生信理论题汇总

()是指进化树的拓扑形状是由序列上的每个状态决定的。

距离依靠法(distance methods)

独立元素法(discrete character methods)

BLAST搜索结果中E VALUE的含义是什么？

S值可靠性的评价

两条序列的相同碱基或者氨基酸的个数

预测蛋白质上的跨膜区，可使用以下哪种软件或方法（）

GOR

Tmpred 对

Chou-Fasman算法

GeneSplicer

以下不属于蛋白质序列数据库的是（）

PIR 是

PDB 蛋白质三维结构

Swiss-Prot 是

TrEMBL EMBL的翻译数据库

下列哪个矩阵通过计算一个氨基酸残基转变到另一个氨基酸残基所需的密码子变化数目而得到，矩阵元素的值对应于代价？

疏水性矩阵

PAM矩阵

等价矩阵

遗传密码矩阵GCM

以下哪个软件可以用来预测玉米的ORF？

GENSCAN 对

GeneMark

GenMark

GENESCAN

做blastp时使用下列哪个打分矩阵？对

等价矩阵

BLOSUM矩阵对

疏水性矩阵

遗传密码矩阵

以下哪个软件通过对特征序列(GT-AG)的分析进行直接内含子/外显子剪接位点识别？

GTAG

NetGene2 对

Spidey

基于单个同源基因差异构建的系统发生树称为

基因树

基本局部比对搜素工具是（）对

BLAST 对

Mega

GCG

ClustalW

要在数据库查询一段与某DNA序列编码蛋白质最相似的序列，应选择（）对

tblastp 库里答案

tblastn 错蛋白-核酸比对

blastx 错核酸-蛋白比对

blastn 错核酸-核酸比对

blastp 蛋白-蛋白

()是指进化树的拓扑形状由两两序列的进化距离决定的。

距离依靠法(distance methods)

独立元素法(discrete character methods)

登录NCBI主页，分别使用BLOSUM62和PAM30打分矩阵，其他条件均使用BLAST默认条件，搜索同一蛋白质序列。分析获得的序列，大多数情况下哪一个数据库搜索获得的匹配序列多？

BLOSUM62 对

PAM30

如果想要查找单核苷酸多态性数据，优先选择下列数据库中的哪一个？

OMIM

SNP 对

UniGene

PubMed

下列哪个程序是用蛋白质序列搜索蛋白质序列数据库？

blastn

tblastx

blastp

blastx

blast+相对于blast模块化了以下哪三个过程？

setup、scanning、trace-back

BLAST是序列（）比对工具。

局部

构建进化树前需要进行多序列比对吗？

需要

不需要

亲缘关系远的序列之间的比对选用下面哪个打分矩阵合适？

PAM250 对

BLOSUM80

PAM1

下列哪个矩阵是根据氨基酸残基替换前后疏水性的变化而得到得分矩阵？

PAM矩阵

疏水性矩阵

等价矩阵

遗传密码

下列哪个程序是将核酸序列按6条链翻译成蛋白质序列后搜索由核酸序列数据库按6条链翻译成的蛋白质序列数据库？

blastx

blastn

blastp

tblastx

Tblastx是核酸-核酸比对。此种查询将库中的核酸序列和查询的核酸序列都翻译成蛋白质（每条核酸序列会产生3条可能的蛋白序列）。这种说法是否正确？

是

否

以下哪个命令是blast 2.2.30+用来格式化数据库的？

formatdb

makeblastdb

下列哪个程序是将核酸序列按6条链翻译成蛋白质序列后搜索由核酸序列数据库按6条链翻译成的蛋白质序列数据库？

blastn

blastp

blastx

tblastx

使用BLAST 2.2.30+比对时，下列哪一个参数是用来设置e-value值？

-e

`-evalue

下列哪个值越小表示进行blast的两条序列之间相似的程度越大？

identities

positives

S值

E值

基于单个同源基因差异构建的系统发生树称为

基因树

物种数

使用BLAST 2.2.30+比对时，-outfmt共有几种输出格式？

11

12

10

9

PIR是（）

mRNA数据库

蛋白质数据库

核酸数据库

启动子数据库

多序列比对工具是

ClustalW 多序列

Mega

GCG

BLAST

以下属于直接药物设计方法的是（）

从头设计方法

数据库搜索方法

药效团方法

QSAR方法

药物与受体结合的作用类型主要有（）

静电作用

氢键作用

范德华作用

疏水作用

计算机辅助药物设计方法包括分为如下两类（）