蛋白质修饰位点预测详解

蛋白质修饰位点分析

目录

实验目的 (2)

实验平台 (2)

实验过程 (3)

一、“人类connexin43”蛋白质磷酸化位点修饰 (3)

1、“人类connexin43”蛋白质序列下载 (3)

2、uniprot数据库查看蛋白磷酸化位点 (4)

3、在线软件预测指定蛋白磷酸化位点 (6)

（1）DISPHOS 1.3预测未知蛋白磷酸化位点 (6)

（2）PhosphoSitePlus预测指定蛋白磷酸化位点 (11)

4、“人类connexin43”蛋白质磷酸修饰结论 (14)

二、“人类血红蛋白”糖基化位点修饰 (15)

1、N型糖基化位点预测 (15)

2、O型糖基化位点预测 (18)

（1）哺乳动物O型糖基化位点预测 (18)

（2）真核生物O型糖基化位点预测 (20)

3、uniprot数据库查看蛋白质糖基化修饰位点 (22)

4、“人类血红蛋白”糖基化位点修饰结论 (22)

实验结论 (23)

（特别提示:ctrl+单击目录下的标题链接，可以跟踪标题；ctrl+单击标题后的图标可以返回目录）

实验目的

●找出“人类connexin43”蛋白质上面的所有可能磷酸化位点，

并说明为什么（注释）

●找出“人类血红蛋白”上面的糖基化位点，注释结果

实验平台

●uniprot数据库: /(查看蛋白的修

饰情况)

●预测未知蛋白磷酸化位点

DISPHOS:/disphos/

PhosphoSitePlus:

●预测未知蛋白的糖基化修饰位点

N型糖基化位点预测：http://www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc/

O型糖基化位点预测：http://www.cbs.dtu.dk/services/NetOGlyc/

http://www.cbs.dtu.dk/services/Yin

OYang/

实验过程

一、“人类connexin43”蛋白质磷酸化位点修饰

1、“人类connexin43”蛋白质序列下载

蛋白序列：fasta.txt

2、uniprot数据库查看蛋白磷酸化位点网站链接：/

3、在线软件预测指定蛋白磷酸化位点

（1）DISPHOS 1.3预测未知蛋白磷酸化位点网站链接：/disphos/

开始预测

结果

DISPHOS由蛋白序列预测蛋白磷酸修饰位点，总共有37个丝氨酸修饰位点，13个苏氨酸修饰位点，16个酪氨酸修饰位点。但是根据打分，只有8个丝氨酸修饰位点可能存在。

（2）PhosphoSitePlus预测指定蛋白磷酸化位点

网站链接：

●开始预测

●结果

筛选参考文献来源多于5篇的磷酸化修饰位点，丙氨酸磷酸化修饰位点数目为1、丝氨酸为17、苏氨酸数目为1、酪氨酸数目为7。

4、“人类connexin43”蛋白质磷酸修饰结论

在线数据库查询和在线软件预测结果基本一致，“人类connexin43”蛋白质磷酸位点数量相对一般蛋白质较多，且丝氨酸磷酸修饰位点最多。“人类connexin43”蛋白质极有可能是一种活

性较高的蛋白质，与机体的生物活性显著相关。

通过各种文献阅读和网络筛选发现connexin43蛋白质是一种哺乳动物连接蛋白，是主要的细胞缝隙连接蛋白，其表达的异常与多种疾病的发生有关。

二、“人类血红蛋白”糖基化位点修饰

Ncbi下载人类血红蛋白的蛋白序列保存为：hemoglobin.txt

1、N型糖基化位点预测

网站链接：http://www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc/

开始预测

结果

2、O型糖基化位点预测

（1）哺乳动物O型糖基化位点预测网站链接：http://www.cbs.dtu.dk/services/NetOGlyc/ 开始预测

结果

（2）真核生物O型糖基化位点预测

网站链接：http://www.cbs.dtu.dk/services/YinOYang/

●开始预测

●结果

3、uniprot数据库查看蛋白质糖基化修饰位点

4、“人类血红蛋白”糖基化位点修饰结论

在线数据库查询和在线软件预测结果基本一致，人类血红蛋白基本没有O型糖基化修饰位点,但是存在N型糖基化修饰位点。血红蛋白是高等生物体内负责运载氧的一种蛋白质，糖基化修饰可能和血红蛋白的信号传导功能有关。

实验结论

人类connexin43”蛋白质磷酸位点数量相对一般蛋白质较多，且丝氨酸磷酸修饰位点最多；人类血红蛋白基本没有O型糖基化修饰位点,但是存在N型糖基化修饰位点。