载体构建流程
重组载体构建的方法和步骤
重组载体构建的方法和步骤全文共四篇示例,供读者参考第一篇示例:重组载体构建是基因工程领域中非常重要的一项技术,它可以用来将特定的基因插入到目标细胞中,实现基因的转移和表达。
在科学研究、医学诊断和治疗等领域中都有广泛的应用。
下面我们来详细介绍一下重组载体构建的方法和步骤。
一、选择载体首先我们需要选择一个适合的载体作为基础,常见的载体有质粒、病毒、原核生物等。
在选择载体时需要考虑载体的大小和特性,以及目标基因的大小和需要表达的水平。
同时还需要考虑载体的复制原点、抗生素抗性基因等相关元件。
二、线性化载体接下来我们需要将选择的载体进行线性化处理,以便将目标基因插入到载体中。
线性化可以通过受控的限制酶酶切处理来实现,将载体的环状DNA骨架切割成线性DNA片段。
三、插入目标基因将目标基因与线性化的载体进行连接。
目前常用的方法包括:内切酶切割连接法、PCR扩增连接法、接头连接法等。
这些方法可以有效地将目标基因插入到载体中,并确保插入的正确性和稳定性。
四、转化目标宿主将构建好的重组载体导入到目标宿主细胞中,使其稳定地存在和复制。
转化的方法多样,包括热激转化、电穿孔转化、化学法转化等。
转化效率和载体稳定性是评价转化效果的主要因素。
五、筛选重组子对转化后的细胞进行筛选,筛选出含有目标基因的重组子。
常用的筛选方法包括抗生素筛选、荧光筛选、酵素检测等。
筛选过程中需要注意筛选压力和筛选条件的优化,以提高筛选效率。
六、鉴定重组子对筛选出的重组子进行鉴定,确保其构建正确。
常用的鉴定方法包括PCR扩增、酶切鉴定、序列分析等。
通过这些方法可以验证重组子的结构和功能是否正确,确保后续实验的准确性和可靠性。
七、表达目标基因对鉴定合格的重组子进行表达。
通过选用适当的启动子和调控元件,可以实现目标基因的高效表达。
表达的方法有多种选择,包括转染法、感染法、转基因法等。
表达的效果可以通过荧光显微镜观察、酶活性测定、Western blot等方法进行检测和验证。
载体构建流程
菌落PCR
此步以适应现代分子生物学实验室批量工作 的高效性,通常只需挑半个菌落直接作为模 板进行常规PCR就能初步检测阳性克隆。 初步检菌的阳性克隆接种提质粒,供后续酶 切分析以及测序检测。
酶切检测阳性克隆
将菌检的阳性克隆所得质粒进行酶切分析,获得预期 条带的即为阳性克隆。 要进一步确认是否有因PCR所带来的点突变,插入, 缺失等改变目的基因的序列,还需要对阳性克隆进行 测序。 选用的酶通常为设计引物的两个酶,因为它能完整切 下ORF和载体骨架,可以通过条带大小以判断阳性克 隆。
挑取阳性克隆去测序
测序是构建载体的最后一个关键的环节,只有测 序正确的阳性克隆才算成功构建载体。 ORF序列不允许出现插入、缺失、改变氨基酸的 点突变,至于密码子简并突变以及相似氨基酸间 的突变要视客户要求或是否影响所研究蛋白的表 达、结构、功能。 不符合要求的测序文件需要重克隆或对其进行修 补。
转化
基本步骤: (1)将100μl感受态细胞于冰上解冻。 (2)取5μl连接产物加入到感受态细胞中,轻轻旋转几次以 混匀内容物。 在冰上放置30分钟。 (3)将管放入预加温到42℃的水浴中,热激90秒。快速将 管转移到冰浴中,使细胞冷却1~2分钟。 (4)每管中加700μl LB培养基,37℃振荡培养1小时,进行 复苏。 (5)室温4,000rpm离心5分钟,弃去上清后,用剩余100μl 培养基重悬细胞并涂布到含抗性的LB琼脂平板表面。注意: 细胞用量应根据连接效率和感受态细胞的效率进行调整。 (6)将平板置于室温直至液体被吸收。 (7)倒置平皿,于37℃培养,12~16小时后可出现菌落。
回收前
回收后
酶切载体带 酶切目的条带
连接
载体构建流程
载体构建SOP流程:GenBank查询目的基因序列→根据ORF序列利用引物设计软件设计引物→表达目的基因的组织或细胞总RNA提取→RT-PCR获取目的基因→酶切目的基因和载体→分别纯化酶切的目的基因和载体并建立连接反应→转化→初步筛选阳性克隆→阳性克隆测序→测序正确的质粒保种并重提质粒I.获取目的基因/序列片段一.获取序列信息通过GENBANK数据和生物信息的方法设计目的基因或目的片段引物(shRNA、miRNA)。
PCR引物的设计原则:①引物应用核酸系列保守区内设计并具有特异性。
②产物不能形成二级结构。
③引物长度一般在15~30碱基之间。
④ G+C含量在40%~60%之间。
⑤碱基要随机分布。
-⑥引物自身不能有连续4个碱基的互补。
⑦引物之间不能有连续4个碱基的互补。
⑧引物5′端可以修饰。
⑨引物3′端不可修饰。
⑩避免在引物的3’端使用碱基A。
在实际设计引物中由于ORF两末端序列本身的限制,不能完全按照上述理想的设计原则,但也切记引物不能过长或过短。
过长的引物不容易打开其二级结构,与模板结合缓慢,也容易形成引物二聚体,通常不超过35bp(不包括酶切位点和保护碱基)。
过短的引物特异性差,扩出其它不相关片段,最终很难得到目的片段,通常不短于18bp(不包括酶切位点和保护碱基)。
要将目的基因定向克隆至相应载体,需要在上下游引物两端设计不同的酶切位点,由于酶切位点位于线性末端时酶对其识别切割能力大大降低,需依据NEB目录添加相应保护碱基,酶切时可相应增加时间。
二.制备模板1.分离高质量RNA:成功的cDNA合成来自高质量的RNA。
高质量的RNA至少应保证全长并且不含逆转录酶的抑制剂,如EDTA或SDS。
RNA的质量决定了能够转录到cDNA上的序列信息量的最大值。
现在实验室通常使用Trizol试剂法提取总RNA,可以从多种组织和细胞中提取高质量的非降解RNA。
Trizol试剂法可以从最少100个细胞或1mg组织中提取RNA。
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本文部分内容来自网络整理,本司不为其真实性负责,如有异议或侵权请及时联系,本司将立即删除!== 本文为word格式,下载后可方便编辑和修改! ==构建载体步骤篇一:载体构建的基本步骤1、摇菌(制作感受态细胞备用)取装有液体培养基的3ml试管两支(依情况而定),每管加40-100μl菌种,过夜摇。
2、提质粒(也就是载体)依照提质粒试剂盒中的说明书操作(根据情况最后一步洗脱时可以多洗1-2次)。
3、酶切(双酶切产生粘性末端)反应所需试剂体积(单位:ul)质粒10所需内切酶反应缓冲液 2所需限制性内切核酸酶 1H2O 7将加好的EP管置于37℃保温1-2h。
(依照提酶切的具体步骤操作;为了达到最佳酶切的效果,最好根据所选用的酶确定所需要的反应温度)4、电泳检测将酶切产物进行琼脂糖凝胶电泳,检测酶切是否成功。
回收胶:琼脂糖与缓冲液一比一制胶,经过切胶回收目的产物,也有目的产物纯化的功能;检测胶:琼脂糖与缓冲液一比二制胶,为了检测目的条带与预期是否相符。
切胶回收与产物纯化是差不多的过程,所达到的目的是一样的:切胶回收也是一种纯化过程,它能去除非目的片段,然后用回收试剂盒进行纯化,能将很不纯的DNA溶液纯化;产物纯化是将较纯的DNA溶液进一步除去多余的杂质,用纯化试剂盒,你会发现纯化试剂盒和回收试剂盒的步骤几乎一样。
5、载体与目的基因连接如果电泳检测酶切成功的话,则仔细将所需的片段切割下来,将胶体回收(依照胶回收试剂盒说明书操作);之后将回收的片段和载体连接。
置于温箱,12-16℃,保温8-16h6、转化(连接产物转化到感受态细胞中)依照转化具体操作步骤做感受态,将上述连接产物进行转化实验,涂板培养,37℃, 12-16h。
7、单克隆检测(1)挑单克隆先将AMP从冰箱中取出,待融化后,在3ml装有LB液体培养基的试管中加入3μL的 AMP,用枪头混匀;取1.5 mlEP管5支(依情况可以多挑几管),给每支管中加500μL上述培养液,然后用接种环(或黄枪头)挑单克隆,挑完后用枪吹打;之后,将挑好的菌摇4-5小时,至混浊即可。
载体构建技术基本流程
载体构建技术基本流程
载体构建的基本流程:
1.载体质粒的选择;
2.引物设计;
3.PCR扩增;
4.载体和⽬标⽚段的限制性酶切;
5.连接转化;
6.挑取克隆提质粒验证。
重要的是,我们要为⼤家提供了⼀个载体构建流程模板,构建载体时希望⼤家可以创建⼀个word⽂档,按照我们提供的模板,将载体构建过程记录下来,便于后续优化。
后续⽂章中我们将举例告诉⼤家如何使⽤这个模板。
P.S. 构建表达载体时可以先连接T载体,可把步骤(12)酶切⽚段换成连接T载体后再对T载体进⾏酶切。
连接T载体会多花⼀天时间,但是可以使载体构建流程更顺利。
连接T载体与连接⽬的载体⽅法⼗分类似,本次举例不再涉及。
如果想要通过连接T载体过渡,可以⽹上搜索T载体相关产品说明书,了解T载体和连接T载体的⽅法。
引物设计的内容我们将放在接下来的⼀篇推送⾥,正在构建载体的⼤家,先尝试使⽤我们的载体构建流程模板吧。
植物载体构建流程
植物载体构建流程植物载体构建是个还挺有趣的事儿呢,咱就像搭积木一样把各种元素组合起来,让植物能按照我们想要的方式生长或者表达特定的基因。
一、载体选择。
我们得先挑个合适的载体,就像给植物找个合适的房子一样。
这载体有很多种哦,像质粒载体就比较常用。
它就像一个小小的工具箱,里面有各种工具(不同的功能元件)。
我们要根据自己的目的来选,要是想把某个基因送到植物细胞里去,就得选那种能在植物细胞里好好工作的质粒载体。
比如说,有的质粒是专门为双子叶植物设计的,有的呢又更适合单子叶植物。
这就好比不同的房子适合不同的住户,可不能选错啦。
二、目的基因获取。
接下来就是找我们想要的那个“小秘密”——目的基因。
这目的基因可以从很多地方来,有时候是从其他植物里发现的一个特别厉害的基因,能让植物抗虫或者抗旱啥的。
我们就像寻宝一样把这个基因找出来。
找的方法也有不少哦,可以用基因文库筛选,就像是在一个装满各种基因宝贝的大仓库里找我们要的那个小宝贝。
还有一种是通过PCR(聚合酶链式反应)来扩增这个基因,这就像是用复印机把这个基因复印很多份一样,让我们有足够的量可以用。
三、基因连接。
把目的基因找到后,就要把它和我们选好的载体连接起来啦。
这就像是给小宝贝找个合适的座位,让它能稳稳地待在载体这个小房子里。
我们会用到一些酶,比如说限制性内切酶,这个酶可神奇了,它就像一把小剪刀,能在载体和目的基因的特定位置剪开,然后再用DNA连接酶把它们像缝衣服一样缝起来。
这过程得小心翼翼的,要是连接错了地方,那可就麻烦啦,就像把东西放错了口袋一样。
四、转化。
连接好之后呢,就要把这个带着目的基因的载体送到植物细胞里去啦。
这就像是给植物送个小礼物。
转化的方法有很多种哦。
最常见的一种是农杆菌介导转化法。
农杆菌就像是一个小邮差,它天生就有把自己身上带着的一些东西送到植物细胞里的能力。
我们就把构建好的载体放到农杆菌里,然后让农杆菌去感染植物细胞,这样载体就跟着进去了。
载体构建流程课件
酶切常见问题
纯化酶切产物
• 通常此步是必要的,可以对比未经纯化的酶切产 物进行连接后获得的阳性克隆大大低于胶回收酶 切产物连接所得阳性克隆。
• 此步的目的是去除多余的片段,得到单一纯化的 目的基因与载体骨架,使之连接不受其他序列干 扰。 • 另外酶切后纯化前,均需热灭活,以免残余的限 制性内切酶干扰后续连接反应,降低阳性率。
I 载体构建流程
提取mRNA
RT PCR
cDNA
得到目的基因
PCR产物纯化
菌落PCR
转化
连接
纯化酶切产物
酶切目的基因和载体
保菌
挑取阳性克隆去测序
测序正确的摇菌提质粒 导入表达宿主
测试表达情况
提取mRNA
• 如果可能,实验室应辟出专门RNA操作区,离心 机、移液枪、试剂等均应专用。RNA操作区应保 持清洁,并定期进行消毒。.操作过程中应自始至 终佩戴口罩和手套,并经常更换,以避免将手、 臂上的细菌和真菌以及人体自身分泌的RNA酶带 入试管或污染用具。操作过程所用器材都要经过 特殊处理。一次性枪头、离心管等塑料制品 采用 连续灭菌两次来灭活RNA酶。研钵 180℃ ,4h。
菌落PCR
• 此步以适应现代分子生物学实验室批量工作 的高效性,通常只需挑半个菌落直接作为模 板进行常规PCR就能初步检测阳性克隆。 • 初步检菌的阳性克隆接种提质粒,供后续酶 切分析以及测序检测。
酶切检测阳性克隆
• 将菌检的阳性克隆所得质粒进行酶切分析,获得预期 条带的即为阳性克隆。 • 要进一步确认是否有因PCR所带来的点突变,插入, 缺失等改变目的基因的序列,还需要对阳性克隆进行 测序。 • 选用的酶通常为设计引物的两个酶,因为它能完整切 下ORF和载体骨架,可以通过条带大小以判断阳性克 隆。
基因表达载体的构建操作流程
基因表达载体的构建操作流程一、了解基因表达载体。
基因表达载体就像是一个小货车,它要把我们感兴趣的基因(就好比是货物)运到细胞这个大工厂里,然后让基因在里面表达出我们想要的东西。
这个载体得有一些特定的部件。
比如说启动子,这就像是货车的发动机,启动整个表达过程。
还有终止子呢,就像是刹车,告诉基因什么时候停止表达。
另外,标记基因也很重要,它就像是货车上的独特标志,方便我们在细胞里找到这个载体是不是成功进去工作了。
二、获取目的基因。
那我们怎么得到想要的目的基因呢?这里有好多办法。
有一种是从基因文库里面找,基因文库就像是一个超级大的基因超市,里面各种各样的基因都有。
我们可以像在超市里找东西一样,用一些特殊的方法把我们要的基因挑出来。
还有一种方法是通过反转录法,如果我们知道这个基因表达出来的RNA长啥样,就能通过反转录把它变成DNA,也就是我们要的目的基因啦。
另外,化学合成法也能用,不过这个比较适合那些比较小的基因片段哦。
三、构建基因表达载体。
当我们有了目的基因,就要开始构建载体啦。
这就像是给我们的货物装到货车上的过程。
我们要把目的基因和载体用同一种限制性核酸内切酶来处理,这种酶就像是一把特殊的剪刀,它能在特定的位置把基因和载体都剪开,而且剪出来的口子是可以互相配对的。
然后呢,再用DNA连接酶把目的基因和载体连接起来,这个酶就像是胶水,把它们粘得牢牢的。
这样,我们的基因表达载体就初步构建好啦。
四、导入受体细胞。
构建好的载体得送到受体细胞里去才能发挥作用。
根据受体细胞的不同,导入的方法也不一样呢。
如果是细菌这样的细胞,我们可以用转化的方法,就像是偷偷地把东西送进去一样。
要是植物细胞的话,农杆菌转化法就比较常用啦,农杆菌就像是一个小邮差,把我们的载体送到植物细胞里面。
动物细胞的话,显微注射法是一种选择,就像是用一个超级小的注射器把载体注射到细胞里。
五、检测与鉴定。
载体送进去了,我们得看看它有没有成功呀。
首先就是检测目的基因是不是真的到了受体细胞里面。
载体构建流程pp课件
• 凝胶电泳检测纯化后的PCR产物的浓度,优化连接反应时 插入片段与载体摩尔比例为2:1~10:1(通常为3:1)。
• PCR产物及载体应尽量避免反复冻融,否则易造成3’末端 残基的丢失。
• 一般连接25度2小时,16或4度过夜。
• 另外酶切后纯化前,均需热灭活,以免残余的限 制性内切酶干扰后续连接反应,降低阳性率。
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回收前
回收后
酶切载体带 酶切目的条带
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连接
• 催化DNA中相邻的5′磷酸基和3′羟基末端之间形成磷酸二 酯键,使DNA切口封合或使两个DNA分子或片段连接。
• PCR产物最好进行切胶回收纯化,以去除PCR产物中的非特 异性片段和引物等杂质。
• 初步检菌的阳性克隆接种提质粒,供后续酶 切分析以及测序检测。
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酶切检测阳性克隆
• 将菌检的阳性克隆所得质粒进行酶切分析,获得预期 条带的即为阳性克隆。
• 要进一步确认是否有因PCR所带来的点突变,插入, 缺失等改变目的基因的序列,还需要对阳性克隆进行 测序。
• 选用的酶通常为设计引物的两个酶,因为它能完整切 下ORF和载体骨架,可以通过条带大小以判断阳性克 隆。
• 什么条带都没有,其原因可能是少加东西,酶已经失活了,或退火温 度太高等。解决方法:检查是否少加东西了,换一下酶,降低退火温 度或做个梯度,摸一下条件。
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PCR产物纯化
• 倘若直接对PCR产物进行酶切,体系的杂蛋 白、离子等会造成酶切困难或星活性,残 余的聚合酶也会填平粘性末端,造成克隆 失败。
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挑取阳性克隆去测序
• 测序是构建载体的最后一个关键的环节,只有测 序正确的阳性克隆才算成功构建载体。
载体构建质粒构建步骤有哪些?
载体构建质粒构建步骤有哪些?载体构建过程:1、引物设计2、⽬的⽚段选取:RNA提取、RNA反转录、PCR扩增、PCR产物纯化3、双酶切4、连接:T4 DNA ligase连接或者同源重组连接(新贝⽣物:#B101、#B102)5、转化6、菌落PCR7、测序:1)摇菌;2)送样; 3)⽐对;8、菌种保存:菌种⽐对成功,则可保存菌种备⽤。
9、质粒提取:菌种⽐对成功,冻存菌种后,菌液⽤于提取质粒。
⼀、载体构建基本原理分、切、连、转、筛1、分:分离出要克隆的⽬的基因及载体。
2、切:⽤限制性内切酶切割⽬的基因和载体,使其产⽣便于连接的末端。
限制性内切酶:是⼀类能识别双链DNA中特定碱基顺序的核酸⽔解酶。
限制性核酸内切酶根据识别切割特性,催化条件及是否具有修饰酶活性分为三⼤类。
其中Ⅱ型酶能识别双链DNA的特异顺序,并在这个顺序内切割,产⽣特异性DNA⽚段,是DNA 重组技术中常⽤的酶。
Ⅰ型酶:具有修饰和切割功能,⽆固定切割位点Ⅲ型酶与Ⅰ型类似,能识别特异位点,但切割位点在识别位点以外Ⅱ型酶特点:①识别顺序⼀般为4-6个碱基对②识别顺序具有180度的旋转对称性,呈完全的回⽂结构③Ⅱ型酶对双链DNA两条链同时切割,可产⽣两种不同末端:平末端,粘末端平末端:在识别顺序的对称轴上,对DNA同时切割形成平末端,如:SmaI5’-CCC GGG-3’ 5’-CCC GGG-3’3’-GGG CCC-5’ 3’-GGG CCC-5’5′突出粘末端:在识别序列的两侧末端切割DNA双链,于对称轴的5 ′末端切割产⽣5 ′端突出的粘性末端,如:Hind Ⅲ5’―AAGCTT―3’ 5’― A 5’-AGCTT―3’3’―TTCGAA―5’ 3’― TTCGA-5’ A―5’3′突出粘末端:与5′突出粘末端作⽤相反,产⽣3 ′端突出粘末端,如:PstI5’―CTGCAG―3’ 5’―CTGCA-3’ G―3’3’―GACGTC―5’ 3’―G 3’-ACGTC―5’3、连:将切割后的⽬的基因和载体⽤T4 DNA连接酶连接或者同源重组⽅法连接。
构建表达载体的一般流程
构建表达载体的一般流程
构建表达载体的一般流程如下:
1. 选择合适的载体:根据需要表达的基因或蛋白质,选择一个合适的表达载体。
常用的载体有质粒、病毒、合成RNA等。
2. 插入目标基因:将需要表达的基因插入到载体的多克隆位点中。
可以通过PCR 扩增目标基因并使用限制性内切酶切割载体和基因,然后进行连接。
3. 连接启动子和终止子:为确保基因在宿主细胞中能够正常表达,需要在基因的上游添加启动子和在基因的下游添加终止子。
这些序列将调控基因的表达方式和水平。
4. 检验构建质量:通过限制性内切酶切割、PCR扩增或测序等方法,验证所构建的载体和目标基因的正确性和完整性。
5. 转化宿主细胞:将构建好的表达载体导入到宿主细胞中。
常用的转化方法有电穿孔、热激冲击和化学转化等。
6. 筛选和鉴定:通过特定的筛选方法或选择标记,在转化的宿主细胞中筛选和鉴定表达目标基因的阳性克隆。
7. 表达优化:根据需要,可以通过调节培养条件、添加诱导剂或使用特定的宿主菌株等方法,优化目标基因的表达水平和质量。
8. 收获表达产物:经过一段时间的培养后,收获表达的基因产物,如蛋白质,进行后续的纯化、鉴定和应用等。
需要注意的是,具体的构建流程和方法可能会因实验的目的和要求而有所不同。
在实施过程中,需要对不同步骤和条件进行优化和调整,以确保表达载体的构建和表达目标基因的成功。
《载体构建流程》课件
案例三:物联网设备中的载体应用
要点一
总结词
要点二
详细描述
物联网设备中的载体构建主要关注设备的物理设计、通信 协议和数据传输等方面。
在物联网设备中,载体构建涉及设备的外观设计、内部结 构、通信协议选择和数据传输方案等。一个优秀的物理设 计能够确保设备的稳定性和耐用性;合理的通信协议选择 能够提高设备间的通信效率和稳定性;而高效的数据传输 方案则能够确保设备收集的数据能够及时准确地传输到中 心服务器进行处理。
使用调试技术定位和解决 载体构建过程中的错误和 异常,确保载体的稳定性 和可靠性。
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载体构建的实际应用案例
案例一:网站建设中的载体应用
总结词
网站建设是载体构建的重要应用领域,通过合理的架构设计和内容规划,能够提高网站的可用性和用户体验。
详细描述
在网站建设中,载体构建主要涉及网站的页面设计、布局、导航、内容组织等方面。通过合理的页面设计,可以 提升网站的视觉效果和吸引力;合理的布局和导航设计,可以提高用户浏览和查找信息的效率;而合理的内容规 划,则能够确保网站提供的信息具有价值,满足用户需求。
载体制作
编程实现
根据设计稿,使用编程语言和工 具实现载体功能。
素材准备
准备所需的图片、音频、视频等 素材,确保内容质量。
测试与调试
在制作过程中,对载体进行测试 和调试,确保功能正常。
载体测试
功能测试
对载体的各项功能进行测试,确保其正常工作。
兼容性测试
测试载体在不同操作系统、浏览器等环境下的兼 容性。
案例四:游戏开发中的载体应用
总结词
游戏开发中的载体构建主要关注游戏画面的表现力、操 作体验和游戏机制等方面。
详细描述
vigs载体构建的基本流程
vigs载体构建的基本流程1.首先准备vigs载体构建所需的质粒。
Firstly, prepare the plasmid required for vigs vector construction.2.将目标基因插入到质粒的多克隆位点中。
Insert the target gene into the multicloning sites of the plasmid.3.通过PCR扩增目标基因。
Amplify the target gene by PCR.4.将PCR产物纯化和酶切。
Purify and digest the PCR product.5.选择合适的酶切位点和vigs载体进行连接。
Chooseappropriate restriction enzyme cutting sites and connect them with the vigs vector.6.进行连接反应。
Perform ligation reaction.7.转化大肠杆菌,分离获得重组质粒。
Transform E. coli and isolate the recombinant plasmid.8.进行PCR验证所得质粒。
Perform PCR verification of the obtained plasmid.9.测序确认目标基因已正确插入。
Sequencing to confirm the correct insertion of the target gene.10.提取质粒,获得高质量的vigs载体。
Extract the plasmid to obtain high-quality vigs vector.11.通过限制性内切酶消化鉴定重组质粒。
Identify the recombinant plasmid by restriction endonuclease digestion.12.进行质粒的DNA测序。
载体构建的基本流程
载体构建的基本流程载体构建的基本流程主要包括设计方案确定、材料准备、工艺加工和性能测试四个基本环节。
首先,设计方案确定是载体构建的第一步,也是最为关键的一步。
在这个阶段,我们需要明确载体的功能要求、外形尺寸、结构布局等设计参数,然后进行方案设计和优化,最终确定最佳的设计方案。
设计方案的确定需要充分考虑载体的使用环境、工作条件、使用寿命等因素,确保设计方案的科学合理性和可行性。
接下来是材料准备环节,这一步是实现设计方案的关键环节。
根据设计方案确定的材料要求,我们需要选择合适的材料,并进行采购和准备工作。
在材料选择方面,需要考虑材料的力学性能、耐磨性、耐腐蚀性、导热性、导电性等多个方面的要求,确保选择的材料符合设计要求。
在材料准备工作中,还需要对材料进行切割、成型、加工等工艺处理,以满足设计方案的要求。
随后是工艺加工环节,这一步是将设计方案和准备好的材料转化为具体载体的关键环节。
在这个阶段,我们需要进行组装、焊接、切割、打磨、涂装等一系列工艺加工工序,将材料加工成符合设计要求的零部件,并进行组装装配,最终形成完整的载体。
工艺加工环节需要严格按照设计要求和工艺规程进行操作,确保加工质量和工艺精度。
最后是性能测试环节,这一步是验证载体构建结果的关键环节。
在这个阶段,我们需要对构建好的载体进行功能测试、性能测试、可靠性测试等一系列测试工作,确保构建的载体能够满足设计要求和使用要求。
在测试过程中,需要对载体的各项性能指标进行全面检测和评估,发现问题及时进行调整和改进,最终确保构建的载体达到预期的使用效果。
总的来说,载体构建的基本流程包括设计方案确定、材料准备、工艺加工和性能测试四个基本环节。
在实际的载体构建过程中,需要严格按照这个基本流程进行操作,确保构建的载体能够满足设计要求和使用要求。
同时,也需要不断改进和优化载体构建的技术方法和工艺流程,提高构建质量和效率,推动载体构建技术的发展和应用。
构建表达载体的实验流程及其注意事项
质粒纯化:
1、PEG纯化
缺点:摇菌液几百毫升,耗时长,步骤繁多 优点:质粒纯度高(不含线状DNA)
浓度大
2、过柱法:
缺点:柱子吸附能力有限,浓度低,纯度差(甚至有RNA) 优点:省时省力
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质粒的电泳
Marker是酶切片段; 质粒是环形的,还会形成超螺旋结构。
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质粒验证
1、酶切验证
一般将质粒切成2-3个片段,片段大小是否相符? 如:连接后酶切的载体片段、目标片段大小与连接前相同?
三、人工化学合成
最后的选择。公司会将合成片段连入克隆载体。需测序验证。
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汇报内容
1 表达载体的分类 2 目的基因的获得 3 酶切 4 片段回收 5 连接 6 质粒的检测
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基因工程所用的酶
限制性内切酶 从商品目录上得到有关信息
EcoR I
Pst I
GAATTC CTTAAG
CTGCAG GACGTC
验证每步产物,设置对照以检查每一反 应的效率,都是可取的良策。而要对上述问题应对自 如,又必须透彻理解每一步实验流程所涉 及的实验原理。
——第一版前言(p11)
《分子克隆实验指南》 第二版 ,1996,科学出版社
2
汇报内容
1 表达载体的分类 2 目的基因的获得 3 酶切 4 片段回收 5 连接 6 质粒的检测
质粒提取:碱裂解法
收获细菌:含有质粒的DH5α、TOP10等 LB可富集2-3次,Teriffic可2次。
溶液Ⅰ: Tris-HCl, EDTA, 葡萄糖 溶液Ⅱ: NaOH, SDS
冰上3-5min,时间过长会: 质粒断裂;羟基化影响酶切
溶液Ⅲ:乙酸钾,冰乙酸 迅速颠倒3次混匀后,置于冰上
构建载体的实验流程
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文档下载后可定制随意修改,请根据实际需要进行相应的调整和使用,谢谢!并且,本店铺为大家提供各种各样类型的实用资料,如教育随笔、日记赏析、句子摘抄、古诗大全、经典美文、话题作文、工作总结、词语解析、文案摘录、其他资料等等,如想了解不同资料格式和写法,敬请关注!Download tips: This document is carefully compiled by theeditor. I hope that after you download them,they can help yousolve practical problems. The document can be customized andmodified after downloading,please adjust and use it according toactual needs, thank you!In addition, our shop provides you with various types ofpractical materials,such as educational essays, diaryappreciation,sentence excerpts,ancient poems,classic articles,topic composition,work summary,word parsing,copy excerpts,other materials and so on,want to know different data formats andwriting methods,please pay attention!构建载体是分子生物学中常用的实验技术之一,以下是构建载体的一般实验流程:1. 目的基因的获取:通过 PCR 扩增、基因克隆或化学合成等方法获得目的基因。
载体构建流程
一、简介慢病毒(Lentivirus)载体是以HIV-1(人类免疫缺陷I型病毒)为基础发展起来的基因治疗载体。
区别一般的逆转录病毒载体,它对分裂细胞和非分裂细胞均具有感染能力。
慢病毒载体的研究发展得很快,研究的也非常深入。
该载体可以将外源基因有效地整合到宿主染色体上,从而达到持久性表达。
目前慢病毒也被广泛地应用于表达RNAi的研究中。
由于有些类型细胞脂质体转染效果差,转移到细胞内的siRNA半衰期短,体外合成siRNA对基因表达的抑制作用通常是短暂的,因而使其应用受到较大的限制。
采用事先在体外构建能够表达siRNA的载体, 然后转移到细胞内转录siRNA的策略,不但使脂质体有效转染的细胞种类增加,而且对基因表达抑制效果也不逊色于体外合成siRNA,在长期稳定表达载体的细胞中,甚至可以发挥长期阻断基因表达的作用。
慢病毒载体能够产生表达shRNA的高滴度的慢病毒,在周期性和非周期性细胞、干细胞、受精卵以及分化的后代细胞中表达shRNA,实现在多种类型的细胞和转基因小鼠中特异而稳定的基因表达的功能性沉默,为在原代的人和动物细胞组织中快速而高效地研究基因功能,以及产生特定基因表达降低的动物提供了可能性。
慢病毒作为siRNA的携带者,不但具备特异性地使基因表达沉默的能力,而且充分发挥了慢病毒载体自身所具备的优势,为基因功能的研究提供了更强有力的工具。
在所构建的siRNA表达载体中,是由RNA聚合酶Ⅲ启动子来指导RNA合成的,这是因为RNA聚合酶Ⅲ有明确的起始和终止序列,而且合成的RNA不会带poly A尾。
当RNA 聚合酶Ⅲ遇到连续4个或5个T时,它指导的转录就会停止,在转录产物3’端形成1~4个U。
U6和H1 RNA启动子是两种RNA聚合酶Ⅲ依赖的启动子,其特点是启动子自身元素均位于转录区的上游,适合于表达~21ntRNA和~50ntRNA茎环结构(stem loop)。
在siRNA表达载体中,构成siRNA的正义与反义链,可由各自的启动子分别转录,然后两条链互补结合形成siRNA;也可由载体直接表达小发卡状RNA(small hairpin RNA, shRNA), 载体包含位于RNA聚合酶Ⅲ启动子和4~5T转录终止位点之间的茎环结构序列,转录后即可折叠成具有1~4 个U 3 ’ 突出端的茎环结构,在细胞内进一步加工成siRNA。
载体构建程序
载体构建程序载体构建一般程序1、 2、 3、 4、 5、 6、 7、 8、提取拟南芥叶片DNA 设计引物获得目的基因片段特定的限制性内切酶酶切基因片段连接入质粒连接产物转化进感受态细胞中摇菌,PCR检测插入基因测序各步的具体内容:1、提取拟南芥叶片DNA:Mini-scale genomic DNA extraction from Arabidopsisleaves,野生型拟南芥的叶片的DNA。
2、设计引物:对于用于普通的PCR的基因的引物设计,要符合以下几个条件:(1)引物应用核酸系列保守区内设计并具有特异性。
(2)产物不能形成二级结构。
(3)引物长度一般在15~30碱基之间。
(4)G+C含量在40%~60%之间。
(5)碱基要随机分布。
(6)引物自身不能有连续4个碱基的互补。
(7)引物之间不能有连续4个碱基的互补。
(8)引物5′端可以修饰。
(9)引物3′端不可修饰。
(10)引物3′端要避开密码子的第3位。
如果要用于酶切的基因,除了满足以上的条件外,首先需选择合适的限制性内切酶,需要满足:(1)所要连接的质粒上有该酶切单克隆位点;(2)目的基因中没有该酶切位点;(3)在基因本身的引物5’端加上所选酶切位点识别碱基序列;(4)根据情况在引物5’端或3’端加上保护碱基,一般只在5’端加保护碱基就行了。
3、获得目的基因:使用高保真酶Prime STAR HS DNA Polymerase,以提取的WTDNA为模板做PCR,获得所需目的基因片段。
反应体系:5*prime STAR Buffer (Mg2+ plus) 10ul dNTP Mixture (各2.5mM) 4ul 引物1(10uM)1ul引物2(10uM) 1ul 模板DNA(WT)2ul Prime STAR HS DNA Polymerase(2.5u/ul) 0.5ul灭菌水 up to 50ul (31.5ul) 反应程序:94℃ 4min; 98℃ 20s; 55℃ 30s; 35cycles 72℃ 70s; 72℃ 10min; 12℃ -----PCR反应结束后取所有反应液进行琼脂糖凝胶电泳,之后进行胶回收。
vigs载体构建的基本流程
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1. 选择目标基因,确定要干扰的靶基因。
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RT
由于真核基因是由非编码的内含子将ORF分隔开 来的断裂基因,若以基因组为模板PCR得到的片 段克隆进载体,不能在原核细胞剪接内含子,也 不能在非对象真核细胞中正确剪接表达。所以要 克隆真核蛋白基因,需以不含内含子的连续编码 的mRNA为模板。 PCR耐热酶不能直接以mRNA为模板扩增,必须 通过逆转录酶将mRNA逆转录为cDNA,再以cDNA 为模板扩增目的基因。 根据不同的目的,可有三类引物选择
回收前
回收后
酶切载体带 酶切目的条带
连接
催化DNA中相邻的5′磷酸基和3′羟基末端之间形成磷酸二 酯键,使DNA切口封合或使两个DNA分子或片段连接。 PCR产物最好进行切胶回收纯化,以去除PCR产物中的非 特异性片段和引物等杂质。 切胶回收PCR产物时,避免DNA在紫外线下暴露时间过长 从而形成嘧啶二聚体,造成PCR产物不能连接。 凝胶电泳检测纯化后的PCR产物的浓度,优化连接反应时 插入片段与载体摩尔比例为2:1~10:1(通常为3:1)。 PCR产物及载体应尽量避免反复冻融,否则易造成3’末端 残基的丢失。 一般连接25度2小时,16或4度过夜。
转化
基本步骤: (1)将100μl感受态细胞于冰上解冻。 (2)取5μl连接产物加入到感受态细胞中,轻轻旋转几次以 混匀内容物。 在冰上放置30分钟。 (3)将管放入预加温到42℃的水浴中,热激90秒。快速将 管转移到冰浴中,使细胞冷却1~2分钟。 (4)每管中加700μl LB培养基,37℃振荡培养1小时,进行 复苏。 (5)室温4,000rpm离心5分钟,弃去上清后,用剩余100μl 培养基重悬细胞并涂布到含抗性的LB琼脂平板表面。注意: 细胞用量应根据连接效率和感受态细胞的效率进行调整。 (6)将平板置于室温直至液体被吸收。 (7)倒置平皿,于37℃培养,12~16小时后可出现菌落。
PCR产物纯化
倘若直接对PCR产物进行酶切,体系的杂 蛋白、离子等会造成酶切困或星活性, 残余的聚合酶也会填平粘性末端,造成克 隆失败。 所以此步对整个分子克隆都至关重要,可 适当用酚抽提、柱纯化,必要的话也可以 胶回收。
酶切目的基因和载体
酶切注意事项
两种酶切的条件不同时,分别进行两次酶切,切 完一个纯化后再切:温度要求不同,先酶切低温 要求的,再酶切高温要求的;若盐浓度要求不同, 先酶切低盐浓度要求的,再酶切高盐浓度要求的。 只要其中一种酶需要添加BSA,则应在双酶切反 应体系中加入BSA。BSA不会影响任何内切酶的 活性。 注意将甘油的终浓度控制在10%以下,以避免出 现星号活性,可通过增加反应体系的总体积的方 法实现这一要求。
酶切常见问题
纯化酶切产物
通常此步是必要的,可以对比未经纯化的酶切产 物进行连接后获得的阳性克隆大大低于胶回收酶 切产物连接所得阳性克隆。 此步的目的是去除多余的片段,得到单一纯化的 目的基因与载体骨架,使之连接不受其他序列干 扰。 另外酶切后纯化前,均需热灭活,以免残余的限 制性内切酶干扰后续连接反应,降低阳性率。
1
2
3
94
重复1~3步 25~30轮 目的DNA片段 扩增100万倍以上
形 成
DNA 2
55 22
条变 单性 链
子链延伸 DNA加倍 DNA单链 与引物复性
DNA双螺旋
1
2
3
时间(min)
4
5
PCR常出现的问题
1.假阳性:出现的PCR扩增条带与目的靶序列条 带一致, 有时其条带更整齐,亮度更高
谢谢!
2.出现非特异性扩增带:PCR扩增后出现的条带 与预计的大小不一致,或大或小,或者同时出现 特异性扩增带与非特异性扩增带 3.什么条带都没有
解决方法
假阳性的原因及解决方法:可能引物设计不合适:选择的扩增序列与 非目的扩增序列有同源性,因而在进行PCR扩增时,扩增出的PCR产 物为非目的性的序列。靶序列太短或引物太短,容易出现假阳性。需 重新设计引物。还有就是靶序列或扩增产物的交叉污染 。 非特异性条带的出现,其原因:一是引物与靶序列不完全互补、或引 物聚合形成二聚体。二是Mg2+离子浓度过高、退火温度过低,及 PCR循环次数过多有关。其次是酶的质和量,往往一些来源的酶易出 现非特异条带而另一来源的酶则不出现,酶量过多有时也会出现非特 异性扩增。 其对策有:①必要时重新设计引物。②减低酶量或调 换另一来源的酶。③降低引物量,适当增加模板量,减少循环次数。 ④适当提高退火温度或采用二温度点法(93℃变性,65℃左右退火与 延伸)。 什么条带都没有,其原因可能是少加东西,酶已经失活了,或退火温 度太高等。解决方法:检查是否少加东西了,换一下酶,降低退火温 度或做个梯度,摸一下条件。
挑取阳性克隆去测序
测序是构建载体的最后一个关键的环节,只有测 序正确的阳性克隆才算成功构建载体。 ORF序列不允许出现插入、缺失、改变氨基酸的 点突变,至于密码子简并突变以及相似氨基酸间 的突变要视客户要求或是否影响所研究蛋白的表 达、结构、功能。 不符合要求的测序文件需要重克隆或对其进行修 补。
PCR得到目的基因
刚开始摸条件时, 都会先做一个梯 度PCR,选出最 适条件。 由于此步为获 取正确的目的基 因,所以尽量避 免PCR的突变格 外重要。其中所 采取的措施有: 使用高保真酶、 循环次数控制在 20cycle左右、引 物设计合理等。
高温变性 低温退火 适温延伸 温 度 72 (℃)
经典载体构建流程
I 载体构建流程
提取mRNA
RT PCR
cDNA
得到目的基因
PCR产物纯化
菌落PCR
转化
连接
纯化酶切产物
酶切目的基因和载体
保菌
挑取阳性克隆去测序
测序正确的摇菌提质粒 导入表达宿主
测试表达情况
提取mRNA
如果可能,实验室应辟出专门RNA操作区,离心 机、移液枪、试剂等均应专用。RNA操作区应保 持清洁,并定期进行消毒。.操作过程中应自始至 终佩戴口罩和手套,并经常更换,以避免将手、 臂上的细菌和真菌以及人体自身分泌的RNA酶带 入试管或污染用具。操作过程所用器材都要经过 特殊处理。一次性枪头、离心管等塑料制品 采用 连续灭菌两次来灭活RNA酶。研钵 180℃ ,4h。
菌落PCR
此步以适应现代分子生物学实验室批量工作 的高效性,通常只需挑半个菌落直接作为模 板进行常规PCR就能初步检测阳性克隆。 初步检菌的阳性克隆接种提质粒,供后续酶 切分析以及测序检测。
酶切检测阳性克隆
将菌检的阳性克隆所得质粒进行酶切分析,获得预期 条带的即为阳性克隆。 要进一步确认是否有因PCR所带来的点突变,插入, 缺失等改变目的基因的序列,还需要对阳性克隆进行 测序。 选用的酶通常为设计引物的两个酶,因为它能完整切 下ORF和载体骨架,可以通过条带大小以判断阳性克 隆。