modeltest使用说明

Medeltest3.7：
准备工作：
下载modeltest软件windows版本，解压到系统盘，这里为C盘，我们这里将其置于根目录。

从/phylogenetics/modeltest.html该网站下载文件modelblockPAUPb10.txt和文件ML-search.txt。

下载Paup4.0
1．打开paup，打开你自己的filename.nex文件，然后再打开并执行所下载的modelblockPAUPb10.txt文件。

Paup将运行并产生一个名为model.scores的文件。

2．将产生的model.scores文件与modeltest执行程序放置在相同的文件夹内，这里为C:\modeltest3.7\Modeltest3.7 folder\bin\modeltest3.7.win。

3．在开始－运行中输入cmd命令，确认，弹出一个dos界面的窗口，将其默认目录改为model.scores文件所在文件夹，修改方式为在dos窗口输入：cd 盘符：\filename\filename，确认，这里我们输入
cd C:\modeltest3.7\” Modeltest3.7 folder” \bin\。

带有空格的文件夹名要用双引号括起来。

4．修改好后，在窗口内输入：Modeltest3.7.win.exe < model.scores > test.outfile，确认。

在model.scores 所在文件夹内产生test.outfile文件，即我们所需要的文件。

文件test.outfile的文件名可以修改。

5．用记事本打开test.outfile文件，里面列出了两种检验标准LRT和AIC分别选出的最优DNA进化模型。

6．如果你要在paup中利用最大似然法建树，那么只需将其中一种标准的对应命令拷贝到下载的ML-serch.txt文件中标记的位置，然后用paup打开你的nex文件之后执行该文件即可。

或者将命令拷贝到你自己的ML批处理文件内执行。

命令既是begin paup;和end;之间的部分。

7．如果是用于mrbayes分析，不能直接拷贝上述命令。

其中base即Base frequencies，代表各碱基出现的频率，顺序为A-C-G-T，其中T的频率没有列出来，不过这些值都可以在test.outfile中找到。

在mrbayes中，对应于Statefreqpr选项，该选项默认状态为Dirichlet(1.0,1.0,1.0,1.0)，依次为A-C-G-T的频率，即各碱基的出现频率相同。

在此需将该选项状态修改为fixed( )，括号中依次填入base中对应的值，中间逗号隔开，如Statefreqpr=fixed(0.1649,0.3340,0.3209,0.1801)。

其中各值相加为1，但在mrbayes中，各值范围不定，各选项的值可同时乘或除以某值，如100，1000等，只要比例不变。

如在此可修改为Statefreqpr=fixed(1649,3340,3209,1801)。

其中rmat即rate matrix，是碱基位点的变异频率或者说异质率（rate heterogeneity），共6个值，R(a) [A-C]，R(b) [A-G]，R(c) [A-T]，R(d) [C-G]，R(e) [C-T]，R(f) [G-T]。

rmat命令中只列出前五个，最后一个R(f) [G-T]未列出，不过这些值都可以在test.outfile中找到。

在mrbayes中，该命令对应于revmatpr选项，该选项默认状态为Revmatpr=Dirichlet(1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0)，括号中对应于rmat的各值，顺序不变，依次为[A-C]，[A-G]，[A-T]，[C-G]，[C-T]，[G-T]，各数值间用逗号隔开；在此，我们需将该选项状态修改为fixed，即recmatpr＝fixed( )，括号中依次填入rmat中对应的各值，如revmatpr＝fixed(1.0000,3.7410,1.0000,1.0000,2.0672,1.0000)。

其中pinvar即Proportion of invariable sites，是不变位点的比率或称among-site rate variation，在mrbayes 中对应于Pinvarpr选项，该命令默认为uniform状态，即pinvarpr = uniform(0,1)，取0-1内的一个值，0-1也是该选项的有效范围，在此，我们将该选项修改为fixed固定值选项，即pinvarpr=fixed( )，括号内填入pinvar中对应的数值，如pinvarpr=fixed(0.3076)。

其中Shape即Gamma distribution shape parameter，确定伽马分布的形状参数α，在mrbayes中对应于Shapepr选项，该选项默认状态为α范围内的均一分布，shapepr = uniform(0, α) ，在此修改为shapepr =fixed(1.5422)。

现在假设原命令是：
lset Base=(0.1649 0.3340 0.3209) Nst=6 Rmat=(1.0000 3.7410 1.0000 1.0000 2.0672) Rates=gamma Shape=1.5422 Pinvar=0.3076;
修改后对应的mrbayes命令为：
Lset nst=6 rates=gamma;
Prset Statefreqpr=fixed(0.1649,0.3340,0.3209,0.1801)
revmatpr＝fixed(1.0000,3.7410,1.0000,1.0000,2.0672,1.0000) shapepr =fixed(1.5422) pinvarpr=fixed(0.3076); 在statefreqpr和revmatpr中，fixed一般设置为dirichlet，不知道两者有没有明显的差别？
另，statefreqpr以及shapepr、pinvarpr参数在mrbayes中似乎没见别人用过，不晓得为何？。