基因组重测序mutmap分析

单个性状定位主要针对有参考基因组的物种，通过混合分组分析（BSA）的手段，利用二代高通量测序得到数据与参考序列比对开发分子标记，进行标记与性状的共分离分析，检测变异并进行性状相关区域的基因结构及功能的注释，分析基因控制目标性状的机制。单个性状定位主要分为以下3个产品：MutMap、QTL-seq以及功能基因挖掘。
MutMap：即突变位点图谱，针对有参考基因组的突变体物种，通过目标性状差异构建两个极端的子代DNA池，检测功能性突变位点。诺禾致源已做过多种动、植物突变检测项目。

主要的农艺性状是由多基因控制的，而单个基因仅引起较小的表型效应，故而对其鉴定和克隆非常困难。
我们在此介绍MutMap，该方法基于对一个分离群体中呈现有用表型植株的DNA混合后而进行的全基因组重测序。
在MutMap中，一个突变体与其野生型品系杂交后自交，在F2群体中可以明确观察到表型差异的分离情况。
这一方法尤其适用于作物物种，可以使遗传杂交次数最小化，而可得到突变表型的F2子代是必须的。
我们将MutMap应用于一个日本骨干水稻栽品种的7个突变体，鉴定出来包含了淡绿色叶片和半矮生突变表型
相关突变位点的唯一基因组区域。这些结果显示MutMap可以加速水稻和其它作物的遗传改良。



日本水稻骨干栽培种Hitomebore（一目惣），EMS处理得1200个M1系，自交3-4代，得M3-M4。
选纯和隐性突变体与野生型Hitomebore杂交后自交得F2群体，群体大于200子代，
野生型与突变型分离比为3:1，被选用于MutMap分析。
选择20个突变性状的F2子代进行DNA提取，混合后全基因组重测序(10X以上)，
经信息分析可实现突变点的初定位，突变位点平均初定位区域为2.1Mb。