB Genes
第四节 基因组变异具有重要的生理和病理意义 一、基因组在进化过程中发生了各种形式的变异 二、染色体DNA变异可导致疾病的发生 三、线粒体基因病 动物细胞线粒体DNA含有37个基因

基因组作图

基因组作图

双杂合子, 具有所有4 个等位基因
隐性配子对于 后代的基因型 不产生影响
后代的表型完全 由双杂合子配子 的基因型提供
测交实验可以对一次减数分裂进行直接分析,从 而计算出重组频率及所研究的两个基因间的间距
显隐性等位基因间的测交
外侧标记只需 一次重组事件 即可去连锁
两次重组的频率肯定低于一次重组,因此中间标记去连锁 发生的频率也就相对较低。所以利用三点测交则可以快速
生化标记
啤酒酵母遗传分析中使用的典型的生化标记
标记 ADE2 CAN1 CUP1 CYH1 LEU2 SUC2 URA3 表型 腺苷依赖性 刀豆氨酸抗性 耐受铜 耐受放线菌酮 亮氨酸依赖性 能发酵蔗糖 尿苷依赖性 确定细胞具有该标记的方法 只在含有腺苷的培养基中生长 可在刀豆氨酸存在下生长 可在铜存在下生长 可在放线菌酮存在下生长 只在含有亮氨酸的培养基中生长 可在蔗糖为唯一碳源的培养基中生长 只在含有尿苷的培养基中生长
微卫星( 2、微卫星(Microsatellites) 微卫星 Microsatellites)或简单串联重复(Simple tandem repeats, STRs):重复单位往往6bp或更短。
等位基因 814 Weissenbach J., et al. A second-generation linkage 标记 markers
Linkage analysis with different types of organism
• 果蝇、小鼠等:有计划的育种实验(planned breeding 果蝇、小鼠等 experiments) • 人类:系谱分析(family pedigree) 人类 • 细菌 细菌:DNA在细胞间的转移
直接配子分型:酵 母配子单倍体克隆 的生化判定;真核 生物DNA标记分型

基因组学__遗传作图物理图PPT演示课件

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基本概念
基因组(Genome):一个生物体、细胞器或病毒的 整套基因和染色体组成,即全部基因的总称(包括 所有的编码区和非编码区)
基因组学(Genomics):以基因组分析为手段,对 所有基因进行基因组作图、核苷酸序列分析、基因 定位、时序表达模式和基因功能分析的一门科学。
分子遗传学的分支学科 提供有关生物物种及其细胞功能的进化信息 生命科学的前沿和热点领域
……

13
基本概念
蛋白质组学:
蛋白质组(Proteome):在一种细胞内存在的全部蛋 白质。
蛋白质组学:研究细胞内所有蛋白质及其动态变化 规律的科学。
功能蛋白质组(Functional Proteome):在特定时 间、特定环境和实验条件下基因组活跃表达的蛋白 质。功能蛋白质组是总蛋白质组的一部分。蛋白质 组和功能蛋白质组是生命科学的新的研究内容。
遗传距离是通过遗传连锁分析获得的,使用的DNA厘摩 标志越多,越密集,所得到的遗传连锁图的分辨率就越高
遗传图谱不仅是现阶段定位基因的重要手段,即使在人类 基因组全物理图谱建立起来之后,它依然是研究人类基因 组遗传与变异的重要手段

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2.2遗传作图中使用的标记
遗传标记(Genetic Markers):遗传图有特征性 的位置标记,用于表示基因组中特定顺序所在 的位置。这些标记按孟德尔方式遗传,标记位 点应是多态的 基因标记

14
基因组计划
模式微生物基因组计划 模式植物基因组计划 模式动物基因组计划 人类基因组计划

15
基因组计划 ?
获得全基因组序列:为基因组的全面测序提
供工作框架
构建基因组图:在长链DNA分子上寻找特征 性标记,根据分子标记将包括这些序列的克 隆进行连锁定位,绘制基因组图。

第三章--基因与基因组的结构PPT课件

第三章--基因与基因组的结构PPT课件

-
4
③近20年来,由于重组DNA技术的完善和应 用,人们已经改变了从表型到基因型的传统 研究基因的途径,而能够直接从克隆目的基 因出发,研究基因的功能及其与表型之间的 关系,使基因的研究进入了反向生物学阶段。
-
5
• 反向生物学:指利用重组DNA技术和离体 定向诱变的方法研究已知结构的基因相应的 功能,在体外使基因突变,再导入体内,检 测突变的遗传效应即表型的过程。
• 例如,对于大肠杆菌和其他细菌,用三个小写
字母表示一个操纵子,接着的大写字母表示不
同基因座,lac 操纵子的基因座:lacZ,lacY, lacA;其表达产物蛋白质则是lacZ,lacY,
lacA。
-
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• 3.质粒和其他染色体外成分的命名 • 自然产生的质粒,用三个正体字母表示,第—
个字母大写,例如:ColEⅠ;
血破裂而使血红蛋白计数减少,造成贫血。
• 其本质是其血红蛋白的β-链与正常野生型
β-链之间的第6位氨基酸,由Val取代了 Glu所致。
-
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• 这种贫血病是由基因突变造成的一种分子病,
除溶血后发生贫血外,还会堵塞血管形成栓塞, 从而伤及多种器官。
• 它的纯合子(通过单倍体形成的纯系双倍体)患
者在童年就夭折。
-
40
• 6.线虫基因的命名
• 用三个小写斜体字母表示突变表型,如存
在不止一个基因座,则在连字符后用数字
表示,如基因unc-86,ced-9;蛋白UNC-
86;CED-9。
-
41
• 7.植物基因的命名
• 多数用1~3个小写英文斜体字母表示。
-
42
• 8.脊椎动物基因的命名

基因组作图资料77页PPT

基因组作图资料77页PPT

46、我们若已接受最坏的,就再没有什么损失。——卡耐基 47、书到用时方恨少、事非经过不知难。——陆游 48、书籍把我们引入最美好的社会,使我们认识各个时代的伟大智者。——史美尔斯 49、熟读唐诗三百首,不会作诗也会吟。——孙洙 50、谁和我一样用功,谁就会和我一样成功。——莫扎特
基因组作图资料
16、自己选择的路、跪着也要把它走 完。 17、一般情况下)不想三年以后的事, 只想现 在的事 。现在 有成就 ,以后 才能更 辉煌。
18、敢于向黑暗宣战的人,心里必须 充满光 明。 19、学习的关键--重复。
20、懦弱的人只会裹足不前,莽撞的 人只能 引为烧 身,只 有真

《基因结构和基因组》PPT课件

《基因结构和基因组》PPT课件
第一章 基因结构和基因组
➢基因结构(重点) ➢基因组学 ➢真核生物基因组结构及特点
1
一、基因结构
1. 基因概念:
基因是一段具有特定功能和结构的连 续的DNA片断,是编码蛋白质或RNA 分子遗传信息的基本遗传单位。
2
生物的性状是经由遗传单位传递给下一代,这个概念 在1900年由孟德尔(Gregor Mendel)提出,1909年约 翰森(Wilhelm Johanssen)将这个遗传单位的概念冠 上“gene”的名字,汉文将之翻译成“基因”,日本人 则将之翻译成“遗传子”,更为直接。 最早的观念中,基因是前述的“遗传单位”(unit of inheritance)。这是一个比较功能性的概念,它是一个 自主单位(autonomous unit),能把性状遗传给后代。 相对地,有人认为基因是一个有形的物体(physical entity),它是染色体上面一段固定的序列。这两派看 法多年来,各执一词,不相上下。
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◆ 2. 原核生物的基因结构
非编码区 编码区上游
编码区
非编码区 编码区下游
与RNA聚酶 结合位点
RNA聚合酶能够识别调控序列中的结合位点,并与其结合。 转录开始后,RNA聚合酶沿DNA分子移动,并与DNA分子 的一条链为模板合成RNA。转录完毕后,RNA链释放出来, 紧接着RNA聚合酶也从DNA模板链上脱落下来。
10
11
基因概念的更新和不断发展
重叠基因(overlapping gene): 一个基因的核苷酸与另一个基因的核苷酸之间存
在这一定的重叠现象。
1977年,维纳(Weiner)在研究Q0病毒的基因结构时,首先发 现了基因的重叠现象。1978年,费尔(Feir)和桑戈尔(Sangor) 在研究分析φX174噬菌体的核苷酸序列时,也发现由5375个核 苷酸组成的单链DNA所包含的10个基因中有几个基因具有不同 程度的重叠,但是这些重叠的基因具有不同的读码框架。以后 在噬菌体G4、MS2和SV40中都发现了重叠基因。基因的重叠性 使有限的DNA序列包含了更多的遗传信息,是生物对它的遗传 物质经济而合理的利用,参与对基因的调控。

基因组作图ppt课件(1)

基因组作图ppt课件(1)

➢ 遗传多态性丰富;
➢ 共显性遗传,信息完整;
➢ 在基因组中大量存在且分布均匀;
➢ 稳定性、重现性好;
➢ 检测手段简单快捷,易于自动化,成本较低。
23
.
DNA标记的种类
➢ 限制性片段长度多态性 (RFLP, restriction fragment length polymorphism);
➢ 简单序列长度多态性 (SSLP, simple sequence length polymorphism);
25
.
遗传作图中的第一代DNA标记
现代遗传图谱的概念由Botstein D等(1980)首先提出,在 此基础上,限制性片段长度多态性(RFLP)作为遗传图 谱的第一代崭新标记得以问世 。
限制性位点能够用作基因标记。广泛应用到基因组研究 中。基因或基因组可以用重叠的限制性片段来作图。最 终扩展到整个序列,构建连锁图谱
不足之处
➢ 同工酶标记都需要特殊的显色方法和技术; ➢ 某些酶的活性具有发育和组织特异性;
21
➢ 标记的数量还是相对有限。
.
SDS-PAGE separates proteins by MW Animation
22
2.1.4 DNA标记
➢ 基于DNA水平遗传多态性构建的分子标记。
.
DNA分子标记的优点
.
➢ 同一亲本及其子代相同位点上的多态性不变;
➢ 共显性,同一凝胶电泳可显示不同多态性片段;
❖ 实验操作较繁琐,成本较高;探针必须是单拷贝或寡拷贝 的,制备较麻烦;检测中如要利用放射性同位素,易造成 环境污染;检测周期长;
❖ 检测所需样本DNA量大(5~15ug);
❖ 可以用非放射性物质,但杂交信号相对较弱,灵敏度较同

基因组学PPT课件

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据日本共同社5月16日报道,美国俄勒冈安康科学大学研究员立花真仁等的研究 小组15日在美国科学期刊?细胞?(Cell)网络版上发表文章,宣布已使用“体细胞克隆 技术〞,向女性提供的卵细胞内植入他人皮肤细胞的细胞核,首次成功制作了能够 分化成各种组织的胚胎干细胞(ES细胞)。
俄勒冈安康科学大学2007年曾成功制作了猴子的克隆ES细胞。关于人类的ES 细胞,前韩国首尔大学教授黄禹锡曾在2004年宣布成功制作,但后被发现是假论文。 当时,ES细胞曾被视为再生医疗的“王牌〞。不过,2006~2007年京都大学教授山 中伸弥研发了仅用体细胞进展基因操作的人工诱导多功能干细胞(iPS细胞),再加上 人类的ES细胞制作比其他哺乳类的困难许多等原因,ES细胞研究热潮逐渐降温。
5
Biochip
Human Genome Project 6
清华控股博奥生物暨生物芯片北京国家工程研究中心
博奥生物芯片中心由清华大学医学院教授程京院士主持创立, 目前在生物芯片研究和应用领域形成了医学系统生物学产业链, 已推出生物芯片、生物医学仪器、试剂耗材、软件数据库等多 项产品。创立于2000年9月的博奥生物芯片中心作为我国第一 家采用“中心+公司〞创新机制的试点单位,先后主持承担了 国家“十五〞863方案重大专项“功能基因组与生物芯片〞、 “十一五〞863方案重点工程“生物芯片关键仪器和试剂〞等 国家级科研课题,参与承担了30余项863、973、自然科学基 金和北京市等国家和省部级科研工程,现已探索出了一条新的 建立国家工程研究中心的模式,构建起了中国的生物芯片产业 链,培养了一批技术产业复合型人才,实现了中国生物芯片行 业的跨越式开展。〔
干细胞为起源细胞,是一类具有自我复制能力的多潜能细胞,在一定条件下,它可以分化成多种功能细 胞。干细胞是一种未充分分化,尚不成熟的细胞,具有再生各种组织器官和人体的潜在功能,医学界称为 “万用细胞〞。

基因组学.ppt1

基因组学.ppt1

James Watson
Francis Collins
• 1992年6月,Craig Venter离开国家卫生研 究院,建立了基因研究所(The Institute for GenomeResearch, TIGR),此后, TIGR从流感嗜血菌开始测了大量的细菌基 因组,流感嗜血菌也是第一个被测序的非 寄生物种
• Human genome project • Goal: characterize all human genetic material by • determining the complete sequence of the DNA in the • human genome. • HGP is accomplished by the joint effort between • U.S. Human Genome Project (HGP), composed of the • DOE (Department of Energy )and NIH (National • Institutes of Health), and Celera Genomics
• 1986年3月,1975年诺贝尔奖得主、Salk Institute的癌症研究员杜贝可(Renato Dulbecco)在“Science”期刊上发表文章,题 为“癌症研究的转折点:定出人类基因组序列”。 这片文章引起了美国社论。 • 杜贝可提出了两种基因搜寻路线,即以测序为核 心的“DNA”序列探测和以作图为中心的“基因 图位”克隆。
• 基因组学(Genomics):研究基因组及其基因的 科学。 • 最初是Thomas Roderick于1986年提出,其主 • 要内容是指基因组作图(Mapping)和测序 • (Sequencing)。 • 21世纪从生物体整体上研究生命现象 • 研究整个物种基因组碱基的组成、基因的结构、 • 基因在染色体上的分布,基因的时空表达和调控 • 网络。

基因组作图资料PPT教案

基因组作图资料PPT教案

A
1
3
B
6
A
完全酶切
1
9
B
A+B
4
1
6
36
不完全酶切
1
9
4
6
1
3
6
两酶切点之间的片段为重叠的片段
第278页/共83页
二、 物理图谱(physical map)
1.2 部分酶切法测定DNA片段位置
①完全降解:获得完全酶切片段的数目和大小的 图谱。
②部分降解:避免所有切口断裂的完全降解发生 。部分酶解产物同样进行电泳分离及自显影。
Amp
复制起始点 ori
片段装载范围数百bp到10 kb
第367页/共83页
筛选标记
二、 物理图谱(physical map)
1.3 基因组限制性酶切作图的技术路线
重叠群的构建—染色体步移
第378页/共83页
二、 物理图谱(physical map)
1.3 基因组限制性酶切作图的技术路线
重叠群的构建—克隆指纹排序 ➢一个克隆的指纹表示该克隆所具有的序列特征 ,可以同其他克隆产生的同类指纹相比较。 ➢如果两个克隆的指纹有部分重叠,表明这两个 克隆具有共同的区段。 ➢指纹的类型很多,可单独使用或组合使用,如 RFLP指纹,重复序列指纹,STS指纹等。
基因组计划的第一个环节--构建基因组图谱
第23页/共83页
基因组作图
应用界标或遗传标记对基因组进行精细的 划分,进而标示出DNA的碱基序列或基因排列的 工作。
主要有遗传图、物理图、序列图、基因图。
基因组作图的基本构想
在长链DNA分子的不同位置寻找特征性的遗传 标记,并将其定位在染色体的特定位置上,绘制 基因组图。
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20世纪80年代后期,人们开始应用微卫星序列(microsatellite,MS)绘制图谱。1994
年底,美、法完成了以RFLP及微卫星DNA为标志的遗传图谱.图谱包含了
5826位点,覆盖4000cM,分辨率高达0.7cM.1996年法国报道了完全以微卫星
DNA标志构建的遗传连锁图,包含2335位点,分辩率为1.6cM
重复序列较高的地方难度较大。此外有许多序列片段难以定位在确
切的染色体上,成为游离片断;同时又会有许多地方由于没有足够
的覆盖率而形成空缺。这些缺陷最终导致整个基因图会留下大量的
空洞(gap),也影响其准确度
7
.
鸟 枪 法 组 装 序 列
将DNA分子打断为小片段,测定每一段序列,通过查找每8 个 片段序列的重叠部分(需几十个碱基),再组装得到主体序列。
.
鸟枪法是小的原核生物基因组测序的标准方法
9
用鸟枪法获得流感嗜血杆菌的基因组序列
鸟枪法不适用于较大的、复杂的真核生物基因组
➢ 随着片段数的增加,所需的数据分析越来越复杂。n个片 段可能的重叠数为2n2-2n;
.
➢ 分析基因组的重复区域时会发生错误。
串连重复DNA的问题
基因组范围内重复的问题
10
重叠群法
.
遗传作图中DNA标记的发展
遗传标记的发展:
第一代标记 经典的遗传标记(蛋白质和免疫学的标记) 70年代中后期,限制酶片段长度多态性(RFLP)
第二代标记 85年,“小卫星序列"(minisatellite) 89年,“微卫星序列"(microsatellite)
第三代标记 单核苷酸多态性标记(single nucleotide polymorphism ,SNP)
.
以大片断定位的克隆为基础的定向测序战略主要采用克 隆步移法或称重叠群法:
先构建遗传图,再利用几套高度覆盖的大片段基因组文
库(BAC、PAC等)获得精细的物理图,选择合适的
BAC或PAC克隆测序,利用计算机拼装。BAC内的空洞
基本上都可以利用设计引物等手段填补,形成一条完整
的BAC序列。然后由相互关联、部分重叠的BAC克隆连
➢ 典型的形态标记用肉眼即可识别 和观察,广义的形态标记还包括 那些借助简单测试即可识别的性 状,如生理特性、抗病虫性等;
➢ 形态标记简单直观、经济方便, 容易观察记载。
17
.
形态标记的不足
➢ 可以观察到的标记非常有限,难以建立饱和的遗传图谱; ➢ 许多形态标记受环境、生育期等因素的影响; ➢ 复等位基因位点很难全部鉴定、标记出来。
不足之处
➢ 同工酶标记都需要特殊的显色方法和技术; ➢ 某些酶的活性具有发育和组织特异性;
21
➢ 标记的数量还是相对有限。
.
SDS-PAGE separates proteins by MW Animation
22
2.1.4 DNA标记
➢ 基于DNA水平遗传多态性构建的分子标记。
.
DNA分子标记的优点
15
.
形态标记 (morphological markers)
细胞学标记 (cytological markers)
生化标记 (biochemical markers)
分子标记 16
(molecular markers)
.
2.1.1 形态标记
➢ 指能明确显示遗传多态性的外观性状, 如水稻株高,果蝇眼色等;
也俗称“霰弹法”,是随机先将整个基因组打碎成小片段进行测序, 最终利用计算机根据序列之间的重叠关系进行排序和组装,并确定 它们在基因组中的正确位置
“鸟枪法”优点是速度快,简单易行,成本较低,可以在较短的
时间内通过集中机器和人力的方法获得大量的基因片断
但是用它来测序,最终排序结果的拼接组装比较困难,尤其在部分
.
➢ 同一亲本及其子代相同位点上的多态性不变;
➢ 共显性,同一凝胶电泳可显示不同多态性片段;
❖ 实验操作较繁琐,成本较高;探针必须是单拷贝或寡拷贝 的,制备较麻烦;检测中如要利用放射性同位素,易造成 环境污染;检测周期长;
❖ 检测所需样本DNA量大(5~15ug);
❖ 可以用非放射性物质,但杂交信号相对较弱,灵敏度较同
成一个大的重叠群(Contig)。理想状况下,整条染色
体就是由一个完整的重叠群构成。
11
.
利用重克叠隆群步移法法测序,国际上通行的标准要求BAC测序达
到十倍覆盖率,使所测的序列达到99.99%以上的准确度。的工作。
➢ 遗传多态性丰富;
➢ 共显性遗传,信息完整;
➢ 在基因组中大量存在且分布均匀;
➢ 稳定性、重现性好;
➢ 检测手段简单快捷,易于自动化,成本较低。
23
.
DNA标记的种类
➢ 限制性片段长度多态性 (RFLP, restriction fragment length polymorphism);
➢ 简单序列长度多态性 (SSLP, simple sequence length polymorphism);
❖ 微卫星序列 (microsatellite):或称简单序列重复 (simple
sequence repeat, SSR) ,简单串联重复 (simple tandem
repeat, STR)。重复单位较短,常为2, 3或4个核苷酸单位,
重复次数一般10-50次。
33
小卫星DNA
简单序列长度多态性:微卫星序列
此外,费用相对于鸟枪法要稍高一些,完成整个基因组测 序周期也要长些。但是,通过这种方法得到的基因组数据 是最为准确和精细的数据,也是基因组测序的最终目标。 大基因组“完成图”目前大多都是通过这种方法获得的。 基因组“完成图”,即完全覆盖所测物种的基因组、准确 率超过99.99%的全DNA序列图。“完成图”的覆盖率接 近100%,准确率更高,达到99.99%。
.
基因组作图
1
染色体结构与基因
基因组计划的基本目标
.
获得全基因组顺序,在此基础上再对所获得的序列进行解 读。获得基因组顺序的主要方法是进行DNA测序,然后再 将读取的顺序组装。目前的DNA测序每次反应仅能读取不 到1000bp的长度,因此基因组测序的第一步是构建基因组 图,然后将基因组区段分解逐个测序,最后进行组装。
➢ 当前测序方法的局限:<750bp 需将DNA分子打断为小 片段,测出每一段序列,再通过重叠部分拼接成长的序 列。 鸟枪法(shotgun method)。
遗传作图→ 物理作图 → 基因组测序
4
.
以基因组图谱为指导的两种测序方法
➢ 全基因组鸟枪法 (whole-genome shotgun method):首先进 行全基因组鸟枪法测序,再以基因组图谱的分子标记为 起点将鸟枪法DNA片段进行组装。由下而上 (bottom to up) 的测序策略;
➢ 有些物种对染色体变异的耐受性差,难以获得相应的标19记 材料。
.
20
.
2.1.3 生化标记
➢ 是指以基因表达的蛋白质产物为主的一类遗传标记系统。 主要包括贮藏蛋白、同工酶等标记;
➢ 与形态、细胞学标记相比,数量丰富,受环境影响小,能 更好地反映遗传多态性。应用于物种起源和进化研究、种 质鉴定分类、抗病性筛选等。
每个SSR座位 两侧一般是相 对保守的单拷
贝序列
.
SSR的优点
➢ 一般检测到的是单一的复等位基因位点,提供的信息 量高;
26
.
RFLP
➢ 由于限制性内切酶酶切位点或位点间DNA区段发生突变引 起的;
➢ 最早由Bostein 于1980年提出, 是第一种用于 作图研究的分 子标记,第一 代DNA分子标 记。
27
.
同源染色体同一区段DNA 序列的差异, 限制酶识别的碱基顺序有专一性
28
.
29
.
30
RFLP标记的特征
13
.
基因组作图的方法
➢ 遗传作图 (genetic mapping):采用遗传学分析方法将基因 或其他DNA分子标记标定在染色体上。构建的连锁图称 为遗传连锁图谱(genetic linkage map)或遗传图谱 (genetic map)。方法包括杂交实验、家系分析。图距单位为cM;
➢ 物理作图 (physical mapping):采用分子生物学技术直接 将DNA分子标记、基因或克隆标定在基因组实际位置。 构建的位置图称为物理图谱 (physical map)。图距单位: bp、kb、Mb,cR(厘镭,辐射杂种作图)。
–小卫星序列:(Minisatellite DNA)
–微卫星序列:(Microsatellite DNA, MS)
➢ 单核苷酸多态性 (SNP, single nucleotide polymorphism);
➢ RAPD(random amplified polymorphic DNA, 随机扩增多态 性DNA标记 )标记、AFLP(amplified fragment length 24 polymorphism,扩增片段长度多态性)标记等。
➢ 克隆重叠群法 (clone contig method):基因组被打断许多 片段,建立重叠群,对每一片段进行鸟枪法测序。一旦 一个片段的序列测定完成,便可定位在基因组图谱的正 确位置上。由上而下(up to down)的测序策略。
5
.
6
什么是鸟枪法
.
全基因组随机测序战略主要采用鸟枪法(shotgun)。鸟枪法,
位素标记低,且相对价格较高。
31
遗传作图中的第二代DNA标记
.
简单序列长度多态性 SSLPs
发现:
小卫星序列minisatellite (1985年)
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