DNA甲基化测序

DNA甲基化测序服务

DNA甲基化是表观遗传学（Epigenetics）的重要组成部分，在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要的作用，是目前新的研究热点之一。在哺乳动物中，甲基化一般发生在CpG的胞嘧啶5位碳原子上，通过使用5’-甲基胞嘧啶抗体富集高甲基化的DNA片段，并结合Illumina高通量测序平台，对所有富集的DNA片段进行高通量测序，研究人员能够获得全基因组范围内高精度的甲基化状态，为深入的表观遗传调控分析提供了更有利的切入点。

DNA甲基化测序技术优势

¾灵活度高：能够直接对任意物种的高甲基化片段进行测序，无需已知的基因组序列信息。

¾检测范围广：覆盖整个基因组范围的甲基化区域。

¾精确度高：能够在实际结合位点50个碱基范围内精确定位。

¾数字化信号：直接对甲基化片段进行测序和定量，不存在传统芯片杂交的荧光模拟信号带来的交叉反应和背景噪音问题。

图1 MeDIP-Seq测序技术能够覆盖整个基因组区域包括启动子区、内含子、外显子、基因间，甚至是一些重复序列，并能分析这些区域各自的甲基化程度，右上角的不同颜色就代表了不同的甲基化程度（摘自Down TA., et al, 2008, Nature Biotechnology）。

康成生物提供的DNA甲基化测序服务流程：

1. 甲基化DNA免疫共沉淀（MeDIP）

2. 测序文库构建

¾双链DNA末端修复及3’末端加’A’

¾使用特定的测序接头连接DNA片段两端

¾高保真聚合酶扩增构建的测序文库

3. DNA成簇（Cluster）扩增

4. 高通量测序（Illumina Genome Analyzer IIx）

5. 数据分析

¾原始数据读取

¾与数据库比对并进行注释

¾确定甲基化位点

¾深层次数据分析

6. 提供实验报告

¾原始数据报告（Fasta-Q格式），包含所有

测序序列信息，碱基读取质量评估

¾基本数据分析报告（Excel表格），包含有

效序列的序列信息、与参考基因组比对后的

注释信息等。

¾高级数据分析（应客户要求定制），如甲基化区域（enriched region）鉴定，分析两样本间甲基化水平有差异的区域并注释，结合表达谱分析其对基因的表达调控。