如何用NCBI和uniprot数据库查找目的蛋白的氨基酸序列或目的基因的碱基序列

NCBI 良心教程,寻找基因转录本序列及相关编码蛋白

NCBI 良心教程，寻找基因转录本序列及相
3.点击search 进入该界面关编码蛋白
提及NCBI 我们大家都不陌生，研究物种基因功能可都靠它呢。

在NCBI 的快速搜索下，基因转录本序列以及相关编码蛋白信息那也是手到擒来。

然而当我们查找某个基因的相关信息时，就会发现该基因有很多个转录本。

所以尽管基因查询很简单，但要精确定位到自己所需的转录本核酸序列及蛋白信息仍是一个问题，今天小编就手把手教大家如何通过经NCBI 搞定此难题，以栗子为主，包学包会。

步骤
1.打开pubmed：https:///pubmed
2.选择基因并输入你要查找的基因名称，这里以TP53 基因为例：
4.点击第一个TP53 进入以下界面
5.下拉到NCBI Reference Sequences (RefSeq)区域，mRNA and Protein(s)下显示的就是该基因的转录本及其编码的蛋白：
6.一直下拉会发现该基因共有15 个转录本
案例
以第一个转录本为例来告诉大家怎样查找转录本的核苷酸序列及其编码的蛋白质的氨基酸序列。

7.点击NM_000546.5 后会出现以下界面
8.下拉到ORIGIN 区域即为该转录本的核苷酸序列
9.返回到以下界面
10.点击NP_000537.3 后会看到以下界面
11.下拉到ORIGIN 区域即为该转录本编码的蛋白质的氨基酸序列
获得该转录本的ORF 序列12.返回到以下界面
13. 点击CCDS11118.1 后会出
现
14.下拉到Nucleotide Sequence 区域即为该转录本的ORF 序列，Translation 区域是该转录本编码的蛋白质的氨基酸序列。

蛋白质数据库使用说明

引言：蛋白质数据是生物信息学领域中非常重要的资源之一，它提供了大量关于蛋白质序列、结构、功能以及相互作用等方面的信息。

本文旨在介绍如何使用蛋白质数据库，帮助用户更好地利用这一资源进行研究。

概述：蛋白质数据库是一个集成了许多蛋白质信息的在线资源，用户可以通过搜索、浏览、等方式获取所需的信息。

其中，常用的蛋白质数据库包括NCBI、UniProt、PDB等。

这些数据库提供了丰富的蛋白质数据，并且不断更新以满足用户需求。

正文内容：1.数据库搜索功能1.1.关键词搜索1.1.1.输入蛋白质名称1.1.2.输入序列片段1.1.3.输入关键词1.2.高级搜索选项1.2.1.提供更精确的搜索结果1.2.2.支持过滤和排序功能1.2.3.可以根据相关字段进行搜索2.数据库浏览功能2.1.蛋白质分类2.1.1.按物种分类2.1.2.按功能分类2.1.3.按家族分类2.2.数据表格浏览2.2.1.查看蛋白质基本信息2.2.2.查看蛋白质序列2.2.3.查看蛋白质结构2.3.数据图谱浏览2.3.1.查看蛋白质相互作用网络2.3.2.查看蛋白质结构域分布2.3.3.查看蛋白质功能注释3.数据库功能3.1.蛋白质序列数据3.1.1.全部序列3.1.2.特定物种的序列3.2.蛋白质结构数据3.2.1.已解析的蛋白质结构3.2.2.蛋白质结构预测结果3.3.蛋白质相互作用数据3.3.1.已验证的相互作用数据3.3.2.预测的相互作用数据4.数据库工具与资源4.1.序列比对工具4.1.1.BLAST4.1.2.PSIBLAST4.2.结构预测工具4.2.1.SWISSMODEL4.2.2.Phyre24.3.功能注释资源4.3.1.GeneOntology4.3.2.InterPro4.4.数据库交互接口4.4.1.提供API接口4.4.2.支持数据提交与5.数据库更新与维护5.1.数据更新频率5.2.数据质量保证5.3.用户反馈与支持5.4.数据库版本与历史记录总结：蛋白质数据库为研究人员提供了丰富的蛋白质信息资源，通过搜索、浏览、等功能，用户可以轻松地获取需要的数据。

巧用数据库我是如何使用NCBI，UCSC，Ensembl，Uniprot四个数据库的？

巧⽤数据库我是如何使⽤NCBI，UCSC，Ensembl，Uniprot四个数据库的？我们吉凯基因⽹上商城()中引物产品对应的基因⽬前已经覆盖NCBI refseq数据库、mirbase数据库、circbase数据库中human，mouse，rat的所有基因以及Ensembl数据库的部分基因。

但今天呢，我们不说我们的引物产品，也不谈数据之间的差别，就说说这⼏个数据库到底能做什么？⽏庸置疑，NCBI，UCSC，Ensembl，UniProt四个数据库功能⾮常强⼤，下⾯给⼤家介绍下我⾃⼰⽤的最多的功能。

NCBI 中BLAST⼯具NCBI中的Nucleotide BLAST、Protein BLAST、BLAST Genomes（对应图中的1、2、3），这三种⽐对⼯具⽤的最多，其余两种blastx、tblastn（对应图中的4和5），⽤的相对较少，但是不得不说，真的好⽤！！1.Nucleotide BLAST（BLASTN）：nucleotide–nucleotide BLAST，核苷酸与核苷酸⽐对⼯具，可以序列之间⽐对，也可以与NCBI nucleotide database⽐对；2.Protein BLAST（BLASTP）：protein–protein BLAST，蛋⽩序列与蛋⽩序列⽐对⼯具。

可以序列之间⽐对，也可以与NCBI Protein database⽐对；3.BLAST Genomes：核苷酸与选择的基因组之间的⽐对；4.blastx：核苷酸与蛋⽩序列⽐对，将给定的核酸序列按照六种阅读框架将其翻译成蛋⽩质与蛋⽩质数据库中的序列进⾏⽐对，对分析新序列和EST很有⽤；5.tblastn：将给定的氨基酸序列与核酸数据库中的序列（双链）按不同的阅读框进⾏⽐对，对于寻找数据库中序列没有标注的新编码区很有⽤；只有将两个数这五种⽐对⼯具相信⼤家都⽤过，那么⽐对结果怎么看呢？以tblastn举例。

⽐对结果中需要注意Query Coverage和Identities两个数值，只有将两个数值结合起来看，才能很好地说明序列的⽐对情况。

ncbi使用方法

ncbi使用方法（原创版4篇）《ncbi使用方法》篇1CBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心的缩写，它提供了许多生物学和生命科学相关的数据库和工具。

以下是使用NCBI 的一些基本方法：1. 核酸序列数据库（Nucleotide Sequence Database）：在NCBI 主页上，可以选择核酸序列数据库，输入序列名称或序列号，然后点击“Search”按钮即可查询序列信息。

2. 蛋白质序列数据库（Protein Sequence Database）：在NCBI 主页上，可以选择蛋白质序列数据库，输入蛋白质名称或蛋白质号，然后点击“Search”按钮即可查询蛋白质信息。

3. 基因组数据库（Genome Database）：在NCBI 主页上，可以选择基因组数据库，输入基因组名称或基因组号，然后点击“Search”按钮即可查询基因组信息。

4. 代谢通路数据库（Metabolic Pathway Database）：在NCBI 主页上，可以选择代谢通路数据库，输入代谢通路名称或代谢通路号，然后点击“Search”按钮即可查询代谢通路信息。

5. 生物投影数据库（BioProject Database）：在NCBI 主页上，可以选择生物投影数据库，输入生物投影名称或生物投影号，然后点击“Search”按钮即可查询生物投影信息。

6. 序列比对工具（Sequence Alignment Tool）：NCBI 提供了一款名为“Clustal Omega”的序列比对工具，可以在NCBI 主页上使用该工具进行序列比对。

7. 基因表达数据库（Gene Expression Database）：NCBI 提供了一款名为“GEO”的基因表达数据库，可以在NCBI 主页上查询基因表达数据。

8. 蛋白质结构数据库（Protein Structure Database）：NCBI 提供了一款名为“RCSB PDB”的蛋白质结构数据库，可以在NCBI 主页上查询蛋白质结构信息。

NCBI良心教程寻找基因转录本序列及相关编码蛋白

NCBI良心教程寻找基因转录本序列及相关编码蛋白NCBI (National Center for Biotechnology Information) 是一个全球顶级的生物医学数据库，提供了大量的基因序列和相关的生物信息。

在这个教程里，我们将介绍如何在NCBI中基因转录本序列以及相关编码蛋白。

第一步：访问NCBI网站首先，打开你的浏览器，并输入 "NCBI"，然后点击按钮。

在结果中，选择并点击进入 "NCBI - National Center for Biotechnology Information" 的官方网站。

第二步：选择数据库在NCBI的官方网站中，你可以看到很多不同的数据库。

对于本教程，我们将使用 "GenBank" 数据库来基因转录本序列以及相关编码蛋白。

点击页面左上角的 "Databases" 菜单，然后选择 "Nucleotide" 数据库，它是用于基因序列的数据库。

第三步：基因转录本序列在 "Nucleotide" 页面中，你会看到一个框，可以输入你感兴趣的基因的名称或相关关键词。

在框中输入基因的名称或相关关键词，然后点击按钮。

此时，你将看到与该基因相关的转录本序列的结果列表。

除了查找基因转录本序列，你还可以使用NCBI相关的编码蛋白质序列。

在 "Nucleotide" 页面中，选择 "Protein" 或 "Protein database" 选项卡。

在框中输入与你感兴趣的蛋白质相关的关键词，并点击按钮。

此时，你将看到与该蛋白质相关的转录本或基因的结果列表。

点击结果列表中感兴趣的蛋白质，你将进入蛋白质的详细页面。

在这个页面上，你可以找到该蛋白质的序列以及其他相关信息。

总结：在NCBI中基因转录本序列及相关编码蛋白可以通过以下步骤完成：1.访问NCBI官方网站；2.选择 "GenBank" 数据库；3.你感兴趣的基因的名称或相关关键词；4.点击结果中的转录本，查看序列和其他详细信息；5.如果你想相关编码蛋白质，选择 "Protein" 选项卡，并输入相关关键词；6.点击结果中的蛋白质，查看蛋白质序列和其他相关信息。

教你使用 NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST 序列比对

一步一步教你使用NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST 序列比对等最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对……，这些问题在NCBI 上都可以方便的找到答案。

现在我就结合我自己使用NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下BCBI 的使用。

希望大家都能发表自己的使用心得，让我们共同进步！我分以下几个部分说一下NCBI 的使用：Part one 如何查找基因序列、mRNA、PromoterPart two 如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列Part three 运用STS 查找已经公布的引物序列Part four 如何运用BLAST 进行序列比对、检验引物特异性特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。

关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充First of all，还是让我们从查找基因序列开始。

第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）下面以人的IL6（白细胞介素6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址为：/mapview/index.html在search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。

操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene 前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。

2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。

NCBI如何查找序列

1下面以人的 IL6（白细胞介素 6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址为：/mapview/index.html 在 search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。

操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。

2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。

尽管你分别点击后，序列代码、序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。

现在普遍采用的是最上面的那个序列，这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的一个序列。

我也推荐大家使用这个序列。

4．点击上述三条序列第一条序列（即 reference）对应的"Genes seq"，出现新的页面，页面下方为：5．点击上图出现的“Download/View Sequence/Evidence ”，即下载查看序列等功能，结果如图所示：先对上面这张图做点简要的说明，在 Sequence Format（序列输出格式）后面是一个下拉式选择菜单，默认的为 FASTA 格式，还有一个是 GenBank 格式。

我推荐大家选择 GenBnak格式，因为这个格式提供了很多该基因的信息，而 FASTA格式只有基因序列。

6．在 Sequence Format 后选择 GenBank，然后点击下面的 Display，目的基因的相关信息和序列就出现在眼前了。

点击后如图所示（网页较大，只抓取一小部分以作示范）：在上述打开的网页中，你可以看到基因长度，基因序列，以及这个基因是如何被报道出来的等各种信息。

你会看到: mRNAjoin(3598..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..8394) 这代表了从基因的 3598位开始就是转录区了，即我们常说的 mRNA 片断，由于内含子的存在，所以 mRNA 在DNA 序列上分成了几段。

NCBI使用方法介绍

NCBI使用方法介绍一、Map viewer查找基因序列，RNA，启动子下面以人的IL6（白细胞介素6）为例讲述一下具体的操作步骤1、A. 打开Map viewer页面，网址为在search的下拉菜单里选择物种，for后面填写你的目的基因。

2、B. 点击“GO”：C. 在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene前面的小方框里打勾，然后点击Filter：说明一下：1.1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。

1.2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。

尽管你分别点击后，序列代码、序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。

现在普遍采用的是最上面的那个序列，这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的一个序列。

我也推荐大家使用这个序列。

1.3、点击上述三条序列第一条序列（即reference）对应的"Genes seq"，出现新的页面，1.4、点击上图出现的“Download/View Sequence/Evidence ”，即下载查看序列等功能，先对上面这张图做点简要的说明，在Sequence Format（序列输出格式）后面是一个下拉式选择菜单，默认的为FASTA格式，还有一个是GenBank 格式。

我推荐大家选择GenBnak格式，因为这个格式提供了很多该基因的信息，而FASTA格式只有基因序列。

1.5、在Sequence Format后选择GenBank，然后点击下面的Display，目的基因的相关信息和序列就出现在眼前了。

在上述打开的网页中，你可以看到基因长度，基因序列，以及这个基因是如何被报道出来的等各种信息。

你会看到: mRNA join(3598..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..8394) 这代表了从基因的3598位开始就是转录区了，即我们常说的mRNA 片断，由于内含子的存在，所以mRNA在DNA序列上分成了几段。

NCBI如何查找序列

NCBI如何查找序列NCBI（National Center for Biotechnology Information）是一个提供生物医学信息服务的国家机构。

NCBI的数据库中包含了大量的生物医学和基因组学的数据和文献，其中包括各种序列数据。

在NCBI上查找序列包括以下几个步骤：2. 选择数据库：由于NCBI有多个数据库，您需要选择适当的数据库来查找您感兴趣的序列。

常用的数据库包括：GenBank、RefSeq、PubMed 等。

3. 使用基本：如果您已经知道您要查找的序列的具体信息，您可以使用基本进行查找。

在NCBI的主页上，您可以看到一个栏，您可以在这里输入您的查询。

例如，如果您想查找一些基因的序列，您可以输入基因的名称或序列的Accession号码。

4. 使用高级选项：如果您想进行更精确的，您可以使用高级选项。

在栏旁边有一个下拉菜单，您可以在这里选择“Advanced search”选项。

在高级页面上，您可以选择更多的限定条件进行。

例如，您可以选择限制的数据库、限定结果的时间范围、指定关键字的位置等。

5. 根据结果浏览：NCBI将会返回与您的查询相匹配的结果列表。

您可以点击每个结果的标题来查看详细信息。

在详细信息页面上，您可以找到该序列的Accession号码、相关文献、相关数据库的链接等。

7. 进行进一步分析：一旦您获得了您感兴趣的序列，您可以将其用于进一步的分析。

您可以在NCBI的其他数据库中使用该序列进行比对、注释、序列比较等。

例如，您可以将序列输入到BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）进行比对，并获得与该序列相似的其他序列。

总之，NCBI是一个强大的工具，能够提供各种生物医学信息和序列数据。

通过使用NCBI的功能和相应的数据库，您可以找到所需的序列并进行相关的生物信息学分析。

(整理)在NCBI里查询物种基因与蛋白质序列

8.前面选择Protein,输入物种名如Poria cocos,搜索出来如下内容，
9.选择标题，如选择2，
10.进入之后为如下内容。
（5）阐述划分评价单元的原则、分析过程等。
规划编制单位应当在报送审查的环境影响报告书中附具对公众意见采纳与不采纳情况及其理由的说明。
4）按执行性质分。环境标准按执行性质分为强制性标准和推荐性标准。环境质量标准和污染物排放标准以及法律、法规规定必须执行的其他标准属于强制性标准，强制性标准必须执行。强制性标准以外的环境标准属于推荐性标准。
11.点击FASTA,
以森林为例，木材、药品、休闲娱乐、植物基因、教育、人类住区等都是森林的直接使用价值。
[例题-2006年真题]下列关于建设项目环境影响评价实行分类管理的表述，正确的是（）
7.作出评价结论
（3）环境影响评价中应用环境标准的原则。
（2）区域、流域、海域的建设、开发利用规划。环境影响篇章或说明
1.进入NCBI
2.选择：Nucleotide,输入物种拉丁名如Poria cocos
3.查询得如下：
4.选择该标题
5.进入之后就是一下画Βιβλιοθήκη ，6.点击下图中的FASTA，
7.进入之后就是以下内容，也是最终结果，其中，物种名为：Poria cocos ,登录号为：EF397600，基因序列为：GACCTCAG...........
（1）非煤矿矿山的建设项目（注：对煤矿建设项目有单独特别规定）；12.进入之后为如下内容，其中物种名为：Wolfiporia cocos
，登陆号为：AFR13038.1，蛋白质序列为：MSSSSAKVQKRQKFEAVFPVLRDEL。。。。。。。。。。。
2）间接使用价值。间接使用价值（IUV）包括从环境所提供的用来支持目前的生产和消费活动的各种功能中间接获得的效益。

NCBI如何查找序列

1下面以人的 IL6（白细胞介素 6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址为：/mapview/index.html 在 search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。

操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。

2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。

尽管你分别点击后，序列代码、序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。

现在普遍采用的是最上面的那个序列，这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的一个序列。

我也推荐大家使用这个序列。

4．点击上述三条序列第一条序列（即 reference）对应的"Genes seq"，出现新的页面，页面下方为：5．点击上图出现的“Download/View Sequence/Evidence ”，即下载查看序列等功能，结果如图所示：先对上面这张图做点简要的说明，在 Sequence Format（序列输出格式）后面是一个下拉式选择菜单，默认的为 FASTA 格式，还有一个是 GenBank 格式。

我推荐大家选择 GenBnak格式，因为这个格式提供了很多该基因的信息，而 FASTA格式只有基因序列。

6．在 Sequence Format 后选择 GenBank，然后点击下面的 Display，目的基因的相关信息和序列就出现在眼前了。

点击后如图所示（网页较大，只抓取一小部分以作示范）：在上述打开的网页中，你可以看到基因长度，基因序列，以及这个基因是如何被报道出来的等各种信息。

你会看到: mRNAjoin(3598..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..8394) 这代表了从基因的 3598位开始就是转录区了，即我们常说的 mRNA 片断，由于内含子的存在，所以 mRNA 在DNA 序列上分成了几段。

用uniprot检索蛋白序列

用uniprot检索蛋白序列
Uniprot是世界上最大的蛋白质数据库之一，包括了大量的蛋白质序列、功能、结构和相互作用等信息。

在进行生物信息学研究的过程中，常常需要从Uniprot中检索蛋白质序列，以便进行后续的分析和研究。

在使用Uniprot检索蛋白序列时，首先需要进入Uniprot网站并进行
注册，注册完成后，即可开始使用Uniprot提供的各种功能。

在检索
蛋白序列之前，可以先根据需要设置相关的检索条件，例如蛋白名称、序列长度、生物学功能、亚细胞定位和物种等信息，以提高检索效率
和准确性。

在输入检索条件后，Uniprot会返回符合条件的蛋白质列表，用户可
以根据需要选择感兴趣的蛋白质进行查看和下载。

同时，Uniprot还
提供了详细的蛋白质信息，包括基因名称、功能注释、结构域、同源
序列、文献引用和序列特性等，这些信息可以帮助研究人员更深入地
了解蛋白质的生物学特性和功能。

Uniprot不仅提供了蛋白质序列的检索和下载服务，还提供了多种工
具和数据库，例如序列比对、序列注释、蛋白结构、基因本体论、互
作网络和化学生物学等，这些工具和数据库可以帮助研究人员深入地
探究蛋白质的结构和功能。

同时，Uniprot还定期更新数据库，保持
其信息的完整性和准确性。

综上所述，Uniprot是一个非常有价值的蛋白质数据库，在生物信息学研究中发挥着重要的作用，可以帮助研究人员更加深入地了解蛋白质的生物学特性和功能。

同时，通过Uniprot检索蛋白序列，研究人员可以为后续的生物信息学研究提供有力的支持和帮助。

生物信息学数据库NCBI的检索与利用

生物信息学数据库NCBI的检索与利用
生物信息学数据库NCBI的检索与利用
Running Saved Searches and Checking for New Results Sorting Searches
Deleting a Search
生物信息学数据库NCBI的检索与利用
My NCBI — Using Preferences
and disease.
生物信息学数据库NCBI的检索与利用
生物信息学数据库NCBI的检索与利用
NCBI - Entrez 检索平台
① 词间默认逻辑关系为AND ② 短语检索加引号“”; ③ 使用的逻辑运算符有AND、OR 和 NOT; ④ 支持截词检索, 截词符用*表示
生物信息学数据库NCBI的检索与利用
plantfungalalgal生物信息学数据库生物信息学数据库ncbi的检索与利用的检索与利用蛋白质序列蛋白质序列碱基序列碱基序列序列开始标志序列开始标志序列终止标志序列终止标志生物信息学数据库生物信息学数据库ncbi的检索与利用的检索与利用字段字段含义含义解释解释locusaccessiondefinitionkeywordssourceorganismreferenceauthorstitlejournalcommentsmedlinefeaturesbasecountoriginidentifieraccessionnumberdescriptionkeywordsorganismspeciesorganismclassificationreferencenumberreferenceauthorsreferencetitlereferencelocationdatabasecrossreferencemedlinenumberfeaturetableheaderdata序列名称性质描述序列接受号序列定义关键词来源种属来源分类参文条目参文作者参文题目参文出处交叉索引medline号序列性质表头数据碱基数目序列开始标志序列终止标志terminationlinegenbank的主要字段及其含义的主要字段及其含义生物信息学数据库生物信息学数据库ncbi的检索与利用的检索与利用检索字段限制检索字段限制分子类型选择分子类型选择基因位置限定基因位置限定序列片段限定序列片段限定数据更新数据更新日期限定日期限定检索框检索框功能键功能键信息来源信息来源生物信息学数据库生物信息学数据库ncbi的检索与利用的检索与利用提供用户预览检索结果和索引检索修改检索式的方便生物信息学数据库生物信息学数据库ncbi的检索与利用的检索与利用pubmed生物信息学数据库生物信息学数据库ncbi的检索与利用的检索与利用允许用户根据不同的数据库进行特殊字段的检索生物信息学数据库生物信息学数据库ncbi的检索与利用的检索与利用提供用户预览检索结果和索引检索修改检索式的方便生物信息学数据库生物信息学数据库ncbi的检索与利用的检索与利用点击history可以浏览检索历史并能进行组配检索生物信息学数据库生物信息学数据库ncbi的检索与利用的检索与利用生物信息学数据库生物信息学数据库ncbi的检索与利用的检索与利用生物信息学数据库生物信息学数据库ncbi

NCBI良心教程寻找基因转录本序列及相关编码蛋白

NCBI良心教程寻找基因转录本序列及相关编码蛋白NCBI（National Center for Biotechnology Information）是一个提供生物医学信息的国际性资源库，其中包含了大量的生物学数据库和工具，包括基因序列数据库（如GenBank）、蛋白质序列数据库（如UniProt）、文献数据库（如PubMed）等。

在NCBI上寻找基因转录本序列及其相关编码蛋白可以通过以下步骤实现。

第二步：使用NCBI的功能，输入你感兴趣的基因的名称或编号，点击。

第三步：在结果页面中选择合适的结果。

通常，结果中会列出与你内容相关的不同数据库的条目。

第四步：选择GenBank数据库的条目，该数据库包含了基因、转录本和蛋白质序列的信息。

第五步：在GenBank条目页面中，你可以找到关于该基因的详细信息，包括不同的转录本和它们的序列。

第六步：点击转录本序列链接，你将进入转录本信息页面。

在该页面上，你将看到与该转录本相关的信息，包括其序列。

第七步：如果你对转录本的编码蛋白感兴趣，在转录本信息页面上找到蛋白质序列的链接。

点击该链接，你将进入蛋白质信息页面，其中包含关于该蛋白质的详细信息，包括其序列。

第八步：通过阅读转录本和蛋白质的信息，你可以获取更多关于基因及其编码蛋白的详细了解，并进行进一步的研究。

除了以上的步骤，你还可以利用NCBI的一些工具和功能来辅助你寻找基因转录本序列及其相关编码蛋白。

比如，你可以使用NCBI的BLAST （Basic Local Alignment Search Tool）工具来比对你感兴趣的序列与已知的序列进行比对，从而找到与之相似的序列，这有助于寻找与你研究主题相关的基因转录本和蛋白质。

综上所述，NCBI是一个非常有用的资源，可以帮助你寻找基因转录本序列及其相关编码蛋白。

通过利用NCBI的功能、浏览GenBank数据库条目以及使用工具和功能，你可以找到你感兴趣的基因转录本和蛋白质的详细信息，并进行进一步的研究。

如何用NCBI和uniprot数据库查找目的蛋白的氨基酸序列或目的基因的碱基序列

运用NCBI数据库查找目的蛋白序列或目的碱基序列
第1种方法
1.打开NCBI官网，并选择Gene菜单，如下图。

2.在搜索栏内输入想要查找的蛋白名称或基因名称，此处以基因RSK2为例，如图。

3.在搜索结果中查找目的蛋白，注意Description栏会标明物种信息，以human为例，Aliases 栏会列出目的蛋白的各种别名。

4.在Searchresult页面中点击你要找的蛋白名称（Name/Gene ID），进入页面并在页面找到“”“NCBI Reference Sequences (RefSeq)”条目，并在其子条目中找到“mRNA and Protein(s) ”，查找mRNA碱基序列点击NM，查找蛋白氨基酸序列点击NP，以下以查找mRNA碱基序列为例如下：
点击NM-004586.2进入页面后如下：
在页面下方会列出mRNA的序列：
第2中方法
1.进入Uniplot数据库，在搜索栏中直接输入要查找的基因或蛋白名称，如下图：
2.进入以下页面：
3.在搜索结果Entry name栏中会列出不同物种选项，且会有Protein names及Gene names，点击所要选择物种蛋白，进入以下页面。

4.点击页面页面左侧的Sequence栏，并找到Sequence databases，其下面表格中有RefSeq i，其中包含NP及NM。

5.此处以查找mRNA为例，点击NM，页面会跳转至NCBI的查找页面，如下：。

NCBI上下载基因序列

一、NCBI上下载基因序列、mRNA 、CDS序列的方法1.打开NCBI网站，第一个框选择Gene，第二个框输入基因名称，如ALK基因，点击Search。

2.进入第二页面后，会看到如下一系列跟ALK基因相关的信息，根据description 和location 的信息，找到自己需要的基因。

空色框中表示的是物种，我需要的是人类的基因，故选择第一个。

点击ALK,进入下一个页面。

3.进入后，会看到以下关于ALK基因的详细信息：这些信息可以略过，往下查看，点击下图红色框中的See ALK in Genome Data Viewer，进入下个页面。

4.进入后会看到如下页面，：将鼠标箭头放在图中红色框中的绿色线上2--5秒，不用点击。

会看到下面的界面：（有些基因会出现好几个，根据自己的要求选择）第一个红色框中：NP 004295.2 表示蛋白质序列，NP代表蛋白质，004295是编号，后面的.2 代表更新状态，数值越大，版本越新。

NM 004304.4 表示mRNA 序列，NM表示mRNA，004304是编号，后面的.4 代表更新状态，数值越大，版本越新。

第二个红色框中：CCDS33172.1 表示CDS序列，CCDS表示CDS，命名规则同上。

第三个红色框中：NC 000002.12(29,192,774...29,921,611) 表示完整的基因序列，NC表示基因组。

括号中的数字表示这个基因的碱基长度，从29,192,774bp到29,921,611bp。

要下载蛋白序列、mRNA 序列、CDS序列、基因序列，直接点击红色框中的链接即可。

5.这里下载基因序列，点击后出现如下界面：点击右边的Send complete record file format（有好几种格式）Create File。

常用的是FASTA 格式和GenBank 格式。

GenBank 格式保存的信息更全面。

至此就把ALK基因的序列下载了。