生物信息学网址(全)电子教案
生物信息学(课堂PPT)
• 总之，信息源的特点是：
– 自治的 (autonomous)
数据集成
– 分布式的 (distributed) – 异构的 (heterogeneous)
Data Integration
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一、 生物信息学数据库
生物信息学数据库的种类
❖ 分子生物信息数据库种类繁多。归纳起来， 大体可以分为4个大类：
酵母菌Yeast ——CYGD数据库
http://mips.gsf.de/genre/proj/yeast/index.jsp
线虫 Caenorhabditis elegans ——AceDB数据库
/genome.shtml
的数据（EMBL负责欧洲，GenBank负责美洲，DDBJ负
责亚洲等），然后来自各地的所有信息汇总在一起，3
个数据库的数据共享并向世界开放，故这3个数据库又
被称为公共序列数据库（Public Sequence Database）。
所以从理论上说，这3个数据库所拥有的DNA序列数据
是完全相同的。你可以从中选择一个你喜欢的数据库；
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GenBank：由美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI)建立。该 中心隶属于美国国家医学图书馆，位于美国国家卫生 研究院(NIH)内。
EMBL：欧洲分子生物学实验室(European Molecular Biology Laboratory, 其下有European Bioinformatics Centre)，主要位于英国剑桥Cambridge和德国汉堡 Hamburg。
KEYWORDS .
医学生物信息学教学设计
互动教学：采 用小组讨论、 角色扮演等方 式，增强学生 参与感和互动
性
翻转课堂：课 前让学生自主 学习，课堂上 进行深入讨论
和实践操作
信息化教学： 利用多媒体、 网络资源等手 段，提高教学
效果和效率
感谢观看
汇报人：XX
理解医学生物信息学的研究方法 和技术
培养医学生物信息学的实践能力 和创新意识
能力目标
掌握医学生物信息学的基 本概念和原理
学会使用生物信息学软件 和数据库进行数据分析
提高分析和解决问题的能 力
培养团队合作和沟通能力
素质目标
培养学生对医学生物信息 学的兴趣和热情
提高学生的科学素养和研 究能力
培养学生的团队合作和沟 通能力
注意事项：合理 分组，确保每个 学生都能参与讨 论
实验法
实验目的：通 过实际操作， 加深学生对医 学生物信息学 的理解和掌握
实验材料：实 验所需的仪器、 试剂、样本等
实验步骤：详 细描述实验的 操作步骤和注
意事项
实验结果：对 实验结果进行 分析和解释， 引导学生思考 实验结果与理 论知识之间的
关系
评价方法：采用笔试、面试、作 品展示等多种方式进行综合评价
添加标题
添加标题
添加标题
添加标题
评价内容：包括理论知识、实践 技能、创新能力等方面
评价结果：给出学生的成绩和反 馈，以便学生和教师进行改进和 调整
学生反馈与改进措施
收集学生反馈：通 过问卷调查、访谈 等方式收集学生对 教学效果的反馈
分析学生反馈：对 收集到的反馈进行 整理和分析，找出 存在的问题和不足
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教学方法
理论教学与实践教学相结合
理论教学：讲 解医学生物信 息学的基本概 念、原理和方
网址大全
生命科学课件下载大全理学(生命科学类)生物学导论（普通生物学）清华大学http://166.111.37.254 用户名：swxdl；口令：swxdl；备注：输入网址打开后，点击文件栏上海交通大学生命科学概论课件（lzw提供）http://140.137.36.2/ayo/Biology/LifeConts.html四川农业大学http://202.115.176.40/ptswx/index.htm南京大学/jingpin2/CourseInfo.asp?CourseName=ptswx台湾阳明大学（Psycheros提供）：.tw/edu_proj.htmMIT /OcwWeb/Biology/indexa.htmLife:The Science of Biology第七版/life7e_sample_chapters/index.htmDave's Roanoke College: http://www.cbs.dtu.dk/staff/dave/roanoke/bio101.html分子生物学北大/jiaoxue/zhubmb/37度医学网/topic/004/theory/default.asp南通医学院研究生课件：/Course/KJ.htm武大收集的(aqiao提供) http://202.114.65.51/fzjx/fzswx/site_and_software/sourceindex.htm台湾翻译冷泉港的教程（Psycheros提供）：.tw/MIT /OcwWeb/Biology/indexa.htm(lzw提供)/(lzw提供)/Bio2000_Fall_2003/Bio2000_V030917.ht mDNA的立体图集/paul/DNA.html核小体等/~pruss/nucleosome.html分子生物学技术37C /topic/004/technique/zyjs.asp/topic/004/genediag/default.asp基因操作原理华中农业大学/kech/jycz/基因工程操作技术浙大/estcn1/books/default.asp免疫学(龙太郎提供) http://202.198.16.103/code/kecheng.asp(lzw提供) /南开：/sky/myxkc/index.html细胞和分子免疫学37C /topic/006/THEORY/Index.htm细胞与分子神经生物学MIT /OcwWeb/Biology/indexa.htm神经生物学台湾阳明大学（Psycheros提供）：.tw/edu_proj.htm细胞生物学北京大学/jpkc/jpkc-xb.htm 用户名：bioclass；口令：pkubio；河北大学/xbswx.asp 还没做完北大生物信息中心课件/chinese/documents/chenjg/南通医学院：/Course/KJ.htm(lzw提供) /cellsalive的课件/细胞遗传学图片/galleries/Cytogallery/cytogallery.html细胞工程学华中农业大学/kech/xbgc/微生物学武汉大学链接：http://202.114.104.238/jpkc/wsw/index.htm 用户名：whu；口令：159357；备注：专题教学网站（校教学资源网）链接：http://202.114.65.51/fzjx/wsw/bbs.htm 用户名：cxd；口令：000000；备注：教学论坛链接：http://202.114.65.51/fzjx/wsw/ 用户名：无；口令：无；备注：专题教学网站（校图书馆）链接：http://202.114.104.238/jpkc/wsw/newcourse/apply.htm 用户名：whu；口令：159357；备注：精品课程申报附件材料华中农业大学/kech/biology/index.htm图片/PublicHtml/Stock-Search2.html农业微生物学四川农业大学http://202.115.176.40/wswx/index.htm病原微生物学课件医学分子病毒学实验室/part10.htm病毒的图片库/Big_Virology/BVFamilyGroup.html#I反转录病毒/3035/Retroviruses.html遗传学吉林大学（Afunti提供）：/ycx/main.htm扬州大学：/course/yichuanxue/DEFAULT.HTM湖北大学：/jpkc/四川农业大学：http://202.115.176.40/DWYCX/dwycx.files/frame.htm盖亚科教网课件(sleep_owl提供)：/down/sort.asp?classid=18&Nclassid=169徐州师范大学：/genetics/二医大的遗传学: /zykj/~yc/jx-hd.htm台湾的（iceriver提供)：.tw/genetic/台湾翻译冷泉港的教程（Psycheros提供）：.tw//Dave's Roanoke College: http://www.cbs.dtu.dk/staff/dave/roanoke/genetics.html /MIT /OcwWeb/Biology/indexa.htm/klug_instructorCD/biology/contents-start.html医学遗传学：南通医学院：/Course/KJ.htm发育生物学(lzw提供)/(518提供）/atlases/fert/fetus.htm台湾阳明大学（Psycheros提供）：.tw/edu_proj.htm生物信息学北大/chinese/documents/index.html2001年暑期学校/ss/schedule.htmBrunel 大学/depts/bl/project/biocomp/sequence/seqanal_guide/ NCBI /Education/index.htmlEBI /2can/tutorials/index.htmlCMB http://lectures.molgen.mpg.de/online_lectures.htmlSACS /Training/seminars.html/education/courses.php生物统计四川农业大学http://202.115.176.40/swtjx/index.htm试验统计方法生物化学北京大学华中农业大学/kech/swhx/ （现在不对外开放了）四川农业大学http://202.115.176.40/swhx/index.htm台湾大学庄荣辉(iceriver提供) .tw/(lzw提供)/biochemistry/biochemistry.htmlMIT /OcwWeb/Biology/indexa.htm分子3D图片/pages/mathmol/library/山东农业大学：/duomeiti/01/shenghua/ziyuan_zhongwendagang.html武汉大学：http://202.114.65.51/fzjx/swhx/中山大学（simonyin提供）：/biochem/index.phtml化学原理南京大学/jingpin2/CourseInfo.asp?CourseName=hxyl湖州师范学院（dwannawb提供）：/smkxxy/biochemistry-web/无机化学吉林大学链接： 用户名：songty；口令：970305；备注：课程资源链接：/software/songtianyou/inorchem/inorchem/index.htm 备注：网络课程链接：/eclass/ 备注：视频课程链接：/software/songtianyou/shipin/wjhx/rm/index.html 备注：教学录像无机化学及实验大连理工大学 用户名：u2；口令：u2；备注：课程资料分析化学北京大学链接/analcourse链接：/ 用户名：zfl；口令：2003chem；备注：关于化学分析课及实验，注意请点击下面的栏目→教师FTP→分析化学链接：/ 用户名：instanal；口令：chem2001；备注：关于仪器分析课及实验，注意请点击下面的栏目→教师FTP→分析化学兰州大学/物理化学北京化工大学http://202.4.135.9/ 用户名：buctjwc；口令：buctjwc；华东理工: /jpkc/index.htm南京大学/jingpin 备注：进入网站后请点击相应课程扬州大学/course/wulihuaxue/kecheng/index.swf第二军医大/pharmacy/WLHX/INDEX.HTM有机化学华中农业大学/kech/yjhx/湖北大学/jpkc/浙江大学(HonJeZ提供):/resource/courseware.html有机化学及实验大连理工大学链接：；用户名：u1；口令：u1；备注：课程资料（点击“有机化学”）链接：http://202.118.76.6；用户名：ylm；口令：123456；备注：网络课程（以教师身份登陆）信息检索南京大学/jingpin2/CourseInfo.asp?CourseName=xxjs文献检索与应用(tkytzk)http://211.100.7.175/bit/xj165011.rar文献检索(tkytzk提供)/library/3/jianshou.htmhttp://202.204.190.1/learing/jiangyi.htm第三军医大检索教室/classroom/食品科学:食品工艺学江南大学/jpkc食品工程原理华中农业大学/kech/spgc/食品化学与分析华中农业大学/kech/sphx/食品卫生学四川农业大学http://202.115.176.40/spwsx/index.htm农学类：动物生理学兰州大学/扬州大学/course/dongwushenglixue/maincont1/1-1.htm四川农业大学http://202.115.176.40/dwslx_later/index.htm内蒙古农业大学的动物病理学、治沙原理与技术：/jingpin.htm动物营养学四川农业大学http://202.115.176.40/dwyyx/index1.htm家畜解剖及组织胚胎学华中农业大学/news/news_4.asp园艺设施学西北农林科技大学http://202.117.177.120/yuanyi/ 用户名：nonglin；口令：nonglin园艺植物栽培学华中农业大学/kech/yyzp/普通昆虫学华中农业大学/kech/ptkc兽医寄生虫学中国农业大学/jwc/putong/gjyj/index.htm植物学南京农业大学链接：http://202.195.252.10:88/ 用户名：botany；口令：200310；备注：《植物学》（新版）链接：http://202.195.252.61/courseshow/jpkcshow_default.asp?courseid=36 备注：植物学基本信息链接：/zwx/botpages/login.asp 用户名：zwx；口令：zwx8+；备注：植物学实验演示系统链接：/ 备注：农田植物多样性内蒙古农业大学：/shengtai/xxx/index.htm华南农业大学：/zhwx/chapter0/tframe.htm （sportsboy 提供）植物生理学扬州大学/course/zwsl/index.htm华中农业大学/kech/zwsl/农业植物病理学华中农业大学/kech/zwbl/植物生长与环境辽宁农业职业技术学院/chn/kejian/index.htm 用户名：zld；口令：210；水稻基础知识浙大/estcn1/books/book2/default.asp环境科学概论兰州大学/环境工程/education/env-engr/土地资源学四川农业大学http://202.115.176.40/tdzyx/index.htm森林土壤学四川农业大学http://202.115.176.40/sltrx/index.htm地球科学概论南京大学/jingpin/video/dqkxgl自然地理学南京大学/jingpin2/CourseInfo.asp?CourseName=zrdlx组织胚胎学上海第二医科大学中国医科大学/education/undergraduate/histology/index.htm诊断学西安交通大学链接：http://202.117.7.68 备注：《诊断学》网络课程链接：http://202.117.7.68:100/default.asp 备注：医学教育诊断网医学免疫学华中科技大学http://202.114.128.248/newkj/jingpkc/大连医科大学/department/immun/content.htm医学基础免疫学实验指导37度医学网/topic/006/TECHNICH/experimt.htm中医诊断学北京中医药大学链接：/zhongzhen/ 备注：网络课件链接：mms://210.77.146.56/zhongzhen_full.wmv 备注：讲课录像链接：/zhongzhen/12/12.htm 备注：附件材料照片及教案链接：http://202.205.144.112 用户名：zyzdx；口令：123456；备注：右上角,点击"go"进入生药学中国药科大学http://202.119.191.80/jpkc/www/index.htm链接：/jpkc/www/index.htm链接： 用户名：admin；口令：adminABC；备注：《中医中药大全》工业药剂学（chyjpy提供）中国药科大学http://202.119.191.80/jpkc/yj/gyyjx/html/root/index.htm药理学：南通医学院：/Course/KJ.htm药学专业相关学科教学教案及教辅材料/jiaoan/yaojixuejiaoan.htm药物的生物化学基础中国药科大学http://202.119.191.80/jpkc/sh/html/root/index.htm计算机辅助药物设计中国药科大学http://202.119.191.80/jpkc/cadd/html/root/index.htm临床药学中国药科大学http://202.119.191.80/jpkc/lcyx/html/root/index.htm温病学南京中医药大学: http://202.195.210.110 用户名：nzy；口令:8998；人体解剖学中南大学: 链接：/jpkc/index.htm 备注：国家精品课程申报所有材料、课堂录像链接：/anatomy 备注：人体解剖学网络图库、在线答疑中国医科大学（simonyin）/jiaoxue/kecheng/index.htm解剖学图片/da.html生理学中南大学链接：/jpkc/index.htm 备注：国家精品课程?链接：http://202.197.55.10 用户名：ne8；口令：08；备注：生理学重点、难点讲授全程录像中国科学技术大学：http://202.38.91.222/physiology/cover.htm人体生理学北京大学 用户名：jpkc；口令：jpkc；生理学及神经生物学课件(sleep_owl提供)浙大/download.htm(lzw提供) /~abbott/book/teaching.html /itc/hs/medical/neuralsci/病理学四川大学链接：http://202.115.96.43链接：链接：链接：中南大学链接：/jpkc/index.htm 备注：国家精品课程申报所有材料、讲课录像链接：/pathology/ 备注：图片库、病理论坛等牙体牙髓病学武汉大学http://202.114.104.243/jpkc/ytysbx/index.html 用户名：whu；口令：159357；方剂学黑龙江中医药大学/web_cai/index.htm妇产科学中国医科大学：/education/undergraduate/fcksite/index.htm儿内科学重庆医科大学/jpkc/实验诊断学中国医科大学(simonyin提供) /jiaoxue/kecheng/shiyan/index.htm南通医学院：/Course/KJ.htm外科学华中科技大学（boioplot提供）：/jpkc/index_liebiao.html内科学华中科技大学（boioplot提供）：/jpkc/index_liebiao.html未分类课件生物教研网(sleep_owl提供) /jxkj.htmbiocourse(iceriver提供) /mhhe/bcc医学动画(suntv提供) /医学教学幻灯(zhangyinxu提供) /一些医学教育资源/dispbbs.asp?boardID=117&ID=34403 (wfj2000提供,需要帐户,原提供的已不可用)/index1.htm卫生部医学教学材料(zzm1970提供)/dispbbs.asp?boardID=117&ID=24009(iceriver提供)细胞生物学、分子生物学图片系列/AB/GG/(lzw提供)动画网站集合/santarm/Diagrams2001/Weblinks2001.htm allPathways /genes/allPathways.asp。
《生物信息学(A类)》课程教学大纲
（More）
备注 （Notes）
本课程的考试，注重对学生综合运用所学知识解决问题能力的考核，考试 成绩包括三个方面：
（1）期末考试，占总成绩的60％。 （2）平时成绩，占总成绩的40％，包括上机实验，占25％；课堂报告＋出勤， 占15％。 《生物信息学》，陈铭主编，第一主编非我校教师，科学出版社，2015年2月， 第二版，ISBN: 9787030432872，采用五届，非外文教材，十三五国家规划教材
生物化学，遗传学，分子生物学
张利达
课程网址
无
(Course Webpage)
《生物信息学》是一门面向生物学相关专业的选修课程，主要讲授生物信息学 的概念和方法，以及如何应用生物信息学手段解决生命科学问题。授课内容包 括生物信息学数据库、序列比对、基因预测、分子进化、生物网络建模、新一 代测序及应用等内容。在讲解基本原理同时，介绍相应的生物信息分析软件， *课程简介（Description） 并通过实例使大家熟悉如何使用这些软件来分析生物数据。此外，进一步通过 讲解具体的研究案例，使大家了解如何用生物信息学的方法及研究思路来解决 生命科学中的问题。本课程不仅为学生提供必要的基础理论知识的同时，重点 培养学生利用专业技能分析解决问题的能力，为学生从事与生物学相关专业技 术工作、科学研究工作等打下坚实的基础。
授课对象 （Audience）
授课语言 (Language of Instruction)
*开课院系 （School） 先修课程 （Prerequisite） 授课教师 （Instructor）
专业选修课
主要面向植物科学与技术专业本科生、也向动物科学、生物学等相关专业本科 生开放 中文
农业与生物学院
《生物信息学基础》课程教案
《生物信息学基础》课程教案生物信息学基础课程教案教案一：基本信息1. 课程名称：生物信息学基础2. 课程代码：BI50013. 学时：48学时4. 学分：3学分5. 适用专业：生物学、生物工程等相关专业教案二：课程目标本课程旨在培养学生对生物信息学的基本理论、方法和实践技能的掌握，包括生物数据库的应用、序列比对、基因预测、蛋白质结构预测等内容。
教案三：教学内容与进度安排本课程分为六个模块，每个模块包括理论讲解、案例分析和实践操作。
模块一：生物数据库的应用1. 理论讲解：介绍生物数据库的种类、分类和常用数据库的特点与应用。
2. 案例分析：分析生物数据库在基因组学、转录组学、蛋白质组学等领域的具体应用。
3. 实践操作：利用NCBI等数据库进行基本生物序列检索和分析。
模块二：序列比对1. 理论讲解：介绍序列比对的基本原理、常用算法和评估指标。
2. 案例分析：分析序列比对在物种关系分析、基因家族预测等方面的应用。
3. 实践操作：使用BLAST等工具进行序列比对和结果分析。
模块三：基因预测1. 理论讲解：讲解基因预测的原理和常用算法。
2. 案例分析：分析基因预测在基因组注释、新基因发现等方面的应用。
3. 实践操作：利用软件工具进行基因预测和基因结构分析。
模块四：蛋白质结构预测1. 理论讲解：介绍蛋白质结构预测的方法和限制。
2. 案例分析：分析蛋白质结构预测在药物研发、蛋白质功能预测等方面的应用。
3. 实践操作：利用蛋白质结构预测软件进行结构模拟和分析。
模块五：基因表达数据分析1. 理论讲解：介绍基因表达数据分析的基本方法和流程。
2. 案例分析：分析基因表达数据分析在差异基因筛选、通路富集分析等方面的应用。
3. 实践操作：利用R语言等工具进行基因表达数据分析和结果可视化。
模块六：生物信息学实践与展望1. 生物信息学实践：学生根据自己的兴趣和专业方向选择一个具体的生物信息学项目进行实践。
2. 展望与讨论：展望生物信息学在生命科学、健康医学等领域的前景和挑战，并进行深入讨论。
《生物信息学》课程教学大纲
《生物信息学》课程教学大纲课程编号：0235212课程名称：生物信息学总学时数：28学时实验学时：0学时先修课及后续课：先修课有《普通生物学》、《生物化学》、《微生物学》、《细胞生物学》、《遗传学》、《基因工程》、《分子生物学》。
一、说明部分1、课程性质生物信息学是生物工程专业的选修课程，适宜于已有生物化学和分子生物学基础的学生。
生物信息学是一门交叉学科，是现代生物学研究的重要工具，因此本课程在人才培养过程中具有很重要的地位。
本课程系统地概括了该学科的核心内容，包括主要生物信息学数据库及数据库查询、序列相似性搜索、多序列比对和进化树分析、序列的一般分析、生物信息学在人类基因组研究计划中的应用及蛋白质组信息学等主要内容。
2、教学目标及意义使学生学习、掌握生物信息学的先进理论知识和技术，掌握信息时代彼此相互学习、相互交流医学知识必不可少的现代工具和技术手段。
3、教学内容及教学要求（1）要求学生掌握生物信息学的基本理论知识和基本概念，熟悉生物信息学的相关技术方法，特别是分子生物学中常用的关键技术及常用软件。
（2）考虑到生物信息学实践性很强的特点，结合生物医学实际，设计了一些实验供学生练习操作，以巩固所学的知识和技术。
要求学生熟悉生物信息学的常用网络技术方法，掌握网络技术基本要领。
4、教学重点、难点重点：生物信息学的概念、主要生物信息学数据库及数据库查询、序列相似性搜索、序列的一般分析。
难点：主要生物信息学数据库及数据库查询、序列相似性搜索、序列的一般分析。
通过系统的学习，使学生能够掌握生物信息学的基础知识与概念、运用生物信息学成果解决生命科学相关问题的基本方法与途径，培养分析问题与解决问题的能力；了解生物信息学网络资源，开拓视野；培养对生物工程专业课程研究的兴趣。
5、教学方法与手段在教学方法上采取课堂讲授为主，辅以多媒体课件、网上数据库使用等，以加强学生对理论知识的消化和理解，在教学过程应注意积极启发学生的思维，培养学生发现问题和解决问题的能力。
生物信息学教案
1.3.2 前沿技术
(1)、数据管理技术 集中式大型分子数据库（如 GenBank, EMBL 和 DDBJ 等） 。 新的发展趋势是应用互操作（database interoperation）以及数字图书馆（digital library）技术来进行异构数据库集成。 (2)、数据仓库、数据挖掘与数据库中的知识发现技术 (3)、图像处理与可视化技术
2
从三个方面 论述
因组中非编码区域的生物学功能。在蛋白质分析方面，着重分析蛋白质序列与蛋白 质结构及功能之间的关系，预测蛋白质的结构和功能，研究蛋白质的进化关系。 第三个方面是开发分析工具和实用软件，解决具体的问题，为具体的生物信息 学应用服务。来自1.1.3 生物信息学的研究意义
生物信息学研究是从理论上认识生物本质的必要途径。 生物信息学的出现将改变生物学的研究方式。 随着分子生物学研究的深入，必然需要生物信息学。 生物信息学在指导实验、精心没计实验方面将会发挥重要的作用。 生物信息学研究在医学上也有重要的意义。
生
物 教
信 案
息
学
2010/2011 第一学期
教师
蔡
禄
内蒙古科技大学 数理与生物工程学院
2010 年 9 月
1
教材： 蔡禄 生物学信息教程 2006 年 北京 化学工业出版社 主要参考书： 1、 2、 3、 孙啸 等 生物信息基础 2004 年 清华大学出版社
T K Attwood 等 Introduction to Bioinformatics2002 年 北京大学出版社 李衍达 孙之荣译 Bioinformatics：A practice guide to the analysis of genes and proteins 2000 年清华大学出版社
生物信息学电子资料总汇
生物信息学 (2000以后) 下载1.《生物信息学手册》郝柏林等/Soft/2008/2276.htm2.《生物信息学基因和蛋白质分析的实用指南>> 李衍达等译/indexCF/home/MyDocumentDown.aspx?MSAutoID=1437543.《简明生物信息学》钟扬等主编/bbs/read.php?tid=123482*/training/8c ... a-8d9d-f85d3b09d2434-5《生物信息学札记》樊龙江/ics/laborate/Bioinplant/courses/Bioinformatics_note.htm/bioinplant/courses/Bioinformatics_note_V.2.htm6-7.《生物信息学》孙啸《生物信息学概论》孙啸等译/chenyuan/xsun/BioinformaticsInternetStudy/BioinformaticsInternetS tudy/Ebook_bioinfo.htm/chenyuan/xsun/BioinformaticsInternetStudy/BioinformaticsInternetS tudy/Ebook_bioinfo/生物信息学.rar8.《后基因组信息学》孙之荣等译,*/training/93 ... 5-1d801a4f6909.aspx9.《生物信息学：机器学习方法》张东晖等译/source/1624083/source/162405910.《生物信息学中的计算机技术》孙超等译/bbs/thread-15563-1-1.html11.《生物信息学：序列与基因组分析》原版钟扬等译/Soft/2007/2097.htm/bookhtml/bsga.htm/source/24809512.《生物信息学算法导论》王翼飞等译/?d01=f21ca8f/source/56369513.《生物信息学方法指南》原版欧阳红生等译/indexCF/home/MyDocumentDown.aspx?MSAutoID=15296514.《生物信息学》北大生物信息中心/chinese/documents/index.html/chinese//15.清华生物信息学教程黄英武等/Soft/2007/2096.htm16.生物信息学课件教程（河北农业大学）/indexCF/home/MyDocumentDown.aspx?MSAutoID=14377917.生物信息学讲义（西南交通大学）/Soft/2007/2105.htm18.简明生物信息学基础实验讲义/Soft/2008/2275.htm19.生物信息学培训教程华大基因/bbs/viewthread.php?tid=266342&extra=page%3D120.《生物信息学》讲义华中农业大学/kech/swxxx/jakj/index.htm/search_courseware_detail.asp?id=2989721.生物信息学课程-桂林医学院/genome//genome/list.asp?boardid=22/genome/index9.asp22.华南理工大学生物信息网格平台/bioinfo/link/index.htm23.清華大學生物資訊中.tw/35.Applied Bioinformatics Course 北大/26.北京基础医学研究所计算生物学中心/27.哈尔滨医科大学生物信息学系/index_main.htm28.Zhejiang University/bioinplant/29.Blast/BLAST/Doc/urlapi.html30-40.《生物信息学导论》课程-北京大学理论生物学中心/main/Course.htm/main/Course/FurtherReading.htm《What is life?》(Schrodinger，1944)（中文译本）《Double helix》(J.D. Watson) (中文译本)《Primer on Molecular Genetics》(DOE Human Genome Program，1992《生物信息学英文小词典》(2001)《生物信息学中的计算机技术(英文版)》《Computational Moleculer Biology》(Peter Clote)(2000)《Bioinformatics-Sequence and Genome Analysis》(David W. Mount)(2001)《Bioinformatics Computing》(Bryan Bergeron)(2002)王梓坤：《生命信息遗传中的若干数学问题》(2000)《隐Markov模型方法讲义》41-55 生物信息学 - 西南交通大学/C54/Course/Index.htmIntroduction to BioinformaticsBioinformaticscp in bioinformaticsbioinformatics SECOND EDITIONBioinformatics Computer Skills生物信息学手册生物信息学概论TOM的机器学习方法bioperlBeginning Perl for BioinformaticsPERL编程24学时教程MATLABBLASTBioJava56.生物信息学概论_第四军医大学/source/119532257.生物信息学-赵国屏等/indexCF/home/MyDocumentDown.aspx?MSAutoID=191987 58.2007清华全国生物信息学培训资料/GSSBC07/index59.生物信息学方法与实践/indexCF/home/MyDocumentDown.aspx?MSAutoID=143744 60.生物信息学绪论-中山大学/thread-18073-1-1.html61.蛋白质的结构预测与分子设计来鲁华等/f/5190000.html?from=isnom (2分) /Soft/HTML/6408.html/bbs/thread-8710456-1-1.html62. 探索--基因组学、蛋白质组学和生物信息学-孙之荣主译/indexCF/home/MyDocumentDown.aspx?MSAutoID=28742 63.计算生物学和系统生物学基础讲义/user/my_ishare.php?uid=1419224700利用X射线晶体衍射图及核磁共振谱解析同源建模DNA微阵列与聚类分析基于计算的蛋白质组注释基于计算的蛋白质设计蛋白质结构预测方法：同源建模与折叠识别...分子建模：方法及应用蛋白质结构与分类导论蛋白质二级结构预测RNA二级结构预测DNA序列进化DNA序列分析中的马尔科夫模型与隐马尔科DNA模体建模与识别DNA序列比较与比对基因组序列与DNA序列分析文献讨论亲缘分析多序列比对 II多序列比对I绪论-序列比对与动态规划64.华南农业大学——生物信息学/zhwxxx/swxxx/index.asp65.《计算机辅助药物分子设计》 [徐小杰等]/Blog/blogdetail.aspx?bid=59173 66.生物信息学导论 -数据库厦门大学/source/167324767.计算机辅助药物设计陈凯先/Blog/BlogDetail.aspx?bid=80399。
《生物信息学》PPT课件
❖ 10. 通过学习应逐渐掌握的内容
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2
1. 什么是生物信息学？
❖ What is bioinformatics ?
❖ What do you know about bioinformatics ?
❖ 收集、维护、传播、分析以及利用在分子生物学研究中获得的大
量数据。生物信息学（bioinformatics）是生物学与计算机科学以
及应用数学等学科相互交叉而形成的一门新兴学科。它通过对生
物学实验数据的获取、加工、存储、检索与分析，进而达到揭示
数据所蕴含的生物学意义的目的。由于当前生物信息学发展的主
要推动力来自分子生物学，生物信息学的研究主要集中于核苷酸
和氨基酸序列的存储、分类、检索和分析等方面，所以目前生物
信息学可以狭义地定义为：将计算机科学和数学应用于生物大分
组测序工作。
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7
3. 生物信息学的发展过程
大致经历了3个阶段：
❖ 前基因组时代—生物数据库的建立、检索工 具的开发、DNA和蛋白质序列分析、全局和 局部的序列对位排列；
❖ 基因组时代—基因寻找和识别、网络数据库 系统的建立、交互界面的开发；
❖ 后基因组时代—大规模基因组分析、蛋白质 组分析。
❖ 早在1956年，在美国田纳西州盖特林堡(Datlinburg)召开的 首次“生物学中的信息理论研讨会”上，便产生了生物信息 学的概念。但是，就生物信息学的发展而言，它还是一门相 当年轻的学科。直到20世纪80—90年代，伴随着计算机科 学技术的进步，生物信息学才获得突破性进展。
❖ 1987年，林华安博士正式把这一学科命名为“生物信息学” (Bioinformatics)。此后，其内涵随着研究的深入和现实需 要的变化而几经更迭。1995年，在美国人类基因组计划第一 个五年总结报告中，给出了一个较为完整的生物信息学定义： 生物信息学是一门交叉科学，它包含了生物信息的获取、加 工、存储、分配、分析、解释等在内的所有方面，它综合运 用数学、计算机科学和生物编学辑p的pt 各种工具，来阐明和理解大10 量数据所包含的生物学意义。
生物信息学与基因功能预测教学教案
5
教学安排
理论授课时间安排
第一周：生物信息学基础 知识
第二周：基因功能预测的 基本原理
第三周：基因功能预测的 方法和工具
第四周：基因功能预测的 实际应用案例分析
第五周：学生自主学习与 讨论
第六周：课程总结与考试 准备
实验操作时间安排
实验一：基因序列比 对，时间：2小时
实验二：基因功能预 测，时间：3小时
反馈方式：及时给予学生反馈，帮助他们改进学习方法 互动方式：通过游戏、案例分析等方式，增加课堂趣味性，提高学生参与 度
课后作业和项目实践
布置课后作业，让学生巩固所学知 识
提供参考答案和指导，帮助学生完 成作业和项目实践
添加标题
添加标题
添加标题
添加标题
设计项目实践，让学生将所学知识 应用于实际
鼓励学生合作学习，共同解决问题， 提高团队协作能力
滤等
基因表达数据的可视化： 热图、火山图、散点图 等
基因表达数据的分析 方法：差异表达分析、 聚类分析、功能富集
分析等
基因表达数据的应用： 疾病诊断、药物研发、
生物标志物发现等
基因功能预测的方法
基因序列比对：通过 比对已知功能的基因 序列，预测未知基因
的功能
蛋白质结构预测：通 过预测蛋白质的三维 结构，了解其功能和
课后作业和项目实践时间安排
每月进行一次项目实践，学 生需要根据所学知识完成一 个具体的基因功能预测项目
作业和项目实践的截止日期 将在课前公布，逾期未交者
将受到相应的处罚
每周布置一次课后作业，内 容包括但不限于阅读文献、 数据分析、编程实践等
作业和项目实践的评分标准将 在课程开始时公布，以鼓励学
生物信息学bioinformatics(近完整版) Microsoft Word 文档 (2)1
一．什么是生物信息学？Genome informatics is a scientific discipline that encompasses all aspects of genome information acquisition, processing, storage, distribution, analysis, and interpretation. （它是一个学科领域，包含着基因组信息的获取、处理、存储、分配、分析和解释的所有方面。
）(The U.S. Human Genome Project: The First Five Y ears FY 1991-1995, by NIH and DOE)生物信息学是把基因组DNA序列信息分析作为源头，破译隐藏在DNA序列中的遗传语言，特别是非编码区的实质；同时在发现了新基因信息之后进行蛋白质空间结构模拟和预测。
生物信息学的研究目标是揭示“基因组信息结构的复杂性及遗传语言的根本规律”。
它是本世纪自然科学和技术科学领域中“基因组、“信息结构”和“复杂性”这三个重大科学问题的有机结合。
How to find the coding regions in rude DNA sequence?By signals or By contentsAmong the types of functional sites in genomic DNA that researchers have sought to recognize are splice sites, start and stop codons, branch points, promoters and terminators of transcription, polyadenylation sites, ribosomal binding sites, topoisomerase II binding sites, topoisomerase I cleavage sites, and various transcription factor binding sites. Local sites such as these are called signals and methods for detecting them may be called signal sensors.二．新基因和新SNPs的发现与鉴定大部分新基因是靠理论方法预测出来的。
生物信息学网址（全）电子教案
生物信息学网址（全）电子教案生物信息学网站网址(全)生物信息学网站分子生物学数据库综合目录1. SRS序列查询系统(分子生物学数据库网络浏览器) http://www.embl-heidelberg.ed/srs5/2. 分子生物学数据库及服务器概览/doc/644745278.html,/people/pkarp/mimb d/rsmith.html3. BioMedNet图书馆 /doc/644745278.html,4. DBGET数据库链接http://www.genome.ad.jp/dbget/dbget.links.html5. 哈佛基因组研究数据库与精选服务器/doc/644745278.html,6. 约翰. 霍普金斯大学(Johns Hopkins University) OWL网络服器/doc/644745278.html,/Dan/proteins/owl.ht ml7. 生物网络服务器索引，USCS/doc/644745278.html,/network/science/bio logy/index.html8. 分子生物学数据库列表(LiMB) gopher:///doc/644745278.html,/11/molbio/oth er9. 病毒学的WWW服务器，UW-Madison/doc/644745278.html,/Welcome.html10. UK MRC 人类基组图谱计划研究中心/doc/644745278.html,/11. 生物学家和生物化学家的WWW资源http://www.yk.rim.pr.jp/~aisoai/index.html12. 其他生物网络服务器的链接/doc/644745278.html,/biolinks.html13. 分子模型服务器与数据库/doc/644745278.html,/lap/rsccom/dab/ind 006links.html14. EMBO实际结构数据库http://xray.bmc.uu.se/embo/structdb/links.html15. 蛋白质科学家的网络资源/doc/644745278.html,/protein/ProSciDocs/ WWWResources.html16. ExPASy分子生物学服务器http://expasy.hcuge.ch/cgi-bin/listdoc17. 抗体研究网页 /doc/644745278.html,18. 生物信息网址http://biochem.kaist.ac.kr/bioinformatics.html19. 乔治.梅森大学(George Mason University)的生物信息学与计算分子生物学专业/doc/644745278.html,/~michaels/Bioinformatic s/20. INFOBIOGEN数据库目录/doc/644745278.html,biogen.fr/services/dbcat/21. 国家生物技术信息研究室/doc/644745278.html,/data/data.html22. 人类基因组计划情报/doc/644745278.html,/TechResources/Human_ Genome23. 生物学软件及数据库档案/doc/644745278.html,/Dan/software/biol-links.html24. 蛋白质组研究：功能基因组学的新前沿(著作目录)http://expasy.hcuge.ch/ch2d/LivreTOC.html序列与结构数据库一．主要的公共序列数据库1. EMBL WWW服务器http://www.EMBL-heidelberg.ed/Services/index.html2. Genbank 数据库查询形式(得到Genbank的一个记录)/doc/644745278.html,/genbank/query_for m.html3. 蛋白质结构数据库WWW服务器(得到一PDB结构) /doc/644745278.html,4. 欧洲生物信息学研究中心(EBI) /doc/644745278.html,/5. EBI产业支持 /doc/644745278.html,/6. SWISS-PROT(蛋白质序列库) http://www.expasy.ch/sprot/sprot-top.html7. 大分子结构数据库/doc/644745278.html,/cgi-bin/membersl/shwtoc.pl?J:mms8. Molecules R Us(搜索及观察一蛋白质分子)/doc/644745278.html,/modeling/net_servic es.html9. PIR国际蛋白质序列数据库/doc/644745278.html,/Dan/proteins/pir.html10. SCOP(蛋白质的结构分类)，MRC http://scop.mrc-/doc/644745278.html,/scop/data/scop.l.ht ml11. 洛斯阿拉莫斯的HIV分子免疫数据库 http://hiv-/doc/644745278.html,/immuno/index.html12. TIGR数据库/doc/644745278.html,/tdb/tdb.html13. NCBI WWW Entrez浏览器/doc/644745278.html,/Entrez/index.html14. 剑桥结构数据库(小分子有机的及有机金属的结晶结构)/doc/644745278.html,15. 基因本体论坛/doc/644745278.html,/GO/二. 专业数据库1. ANU生物信息学超媒体服务(病毒数据库、分类及病毒的命名法)/doc/644745278.html,.au/2. O-GLYCBASE(O联糖基化蛋白质的修订数据库)http://www.cbs.dtu.dk/OGLYCBASE/cbsoglycbase.html3. 基因组序列数据序(GSDB)(已注释的DNA序列的关系数据序)/doc/644745278.html,4. EBI蛋白质拓扑图/doc/644745278.html,/tops/Serverintermed.ht ml5. 酶及新陈代谢途径数据库(EMP) /doc/644745278.html,/6. 大肠杆菌数据库收集(ECDC)(大肠杆菌K12的DNA序列汇编)http://susi.bio.uni-giessen.de/ecdc.html7. EcoCyc(大肠杆菌基因及其新陈代谢的百科全书)/doc/644745278.html,/ecocyc/ecocyc.html8. Eddy实验室的snoRNA数据库/doc/644745278.html,/snoRNAdb/9. GenproEc(大肠杆菌基因及蛋白质) /doc/644745278.html,/html/ecoli.html10. NRSub(枯草芽胞杆菌的非冗余数据库) http://pbil.univ-lyonl.fr/nrsub/nrsub.html11. YPD(酿酒酵母蛋白质) /doc/644745278.html,/YPDhome.html12. 酵母基因组数据库/doc/644745278.html,/Saccharomyces/13. LISTA、LISTA-HOP及LISTA-HON(酵母同源数据库汇编)/doc/644745278.html,/14. MPDB(分子探针数据库)http://www.biotech.est.unige.it/interlab/mpdb.html15. tRNA序列及tRNA基因序列汇编 http://www.uni-bayreuth.de/departments/biochemie/trna/index/html16. 贝勒医学院(Baylor College of Medicine)的小RNA数据库/doc/644745278.html,/dbs/SRPDB/SRPDB. html17. SRPDB(信号识别粒子数据库)/doc/644745278.html,/dbs/SRPDB/SRPDB. html18. RDP(核糖体数据库计划) /doc/644745278.html,/19. 小核糖体亚蛋白RNA结构http://rrna.uia.ac.be/ssu/index.html20. 大核糖体亚蛋白RNA结构http://rrna.uia.ac.be/lsu/index.html21. RNA修饰数据库/doc/644745278.html,/RNAmods/22. 16SMDB及23SMDB(16S和23S核糖体RNA突变数据库)/doc/644745278.html,/Departments/Biolog y/Databases/RNA.html23. SWISS-2DPAGE(二维凝胶电泳数据库) http://expasy.hcuge.ch/ch2d/ch2d-top.html24. PRINTS/doc/644745278.html,/bsm/dbbrowser/PRI NTS/PRINTS.html25. KabatMan(抗体结构及序列信息数据库) /doc/644745278.html,/abs26. ALIGN(蛋白质序列比对一览)/doc/644745278.html,/bsm/dbbrowser/ALI GN/ALIGN.html27. CATH(蛋白质结构分类系统) /doc/644745278.html,/bsm/cath28. ProDom(蛋白质域数据库) http://protein.toulouse.inra.fr/29. Blocks数据库(蛋白质分类系统) /doc/644745278.html,/30. HSSP(按同源性导出的蛋白质二级结构数据库) http://www.sander.embl-heidelberg.de/hssp/31. FSSP(基于结构比对的蛋白质折叠分类)/doc/644745278.html,/dali/fssp/fssp.html32. SBASE蛋白质域(已注释的蛋白质序列片断)http://www.icgeb.trieste.it/~sbasessrv/33. TransTerm(翻译控制信号数据库) /doc/644745278.html,/Transterm.html34. GRBase(参与基因调控的蛋白质的相关信息数据库)/doc/644745278.html,/~regulate/trevgrb.h tml35. REBASE(限制性内切酶和甲基化酶数据库) /doc/644745278.html,/rebase/36. RNaseP数据库/doc/644745278.html,/RNaseP/home.html37. REGULONDB(大肠杆菌转录调控数据库)http://www.cifn.unam.mx/Computational_Biology/regulondb/38. TRANSFAC(转录因子及其DNA结合位点数据库) http://transfac.gbf.de/39. MHCPEP(MHC结合肽数据库) /doc/644745278.html,.au/mhcpep/40. ATCC(美国菌种保藏中心) /doc/644745278.html,/41. 高度保守的核蛋白序列的组蛋白序列数据库/doc/644745278.html,/Baxevani/HISTONES42. 3Dee(蛋白质结构域定义数据库) /doc/644745278.html,/servers/3Dee.html43. InterPro(蛋白质域以及功能位点的完整资源)/doc/644745278.html,/interpro/序列相似性搜索1. EBI序列相似性研究网页/doc/644745278.html,/searches/searches.html2. NCBI: BLAST注释/doc/644745278.html,/BLAST3. EMBL的BLITZ ULTRA快速搜索/doc/644745278.html,/searches/blitz_input. html。
生物信息学实验教案
教案[Syllabus(teaching period plan)]也称课时计划。
教师经过备课，以课时为单位设计的具体教学方案。
教案是上课的重要依据。
通常包括：班级、学科、课题、上课时间、课的类型、教学方法、教学目的、教学内容、课的进程和时间分配等。
有的教案还列有教具和现代教学手段（如电影、投影、录像、录音等）的使用、作业题、板书设计和课后自我分析等项目。
由于学科教材的性质、教学目的和课的类型不同，教案不必有固定的形式。
编写教案要依据教学大纲和教学书。
从学生实际情况出发，精心设计。
一般要符合以下要求：①明确地制定教学目的，具体规定传授基础知识、培养基本技能、发展能力以及思想政治教育的任务。
②合理地组织教材，突出重点，解决难点，便于学生理解并掌握系统的知识。
③恰当地选择和运用教学方法，调动学生学习的积极性。
要面向大多数学生，同时注意培养优秀生和提高后进生，使全体学生都得到发展。
编写教案的繁简，一般有经验的教师写得简略些，而新教师写得详细些。
平行班用的同一课题的教案设计，根据上课班级学生的实际差异有所区别。
原定教案，在上课进程中根据具体情况做适当必要的调整，课后随时记录教学效果，进行简要的自我分析，有助于积累教学经验，不断提高教学质量。
（摘自《中国大百科全书》〈教育〉分册143～144页、1985年10月版）说明本教案以讲授一个单元（2～4学时）或一次实验（实习）为单位填写。
填写时要要用钢笔填写，字迹要清晰、工整，按表中项目逐一填写。
教师要在授课前将本教案交教研室主任审阅，通过后方可授课。
在学期结课后将教案交教研室存档。
内蒙古民族大学教案专业年级： 09 生物技术学科：生物技术课程名程：生物信息学（实验）授课时间： 2011年月日授课教师：教研室：生物内蒙古民族大学教务处制教案[Syllabus(teaching period plan)]也称课时计划。
教师经过备课，以课时为单位设计的具体教学方案。
《生物信息学》课程教学大纲
《生物信息学》课程教学大纲[课程编号]：40253F50[英文名称]：Bioinformatics[课程性质]：专业选修课[先修课程]：生物化学、分子生物学、遗传学[适用专业]：植物保护等植物生产类专业[学分数]：1.5[总学时]：24[理论学时]：12[实践学时]：12一、课程简介生物信息学是在生命科学的研究中，以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。
它是一门新兴的交叉学科，是当今生命科学和自然科学的重大前沿领域之一，同时也将是21世纪自然科学的核心领域之一。
它采用信息科学、计算机科学、生物数学、比较生物学等学科的观点和方法对生命的现象及其组成分子（核酸、蛋白质等）进行研究，主要研究生命中的本质和规律，包括物质组成、结构功能、生命体的能量和信息交换传递等。
目前主要农作物全基因组测序均已完成，各类组学数据和重测序数据更是以指数方式迅猛增长。
该课程旨在让学时掌握如何充分利用海量的生物信息数据，从中挖掘和提取有用的信息，进而为开展分子标记辅助选择育种、分子设计育种服务。
二、课程目标及其对毕业要求的支撑园艺专业课程教学大纲三、课程内容及其对课程目标的支撑（一）理论课课程内容及其对课程目标的支撑园艺专业课程教学大纲园艺专业课程教学大纲（二）实验课课程内容及其对课程目标的支撑园艺专业课程教学大纲四、课程考核及其对课程目标的支撑园艺专业课程教学大纲五、教材及主要参考书教材：《生物信息学应用教程》，孙清鹏主编，中国林业出版社，2012年6月，省部级规划教材园艺专业课程教学大纲参考书：（1）《生物信息学》，陈铭主编，科学出版社，2018年6月，第3版（2）《生物信息学》，樊龙江主编，浙江大学出版社，2017年7月六、课程英文简介Bioinformatics is a discipline which originally arose for the utilitarian purpose of introducing order into the massive data sets produced by the new technologies of molecular biology.。
生物信息学与基因组学教学教案
学会利用生物信息学和基因组学的方法和技术进行数据分析和解读
理解生物信息学和基因组学在科学研究和实际应用中的重要性
掌握生物信息学和基因组学的基本概念和原理
能力目标
培养创新思维和团队协作能力，能够参与跨学科研究和项目合作
提高数据处理和分析能力，能够独立完成数据分析任务
学会使用生物信息学和基因组学的相关工具和分析方法
《生物信息学与基因组学实验手册》：提供一系列生物信息学与基因组学实验的详细步骤和注意事项，适合实验教学。
实验软件与数据库资源
BLAST：用于序列比对和搜索 2.KEGG：用于基因组注释和代谢途径分析
2.KEGG：用于基因组注释和代谢途径分析
单击此处输入你的项正文，文字是您思想的提炼，请尽量言简意赅
案例总结：总结案例中的关键知识点和技能，帮助学生巩固所学内容，提高教学效果
小组讨论与互动
讨论目的：加深学生对生物信息学与基因组学知识的理解，提高学生的沟通能力和团队协作精神。
互动形式：教师提问，学生回答；学生提问，教师回答
讨论方式：分组讨论，每组选派代表发言
讨论主题：基因编辑技术、基因测序技术等
5
鼓励学生提出改进建议，共同改进课程质量
根据学生反馈，调整课程内容和教学方法
6
教学资源与辅助工具
教材与参考书目
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《基因组学》：详细介绍基因组学的基本原理和应用，适合有一定基础的读者。
《生物信息学与基因组学》：一本全面介绍生物信息学与基因组学的教材，适合初学者。
《生物信息学》：系统介绍生物信息学的基本概念、方法和技术，适合有一定基础的读者。
ClustalW：用于多序列比对的工具
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生物信息学网站网址(全)生物信息学网站分子生物学数据库综合目录1. SRS序列查询系统(分子生物学数据库网络浏览器) http://www.embl-heidelberg.ed/srs5/2. 分子生物学数据库及服务器概览/people/pkarp/mimbd/rsmith.html3. BioMedNet图书馆 4. DBGET数据库链接 http://www.genome.ad.jp/dbget/dbget.links.html5. 哈佛基因组研究数据库与精选服务器 6. 约翰. 霍普金斯大学(Johns Hopkins University) OWL网络服器/Dan/proteins/owl.html7. 生物网络服务器索引，USCS/network/science/biology/index.html8. 分子生物学数据库列表(LiMB) gopher:///11/molbio/other9. 病毒学的WWW服务器，UW-Madison/Welcome.html10. UK MRC 人类基组图谱计划研究中心 /11. 生物学家和生物化学家的WWW资源http://www.yk.rim.pr.jp/~aisoai/index.html12. 其他生物网络服务器的链接 /biolinks.html13. 分子模型服务器与数据库/lap/rsccom/dab/ind006links.html14. EMBO实际结构数据库 http://xray.bmc.uu.se/embo/structdb/links.html15. 蛋白质科学家的网络资源/protein/ProSciDocs/WWWResources.html16. ExPASy分子生物学服务器 http://expasy.hcuge.ch/cgi-bin/listdoc17. 抗体研究网页 18. 生物信息网址 http://biochem.kaist.ac.kr/bioinformatics.html19. 乔治.梅森大学(George Mason University)的生物信息学与计算分子生物学专业 /~michaels/Bioinformatics/20. INFOBIOGEN数据库目录 biogen.fr/services/dbcat/21. 国家生物技术信息研究室 /data/data.html22. 人类基因组计划情报 /TechResources/Human_Genome23. 生物学软件及数据库档案 /Dan/software/biol-links.html24. 蛋白质组研究：功能基因组学的新前沿(著作目录)http://expasy.hcuge.ch/ch2d/LivreTOC.html序列与结构数据库一．主要的公共序列数据库1. EMBL WWW服务器 http://www.EMBL-heidelberg.ed/Services/index.html2. Genbank 数据库查询形式(得到Genbank的一个记录)/genbank/query_form.html3. 蛋白质结构数据库WWW服务器(得到一PDB结构) 4. 欧洲生物信息学研究中心(EBI) /5. EBI产业支持 /6. SWISS-PROT(蛋白质序列库) http://www.expasy.ch/sprot/sprot-top.html7. 大分子结构数据库 /cgi-bin/membersl/shwtoc.pl?J:mms8. Molecules R Us(搜索及观察一蛋白质分子)/modeling/net_services.html9. PIR国际蛋白质序列数据库 /Dan/proteins/pir.html10. SCOP(蛋白质的结构分类)，MRC http://scop.mrc-/scop/data/scop.l.html11. 洛斯阿拉莫斯的HIV分子免疫数据库 http://hiv-/immuno/index.html12. TIGR数据库 /tdb/tdb.html13. NCBI WWW Entrez浏览器 /Entrez/index.html14. 剑桥结构数据库(小分子有机的及有机金属的结晶结构)15. 基因本体论坛 /GO/二. 专业数据库1. ANU生物信息学超媒体服务(病毒数据库、分类及病毒的命名法).au/2. O-GLYCBASE(O联糖基化蛋白质的修订数据库)http://www.cbs.dtu.dk/OGLYCBASE/cbsoglycbase.html3. 基因组序列数据序(GSDB)(已注释的DNA序列的关系数据序)4. EBI蛋白质拓扑图 /tops/Serverintermed.html5. 酶及新陈代谢途径数据库(EMP) /6. 大肠杆菌数据库收集(ECDC)(大肠杆菌K12的DNA序列汇编)http://susi.bio.uni-giessen.de/ecdc.html7. EcoCyc(大肠杆菌基因及其新陈代谢的百科全书)/ecocyc/ecocyc.html8. Eddy实验室的snoRNA数据库 /snoRNAdb/9. GenproEc(大肠杆菌基因及蛋白质) /html/ecoli.html10. NRSub(枯草芽胞杆菌的非冗余数据库) http://pbil.univ-lyonl.fr/nrsub/nrsub.html11. YPD(酿酒酵母蛋白质) /YPDhome.html12. 酵母基因组数据库 /Saccharomyces/13. LISTA、LISTA-HOP及LISTA-HON(酵母同源数据库汇编)/14. MPDB(分子探针数据库)http://www.biotech.est.unige.it/interlab/mpdb.html15. tRNA序列及tRNA基因序列汇编 http://www.uni-bayreuth.de/departments/biochemie/trna/index/html16. 贝勒医学院(Baylor College of Medicine)的小RNA数据库/dbs/SRPDB/SRPDB.html17. SRPDB(信号识别粒子数据库)/dbs/SRPDB/SRPDB.html18. RDP(核糖体数据库计划) /19. 小核糖体亚蛋白RNA结构 http://rrna.uia.ac.be/ssu/index.html20. 大核糖体亚蛋白RNA结构 http://rrna.uia.ac.be/lsu/index.html21. RNA修饰数据库 /RNAmods/22. 16SMDB及23SMDB(16S和23S核糖体RNA突变数据库)/Departments/Biology/Databases/RNA.html23. SWISS-2DPAGE(二维凝胶电泳数据库) http://expasy.hcuge.ch/ch2d/ch2d-top.html24. PRINTS/bsm/dbbrowser/PRINTS/PRINTS.html25. KabatMan(抗体结构及序列信息数据库) /abs26. ALIGN(蛋白质序列比对一览)/bsm/dbbrowser/ALIGN/ALIGN.html27. CATH(蛋白质结构分类系统) /bsm/cath28. ProDom(蛋白质域数据库) http://protein.toulouse.inra.fr/29. Blocks数据库(蛋白质分类系统) /30. HSSP(按同源性导出的蛋白质二级结构数据库) http://www.sander.embl-heidelberg.de/hssp/31. FSSP(基于结构比对的蛋白质折叠分类)/dali/fssp/fssp.html32. SBASE蛋白质域(已注释的蛋白质序列片断)http://www.icgeb.trieste.it/~sbasessrv/33. TransTerm(翻译控制信号数据库) /Transterm.html34. GRBase(参与基因调控的蛋白质的相关信息数据库)/~regulate/trevgrb.html35. REBASE(限制性内切酶和甲基化酶数据库) /rebase/36. RNaseP数据库 /RNaseP/home.html37. REGULONDB(大肠杆菌转录调控数据库)http://www.cifn.unam.mx/Computational_Biology/regulondb/38. TRANSFAC(转录因子及其DNA结合位点数据库) http://transfac.gbf.de/39. MHCPEP(MHC结合肽数据库) .au/mhcpep/40. ATCC(美国菌种保藏中心) /41. 高度保守的核蛋白序列的组蛋白序列数据库/Baxevani/HISTONES42. 3Dee(蛋白质结构域定义数据库) /servers/3Dee.html43. InterPro(蛋白质域以及功能位点的完整资源)/interpro/序列相似性搜索1. EBI序列相似性研究网页 /searches/searches.html2. NCBI: BLAST注释 /BLAST3. EMBL的BLITZ ULTRA快速搜索/searches/blitz_input.html4. EMBL WWW服务器 http://www.embl-heidelberg.de/Services/index.html#55. 蛋白质或核苷酸的模式浏览/compbio/PatScan/HTML/patscan.html6. MEME(蛋白质超二级结构模体发现与研究)/meme/website7. CoreSearch(DNA序列保守元件的识别)http://www.gsf.de/biodv/coresearch.html8. PRINTS/PROSIT浏览(搜索motif数据库)/cgi-bin/attwood/SearchprintsForm.pl9. 苏黎世ETH服务器的DARWIN系统 http://cbrg.inf.ethz.ch/10. 利用动态规划找出序列相似性的Pima II http://bmerc-www.bu.ede/protein-seq/pimaII-new.html11. 利用与模式库进行哈希码(hashcode)比较找到序列相似性的DashPat /protein-seq/dashPat-new.html12. PROPSEARCH(基于氨基酸组成的搜索) http://www.embl-heidelberg.de/aaa.html13. 序列搜索协议(集成模式搜索)/bsm/dbbrowser/protocol.html14. ProtoMap(SEISS-PROT中所有蛋白质的自动层次分类)http://www.protomap.cs.huji.ac.il/15. GenQuest(利用Fasta、Blast、Smith-Waterman方法在任意数据库中搜索) http://www.gdb.rog/Dan/gq/gq.form.html16. SSearch(对特定数据库的搜索)http://watson.genes.nig.ac.jp/homology/ssearch-e_help.html17. Peer Bork搜索列表(motif/模式序列谱搜索) http://www.embl-heidelberg.de/~bork/pattern.html18. PROSITE数据库搜索(搜索序列的功能位点)/searches/prosite.html19. PROWL(Skirball研究中心的蛋白质信息检索)/index.html序列和结构的两两比对1. 蛋白质两两比对(SIM) http://expasy.hcuge.ch/sprot/sim-prot.html2. LALNVIEW比对可视化观察程序 ftp://expasy.hcuge.ch/pub/lalnview3. BCM搜索装置(两两序列比对) /seq-search/alignment.html4. DALI蛋白质三维结构比较 /dali/5. DIALIGN(无间隙罚分的比对程序) http://www.gsf.de/biodv/dialign/html 多重序列比对及系统进行树1. ClustalW(BCM的多重序列比对) /multi-align/multi-align.html2. PHYLIP(推测系统进行树的程序)/phylip.html3. 其它系统进行树程序，PHYLIP文档的汇编http://expasy.hcuge.ch/info/phylogeny.html4. 系统进行树分析程序(生命树列表)/tree/programs/programs.html5. 遗传分类学软件(Willi hennig协会提供的列表)/education.html6. 用于多重序列比对的BCM搜索装置/multi-align/multi-align.html7. AMAS(分析多重序列比对中的序列)/servers/amas_server.html8. 维也纳RNA二级结构软件包 http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/四. 有代表性的预测服务器1. PHD蛋白质预测服务器，用于二级结构、水溶性以及跨膜片断的预测http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/predictprotein.html2. PhdThreader(利用逆折叠方法预测、识别折叠类) http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/phd_help.html3. PSIpred(蛋白质结构预测服务器) /psipred4. THREADER(戴维. 琼斯) /~jones/threader.html5. TMHMM(跨膜螺旋蛋白的预测) http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/6. 蛋白质结构分析， BMERC /protein-seq/protein-struct.html7. 蛋白质域和折叠预测的提交表 http://genome.dkfz-heidelberg.de/nnga/def-query.html8. NNSSP(利用最近相邻法预测蛋白质的二级结构)/pss/pss.html9. Swiss-Model(基于知识的蛋白质自动同源建模服务器)http://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html10. SSPRED(用多重序列比对进行二级结构预测) http://www.mrc-/jong/predict/sspred.html11. 法国IBCP的SOPM(自寻优化预测方法、二级结构)http://pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_sopm.html12. TMAP(蛋白质跨膜片断的预测服务) http://www.embl-heidelberg.de/tmap/tmap_info.html13. TMpred(跨膜区域和方向的预测)/software/TMPRED_form.html14. MultPredict(多重序列比对的序列的二级结构)/zpred.html15. BCM搜索装置(蛋白质二级结构预测)/seq-search/struc-predict.html16. COILS(蛋白质的卷曲螺旋区域预测)/software/coils/COILS_doc.html17. Coiled Coils(卷曲螺旋)/depts/biol/units/coils/coilcoil.html18. Paircoil(氨基酸序列中的卷曲螺旋定位)/bab/webcoil.html19. PREDATOR(由单序列预测蛋白质二级结构) http://www.embl-heidelberg.de/argos/predator/predator_info.html20. EVA(蛋白质结构预测服务器的自动评估)/eva/五. 其他预测服务器1. SignalP (革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌和真核生物蛋白质的信号肽及剪切位点) http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/2. PEDANT(蛋白质提取、描述及分析工具)http://pedant.mips.biochem.mpg.de/六. 分子生物学软件链接1. 生物信息学可视化工具 /alan/VisSupp/2. EBI分子生物学软件档案 /software/software.html3. BioCatalog /biocat/e-mail_Server_ANALYSIS.html4. 生物学软件和数据库档案 /Dan/softsearch/biol-links.html5. UC Santa Cruz的序列保守性HMM的SAM软件/research/compbio/sam.html七. 网上博士课程1. 生物计算课程资源列表：课程大纲 http://www.techfak.uni-bielefeld.de/bcd/Curric/syllabi.html精品资料2. 生物序列分析和蛋白质建模的Ph.D课程http://www.cbs.dtu.dk/phdcourse/programme.html3. 分子科学虚拟学校 /vsms/sbdd/4. EMBnet 生物计算指南 http://biobase.dk/Embnetut/Universl/embnettu.html5. 蛋白质结构的合作课程 /PPS/index.html6. 自然科学GNA虚拟学校 http://www.techfak.uni-bielefeld.de/bcd/Vsns/index.html7. 分子生物学算法 /education/courses/590bi仅供学习与交流，如有侵权请联系网站删除谢谢11。