手把手教你构建系统进化树优秀课件
合集下载
相关主题
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性,平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益,请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间:9:00-18:30)。
MEGA是一个关于序列分析以及比较统计的软件。现主要介 绍使用Mega 6.0构建系统进化树的方法。供大家参考。
用MEGA构建进化树有以下步骤:
1、测序:
将克隆扩增测序得到的基因进行测序。
2、NCBI上做Blast
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi
•选择打开方式为MEGA6,打开全部-基因.fasta,自动跳出序列窗口 •用ClustalW做多序列联配
以.meg格式保 存结果
Байду номын сангаас
回到MEGA主窗口 打开所保存的文件(.meg)
点击按钮打开文件窗口
显示保守位点 显示变异位点
回到MEGA主窗口构建进化树
选择邻接法建树
当前打开的文件
选择Bootstrap 检验
果保存为*.aln,再用Mega 6.0转化为*.meg格式。
4、构建系统进化树
打开保存的*.meg格式文件,选择邻接法构建系统发育 进化树。
以外米缀蛾的cds为例,点击cds,出现下图。
点击FASTA,出现下图。
该图为外米缀蛾的 FASTA格式,如何保 存见下图
一般情况下点
击该页的右上 角有send 图标, 选择后点击 create file 即 可下载。Txt可 以打开。
比对找到相似度最高的几个基因,将这几个基因的序 列(Fasta格式文件)下载下来,或点击GenBank登录号 ,复制FSATA格式,整合在一个*.txt文档中。
3、比对序列,比对结果转化为*.meg格式
用Mega
6.0的ClustalW做多序列联配,比对结果用
*.meg格式保存。或者用Clustal X软件进行比对,比对结
手把手教你构建系统进化 树
系统发生树(英文:Phylogenetic tree) 又称为演化树(evolutionary tree),是 表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关 系的树。是一种亲缘分支分类方法 (cladogram)。在树中,每个节点代表其 各分支的最近共同祖先,而节点间的线段长 度对应演化距离(如估计的演化时间)。
设定完成,点compute,开始计算得到进化树构建的 结果。
双击文字,可以修改树枝后的名称,名称要么全部 斜体,要么全部不斜体,无法只让拉丁文斜体
双击文字,可以修改树枝后的名称,名称要么全部 斜体,要么全部不斜体,无法只让拉丁文斜体
该图显示的是
序列全长的 FASTA格式下 载。
因为我采取基于氨
基酸序列比对,所 以选择coding sequences和fasta protein,下载编码 区氨基酸序列。
文件名未下载时不要更改,下下来之后再更改
将所有下载下来的fasta格式序列用记事本打 开,集中到一个记事本里
MEGA6可以识别fasta格式文件。如图,将全 部-基因.txt重命名为全部-基因.fasta