载体构建的基本步骤
载体构建流程
菌落PCR
此步以适应现代分子生物学实验室批量工作 的高效性,通常只需挑半个菌落直接作为模 板进行常规PCR就能初步检测阳性克隆。 初步检菌的阳性克隆接种提质粒,供后续酶 切分析以及测序检测。
酶切检测阳性克隆
将菌检的阳性克隆所得质粒进行酶切分析,获得预期 条带的即为阳性克隆。 要进一步确认是否有因PCR所带来的点突变,插入, 缺失等改变目的基因的序列,还需要对阳性克隆进行 测序。 选用的酶通常为设计引物的两个酶,因为它能完整切 下ORF和载体骨架,可以通过条带大小以判断阳性克 隆。
挑取阳性克隆去测序
测序是构建载体的最后一个关键的环节,只有测 序正确的阳性克隆才算成功构建载体。 ORF序列不允许出现插入、缺失、改变氨基酸的 点突变,至于密码子简并突变以及相似氨基酸间 的突变要视客户要求或是否影响所研究蛋白的表 达、结构、功能。 不符合要求的测序文件需要重克隆或对其进行修 补。
转化
基本步骤: (1)将100μl感受态细胞于冰上解冻。 (2)取5μl连接产物加入到感受态细胞中,轻轻旋转几次以 混匀内容物。 在冰上放置30分钟。 (3)将管放入预加温到42℃的水浴中,热激90秒。快速将 管转移到冰浴中,使细胞冷却1~2分钟。 (4)每管中加700μl LB培养基,37℃振荡培养1小时,进行 复苏。 (5)室温4,000rpm离心5分钟,弃去上清后,用剩余100μl 培养基重悬细胞并涂布到含抗性的LB琼脂平板表面。注意: 细胞用量应根据连接效率和感受态细胞的效率进行调整。 (6)将平板置于室温直至液体被吸收。 (7)倒置平皿,于37℃培养,12~16小时后可出现菌落。
回收前
回收后
酶切载体带 酶切目的条带
连接
载体构建流程
载体构建SOP流程:GenBank查询目的基因序列→根据ORF序列利用引物设计软件设计引物→表达目的基因的组织或细胞总RNA提取→RT-PCR获取目的基因→酶切目的基因和载体→分别纯化酶切的目的基因和载体并建立连接反应→转化→初步筛选阳性克隆→阳性克隆测序→测序正确的质粒保种并重提质粒I.获取目的基因/序列片段一.获取序列信息通过GENBANK数据和生物信息的方法设计目的基因或目的片段引物(shRNA、miRNA)。
PCR引物的设计原则:①引物应用核酸系列保守区内设计并具有特异性。
②产物不能形成二级结构。
③引物长度一般在15~30碱基之间。
④ G+C含量在40%~60%之间。
⑤碱基要随机分布。
-⑥引物自身不能有连续4个碱基的互补。
⑦引物之间不能有连续4个碱基的互补。
⑧引物5′端可以修饰。
⑨引物3′端不可修饰。
⑩避免在引物的3’端使用碱基A。
在实际设计引物中由于ORF两末端序列本身的限制,不能完全按照上述理想的设计原则,但也切记引物不能过长或过短。
过长的引物不容易打开其二级结构,与模板结合缓慢,也容易形成引物二聚体,通常不超过35bp(不包括酶切位点和保护碱基)。
过短的引物特异性差,扩出其它不相关片段,最终很难得到目的片段,通常不短于18bp(不包括酶切位点和保护碱基)。
要将目的基因定向克隆至相应载体,需要在上下游引物两端设计不同的酶切位点,由于酶切位点位于线性末端时酶对其识别切割能力大大降低,需依据NEB目录添加相应保护碱基,酶切时可相应增加时间。
二.制备模板1.分离高质量RNA:成功的cDNA合成来自高质量的RNA。
高质量的RNA至少应保证全长并且不含逆转录酶的抑制剂,如EDTA或SDS。
RNA的质量决定了能够转录到cDNA上的序列信息量的最大值。
现在实验室通常使用Trizol试剂法提取总RNA,可以从多种组织和细胞中提取高质量的非降解RNA。
Trizol试剂法可以从最少100个细胞或1mg组织中提取RNA。
载体构建基本步骤
载体构建基本步骤
载体构建基本步骤
1.选定目的基因,设计特异性引物,利用高保真酶进行PCR扩增
2.对扩增结果进行琼脂糖凝胶电泳检测(1%),若检测结果正确,测
序结果之后进行胶回收目的片段
3.通过平末端连接将目的基因连接到克隆载体(PMD-18T)
4.转化DH5α,根据载体抗性涂板37度过夜培养
5.挑取阳性克隆进行PCR验证,PCR验证后挑取阳性克隆进行大摇并
提取质粒、双酶切,同时取500微升菌液送测序
6.测序结果正确后对提取的质粒进行双酶切回收目的片段
7.对表达载体用同样的限制性内切酶双酶切之后回收大片段
8.将目的片段与表达载体的大片段用T4DNA连接酶连接后转化DH5
α,涂板37度过夜
9.挑取阳性克隆大摇酶切验证,若结果正确,则载体构建完毕。
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本文部分内容来自网络整理,本司不为其真实性负责,如有异议或侵权请及时联系,本司将立即删除!== 本文为word格式,下载后可方便编辑和修改! ==构建载体步骤篇一:载体构建的基本步骤1、摇菌(制作感受态细胞备用)取装有液体培养基的3ml试管两支(依情况而定),每管加40-100μl菌种,过夜摇。
2、提质粒(也就是载体)依照提质粒试剂盒中的说明书操作(根据情况最后一步洗脱时可以多洗1-2次)。
3、酶切(双酶切产生粘性末端)反应所需试剂体积(单位:ul)质粒10所需内切酶反应缓冲液 2所需限制性内切核酸酶 1H2O 7将加好的EP管置于37℃保温1-2h。
(依照提酶切的具体步骤操作;为了达到最佳酶切的效果,最好根据所选用的酶确定所需要的反应温度)4、电泳检测将酶切产物进行琼脂糖凝胶电泳,检测酶切是否成功。
回收胶:琼脂糖与缓冲液一比一制胶,经过切胶回收目的产物,也有目的产物纯化的功能;检测胶:琼脂糖与缓冲液一比二制胶,为了检测目的条带与预期是否相符。
切胶回收与产物纯化是差不多的过程,所达到的目的是一样的:切胶回收也是一种纯化过程,它能去除非目的片段,然后用回收试剂盒进行纯化,能将很不纯的DNA溶液纯化;产物纯化是将较纯的DNA溶液进一步除去多余的杂质,用纯化试剂盒,你会发现纯化试剂盒和回收试剂盒的步骤几乎一样。
5、载体与目的基因连接如果电泳检测酶切成功的话,则仔细将所需的片段切割下来,将胶体回收(依照胶回收试剂盒说明书操作);之后将回收的片段和载体连接。
置于温箱,12-16℃,保温8-16h6、转化(连接产物转化到感受态细胞中)依照转化具体操作步骤做感受态,将上述连接产物进行转化实验,涂板培养,37℃, 12-16h。
7、单克隆检测(1)挑单克隆先将AMP从冰箱中取出,待融化后,在3ml装有LB液体培养基的试管中加入3μL的 AMP,用枪头混匀;取1.5 mlEP管5支(依情况可以多挑几管),给每支管中加500μL上述培养液,然后用接种环(或黄枪头)挑单克隆,挑完后用枪吹打;之后,将挑好的菌摇4-5小时,至混浊即可。
重组载体构建的方法和步骤
重组载体构建的方法和步骤
1. 选择载体,首先需要选择合适的载体,常用的载体包括质粒、病毒、人工染色体等。
选择载体时需要考虑载体大小、复制方式、
宿主范围等因素。
2. 线性化载体,将所选载体进行线性化处理,通常采用限制性
内切酶对载体进行切割,生成线性化的载体。
3. 外源基因插入,将待插入的外源基因与线性化载体进行连接。
这一步通常需要利用DNA连接酶或者DNA重组酶来实现。
4. 载体转化,将重组后的载体导入到宿主细胞中。
这一步通常
采用转化、转染或者电穿孔等方法。
5. 筛选正常重组子代,经过载体转化后,需要进行筛选以获得
正常重组的子代细胞。
通常采用抗生素筛选或者标记基因筛选的方式。
6. 鉴定重组子代,对筛选得到的细胞进行PCR、酶切、测序等
方法进行鉴定,确保重组载体的构建成功。
总的来说,重组载体构建的方法和步骤包括选择载体、线性化载体、外源基因插入、载体转化、筛选正常重组子代和鉴定重组子代。
这些步骤需要严格操作,并且需要根据具体实验情况进行调整和优化。
希望这些信息能够对你有所帮助。
载体构建技术基本流程
载体构建技术基本流程
载体构建的基本流程:
1.载体质粒的选择;
2.引物设计;
3.PCR扩增;
4.载体和⽬标⽚段的限制性酶切;
5.连接转化;
6.挑取克隆提质粒验证。
重要的是,我们要为⼤家提供了⼀个载体构建流程模板,构建载体时希望⼤家可以创建⼀个word⽂档,按照我们提供的模板,将载体构建过程记录下来,便于后续优化。
后续⽂章中我们将举例告诉⼤家如何使⽤这个模板。
P.S. 构建表达载体时可以先连接T载体,可把步骤(12)酶切⽚段换成连接T载体后再对T载体进⾏酶切。
连接T载体会多花⼀天时间,但是可以使载体构建流程更顺利。
连接T载体与连接⽬的载体⽅法⼗分类似,本次举例不再涉及。
如果想要通过连接T载体过渡,可以⽹上搜索T载体相关产品说明书,了解T载体和连接T载体的⽅法。
引物设计的内容我们将放在接下来的⼀篇推送⾥,正在构建载体的⼤家,先尝试使⽤我们的载体构建流程模板吧。
载体构建的基本步骤
载体构建的基本步骤Company Document number:WUUT-WUUY-WBBGB-BWYTT-1982GT载体构建一、原理依赖于限制性核酸内切酶,DNA连接酶和其他修饰酶的作用,分别对目的基因和载体DNA进行适当切割和修饰后,将二者连接在一起,再导入宿主细胞,实现目的基因在宿主细胞内的正确表达。
二、操作步骤1、摇菌(制作感受态细胞备用)取装有液体培养基的3ml试管两支(依情况而定),每管加40-100μl菌种,过夜摇。
2、提质粒(也就是载体)依照提质粒试剂盒中的说明书操作(根据情况最后一步洗脱时可以多洗1-2次)。
3、酶切(双酶切产生粘性末端)反应所需试剂体积(单位:ul)质粒 10所需内切酶反应缓冲液 2所需限制性内切核酸酶 1H2O 7将加好的EP管置于37℃保温1-2h。
(依照提酶切的具体步骤操作;为了达到最佳酶切的效果,最好根据所选用的酶确定所需要的反应温度)4、电泳检测将酶切产物进行琼脂糖凝胶电泳,检测酶切是否成功。
回收胶:琼脂糖与缓冲液一比一制胶,经过切胶回收目的产物,也有目的产物纯化的功能;检测胶:琼脂糖与缓冲液一比二制胶,为了检测目的条带与预期是否相符。
切胶回收与产物纯化是差不多的过程,所达到的目的是一样的:切胶回收也是一种纯化过程,它能去除非目的片段,然后用回收试剂盒进行纯化,能将很不纯的DNA溶液纯化;产物纯化是将较纯的DNA溶液进一步除去多余的杂质,用纯化试剂盒,你会发现纯化试剂盒和回收试剂盒的步骤几乎一样。
5、载体与目的基因连接如果电泳检测酶切成功的话,则仔细将所需的片段切割下来,将胶体回收(依照胶回收试剂盒说明书操作);之后将回收的片段和载体连接。
置于温箱,12-16℃,保温8-16h6、转化(连接产物转化到感受态细胞中)依照转化具体操作步骤做感受态,将上述连接产物进行转化实验,涂板培养,37℃,12-16h。
7、单克隆检测(1)挑单克隆先将AMP从冰箱中取出,待融化后,在3ml装有LB液体培养基的试管中加入3μL的AMP,用枪头混匀;取 mlEP管5支(依情况可以多挑几管),给每支管中加500μL上述培养液,然后用接种环(或黄枪头)挑单克隆,挑完后用枪吹打;之后,将挑好的菌摇4-5小时,至混浊即可。
载体构建的基本步骤
载体构建的基本步骤载体构建是分子生物学研究中不可或缺的过程,它涉及到将目标基因或蛋白质序列移植到不同的载体中,以便扩大其表达量、纯化和研究。
本文将介绍载体构建的基本步骤,包括质粒的选择、PCR扩增、连接和转化等过程。
质粒的选择质粒是最常用的载体类型之一,具有很多优点,如易于扩增、转化和操纵等。
在选择质粒时,需要考虑以下几个方面:1. 质粒大小和拷贝数质粒的大小和拷贝数会影响其扩增和表达,选择适当大小和拷贝数的质粒可以提高表达效率。
2. 基因水平选择标记质粒中常含有基因水平选择标记,如抗生素耐药基因等。
在构建载体时需要选择合适的标记,以便快速筛选到表达了目标基因的细胞。
3. 表达宿主质粒可以在不同的宿主中表达,选择合适的表达宿主可以提高表达效率和纯度。
常见的表达宿主包括大肠杆菌、酵母等。
PCR扩增PCR扩增是将目标序列扩增为质粒中适当长度的过程。
在进行PCR扩增之前,需要准备以下试剂和设备:•Taq DNA聚合酶•原始模板DNA•引物•正向引物和反向引物•dNTP混合物•PCR缓冲溶液在PCR扩增中,需要设置合适的反应体系和程序。
常见的PCR反应条件为:•94℃,5 min:初始变性•94℃,30 s:变性•50-60℃,30 s:退火•72℃,1 min/kb:延伸•72℃,7 min:最终延伸连接连接是将PCR扩增产物与质粒DNA连接的过程。
连接反应需要用到T4 DNA连接酶和DNA PCR产品凝胶提取试剂盒等试剂,具体操作步骤如下:1.将PCR扩增产物切割至合适长度。
2.提取PCR产物,并使用DNA PCR产品凝胶提取试剂盒纯化。
3.连接酶在37℃下反应数小时。
4.连接反应后,在大肠杆菌中进行转化。
转化转化是将连接成功的PCR产物转化为大肠杆菌的过程。
转化需要用到大肠杆菌、新鲜的LB培养基和适当的抗生素等试剂。
常见的转化条件为:80-90秒高温热冲击,加入细胞后在37℃,250rpm振荡培养1小时后添加适宜浓度的抗生素进行筛选。
构建基因表达载体的步骤
构建基因表达载体的步骤
构建基因表达载体的主要步骤包括:
1.目的基因的获得:即使用限制性核酸内切酶切割质粒,露出黏性末端,再用同一种限制性核酸内切酶切割目的基因,使其产生相同的黏性末端。
2.载体和目的基因的限制性酶切:用相同的限制性酶酶切载体和目的基因,使它们产生相同的黏性末端。
3.连接转化:将切下的目的基因的片段插入质粒的切口处,再使碱基互补配对结合,两个黏性末端吻合在一起,碱基之间形成氢键。
4.加入适量的DNA连接酶,催化两条DNA链之间形成磷酸二酯键,从而将相邻的脱氧核糖核酸连接起来,形成一个重组DNA分子。
载体构建流程
PCR产物纯化
• 倘若直接对PCR产物进行酶切,体系的 杂蛋白、离子等会造成酶切困难或星活 性,残余的聚合酶也会填平粘性末端, 造成克隆失败。
• 所以此步对整个分子克隆都至关重要, 可适当用酚抽提、柱纯化,必要的话也 可以胶回收。
酶切目的基因和载体
酶切注意事项
• 两种酶切的条件不同时,分别进行两次酶切, 切完一个纯化后再切:温度要求不同,先酶切 低温要求的,再酶切高温要求的;若盐浓度要 求不同,先酶切低盐浓度要求的,再酶切高盐 浓度要求的。只要其中一种酶需要添加BSA, 则应在双酶切反应体系中加入BSA。BSA不会 影响任何内切酶的活性。
谢谢!
• 注意将甘油的终浓度控制在10%以下,以避免 出现星号活性,可通过增加反应体系的总体积 的方法实现这一要求。
酶切常见问题
纯化酶切产物
• 通常此步是必要的,可以对比未经纯化的酶切 产物进行连接后获得的阳性克隆大大低于胶回 收酶切产物连接所得阳性克隆。
• 此步的目的是去除多余的片段,得到单一纯化 的目的基因与载体骨架,使之连接不受其他序 列干扰。
• 初步检菌的阳性克隆接种提质粒,供后续酶 切分析以及测序检测。
酶切检测阳性克隆
• 将菌检的阳性克隆所得质粒进行酶切分析,获得预期 条带的即为阳性克隆。
• 要进一步确认是否有因PCR所带来的点突变,插入, 缺失等改变目的基因的序列,还需要对阳性克隆进行 测序。
• 选用的酶通常为设计引物的两个酶,因为它能完整切 下ORF和载体骨架,可以通过条带大小以判断阳性克 隆。
经典载体构建流程
构建表达载体的一般流程
构建表达载体的一般流程
构建表达载体的一般流程如下:
1. 选择合适的载体:根据需要表达的基因或蛋白质,选择一个合适的表达载体。
常用的载体有质粒、病毒、合成RNA等。
2. 插入目标基因:将需要表达的基因插入到载体的多克隆位点中。
可以通过PCR 扩增目标基因并使用限制性内切酶切割载体和基因,然后进行连接。
3. 连接启动子和终止子:为确保基因在宿主细胞中能够正常表达,需要在基因的上游添加启动子和在基因的下游添加终止子。
这些序列将调控基因的表达方式和水平。
4. 检验构建质量:通过限制性内切酶切割、PCR扩增或测序等方法,验证所构建的载体和目标基因的正确性和完整性。
5. 转化宿主细胞:将构建好的表达载体导入到宿主细胞中。
常用的转化方法有电穿孔、热激冲击和化学转化等。
6. 筛选和鉴定:通过特定的筛选方法或选择标记,在转化的宿主细胞中筛选和鉴定表达目标基因的阳性克隆。
7. 表达优化:根据需要,可以通过调节培养条件、添加诱导剂或使用特定的宿主菌株等方法,优化目标基因的表达水平和质量。
8. 收获表达产物:经过一段时间的培养后,收获表达的基因产物,如蛋白质,进行后续的纯化、鉴定和应用等。
需要注意的是,具体的构建流程和方法可能会因实验的目的和要求而有所不同。
在实施过程中,需要对不同步骤和条件进行优化和调整,以确保表达载体的构建和表达目标基因的成功。
载体构建的基本流程
载体构建的基本流程载体构建的基本流程主要包括设计方案确定、材料准备、工艺加工和性能测试四个基本环节。
首先,设计方案确定是载体构建的第一步,也是最为关键的一步。
在这个阶段,我们需要明确载体的功能要求、外形尺寸、结构布局等设计参数,然后进行方案设计和优化,最终确定最佳的设计方案。
设计方案的确定需要充分考虑载体的使用环境、工作条件、使用寿命等因素,确保设计方案的科学合理性和可行性。
接下来是材料准备环节,这一步是实现设计方案的关键环节。
根据设计方案确定的材料要求,我们需要选择合适的材料,并进行采购和准备工作。
在材料选择方面,需要考虑材料的力学性能、耐磨性、耐腐蚀性、导热性、导电性等多个方面的要求,确保选择的材料符合设计要求。
在材料准备工作中,还需要对材料进行切割、成型、加工等工艺处理,以满足设计方案的要求。
随后是工艺加工环节,这一步是将设计方案和准备好的材料转化为具体载体的关键环节。
在这个阶段,我们需要进行组装、焊接、切割、打磨、涂装等一系列工艺加工工序,将材料加工成符合设计要求的零部件,并进行组装装配,最终形成完整的载体。
工艺加工环节需要严格按照设计要求和工艺规程进行操作,确保加工质量和工艺精度。
最后是性能测试环节,这一步是验证载体构建结果的关键环节。
在这个阶段,我们需要对构建好的载体进行功能测试、性能测试、可靠性测试等一系列测试工作,确保构建的载体能够满足设计要求和使用要求。
在测试过程中,需要对载体的各项性能指标进行全面检测和评估,发现问题及时进行调整和改进,最终确保构建的载体达到预期的使用效果。
总的来说,载体构建的基本流程包括设计方案确定、材料准备、工艺加工和性能测试四个基本环节。
在实际的载体构建过程中,需要严格按照这个基本流程进行操作,确保构建的载体能够满足设计要求和使用要求。
同时,也需要不断改进和优化载体构建的技术方法和工艺流程,提高构建质量和效率,推动载体构建技术的发展和应用。
rnai载体构建的基本流程
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载体构建的基本步骤
将酶切产品举止琼脂糖凝胶电泳,检测酶切是可乐成.
回支胶:琼脂糖与慢冲液一比一造胶,通过切胶回支手段产品,也有手段产品杂化的功能;
检测胶:琼脂糖与慢冲液一比二造胶,为了检测手段条戴与预期是可相符.
切胶回支与产品杂化是好已几的历程,所达到的手段是一般的:切胶回支也是一种杂化历程,它能去除非手段片段,而后用回支试剂盒举止杂化,能将很没有杂的DNA溶液杂化;产品杂化是将较杂的DNA溶液进一步与消多余的杂量,用杂化试剂盒,您会创造杂化试剂盒战回支试剂盒的步调险些一般.
5、载体与手段基果连交
如果电泳检测酶切乐成的话,则小心将所需的片段切割下去,将胶体回支(依照胶回支试剂盒证明书籍支配);之后将回支的片段战载体连交.置于温箱,12-16℃,保温8-16h
6、转移(连交产品转移到体验态细胞中)
依照转移简直支配步调干体验态,将上述连交产品举止转移真验,涂板培植,37℃,
(2)单克隆检测
以每管摇好的菌液为模板,以本有的引物举止PCR,而后将PCR产品跑电泳,瞅察电泳图像中那几管的条戴粗确,将粗确条戴相对于应管的菌液再抽与100μL,加到3ml(有LB液体培植液,AMP+)试管中,过夜摇;第二天沉摇,将摇好的菌与1ml于1.5mlEP管中支测序,并保种.
注:①挑单克隆时,一定要挑简单圆润的菌降,有卫星斑的没有挑.
载体建立之阳早格格创做
一、本理
依好于节造性核酸内切酶,DNA连交酶战其余建饰酶的效率,分别对于手段基果战载体DNA举止适合切割战建饰后,将二者连交正在所有,再导进宿主细胞,真止手段基果正在宿主细胞内的粗确表白.
二、支配步调
1、摇菌(创造体验态细胞备用)
与拆有液体培植基的3ml试管二支(依情况而定),每管加40-100μl菌种,过夜摇.
酶切法构建载体的基本流程
酶切法构建载体的基本流程
设计引物:设计两个引物,分别匹配目标基因和载体的末端序列,引物中通常包含限制酶切割位点。
PCR扩增目标基因:使用设计好的引物对目标基因进行PCR扩增,得到足够的目标基因DNA。
限制酶切割:使用选择的限制酶对PCR扩增得到的目标基因和载体进行切割。
这一步骤是实验中的关键,确保酶切割的效果明确。
连接酶切末端:选择适当的连接酶,它可以将目标基因与载体的切割末端精确连接在一起。
进行连接酶反应,将目标基因与载体的切割末端连接。
此步骤是实现载体构建的关键环节。
转化:把连接好的重组载体转化入感受态细胞的过程。
筛选:在不同层次上、不同水平上进行筛选,鉴定所需的特异性重组子。
载体构建操作流程
载体构建操作流程载体构建操作流程一、载体准备1、质粒准备电泳检测载体质量好的质粒为三条带,分别是超螺旋、开环和复制中间体(即没有复制完全的两个质粒连在了一起);也有观点认为是质粒两条链没有断裂的超螺旋结构,开环DNA和线性DNA。
超螺旋结构应至少占到90%。
测定质粒浓度用核酸定量仪测定质粒的浓度,A230、A260和A280值。
2、质粒双酶切根据需要的酶切位点,选择对应的酶,查找适合的Buffer,进行单酶切。
以TaKaRa的限制酶为例,双酶切的体系如下:试剂体积质粒<1 μgEnzyme I 1μLEnzyme II 1μL10×X Buffer 2μL灭菌水to 20μL总体积20μL将上述体系置于37℃(不同酶可能存在差异)水浴锅中酶切。
根据酶切效率不同确定酶切时间,可以去除2 μl进行电泳检测。
3、回收质粒凝胶回收参照TaKaRa MiniBEST Agarose Gel DNA Extraction Kit Ver.3.0试剂盒说明书。
1)称量胶块重量,计算胶块体积。
计算胶块体积时,以1mg=1μl进行计向胶块中加入胶块融化液Buffer GM,我们一般用1%的琼脂糖凝胶电泳,所以一般加入3个凝胶体积量。
2)均匀混合后室温15-25℃融化胶块。
此时应间断振荡混合,使胶块充分融化(约5~10分钟)。
3)将试剂盒中的Spin Column安置于Collection Tube上。
将上述操作的溶液转移至Spin Column 中,12,000 rpm离心1分钟,弃滤液。
滤液再加入Spin Column中离心一次,可以提高DNA的回收率。
4)将700μl的Buffer WB加入Spin Column中,室温12,000 rpm离心30秒钟,弃滤液。
5)重复操作步骤。
6)将Spin Column安置于Collection Tube上,室温12,000 rpm 离心1分钟。
7)将Spin Column安置于新的1.5ml的离心管上,在Spin Column膜的中央处加入30μl的灭菌蒸馏水或Elution Buffer,室温静置1分钟。
载体构建的基本步骤
载体构建的基本步骤集团文件发布号:(9816-UATWW-MWUB-WUNN-INNUL-DQQTY-载体构建一、原理依赖于限制性核酸内切酶,DNA连接酶和其他修饰酶的作用,分别对目的基因和载体DNA进行适当切割和修饰后,将二者连接在一起,再导入宿主细胞,实现目的基因在宿主细胞内的正确表达。
二、操作步骤1、摇菌(制作感受态细胞备用)取装有液体培养基的3ml试管两支(依情况而定),每管加40-100μl菌种,过夜摇。
2、提质粒(也就是载体)依照提质粒试剂盒中的说明书操作(根据情况最后一步洗脱时可以多洗1-2次)。
3、酶切(双酶切产生粘性末端)反应所需试剂体积(单位:ul)质粒 10所需内切酶反应缓冲液 2所需限制性内切核酸酶 1O 7H2将加好的EP管置于37℃保温1-2h。
(依照提酶切的具体步骤操作;为了达到最佳酶切的效果,最好根据所选用的酶确定所需要的反应温度)4、电泳检测将酶切产物进行琼脂糖凝胶电泳,检测酶切是否成功。
回收胶:琼脂糖与缓冲液一比一制胶,经过切胶回收目的产物,也有目的产物纯化的功能;检测胶:琼脂糖与缓冲液一比二制胶,为了检测目的条带与预期是否相符。
切胶回收与产物纯化是差不多的过程,所达到的目的是一样的:切胶回收也是一种纯化过程,它能去除非目的片段,然后用回收试剂盒进行纯化,能将很不纯的DNA溶液纯化;产物纯化是将较纯的DNA溶液进一步除去多余的杂质,用纯化试剂盒,你会发现纯化试剂盒和回收试剂盒的步骤几乎一样。
5、载体与目的基因连接如果电泳检测酶切成功的话,则仔细将所需的片段切割下来,将胶体回收(依照胶回收试剂盒说明书操作);之后将回收的片段和载体连接。
置于温箱,12-16℃,保温8-16h6、转化(连接产物转化到感受态细胞中)依照转化具体操作步骤做感受态,将上述连接产物进行转化实验,涂板培养,37℃,12-16h。
7、单克隆检测(1)挑单克隆先将AMP从冰箱中取出,待融化后,在3ml装有LB液体培养基的试管中加入3μL的AMP,用枪头混匀;取1.5 mlEP管5支(依情况可以多挑几管),给每支管中加500μL上述培养液,然后用接种环(或黄枪头)挑单克隆,挑完后用枪吹打;之后,将挑好的菌摇4-5小时,至混浊即可。
载体构建流程
载体构建流程(总17页)本页仅作为文档封面,使用时可以删除This document is for reference only-rar21year.March载体构建SOP流程:GenBank查询目的基因序列→根据ORF序列利用引物设计软件设计引物→表达目的基因的组织或细胞总RNA提取→RT-PCR获取目的基因→酶切目的基因和载体→分别纯化酶切的目的基因和载体并建立连接反应→转化→初步筛选阳性克隆→阳性克隆测序→测序正确的质粒保种并重提质粒I.获取目的基因/序列片段一.获取序列信息通过GENBANK数据和生物信息的方法设计目的基因或目的片段引物(shRNA、miRNA)。
PCR引物的设计原则:①引物应用核酸系列保守区内设计并具有特异性。
②产物不能形成二级结构。
③引物长度一般在15~30碱基之间。
④ G+C含量在40%~60%之间。
⑤碱基要随机分布。
⑥引物自身不能有连续4个碱基的互补。
⑦引物之间不能有连续4个碱基的互补。
⑧引物5′端可以修饰。
⑨引物3′端不可修饰。
⑩避免在引物的3’端使用碱基A。
在实际设计引物中由于ORF两末端序列本身的限制,不能完全按照上述理想的设计原则,但也切记引物不能过长或过短。
过长的引物不容易打开其二级结构,与模板结合缓慢,也容易形成引物二聚体,通常不超过35bp(不包括酶切位点和保护碱基)。
过短的引物特异性差,扩出其它不相关片段,最终很难得到目的片段,通常不短于18bp(不包括酶切位点和保护碱基)。
要将目的基因定向克隆至相应载体,需要在上下游引物两端设计不同的酶切位点,由于酶切位点位于线性末端时酶对其识别切割能力大大降低,需依据NEB目录添加相应保护碱基,酶切时可相应增加时间。
二.制备模板1.分离高质量RNA:成功的cDNA合成来自高质量的RNA。
高质量的RNA至少应保证全长并且不含逆转录酶的抑制剂,如EDTA或SDS。
RNA的质量决定了能够转录到cDNA上的序列信息量的最大值。
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载体构建
一.原理
依赖于限制性核酸内切酶,DNA连接酶和其他修饰酶的作用,分别对目的基因和载体DNA进行适当切割和修饰后,将二者连接在一起,再导入宿主细胞,实现目的基因在宿主细胞内的正确表达。
二.操作步骤
1.摇菌
取装有液体培养基的3ml试管两支(依情况而定),每管加40-100μl菌种,过夜摇。
2.提质粒
依照提质粒试剂盒中的说明书操作(根据情况最后一步洗脱时可以多洗1-2次)。
3.酶切
按下表加入试剂。
反应所需试剂体积(单位:ul)
质粒10
所需内切酶反应缓冲液 2
所需限制性内切核酸酶 1
H2O 7
将加好的EP管置于37℃保温1-2h。
(依照提酶切的具体步骤操作;为了达到最佳酶切的效果,最好根据所选用的酶确定所需要的反应温度)
4.电泳检测
将酶切产物进行琼脂糖凝胶电泳,检测酶切是否成功。
5.连接
如果电泳检测酶切成功的话,则仔细将所需的片段切割下来,将胶体回收(依照胶回收试剂盒说明书操作);之后将回收的片段和载体连接,连接体系如下:
双蒸水5μL
10×T4 DNA连接缓冲液1μL
载体2μL
酶切后的目的基因1μL
T4DNA连接酶1μL
总体积10μL
置于温箱,12-16℃,保温8-16h
6.转化
依照转化具体操作步骤做感受态,将上述连接产物进行转化实验,涂板培养,37℃,12-16h。
7.单克隆检测
(1)挑单克隆
先将AMP从冰箱中取出,待融化后,在3ml装有LB液体培养基的试管中加入3μL的AMP,用枪头混匀;取1.5 mlEP管5支(依情况可以多挑几管),给每支管中加500μL上述培养液,然后用接种环(或黄枪头)挑单克隆,挑完后用枪吹打;之后,将挑好的菌摇4-5小时,至混浊即可。
(2)单克隆检测
以每管摇好的菌液为模板,以原有的引物进行PCR,然后将PCR产物跑电泳,观察电泳图像中那几管的条带正确,将正确条带相对应管的菌液再抽取100μL,加到3ml(有LB液体培养液,AMP+)试管中,过夜摇;第二天重摇,将摇好的菌取1ml于1.5mlEP管中送测序,并保种。
注:①挑单克隆时,一定要挑单一圆润的菌落,有卫星斑的不挑。
②别忘记往培养基中加AMP。
③用接种环挑菌后,要在酒精灯上反复灼烧,然后再进行下一次挑菌。
三.注意事项
1.连接产物可短时间在-20℃保存,使用时可以取出进行后续实验;
2.在细胞转化时,冰浴和热激要严格控制好时间;
3.连接反应是DNA重组过程中的关键步骤,其成败的重要参数之一就是温度,因此要控制好连接温度。
4.进行黏末端连接时,会产生一定数量的载体自身环化分子,导致转化菌中过高的假阳性克隆背景。
针对这一问题,常采用牛小肠碱性磷酸酶(CIP)去掉载体的5’-磷酸以抑制DNA 片段的自身环化。
参考:
1.刘进元,常智杰,赵广荣,等.分子生物学实验指导[M].北京:清华大学出版社,2002
2.周俊宜.分子生物学基本技能和策略[M].北京:科学出版社,2003:117-120
3.李海英,杨峰山,邵淑丽,等.现代分子生物学与基因工程[M].北京:化学工业出版社,2008:138-142
4.朱旭芬.基因工程实验指导[M].北京:高等教育出版社,2006:134-139。