烟草叶绿体基因组和线粒体基因组SSR位点分析
基于SSR分子标记的部分烤烟种质资源遗传多样性研究
基于SSR分子标记的部分烤烟种质资源遗传多样性研究【摘要】本研究利用SSR分子标记技术对烤烟种质资源的遗传多样性进行了深入研究。
通过对不同烤烟品种的遗传特征进行分析,发现了种质资源之间的遗传关系,并探讨了遗传多样性的地理分布情况。
对烤烟的遗传多样性保护与利用提出了建议,并展望了未来的研究方向。
本研究对于深入了解烤烟遗传多样性以及保护利用具有重要意义,为烟草产业的发展提供了重要的科学依据。
【关键词】烤烟、SSR分子标记、遗传多样性、种质资源、地理分布、遗传关系、遗传多样性保护、遗传多样性利用、未来展望、遗传分析、研究意义、研究背景、研究目的、研究总结1. 引言1.1 研究背景繁殖进程中,种群内的基因型频率发生变化,使得不同基因型在种群中的比例发生变化,导致该物种的遗传多样性减少。
在自然环境中,随着栖息地破坏和气候变化,许多植物种群的遗传多样性遭受到威胁。
研究植物遗传多样性及其相关遗传机制具有重要意义。
1.2 研究目的本研究的目的是通过基于SSR分子标记的方法,对部分烤烟种质资源进行遗传多样性研究,深入探究烤烟种质资源的遗传背景和遗传关系,为烤烟品种改良、遗传资源保护和利用提供科学依据。
具体目的包括:1.检测烤烟种质资源的遗传多样性水平,评估不同种质资源之间的遗传差异;2.研究烤烟种质资源的遗传结构和遗传关系,揭示种质资源的遗传演化历史和亲缘关系;3.探讨不同地理环境下烤烟种质资源的遗传多样性分布规律,分析遗传多样性与地理环境的关系;4.为烤烟的遗传育种、新品种选育和遗传资源保护提供重要参考依据,为研究烤烟及其他作物的遗传多样性及其利用价值提供参考。
通过本研究,进一步认识和利用烤烟种质资源的遗传多样性,促进烤烟遗传资源的保护与可持续利用。
1.3 研究意义研究烤烟种质资源的遗传多样性对于烤烟遗传育种和种质资源保护利用具有重要意义。
通过探究烤烟种质资源的遗传多样性,可以为选择优良种质、推进杂交育种提供科学依据,提高烤烟育种效率,培育出更具有抗逆性、高产性和品质的新品种。
基于SSR分子标记的部分烤烟种质资源遗传多样性研究
基于SSR分子标记的部分烤烟种质资源遗传多样性研究1. 引言1.1 研究背景烟草是世界上重要的经济作物之一,而烟草的品质和产量受到遗传因素的影响。
烟草品质的提高和烟草新品种的培育需要对烟草种质资源的遗传多样性进行深入研究。
传统的遗传多样性分析方法存在着效率低、成本高以及信息有限的缺点。
利用SSR(Simple Sequence Repeat)分子标记技术对烤烟种质资源的遗传多样性进行研究具有重要意义。
SSR是一种微卫星DNA序列,具有高度可变性,是遗传研究中常用的分子标记。
通过SSR分子标记技术,可以快速准确地对烤烟种质资源进行遗传多样性分析,揭示不同品种之间的遗传关系和遗传变异。
利用SSR分子标记技术对烤烟种质资源的遗传多样性进行研究,有助于为烟草品质改良和新品种选育提供科学依据,促进烤烟产业的可持续发展。
本研究旨在利用SSR分子标记技术对部分烤烟种质资源的遗传多样性进行系统研究,为烟草遗传资源的保护与利用提供科学依据。
1.2 研究目的研究目的:通过基于SSR分子标记的方法,对烤烟种质资源的遗传多样性进行系统研究和分析,旨在揭示烤烟种质资源的遗传背景和遗传变异情况,为烤烟品种改良和新品种选育提供科学依据。
具体目的包括:1.探究烤烟种质资源的遗传多样性水平,分析其遗传结构和遗传距离,为种质资源的保护和利用提供理论基础;2.研究烤烟种质资源的遗传多样性分布规律,揭示其潜在遗传变异特点,为烤烟遗传改良及种质改进提供参考;3.探讨烤烟种质资源的遗传多样性对抗逆境胁迫的响应机制,为烤烟的抗逆性育种提供科学依据;4.总结烤烟种质资源的遗传多样性特点和利用潜力,为烤烟种质资源的有效保护、合理利用和可持续发展提供科学指导。
通过以上研究目的的实现,可以深入了解烤烟种质资源的遗传多样性特征,为保护和利用烤烟遗传资源提供科学参考和理论支撑。
1.3 研究意义烤烟是重要的经济作物之一,其遗传多样性的研究对于研究其遗传演化、育种和种质资源保护具有重要意义。
基于SSR分子标记的部分烤烟种质资源遗传多样性研究
基于SSR分子标记的部分烤烟种质资源遗传多样性研究烤烟(Nicotiana tabacum L.)是世界上最重要的经济作物之一,是工业和商业利润的主要来源,同时也是烟草制品的原料。
由于长期的品种选择和繁育,烤烟的遗传多样性逐渐减少,这对烤烟的生长和抗病能力造成了一定的影响。
对烤烟种质资源的遗传多样性进行研究,对于烤烟的品种改良和遗传资源的保护具有重要的意义。
本研究旨在利用SSR分子标记技术对部分烤烟种质资源的遗传多样性进行分析,为烤烟的遗传改良和资源保护提供科学依据。
一、研究材料与方法1. 研究材料本研究选取了国内外31个烤烟种质资源为研究材料,其中包括不同地理分布和不同生态环境下的烤烟品种。
这些品种来源于国内外研究机构和种质资源库,具有较高的代表性。
也选取了一些烟草近交种和杂种作为对照组。
2. 实验方法本研究采用SSR(Simple Sequence Repeat)分子标记技术对烤烟种质资源进行遗传多样性分析。
从烤烟叶片中提取总DNA,并进行PCR扩增,然后利用聚丙烯酰胺凝胶电泳进行分离和检测。
通过观察PCR扩增产物在琼脂糖凝胶上的条带图谱,对烤烟种质资源的遗传多样性进行分析和评价。
二、研究结果1. SSR分子标记的多态性实验结果显示,通过SSR分子标记技术对烤烟种质资源进行分析,得到了丰富的多态性信息。
在所选取的SSR引物中,大部分引物均具有多态性,其多态性信息含量丰富,能够很好地反映烤烟种质资源的遗传多样性。
2. 种质资源的遗传多样性分析通过对SSR分子标记数据的分析,得到了不同烤烟种质资源的遗传相似性系数矩阵,进而构建了遗传相似性树和主成分分析图。
结果表明,这些烤烟品种在遗传结构上存在一定的差异和相似性,反映了它们在遗传多样性上的分布情况和亲缘关系。
根据遗传相似性系数矩阵和主成分分析结果,将这些烤烟品种分成了不同的遗传群体,这为烤烟的遗传改良和资源利用提供了重要的参考。
三、研究意义与展望烤烟种质资源的遗传多样性研究是烟草遗传育种和资源保护的基础工作。
烟草基因组DNA的高效提取与SSR应用
化程 度高 , 的细胞 壁 较 厚 , 有 的含 酚类 物 质 多 , 有 而 有
的则易于降解等, 很难用一种方法来提取不同植物的 DA N 。所以, 应针对植物的不同之处 , 对其 D A提取 N 方法进行探索和改进。 本试验用改进 的 C A T B高盐沉淀法 , 以烟草嫩叶、 冰 冻叶 和花瓣 为材 料提 取 总 D A, 功地 获 得 了 烟草 N 成
Absr c Th s sud u po e wa o d at t xr cin o t a t: i t y p r s s t e l h e ta to fDNA t mp o e wi wi i r v d CTAB t o r m e y u g h me d fo t o n h h
la , r z n l a n e f w ro o a c a d t e p rt n u n i f a h DNA o ti e h c v l a e e f fo e f a d t o e f b c o, n h u y a d q a t y o c e h l T i t e b an d w ih e au td b g r s g le e to h r ss UV S a n n n S a ay i. s l h we h tt i me o s s l n y a ao e e lcr p oe i , c n i g a d S R n lss Re u t s o d t a s s h t d i i ead h mp e ii n , a h o e g n mi NA wh c xr c e r m r e mae a swa u e a d i tg a wi 2 0 A f ce t e c ft e o c D ih e t td fo t e t r l sp r n n e r , t A 6 / h a h i h 2 0 v u f1 7 —1 9, e r d t n wa e r r e t e p oen, h n lec wa l n t d c mp eey S R a 8 a eo . l . d g a a i s al f , r t i p e o t . se i ae o lt l . S — o n y e h mi n l s n ia e e p me r d c d ce rp lmo p i at r s T e r s a c c i v me t o l e r g r e ay i i d c td t r rp o u e l a oy r h c p t n . h e e r h a h e e n u d b e a d d s h i e c a h a i o r e o su y t e g n t ie st fT b c o s t e b s ff t rt t d h e e i dv ri o o a c . s u h c y
23份烟草种质遗传多样性的SSR和ISSR标记分析
tr n yiso e ht 3tbcogr pam r o re ol edvddit2gop H n ha anuna dNC2)a d2idp net e a s hw dta2 ac em l sucscudb iie no ru s( ogu dj ya n 8 al s o s e i n ne ed n t e C k r4 y 8( oe17,V l6o 10 .SR adIS re n yiC eue eecdvrt n yio bcogr l m rsucs p al r 4 ) S n Rm& r a s a b sdi gnt i s ya a s foac empa eore. G S k al sn n i ei l s t s
异 , D A水平 遗传 变 异 的直 接 反映 , 有 不受 生 是 N 具 育期 、 境 和基 因表 达 与否 的 限制 ,遍 及 整 个 基 因 环
作 简单 等 优 点 , 许 多作 物 研 究 中广 泛 使 用 在
21年 2 01 4卷 1期
Vo. 4 12 No 1 .
西
南
农
业
a fAn u r ce c s o twe t hn o r lo nc hua S in e n l
文 章 编 号 :0 1 4 2 ( 0 1 0 —0 1 0 10 — 8 9 2 1 ) 1 0 5— 5
NE Qog . e—in2 I in uU R nx g a ( . oac eerh C ne .G i o nvri ,G i o uyn 50 5 hn ;2 G i o e aoao fT bco Q at 1 T bcoR sac etr uz u U iesy uz u G iag5 02 ,C i h t h a . uz u K y Lbrtr o o ac uly h y i G i o uyn 5 0 5, hn ) uz uG i g50 2 C ia h a
普通烟草种质资源的SSR标记与指纹图谱分析
SSR i g p it F n er r n Map An lss o b c o Ger pa m s ay i f To a c m ls
XU un ’ LI Ya ua , J 。 U nh REN i M U in i ZHANG n , M n, Ja m n , Xi gwe CHEN q o g ’ WANG i e i, Ya i n 。 , Zh d
北京 108 ) 0 0 1
摘
要 :利用 S R标记构建 了烟草核心种质 中 8 S 0份普通烟草种质的指纹图谱 。从 2 6对 S R 引物 中筛选 出 8对 多态性较 8 S
好 的引物 ,对这些烟草种质进行分析 ,共检测到 8 5个多态性位点。研 究表 明,这 8对 多态性 S R引物可 以将 8 S O份烟草种 质完全 区分开 ,每份种质都有各 自独特 的指纹 图谱 ,表 明 S R标记 完全适用于 普通烟草种质鉴定和指纹 图谱构建工作。 S
i e t e y t e e 8 p is o S p me , v r o a c e mp a m a n q e fn e r tma , i c e n tae h tS R d n i d b h s ar f S R r i f i r e e t b c o g r l s h d a u i u g r i p wh h d mo s ts t a S y i p n r f g r r t p i s i b ef r o a c u t a e t c t n n p n ma s ut l b c o c l v i n i a o . i e i a o t ir d i f i
C ia 2G a ut Sh o o AA , e ig1 0 8 , hn) hn ; .rd a co l f e C S B in 0 0 1C a j i
四种细胞质来源的烟草不育系线粒体SSR位点差异
Mitochondrial Microsatellite Variability of Tobacco CMS Lines with Four Different Cytoplasms
LI Feng-Xia, YANG Ai-Guo, CUI Meng-Meng, GONG Da-Ping, WANG Wei-Feng, and SUN Yu-He∗
Abstract: Sequence variation of the mitochondrial DNA has a direct relation with cytoplasmic male sterility (CMS). In this study, we analyzed mtSSR variability of four sterile cytoplasm types, including four CMS lines, their maintainer lines ored the relationship between mtSSR variability and CMS. Based on the entire mitochondrial DNA sequence of Nicotiana tabacum, we identified 39 mtSSR loci having more than ten mononucleotide repeats and 24 mtSSR markers that can be used to analyze mitochondrial DNA variability of four sterile cytoplasm types. The results showed that the mtSSR polymorphism was very low in N. tabacum, which was 10.5%, and there were some different loci between the CMS lines and their maintainer lines, the wild tobacco provided the sterile cytoplasm. Such as, in the Nat(sua.)S, the different loci were located in coding regions of orf138a, orf138c and intergenic region orf102–orf210; in the Nat(gla.)S, the different loci were located in two coding regions of orf138a, orf138c and four intergenic regions nad2–sdh3, rps12–orf125b, orf116–orf101b, orf102–orf210; in the Nat(rep.)S, the different loci were located in coding region orf190 and intergenic region orf104c–orf202; in the Nat(rus.)S, the different loci were located in coding regions of orf137 and rps12–orf125b. These different loci likely related to their CMS. The results also showed that the fragments of 184, 172, 212 and 225 bp were amplified by mtSSR primer TMS20 in four types of CMS of ms G-28, 86-6, 98-43, 116, respectively, and using this primer we could distinguish the four types of CMS of Nat(sua.)S, Nat(gla.)S, Nat(rep.)S, Nat(rus.)S between each other. Keywords: Tobacco; Sterile cytoplasm type; Mitochondrial DNA; SSR
叶绿体的基因组学及其功能分析
叶绿体的基因组学及其功能分析叶绿体是植物细胞中的一种细胞器,它是光合作用的场所,是植物获得能量、制造营养物质的重要场所。
叶绿体具有自主繁殖的能力,其基因组是研究叶绿体发育和生长的重要课题之一。
随着基因测序技术的发展和应用,叶绿体基因组的研究正在变得越来越深入和细致,本文就叶绿体基因组学及其功能分析进行一些探讨。
一、叶绿体基因组的特点叶绿体基因组是植物细胞中较为稳定的遗传物质,其大小比较小,一般仅为120kb左右。
该基因组中含有一些编码蛋白质的基因,以及一些编码tRNA和rRNA的基因。
与细菌基因组不同的是,叶绿体基因组缺乏一些常见的基因,如RNA聚合酶和ATP合成酶等,这是因为这些基因已经转移到了植物细胞核内进行编码。
二、叶绿体基因组的序列特征叶绿体基因组的序列特征主要包括基因排列方式、基因间的区域、基因内的序列等。
叶绿体基因组的基因排列方式比较保守,不同物种间的基因排列方式相似。
在基因间区域中,含有一些重复序列和转座子序列等。
叶绿体基因组的内含子(intron)比较少,而且较为保守,多数为自我复制序列。
三、叶绿体基因组的功能分析基于叶绿体基因组的序列特征,研究人员对叶绿体基因组的功能进行了深入的研究。
他们发现,叶绿体基因组参与了许多关键生物过程,包括光合作用、植物形态发生、过氧化物代谢等方面。
(一)光合作用叶绿体基因组中编码的一些酶参与了光合作用,如PSⅠ、PSⅡ、光合作用复合物、类胡萝卜素合成酶、CO2浓缩酶等。
这些酶都是光合作用过程中必不可少的酶,通过这些酶的参与,光合作用得以进行,从而为植物提供能量。
(二)植物形态发生叶绿体基因组中编码了许多参与植物形态发生的基因,如编码植物激素的代谢酶、调节胚抱合和游离细胞上皮的蛋白等。
这些基因的参与可以调节植物的发育,进而影响植物的形态。
(三)过氧化物代谢叶绿体中含有很多过氧化物,并且极易产生自由基,造成细胞损伤。
叶绿体基因组中编码的一些过氧化物代谢酶可以修复细胞受损,防止细胞死亡。
晒烟种质资源形态学标记及SSR标记的多样性分析
晒烟种质资源形态学标记及SSR标记的多样性分析摘要:以吉林省常见的23份晒烟和2份烤烟为试材,利用形态学标记和SSR分子标记两种方法进行遗传距离的研究,并将所得的遗传距离进行相关性分析。
结果表明,晒烟材料的形态学欧氏距离在1.11~8.29之间,欧氏距离较小,说明各晒烟品种间遗传基础狭窄。
通过SSR标记法,得到各晒烟材料间的遗传背景较相似,遗传相似系数为0.51~0.98,相似性较大,说明亲缘关系较近。
两种方法的聚类分析结果基本一致。
利用SPSS软件对形态学欧氏距离与SSR遗传相似系数进行了相关性分析,结果呈极显著负相关,相关系数为r=-0.383。
由此可见,分子标记能反映烟草品种间的遗传变异,通过这种简便快捷的标记方法,能够提高烟草育种效率。
关键词:晒烟;形态学标记;SSR标记;亲缘关系;遗传多样性;相关性分析中图分类号:S572 文献标识码:A 文章编号:0439-8114(2015)23-5943-06DOI:10.14088/ki.issn0439-8114.2015.23.038The Genetic Diversity Analyses on Sun-cured Tobacco Germplasm by Morphological Markers and SSR Markers WANG Hui-ying1,WANG Man1,PIAO Shi-ling1,JINAi-lan2,CHEN Shuang1(1.Agricultural College,Yanbian University,Yanji 133002,Jilin,China;2.Yanbian Academy of Agricultural Sciences,Longjing 133400,Jilin,China)Abstract:Taking 23 common sun-cured tobaccos and 2 flue-cured tobaccosof Jilin province as test materials,combining with morphological markers and SSR markers,the correlation of genetic distance was analyzed. Results showed that,morphology euclidean distance of sun-cured material was 1.11~8.29,which showed genetic base among sun-cured tobacco varieties was relatively narrow. Genetic backgrounds between each sun-cured materials were similar through SSR markers,the genetic similarity coefficient was 0.51~0.98. Cluster analysis results of the two methods were basically the same. The correlation analysis between morphology euclidean distance and SSR genetic similarity coefficient was conducted by SPSS software,a significant negative correlation was obtained with correlation coefficient r=-0.383. It was concluded that molecular markers could reflect the genetic variation among breeds,andimprove the breeding efficiency.Key words:sun-cured tobacco;morphological markers;SSR markers;genetic relationship; genetic diversity;correlationanalysis吉林省晒烟作为中国名晒烟之一,以色泽鲜明、吃味纯净、油分充足、香气优雅浓郁、焦油释放量低等特点在中国享有很高的声誉[1]。
3种烟草基因组SSR位点信息分析和标记开发
776个和5 843个,分别占总数的5.12%、
10。02%、36.37%和3.81%。SSR位点在4种不同 区域的密度分别为251.54个/Mb、34.34个/Mb、 64.94个/Mb和84.61个/Mb,平均密度为71.73
个/Mb(153 357/2
类型外,重复次数多在3~lo次之间。利用分别属于5个不同烟草组的8份烟草材料验证所合成的300对引物,所
有合成的引物均能扩增获得目标片段,其中有80对引物存在扩增多态性。表明来源于绒毛状烟草、林烟草和本塞
姆氏烟草基因组的ssR标记在亲缘关系相对较近的烟草种间具有高度保守性和通用性,基于此3份烟草野生种基
(云南省烟草农业科学研究院,烟草行业烟草生物技术育种重点实验室,国家烟草基因工程研究中心.昆明6j0021)
摘
要:利用生物信息学方法对绒毛状烟草、林烟草和本塞姆氏烟草3份烟草野生种基因组数据中的ssR位点信
息进行了分析。结果表明,在全长分别为2.14 Gb、2.44 Gb和2.59 Gb的绒毛状烟草、林烟草和本塞姆氏烟草基 因组中分别获得1 53 357个、196 493个和278 784个SSR位点,平均相隔1 3.94 kb、1 2.42 kb和9.31 kb出现一个 ssR。在ssR位点分布区域上.绝人部分的ssR位点分布在内含子和uTR(尤其是5,-uTR)区域;在ssR基序类 型上,主要集中在二、三碱基基序且二者占总ssR位点数目的80%以上,并以二碱基基序类型丰度最高;在ssR基 序结构上,基因组中出现频率及数量最高的是含有A(T)。的基序结构;在ssR基序的重复次数上,除单碱基基序
nct
万方数据
西北植物学报
and
target
bands,of which 80
基于全叶绿体基因组分析的栽培黄草乌基源研究
基于全叶绿体基因组分析的栽培黄草乌基源研究作者:施晓静程子丹张颖敏李国栋马晓霞来源:《广西植物》2023年第10期摘要:為探究云南伤科用毒性药材黄草乌(Radix Aconitum Vilmoriniani)栽培品质量的影响因素,该研究利用Illumina HiSeq 4000高通量测序平台对来自10个不同栽培基地黄草乌样品的叶绿体基因组展开测序,经过对测序数据的组装、注释,利用生物信息学工具对其叶绿体基因组特征展开分析并构建系统发育树。
结果表明:(1)10个栽培品的叶绿体基因组全长155 744~155 937 bp,大单拷贝区和小单拷贝区分别为86 363~86 548 bp、16 921~17 007 bp,反向重复区大小为26 170~26 236 bp,均注释到131个基因。
(2)序列鉴定出60~73个SSR位点,基因组比较分析发现,10个栽培品叶绿体基因组显示出一定的扩张,并在其中发现了trnK-UUU-trnQ-UUG等变异热点区域。
(3)基于2个数据集的系统发育分析均表明,JS-1-4、QJ-1-2、LX-1-3、LJ-3-2与黄草乌(Aconitum vilmorinianum)亲缘关系较近;LQ-1-3、GJ-1-3、NL-1-3、DC-2-2和滇南草乌(A. austroyunnanense)关系较近;基于全叶绿体基因组序列构建的系统进化树中LJ-4-3与马耳山乌头(A. delavayi)亲缘关系近,LJ-1-2与宾川乌头(A. duclouxii)的亲缘关系较近;而基于蛋白质编码基因序列构建的系统进化树中,LJ-4-3与西南乌头(A. episcopale)亲缘关系近,LJ-1-2则与苍山乌头(A. contortum)关系较近。
综上认为,黄草乌的栽培种植存在种源混杂的客观问题,主要有黄草乌和滇南草乌两种植物,个别栽培基地还掺混了乌头属(Aconitum)的其他物种,这可能是黄草乌栽培品质量不稳定的因素之一。
线粒体SSR_分子标记在植物中的应用进展
生物技术进展 2023 年 第 13 卷 第 6 期 821 ~ 826Current Biotechnology ISSN 2095‑2341进展评述Reviews线粒体SSR 分子标记在植物中的应用进展张兰兰1 , 李才华1 , 方雨竹1 , 宋岩1 , 康婉琳1 , 李志宇1 , 张晓1 * , 张锐2 *1.长春理工大学生命科学技术学院,长春 130022;2.中国农业科学院生物技术研究所,北京 100081摘 要:线粒体简单重复序列(mitochondrion simple sequence repeat ,mtSSR)是近年发展起来的一种新型的分子标记技术,兼具SSR 标记多态性高、分布广泛、共显性和植物线粒体基因组母系遗传、结构进化速率快等优点,在群体遗传结构、基因流动进化、物种演化、胞质遗传特性、种群分类等方面具有重要应用。
根据国内外已有的研究成果,综述了mtSSR 植物群落分析、胞质类型鉴定等方面的研究进展,并对植物mtSSR 数据库进行了总结,以期为利用mtSSR 技术进行植物研究提供参考。
关键词:植物;线粒体SSR ;分子标记DOI :10.19586/j.20952341.2023.0074 中图分类号:Q943 文献标志码:AProgress on the Application of Mitochondrial SSR Molecular Markers in PlantsZHANG Lanlan 1 , LI Caihua 1 , FANG Yuzhu 1 , SONG Yan 1 , KANG Wanlin 1 , LI Zhiyu 1 ,ZHANG Xiao 1 * , ZHANG Rui 2 *1.School of Life Science and Technology , Changchun University of Science and Technology , Changchun 130022, China ;2.Biotechnology Research Institute , Chinese Academy of Agricultural Sciences , Beijing 100081, ChinaAbstract :Mitochondrial simple sequence repeat (mtSSR ) is a new molecular marker technology developed in recent years. It not only has the advantages of high polymorphism , wide distribution and codominance of SSR markers , but also has the advantages of maternal inheritance and rapid structural evolution of plant mitochondrial genome. It has important applications in population genetic structure , gene flow evolution , species evolution , cytoplasmic genetic characteristics , population classification and other aspects. Based on existing research results both domestically and internationally ,the article reviewed the research progress of mtSSR molecular markers on plant population classification and cytoplasm identification , and summarized the plant mtSSR databases ,which aimed to provid reference for using mtSSR technology in plant research.Key words :plant ; mitochondrial SSR ; molecular marker简单序列重复(simple sequence repeats ,SSR ),又称微卫星DNA (microsatellite DNA )或短串联重复序列(short tandem repeats ,STR ),是由1~6 bp 短核苷酸为基本重复单位首尾相连而成。
绒毛状烟草基因组中SSR位点的信息分析
C ia 2 G aut c o l f A , e ig10 8 , hn) hn ; . rd a Sh o AS B in 0 0 1 C ia e oC j
Ab ta t B e c n s rc: y sa h gⅣ t noi r sGo dpe eo A i S FND R 6 4 S sweeie t e o 52 ri o me t f mi so o sedg n meDN w t S R I E . 4 1S R r dn f df m 2 7 h i i r
s a o d T t l e g h 3 3 9 3 b fS Rso c p e p r x mae y 0 1 %0 fg n me DNA. e a e a ed sa c e we n S Rswa c f l . o a n t 0 6 p o S c u id a p o i tl .2 e o l o Th v r g i tn e b t e S s
mo is r m 0 2 c o n e o 4 6 o et t l S . t o 1 — O a c u td f r7 . % f h a Rs ff t o S
K y r s N tm noi r s o sed S R m t e wo d : .o e tsomiGo dpe ; S ; o f f i
以ssr位点的长度多态性为基础利用pcr和电泳技术开发出的ssr分子标记具有对基因组覆盖度好数量丰富多态性高共显性标记实验简单以及重复性好等特点瞄jossr分子标记已在植物遗传分析中得到广泛应用如遗传作图分子标记辅助选择群体遗传分析以及分类学等方面在花生玉米大麦35等作物中利用ssr标记已构建了遗传连锁图谱
a o t4 0 k . n c e t e a d ti u lo d t s we e mo ta u d n l s e . 5 2 a d 4 . % r s e t ey h e e t f b u 0 b Di u lo i n rn ce t e mo i r s b n a tc a s s 4 .% n 96 d i f e p c i l.T e r p a s o v
SSR分析简单序列重复SSR又称...
摘要梨属于蔷薇科的梨亚科,品种很多,长期以来在分类上存在很多的问题。
本论文的目的是研究主要梨品种细胞质遗传多态性。
采用PCR-RFLP方法,对提取出的总DNA用10对叶绿体通用引物进行扩增,对PCR产物用限制性内切酶AluI,HaeIII,HinfI,Hin6I,RsaI,MvaI 和TaqI进行酶切,对19种梨(包括新疆梨系统、白梨系统、西洋梨系统、秋子梨系统、杜梨、沙梨系统)的叶绿体基因组trnS-trnfM非编码区进行克隆、测序。
应用DPS v7.05和DNAMAN、DNAStar、ClustalX-1.83、PHYLIP -3.68软件进行分析。
通过序列比对,再进行聚类分析,最后依据所得结果确定所测分子序列的亲缘关系,构建系统进化树。
结果显示:10对引物中只有7对(cp01,cp 02,cp 03,cp 04,cp 06,cp 09,cp 10)能在梨属植物上扩增出一条特异性谱带,这说明梨属植物叶绿体基因组序列十分保守,3个引物对(cp05,cp07,cp08)不能在梨属植物上扩增出谱带。
931份引物对/酶切组合中,cp09/MvaI,cp03/Hin6I 的酶切位点有显著差异。
对梨属植物的cpDNA trnS-trnfM区域进行克隆、测序,所得的序列长度为:库尔勒香梨和鸭梨的序列最长(1642bp),苹果梨、早酥梨、慈梨、象牙、翠伏的序列最短(1272bp)。
用DNAMAN软件对序列进行比对分析:库尔勒香梨与白梨系统的同源性为:85.01%,与新疆梨系统的同源性为:78.60%,与西洋梨系统的同源性为:78.28%,与沙梨系统的同源性为:77.47%,与秋子梨系统的同源性为:77.91%。
根据ClustalX软件完全比对的结果,用PHYLIP -3.68软件的邻接法对cpDNA trnS-trnfM区域序列变异位点构建系统进化树。
黑酸梨和京白聚为一类,伏茄和身不知聚为一类,冬巴和新世纪聚为一类。
25份普通烟草种质资源遗传多样性的SSR标记分析
25份普通烟草种质资源遗传多样性的SSR标记分析
杨柳;汪斌;童治军;黄勇兵;曹梅秀;吴海乔;巫升鑫;陈顺辉;兰涛
【期刊名称】《福建农林大学学报(自然科学版)》
【年(卷),期】2013(042)002
【摘要】利用14对多态明显、条带清晰的烟草SSR引物,对25份烟草种质资源进行亲缘关系与遗传多样性分析.在14个SSR位点上,共检测到97个等位基因,平均每对引物等位基因数为6.9个.引物的多态信息量(PIC)值为0.53-0.815,鉴别能力良好.25份烟草种质间的遗传相似系数(GS)为0.701-0.959,平均值为0.787.聚类分析表明,25份普通烟草种质间的遗传差异与其品种特性、调制类型、地理来源的差异没有必然联系,但能较好地反映烟草种质间亲缘关系的远近.
【总页数】5页(P171-175)
【作者】杨柳;汪斌;童治军;黄勇兵;曹梅秀;吴海乔;巫升鑫;陈顺辉;兰涛
【作者单位】福建农林大学作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室,福建福州350002
【正文语种】中文
【中图分类】S572
【相关文献】
1.利用ISSR分子标记对25个烟草种质资源的遗传多样性分析 [J], 傅冰;刘迪秋;李文正;陈丽梅;李昆志
2.23份烟草种质遗传多样性的SSR和ISSR标记分析 [J], 聂琼;刘仁祥
3.烟草种质资源遗传多样性的IRAP和ISSR标记比较分析 [J], 陶爱芬;刘中华;祁建民;周东新;王涛;陈顺辉
4.部分普通烟草种质资源的SSR标记与指纹图谱分析 [J], 徐军;刘艳华;任民;牟建民;张兴伟;陈雅琼;王志德
5.利用SSR和ISSR分子标记分析崇明白扁豆种质资源的遗传多样性 [J], 沈千; 陈岳; 顾立君; 潘俊松
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烟草表达抗病基因同源物(RGA)的鉴定及RGA-SSR标记的开发
Identification of Expressed Resistance Gene Analogues (RGAs) and Development of RGA-SSR Markers in Nicotiana
YUAN Qing-Hua, XIE Rui-Hong, ZHANG Zhen-Chen, MA Zhu-Wen, LI Ji-Qin, LI Shu-Ling, and CHEN Jun-Biao*
第2期
袁清华等: 烟草表达抗病基因同源物(RGA)的鉴定及 RGA-SSR 标记的开发
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机制以及制定正确的病虫害防治措施具有重要的 意义。
植物 R 基因对病原菌无毒基因编码蛋白的识别 起关键作用[1]。近年来, 通过图位克隆或转座子标签 法 克 隆 的 植 物 R 基 因 超 过 100 个 [2-5] (http://prgdb. crg.eu/wiki/Species_with_R-genes)。尽管植物 R 基因 克服的病原物种类不同, 其编码的氨基酸序列却存 在类似结构域, 如核苷酸结合位点(nucleotide binding site, NBS)、富含亮氨酸重复序列(leucine-rich repeats, LRR)、丝氨酸/苏氨酸激酶(serine-threonine kinase, STK)、亮氨酸拉链结构(leucine zippers, LZ)、跨膜结 构域(transmembrane domain, TM)、Toll 白介素-1区域 (toll-interleukin-1 region, TIR)等[6-9]。这些保守结构域 为 R 基因和 RGA 的快速鉴定克隆提供捷径。
本研究由 广东省烟草专卖局科技计划项目(201106), 广东省科技计划项目(2010B020302004)和广东省烟草专卖局(公司)科技项目 (200905)资助。 * 通讯作者(Corresponding author): 陈俊标, E-mail: jbchen2007@, Tel: 86-20-87596595 第一作者联系方式: E-mail: qinghua654321@ Received(收稿日期): 2013-06-02; Accepted(接受日期): 2013-07-25; Published online(网络出版日期): 2013-09-29. URL: http:///kcms/detail/11.1809.S.20130929.1537.009.html
紫菜薹线粒体基因组SSR分布特征的比较分析
紫菜薹线粒体基因组SSR分布特征的比较分析肖婉钰;周贤玉;任海龙;黄红弟;郑岩松;张晶;许东林【期刊名称】《福建农业学报》【年(卷),期】2024(39)1【摘要】【目的】分析紫菜薹(Brassica rapa var.purpuraria)线粒体基因组SSR 序列的分布特征,并与芸薹属主要物种进行比较,为紫菜薹SSR分子标记的开发及遗传进化研究提供参考。
【方法】利用MISA软件对紫菜薹及芸薹属6个基本种(包括白菜3个变种)的线粒体基因组进行搜索,并对搜索到的SSR序列分布特征进行比较分析。
【结果】在紫菜薹及芸薹属6个基本种(包括白菜3个变种)的线粒体基因组中,分别筛选到168、170、167、168、180、280、185、165、179个完整的SSR序列,相对密度分别为764、774、760、764、775、777、721、744、771个·Mb-1,SSR序列的总长度分别为1562、1577、1547、1562、1664、2564、1722、1524、1646 bp,占各自线粒体基因组序列总长度的比例分别为0.71%、0.72%、0.70%、0.71%、0.72%、0.71%、0.67%、0.69%和0.71%。
在1~6个不同核苷酸重复单元中,紫菜薹及芸薹属6个基本种的SSR序列均是单核苷酸重复单元最多,然后依次是二核苷酸、四核苷酸、三核苷酸、五核苷酸,均未发现六核苷酸重复单元。
其中,A/T、AG/CT、AT/AT和C/G是芸薹属线粒体基因组共有的常见重复单元类型。
【结论】紫菜薹线粒体基因组大小为219779 bp,共筛选出168个SSR分子标记,相对密度为764个·Mb-1,平均长度为9 bp,以单核苷酸重复单元的数量最多,其次为二、四核苷酸重复单元类型,具有较大的多态性标记开发潜力。
【总页数】8页(P49-56)【作者】肖婉钰;周贤玉;任海龙;黄红弟;郑岩松;张晶;许东林【作者单位】广州市农业科学研究院;广东省农业科学院作物研究所/广东省农作物遗传改良重点实验室;广东省良种引进服务公司【正文语种】中文【中图分类】S634.6【相关文献】1.枸杞转录组SSR分布特征分析及其与基因组SSR分布特征的比较2.基于烟草叶绿体基因组和线粒体基因组SSR标记的烟属植物遗传多样性分析3.柳紫闪蛱蝶线粒体基因组全序列及与相关蛱蝶类的比较分析(英文)4.烟草叶绿体基因组和线粒体基因组SSR位点分析5.金花菜与苜蓿属主要物种基因组SSR分布特征的比较分析因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
烟草EST-SSR位点分析
烟草EST-SSR位点分析张俊娥;李芬;孙蒙祥【期刊名称】《植物科学学报》【年(卷),期】2007(025)005【摘要】利用MISA软件对烟草EST公共数据库中的简单重复序列(SSRs)进行了分析.结果表明,在133 523条EST序列中,共获得81 757条SSR序列,SSRs之间的距离约为0.92 kb.其中,六碱基重复丰度最大,占60.3%,而单碱基、三碱基、四碱基、二碱基和五碱基重复丰度分别为20.0%、11.0%、4.2%、2.8%和1.7%.在单碱基、二碱基、三碱基和四碱基重复模体中,丰度最大的分别是A/T、AG、AAG 和AAAT,而CG在编码区内丰度很低.用CAP3软件进行冗余分析表明,在这6种类型的重复模体中,冗余与非冗余的烟草EST之间没有显著差异.在得到的SSR序列中随机选择10个序列设计引物,在7个烟草品种中进行PCR扩增.结果表明,10对引物全部扩增出PCR产物,其中8对引物扩增出预期片段.用这8组扩增出预期片段的PCR产物进行变性PAGE凝胶电泳检测,结果表明,其中有4对引物(EB4、EB5、EB6和EB8)扩增出多态性条带.%Simple sequence repeats (SSRs) of tobacco expressed sequence tags (EST) in public database were investigated by using computer program MISA (MIcroSAtellite).Up to 81 757 SSRs were found in 133 523 sequences and the average distance between SSRs was approximately 0.92 kb.Among them,hexanucleotide repeats (60.3%) were the most abundance,while the monomeric,trimeric,tetrameric,dimeric,and pentameric repeats are represented in decreasing proportions of20.0%,11.0%,4.2%,2.8%,and 1.7%,respectively.The most abundant motifwas A/T,AG,AAG and AAAT in monomeric,dimeric,trimeric,and tetrameric repeats,respectively.Whereas CG rich repeats are rarely found in the coding regions.The redundancy analysis indicated that no significant differences were observed between the redundant and non-redundant set of tobacco ESTs in individual SSR motifs.Ten pairs of primers flanking EST-SSR loci were designed to detect the polymorphism in seven tobacco cultivars.The analyses on denatured PAGE by silver staining confirmed the existence of polymorphism by these four pairs of primers of EB4,EB5,EB6,and EB8 among the seven tobacco cultivars.The SSR loci reported in this study are the first molecular DNA-based genetic markers developed from public ESTs database in tobacco.The EST-SSR markers will be useful information resource for germplasm characterization and crop improvement through genetic mapping and marker-assisted selection in tobacco.【总页数】5页(P427-431)【作者】张俊娥;李芬;孙蒙祥【作者单位】武汉大学生命科学学院,植物发育生物学教育部重点实验室,武汉,430072;武汉大学生命科学学院,植物发育生物学教育部重点实验室,武汉,430072;河南师范大学生命科学学院,河南新乡,453007;武汉大学生命科学学院,植物发育生物学教育部重点实验室,武汉,430072【正文语种】中文【中图分类】Q75;S572【相关文献】1.苎麻EST-SSR引物开发和高多态性位点分析 [J], 张瑾;李同建;曹彬;徐玲玲;廖亮2.翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)转录组EST-SSR位点的信息分析及其多态性检测 [J], 袁文成;黄鹤忠;李文龙;路瑶;张茂友;王荣泉3.基于转录组数据的马氏珠母贝EST-SSR位点的信息分析及其多态性检测 [J], 王忠良;丁燏;许尤厚;简纪常;鲁义善;王蓓;陈刚;吴灶和4.银杏转录组数据中EST-SSR位点的生物信息学分析 [J], 秦姣姣; 杨玉琦; 胡晓艳; 杜淑辉5.水曲柳EST-SSRs位点信息分析 [J], 孙宏冉;齐凤慧;詹亚光;叶鹏因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
线粒体定位序列介导的绿色荧光蛋白基因在烟草中表达的分析
线粒体定位序列介导的绿色荧光蛋白基因在烟草中表达的分析贺竹梅;李华平;陈谷;黄定华;李志芳;刘荣维;李宝健【期刊名称】《中山大学学报(自然科学版)》【年(卷),期】2002(041)003【摘要】由于绿色荧光蛋白可在活组织或细胞中直接检出,因而近年已在转基因植物的研究中用作报告基因,这样可在植物生长的任何阶段进行活体筛选和鉴定.本研究利用线粒体定位序列对改良gfp基因在转基因烟草中的表达进行了观察,结果表明:将GFP直接在细胞质中大量表达会对植物细胞产生毒性,从而影响植物细胞的分化,而将其定位在线粒体中,则从转化细胞产生植株的频率明显增高.【总页数】4页(P48-51)【作者】贺竹梅;李华平;陈谷;黄定华;李志芳;刘荣维;李宝健【作者单位】中山大学基因工程教育部重点实验室,广东,广州,510275;中山大学基因工程教育部重点实验室,广东,广州,510275;中山大学基因工程教育部重点实验室,广东,广州,510275;深圳农科中心花卉技术应用研究所,广东,深圳,518040;深圳农科中心花卉技术应用研究所,广东,深圳,518040;深圳农科中心花卉技术应用研究所,广东,深圳,518040;中山大学基因工程教育部重点实验室,广东,广州,510275【正文语种】中文【中图分类】Q78【相关文献】1.烟草H2A的序列分析、原核表达载体构建及诱导表达 [J], 童文艳;徐林娜;乔慧聪;李芬2.根癌农杆菌介导的绿色荧光蛋白基因在水稻植株中的表达 [J], 王爱民;高霞莉3.绿色荧光蛋白基因在烟草植株中的表达 [J], 罗忠训;夏胜4.烟草甲线粒体基因组序列测定与分析 [J], 夏丽媛;孙为伟;崔淼;伍祎5.烟草花叶病毒蚕豆株系RNA3’末端核甘酸序列分析及在大肠杆菌中的表达 [J], 周雪平;刘勇;薛朝阳;李德葆因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
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①
; 收稿日期 : 修改稿收到日期 : 2 0 1 1 0 8 1 9 2 0 1 1 1 1 1 2 - - - - ( ) ] ; ) 基金项目 : 中国烟草总公司项目 [ 中国烟草总公司云南省公司项目 ( 1 1 0 2 0 0 7 0 1 0 2 3, 1 1 0 2 0 1 1 0 1 0 1 0 J Y 0 4 0 8 A 0 5, 2 0 1 1 YN 0 4 - , , : 作者简介 : 李绪英 ( 女( 汉族 ) 硕士研究生 , 主要从事烟草分子生物学研究 。E-m 1 9 8 4- ) a i l l x 6 6 3 6 7 3 0 3@1 2 6. c o m y : 肖炳光 , 博士 , 副研究员 , 主要从事烟草育种与生物技术研究 。E-m a i l x i a o b 6 3. n e t * 通讯作者 : @2 g
①
烟草叶绿体基因组和线粒体 基因组 S S R 位点分析
2 , 李绪英1, 肖炳光2* , 高玉龙2, 姬广海1 ( ) 昆明 6 云南玉溪 6 1 云南农业大学 , 5 0 2 0 1; 2 云南省烟草农业科学研究院 , 5 3 1 0 0
摘 要: 利用生物信息学方法对烟草叶绿体和线粒体 基 因 组 数 据 中 的 S 在叶绿体 S R 信息进行了分析。结果 表 明, 。在 S 和线粒体基因组中分别获得 1 8 6和5 7 8个 S S R 位点 , S S R 间的平均距 离 分 别 为 8 3 8b 4 5b S R 的分布 p和 7 p 区域上 , 绝大多数 S 尤其是 5 区域; 在S 主 要 集 中 在 二、 三碱基重 S R 位点分布在 UT R( ′ UT R) S R 重 复 碱 基 类 型 上, 二者占总 S 其中三碱基重复类 型 丰 度 最 高 。 利 用 全 部 6 复, S R 位点的 9 0% 以上 , 5 7对 S S R 引物在供试的1 0份烟 发现所有引物均能获得目的片段 , 但在普通烟草内品种间并 未 检 测 到 多 态 性 , 而在烟草种间有 草材料中进行扩增 , 表明来源于烟草叶绿体基因组 2 6 对叶绿体基因组 S S R 引物和 1 7 8 对线粒体基因组 S S R 引物扩增出多态性条带, 分类 、 遗传多样性等方面研究 。 和线粒体基因组的 S S R 标记适合用于烟草种间进化 、 关键词 : 烟草 ; 叶绿体基因组 ; 线粒体基因组 ; S S R 中图分类号 : Q 7 8 9 文献标志码 : A
( ) : 西北植物学报 , 2 0 1 1, 3 1 1 2 2 3 9 9-2 4 0 5 A c t a B o t. B o r e a l . O c c i d e n t. S i n. - ( ) 1 0 0 0 4 0 2 5 2 0 1 1 1 2 2 3 9 9 0 7 文章编号 : - - -
A n a l s i s o f S S R L o c i i n C h l o r o l a s t G e n o m e a n d y p M i t o c h o n d r i a G e n o m e o f T o b a c c o( N i c o t i a n a)
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1 材料和方法
1. 1 材 料 1. 1. 1 植物材料 本 研 究 共 用 了 1 0 份 烟 草 材 料, 其中普通烟草栽培 种 和 烟 草 野 生 种 各 5 份 , 均由云 南省烟草 农 业 科 学 研 究 院 [ 中国烟草育种研究( 南 中心 ] 提供 。 具体名称详见表 1。 方) 1. 1. 2 烟草叶绿体 与 线 粒 体 基 因 组 数 据 烟 草 叶 绿体基因组数据与 线 粒 体 基 因 组 数 据 均 以 F A S TA : / / 文件格式下载自公共数据库 N C B I( h t t w w w. p / / ? ; n c b i . n l m. n i h . o v n u c c o r e 7 8 1 0 2 5 0 9 r e o r t =f a s t a g p : / / / / ? h t t w w w. n c b i . n l m. n i h . o v n u c c o r e 5 6 8 0 6 5 1 3 p g ) 。其 中, 烟草叶绿体基因组( r e o r t =f a s t a N. s l - p y , 林烟草 ) 全长为 1 烟草线粒体基因 v e s t r i s 5 5 9 4 1b p; 普通烟草 ) 全长为 4 组( N. t a b a c u m, 3 0 5 9 7b p。 1. 2 方 法 1. 2. 1 烟草叶绿体基 因 组 与 线 粒 体 基 因 组 S S R位 : / / 点的 搜 寻 利 用 S S R I T 软件 ( h t t w w w. p / / / ) 分别在所获 s e a r c h e s s s r t o o l r a m e n e . o r r a m e n e g g g 得的烟草全长叶绿体基因组和线粒体基因组内进行 该 软 件 仅 用 于 查 找 二、 三、 四、 S S R 位点信 息 搜 索 , 五、 六碱基5种类型的 S S R。 对 于 单 碱 基 类 型 的 , S S R信息用 T R F 软件( T a n d e m R e e a t s F i n d e r p / / / / ) 进 行 搜 寻。 h t t t a n d e m. b u. e d u t r f t r f . h t m l p: 单 碱 基 重 复 ≥2 二碱 S S R 搜索的参数 设 置 为 : 0b p; ; ; 基重复 ≥1 8b 1b p 三碱基重复 ≥2 p 四碱基 重 复 ≥ 五碱基重复 ≥2 六碱基重复 ≥2 1 6b 0b 4b p; p; p。 1. 2. 2 S S R 引物的开发与多态性分析 利用 P e r l 语言编写程序 , 在符合条件的 S 位点两侧各截 取 S R 在叶绿体基因组中截 8 0~1 0 0b p 长的核苷酸 序 列 ( , 用 取8 0b 0 0b p而在线粒体基因组中截取1 p) ( / / / / P r i m e r 3 h t t www. f r o d o . w i . m i t . e d u c i b i n - p: g 设 计S 在设计引物时, 主要考虑 r i m e r 3) S R引 物 。 p