内参基因β-Actin简介
关于内参基因的选择
关于内参基因的选择展开全文关于内参基因的选择实验内参,即是在检测细胞内分子表达变化时选择的参照物,其在细胞内的表达相对恒定,在处理因素作用条件下不会发生表达改变的基因。
内参同样可以校正上样量、上样过程中存在的实验误差,保证实验结果的准确性。
1、管家基因最普通的内参是内源性参照基因,也就是管家基因(持家基因,house keeping gene)。
管家基因是一类始终保持着低水平的甲基化并且一直处于活性转录状态的基因,高度保守并且在大多数情况下持续表达。
其表达水平受环境因素影响较小,而且是在个体各个生长阶段的大多数,或几乎全部组织中持续表达,或变化很小,因此常存在于生物细胞核的常染色质中。
它的表达只受启动序列或启动子与RNA聚合酶相互作用的影响,而不受其他机制调节。
管家基因维持细胞最低限度功能所不可少的基因, 如编码组蛋白基因、编码核糖体蛋白基因、线粒体蛋白基因、糖酵解酶的基因等。
这类基因在所有类型的细胞中都进行表达,因为这些基因的产物对于维持细胞的基本结构和代谢功能是必不可少的。
部分人类管家基因列表2、内参基因选择的条件1、不存在假基因,以免基因组DNA的扩增;2、高度或中度表达,避免太高或太低的丰度;3、稳定表达于不同类型的细胞和组织中,表达量无明显差异;4、表达水平与细胞周期、活化等无关;5、不受外源性或内源性因素的影响。
3、不同管家基因在选择管家基因作为内参时,首先要按不同类型的分子选择正确的内参。
曾看到有人用检测miRNA时选择了GAPDH作为内参呢。
a、检测mRNA时的内参通常使用的是GAPDH、beta-actin、tubulin•GAPHDGAPDHGAPDH是糖酵解反应中的一个酶,由4个30-40kDa的亚基组成,分子量146kDa。
该酶基因为管家(house keeping)基因,几乎在所有组织中都高水平表达,在同种细胞或者组织中的蛋白质表达量一般是恒定的,且不受含有的部分识别位点、佛波脂等的诱导物质的影响而保持恒定,故被广泛用作抽提total RNA,poly(A)+ RNA,Western blot等实验操作的标准化的内参。
ACTB基因引物的设计及其在医学本科分子生物学实验教学中的应用
ACTB基因引物的设计及其在医学本科分子生物学实验教学中的应用作者:宋辉张婷禹文峰来源:《高教学刊》2020年第14期摘要:目的針对ACTB基因设计引物,并在医学本科分子生物实验教学中通过聚合酶链式反应(PCR)让学生认识真核基因内含子和外显子结构的特点。
方法通过在线软件Primer-BLAST设计针对ACTB基因的引物,通过改变退火温度,优化PCR体系,同时,结合实验教学结果评价引物的特异性。
结果针对ACTB基因外显子3和外显子4设计了两对引物,引物1和引物2。
引物1在退火温度68℃时,表现出较高的特异性和PCR产量。
以基因组DNA (gDNA)和cDNA为模板,PCR产物大小相差441bp。
以此条件,引物1在实验教学中也表现出较好的效果,目的基因扩增成功率达到90%以上。
结论引物1在退火温度68℃时,利用PCR技术结合琼脂糖凝胶电泳结果,学生们可以形象的理解真核生物基因的结构特点,值得在医学本科分子生物学实验教学中推广。
关键词:ACTB;PCR;真核基因结构;分子生物学;实验教学Abstract: Objective To design specific primer for ACTB and apply it in the molecular biology experiment teaching for medical undergraduate to help them understand the structure characteristics of eukaryotic genes with intron and exon through PCR. Methods ACTB primers were designed using online tool Primer-BLAST. PCR system was optimized by different annealing temperatures. Primer specificity was evaluated based on experiment teaching results. Results Two ACTB primers (primer 1 and primer 2) were designed spanning exon 3 and exon 4. Primer 1 showed high specificity and PCR yield at annealing temperature of 68 ℃. There was 441 bp difference of PCR product between genomic DNA (gDNA) and cDNA as template. Under this condition, we also obtained a satisfied experiment teaching result for primer 1, with more than 90% successful amplification rate of target gene. Conclusion Students can easily understand the structural characteristics of eukaryotic genes byPCR using primer 1 at annealing temperature of 68 ℃, which is worth popularizing in the molecular biology experiment course for medical undergraduates.聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)是一种体外酶促扩增特定DNA片段的分子生物学技术,由变性、退火和延伸三步反应组成,具有特异性强、灵敏度高、操作简便的特点[1]。
内参Beta-actin和GAPDH使用的局限性
内参Beta-actin和GAPDH使用的局限性大部分科研新手接触到的第一个实验就是蛋白免疫印迹(Westernblot e Immunoblotting)。
做这个实验最基本的步骤就是内参的选择,但是各位小伙伴有没有想过你为什么要用Beta-actin,又或者是GAPDH。
我相信你一定听师兄师姐说过“都一样”,“哪个能和目的蛋白分开就用哪个”、要么就是“以前一直用的哪个所以就用哪个”。
那么小伙伴你们觉得,真的是这么随意选择的吗?今天我就跟大家一起探讨一下两大内参 Beta-actin 和 GAPDH 使用的局限性。
Beta-actin: 脊椎动物 actin 分为α、β 和γ 三种类型,α 型主要表达于心肌和横纹肌细胞中,β 及γ 型主要表达于非肌细胞中 (这句来自百度百科)。
那么Beta-actin 的局限性具体体现在哪里呢?Angela Dittmer 等人通过使用不同抗体配比浓度 Beta-actin (1:1000, 1:2000, or 1:4000, Cell Signaling #4967) 以及不同的总蛋白质量(3.8 μg、7.5 μg、15 μg)进行实验,结果发现:1:1000 稀释时,三种总蛋白浓度的条带区别不大;而当1:4000 稀释时,才能看到Beta-actin蛋白表达会随着总蛋白质量的升高而变化(Figure 1)。
之后作者采用不同蛋白质量(0.06 μg、0.12 μg、0.23 μg、0.47μg、0.94 μg、1.88 μg、3.75 μg、7.5 μg)继续进行实验,结果显示,当总蛋白超过一定质量时,Beta-actin 条带的灰度值将不会再随着总蛋白质量的升高而升高。
换而言之,你一个样品的总蛋白质量是1.88 μg,另一个样本的总蛋白质量是7.5 μg,结果两个样本的Beta-actin 条带一摸一样(Figure 2)[1]。
怎么样,意不意外,惊不惊喜。
内参基因的概念
内参即是内部参照,它们在各组织和细胞中的表达相对恒定,在检测基因的表达水平变化时常用它来做参照物。
其作用是校正上样量、上样过程中存在的实验误差,保证实验结果的准确性。
借助检测每个样品内参的量就可以用于校正上样误差,这样半定量的结果才更为可信。
一般要选择一个在处理因素作用的条件下不会发生表达改变的基因作内参。
在进行基因研究的过程中,实时反转录 PCR也和传统的mRNA定量方法如 Northern b lot技术等一样, 要求使用参照基因以校正转录效率和 cDNA用量, 弥补制备过程中样本纯度和浓度的差别, 使不同样本之间目的基因的比较成为可能,以期获得真实可靠的结果。
大多数分析方法中这些差别可通过与内参照比较处理消除。
最普通的内参照是内源性参照基因,也叫管家基因。
管家基因:又称持家基因(house-keeping genes)生物体各类细胞中都表达,其产物是对维持细胞基本生命活动所必需的蛋白质编码的基因。
如微管蛋白基因、糖酵解酶系基因与核糖体蛋白基因等。
是为维持细胞基本生命活动所需而时刻都在表达的基因。
管家基因表达水平受环境因素影响较小,而是在个体各个生长阶段的大多数、或几乎全部组织中持续表达,或变化很小。
它的表达只受启动序列或启动子与RNA聚合酶相互作用的影响,而不受其他机制调节。
管家基因高度保守并且在大多数情况下持续表达,因此管家基因常被用于分子技术--多位点基因分析。
内参基因通常是各种看家基因,在细胞内组成稳定性表达,有助于保持细胞的功能。
理想的内参基因应该满足以下条件:1, 不存在假基因(Pseudogene),以避免基因 DNA的扩增; 2,高度或中度表达,排除低表达; 3,稳定表达于不同类型的细胞和组织(如正常细胞和癌细胞),而且其表达量是近似的,无显着性差别; 4,表达水平与细胞周期以及细胞是否活化无关;5, 其稳定的表达水平与目标基因相似;6, 不受任何内源性或外源性因素的影响,如不受任何实验处理措施的影响.近年来的研究发现:这些常用内参基因均存在缺陷,在不同类型的细胞和组织细胞增殖和器官发育的不同阶段体外培养各种实验条件等情况下它们的表达量通常变异较大。
β-Actin抗体-β-Actin内参抗体
β-Actin抗体推荐—高效价的Beta-Actin内参抗体Actin即肌动蛋白,是细胞的一种重要骨架蛋白。
Actin大致可分为六种,其中四种是不同肌肉组织特异性的,其余两种广泛分布于各种组织中,包括β-actin和γ-non-muscle actin。
β-actin作为内参是得到了公认的,这是针对大多数组织和细胞来说的,它广泛分布于细胞浆内,表达量非常丰富,其含量占所有细胞总蛋白的50%。
但是在一些少量特殊的情况下,如脂肪组织或细胞内,β-Actin的表达量就很少。
β-actin由375个氨基酸组成,分子量大小为42-43kDa左右。
如何选择合适的β-Actin抗体?内参抗体虽然选择较多,但是也需要遵循一定的原则,并契合实际的应用要求。
首先,我们需要考虑目的蛋白的大小,我们推荐内参要与检测的目的蛋白的分子量最好相差5KD以上,因此你需要根据你目的检测蛋白的分子量来选择合适的内参,由于β-Actin的检测分子量大约在42kD,因此该内参抗体不是很适合用于检测38kD-48kD大小目标蛋白的WB实验中。
另外,虽然β-Actin是最合适的内参抗体之一,但是在某些条件下,一些因素也会导致样品间β-Actin含量的变化。
特别需要注意的是,在脂肪组织里,β-Actin的表达量非常低,不适合作为内参。
很耐用,质量也很稳定,购买后放了一年了,拿出来用效价还是很高,后来买了他们大包装的,直接定制的5ml,很推荐。
——北京工业大学生命科学与生物工程学院一客户另外,我们还需要考虑自己的需要,特别是实验应用上的需要。
一般来说,应用类型越多,在使用过程中的选择余地就越大,而小鼠源的单克隆抗体一般在特异性、稳定性以及效价都要优于多克隆抗体。
另外,抗体的效价也是考察该抗体性价比的重要方面,也即相当于实际应用时的稀释比率。
一个效价高的100μl β-Actin抗体(假如其WB检测的稀释比率是1:5000,最终使用液相当于500ml),要比效价低的1ml的β-Actin抗体(假如WB检测的稀释比率是1:200,最终使用液相当于2ml)性价比更高。
β-actin内参蛋白的cas号
β-actin内参蛋白的cas号β-actin蛋白(CAS号:60-19-5)是一种高度保守的细胞骨架蛋白,广泛存在于多种细胞中。
作为一种内参蛋白,β-actin蛋白在细胞中起着重要的结构和功能作用。
β-actin蛋白属于肌动蛋白家族,是细胞骨架中的主要成分之一。
细胞骨架是维持细胞形态的重要支架结构,同时参与细胞的运动、分裂、黏附等生命活动。
β-actin蛋白通过与其他蛋白相互作用,组装成肌动蛋白丝,进而形成细胞质中的肌动蛋白束和微丝网络。
这些肌动蛋白丝和微丝网络不仅决定了细胞的形状,还参与了细胞的运动和分裂过程。
作为内参蛋白,β-actin蛋白在生物学研究中具有重要的应用价值。
由于其广泛存在于多种细胞中且表达稳定,β-actin蛋白常被用作实验中的参照物,用于校正样品中的目标蛋白表达水平。
在基因表达研究中,通过比较目标基因与β-actin基因的相对表达水平,可以得出目标基因在不同条件下的表达变化情况。
此外,β-actin蛋白还在细胞迁移、细胞黏附、细胞凋亡等研究中扮演重要角色。
β-actin蛋白的表达水平可以通过多种方法进行检测。
常用的方法包括免疫印迹(Western blotting)、定量PCR(qPCR)、免疫组化等。
其中,免疫印迹是最常用的方法之一。
通过将细胞裂解提取蛋白,经过电泳分离后,使用特异性的抗β-actin抗体与蛋白结合,再通过二抗识别结合的抗体,最终通过染色反应可检测到β-actin蛋白的表达水平。
定量PCR也可以用来检测β-actin基因的表达水平,通过比较β-actin基因的PCR产物与目标基因PCR产物的相对表达水平,可以得到目标基因的表达变化情况。
除了作为内参蛋白,在一些疾病研究中,β-actin蛋白的异常表达也引起了科学家的关注。
研究发现,在某些肿瘤细胞中,β-actin 蛋白的表达水平发生了改变,这与肿瘤细胞的增殖、侵袭和转移等生物学行为密切相关。
因此,β-actin蛋白的异常表达可能成为某些肿瘤的标志物,有望为肿瘤的早期诊断和治疗提供新的线索。
β-actin基因名称
β-actin基因名称β-actin基因是一种编码肌动蛋白的基因,也称为ACTB基因。
肌动蛋白是细胞骨架的组成部分之一,参与细胞的形态维持、细胞运动以及肌肉收缩等重要生理过程。
β-actin基因在多种生物体中都存在,包括人类、大鼠等。
β-actin基因位于人类基因组中第7号染色体上的q22.1区域。
它的序列长度约为2.3千碱基对,编码一个由375个氨基酸组成的蛋白质。
β-actin蛋白具有高度保守性,不仅在不同物种中高度保持一致,而且在同一物种的不同组织和发育阶段中也保持高度相似。
β-actin基因的启动子区域含有多个转录因子结合位点,这些转录因子能够调控基因的表达。
例如,转录因子如SRF (serum response factor)和MEF2 (myocyte enhancer factor 2)可以结合在β-actin基因启动子区域上,促进基因的转录和表达。
此外,其他转录因子如NF-κB (nuclear factor-kappa B)、Sp1 (specificity protein 1)和AP-1 (activator protein 1)等也可能与β-actin基因的转录调控相关。
β-actin基因表达在细胞中具有广泛的分布,是许多实验中常用的内参基因或控制基因。
在细胞培养和研究中,人们通常使用β-actin基因来校正目标基因的表达水平,以减小实验误差。
与此同时,β-actin基因也作为一个控制基因,用于验证实验中的蛋白质定位和拷贝数等情况。
然而,近年来有研究表明,在某些条件下,β-actin 基因的表达水平也可能发生变化,因此在实验中使用β-actin基因作为内参应谨慎处理。
β-actin基因的功能不仅仅局限于细胞的形态维持和运动调节。
研究显示,β-actin基因的异常表达与多种疾病的发生发展相关。
例如,在肿瘤细胞中,β-actin基因的过表达或丢失可能与肿瘤的侵袭和转移有关。
此外,β-actin基因也与神经系统疾病的发生相关,如阿尔茨海默病和帕金森氏症。
内参蛋白选择
生命活动离不开蛋白质,作为生命活动的承担者,蛋白质一直都是主要的研究对象。
蛋白免疫印迹(Western Blot)是对目的蛋白进行检测、分析以及定量的一种技术。
也是检测蛋白表达的最常用的方法。
对于WB实验中,如果想结果不被质疑,内参对照是必不可少的。
内参是指由细胞中管家基因编码的蛋白,其在各组织细胞中的表达相对稳定,因此在测定目的蛋白的相对水平时常用它做对照物。
内参的种类很多,其中最常用的三大金刚是β-actin(肌动蛋白)、β-tubulin (微管蛋白)、GAPDH(甘油醛-3-磷酸脱氢酶)。
内参的作用:
校正作用,在蛋白定量及上样过程中不可避免的存在误差,在内参参与条件下以保证实验数据的准确性。
作为空白对照,检测蛋白转膜是否完整及发光显色等过程是否正常。
内参的选择因素:
1) 样本种属: 2) 目的蛋白的表达定位: 3) 目的蛋白的分子量: 4) 组织特异性: 5) 特殊的实验条件: 生命活动离不开蛋白质,作为生命活动的承担者。
β-actin mouse primer 序列
β-actin mouse primer 序列β-actin(β-肌动蛋白)是一种高度保守的紧张蛋白,在多种细胞类型中广泛表达,具有重要的细胞骨架结构和功能。
由于其表达水平稳定且在多种实验研究中被广泛应用,β-actin的引物序列和扩增方法成为了常用的内参控制方法之一。
以下是β-actin鼠引物的序列:前向引物:5'-AGCCATGTACGTAGCCATCC-3'逆向引物:5'-GACTCCATCACAATGCCAGT-3'β-actin的引物序列具有较高的特异性和敏感性,可以在小样本量和低表达水平中成功扩增目标DNA片段。
这些引物通常用于构建基因克隆、全长基因测序以及实时定量PCR等实验技术中。
β-actin引物序列的设计遵循以下原则:首先,引物的长度通常在18-30个核苷酸之间,以确保DNA片段的特异性扩增;其次,前向引物和逆向引物的碱基组成应具有互补性,以促进引物与靶标DNA的结合;最后,引物的序列应尽量避免重复序列和二聚体形成,以减少非特异性扩增的可能性。
在实验中,提取的小鼠组织或细胞总RNA可以用于合成cDNA,作为β-actin的模板。
通常情况下,β-actin的扩增条件为:95℃预变性3分钟,接着是30个循环,每个循环包括94℃变性30秒、55℃退火30秒和72℃延伸60秒。
最后,在72℃下延伸10分钟,保存于4℃。
对于β-actin鼠引物的扩增产物,可以通过琼脂糖凝胶电泳分离和可视化,也可以通过实时定量PCR技术进行定量分析。
实时定量PCR 是一种精确测定标靶分子水平的技术,可以根据扩增曲线的剩余荧光信号量测出样品中目标分子的初始浓度。
综上所述,β-actin鼠引物在基因克隆、全长基因测序以及实时定量PCR等实验中具有重要的应用价值。
它可以作为内参控制方法,用于校正样品差异,提高实验结果的准确性和可比性。
同时,这些引物序列的广泛应用也为相关研究提供了便利和参考。
β-actin mouse primer 序列 -回复
β-actin mouse primer 序列-回复什么是β-actin小鼠引物序列?该序列的重要性是什么?如何设计并评估这些引物?这些问题将在下面的文章中依次回答。
Beta-actin(β-actin)是一种细胞骨架蛋白质,在细胞的结构和功能中起着重要作用。
β-actin在多个细胞类型中广泛表达,并且其表达水平相对稳定。
因此,β-actin常用作实时定量PCR(qPCR)或RT-qPCR的内参基因,来校正不同样本之间的变异。
要使用β-actin小鼠引物序列进行PCR实验,首先需要设计适当的引物。
设计引物时,需要考虑引物的特异性和扩增效率。
特异性是指引物只与β-actin基因的特定区域互补配对,而不与其他基因或序列结合。
为了确保特异性,可以使用生物信息学工具来搜索引物序列,以保证没有与其他基因相关的目标序列。
此外,需要确保引物对β-actin的亲和性较高,以确保扩增效率。
设计合适的β-actin小鼠引物还需要考虑引物的长度、GC含量和熔解温度(Tm)。
引物长度通常在18-25个碱基对之间,过短的引物可能导致扩增效率低下,而过长的引物可能导致扩增特异性下降。
引物的GC含量通常应在40-60之间,以确保引物的稳定性和特异性。
此外,引物的Tm也是设计引物时需要考虑的因素之一。
引物的Tm应在50-65C之间,以确保引物与目标序列的特异性结合。
一旦设计好了β-actin小鼠引物序列,就需要对其进行评估。
首先,可以使用生物信息学软件来预测引物的二级结构和互补性,以确保引物没有形成不稳定的结构或与其他互补序列结合。
其次,可以进行体外PCR验证,通过扩增出特定长度的DNA片段来确认引物的特异性和扩增效率。
此外,还可以进行序列比对和BLAST分析,将扩增产物的序列与已知的β-actin小鼠引物序列进行比较,以确保扩增产物与目标序列一致。
在实验中使用β-actin小鼠引物序列进行PCR可以提供一种准确测量基因表达水平的方法。
西伯利亚鲟β-actin基因cDNA全长克隆、序列分析及其作为内参基因的应用研究
西伯利亚鲟β-actin基因cDNA全长克隆、序列分析及其作为内参基因的应用研究施志仪;程千千;宋佳坤【摘要】采用同源克隆和RACE技术获得西伯利亚鲟(Acipenser baerii)β-actin 基因cDNA全长,序列分析表明西伯利亚鲟β-actin基凶cDNA全长1322 bp,其包括的137 bp的5'端非翻译区,57 bp的3'端非翻译区和编码375个氨基酸残基的1128 bp开放阅读框.与其他物种比对,该基因具极高的保守性.同时也利用同源克隆技术获得了两伯利亚鲟Sox2基因的同源保守区,该序列长768 bp,编码256个氨基酸,也具较高的保守性,与其他物种的相似性在70%以上.以β-actin作为内参基因,对Sox2基因在西伯利哑鲟成鱼各组织及胚胎发育各时期进行实时荧光定量PCR检测,发现Sox2基因在不同组织中均有表达.其中,在肝、胰、肾、脑4个组织中表达量差距不大,均处于相对较低的水平,在肌肉组织中表达量最高,达到了肝脏的10.4倍.同时Sox2基因虽在西伯利亚鲟胚胎发育各时期均有表达,但表达也具明显的时间差异性.在受精卵期、囊胚期Sox2基因的相对表达量较低,在原肠期、神经胚期、视泡形成期和心脏形成期Sox2基因相对表达量较高,且在心脏形成期达到最高点.本研究为量化西伯利亚鲟发育分化过程中相关基因提供了坚实的参照工具,增加了后续试验的可信度,同时可为今后深入研究西伯利亚鲟Sox2在侧线神经节分化发育、细胞迁移过程中的作用提供基础参考依据.【期刊名称】《中国水产科学》【年(卷),期】2010(017)006【总页数】10页(P1173-1182)【关键词】西伯利亚鲟;β-actin;cDNA全长克隆;Sox2;内参基因【作者】施志仪;程千千;宋佳坤【作者单位】上海海洋大学,水产与生命科学学院,上海,201306;上海海洋大学,水产与生命科学学院,上海,201306;上海海洋大学,水产与生命科学学院,上海,201306【正文语种】中文【中图分类】Q786%S917西伯利亚鲟(Acipenser baerii)隶属鲟形目(Acipenseriformes)、鲟科(Acipenseridae)、鲟属(Acipense),为软骨硬鳞鱼,分布于西伯利亚河流和湖泊。
β–actin内参蛋白
β–actin内参蛋白β-actin是一种内参蛋白,是细胞骨架中的一个组成部分。
它是一种高度保守的蛋白质,在许多物种中都能找到。
在生命体系中,β–actin参与有许多重要的生物学过程,例如肌肉收缩、细胞运动、细胞架构调节等等。
因此,作为一种常用的内参蛋白,β–actin被广泛应用于基因表达研究中。
1. β–actin的基本结构β–actin是一种小分子蛋白,其分子量大约在42kDa 左右。
该蛋白主要由375个氨基酸组成。
这些氨基酸的顺序和组合方式在不同物种中大多数是相同的,但仍有一些不同点。
β–actin的分子结构分为两个主要部分:头部和尾部。
头部有两个重要胺基酸,即1号和4号位,其中1号位有一个ADP分子结合,而4号位则与一个钙离子结合。
β–actin的尾部则由四个区段组成。
这四个区段包括一段可变区域、一段中等长度的高度保守区域、一段短的变化不大的区域以及一个二聚化区域。
2. β–actin的作用β–actin在细胞中的作用主要涉及两个方面:细胞骨架构建和细胞信号传导。
在细胞骨架构建过程中,β–actin通过其结构上的高度可变区和可二聚化区域与其他蛋白质(如肌动蛋白和丝素蛋白)相互作用,形成多种不同类型的细胞骨架。
这些骨架为细胞提供了支持并促进了细胞的运动和形态改变。
在细胞信号传导方面,β–actin与一些信号转导因子(如PI3K、PDK1和PTEN等)结合,参与了许多细胞分化、增殖和凋亡等生物学过程的调节。
3. β–actin的应用由于其高度保守的特性,β–actin被广泛应用于基因表达研究中。
它可以作为内参蛋白在推测和修正反转录PCR、免疫印迹以及其他光谱和质谱研究中进行定量。
β–actin的稳定性和表达量均匀性都被公认为比较好,因此它广泛地被用作一个可靠的内参蛋白。
但是,需要注意的是,β–actin的表达会受到某些因素的影响而发生变化。
例如,温度、氧气水平、细胞密度等都可能对它的表达产生影响,因此在使用β–actin 作为内参蛋白时需要注意这些因素。
β–actin内参蛋白
β–actin内参蛋白β-actin内参蛋白是一种广泛存在于哺乳动物细胞中的蛋白质,在细胞骨架的维持、细胞运动、细胞分裂等过程中发挥着重要作用。
由于其在不同组织和细胞中表达量相对稳定,被广泛应用于基因表达研究中的内参蛋白。
β-actin内参蛋白的结构和功能β-actin是一种细胞骨架中的主要成分,其分子量约为42kDa,由375个氨基酸组成。
β-actin蛋白具有高度保守性,在哺乳动物中的同源性高达98%以上。
β-actin蛋白结构类似于肌动蛋白,由两个相同的亚基组成,每个亚基由四个结构域组成:N末端区域、螺旋区域、转折区域和C末端区域。
β-actin蛋白在细胞内定位于细胞膜和细胞质中,参与细胞的运动和形态的维持。
β-actin内参蛋白的应用在基因表达研究中,内参蛋白的选择十分重要,因为内参蛋白的稳定性和表达量直接影响到实验结果的准确性。
β-actin内参蛋白由于其广泛存在于细胞中、表达量相对稳定等特点,被广泛应用于基因表达研究中的内参蛋白。
在实验中,通常采用荧光定量PCR(qPCR)或Western blot等技术来检测β-actin内参蛋白的表达水平。
在qPCR实验中,通常使用β-actin基因作为内参基因,通过比较不同样品中β-actin基因的表达水平来确定目标基因的表达水平。
在Western blot实验中,通过检测β-actin蛋白的表达水平来确定目标蛋白的表达水平。
β-actin内参蛋白的局限性和注意事项尽管β-actin内参蛋白在基因表达研究中应用广泛,但也存在一些局限性和注意事项。
首先,β-actin内参蛋白的表达水平受到细胞状态、组织类型、生理状态等因素的影响,因此在选择内参蛋白时需要根据实验的具体情况进行选择。
其次,在使用β-actin内参蛋白进行实验时,需要注意控制实验条件的一致性,避免实验误差的产生。
总结β-actin内参蛋白作为一种广泛存在于哺乳动物中的蛋白质,在基因表达研究中发挥着重要作用。
actin内参分子量
actin内参分子量Actin内参分子量是指在细胞中发挥重要功能的一种蛋白质,它的分子量约为42kDa。
在细胞中,Actin起着支撑细胞结构、维持细胞形态和参与细胞运动等关键作用。
Actin是一种高度保守的蛋白质,存在于所有真核细胞中,包括动物、植物和真核微生物。
它是细胞骨架的重要组成部分,参与细胞的各种运动和形态变化。
Actin通过与肌动蛋白结合形成肌纤维,在肌肉收缩中发挥重要作用。
此外,Actin还参与细胞内运输、细胞质分裂和细胞外基质的重塑等生物学过程。
Actin蛋白质由两种主要亚型组成,即α-Actin和β-Actin。
它们在氨基酸序列上有一定的差异,但在细胞功能中起着类似的作用。
α-Actin主要存在于肌肉组织中,而β-Actin则广泛分布于细胞内的各个区域。
Actin的分子量决定了其在细胞内的动态行为。
Actin分子通过聚合和解聚的方式参与细胞的运动和形态变化。
在细胞骨架中,Actin 分子以长丝状的形式组成F-Actin,它们可以通过聚合和解聚来调节细胞的形态和运动。
在细胞运动中,Actin参与肌动蛋白的收缩和细胞的伸展,从而推动细胞的移动。
Actin的动态行为受到多种调控因子的影响。
其中包括丝氨酸/苏氨酸磷酸化、肌动蛋白结合蛋白和调节剂等。
这些因子可以调节Actin的聚合和解聚速率,从而控制细胞的形态和运动。
除了在细胞内发挥重要功能外,Actin还参与一些重要的细胞外过程。
例如,在肿瘤侵袭和转移过程中,Actin参与细胞的浸润和迁移。
此外,Actin还参与神经元的突触形成和重塑,对于神经元的正常功能和学习记忆起着重要作用。
总结起来,Actin内参分子量约为42kDa,它是细胞骨架的重要组成部分,参与细胞的形态变化和运动。
Actin的动态行为受到多种调控因子的影响,通过聚合和解聚来调节细胞的形态和运动。
此外,Actin还参与细胞外过程,如肿瘤侵袭和转移以及神经元的突触形成和重塑。
深入了解Actin的功能和调控机制对于揭示细胞生物学的奥秘具有重要意义。
内参基因βactin质粒标准品的构建
万方数据万方数据i玉棘.等i内参基因B.actin质粒标推品的构建R']'矽Rwww.cRreR.org标准品1.0uL、ddH208.0uL。
LightCyclerRealTimePCR扩增仪扩增,反应条件为95℃预变性5S,95℃变性5S,60℃退火/延伸20S,共40个循环。
主要观察指标:①RNA质量检测结果。
②扩增的目的片段电泳结果。
③B.actin基因测序结果。
④标准品的扩增情况。
设计、实施、评估者:实验设计为第二作者,干预实施为第一、三、四作者,结果评估为第五作者,均经过系统培训,未使用盲法评估。
.2结果2.1RNA质量检测结果核酸分析仪检测抽提成人外周血总RNA,Avoo/A2舳比值为1.8-2.0,提示总RNA质量较好。
取5uLRNA经1.5%琼脂糖凝胶电泳,清晰显示3条带,提示总RNA完整性较好,见图1。
2.2扩增的目的片段电泳结果扩增的PCR产物50uL上样1.5%琼脂糖平板电泳,出现186bp的目的片段,见图2。
1SSN1673,8225CN21—15391RCODEN:ZLKHAH2.3B.actin基因测序结果B.actin质粒测序结果与原B.acting]物序列用primerpremier5软件比对,一致率为100%,见图3。
2.4标准品的扩增将Ct值与不同浓度标准品的对数值拟合作图,得出的标准曲线显示,Ct值和模板起始浓度对数值之间具有较好的线性关系(舻=1),见图4。
3讨论在实时荧光定量聚合酶链反应中,模板定量有两种9503万方数据万方数据内参基因β-actin质粒标准品的构建作者:王玉林, 史进方, 蔡惠芬, 樊一笋, 顾国浩, Wang Yu-lin, Shi Jin-fang, Cai Hui-fen, Fan Yi-sun, Gu Guo-hao作者单位:苏州大学附属第一医院检验科,江苏省临床免疫学实验室,江苏省苏州市,215006刊名:中国组织工程研究与临床康复英文刊名:JOURNAL OF CLINICAL REHABILITATIVE TISSUE ENGINEERING RESEARCH年,卷(期):2008,12(48)被引用次数:0次1.Bustin SA.Benes V.Nolan T Quantitative real-time RT-PCR-a perspective 2005(03)2.Espy MJ.Uhl JR.Sloan LM Real-time PCR in clinical microbiology:applications for routine laboratory testing 2006(01)3.陈凤花.王琳.胡丽华实时荧光定量RT-PCR内参基因的选择[期刊论文]-临床检验杂志 2005(05)4.Révillion F.Pawlowski V.Hornez L Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase gene expression in human breast cancer 2000(08)5.Vila MR.Nicolas A.Morote J Increased glyceroldehyde-3-phosphate dehydrogenase expression in renal cell carcinoma identified by RNA-based,arbitrarily primed polymerase chain reaction 2000(01)6.Mori R.Wang Q.Danenberg KD Both beta-aetin and GAPDH are useful reference genes for normalization of quantitative RT-PCR in human FFPE tissue samples of prostate cancer 2008(14)7.ZhuG.ChangY.Zuo J Fudenine,aC-terminai truncated rat homologue of mouse prominin,is blood glucose-regulated and can up-regulate the expression of GAPDH 2001(04)8.Tricarico C.Pinzani P.Bianchi S Quantitative real-time reverse transcription polymerase chain reaction:normalization to rRNA or single housekeeping genes is inappropriate for human tissue biopsies 2002(02)9.Lossos IS.Czerwinski DK.Wechser MA Optimization of quantitative real-time RT-PCR parameters for the study of lymphoid malignancies 2003(04)10.Ghosh T.Soni K.Scaria V MicroRNA-mediated up-regulation of an alternatively polyadenylatedvariant of the mouse cytoplasmic {beta}-actin gene 200811.Holford NC.Sandhu HS.Thakkar H Stability of beta-actin mRNA in plasma 20081.期刊论文陈可.王增产pcDNA3.1载体对内参基因表达影响分析-重庆医科大学学报2010,35(6)目的:研究转染质粒pcDNA3.1对内参基因表达影响差别,为今后在采用pcDNA3.1载体进行表达分析时内参基因的选择提供参考.方法:选用HepG2、HEK293、Hela、A549、QGY共5种细胞转染pcDNA3.1空载体质粒,转染后48 h提取细胞总RNA荧光定量PCR法比较内参基因甘油醛-3-磷酸脱氢酶(Glyceraldehyde-3-phosphste dehydrogenase,GAPDH)、肌动蛋白(β-actin)、18sRNA表达水平差异,提取细胞总蛋白,检测GAPDH、β-actin表达水平差异.结果:5种细胞在转染质粒pcDNA3.1后,内参基因转录和蛋白表达均出现不同程度的下降,其中以β-actin下降最为明显,GAPDH及18sRNA在转录水平下降幅度小,且下降程度接近.结论:pcDNA3.1质粒转染造成基因表达非特异性抑制,其中对管家基因β-actin影响较大,因此在应用pcDNA3.1来源载体进行基因功能分析时,不推荐使用β-actin作为内参基因.2.期刊论文周瑞雪.蒙涛.孟海波.陈敦学.宾石玉.成嘉.符贵红.褚武英.张建社.ZHOU Rui-Xue.MENG Yao.MENGHai-Bo.CHENG Dun-Xue.BIN Shi-Yu.CHENG Jia.FU Gui-Hong.CHU Wu-Ying.ZHANG Jian-She鳜鱼基因表达转录分析中的内参选择比较-动物学研究2010,31(2)目前基因表达的转录分析多采用单一或多个看家基因作为内参柬校正目的基冈的表达量.该实验以鳜鱼6个不同组织和5个不同胚胎发育阶段为研究对象,应用实时荧光定量PCR技术,观察了GAPDH、β-actin和18SrRNA三个看家基因mRNA水平的表达情况.geNorm统计分析表明,胚胎发育阶段β-actin表达最为稳定;不同的组织样品间,GAPDH表达最为稳定:而18SrRNA的表达在不同的发育阶段不稳定.当利用多基因作为内参时,使用两个最稳定表达的看家基因即可对目的基因的表达进行准确校正.该结果证实了基因表达转录分析中内参基因选择的必要性,同时为鳜鱼等鱼类基凶表达分析时内参基因的选择提供有价值的参考.3.学位论文孙俊红大鼠肌肉挫伤后组织中时间相关基因表达的研究2009目的: 运用差异显示技术结合硝酸银染色筛选大鼠肌肉挫伤后与正常肌肉表达差异的基因,并通过Real—timePCR方法研究差异基因与损伤时间的关系,旨在寻找一种或几种与损伤相关的敏感基因,为法医学损伤时间推断提供科学、有效的指标。
内参基因的选择
内参基因的选择关于内参基因的选择很多初级的实验人员很少会去思考这个问题,因为摆在面前的只有两种选择,β-actin和GAPDH,甚至在很多人长期的观念中对于内参的认知也仅仅停留在是一个表达量相对较高较稳定的看家基因,对于分子层面相对表达量的一个重要参照而已,至于为什么要选这两种,还有没有其他的内参,人们的回答往往是“Sorry,I don’t care.”或者“我的前辈就是这样用的,别的文献是这样写的,有问题吗?”。
有问题吗?BioTNT要在这里大声的疾呼“有,而且是很大的问题。
”当人们检测某个基因的表达降低或者提高得出结果以后,你并不知道是它本身的表达量发生变化,还是因为样本量大小或者操作导致RNA的损失等其他原因导致的表达量变化,所以这个时候需要同时检测另外的基因作为参照。
这另外的基因就是内参基因。
于是,从我们本身科学的要求来看,理想的内参就会有这样几个条件,1、表达量较大;2、稳定表达于不同类型的细胞和组织;3、表达水平与细胞周期以及细胞是否活化无关;4、不受任何内源性或外源性因素的影响;5、不存在假基因,以避免基因组DNA 的污染扩增。
请注意这是理想的内参,让我们来一个一个看看我们常见的经典内参是不是真的够理想呢?第一,是β-actin,即β肌动蛋白。
我们先要来看看actin是什么,所谓的actin肌动蛋白,是细胞的一种重要骨架蛋白,大致可分为六种,其中四种是不同肌肉组织特异性的,包括α-skeletal (骨骼)、cardiac (心)、smooth (平滑)muscle actin和γ-smooth muscle actin,其余两种广泛分布于各种组织中,包括β-actin和γ-non-muscle actin。
这些不同的亚型组织分布是不一样的,在肌肉组织中的beta-actin分布就很少,心肌主要是α-cardiac muscle actin。
显而易见,如果我的研究模型是心或者是骨骼,β-actin作为内参显然就不合适。
PCR内参:选还是不选?,PCR内参,RT
PCR内参:选还是不选?,PCR内参,RT生物帮> 专题> 实验技术> 分子> PCR内参:选还是不选?导读:内参即是内部参照,它们在各组织和细胞中的表达相对恒定,在检测基因的表达水平变化时常用它来做参照物。
常用的PCR内参有GAPDH 、β- actin 、18sRNA、28sRNA 、B2M、ACTB、SDHA、HPRT1、ARBP内参基因等。
本专题就PCR实验中遇见的有关于内参的一些问题作出总结,以供读者参考。
PCR内参基因介绍GAPDH简介内参基因β-Actin简介实时荧光定量PCR 中内参基因的选择内参基因的概念和作用PCR内参基因介绍基因表达转录分析中内参基因的选择目前基因表达的转录分析多采用单一看家基因作为内参来校正目标基因的表达量.实验中以人肝癌BEL-7402细胞为研究对象,应用[详细]海带配子体18S rRNA 基因作为内参基因的应用通过基因克隆和序列测定,获得了海带( Laminaria japonica) 配子体的18S rRNA 基因序列,其长度为1 716bp ,GenBank 登录号为EU293553。
以蓝[详细]白纹伊蚊β2肌动蛋白基因片段作为基因表达内参目的获取白纹伊蚊β2肌动蛋白基因序列并探讨其作为基因表达内参照的作用。
方法根据昆虫β2肌动蛋白核苷酸序列[详细]常用的内参基因及其使用范围包括GAPDH 、β- actin(BETA-actin) 、18sRNA、28sRNA 、B2M、ACTB、SDHA、HPRT1、ARBP内参基因等。
[详细]常用的β-actin 引物序列常用的β-actin 引物序列[详细]RT-PCR常用引物序列引物应该用TE稀释。
oligo在酸性条件下是不稳定的,容易降解,如果用水溶解引物,无法保证pH值,如果合成引物纯化不好,造[详细]PCR内参常见问题汇总内参能跑出来但为何我的cDNA总是不稳定?我要做荧光定量试验,师姐做的定性,我能共用RT-PCR电泳照片有问题qPCR 目的基因与内参是不是要在同样体系里扩增斑马鱼的内参基因组怎么选择啊绝对定量需要用到内参基因吗选择内参基因的原则PCR内参常见问题汇总RT-PCR内参基因选择:除了β-actin还能用什么?实时定量PCR试验中,内参对于实验具有重要意义。
PCR技术的原理,β-actin基因的
β-actin在PCR中起着什么作用
在进行半定量PCR时 ,选择管家基因可以通 过计算目的基因和内参 的比值,得到基因表达 的相对浓度。
Thank you~
PCR的原理
类似于天然DNA的复制,主 要利用DNA聚合酶,依赖DNA 模板的特性,模仿体内的复 制过程,在附加的一对引物 (人工合成的寡核苷酸片段, 它与待扩增片段两条链的两 端DNA序列分别互补)之间引 发聚合酶链反应。
PCR全过程基于一套“三部曲”
①DNA模板的变性:
②与附加引物退火: ③引物延伸ctin家族的一员,在维 持细胞结构,细胞内运动, 细胞分裂等细胞生理活 动方面发挥着重要的作 用,它是管家基因中的 一种。
管家基因(house-keeping genes)
是指所有细胞中均要 表达的一类基因,其产 物是对维持细胞基本生 命活动所必需的。例如 β-actin、GAPDH等
PCR技术 β-actin基因 的原理 的作用
PCR的定义
PCR(Polymerase Chain Reaction)即聚合酶链式反 应,是指在DNA聚合酶催化下, 以母链DNA为模板,以特定引 物为延伸起点,通过变性、 退火、延伸等步骤,体外复 制出与母链模板DNA互补的子 链DNA的过程。
PCR的历史及应用
PCR是1985年美国Cetus公司人类遗 传部、加利福尼亚大学Los Angeles 和Hoghes医学院等联合创建的一项生 物技术。这项技术被广泛应用于检测 核苷酸变异和染色体重排、高效克隆 某一基因片段、线粒体和基因组DNA 的直接测序以及细菌、病毒、寄生虫 所致疾病的诊断,在分子生物学、医 学、生物工程、法医学、考古学等许 多领域都有重要的实际应用价值。
β–actin内参蛋白
β–actin内参蛋白β-actin是一种内参蛋白,它在细胞内起着重要的作用。
内参蛋白是指在不同条件下,其表达水平不会发生变化的蛋白质。
因此,内参蛋白常常用于研究不同条件下基因表达水平的变化。
β-actin作为内参蛋白之一,其表达水平稳定,广泛分布于各种细胞中,因此是常用的内参蛋白之一。
β-actin是一种肌动蛋白家族成员,其分子量约为42kDa。
它是一种高度保守的蛋白质,在不同物种中的氨基酸序列相似度高达90%以上。
β-actin参与调节细胞的形态和运动,维持细胞骨架的稳定性,并参与细胞内运输和信号传导等生物学过程。
在细胞内,β-actin主要存在于细胞质和细胞膜中。
它是细胞骨架的主要组成部分之一,参与细胞的形态维持和细胞运动。
此外,β-actin还参与细胞内运输和信号传导等生物学过程。
例如,β-actin参与细胞内的RNA运输和局部蛋白合成,促进蛋白质的合成和分泌。
此外,β-actin还参与细胞内钙离子的调节和信号传导,对细胞的生长和分化具有重要作用。
在分子生物学研究中,β-actin常被用作内参蛋白。
内参蛋白是指在不同条件下其表达水平不会发生变化的蛋白质,它们可以用于研究不同条件下基因表达水平的变化。
例如,在药物治疗或疾病发生时,研究β-actin的表达水平变化可以判断药物治疗或疾病对基因表达的影响。
此外,β-actin的表达水平还可以用于比较不同细胞类型的基因表达水平,从而研究不同细胞类型的生物学特性。
在实验过程中,选择适当的内参蛋白是非常重要的。
一般来说,内参蛋白应该具备以下特点:在不同组织和细胞类型中表达量稳定;不受实验条件的影响,例如药物处理、细胞密度等;表达量适中,不过高也不过低。
β-actin作为内参蛋白,其表达水平稳定,广泛分布于各种细胞中,因此是常用的内参蛋白之一。
在实验中,常用的方法是通过Western blot或RT-qPCR等技术检测β-actin的表达水平。
Western blot是一种常用的蛋白质分析方法,可以用于检测蛋白质的表达水平和分子量。
内参基因β-Actin简介
内参基因β-Actin简介日期:2012-05-03来源:未知作者:周慕云点击:次相关专题PCR内参:选还是不选?β-Actin内参即是内部参照,它们在各组织和细胞中的表达相对恒定,在检测基因的表达水平变化时常用它来做参照物。
常用的PCR内参有GAPDH 、β- actin 、18sRNA、28sRNA 、B2M、ACTB、SDHA、HPRT1、ARBP内参基因等。
β-Actin简介Actin即“肌动蛋白”,是细胞的一种重要骨架蛋白。
同时Actin在细胞分泌、吞噬、移动、胞质流动和胞质分离等过程中起重要作用。
Actin在不同物种之间高度保守,以至于很难获得较好的针对actin的抗血清。
Actin大致可分为六种,其中四种是不同肌肉组织特异性的,包括α-skeletal muscle actin,α-cardiac muscle actin,α-smooth muscle actin,和γ-smooth muscle actin; 其余两种广泛分布于各种组织中,包括β-actin(β-non-muscle)和γ-non-muscle actin。
不同的actin之间同源性大于90%,但在N-terminal同源性仅50%-60%,因此N-terminal常被用作actin的抗原。
β-Actin是横纹肌肌纤维中的一种主要蛋白质成分,也是肌肉细丝及细胞骨架微丝的主要成分。
具有收缩功能,分布广泛。
β-Actin用途β-Actin是PCR常用的内参,β-Actin抗体是Western Blot很好的内参指数。
内参即是内部参照(Internal Control),对于哺乳动物细胞表达来说一般是指由管家基因编码表达的蛋白。
它们在各组织和细胞中的表达相对恒定,在检测蛋白的表达水平变化时常用它来做参照物。
常用的蛋白质内参有细胞骨架蛋白beta-actin或beta-tubulin和GAPDH(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase)等。
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内参基因β-Actin简介
日期:2012-05-03来源:未知作者:周慕云点击:次
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β-Actin
内参即是内部参照,它们在各组织和细胞中的表达相对恒定,在检测基因的表达水平变化时常用它来做参照物。
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β-Actin简介
Actin即“肌动蛋白”,是细胞的一种重要骨架蛋白。
同时Actin在细胞分泌、吞噬、移动、胞质流动和胞质分离等过程中起重要作用。
Actin在不同物种之间高度保守,以至于很难获得较好的针对actin的抗血清。
Actin大致可分为六种,其中四种是不同肌肉组织特异性的,包括α-skeletal muscle actin,α-cardiac muscle actin,α-smooth muscle actin,和γ-smooth muscle actin; 其余两种广泛分布于各种组织中,包括β-actin(β-non-muscle)和γ-non-muscle actin。
不同的actin之间同源性大于90%,但在N-terminal同源性仅50%-60%,因此N-terminal常被用作actin的抗原。
β-Actin是横纹肌肌纤维中的一种主要蛋白质成分,也是肌肉细丝及细胞骨架微丝的主要成分。
具有收缩功能,分布广泛。
β-Actin用途
β-Actin是PCR常用的内参,β-Actin抗体是Western Blot很好的内参指数。
内参即是内部参照(Internal Control),对于哺乳动物细胞表达来说一般是指由管家基因编码表达的蛋白。
它们在各组织和细胞中的表达相对恒定,在检测蛋白的表达水平变化时常用它来做参照物。
常用的蛋白质内参有细胞骨架蛋白beta-actin或beta-tubulin和GAPDH(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase)等。
因此β-Actin抗体、β-Tubulin抗体以及GAPDH抗体成为最常见的三个动物细胞内参抗体。
β-Actin 作为内参是得到了公认的,这是针对大多数组织和细胞来说的,它广泛分布于细胞浆内,表达量非常丰富。
Beta-actin由375个氨基酸组成,分子量大小为42-43kDa左右。
β-actin的蛋白水平通常不会发生改变,因此被广泛用于Western时上样量是否一致的参照,也常被用于免疫染色观察细胞的微丝结构。
在用作Western的参照时,Actin 抗体和Tubulin抗体的主要不同之处在于两者所识别蛋白的分子量不同,这样可以选择合适的参照在同一块胶同一张膜上实现同时检测目标蛋白和参照蛋白。