我国完成首个鱼类全基因组序列测定
长江江豚升级为国家一级保护动物
农业农村部印发‘通知“进一步加强水产养殖用投入品监管日前,农业农村部印发‘关于加强水产养殖用投入品监管的通知“(以下简称‘通知“),指导各级地方农业农村(畜牧兽医㊁渔业)部门,进一步加强对生产㊁进口㊁经营和使用假劣水产养殖用兽药㊁饲料和饲料添加剂等违法行为的打击力度㊂‘通知“要求,各级地方农业农村(畜牧兽医㊁渔业)部门要落实水产养殖用投入品相关监管职责,压实责任㊁严厉整治㊁常抓不懈㊂一是加强对水产养殖用兽药㊁饲料和饲料添加剂的生产㊁进口㊁经营和使用等环节管理,水产养殖用投入品,应当按照兽药㊁饲料和饲料添加剂管理的,无论冠以 ˑˑ剂 的名称,均应依法取得相应生产许可证和产品批准文号方可生产㊁经营和使用㊂二是开展水产养殖用兽药㊁饲料和饲料添加剂相关违法行为3年专项整治,重点查处故意以所谓 非药品 动保产品 等名义生产㊁经营和使用假兽药㊁逃避兽药监管的违法行为㊂三是在全国试行水产养殖用投入品使用白名单制度,对发现养殖者使用白名单以外的投入品要依法查处或公布可能有质量安全风险的警示㊂‘通知“强调,县级以上地方农业农村(畜牧兽医㊁渔业)部门要积极为兽药㊁饲料和饲料添加剂的生产㊁经营企业以及水产养殖者提供相关方面的服务,优化审批流程,加强法律普及和政策宣传,引导其规范生产㊁经营和使用㊂(来源:农业农村部)全球首个饲料中霉菌毒素高通量检测标准发布近日,由中国农业科学院农业质量标准与检测技术研究所饲料质量安全检测与评价创新团队首席苏晓鸥研究员主持制定的农业行业标准‘饲料中37种霉菌毒素的测定液相色谱串联质谱法“发布,并将于2021年4月1日起实施㊂该标准检测方法的成功研发,扩大了我国饲料及畜产品中霉菌毒素的监测范围,提升了发现风险的能力㊂饲料及农产品中霉菌毒素污染是1个全球性问题,给农业生产和食品安全带来严重挑战㊂霉菌毒素由于种类多㊁结构差异大㊁样品基质复杂等原因,多类毒素高通量检测一直是瓶颈难题㊂目前,检测标准和文献报道方法多为单一或单类霉菌毒素检测㊂该团队着眼饲料中多种霉菌毒素同时污染的现实问题,从基础理论入手,历时5年攻关,在大量实验数据的基础上,提出多重机制杂质吸附原理,研制出适合饲料基质中5类37种霉菌毒素同时净化的杂质吸附型净化柱,解决了样品基质干扰严重㊁兼顾不同种类危害物结构及理化性质差异巨大等2个关键性技术难题,样品净化时间从40min 以上缩短至2min 以内;基于多重机制杂质吸附净化柱制订的农业行业标准‘饲料中37种霉菌毒素的测定液相色谱串联质谱法“,是目前世界上饲料中霉菌毒素 一次提取㊁一次净化㊁一次上机 同步测定数量最多的标准方法;应用该方法参加2016年度欧盟㊁2018和2019年度亚太地区饲料原料霉菌毒素同步检测国际实验室能力验证,结果全部满意㊂该项研究授权国家发明专利1项,在国内外刊物上发表研究论文3篇;形成的多重机制杂质吸附净化技术已向有关生物技术企业转让,实现了 产㊁学㊁研 的深度融合㊂(来源:中国科学报)长江江豚升级为国家一级保护动物近日,经国务院批准,调整后的‘国家重点保护野生动物名录“已正式向公众发布㊂其中,长江江豚等65种野生动物由国家2级保护野生动物升为国家1级㊂长江江豚俗称江猪,已在地球上存在2500万年,是世界自然基金会确定的13个全球旗舰物种之一㊂在白暨豚被宣布功能性灭绝后,它是长江中唯一的哺乳动物㊂自20世纪80年代以来,长江江豚种群数量快速衰减㊂调查显示,1991年,长江江豚数量为2700多头㊂2006年,国际联合考察发现,长江江豚已不足1800头㊂2012年,长江江豚约为1045头㊂2017年12月长江江豚生态科学考察结果公布,长江江豚种群数量约为1012头,仅为大熊猫的一半㊂长江水产研究所危起伟研究员表示,根据他们团队的监测,长江江豚比之前要活跃,但数量是否有所增加,要再组织科考进行评估㊂据介绍,长江江豚极度濒危,主要是受到人类活动的干扰,特别是非法捕捞㊁繁忙的航运和水体污染对长7112021,48(2)㊀㊀㊀㊀㊀㊀水产科技情报(Fisheries Science &Technology Information)江江豚造成了较大的生存压力㊂目前,湖北省共有洪湖长江新螺段白暨豚㊁石首长江天鹅洲白暨豚㊁监利县何王庙长江江豚3个自然保护区,负责长江江豚等珍稀鱼类的保护㊂(来源:湖北日报,作者:刘胜,推荐:徐承旭)东海所成功破译拟穴青蟹染色体图谱中国水产科学研究院东海水产研究所(以下简称 东海所 )青蟹遗传育种创新团队与院部生物中心水产生物遗传大数据研究与应用创新团队合作,成功破译了拟穴青蟹(Scylla paramamosain)(以下简称 青蟹 )基因组染色体图谱,获得国际首个高质量的青蟹基因组参考图谱㊂研究成果于近日在Molecular Ecology Resources在线发表㊂这是该团队在获得青蟹高密度遗传连锁图谱以及成功选育生长速度提高20%的7代品系后的另一大重要进展,为青蟹新品种选育奠定了重要基础㊂东海所赵明博士㊁王伟博士为文章的共同第一作者,马凌波研究员㊁李炯棠研究员为共同通信作者㊂该研究得到了国家重点研发计划 重要养殖虾蟹类种质创制与健康苗种繁育 项目㊁国家虾蟹产业技术体系㊁上海市科技创新行动计划以及院㊁所两级基本科研业务费等的资助㊂青蟹是我国两大海水养殖蟹之一,2019年年产量达16.06万t,有非常重要的经济价值㊂但由于缺乏高质量的基因组,分子辅助育种一直以来进展较缓慢㊂大多数甲壳动物基因组杂合度高㊁重复序列多㊁染色体数目多,对基因组组装造成了较大的困难㊂本研究采用混合测序和复合组装策略,最终完成了青蟹全基因组组装,获得49条染色体序列,Contig N50达到191kb,平均染色体长度29 Mb,覆盖预测基因组大小的95.1%㊂青蟹基因组覆盖度㊁连续性和基因完整性均高于已发表的三疣梭子蟹和中华绒螯蟹基因组图谱,是目前蟹类中质量最高的基因组数据㊂基因组水平的进化分析发现,青蟹和梭子蟹在42.51百万年前分化,青蟹㊁三疣梭子蟹和中华绒螯蟹在染色体水平具有多次复制或融合事件;种群历史分析发现,青蟹的有效群体大小在更新世末期经历了1次瓶颈期㊂对基因家族的分析发现,蟹类相对于对虾在视觉方面呈现出相反的进化路径,与对虾相比,蟹类的视觉基因数目明显较少,且在幼体发育过程中的表达呈现相反的趋势,这与两类物种对光信号的敏感性相一致㊂此外,对在化学信号感知中发挥作用的谷氨酸受体家族的分析发现,十足目甲壳动物㊁非十足目甲壳动物和昆虫呈现出不同的进化方向㊂东海所青蟹遗传育种创新团队多年来对青蟹种质研究和苗种繁育技术进行了持续攻关㊂在亲本越冬保种技术㊁抱卵蟹孵化关键环节调控㊁苗种人工繁育规范㊁养殖示范模式等方面取得了系统性突破㊂通过联合运用技术改进与集成,目前选育品系已培育到第7代,亲本越冬后抱卵率达到40%以上㊂以育苗过程中饵料组合㊁水质调控技术的优化组合,实现了繁育过程的稳产高产,建立了优质苗种稳定供应体系㊂近4年累计生产优质青蟹苗种1500万只以上,所繁育的新品系苗种先后在浙江宁海㊁上海崇明和金山㊁江苏金坛㊁甘肃兰州㊁宁夏银川㊁河北唐山等地开展养殖试验㊂该新品系苗种在不同地区表现出适应能力强㊁生长速度快的优良性状,取得了良好的示范推广效果㊂(来源:中国水产科学研究院东海水产研究所,推荐:徐承旭)长江所黄鳝基因组染色体图谱研究取得新进展中国水产科学研究院长江水产研究所李忠研究员团队开展黄鳝基因组染色体图谱研究,获得了首个高质量基因组参考图谱,研究结果近日在‘G3:Genes/Genomes/Genetics“杂志在线发表㊂这是该团队在国内首次完成黄鳝全人工规模化繁育基础上取得的又一重要成果,为加速黄鳝新品种选育奠定了重要基础㊂该研究采用Illumina二代测序㊁PacBio SeqII三代测序及Hi-C技术,结合先进组装策略获得了完整连续的高质量黄鳝全基因组㊂基因组大小为799Mb(Contig N50=2.4Mb,Scaffold N50=67.24Mb),组装得到12条染色体序列,覆盖预测基因组大小的99.26%;鉴定出364802个微卫星(SSR)位点,得到287189个候选SSR标记,利用鉴定出的SSR标记构建了高密度物理图谱,并对部分分子标记进行了验证,分子标记的开发和利用将极大加速辅助育种过程㊂通过对基因组进行分析发现,黄鳝与大刺鳅在499万年前分化,随后黄鳝有769个基因家族发生了扩增,功能注释显示集中在免疫系统相关途径㊁感觉系统如嗅觉传导㊁信号传递等系统㊂这些发现为研究黄鳝核型进化㊁表皮呼吸及其独特性逆转特性等研究提供了重要数据㊂黄鳝是重要的淡水养殖品种,2019年全国产量31.9万t,基础产值超过200亿元,是全面推进乡村振兴战略的重要抓手㊂同时黄鳝又是独特的雌雄同体㊁雌性先熟的性逆转鱼类,具有极高的性别研究价值㊂同鳗鲡产业一样,黄鳝产业一直靠捕捞野生苗种进行再养殖,产业始终受困于资源量而无法扩大;人工繁殖瓶颈的制约,也限制了基础科学研究的推进㊂近年来,李忠研究员团队开展了黄鳝全人工规模化繁育研究,于2019年通过长江所和仙桃市人民政府组织的11家教学/科研单位专家团队的现场验收㊂相关研究成果在湖北仙桃和四川宜宾开展了产业示范,取得了极好的示范效果和产业影响,开启了科研和产业升级之路㊂目前,黄鳝种质资源混杂,有黑811水产科技情报(Fisheries Science&Technology Information)㊀㊀㊀㊀㊀㊀2021,48(2)。
2024年重庆万州事业单位真题
2024年重庆市万州区事业单位工作人员招聘考试试题(满分100分时间120分钟)【说明】1.遵守考场纪律,杜绝违纪行为,确保考试公正;2.请严格按照规定在试卷上填写自己的姓名、准考证编号;3.监考人员宣布考试开始后方可答题;4.监考人员宣布考试结束时,请将试题、答题纸和草稿纸放在桌上,待监考人员收取并清点完毕后方可离开考场。
第一部分常识判断1.我国科学家在国际上率先绘制完成()的全基因组完整图谱,实现了基因组图谱绘制技术首次在经济动物中的应用。
这是继去年人类基因组完成图公布以来,首个发表的脊椎动物基因组完成图。
A.家鸡B.鹌鹑C.家鹅D.家鸭【答案】:A2.2023年1月24日,我国高校首艘破冰船()在渤海辽东湾开展冰区试航,成功验证了船舶低温航行、破冰、船载科考设备、冰区科考保障等能力,成为我国第三艘具备极地科考能力的破冰船。
A.“中山大学极地”号B.“珠海云”号C.中华“远洋号”D.“向阳红16号”【答案】:A3.2023年,中国在世界知识产权组织发布的《2022年全球创新指数报告》中排名提升至全球1/ 20()。
A.第13位B.第15位C.第17位D.第11位【答案】:D4.至目前为止,我国电子政务主要经历了办公自动化、政府上网、信息资源整合应用和()四个发展阶段。
A.平台建设B.网络运用C.政务公开D.全面智能政务建设【答案】:D5.关于未成年罪犯,下列说法错误的是()。
A.不构成一般累犯B.不适用罚金刑C.被判处5年以下有期徒刑的,免除前科报告义务D.符合缓刑条件的,应当适用缓刑【答案】:B6.老子提出:“不出户,知天下;不窥牖,见天道。
其出弥远,其知弥少”。
这一命题属于:A.唯心论B.经验论C.不可知论D.唯物论【答案】:A7.经济能力或支付能力不同的人,应当缴纳不同的税收,能力强的人应当缴纳更多的税收,体现了公共财政()特征。
A.非营利性B.弥补市场失灵C.法制性2/ 20D.提供公平服务【答案】:D8.(),我国古代称之为辰星,在太阳系的八大行星中是最小的行星,也是离太阳最近的行星。
鱼类病毒性神经坏死病研究进展
综述与专论生物技术通报BI OTECHNOLOGY BULLETI N2006年增刊鱼类病毒性神经坏死病研究进展陈信忠 龚艳清(厦门出入境检验检疫局,厦门 361012)摘 要: 综述了鱼类病毒性神经坏死病的病原种类、危害性、防治方法以及神经坏死病毒的结构和理化特性等方面的研究进展。
关键词: 鱼类 病毒性神经坏死病 进展Advances i n t he Research of V iralNervous Necrosis i n F ishesChen X i n zhong Gong Y anq i n g(X ia m en Entry-Ex it Insp ection and Quaran tine Bureau ,X ia m en 361012)Abstrac:t T his paper rev ie w s the advances i n the research o f v iral nervous necrosis i n pathogens ,ha zardness and prev enti on techn i ques .T he struct ure and physica l and che m ica l prope rti es o f ne rvous necrosis v irus had a lso discussed .Key words : F ishes V ira l nervous necrosis A dvances基金项目:国家质检总局科技基金(2005I K-050)资助作者简介:陈信忠(1964-),男,研究员,主要从事水生动物病害研究,E-m ai:l xm chenxz @to m.co m,T e:l 0592-*******鱼类病毒性神经坏死病(V iral nervous necrosis ,VNN )又称病毒性脑病和视网膜病(V iral encepha -l o pathy and reti n opathy ,VER),是世界范围内的一种鱼类流行性传染病,对仔鱼和幼鱼危害很大,严重者在一周内死亡率可达100%,此外该病对成鱼也有很高的致死率。
草鱼全基因组序列图谱绘制完成
染 色体 的融 合可 能与 其性 染色 体 的分化 有关 。
草鱼 以典 型 的草食 性 特征 而 得 名 。 它 们如 何 从 水 草 中汲 取 营养 以支 持 其 快 速 生 长 一 直 是 研 究 者 们 关 注 的 问题 。该 研 究 的基 因注 释 结 果 表 明 ,草鱼 基 因 组 中并 不存 在 纤维 素 降解 酶 基 因 ; 比较 转 录组 分 析 发 现 ,草 鱼 在 草 食 性 转 化 过 程
殖繁 殖后 代 。蜂王 是 否存在 及 控制工 蜂 卵巢发 育
一
般 都 是 通过 信 息 素实 现 的 。东 、 西 方 蜜蜂 的蜂
王有类似 的上颚腺信息 素 ( Q MP ) , 然而 Q MP单
独 成 分 对 东 方 蜜 蜂 工 蜂 生 殖 生 理 的影 响 却 从 未 见 报道 。 中 国科 学 院 西 双 版 纳 热 带 植 物 园化 学 生 态 组 研 究 员 谭 垦 与 其 合 作 者 首 先 测 定 了东 方 蜜 蜂
( 1 0 一 H A D、 1 0 一 H D A A) 对卵 巢抑 制力 最 弱 ; 蜂 王 浆
合 。在 草鱼 雌性 基 因组 和雄性 基 因组 的 比较研 究 中 ,发现 了 2 . 3 8 Mb雄 性 特有 序 列 ,包 括 2 0 6个 c o n t i g ,这些 特 异性 片 段 主要 分 布在 草鱼 的第 2 4 号 染 色体 上 。 草鱼 第 2 4号染 色体 的物 理 长度 最 长, 但遗传距离却最短 , 表 明其 在 减 数 分 裂 过 程 中的重 组交 换率 显著 偏低 。据 此推 测 , 草鱼 2 4号
生物信息学技术在养殖业中的应用研究
生物信息学技术在养殖业中的应用研究养殖业是我国重要的产业之一,在养殖业中,为了提高养殖效益,减少损失,人们需要更好地了解动物的生长、发育、繁殖等生理生化过程。
而生物信息学技术是应用计算机、网络、生物学等多学科交叉知识研究细胞、生物分子结构、生命现象、生态系统等多种生物信息系统的新兴学科。
如今,生物信息学技术在养殖业中的应用越来越广泛,我们有理由相信,这一技术将会在养殖业领域发挥出巨大的优势。
一、生物信息学技术在鱼类养殖中的应用在鱼类养殖中,生物信息学技术可以帮助养殖者提高水质管理,降低养殖成本,减少养殖污染对环境的影响。
1. 鱼类基因组测序技术鱼类基因组测序技术是一项基于先进的测序仪器和分析软件,对鱼类全基因组序列进行测序的技术。
该技术可以通过深入研究鱼类的基因组,发现更多关于鱼类生长和健康状况的信息,同时也可以让我们更好地了解鱼类育种和品种改进。
2. 基于生物信息学技术的高通量测序技术基于生物信息学技术的高通量测序技术是一种利用计算机和多通道分析设备,对高通量的 DNA序列进行测序的技术。
该技术可以快速得到鱼类 DNA序列,并可以实现对鱼类生长和繁殖过程的实时监控。
3. 基于生物信息学技术的鱼类表达基因谱测序技术鱼类表达基因谱测序技术是一种测定鱼类在不同生长阶段、不同环境下的表达基因谱的技术。
该技术可以帮助研究人员更好地了解鱼类的发育过程,从而对鱼类养殖进行更加精确的把控。
二、生物信息学技术在禽类养殖中的应用在禽类养殖中,生物信息学技术可以有效地帮助养殖者对禽类的生长、繁殖、遗传健康等相关因素进行精准管理。
1. 禽类基因组测序技术禽类基因组测序技术是一种基于禽类全基因组对生产环境进行分析,以了解禽类基因组信息,进而做出相应的调整和管理的技术。
禽类基因组测序技术可以帮助我们快速发现禽类基因组中的潜在突变并加以治疗,同时也可以用于对禽类生殖和遗传疾病的预防和治疗。
2. 禽类毛发基因组测序技术禽类毛发基因组测序技术是一种对禽类毛发基因组进行测序的技术。
生物基因组学在鱼类作物中的应用
生物基因组学在鱼类作物中的应用近年来,随着生物基因组学的不断发展,其在农业领域中的应用也越来越广泛。
在鱼类作物领域中,生物基因组学的应用已经成为了一个热门话题,许多科学家都在探究其在鱼类作物中的作用和应用前景。
这篇文章将重点探讨生物基因组学在鱼类作物领域中的应用。
一、鱼基因组测序在鱼类作物中,基因组测序是实现生物基因组学应用的先决条件。
随着高通量测序技术的不断更新,鱼类基因组的测序技术也越来越成熟。
例如,重要的经济物种,如虹鳟、鳕鱼、大黄鱼、斑马鱼和鲈鱼等,其基因组测序均已完成。
这些基因组测序数据的产生,不仅使我们了解了鱼类基因组的结构和功能,也为鱼类作物中的功能基因组学研究提供了基础数据。
二、鱼类作物育种基因组学已经成为了鱼类作物育种领域中最前沿的研究方向之一。
首先,基因组学为育种带来了一种新的选择性繁殖方法,即分子标记辅助选择。
利用DNA标记和相关统计方法,研究人员可以在大量的种群中筛选出具有优良性状的个体,为选育高产、高品质、抗病鱼种提供重要的基础数据。
此外,基因组学还可以帮助鱼类作物育种研究人员了解鱼类遗传多样性和进化历史。
通过对基因组结构的研究,我们可以揭示不同鱼种之间的遗传关系,评估不同鱼种的进化状态,并为遗传保育提供支持。
三、鱼类作物健康管理随着鱼类养殖规模的不断扩大,鱼疾病的问题越来越受到重视。
而生物基因组学在鱼类作物健康管理方面也有着广泛的应用。
首先,基因组学可以帮助我们识别可能导致疾病的基因,特别是那些容易遗传的基因。
研究人员可以利用这些信息,开发出新的防病策略,并加强病害的监测和防治。
此外,基因组学还可以帮助我们了解病原体种群的遗传多样性和流行病学特征。
例如,通过对染色体DNA上的重复序列进行分析,我们可以揭示病原体的遗传差异,评估病原体的传播途径,并根据病原体源头研究及时采取防治措施。
四、综合应用除了上述应用领域之外,生物基因组学在鱼类作物领域也有着广泛的应用。
例如,基因组生物学的方法可以帮助我们探究鱼类生长发育和生殖过程的调控机制,探寻新的繁殖方法。
日、美科学家发现一种对唾液腺发育有重要作用的基因
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生物学 教学 21 年( 6 第1 01 第3 卷) 期
据报道 , 王立东教 授及其 同事 利用 全基 因组关 联分析 , 对 2 5万多例 中国汉族 、 . 哈萨克族 和维吾尔族等不 同民族食 管癌患者 和健康对照组作 了对 比分析 , 发现不同民族 患者均
与磷脂酶基 因亚运型 和核黄 素转运基 因密切相关 , 揭示 了食 管癌发病 的基 因因素 。 中国老一代科学家在河南食管癌高发 区的研究 已证 实 ,
的表现形式 。
据 21 0 0年 8月 2 3日《 文汇报 》 援引新华社郑州 2 1 00年 8月 2 2日电, 由河南新乡 医学 院组织协作攻 关 、 由该校癌症 研究 中心 主任王立东 教授领衔 的食管 癌研究 项 目取得 了重 大成果 : 发现了两 个分别位于人类第 1 0号和第 2 0号染 色体
绵基 因组 包含了 1 8 个基 因 , 中有些是 帮助单细胞 动物 .万 其 进化 为多 细胞动物的关键基因 , 如使 细胞互 相黏在一起 的基 因以及让 多个 细胞 协调一致生长的基因 ; 些是与高等 动物 有
发现 对于某些农作物增产具有重 要的意义 , 即如果能借 助
基 因手段培育 出在低温下长势 良好 的农 作物 , 能使农作物 就
于对焦虑症风险较高 的儿童提前给予介入 治疗。 [ 植物生理 ]
澳 科 学 家发 现 一 种 新 叶 绿 素
据中国军网 2 1 00年 8月 2 1日援 引新华 社华 盛 顿 8月 2 0日电, 大 利 亚悉 尼 大学 生 命科 学 学 院 的研 究 人员 于 澳
核黄素缺乏是食管 癌重要危 险 因素之一 。但 科学 家同时发 现, 膳食补充核 黄素所 引起 的 干预效 果存 在 明显 的个 体差 异。王立 东等研究人员 发现核 黄素转 运基 因与食管 癌发病 之间存在关联性 , 在一定程度上解释 了这一个体差晃的分子 基础。这表 明环境 和遗 传 因素 交互作 用对食 管癌发生 的影
日本科学家发现神经干细胞在脑内移动的机制
据 21 年 8 1 00 月 3日《 民晚报》 新 消息 , 最近美 国马塞诸 塞州的一家生物塑料公司宣布 , 他们 已经培育出可 以直 接生
英 科 学 家发 现 一 种 与 植 物 低 温 长 势 有 关 的 基 因
半 滑舌鳎雌 、 性之 间生 长差 异 巨大 , 雄 雌性个 体 比雄 性
个体生 长速 度快 2— 4倍 。测 定其全 基 因组序列 , 寻找 半滑 舌鳎性别特 异性 或性 别决 定基 因, 索 性别 控 制的 技术 途 探 径, 不仅对鱼类 的性别 决定机 制 的研 究具 有重要 科学 意义 , 而且对于半 滑舌 鳎养 殖产业的发展具有重要 的应用价值 。
在春秋两季 的有效生长时 间得 以延 长 , 实现增产 。
[ 因技 术] 基
美科学 家培育成可 以长 出塑料 的转基因柳枝稷
体 内指导 神经 与肌 肉活动基因相似的基 因; 有些 是与 细胞 自 杀有关 的基 因 , 意味着海绵这种原始多 细胞 动物有可能利 用 这一机制来对抗癌症 等疾病。 科学家 的这一研究 成果 有助于多细胞动物起源的探索 。
生物 学教 学 21 年( 6 第1 01 第3 卷) 期
月 2日电 , 日本大阪大学和美 国国立卫生 院组 成的一个 联合
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谱 , 半 滑 舌 鳎 成 为 了 世 界 上 第 一 种 测 定 了全 基 因组 序 列 的 使
研究小组在新一期《 科学》 杂志 网络版上 报告 了他们 的研 究
产塑料的植物。研 究人员先从 微生 物提 取 出合成 塑料 的基 因, 然后转移到一些植物 中, 让这 些植 物直接长 出塑料颗粒 。 目前 , 该公 司已经培育出一种可 以长 出塑料 颗粒 的转基 因柳 枝稷 。
高原鳅属鱼类线粒体全基因组序列结构特征及其系统发育信息
烟台大学学报(自然科学与工程版)Journal of Yantai University ( Natural Science and Engineering Edition)第34卷第1期2021年1月Vol. 34 No. 1oln .0201文章编号:1024-8820 (2221) 21-0094-27卩•氥5研究简报j0・<>・<> ・<>・<>•"dU :12.13451/j. 3)0 37T213/n. 202222高原鍬属鱼类线粒体全基因组序列结构特征及其系统发育信息李瑶瑶22,刘云国2,刘凌霄7,韩庆典2,马 超2,全先庆2,张海光2,张如华2(/临沂大学生命科学学院,山东临沂276025;.山东大学(威海)海洋学院,山东威海22-209;.临沂 市农业科学院,山东临沂276-12)摘要:为了深入开展高原鳅属(Triplophysa )鱼类的分类鉴定、系统进化等研究,利用生物 信息学的方法分析了 -6种高原鳅属鱼类的线粒体全基因组序列及系统发育信息。
通过 Clustal X 对线粒体DNA(mtUNA )全基因组序列进行对比,然后用MEGA6分析mtUNA 的序列差异,并用邻接法生成系统进化树。
结果发现:(2)高原鳅属鱼类线粒体基因组的全长在12 562 -12 682 bp 之间,其基因组结构和基因排列顺序与其他硬骨鱼类的线粒体 基因组特征相同;(2)在所有编码基因中,ND2基因的序列变异程度最大(52.5%),且Kimura 双参数(K2P )遗传距离最大(0.234),而16S rRNA 的变异程度最小(19. 9%) ,2S rRNA 基因的K2P 遗传距离最小(0.034) ;(3)系统进化树显示高原鳅属中除叶尔羌高原 M( Triplophysa yarRandensia 外,绝大多数物种能够聚为一支,未描述种(T. sp.)、玫瑰高 原鳅(T. rosa)和湘西盲高原鳅(T. xiangxpnsiii 聚为一支并处于该属的基部位置。
须鳗虾虎鱼线粒体全基因组测序和系统发育分析
第38卷第5期大连海洋大学学报Vol.38No.5 2023年10月JOURNAL OF DALIAN OCEAN UNIVERSITY Oct.2023DOI:10.16535/ki.dlhyxb.2022-216文章编号:2095-1388(2023)05-0772-07须鳗虾虎鱼线粒体全基因组测序和系统发育分析梁阳阳1,张国庆1,陈诚1,赵秀侠1,高娜1,李静1,方婷1,杨坤1,尹峰2,郭伟2,卢文轩1∗(1.安徽省农业科学院水产研究所水产增养殖安徽省重点实验室,安徽合肥230001;2.巢湖管理局渔政管理总站,安徽合肥238001)摘要:为了解须鳗虾虎鱼(Taenioides cirratus)线粒体基因组特征和系统发育状况,采用Illumina Hiseq高通量测序技术,测定了从南渡江口㊁珠江口㊁太湖㊁巢湖和南四湖中采集的12尾须鳗虾虎鱼的线粒体全基因组,并下载近缘种线粒体全基因组序列进行系统发育分析㊂结果表明:须鳗虾虎鱼线粒体全基因组长为16641~16978bp,包含13个蛋白编码基因㊁22个tRNA基因㊁2个rRNA基因和1个D-loop控制区,各样本的编码基因序列长度较一致,线粒体全基因组长度差异主要是由控制区长度(975~1314bp)差异造成的;基于13个蛋白编码基因和2个rRNA基因序列构建系统发育树,须鳗虾虎鱼分为3个高支持率进化枝,与红狼牙虾虎鱼(Odontamblyopus rubicundus)㊁鲡形鳗虾虎鱼(Taenioides anguillaris)形成并系,太湖㊁巢湖和南四湖的须鳗虾虎鱼个体聚为1个进化枝,南渡江口和珠江口的须鳗虾虎鱼个体均分属2个进化枝㊂研究表明,青藏高原隆起和亚洲季风形成带来的中国水系格局变化,可能是须鳗虾虎鱼形成目前系统发育结构的重要原因,本研究结果可为进一步明确须鳗虾虎鱼的分类地位和资源保护提供重要依据㊂关键词:须鳗虾虎鱼;线粒体基因组;系统发育中图分类号:S917.4;Q959.483㊀㊀㊀㊀文献标志码:A㊀㊀须鳗虾虎鱼(Taenioides cirratus)隶属于鲈形目(Perciformes)虾虎鱼科(Gobiidae)近盲虾虎鱼亚科(Amblyopinae),是一种暖水性小型底栖鱼类,摄食小鱼㊁小虾㊁桡足类㊁其他底栖无脊椎动物和有机碎屑,喜穴居,主要栖息于河口半咸淡水水域,在中国主要分布于东海(中国近海)㊁南海(中国近海),日本㊁朝鲜㊁澳大利亚及印度洋北部也有分布[1]㊂该鱼因体表无鳞片㊁通体呈深红色,在部分地区被称为血罡鱼㊁红虫鱼等,是虾虎鱼类中经济价值相对较高的一种[2]㊂近年来,须鳗虾虎鱼入侵至巢湖㊁高邮湖㊁骆马湖和南四湖等内陆湖泊,并成为常见种[3-4],但在其原产地,如长江口㊁珠江口和南渡江口等水域,须鳗虾虎鱼资源量则不断下降㊂近盲虾虎鱼亚科鱼类体型较小,扩散能力较弱,不同地理种群间易形成遗传分化[2,5],近年来,不断有其隐存种(cryptic species)和隐藏多样性(cryptic diversity)的报道㊂据‘中国动物志“[1]记载,中国狼牙虾虎鱼属仅有拉氏狼牙虾虎鱼(Odontamblypus lacepedii)1个种[1],而Tang 等[6]基于线粒体ND5基因序列和形态学特征分析认为,中国至少存在分布于东海㊁黄海㊁渤海湾沿海的拉氏狼牙虾虎鱼,分布于北部湾㊁南海北部㊁东海南部沿海的瑞贝卡狼牙虾虎鱼(O.rebecca),以及分布于东海南部㊁黄海南部沿海的狼牙虾虎鱼未定种(Odontamblypus sp.)3个有效种㊂对于须鳗虾虎鱼,据‘中国动物志“[1]记载,中国仅有须鳗虾虎鱼1个种[1],而方嘉琪[2]基于形态学分析和线粒体COI和ND2基因序列的系统发育分析,鉴定到3个隐存种,认为海南须鳗虾虎鱼㊁珠江须鳗虾虎鱼和长江须鳗虾虎鱼可能是3个独立有效种㊂线粒体基因组(mitochondrial genome)是一段结构简单㊁长度较短的DNA分子,进化速率较快,以较短的序列片段包含了丰富的遗传信息[7],其广泛应用于鱼类系统发育㊁种群多态性和种质资源保护等研究中[8-9]㊂近年来,基因测序技术的发展㊀收稿日期:2022-07-07㊀基金项目:安徽省自然科学基金(2008085QC105);财政部和农业农村部:国家现代农业产业技术体系资助(CARS-46);安徽省水产产业技术体系(皖农科函[2021]711号);安徽省农业科学院湿地生态与应用技术创新团队项目(2021YL055)㊀作者简介:梁阳阳(1990 ),男,博士,助理研究员㊂E-mail:liangyy10214@㊀通信作者:卢文轩(1971 ),男,研究员㊂E-mail:ahfish@为研究线粒体全基因组提供了更便捷的方法㊂本研究中,采集了海南省南渡江口㊁广东省珠江口㊁长江水系的太湖与巢湖及淮河水系的南四湖的须鳗虾虎鱼,通过二代测序技术,获得了其线粒体全基因组序列,补充了中国须鳗虾虎鱼不同地理种群线粒体全基因组数据,并结合已有的相关线粒体基因组序列系统发育分析,探究须鳗虾虎鱼不同地理种群间的遗传学差异和隐藏多样性,以期为进一步明确须鳗虾虎鱼的分类地位和资源保护提供参考依据㊂1㊀材料与方法1.1㊀采样站位的设置2017 2020年,使用定置(串联)倒须笼壶(网长为8m,网高和网宽均为30cm,网目2a =0.8cm),在海南省南渡江口(110ʎ26ᶄ8.326ᵡE,20ʎ01ᶄ39.284ᵡN)㊁广东省珠江口(113ʎ36ᶄ10.861ᵡE,22ʎ54ᶄ59.882ᵡN)㊁长江水系的太湖(120ʎ13ᶄ11.057ᵡE,31ʎ30ᶄ4.255ᵡN)与巢湖(117ʎ24ᶄ57.150ᵡE,31ʎ41ᶄ8.628ᵡN )和淮河水系的南四湖(117ʎ13ᶄ56.906ᵡE,34ʎ41ᶄ4.693ᵡN)采集须鳗虾虎鱼(图1),并获得样本165尾㊂从样本取少量肌肉本图基于自然资源部标准地图服务网站GS (2019)1694号标准地图为底图,底图边界无修改㊂The figure is based on the standard map GS (2019)1694in thestandard map service website of Ministry of Natural Resources of thePeople s Republic of China,with no modifications of the boundaries in the standard map.图1㊀须鳗虾虎鱼采样点分布Fig.1㊀Sampling sites of Taenioides cirratus组织置于2.0mL 离心管中,用无水乙醇浸泡固定,用于DNA 的提取㊂1.2㊀方法1.2.1㊀线粒体基因组测序㊀采用高盐法提取样本基因组DNA [10],用10g /L 琼脂糖凝胶电泳检测DNA 质量,用NanoDrop ND-2000超微量分光光度计测定DNA 纯度和浓度㊂基于线粒体COI 和Cyt b基因序列(登录号:OM849673~OM849775)进行群体遗传特征分析,筛选代表性个体进行线粒体全基因组测序㊂基于COI 和Cyt b 基因序列构建的系统发育树表明,珠江口样本和南渡江口样本各聚为3个分枝,太湖㊁巢湖和南四湖样本聚为1个分枝[11]㊂从珠江口(ZJ1㊁ZJ2和ZJ3)和南渡江口(NDJ1㊁NDJ2和NDJ3)种群各选3尾,巢湖(CH1㊁CH2)㊁太湖(TH1㊁TH2)和南四湖(NSH1㊁NSH2)种群各选取2尾,共筛选12尾样本㊂采用Covaris 仪超声波将样本基因组DNA 打断成350bp 左右片段,对DNA 片段末端修复,在3ᶄ端加A 碱基和测序接头㊂对连接产物进行PCR 扩增,用磁珠回收产物并纯化,构建文库㊂DNA 文库质检合格后使用Illumina Hiseq 高通量测序平台进行双末端(paired end)测序,每个样品测序数据量不少于6Gb㊂测序由生工生物工程(上海)股份有限公司完成㊂过滤测序数据中的低质量读数和接头序列,使用NOVOPlasty 进行de novo 组装,参考已发表的须鳗虾虎鱼线粒体基因组序列[12](登录号:KJ944420.1),使用BioEdit 7.2.5软件对拼接的序列进行校对[13],采用MITOS 2(ht-tp://mitos.bioinf.unileipzig.de /index.py)在线软件进行基因注释㊂将获得的须鳗虾虎鱼完整线粒体基因组序列提交至NCBI (National Center for Bio-technology Information)数据库(表1)㊂1.2.2㊀系统发育分析㊀通过须鳗虾虎鱼线粒体基因序列在NCBI 数据库中进行Blast 比对,下载与须鳗虾虎鱼线粒体基因序列同源性较高的鲡形鳗虾虎鱼(Taenioides anguillaris )[14]㊁红狼牙虾虎鱼(Odontamblyopus rubicundus )[15][伍汉霖等[1]认为中国的红狼牙虾虎鱼(O .rubicundus )为误鉴,实为拉氏狼牙虾虎鱼(O .lacepedii )的异名]㊁钝孔虾虎鱼(Amblyotrypauchen arctocephalus )㊁大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris )[16-17]㊁2个鳗虾虎鱼属未定种个体,以及已发表的须鳗虾虎鱼长江水系㊁珠江㊁海南和台湾个体的线粒体基因组序列,使用河川沙塘鳢(Odontobutis potamophila )[18]377第5期梁阳阳,等:须鳗虾虎鱼线粒体全基因组测序和系统发育分析作为外群(表1),进行系统发育分析㊂表1㊀线粒体系统发育分析所用基因组Tab.1㊀Complete mitochondrial genomes used in phyloge-netic analysis物种species采集地location登录号accession No.须鳗虾虎鱼(T.cirratus)∗巢湖OP326518须鳗虾虎鱼(T.cirratus)∗巢湖OP326520须鳗虾虎鱼(T.cirratus)∗太湖OP326525须鳗虾虎鱼(T.cirratus)∗太湖OP326526须鳗虾虎鱼(T.cirratus)∗南四湖OP326523须鳗虾虎鱼(T.cirratus)∗南四湖OP326524须鳗虾虎鱼(T.cirratus)∗珠江OP326527须鳗虾虎鱼(T.cirratus)∗珠江OP326528须鳗虾虎鱼(T.cirratus)∗珠江OP326529须鳗虾虎鱼(T.cirratus)∗南渡江OP326519须鳗虾虎鱼(T.cirratus)∗南渡江OP326521须鳗虾虎鱼(T.cirratus)∗南渡江OP326522须鳗虾虎鱼(T.cirratus)[11]台湾KJ944420.1须鳗虾虎鱼(T.cirratus)[2]珠江MK541898.1须鳗虾虎鱼(T.cirratus)[2]海南MW682859.1须鳗虾虎鱼(T.cirratus)[2]太湖MK541900.1鳗虾虎鱼属未定种(Taenioides sp.) MK541899.1鳗虾虎鱼属未定种(Taenioides sp.Ruosonghe) OL625024.1鲡形鳗虾虎鱼(T.anguillaris)[14]兴化湾KT188772.1红狼牙虾虎鱼(O.rubicundus)[15]舟山JX891626.1钝孔虾虎鱼(A.arctocephalus) NC_058264.1大弹涂鱼(B.pectinirostris)[16]慈溪NC_016195.1大弹涂鱼(B.pectinirostris)[17]北部湾MN909967.1河川沙塘鳢(O.potamophila)[18]太湖KF305680.1㊀注:∗表示样本线粒体全基因组序列为本研究获得㊂Note:∗markes the specimens in present study.采用BioEdit7.2.5截取样本线粒体基因组的13个蛋白编码基因(protein coding genes,PCGs)和2个rRNA基因序列,拼接成1条序列[19],使用DnaSP5.0统计样本的单倍型和突变位点[20]㊂使用Mr Bayes3.2.7构建贝叶斯法(Bayesian infer-ences,BI)系统发育树[21],运行4条独立的马尔可夫链(Markov chains),运行50000000代,每1000代抽样1次,丢弃前25%,当分列频率平均标准差小于0.01时认为分析趋于稳定,计算各分枝的后验(posterior)支持率;使用MEGA7.0构建最大似然法(maximum likelihood,ML)系统发育树,使用bootstrap(重复次数5000)检验各分枝的置信度[22]㊂由于缺乏关于须鳗虾虎鱼线粒体基因序列分歧速率的报道,仅Mukai等[23]报道了虾虎鱼科吻虾虎鱼属未定种(Rhinogobius sp.)线粒体ND5基因序列的分化率为3.89%/Ma,该进化速率以地质事件作为校正点㊂因此,本研究中使用3.89%/Ma作为须鳗虾虎鱼的线粒体蛋白编码基因和rRNA基因的分歧速率㊂2㊀结果与分析2.1㊀线粒体基因组与结构须鳗虾虎鱼12尾样本线粒体基因组全长为16641~16978bp,均包含13个蛋白编码基因㊁22个tRNA基因㊁2个rRNA基因和控制区(D-loop)(图2)㊂线粒体全基因组长度差异主要是由D-loop长度(975~1314bp)差异造成的,各样本的编码基因序列长度较为一致㊂各样本线粒体基因组序列的碱基组成接近,A㊁T㊁C和G平均含量分别为28.47%㊁26.65%㊁29.08%和15.80%, A+T含量(55.12%)大于C+G含量(44.88%)㊂13个蛋白编码基因中,仅COI基因以GTG为起始密码子,其他基因均以ATG为起始密码子;终止密码子有TAG㊁TAA和不完全终止密码子TA 和T㊂12尾样本中9个蛋白编码基因的终止密码子一致,4个存在差异:ND1基因,南渡江口3号样本的终止密码子为TAG,其他样本均为TAA;ND2基因,长江和淮河水系样本的终止密码子为TAG,其他样本均为TAA;ND5和ND6基因,珠江口1号样本㊁长江水系及淮河水系样本的终止密码子图2㊀须鳗虾虎鱼线粒体基因组结构Fig.2㊀Gene map of the mitochondrial genome of Tae-nioides cirratus477大连海洋大学学报㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀第38卷为TAG,其他样本均为TAA㊂以巢湖样本为例,其线粒体基因组结构特征如表2所示,其他样本线粒体基因组结构与巢湖类似㊂2.2㊀系统发育分析12尾样本的13个蛋白编码基因和2个rRNA 基因组合序列长为14059~14062bp,巢湖的2个样本共享1个单倍型,其他样本互为独立单倍型,共得到11个单倍型,检测到2165个突变位点㊂基于ML法和基于BI法构建的系统发育树结构完全一致(本研究中仅列出其中1个),11个单倍型聚为3枝,其中,太湖㊁巢湖和南四湖的5个单倍型㊁珠江口的1个单倍型和已发表的1个太湖须鳗虾虎鱼单倍型(MK5419001.1)聚成分枝Ⅰ,1个南渡江口单倍型与已发表的1个台湾须鳗虾虎鱼单倍型(KJ9444201.1)㊁1个福建兴化湾鲡形鳗虾虎鱼单倍型(KT188772.1)㊁1个舟山红狼牙虾虎鱼单倍型(JX891626.1)和1个鳗虾虎鱼属未定种单倍型(OL625024.1)聚为分枝Ⅱ;2个珠江口单倍型㊁2个南渡江口单倍型和已发表的1个珠江须鳗虾虎鱼单倍型(MK541898.1)㊁1个海南须鳗虾虎鱼单倍型(MW682859.1)和1个鳗虾虎鱼属未定种单倍型(MK541899.1)聚成分枝Ⅲ(图3)㊂表2㊀巢湖须鳗虾虎鱼线粒体基因组结构特征(编号CH1)Tab.2㊀Characteristics of complete mitochondrial genome of Taenioides cirratus from the Chaohu Lake(No.CH1)3㊀讨论3.1㊀须鳗虾虎鱼线粒体基因组结构特点本研究中,12个须鳗虾虎鱼样本的线粒体全基因组结构与其他硬骨鱼相似[8],在碱基组成上同样具有明显的A+T偏好㊂线粒体基因组长度为16641~16978bp,长度的变化主要是因为部分个体D-loop的3ᶄ端存在一段143bp的串联重复序列㊂D-loop是线粒体DNA中变化最复杂的区域,其进化速率是线粒体DNA其他区段的5~10倍,近缘种甚至同种不同个体间控制区均会出现较大差异,硬骨鱼类控制区重复序列通常介于几十bp到300bp之间存在,如本研究中下载分析的须鳗虾虎鱼(KJ9444201.1)[12]㊁鲡形鳗虾虎鱼(KT188772.1)[14]㊁大弹涂鱼(MN909967.1㊁NC_016195.1)[16-17]和钝孔虾虎鱼(NC_058264.1)等在D-loop均存在一段131~144bp的重复序列,重复序列的起始位置与本研究中须鳗虾虎鱼类似㊂D-loop重复序列在进化中的作用有待进一步探究㊂3.2㊀须鳗虾虎鱼的系统发育分析本研究中构建的系统发育树显示,须鳗虾虎鱼存在3个分歧较深的分枝,其中,分枝Ⅱ的组成最577第5期梁阳阳,等:须鳗虾虎鱼线粒体全基因组测序和系统发育分析㊀分枝上数值为最大似然分析bootstrap校验百分数和贝叶斯后验概率㊂㊀Values on branches indicate the bootstrap proportions from maximum likelihood analysis and the posterior probabilities from Bayesian analysis.图3㊀基于13个蛋白编码基因和2个rRNA基因序列构建的最大似然法系统发育树Fig.3㊀ML phylogenetic tree based on the13PCGs and2rRNA genes sequences复杂,由海南和台湾的须鳗虾虎鱼与红狼牙虾虎鱼㊁鲡形鳗虾虎鱼共同组成,表明须鳗虾虎鱼非单系,与红狼牙虾虎鱼㊁鲡形鳗虾虎鱼构成并系群㊂但本研究中用于系统发育分析的红狼牙虾虎鱼和鲡形鳗虾虎鱼的样本数量较少,二者与须鳗虾虎鱼更全面的系统发育关系有待进一步研究㊂方嘉琪[2]根据COI基因和ND2基因序列,构建了近盲虾虎鱼亚科ML系统发育树,发现长江水系㊁珠江口和海南的须鳗虾虎鱼各自聚成1枝,并结合形态学特征分析认为,长江水系须鳗虾虎鱼㊁海南须鳗虾虎鱼和珠江口须鳗虾虎鱼可能是3个独立物种㊂本研究表明,须鳗虾虎鱼系统发育树虽有3个分枝,但并不是每个地理种群形成一个独立分枝,如分枝Ⅰ由长江水系样本和部分珠江口样本组成,分枝Ⅲ由部分珠江口样本和部分南渡江口样本组成㊂Zhang等[11]基于线粒体序列COI和Cyt b基因序列构建的系统发育树表明,长江水系㊁珠江口和南渡江口种群也未形成独立的系统发育枝,长江水系个体与部分珠江口个体形成一个发育枝,南渡江口部分个体与珠江口部分个体形成一个发育枝,与本研究中结果较吻合㊂故笔者认为,长江水系须鳗虾虎鱼㊁海南须鳗虾虎鱼和珠江须鳗虾虎鱼为3个有效种的观点有待商榷㊂经测年分析显示,须鳗虾虎鱼3个进化枝的分歧发生在更新世早期(2.2~1.8Ma)(图3),这可能与这一时期青藏高原的快速隆起有关㊂青藏高原在2.6~1.7Ma经历了 青藏运动 的B期和C 期,经过这两个阶段的快速隆起,青藏高原平均海拔达到2000m以上,当代亚洲季风系统形成,高原边缘河流溯源侵蚀并强烈下切,中国现代水系格局基本形成[24]㊂水系格局和季风的改变驱动鱼类谱系格局的变化,在中国裂腹鱼类(Schizotho-racine)[25]㊁(Hemiculter leucisculus)[26]和糙隐鳍鲇(Pterocryptis anomala)[27]等鱼类中有广泛报道㊂笔者推测,更新世早期的青藏高原快速隆起和当代亚洲季风形成带来的中国水系的分化,导致了须鳗虾虎鱼不同地理种群的分离㊂须鳗虾虎鱼是一种小型底栖鱼类,扩散能力相对较弱,主要栖息在河口盐度较低的水域,盐度较高的海水可能是其扩散的重要地理屏障㊂须鳗虾虎鱼系统发育树分枝Ⅰ和分枝Ⅲ均包含了2个不同地理种群的个体,各个水系的须鳗虾虎鱼种群均未形成独立分枝,表明相邻水系的须鳗虾虎鱼种群间存在基因交流㊂3.3㊀须鳗虾虎鱼资源管理本研究中,须鳗虾虎鱼具有3个分歧较深的分枝,该结果与基于线粒体序列COI和Cyt b基因序列的系统发育分析结果较为吻合[11]㊂通常情况下,677大连海洋大学学报㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀第38卷不同系统发育分枝的地理种群被称为进化重要单位(evolutionary significant unit)和管理单位(manage-ment unit)[28-29]㊂虽然在巢湖㊁南四湖等内陆湖泊,须鳗虾虎鱼作为本地入侵种,表现出较强的入侵能力,但根据笔者于2018 2020年的调查,须鳗虾虎鱼在原产地资源量不断下降,长江口目前已较难采集到须鳗虾虎鱼,珠江口和南渡江口的须鳗虾虎鱼资源量较以前也大幅下降㊂考虑到不同系统发育分枝之间显著的遗传学差异,建议未来将南渡江口㊁珠江口和长江水系的须鳗虾虎鱼种群视为不同管理单位进行资源管理㊂4 结论1)须鳗虾虎鱼线粒体全基因组长为16641~ 16978bp,包含13个蛋白编码基因㊁22个tRNA 基因㊁2个rRNA基因和1个D-loop,全基因组长度差异主要是由D-loop长度(975~1314bp)差异造成的㊂2)须鳗虾虎鱼个体形成3个高支持率进化枝,每个进化枝均包含了至少2个水系的须鳗虾虎鱼个体,太湖㊁巢湖和南四湖的须鳗虾虎鱼个体聚为1个进化枝,南渡江口和珠江口须鳗虾虎鱼个体均分属2个进化枝㊂建议未来将南渡江口㊁珠江口和长江水系的须鳗虾虎鱼种群视为不同管理单位进行资源管理㊂参考文献:[1]㊀伍汉霖,钟俊生.中国动物志:硬骨鱼纲鲈形目Ⅴ虾虎鱼亚目[M].北京:科学出版社,2008.㊀㊀㊀WU H L,ZHONG J S.Fauna sinica:Osteichthyes,PerciformesⅤ, Gobioidei[M].Beijing:Science Press,2008.(in 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Results showed that the length of individual mitochondrial genome was ranged from16641to16978bp,containing 13protein coding genes(PCGs),22tRNA genes,2rRNA genes and the D-loop.The length of each coding gene sequence for every sample was relatively consistent,and the difference in length of the mitochondrial genome was mainly caused by the difference in D-loop length(975-1314bp).Based on the13PCG and2rRNA gene se-quences,phylogenetic analysis combined the sequences in present study with published closely related mitogenomes showed that the goby was divided into3major clades.Samples from Taihu Lake,Chaohu Lake and Nansi Lake were clustered into one clade while samples from the Nandu River Estuary or the Pearl River Estuary were divided into two clades.Cladistic analysis depicted that T.cirratus was showed to form a paraphyletic group with Odontam-blyopus rubicundus and Taenioides anguillaris.The uplift of the Qinghai-Tibet Plateau and the formation of the Asi-an monsoon that brought about changes in water system pattern in China were the likely causes for the formation of T.cirratus current phylogenetic status.The finding provides crucially important basis for the resource conservation and further taxonomic clarification of T.cirratus.Key words:Taenioides cirratus;mitochondrial genome;phylogenetic analysis877大连海洋大学学报㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀第38卷。
三种鮡科鱼类线粒体全基因组的测定及鮡科鱼类系统发育分析
三种鮡科鱼类线粒体全基因组的测定及鮡科鱼类系统发育分析扎那纹胸鮡(Glyptothorax zainaensis)和穴形纹胸鮡(Glyptothorax cavia)隶属于鲇形目(Siluriformes)、鮡科(Sisoridae)、纹胸鮡属(Glyptothorax),贡山鮡(Pareuchiloglanis gongshanensis)隶属于鲇形目(Siluriformes)、鮡科(Sisoridae)、鮡属(Pareuchiloglanis)。
本文通过测定上述三种鮡科鱼类线粒体全基因组序列,并联合NCBI中下载的11属12种鮡科鱼类线粒体全基因组数据,利用Cyt b基因和COX1基因,重建鮡科鱼类系统发育关系,并利用beast软件估算鮡科鱼类分化时间,主要结果如下:1.扎那纹胸鮡线粒体基因组全长16537bp,穴形纹胸鮡全长16529bp,贡山鮡全长16588bp。
三种鮡科鱼类基因组成和排列基本相似,都表现为A+T偏倚,扎那纹胸鮡A+T%为57.2%,穴形纹胸鮡为56.8%,贡山鮡为54.8%。
三种鮡科鱼类线粒体全序列中都有多处基因间隔和重叠。
2.三种鮡科鱼类线粒体蛋白质编码基因起始和终止密码子相似,通常以ATG 和GTG为起始密码子。
三种鮡科鱼类均有TAG、TAA、TA和T 4种类型终止密码子。
三种鮡科鱼类线粒体基因中RSCU>1的密码子数量均超过30个,且密码子末端碱基多使用A或T,其频率高于C、G(尤其是G)。
三种鮡科鱼类线粒体基因组包括的22个tRNA中除tRNA-Ser的二级结构不能预测出之外,其余的都表现为典型的三叶草结构。
它们各自的tRNA基因组中都出现多处错配,多为U-G错配,发生位置多在T ΨC臂和DHU臂上。
3.本研究支持原鮡属、鰋属和凿齿鮡属是鰋鮡鱼类的三个原始类群这一结论,并提出凿齿鮡属是鰋鮡鱼类的最原始类群。
藏鰋的系统发育位置一直饱受争议,本研究认为鰋属与凿齿鮡属构成单系群,再和原鮡属构成姐妹群。
中国发布首个海洋生物全基因组序列图谱
作为 国家重要 的非转基 因大豆生产基 地,黑龙江 省大豆种植面 积和产量 均 占全 国13 /
以上 , 商品量 占全 国一 半 以上 。 年来 , 龙江 省积 极 向国家 争取 政策 支持 , 黑龙 江省 近 黑 对 油脂加 工 企业 实行 动态 的价格补 贴政 策 , 黑龙江 省建立 非 转基 因大豆 保护 区等保护 性 在 措施扶 持该省 的大豆 产业 , 并组建 起规模 大 、 有强竞 争力 的企业 集 团, 扩大 黑龙江 省 非转
加值 得不到 全面提 升 。天福 集 团拥 有全 球第 一大全 方位 茶事业 集 团的通路 及 品牌优 势 ,
联盟 国际创 新专 业研 发 团队及 国 际化 的业务 体系 。 公司落 户长 沙 后 , 们将 充 分利 用 该 他 已有 的加工 技术 优势 , 全方 位提 升茶 叶 的品位和 档次 , 大 限度地 挖 掘和 提 高优质 茶 的 最
基 因大豆 影响 , 时先行在 省 内实行 非转 基 因食 品强制 标 识, 造“ 同 打 龙江 非转 基 因大豆 ”
品牌 。
( 3 8 6 6 联 人刘 民 0 14 2 1 系 :卫 。 7 )4 9 。
本f 睹 服 惦 务部常 供强 年提 的缈 长 6 生物助长 邮 83 器, 购价: 8 片。 1 元/ 联系电话 9
2 1. 9 00 0
2 1年 7 , 0 0 月 被称 为“ 界茶王 ” 世 的台湾人李瑞 河旗 下的天 福集 团天 美仕 ( 厦门) 生物 科 技 有 限公 司落户长沙 , 此举对湖 南茶 叶产业 的加速发展 和深度 开发将 产生积 极作用 。 湖南省 茶叶 生产虽 然 已具规 模 , 但深度 加工 不够 , 由于加 工技术 不够先 进 , 品的 附 产
鱼类基因组和表观遗传调控研究的进展
鱼类基因组和表观遗传调控研究的进展随着现代生物技术和研究方法的飞跃发展,鱼类基因组学和表观遗传学的研究也进入了一个全新的时代。
这一领域的研究涉及到基因的结构与功能,以及其与环境之间的相互作用,对于深入探究鱼类生存和适应策略、繁育机理以及环境适应性等方面的科学问题具有重要意义。
本文将从鱼类基因组和表观遗传学两个方面着手,介绍近年来鱼类基因组和表观遗传调控研究的进展。
一、鱼类基因组研究的进展近年来,随着高通量测序技术的发展,越来越多的鱼类基因组被测序和解析。
2009年,国际性的鱼类基因组计划Fish Genome Project(FishBase)首次启动,目前已有多个鱼类基因组被测序,如斑马鱼、小麦鱼、大西洋鲑、四川鲤鱼、大清鱼等。
其中以斑马鱼基因组研究最为广泛,其基因组序列长度为1.7Gb,包含26,546个基因。
这些鱼类基因组测序结果不仅为鱼类的进化和系统分类研究提供了重要的参考,同时也为鱼类繁殖、生长发育以及抗病等方面的研究提供了有力的基因组学支持。
除了鱼类基因组测序,还有一些研究探索了鱼类基因组的结构与功能。
比如,近年来有研究发现了一些基因家族在鱼类中的演化与扩张,如肌动蛋白、甲基转移酶等。
另外,还有一些研究探讨了基因拷贝数变异(CNV)在鱼类中的作用,如全基因组CNV分析发现,鲤鱼中与生长发育相关的CNV呈现出定量性状遗传效应。
这些研究不仅丰富了我们对鱼类基因组结构与功能的认识,更有助于深入探究鱼类生态和适应性方面的重大科学问题。
二、鱼类表观遗传调控研究的进展前文所述的鱼类基因组学研究为表观遗传调控研究提供了重要的数据支持,同时鱼类表观遗传学的研究也在不断发展。
表观遗传学指的是影响基因活性而不改变DNA序列的遗传学机制,其中包括DNA甲基化、组蛋白修饰、非编码RNA等。
DNA甲基化是最早被鱼类表观遗传学研究者关注的表观遗传机制之一。
近年来,有研究发现鱼类的DNA甲基化存在个体差异和环境相关性。
中国完成首个鱼类基因组测序
学 的 工作 考 评 机 制 . 索 建 立适 应 我 探
国重 大 动 物 疫病 预 警 预 报 的 方 法等
术 支持 , 持 新 建 、 扩 建 50个 项 支 改 9
目养 殖 场 和 养 殖 小 区 . 以 及 项 目 管
理 、 测 与 评 价 等 。 项 目设 计 上 , 监 在 将
验 检 疫 总局 正 式 批 准 实施 地 理 标 志
报 告 及 疫 情 形 势 分 析 评 估 工 作 开 展 情 况 . 究 分 析 了重 大 动物 疫病 发 生 研 特 点 与 流行 规 律 、 当前 发 生 形 势及 发 展 趋 势 . 下一 阶 段 工作 进 行 部 署 。 就
点 f 题 . 新 Z 作 思 路 。 实 开展 动 l " 创 - 扎
物 疫病 监 测 、 情报 告 与分 析 评 估 及 疫 流行 病 学调 查 等 工 作 . 步提 高监 测 逐
水 平和 疫情 分 析 评 估 质 量 . 得 较 好 取
成效。
授 和 疫情 形势 分 析 交 流 平 台 6 要 进 一 步 健 全 完 善 实验 室 网络 . 坚持 推 行 科
有 的 名 贵 经 济海 水 鱼 类 。 于其 味 道 由 鲜美、 肉质 细 嫩 、 养 丰 富 . 场 价值 营 市 极 高。 国沿海地 区普遍养 殖 . 产 中 年
值迭 1 5亿 - 0亿 元人 民 币 2
剂 。 六是 建 立健 全 科 学评 价 制 度 。 建 立 动 物 疫 情 定 期 分 析 评 估 制 度 和 科
上半年 . 各级 动 物 疫病 预 防 控 制 机 构 按 照农 业 部 统 一 部 署 . 据 国 家 根 动 物 疫 病 监 测 计 划 要 求 . 入 研 究难 深
中国6种经济鱼类的基因组大小测定
收稿日期:2009-12-09;修订日期:2009-12-25.基金项目:国家自然科学基金项目(40976094).作者简介:高静(1988-),女,硕士生,研究方向:海洋动物资源与育种. E -mail:gaojing198836@ 通讯作者:丁少雄,副教授. E -mail:sxding@ 中国6种经济鱼类的基因组大小测定高静1,黄晓红1,曾华嵩1,尤颖哲2,丁少雄1(1.厦门大学 海洋学系,福建 厦门 361005;2.漳州市水产技术推广站,福建 漳州 363000)摘要:采用流式细胞术,以人(Homo sapiens )淋巴细胞DNA含量(7.00 pg/2C )为标准,以鱼的红血细胞为材料,测定中国6种重要经济鱼类条纹斑竹鲨(Chiloscyllium plagiosum )、斜带石斑鱼(Epinephelus coioides )、赤点石斑鱼(Epinephelus akaara )、大黄鱼(Pseudosciaena crocea )、中华乌塘鳢(Bostrichthys sinensis )、大菱鲆(Scophthalmus maximus )的基因组大小(C-值)。
结果显示,这6种经济鱼类的单倍体DNA 含量分别为:条纹斑竹鲨(4.91±0.24) pg;斜带石斑鱼(1.25±0.04) pg;赤点石斑鱼(1.23±0.11) pg;大黄鱼(0.76±0.03) pg;中华乌塘鳢(0.85±0.04) pg;大菱鲆(0.65±0.01) pg。
研究结果可为这6种经济鱼类的种质鉴定提供依据。
此外,根据本研究的实验结果并结合其他鱼类的基因组大小资料,对鱼类基因组大小与其染色体数目及进化地位之间的相关性进行了探讨,对比分析显示,鱼类进化地位越高则DNA含量越少,同时鱼类基因组的大小差异存在复杂性,并不完全与染色体数目相关。
本研究还就鱼类基因组大小的测定方法等问题提出建议,认为应采用流式细胞术和人淋巴细胞作为规范的检测方法和对照标准。
我国完成首个鱼类基因组测序项目
“ 南锋 ”号科考船开 展 中上层 变水层渔 业资源拖 网调查
育 、病 害防 治和健 康 养殖 提供 有 用 的基 因资源 和 技术 支 提供 了基础数据和 经验 。
“ 匙吻鲟人 工批量育苗技术研究” 等两 个项 目通过验收
最近 ,福建 省淡水 水产研 究所承担 的项 目 “ 吻鲟 匙 人工 批量育苗 技术研究 ”和 。 分子 标记用于 常见鳗鲡 品
我国完成首个鱼类基 因组 测序项 目
7 1 月3 日,中国水 产科学 研 究院黄 海水产 研究 所和深 圳华大基 因研 究院联合在京 举行 “ 半滑 舌鳎 全基 因组测序 和基 因组序 列图谱绘制 ”新 闻发布会 。在 科技部 、农业部
“ 南锋” 号 渔业科 学考察船 圆满完成首航 任务
性别分化 和性别决定 的奥秘 ,探索性 别控制 的生物 技术途
பைடு நூலகம்
通 过调查 ,初步 了解 了我 国南海 西沙群 岛附近海 域
径 不仅对于鱼类性别决 定机制 的基 础研究具有 重要 的科学 大洋性头 足类资源及 其栖息环境 状 况,为进一步科学 评 意 义,而且对于半滑 舌鳎养殖产业 的发展具有重要 的应用 估 该海域 中上层渔业 资源量 、开发前景 及摸清主要 作业
价值 和推广前景 。半滑 舌鳎全基 因组 测序产生 的海 量基 因 渔 场积累 了最新 的第 一手数据 资料 。同时 ,还基本 掌握 序 列和巨大遗传信息数 据库将为 揭示 半滑舌鳎性 别决定等 了中层拖 网网具深度 与拖纲 长度及拖速 的相互 关系 ,为
重 要性 状的遗传基础提 供可能 ,同时还为半滑 舌鳎 良种培 撑 。半滑舌鳎 全基 因组 测序 的完成将 为科 学家提供大量 的 重要性状相 关功能基 因和分 子标记 ,将有 利于从功 能基 因 组角度揭示半 滑舌鳎生 长、发育 、繁殖 、性别决定 、性 别 控 制及其他重要 生命现象 的分 子机制 ,建立半 滑舌鳎 品种 改 良的理论基 础 ,为半滑舌鳎性 别控制和基 因组选择育 种
鱼类转基因技术研究进展
鱼类转基因技术研究进展董安然;成智丽;张彤;王宏宇;柏彬彬【摘要】转基因技术作为鱼类育种的新途径,自20世纪80年代第一个转基因鱼模型建立以来,已经历30多年,获得了30多种转基因鱼.在提高生长速度、抗逆性等研究中取得了巨大的成就.本文主要对鱼类转基因研究现状及方向作以综述,并对其发展趋势进行展望.【期刊名称】《江西水产科技》【年(卷),期】2018(000)006【总页数】3页(P17-19)【关键词】鱼类;转基因;外源目的基因;育种【作者】董安然;成智丽;张彤;王宏宇;柏彬彬【作者单位】大连海洋大学水产与生命学院;辽宁省水生生物重点实验室,辽宁大连116023;;;【正文语种】中文【中图分类】S917鱼类是人类重要的蛋白质来源之一,且具有怀卵量大、体外发育,易于观察等特点。
因此,鱼类不但是重要的经济动物也是研究中常用的模式动物。
转基因技术有效打破了动物细胞接纳外源基因的进化壁垒,能将人为筛选改造过的基因遗传给下一代。
相比于传统育种,为培育和改良优质高产、抗逆性强的鱼类新品系提供了更高效的途径。
1985年,朱作言等研制出世界首例转基因鱼并建立了第一个转基因鱼模型,随后英国、法国、美国等几十个实验室开始了转基因鱼的研究[1]。
近几年,美国批准了转基因大西洋鲑(Salmo salar)上市,成为全球第一例准入市场的转基因动物食品[2]。
极大促进了培育安全可靠转基因鱼新品种的步伐。
1 鱼类转基因技术的主要原理及方法1.1 鱼类转基因技术的主要原理鱼类转基因是通过转基因技术,人工操作把外源目的基因导入性细胞系,使外源目的基因整合到动物本身的基因组中,从而外源目的基因随胚胎发育赋予受体动物新的生物学性状并稳定遗传给后代。
如果外源目的基因整合到动物的部分细胞的基因组中,叫作嵌合体动物;而动物所有的细胞均整合外源目的基因,并具有将外源基因遗传给下一代的能力,叫作转基因动物。
可以说,鱼类转基因技术是分子生物学、细胞学、遗传学、胚胎学、发育生物学等学科的综合应用[3]。
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水 产 “ 母 ” 落 户 广 佛 交 界 航
近 日 ,位 于 广 州 荔 湾 区芳 村 花 地 大 道 南 4 8号 的 广 8 州 最 大 的水 产 品 交 易 市 场 — — 广 州海 河 冰 鲜 水 产 市 场 正 式 开 张 营业 。
据 了解 ,作 为 广 州 目前 最 大 的水 产 品 交 易 市场 ,海 河 市 场距 离 佛 山仅 数 百 米 之 遥 ,距 广珠 西 线 、西 南 环 高 速 路 出入 V 仅 几 十米 ,可 直 接 接 驳 广 深 、广 佛 、广 汕 、 I 广 惠 、京 珠 等 高 速 公 路 , 仅 可 辐 射 大珠 三 角 , 可 辐 射 不 还 华 南 地 区 乃 至 全 国 。海 河 市场 将 被 打 造 成 广 州 水 产 “ 航 母” ,年 成 交 额 估 计 达 上 百 亿 元 ,将 对 华 南 乃 至 全 国 水 产 品批 发 市 场 发 挥 更 为 重 要 的作 用 ,实 现 真 正 意 义 上 的
广 东 阳江 渔 船 首 航 南 沙探 捕 金枪 鱼获 成 功
近1 3,粤 阳西 9 2 0、9 2 4两 艘 远 洋 刺 钓 船 停 靠 在 63 3
阳 江 闸 坡 港 码 头 ,几 条 重 达 10多 公 斤 的名 贵 金 枪 鱼 被 0 船 民从 船 舱 冰库 中 吊起 。 广 东 阳 江 渔 业 主管 部 门 于 4月 下旬 组 织 渔 船 远 赴 南
格 在 每 公 斤 6 0元 人 民币 以上 ,最 名 贵 的蓝 鳍 金 枪 鱼 售 0 价 每公斤 近 20 0 0元 ,捕 捞 金 枪 鱼 因 此 成 为 众 多 作 业 方 式 中 经 济 效 益 最 高 的一 种 。此 次 探 捕 已 初 步 掌 握 了南 沙 渔 区 的 金 枪 鱼 资 源 情 况 ,意 味着 阳 江 的 远 洋 捕 捞 船 队 已 具 备 捕 捞 金 枪 鱼 的 生 产 能 力 ,将 大 大提 高 作业 渔 船 的 经 济 效 益
沙 渔 区 探 捕 金 枪 鱼 .启 动 了 中 国 国 内 首 次 金 枪 鱼 渔 汛 的
探 寻 之 旅 。 金 枪 鱼 是 目前 国 际 市 场 上 名 贵 鱼 类 之 一 ,均
式 ,培育 2 个月后鲥 鱼体重达 6 2 以上 ,初 步建立 了 1 9g 工厂化培苗 、养殖技 术体系及技术规 范 ,探 索了减少美 洲鲥应激反应 的驯化措施 ,显著提高 了苗 种和成鱼 的运 输成活率 。同时对养殖美 洲鲥进行 了人工 繁殖试验 ,采 用生 态调控方 法促使 亲鱼 自然 产 卵 ,获得 受精 卵 1 0万 余粒 ,孵 出仔鱼 1 万余 尾 。 ( 李奕雯)
美洲 鲥 工厂 化 苗种 培 育及 养 殖 关 键 技术 研 究硕 果 累 累
7 2 月 9日,由珠江水产研究所承担 的 “ 美洲鲥工厂 化苗种培育及养殖关键技 术研究”项 目在 广东清远市 阳 山县顺利通过验收 。
该 项 目引 进 美 洲 鲥 受 精 卵 3 . 粒 ,进 行 人 工 育 1 6万 苗 ,育苗 成活 率达 到 8 %,孵 出仔鱼 2 . 万 尾 ,育成 8 58 4 5公 分苗 种 2 . 尾 ;研 究 了美洲 鲥 工厂 化 养殖 模 ~ 2 7万
我 国 完成 首个 鱼 类全 基 因 组序 列测 定
黄海水产研 究所 和深圳 华大基 因研 究院于 2 0 0 9年
水 产 品 “ 州 价 格 ” 广 。
河韩江 的一个 支流 ,而韩江是汕头 、梅州 等地居 民重要 的水源地 。受 紫金 矿业 污染影响 ,梅州 大埔县青溪库 区 网箱养 殖户 5 3户 、约 9 0万 斤 鱼 已被全 部 收购 破 网放 养 ,这笔补偿费用 由福建龙岩市政府 支付 ,价格按市场 零售价支付 ,高 于鱼贩收购 的价格 ,但 网箱养 殖户面 临 的问题是 ,等水质复常再养鱼可能要几个月到 1 。 年
沃 尔玛 首 个 海 产 品农 超 对 接 基 地 落户 福 清 兆华 水 产
近 日,沃尔玛 首个海产 品农超对接 养殖基地 落户福 清 ,总面积达 8 0 0 0多亩 。养 殖基地 将 为福建 及周 边 区 域 的消费者提供更 加新 鲜 、安全 的南美 白对虾 ,同时让 2 0 多户福清农户受益 ,预计每年可增收 2 0 多万元 。 00 00 据 了解 ,该 基 地 由福 清兆 华水 产食 品有 限公 司 以 “ 司 +基 地 +农户 ” 的方式 经 营 ,实 行种 苗 、饲料 、 公 用药 、管理 、采 收 的 “ 五统一 ”管理模 式 ,与运输 业 、 饲料 加] 业等 形成完 整 的产业 链 ,将 “ 二 从农场 到餐 桌 ”
镉 、铝 、多氯联 苯 、孔雀石绿等项 目进 行了检验 ,其 中 1 次检验不合 格 ,抽检 合格率 为 9 . 批 9 %,不合 格项 目 4 为孔 雀石绿 。
紫 金 矿 业 污 染 汀 江 福 建 政 府 补 偿 渔 民损 失
7 3日,紫金矿业 紫金 山铜矿 湿法厂发 生铜酸 水 月 渗漏 事故 ,共有 9 0 10方 的含铜酸 水流 人汀江 ,致死 亡 鱼类达数百万斤 。在重 大污染事件发生 9天后 ,紫金矿 业才正式对外公布 。 当地政 府 以每 斤 6块钱 的价 格 全部 收 购养 鱼户 的 鱼 ,死鱼全部深埋 ,作无害化处理 ,活鱼 放 回江 中 ,所 需资金 由政府先行垫付。 此次遭受紫金矿业 污染的汀江 ,是广东省重 要 内陆
的食 品安全 概念 落 实到 产 品上 。该公 司 年产 规模 1 万 吨 ,有着 配套养殖场 80 00多亩 。活虾打捞到运输最快 1 个 多小时 、最迟 4 个小 时。 沃尔玛 中国高级采 购总监黄志平表示 ,农超对接项 目让基地海产 品直达超市 ,将 实现消费者 、农 民和沃尔
玛 “ 赢 ” 的局 面 。 三