晶体结构解析基本步骤

晶体结构解析基本步骤

Steps to Crystallographic Solution

(基于SHELXL97结构解析程序的SHELXTL软件，尚需WINGX和DIAMOND程序配合)

注意：每一个晶体数据必须在数据所在的目录(E:\STRUCT)下建立一子目录(如E:\STRUCT\AAA)，并将最初的数据备份一份于AAA目录下的子目录ORIG，形成如右图所示的树形结构。

一. 准备

1. 对IP收录的数据, 检查是否有inf、dat和f2(设为, 并更名为文件; 对CCD收录的数据, 检查是否有同名的p4p和hkl(设为文件

2. 对IP收录的数据, 用EDIT或记事本打开dat或inf文件, 并于记录本上记录下相关数据(下面所说的记录均指记录于记录本上)：

⊕从% crystal data项中，记下晶胞参数及标准偏差(cell)；晶体大小(crystal size)；颜色(crystal color)；形状(crystal habit)；测量温度(experiment temperature)；

⊕从 total reflections项中，记下总点数；从R merge项中，记下Rint＝. % (IP收录者常将衍射数据转化为独立衍射点后传给我们);

⊕从unique reflections项中，记下独立点数

对CCD收录的数据, 用EDIT或记事本打开P4P文件, 并于记录下相关数据：

⊕从CELL和CELLSD项中，记下晶胞参数及标准偏差;

⊕从CCOLOR项中，记下晶体颜色; 总点数；从CSIZE项中，记下晶体大小;

⊕从BRAVAIS和SYMM项中，记下BRAVAIS点阵型式和LAUE群

3. 双击桌面的SHELXTL图标(打开程序), 呈

4. New, 先在“查找范围”选择数据所在的文件夹(如E:\STRUCT\AAA), 并选择衍射点数据文件(如,单击Project Open,最后在“project name”中给一个易于记忆和区分的任务名称(如050925-znbpy). 下次要处理同一结构时, 则只需Project 在任务项中选择050925-znbpy便可

5. 单击XPREP , 屏幕将显示DOS式的选择菜单:

⊕对IP收录的数据, 输入晶胞参数后回车(下记为) (建议在一行内将6个参数输入, 核对后)

⊕在一系列运行中, 注意屏幕内容(晶胞取向、格子型式、消光规律等), 一般的操作动作是按。之后，输入分子式(如, Cu2SO4N2C4H12。此分子式仅为估计之用。注意：反应中所有元素都应尽可能出现，以避免后续处理的麻烦

⊕退出XPREP运行之前，如果机器没有给出默认的文件名[sss]，此时, 晶胞已经转换, 一定要输入文件名，且不与初始的文件名同名。另外，不要输入扩展名。如可输入aaa 6. 在数据所在文件夹中，检查是否产生有PRP、PCF和INS文件(PRP文件内有机器对空间群确定的简要说明)

7. 在第5步中若重新输入文件名, 则要重做第4步, 并在以后将原任务名称(如050925-znbpy)删除

8. 用EDIT 打开文件，在第二~三行中，用实际的数据更改晶胞参数及其偏差(注意：当取向改变了，晶胞参数也应随之对应)，波长用实际波长，更正测量温度TEMP C)。(单位已设为

二．解结构

9. 单击XS (INS文件中, TREF为直接法，PATT为Pattersion法)

10. 单击XP (进入XP画图程序)

11．READ or REAP sss 为缺省值，若其它文件应是文件名.扩展名，如12．FMOL, (不要H原子时，为FMOL LESS $H，或FMOL后，KILL $H, ) (读取各参数，屏幕上显示各原子的键合情况)

13．MPLN/N, (机器认为最好取向)

14．PROJ, (随意转动，直至你认为最理想取向)

15．PICK， (认为合理的位置投相应原子，如C原子键入C8，注意序号不能重复；不合理的用剔除，暂时不确定用空格键放弃，完成或不再投原子时键入"/")

16．SORT …….. (排序) 如，SORT $Cu $N $C $H 或 SORT N1 N2 N3 或SORT/N $N 17．FILE sss, (保存文件)

18．EXIT， 或QUIT， (退出XP程序，也可不退出，用时用单击激活)

XP常用的命令除上述的外，PERS、GROW、MATR、JOIN、ARAD、INFO、ENVI、POLY、SGEN、SYMM、PREV、TELP、CELL、ROTA、ATYP等命令应该非常熟悉。HELP可获得相应帮助或参阅陈小明编著的《单晶结构分析》一书

19．打开，检查是否保存了前面所作的工作

20．单击XL (此时的目的是用Fourier峰和差值Fourier峰找其它原子)

21．单击EDIT打开文件(查看Fourier峰的大小，记住峰值大于5e/3以上的峰如Q1~Q8；如果前一次处理中有误，可能提示一些信息于文件中，请注意处理，去误存真)

22．进行10~17步，投Qn(Fourier峰较大者)

23．重复20~21步骤，直到解出完整结构模型(过程中可打开LST文件查看进行情况)

三．结构精修

24．用EDIT打开，并完成：

⊕加入 SIZE (晶体的三维尺寸，单位已设为mm)一行；

⊕在MERG 2前加REM；在OMIT 4前加REM

25．单击XL

26．EDIT打开res文件，并将END后的WGHT行移到FVAR行前一行，保存。EDIT，另存为同名的INS文件作为输入的指令文件(即res->ins)

此步骤，如果确认原子已投好了，可改为：EDIT， res->ins (RES另存为INS文件)，再EDIT 打开INS文件，并将END后的WGHT行移到FVAR行前一行，保存

27．重复25、26步骤，完成同性修正。每一次修正后，均可打开LST文件查看运行情况。认为合理时，另存为同名的INS文件作为输入的指令文件。必要时，记下同性(此时)的R1和wR2因子(不要求完全收敛)

28．在数据所在文件夹中，复制或之一，以备用

29．EDIT打开RES，并将END后的WGHT行移到FVAR行前一行，并在原子序号之前加入单独的ANIS n一行(ANIS为异性修正，n为原子个数，可根据情况设定)，保存。EDIT，另存为同名的INS文件作为输入的指令文件(即res->ins) (履盖了原INS文件)

30．单击XL

31．打开LST或RES文件，不合理时，修正INS文件ANIS n的n, 重复进行25、26步，直到合理后进行第32步。强烈建议将这时的RES或INS文件另存一备份(可履盖同性备份文件)这里的合理指的是，所有的非氢原子均应尽可能异性修正，R因子一般少于，正负残峰近相