染色质免疫共沉淀(ChIP)实验
染色体免疫共沉淀
染色体免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是基于体内分析发展起来的方法，也称结合位点分析法，在过去十年已经成为表观遗传信息研究的主要方法。
这项技术帮助研究者判断在细胞核中基因组的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰。
ChIP不仅可以检测体内反式因子与DNA的动态作用，还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系。
它的原理是在保持组蛋白和DNA联合的同时，通过运用对应于一个特定组蛋白标记的生物抗体，染色质被切成很小的片断，并沉淀下来。
实验步骤：第一步：用甲醛把细胞内的DNA结合蛋白与DNA交联起来具体步骤与注意事项1. 准备好一盘细胞量达到1 x 106的培养皿（注意：培养细胞时要适当处理细胞使得目的基因处于被转录的状态）2. 于培养基中加入适量的甲醛，使甲醛终浓度达到1%，37℃下交联10分钟。
（注意：交联的时间太短或太长都会影响最终的结果）3. 尽量的去掉培养基，然后用加了蛋白酶抑制剂的预冷PBS清洗细胞两次；4. 把细胞刮下，置于离心管中，4°C 2000 rpm 离心4分钟；5. 去掉上清液，加入200微升裂解液（注意：每1 x 106个细胞加200微升裂解液），冰上裂解10分钟；第二步：用超声波的方法把DNA破碎成合适的大小（250bp至800bp），因为在第一步中用甲醛交联了细胞内的大分子，所以结合蛋白质的DNA片段相对没那么容易被打断。
具体步骤与注意事项6. 用超声波破碎细胞裂解液中的DNA至DNA的长度为250bp至800bp（注意：整个操作过程必须在冰上进行，破碎中途不断的跑胶检测DNA分子长度是否达到250bp至800bp）第三步：用特异性抗体与DAN结合蛋白结合，用免疫沉淀的方法法分离出复合体。
纯化出复合体中的小片段DNA具体步骤与注意事项7. 把破碎好的细胞裂解液置于冰冻离心机中4°C 13000 rpm 离心10分钟，再把上清转移到2ml的离心管中；8. 用CHIP稀释液把细胞裂解液稀释10倍，并将此液称为原液（注意：稀释后取出200微升原液作为Input样品）；9. 为了更好的去掉结果背景，往原液中加入75微升的蛋白A/G琼脂糖珠，4°C孵育30分钟，再稍微离心一下，收集上清液（以下称为A液）；10. 把A液分为两份，一份加入结合目的基因的蛋白的抗体，一份加入Fl ag标签抗体，4°C孵育过夜；11. 分别加入40微升的蛋白A/G琼脂糖，4°C摇晃孵育1小时；（注意：孵育的时间不能太长，而且摇晃的速度要快）12. 700 至1000 r pm 4°C冰冻离心1分钟，去掉上清，反复清洗琼脂糖珠四次（注意：务必把上清液彻底的去掉，否则残留的上清液会造成假阳性）；第四步：用PCR扩增特异DNA序列，以确定目的基因是否与抗原蛋白结合并最终被沉淀下来。
染色质免疫共沉淀
染色质免疫共沉淀染色质免疫共沉淀（chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是一种将DNA和相应的转录因子组装到染色质上的一项技术，可用于彻底研究基因表达调节机制。
1. 什么是染色质免疫共沉淀？染色质免疫共沉淀（ChIP）是一种将DNA和相应的转录因子组装到染色质上的实验方法，用于研究染色质的结构和功能，进而理解基因的表达如何受调控。
它是一种特别有效的去解析染色质和基因表达调节之间的联系的方法，被用于通过生物信息学等方法，研究基因表达调节的蛋白质组织关系。
2. 染色质免疫共沉淀的原理染色质免疫共沉淀的技术根据抗体结合模式可以分为单克隆抗体和聚合物抗体两种，单克隆抗体结合定向抗原，可以较好地用于基因组定点分析，它通过固定DNA模板和抗原抗体相互作用将它们结合到一起，再行沉淀，从而获取DNA模板及其相互作用位点。
聚合物抗体可以扩大辨识特异性，能够克服单克隆抗体的特异性限制，可应用于普适性抗原，可以用于核组学分析，利用共沉淀的方法结合PCR的扩增效应，将小量的DNA模板复制成更多的DNA碱基，以能够清晰地获得与染色质有关的重要信息。
3. 染色质免疫共沉淀的步骤染色质免疫共沉淀的步骤主要有：细胞培养分离、肽激活细胞和抗体免疫沉淀、PCR扩增、核酸电泳分析、数据分析。
首先，要进行细胞培养，用适当的分离方法分离出细胞，接着，激活肽将细胞激活，以提高活细胞中的蛋白质和DNA的表达、组装以及相互作用；然后，添加抗体，抗体结合模板和相应的转录因子，这样可以将抗体和DNA-转录因子复合物结合在一起，继而进行沉淀；接着，将沉淀物进行PCR 扩增，从而将少量的模板复制成多份；接着，使用DNA电泳分析来检测分析结果；最后，利用生物信息学对实验测得的数据进行分析，探索调节染色质和基因表达的蛋白质组织关系及其机制。
以上就是染色质免疫共沉淀的实验步骤。
4. 染色质免疫共沉淀的应用染色质免疫共沉淀在生物学研究方面具有重要的应用价值，在基因组学、核组学、基因表达分析、生物信息学、代谢组学、表观遗传学等方面有着广泛的应用，可用于研究染色质结构，探索基因组变异，鉴定并且定位生物体内转录因子等，是一项重要的新技术。
免疫共沉淀实验流程--chip
染色体免疫共沉淀（Chip）实验报告步骤一：样品准备试剂和仪器：Biopulverizer(biospec)37% formaldehyde甘氨酸(Glycine)PBSprotease inhibitors步骤二：细胞交联1. 向客户提供的细胞沉淀中加入1ml 细胞培养基，混匀细胞后转移到15ml离心管中。
2. 向15ml离心管中加入270ul 37%甲醛溶液，使得甲醛的终浓度为1%，室温温育10min。
3. 向反应体系中各加入505ul 2.5M甘氨酸到终浓度为125mM，室温温育5min以终止交联反应。
4. 135x g，4°C离心10min，去上清，并用冰冷的10ml 1XPBS迅速漂洗两次。
5. 吸净PBS后，加入1ml PBS+protease inhibitors混合液，并转移到1.5ml离心管中。
800Xg，4°C离心5min，小心去掉上清。
步骤三：细胞裂解试剂:裂解缓冲液1: 50mM Hepes-KOH pH7.5; NaCl 140mM; EDTA 1mM; glycerol 10%;NP-40 0.5%;Tritonx -100 0.25%。
裂解缓冲液2: 10mM Tris-HCl pH8.0; NaCl 100mM; EDTA 1mM pH8.0; Na-Deoxycholate 0.1% Protease inhibitors。
步骤:1. 加入蛋白酶抑制剂(终浓度为1x) 到所有的裂解缓冲液中。
2. 用1ml的裂解缓冲液1重悬上述处理的样品，4°C旋转混合10min后，800g，4°C离心5min，弃上清。
3. 用300ul 裂解缓冲液2重悬样品，冰上放置30min。
步骤四：超声破碎ＤＮＡ仪器:Bioruptor(Diagenode)步骤:(1)、将超声仪器Bioruptor 调到中档“Mid”(M)。
(2)、在超声池中注入一定量的冰水。
CHIP原理
关于染色质免疫共沉淀ChIP实验原理及实验总结ChIP实验原理在活细胞状态下固定蛋白质－DNA复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，通过对目的片断的纯化与检测，从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。
可以利用ChIP研究转录因子（transcription factor,TF）与启动子（promoter）的关联性。
由于ChIP采用甲醛固定活细胞或者组织的方法，所以能比较真实的反映细胞内TF与Promoter的结合情况。
这个优势是EMSA这个体外研究核酸与蛋白相互结合的实验方法所不能比拟的。
当用甲醛处理时，相互靠近的蛋白与蛋白，蛋白与核酸（DNA或RNA）之间会产生共价键。
细胞内，当TF与Promoter 相互结合（生物意义上的结合）时，它们必然靠的比较近，或者契合在一起，这个时候用甲醛处理，能使它们之间产生共价键。
一般ChIP的流程是：甲醛处理细胞——收集细胞，超声破碎——加入目的蛋白的抗体，与靶蛋白-DNA复合物相互结合——加入Protein A，结合抗体-靶蛋白-DNA复合物，并沉淀——对沉淀下来的复合物进行清洗，除去一些非特异性结合——洗脱，得到富集的靶蛋白-DNA复合物——解交联，纯化富集的DNA-片断——PCR分析。
ChIP实验步骤第一天：（一）、细胞的甲醛交联与超声破碎。
1、取出1平皿细胞（10cm平皿），加入243ul37％甲醛，使得甲醛的终浓度为1％。
（培养基共有9ml）2、37摄氏度孵育10min。
3、终止交联：加甘氨酸至终浓度为0.125M。
450ul2.5M甘氨酸于平皿中。
混匀后，在室温下放置5min即可。
4、吸尽培养基，用冰冷的PBS清洗细胞2次。
5、细胞刮刀收集细胞于15ml离心管中（PBS 依次为5ml，3ml和3ml）。
预冷后2000rpm5min收集细胞。
6、倒去上清。
按照细胞量，加入SDS Lysis Buffer。
ChIP实验常见问题解析
ChIP实验常见问题解析ChIP实验常见问题解析1.染色质免疫共沉淀(ChIP)实验中使用超声方法断裂染色质温度不易控制，可能会使蛋白变性，如何进行优化？染色质免疫共沉淀(ChIP)实验中超声的优化一般从如下几个方面考虑:（1）重复已发表文献中的剪切方案时建议进行优化。
尤其是当仪器不同于文献中所使用的仪器时。
（2）使用基于探头的超声破碎仪时，探头要适于样品体积。
（3）在任何情况下，剪切参数都应当根据样品体积、细胞密度和细胞类型而优化。
（4）优化应当包括功率设置（超声时间 vs. 间隙时间/休息时间）以及获得长度为200 – 1000 bp的DNA片段所需的剪切循环数，每个优化实验只优化一种参数；（5）注意时间和功率设置。
过度破碎和太高功率设置会损害在免疫沉淀步骤中的表位。
降低染色质免疫共沉淀（ChIP）信号。
（6）始终保持裂解液冰冷，间断超声（而非连续），因为超声处理产生热量会使染色质变性。
（7）在超声破碎过程中避免气泡。
泡沫会导致蛋白质的表面变性，可能使染色质损失在气泡中。
为了避免这种情况，一开始设为较低功率，再逐步提高。
（8）在优化条件时，每个超声破碎循环后通过琼脂糖凝胶电泳分析DNA片段的长度。
剪切不足所产生大的不溶复合物可能堵塞琼脂糖凝胶的孔，并延缓电泳过程。
通过消化蛋白质、逆转交联、酚:氯仿提取和沉淀来纯化DNA。
2.染色质免疫共沉淀（ChIP）实验研究转录因子，调控因子结合的DNA和组蛋白结合的DNA操作上最大的区别是什么？染色质免疫共沉淀（ChIP）实验中由于组蛋白在染色质中表达相对较高且较稳定，转录调控因子表达水平很低，往往是瞬时表达。
所以组蛋白相对研究起来更为容易，一般需要105-106个细胞即可完成一个染色质免疫共沉淀（ChIP）反应。
研究起始样本量（细胞，组织）要是组蛋白的10倍，一般每个反应至少需要107个细胞。
另外有些转录因子比较大，往往结合多个核小体，因此在染色质断裂的时候，不太适合使用酶法的处理方式，建议使用超声断裂染色质的方法。
chipseq实验原理和callpeak原理
chipseq实验原理和callpeak原理ChIP-Seq实验原理：ChIP-Seq（染色质免疫共沉淀测序）是一种研究体内蛋白质与DNA相互作用的技术。
该技术结合了染色质免疫共沉淀（ChIP）和第二代测序技术，以在全基因组范围内检测与特定蛋白质（如转录因子、组蛋白等）相互作用的DNA区段。
实验步骤主要包括：1.交联：在生理状态下，将细胞内的DNA与蛋白质进行交联，以固定它们的相互作用状态。
2.裂解和染色质制备：裂解细胞，分离染色体，并通过超声或酶处理将染色质随机切割成一定大小的片段。
3.免疫共沉淀：利用抗原抗体的特异性识别反应，将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来。
这通常涉及使用与目标蛋白质特异性结合的抗体，该抗体与磁珠或琼脂糖珠等固相支持物相连。
4.解交联和纯化：通过适当的条件（如高温、低盐等）将DNA从蛋白质上解交联下来，并对解交联后的DNA片段进行纯化和文库构建。
5.高通量测序：将富集得到的DNA片段进行高通量测序，获得数百万条序列标签。
Callpeak原理：在ChIP-Seq数据分析中，callpeak（峰值调用）是一个关键步骤，用于识别蛋白质与DNA结合的显著区域。
这些区域通常表现为测序读数的富集，即所谓的“峰”（peaks）。
峰值调用的原理基于统计模型和算法，对测序数据进行扫描和分析，以识别相对于背景信号显著富集的DNA区段。
通常，这些算法会考虑测序深度、基因组上的位置信息、信号强度等因素，并使用适当的统计检验来确定峰的存在和显著性。
在峰值调用之前，测序数据通常需要进行一些预处理步骤，如去除低质量读数、归一化等。
此外，为了提高峰值调用的准确性和可靠性，还可以使用一些辅助信息，如已知的基因注释、转录因子结合位点数据库等。
需要注意的是，不同的峰值调用算法和软件可能具有不同的原理和特性，因此在实际应用中需要根据具体需求和数据特点选择合适的工具和方法。
同时，峰值调用的结果也需要进行进一步的验证和分析，以确认蛋白质与DNA的相互作用及其生物学意义。
染色体免疫共沉淀(chip)步骤
染色体免疫共沉淀(chip)步骤
染色体免疫共沉淀（ChIP）是一种常用的实验技术，用于研究染色体上特定蛋白质与DNA的相互作用。
以下是染色体免疫共沉淀的基本步骤：
1. 交联：将细胞或组织与形成蛋白质-DNA复合物的交联剂（如甲醛）处理，使蛋白质与DNA之间形成致密的交联。
这一步骤有助于保持蛋白质与DNA的相互作用并固定其在细胞或组织中的位置。
2. 细胞破碎和核裂解：将交联后的细胞或组织进行破碎和核裂解，以释放细胞内的染色质。
这可以通过机械方法（如超声波处理）或化学方法（如利用细胞裂解缓冲液和蛋白酶进行破碎）完成。
3. 免疫共沉淀：在破碎的细胞或组织提取物中，加入特异性抗体，该抗体可以与目标蛋白质结合。
免疫抗体与目标蛋白质形成免疫复合物，并与形成蛋白质-DNA复合物的目标区结合。
4. 洗涤：通过一系列洗涤步骤，去除非特异性和非特定结合的蛋白质和核酸，以减少背景信号的干扰。
5. 解交联：通过加热或酶处理等方法，解除细胞或组织中的蛋白质-DNA交联，并将DNA释放出来。
6. DNA提取：通过加入DNA提取缓冲液和有机溶剂，从溶液中沉淀出DNA，并用适当的方法进行纯化和浓缩。
7. 分析：对提取的DNA进行进一步的分析，可使用PCR、测序等技术，以检测免疫共沉淀的蛋白质与目标DNA的相互作用。
这些步骤旨在允许研究人员从细胞或组织中获得特定蛋白质与DNA的结合信息，并进一步了解基因调控、表观遗传学等相关的生物学过程。
实际操作时，具体的步骤和条件可能会因实验目的和样本类型而有所不同。
因此，在进行染色体免疫共沉淀实验时，建议参考相关文献和实验室经验，以确保实验的准确性和
可重复性。
染色质免疫共沉淀分组
染色质免疫共沉淀分组（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是一种用于研究染色质结构和功能的技术，通常用于研究特定蛋白与DNA的结合以及与转录因子相关的基因调控元件。
在进行ChIP实验时，通常会根据实验目的和需要研究的具体基因或蛋白进行分组。
以下是一个可能的ChIP分组方案，共计800字：1. 组一：研究转录因子与DNA的结合实验目的：通过ChIP分析特定转录因子与DNA的结合位点，研究转录因子在细胞内的作用机制和基因调控网络。
实验分组：（1）抗体组：使用特异性抗体针对转录因子进行免疫沉淀。
（2）对照组：使用等量未被抗体结合的DNA进行免疫沉淀作为对照。
（3）质谱分析组：对免疫沉淀后的DNA进行质谱分析，鉴定出结合转录因子的特异性DNA 序列。
2. 组二：研究组蛋白修饰与染色质结构的关系实验目的：通过ChIP分析特定组蛋白修饰与染色质结构的关系，研究基因表达的调控机制。
实验分组：（1）抗体组：使用特异性抗体针对组蛋白修饰（如H3K36me2）进行免疫沉淀。
（2）对照组：使用等量未被抗体结合的DNA进行免疫沉淀作为对照。
（3）测序分析组：对染色质免疫沉淀后解旋的DNA片段进行测序，分析染色质结构的变化。
3. 组三：研究RNA聚合酶与基因转录的关系实验目的：通过ChIP分析RNA聚合酶与基因启动子的结合，研究基因转录的起始位点。
实验分组：（1）抗体组：使用特异性抗体针对RNA聚合酶进行免疫沉淀。
（2）基因组DNA组：分析免疫沉淀后提取的DNA是否含有预期的基因启动子区域。
（3）基因表达组：在相同条件下培养细胞，分析基因表达的变化，以验证RNA聚合酶与基因转录的关系。
以上是三种可能的ChIP分组方案，可以根据实验目的和具体需求进行调整和组合。
通过ChIP 技术，我们可以深入了解基因表达调控的机制，为疾病研究和药物开发提供重要基础数据。
CHIP(染色质免疫共沉淀)
一、超声剪切染色质1.用37℃预温的1%PFA固定10-20min，使DNA与蛋白质交联2.终止交联，加入终浓度为0.125M的甘氨酸3.用预冷的PBS洗2次4.用PBS将细胞刮下（5mlPBS+1mMPMSF+1mg/ml抑肽酶）5.4500rpm5min（此阶段细胞沉淀可储存于-80℃）6.弃上清，按200ul/106个细胞加入SDS lysis buffer（现加PMSF&coktail），冰上10min（4℃rotation 30min）7.27G针头注射器吹打3遍，若有气泡离心8.超声：不可有气泡，超两次后放到冰上9.离心：4℃，12000rpm，20min，上清转移到15ml离心管二、Ab沉淀目的染色质1.用dilution buffer稀释至1ml2.取50ul Input（也可取少量做lgG阴性对照，RNaseⅡ阴性对照）备注：取450ul做lgGcontrol，剩余500ul3.剩下的加一抗（5ul/ml），4℃rotate过夜4.向样品中加入50ul ProteinA+Gbeads，4℃rotate2h，之后可在冰上沉淀一会5.离心，1000rpm1min，留上清6.洗珠子，1ml/5min/次，在4℃rotate，再在冰上静置5min，1000rpm1min。
洗涤顺序为：低盐溶液→高盐溶液→LicL（之前在4℃）→TE→TE（室温）三、去除蛋白质1.Elution buffer（1%SDS、0.1MNaHCO3；0.5gSDS，0.42gNaHCO3 in 50ml ddH20）+250uL RT15min rotate →离心1000rpm1min→上清（收集）→+250ulRT 10min →金属65℃5min→上清（收集）2.上清+20ul5M NaClInput+450ul elution buffer+20ul 5M NaCl65℃6-7h或过夜3.10ul0.5MEDTA,20ul1MTris-HCl +2ul 10mg/ml 蛋白酶K（50℃1h）？四、提纯DNA1.加等体积（500ul）Tris-饱和酚，剧烈混匀，14500rpm10min，取上清，加入500ulCHCl3混匀后14500rpm10min，取上清后再加入tRNA60ug （200ug/ml，3ul），加异丙醇500ul，离心14500rpm20min 弃上清2.加70%酒精洗一遍，14500rpm5min，（要去掉上清，先倒掉，倒掉之后离心一下再扔掉液体）将管子倒扣空气晾干。
CHIP实验方法分享
什么是CHIP？
染色质免疫沉淀技术（chromatin immunoprecipitation assay, ChIP）是目前 唯一研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。 ✓ 在活细胞状态下固定蛋白质－DNA复合物 ✓ 将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段 ✓ 通过免疫学方法沉淀此复合体，特异性地富集目
③超声处理：超声处理得到一定范围的染色质
片段，离心收集纯化的染色质，此部分留一部 分断裂的染色质作为INPUT组。暴露目标蛋
白，便于抗体识别，加入目的蛋白的抗体，与 靶蛋白-DNA复合物相互结合 ④ 免 疫 共 沉 淀 ： 清 洗 去 除 不 相 关 DNA 片 段 ， 加入Protein A/G Agarose Beads旋转过夜 ⑤富集蛋白质-DNA：洗脱缓冲液清洗Protein A/G Agarose Beads，离心得到蛋白质-DNA复合 物的上清液 ⑥交联逆转，加入NaCL和RNase A，并加热， 可使交联逆转。富集靶蛋白-DNA复合物；纯 化DNA片段进行qPCR分析或基因测序
2. 超声处理（染色质与蛋白质） 超声处理裂解液，剪切 DNA，使平均片段大小为 200-1000 bp。这一操作需要进一步优化，因为不同细胞系需要的超声处理时间 不同。超声处理后离心得到染色质制备液。 3. 免疫沉淀蛋白和DNA复合物 使用上述收集得来的染色质制备液，需要一份用于特异性抗体的样本和一份用于对照品的样品（仅限微珠），除仅含微珠的对 照品。加入Protein A/G Agarose Beads（清除超声处理的染色质，减少非特异性嘉禾蛋白背景） ，在所有样品中加入一抗， 4℃条件 旋转孵育1h，在所有样品中加入封闭的 Protein A/G Agarose Beads以形成抗体-蛋白A免疫复合物。 4.洗脱，交联逆转及DNA纯化 在 Protein A/G Agarose Beads 中加入洗脱缓冲液，洗脱目的蛋白以及结合相关的DNA，室温缓慢涡旋15min，离心得到上清液， 上清液加入NaCL和RNase A，65℃条件下振摇孵育过夜去除甲醛交联，使蛋白质和DNA分离，加入蛋白酶K，60℃条件下振摇孵育1h。
染色质免疫共沉淀技术原理
染色质免疫共沉淀技术原理一、前言染色质免疫共沉淀技术（ChIP）是生物学研究中常用的一种方法，它通过利用抗体特异性识别染色质上的特定蛋白质，进而从复杂的细胞核提取物中富集这些蛋白质，并对其进行鉴定和分析。
本文将详细介绍染色质免疫共沉淀技术的原理。
二、实验步骤1. 交联首先，需要对活细胞进行交联处理，以稳定染色质和蛋白质之间的相互作用。
常用的交联剂有甲醛和二氧化硅等。
2. 染色质片段化接下来，需要将交联后的细胞进行裂解，并将DNA片段化。
这可以通过超声波或者限制性内切酶等方法实现。
3. 免疫共沉淀然后，在裂解液中加入与目标蛋白特异性结合的抗体，并进行免疫共沉淀。
在共沉淀过程中，目标蛋白和与其结合的DNA片段会被富集到抗体上。
4. 分离DNA片段接下来，需要将DNA片段从抗体上分离出来。
这可以通过加入盐或者进行热处理等方法实现。
5. 鉴定和分析最后，对富集的DNA片段进行鉴定和分析。
这可以通过PCR扩增、测序或者芯片技术等方法实现，以确定目标蛋白在染色质中的作用位置和作用方式。
三、原理解析1. 抗体选择ChIP技术的核心是抗体的选择。
抗体需要特异性识别目标蛋白，并保持其活性。
通常情况下，使用多个不同来源的抗体可以提高富集效率和准确性。
2. 交联原理交联是通过甲醛或二氧化硅等化学物质与细胞核内的DNA、蛋白质发生共价结合而实现的。
交联后的染色质会更加稳定，避免了在裂解过程中DNA和蛋白质之间失去相互作用。
3. 片段化原理染色质片段化是为了将长链DNA切成适当大小的小片段，以便于后续步骤中与抗体结合并富集目标蛋白。
超声波法利用高频声波震荡使DNA分子破碎，而限制性内切酶法则利用特定的酶切割位点切割DNA分子。
4. 免疫共沉淀原理免疫共沉淀是利用抗体与目标蛋白之间的特异性结合，将目标蛋白及其相关DNA片段从裂解液中富集到抗体上。
这一步骤需要注意选择合适的抗体和免疫共沉淀条件，以提高富集效率和准确性。
5. DNA片段分离原理将DNA片段从抗体上分离出来是为了进一步进行后续鉴定和分析。
CHIP染色质免疫共沉淀实验方法简介
概述
原理
方法 比较 举例
染色质免疫沉淀实验(CHIP)
研究体内DNA－蛋白质相互作用的重要 工具。 它不仅可以灵敏地检测目标蛋 白与特异DNA 片段的结合情况，还可以 用来研究组蛋白与基因表达的关系。
概述
原理
方法 比较 举例
CHIP原理
在活细胞状态下固定蛋白质－DNA复合物 将其随机切断为一定长度范围内的染色质 小片段 通过免疫学方法沉淀此复合体，特异性地 富集目的蛋白结合的DNA片段 对目的片断的纯化与检测
概述
原理
方法 比较 举例
应用举例
Mantovani F, Tocco F, Girardini J, et al. The prolyl isomerase Pin1 orchestrates p53 acetylation and dissociation from the apoptosis inhibitor iASPP. Nat Struct Mol Biol. 2007 Oct;14(10):912-920.
概述
原理
方法 比较 举例
比较：
蛋白质-DNA相互作用常用方法
凝胶电泳迁移率改变分析 （EMSA）
体 外
体 内
DNaseⅠ足迹法（foot printing）
染色质免疫沉淀实验(CHIP)
概述
原理
方法 比较 举例
EMSA
CHIP
由于许多转录调控蛋 能真实完整地反映结 白有相似或相同的DNA 合在DNA序列上的调控 结合位点，EMSA获取 蛋白，是目前确定与 的结果不一定能真实 特定蛋白结合的基因 地反映体内转录调控 组区域或确定与特定 蛋白和DNA结合的状况。基因组区域结合的蛋 白质的最好方法。
染色质免疫共沉淀实验方法
染色质免疫共沉淀实验方法
染色质免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是一种用于研究染色质调控因子与DNA结合的实验技术，主要用于研究转录因子与DNA结合位点的相互作用。
以下是染色质免疫共沉淀实验的主要步骤：
1. **样品准备**：对细胞进行特殊处理，使之成为适合进行基因转录的“活动”状态，然后进行细胞裂解，使染色体变得更为疏松，同时加入抗体。
2. **免疫沉淀**：将处理过的细胞裂解物与特异性抗体混合，利用免疫沉淀将与该抗体结合的DNA片段富集。
3. **DNA回收**：利用纯化的ChIP-enrich样品中是否含有待检定的靶基因的DNA片段。
4. **基因组DNA的回收和鉴定**：通过PCR或测序等方法对ChIP产物进行检测，鉴定是否存在靶基因的DNA片段。
如果存在，即可说明该转录因子能够结合到该基因的DNA上。
5. **基因组DNA的再次检测**：可以通过QPCR或高通量测序等方法，进一步验证ChIP实验结果的准确性。
需要注意的是，在实验过程中，抗体的选择非常重要，通常使用针对蛋白质的特异性抗体，如针对转录因子的抗体。
同时，实验需要严谨的操作流程和质量控制，以确保实验结果的准确性。
此外，染色质免疫共沉淀技术也可通过使用特异性核酸探针或引物进行高通量测序的方法进行大规模基因组研究。
以上内容仅供参考，建议咨询专业人士以获得更准确的信息。
染色质免疫共沉淀结果解析
染色质免疫共沉淀结果解析
染色质免疫共沉淀（ChIP）是一种常用的分子生物学技术，用于检测特定蛋白质与基因组DNA的相互作用。
通过该技术，可以确定某种特定的蛋白质是否与某一特定的DNA序列结合，并能够分析这种结合的模式和位置。
ChIP的实验步骤大致分为以下几步：交联、裂解、抗体免疫沉淀、洗涤和提取。
其中，交联是将细胞中的蛋白质与DNA“固定”在一起，裂解则是将细胞核内的染色质分解成小碎片以便于后续的操作。
抗体免疫沉淀是利用特定的抗体将要检测的蛋白质与DNA结合物质
免疫沉淀出来，洗涤则是将非特异性的蛋白质和DNA从结合物质中洗去，提取则是将免疫沉淀得到的物质提取出来以便于后续的分析。
对于ChIP实验的结果解析，需要进行数据处理和分析。
最常用
的方法是将ChIP所得的DNA片段进行PCR扩增，然后进行基因测序
和比对分析。
通过对比对结果的分析，可以确定特定的蛋白质与DNA 序列的结合情况，并确定它们的相互作用模式和位置。
另外，还可以利用一些计算机软件如MACS和HOMER等进行数据处理和分析，以及
进行统计学分析和可视化展示。
综上所述，染色质免疫共沉淀技术是一种重要的分子生物学技术，能够帮助我们了解蛋白质与DNA相互作用的模式和位置，从而为后续的基因功能研究和临床诊断提供重要的参考依据。
- 1 -。
CHIP染色质免疫共沉淀实验 Protocol
CHIP染色质免疫共沉淀实验是一种在全基因组水平上研究蛋白质与DNA相互作用的技术方法。
其实验原理是基于抗原抗体反应的特异性，从而实现对DNA结合蛋白及其DNA靶标的富集。
实验所需试剂和耗材包括：细胞培养及提取试剂、生物素标记试剂盒、抗体、蛋白质A琼脂糖珠、Triton X-100、ECL显影液等。
实验仪器包括：二氧化碳培养箱、倒置显微镜、离心机、染色质免疫沉淀仪等。
实验准备工作的要点包括：首先，要确认所用试剂和耗材的型号和保质期；其次，要确保细胞株和抗体的选择合适；最后，准备好实验所需的仪器设备并调试至最佳状态。
实验方法主要包括以下步骤：1.将细胞进行培养并提取染色质。
2.在染色质中加入对应于一个特定组蛋白标记的生物抗体，并用Triton X-100将抗原抗体混合物进行稀释。
3.在混合物中加入蛋白质A琼脂糖珠，以便吸附多余的抗体和未结合的蛋白质。
4.用洗涤液洗涤沉淀物，去除未结合的蛋白质和抗体，最后用变性液洗脱DNA。
5.用电泳法和显影法检测提取出的DNA片段。
注意事项包括：要保持细胞生长状态良好，并确保抗原抗体反应的时间和温度准确适宜；在加入蛋白质A琼脂糖珠后，要充分混匀以避免影响实验结果；最后，要注意控制好电泳参数和显影条件以保证结果的准确性和可靠性。
常见问题及解决方法包括：如果抗原抗体反应不充分，可以尝试增加抗体浓度或延长反应时间；如果未结合的蛋白质不能被有效清除，可以尝试增加洗涤次数或更换洗涤液；如果电泳条带不清晰或出现异常，可以尝试调整电泳参数或更换电泳液。
总之，CHIP染色质免疫共沉淀实验是一种研究蛋白质与DNA相互作用的有效方法，需要注意保持细胞生长状态良好、准确控制抗原抗体反应条件、充分洗涤未结合的蛋白质等关键点。
同时，针对实验中可能遇到的问题，要积极采取相应的解决方法，以保证实验结果的准确性和可靠性。
热点实验：CHIP染色质免疫共沉淀实验案例介绍
背景：真核生物的基因组DNA以染色质的形式存在，研究蛋白质与DNA在染色质环境下的相互作用是阐明真核生物基因表达机制的基本途径。
与传统的EMSA技术相比，染色质免疫沉淀技术（CHIP）能真实完整地反映结合在DNA序列上的调控蛋白，是目前研究体内DNA与蛋白质相互作用的最佳方法。
原理：是在活细胞状态下以甲醛固定蛋白质－DNA复合物，超声将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后加入目的蛋白抗体，通过抗体沉淀靶蛋白-DNA复合物，通过洗脱的方法得到富集的靶蛋白-DNA复合物，特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，通过对目的片断的纯化与检测（PCR分析），从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。
应用：1.组蛋白修饰研究 2.转录调控分析 3.药物开发研究 4.有丝分裂研究 5.DNA损伤与凋亡分析。
步骤：1）甲醛处理细胞2）收集细胞，超声破碎3）加入目的蛋白的抗体，与靶蛋白-DNA复合物相互结合4）加入ProteinA，结合抗体-靶蛋白-DNA复合物，沉淀5）对沉淀下来的复合物进行清洗，除去一些非特异性结合6）洗脱，得到富集的靶蛋白-DNA复合物7）解交联，纯化富集的DNA-片断8）PCR或基因芯片分析。
实验案例证明C/EBP与Tmub1启动子或增强子序列的结合实验背景：在IL－6诱导条件下,利用CHiP技术提取C/EBP－DNA复合物，以Tmub1基因的碱基序列设计引物，以提取的DNA为底物，进行扩增，从而证明C/EBP结合的DNA含有Tmub1基因，进一步确认C/EBP与Tmub1启动子或增强子序列的相互作用。
实验分组：分2个组进行实验普通PCR检测和WB检测（检测Tmub1蛋白表达水平，抗体嘉美生物实验室提供。
注：嘉美生物实验室提供绝大多数常用国外原装进口抗体，为实验委托者节约大量实验经费。
）第一组：A组第二组：B组转染3天后收集细胞做CHIP-PCR以及WB检测实验对照：设定的对照有1、阳性对照（系统阳性对照，Anti-RNA Polymerase II）2、INPUT对照（DNA片段在沉淀以前，收集下来的对照）3、阴性对照（非免疫IgG血清吸附，Normal Mouse IgG）细胞转染流程:略EZ-ChIP™染色质免疫共沉淀实验检测流程（Upstste Catalog # 17-371)1、Kit Description：试剂盒内含的RNA聚合酶II阳性对照抗体2、试剂盒组分：A. Provided Kit ComponentsStore at 4℃:ChIP Blocked Protein G Agarose 1.5 mlChIP Dilution Buffer, One vial containing 24 mlLow Salt Immune Complex Wash Buffer 24 mlHigh Salt Immune Complex Wash Buffer 24 mlLiCl Immune Complex Wash Buffer 24 mlTE Buffer 24 ml0.5 M EDTA 250 ul5 M NaCl 500 ulSDS Lysis Buffer 10 ml1 M Tris-HCl, pH 6.5 500 ul10X Glycine 11 ml10X PBS 24 mlStore at -20℃:Protease Inhibitor Cocktail II（蛋白酶抑制剂） 2×110 ulRNase A 600 ug of RNase A in 60 ulsterile water.Proteinase K 600 ug of Proteinase K in 60 ul 1M NaHCO3 600 ulAnti-RNA Polymerase II 25ug clone CTD4H8.Normal rat IgGStore at Room Temperature:20% SDS 242 ul of 20% SDS.Spin Filters One bag containing 22 Spin Filters with Collection TubesCollection Tubes 22 Collection Tubes.Bind Reagent A 25 ml of Bind Reagent A.Wash Reagent B 12.5 ml of Wash Reagent B.Elution Reagent C 1.5 ml of Elution Reagent C.B. 抗体及血清特异性抗体：Anti-CEBP Beta antibody [E299] (ab32358,嘉美生物提供)Normal rat IgGC. 仪器设备微量混匀器Vortex mixer,震摇器Rotating wheel/platform.计时器Timer,可调微量加样枪以及tip头，Variable volume (5-1000 ml) pipettes + tips高速离心机Microfuge,Variable temperature water bath,细胞刮子Cell scraper,Sonicator,1.5 Ml离心管Microfuge tubes,PCR管PCR tubes,D. 引物设计略4、CHIP 操作流程A. 细胞蛋白与染色质的交联及细胞裂解预先准备：1) 准备细胞，150 mm培养瓶（20ml培养液）密度为80-90%，细胞数量≥1 x 10-7个；2) 准备42 ml 1X PBS (4.2 ml 10X PBS +37.8 ml water),放入150 mm培养皿以冰块预冷；3) 取出SDS Lysis Buffer，放置至常温确保SDS溶解不析出；4) Protease Inhibitor Cocktail II恢复至室温。
染色质免疫共沉淀
染色质免疫共沉淀（CHIP）实验原理染色质免疫沉淀技术（chromatin immunoprecipitation assay, CHIP）是目前唯一研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。
它的基本原理是在活细胞状态下固定蛋白质－DNA复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，通过对目的片断的纯化与检测，从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。
CHIP不仅可以检测体内反式因子与DNA的动态作用，还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系。
而且，CHIP与其他方法的结合，扩大了其应用范围：CHIP与基因芯片相结合建立的CHIP-on-chip方法已广泛用于特定反式因子靶基因的高通量筛选；CHIP与体内足迹法相结合，用于寻找反式因子的体内结合位点；RNA-CHIP用于研究RNA在基因表达调控中的作用。
染色质免疫沉淀实验原理示意图ChIP的一般流程：甲醛处理细胞→收集细胞，超声破碎→加入目的蛋白的抗体，与靶蛋白-DNA复合物相互结合→加入ProteinA，结合抗体-靶蛋白-DNA复合物，并沉淀→对沉淀下来的复合物进行清洗，除去一些非特异性结合→洗脱，得到富集的靶蛋白-DNA复合物→解交联，纯化富集的DNA-片断→PCR分析。
第一天：（一）、细胞的甲醛交联与超声破碎1、取一平皿长满的细胞（10 cm平皿），加入终浓度为1%的甲醛溶液（在9 ml培养液中加入243 μl 37%甲醛）。
2、37℃培养10 min。
3、终止交联加甘氨酸至终浓度为0.125 M。
450 μl 2.5 M甘氨酸溶液于平皿中。
混匀后，在室温下放置5 min即可。
4、吸尽培养基，用预冷的PBS溶液清洗细胞2次。
5、收集细胞于15ml离心管中（如果细胞贴壁，可以使用细胞刮刀，PBS溶液体积依次为5ml，3ml和3ml）。
预冷后2000 rpm 5 min收集细胞。
染色质免疫共沉淀 内参基因
染色质免疫共沉淀内参基因染色质免疫共沉淀（ChIP）是用来研究蛋白质与染色质相互作用的一种实验技术，通过利用特异性抗体来富集与目标蛋白质结合的染色质片段。
然而，在进行ChIP实验时，需要使用内参基因来进行标准化和校正实验结果，以确保实验的准确性和可靠性。
内参基因是指在特定条件下表达稳定、不受外界因素干扰的基因。
在ChIP实验中，内参基因被用来标准化目标基因的富集水平，以消除实验中可能出现的误差。
下面将从内参基因选择、内参基因验证及常用内参基因几个方面来详细探讨。
一、内参基因选择选择适当的内参基因是进行ChIP实验的关键步骤之一。
一个理想的内参基因应具备以下特点：1. 稳定的表达水平：内参基因的表达水平应在不同样品、不同处理条件下保持稳定，不受干扰因素的影响。
这可以通过实时定量PCR （qPCR）或基因芯片技术来评估基因的表达稳定性。
2. 细胞类型特异性：内参基因的表达水平应在所研究的细胞类型中具有一定特异性，并且不受目标蛋白质结合与浓度的影响。
这可以通过在不同细胞类型中进行实时定量PCR检测来评估。
3. 控制组条件下表达水平不变：在ChIP实验中，常常需要对比不同样品或处理条件下的富集水平。
因此，内参基因的表达水平应在不同组别条件下保持相对稳定，以确保实验结果的可比较性。
根据以上的特点，常用的内参基因包括GAPDH、ACTB、GUSB等，这些基因的表达水平通常在不同细胞类型和处理条件下比较稳定，且与ChIP实验中的目标基因的结合无关。
二、内参基因验证为确保选择的内参基因在实验条件下满足稳定性和特异性等要求，进行内参基因验证是必要的。
验证内参基因的常用方法有：1. 实时定量PCR：通过实时定量PCR测定一系列候选内参基因的表达水平，根据表达的稳定性和特异性选择最合适的内参基因。
在实验中，可以根据ChIP-qPCR的结果及对应内参基因的表达情况，评估其在ChIP实验中的可靠性。
2. 基因芯片技术：利用基因芯片技术可以同时检测大量基因的表达水平，对于内参基因的选择具有更高的精确性和鉴定能力。
染色质免疫共沉淀(ChIP)实验 DNA实验技术方法汇总
染色质免疫共沉淀（ChIP）染色质免疫共沉淀可以：（1）组蛋白修饰酶的抗体作为“生物标记”；（2）转录调控分析；（3）药物开发研究；（4）DNA损失与凋亡分析。
1实验方法原理：在保持组蛋白和DNA联合的同时，通过运用对应于一个特定组蛋白标记的生物抗体，染色质被切成很小的片断，并沉淀下来。
IP是利用抗原蛋白质和抗体的特异性结合以及细菌蛋白质的“prorein A”特异性地结合到免疫球蛋白的FC片段的现象活用开发出来的方法。
目前多用精制的prorein A预先结合固化在argarose的beads上，使之与含有抗原的溶液及抗体反应后，beads上的prorein A就能吸附抗原达到精制的目的。
2实验材料、试剂、仪器耗材：细胞样品甲醛、甘氨酸、PBS、SDS、Lysis Buffer、洗脱液、RNaseA、蛋白酶K、omega胶回收试剂盒等离心管、超声仪、电泳仪、离心机等3实验步骤：一、细胞的甲醛交联与超声破碎（第一天）1. 取出1平皿细胞（10 cm平皿），加入243 ul 37%甲醛，使得甲醛的终浓度为1%（培养基共有9 ml）。
2. 37℃孵育10 min。
3. 终止交联：加甘氨酸至终浓度为0.125 M。
450 ul 2.5 M甘氨酸于平皿中。
混匀后，在室温下放置5 min即可。
4. 吸尽培养基，用冰冷的PBS清洗细胞2次。
5. 细胞刮刀收集细胞于15 ml离心管中（PBS依次为5 ml，3 ml和3 ml）。
预冷后2 000 rpm 5 min收集细胞。
6. 倒去上清。
按照细胞量，加入SDS Lysis Buffer。
使得细胞终浓度为每200ul含2×106个细胞。
这样每100 ul溶液含1×106个细胞。
再加入蛋白酶抑制剂复合物。
假设MCF7长满板为5×106个细胞。
本次细胞长得约为80%。
即为4×106个细胞。
因此每管加入400 ul SDS Lysis Buffer。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
染色质免疫共沉淀（ChIP）染色质免疫共沉淀可以：（1）组蛋白修饰酶的抗体作为“生物标记”；（2）转录调控分析；（3）药物开发研究；（4）DNA损失与凋亡分析。
1实验方法原理：在保持组蛋白和DNA联合的同时，通过运用对应于一个特定组蛋白标记的生物抗体，染色质被切成很小的片断，并沉淀下来。
IP是利用抗原蛋白质和抗体的特异性结合以及细菌蛋白质的“prorein A”特异性地结合到免疫球蛋白的FC片段的现象活用开发出来的方法。
目前多用精制的prorein A预先结合固化在argarose的beads上，使之与含有抗原的溶液及抗体反应后，beads上的prorein A就能吸附抗原达到精制的目的。
2实验材料、试剂、仪器耗材：细胞样品甲醛、甘氨酸、PBS、SDS、Lysis Buffer、洗脱液、RNaseA、蛋白酶K、omega胶回收试剂盒等离心管、超声仪、电泳仪、离心机等3实验步骤：一、细胞的甲醛交联与超声破碎（第一天）1. 取出1平皿细胞（10 cm平皿），加入243 ul 37%甲醛，使得甲醛的终浓度为1%（培养基共有9 ml）。
2. 37℃孵育10 min。
3. 终止交联：加甘氨酸至终浓度为0.125 M。
450 ul 2.5 M甘氨酸于平皿中。
混匀后，在室温下放置5 min即可。
4. 吸尽培养基，用冰冷的PBS清洗细胞2次。
5. 细胞刮刀收集细胞于15 ml离心管中（PBS依次为5 ml，3 ml和3 ml）。
预冷后2 000 rpm 5 min收集细胞。
6. 倒去上清。
按照细胞量，加入SDS Lysis Buffer。
使得细胞终浓度为每200ul含2×106个细胞。
这样每100 ul溶液含1×106个细胞。
再加入蛋白酶抑制剂复合物。
假设MCF7长满板为5×106个细胞。
本次细胞长得约为80%。
即为4×106个细胞。
因此每管加入400 ul SDS Lysis Buffer。
将2管混在一起，共800 ul。
7. 超声破碎：VCX750，25%功率，4.5 s冲击，9 s间隙。
共14次。
二、除杂及抗体哺育（第一天）1. 超声破碎结束后，10 000 g 4℃离心10 min。
去除不溶物质。
2. 留取300ul做实验，其余保存于-80℃。
3. 300 ul中，100 ul加抗体做为实验组；100 ul不加抗体做为对照组；100 ul加入4 ul 5 M NaCl（NaCl终浓度为0.2 M），65℃处理3 h解交联，跑电泳，检测超声破碎的效果。
4. 在100 ul的超声破碎产物中，加入900 ul ChIP DilutionBuffer和20 ul的50×PIC。
再各加入60 ul ProteinA Agarose/SalmonSpermDNA。
4℃颠转混匀1 h。
5. 1 h后，在4℃静置10 min沉淀，700 rpm离心1 min。
6. 取上清。
各留取20 ul做为input。
一管中加入1 ul抗体，另一管中则不加抗体。
4℃颠转过夜。
三、检验超声破碎的效果（第一天）1. 取100 ul超声破碎后产物，加入4 ul 5M NaCl，65℃处理2 h解交联。
2. 分出一半用酚/氯仿抽提。
电泳检测超声效果。
四、免疫复合物的沉淀及清洗（第二天）1. 孵育过夜后，每管中加入60 ul ProteinA Agarose/SalmonSperm DNA。
4℃颠转2 h。
2. 4℃静置10 min后，700 rpm离心1 min。
除去上清。
3. 依次用下列溶液清洗沉淀复合物。
清洗的步骤：加入溶液，在4℃颠转10 min，4℃静置10 min沉淀，700 rpm离心1 min，除去上清。
洗涤溶液：（1）low salt wash buffer-one wash（2）highsalt wash buffer-one wash（3）LiCl wash buffer-one wash（4）TE buffer-two wash4. 清洗完毕后，开始洗脱。
洗脱液的配方：100 ul 10%SDS，100 ul1M NaHCO3，800 ul ddH2O，共1 ml。
每管加入250 ul洗脱buffer，室温下颠转15 min，静置离心后，收集上清。
重复洗涤一次。
最终的洗脱液为每管500 ul。
5. 解交联：每管中加入20 ul 5M NaCl（NaCl终浓度为0.2 M）。
6. 混匀，65℃解交联过夜。
五、DNA样品的回收（第三天）1. 解交联结束后，每管加入1 ul RNaseA（MBI），37℃孵育1 h。
2. 每管加入10 ul 0.5 M EDTA，20 ul1M Tris.HCl（PH6.5），2 ul 10 mg/ml蛋白酶K。
45℃处理2 h。
3. DNA片段的回收----omega胶回收试剂盒。
最终的样品溶于100 ul ddH2O。
六、PCR分析（第三天）ChIP-chip技术对于大规模挖掘顺式调控信息成绩卓著，同时它可以用于胚胎干细胞和一些疾病如癌症、心血管疾病和中央神经紊乱的发生的机制。
研究人员还可以利用这项技术开发一些治疗方法。
目前ChIP-chip技术研究主要集中于两个领域：及转录因子的结合和条件特异性；组蛋白的修饰，组蛋白修饰蛋白和染色体重建。
ChIP-chip在描述转录结合因子动力学中的研究、染色体结构组分的分布、在组蛋白的修饰、组蛋白修饰蛋白和染色体重建中的应用也十分广泛。
ChIP-chip 技术的优点是，可以在体内进行反应；在给定的检验细胞环境的模式下得到DNA相互关系的简单影像；使用特异性修正抗体鉴定与包含有一个特异性后转录修正的蛋白质的相关位点；直接或者间接（通过蛋白质与蛋白质的相互作用）的鉴别基因组与蛋白质的相关位点。
缺点是：需要一个特异性蛋白质抗体，有时难于获得；为了获得高丰度的结合片段，必须实验演示胞内条件下靶标蛋白质的表达情况；调控蛋白质的基因的获取可能需要限制在组织来源中。
总之，ChIP-chip 技术的发展为析活细胞或组织中DNA与蛋白质的相互关系提供了一个极为有力的工具。
在未来的研究中，将对芯片的构建进行改进，提高其实用性。
使用易于获得抗体，增加这种方法的可用性。
在PCR分析这一块，比较传统的做法是半定量-PCR。
但是现在随着荧光定量PCR的普及，大家也越来越倾向于Q-PCR了。
此外还有一些由ChIP衍生出来的方法。
例如RIP（其实就是用ChIP的方法研究细胞内蛋白与RNA的相互结合，具体方法和ChIP差不多，只是实验过程中要注意防止RNase，最后分析的时候需要先将RNA逆转录成为cDNA）；还有ChIP-chip（其实就是ChIP富集得到的DNA-片段，拿去做芯片分析，做法在ChIP的基础上有所改变，不同的公司有不同的做法，要根据公司的要求来准备样品）。
4注意事项：1. 注意抗体的性质。
抗体不同和抗原结合能力也不同，免染能结合未必能用在IP反应。
建议仔细检查抗体的说明书。
特别是多抗的特异性是问题。
2. 注意溶解抗原的缓冲液的性质。
多数的抗原是细胞构成的蛋白，特别是骨架蛋白，缓冲液必须要使其溶解。
为此，必须使用含有强界面活性剂的缓冲液，尽管它有可能影响一部分抗原抗体的结合。
另一面，如用弱界面活性剂溶解细胞，就不能充分溶解细胞蛋白。
即便溶解也产生与其它的蛋白结合的结果，抗原决定族被封闭，影响与抗体的结合，即使IP成功，也是很多蛋白与抗体共沉的悲惨结果。
3. 为防止蛋白的分解，修饰，溶解抗原的缓冲液必须加蛋白每抑制剂，低温下进行实验。
每次实验之前，首先考虑抗体/缓冲液的比例。
抗体过少就不能检出抗原，过多则就不能沉降在beads上，残存在上清。
缓冲剂太少则不能溶解抗原，过多则抗原被稀释。
5其他：一、染色质免疫共沉淀简介真核生物的基因组DNA以染色质的形式存在。
因此，研究蛋白质与DNA在染色质环境下的相互作用是阐明真核生物基因表达机制的基本途径。
染色质免疫沉淀技术（chromatin immunoprecipitation assay, CHIP）是目前唯一研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。
它的基本原理是在活细胞状态下固定蛋白质－DNA复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，通过对目的片断的纯化与检测，从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。
CHIP 不仅可以检测体内反式因子与DNA的动态作用，还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系。
而且，CHIP与其他方法的结合，扩大了其应用范围：CHIP与基因芯片相结合建立的CHIP-on-chip方法已广泛用于特定反式因子靶基因的高通量筛选；CHIP与体内足迹法相结合，用于寻找反式因子的体内结合位点；RNA-CHIP用于研究RNA在基因表达调控中的作用。
由此可见，随着CHIP的进一步完善，它必将会在基因表达调控研究中发挥越来越重要的作用。
二、ChIP的一般流程甲醛处理细胞---收集细胞，超声破碎---加入目的蛋白的抗体，与靶蛋白-DNA复合物相互结合---加入ProteinA，结合抗体-靶蛋白-DNA复合物，并沉淀---对沉淀下来的复合物进行清洗，除去一些非特异性结合---洗脱，得到富集的靶蛋白-DNA复合物---解交联，纯化富集的DNA-片断---PCR分析。