模拟的一般步骤

模拟的一般步骤

1.确定研究内容：包括研究对象，研究性质等

2.根据研究就内容选择力场和程序

1）一般来说做MOF材料的吸附用MC模拟，用本研究室开发的程序计算。

Sorption程序计算MOF材料骨架固定吸附；

Casp程序计算MOF材料骨架运动的吸附。

2）计算MOF材料本身的结构和力学性质，客体分子在材料中的扩散用MD 模拟。可以选用的程序：TINKER,LAMMPS,DL_POLY以及MS中的Discover模块。这些程序在可处理的体系，以及可以采用的力场是不一样的，需要根据所研究的内容选择。计算程序的详细信息请查看各自的手册文件。

3）力场可以参照他人类似的工作来选择。同时要兼顾到所用的模拟程序是否含有所选力场的模型。这里可以选出几套力场，通过后面的验证选择最好的一套。力场的基础知识可以看陈正隆的《分子模拟讲义》第二章。

3. 验证

1）如果是第一次使用某个程序，应该先验证是否真正掌握此程序。最好的办法是选择一个用此程序计算的工作重复，看是否能得到相同的结果。

2）我们的模拟以力场为依据。力场的准确性决定模拟结果的是否可信。所以一个研究开始之前，力场的验证是必不可少的环节。一般来说我们可以通过与某些实验得到的性质比较，来验证力场是否可靠。比如，做吸附研究可以把计算的吸附等温线与实验测得的吸附等温线比较；做扩散，可以比较扩散系数。做晶体结构和力学性质可以与实验的晶体结构，振动频率比较。在某些情况下，我们也可以通过比较量化计算的结果证明力场可靠。

4. 模拟

验证都没有问题后就可以按照自己的需要进行模拟计算。这里要说明的是，本研究室所有计算都是在linux环境下。对于习惯windows的人来说，linux上手有些困难。可以参考下linuxmanual这个文件，里面总结了最常用的linux 命令，vi编辑器使用以及在本研究室计算任务的提交方法。

5. 数据处理

我们需要的模拟结果，只有少部分能直接输出来，剩下的需要我们对数据进行处理。例如，要得到客体分子的质心分布图或者扩散系数，就要输出分子的坐标文件，然后用相应的程序得到。详细的方法请查看各程序的手册或者后期处理软件教程。

以上是分子模拟一般步骤。