大戟科Lhcb基因家族的全基因组鉴定、分类与进化分析

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族进行系统鉴定，并在此基础上分析其基因结构与进化关系。结果表明，蓖麻、麻疯树、木薯和橡胶树分别含
有１０、１０、１３和１５个Ｌｈｃｂ基因，分属于Ｌｈｃｂｌ、Ｌｈｃｂ２、Ｌｈｃｂ３、Ｌｈｃｂ４、Ｌｈｃｂ５、Ｌｈｃｂ６、Ｌｈｃｂ７和Ｌｈｃｂ８等８
ｐｈｙｓｉｃｎｕｔ（Ｊａｔｒｏｐｈａｃｕｒｃａｓ），ｃａｓｓａｖａ（Ｍａｎｉｈｏｔｅｓｃｕｌｅｎｔａ）ａｎｄｒｕｂｂｅｒｔｒｅｅ（Ｈｅｖｅａｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）ｐｒｏｖｉｄｅａｎｏｐｐｏｒｔｕｎｉｔｙｔｏａｎａｌｙｚｅｓｐｅｃｉｉｆｃ
ａｎｄｈｉｇｈｂｉｏｍａｓｓ．ＴｈｅｒｅｃｅｎｔｌｙａｖａｉｌａｂｌｅｇｅｎｏｍｅｓｅｑｕｅｎｃｅｓｏｆｓｏｍｅＥｕｐｈｏｒｂｉａｃｅａｅｐｌａｎｔｓｓｕｃｈａｓｃａｓｔｏｒｂｅａｎｉｃｉｎｕｓｃｏｍｍｕｎｉｓ）．
、，ｏ１．３３Ｎｏ．１２Ｄｅｃ．２０１３
大戟科Ｌｈｃｂ基因家族的全基因组鉴定、分类与进化分析
邹智，安锋，杨礼富，王真辉，袁坤
（中国热带农业科学院橡胶研究所农业部橡胶树生物学与遗传资源利用重点实验室，海南儋州５７１７３７）摘要：基于已公布的基因组和ＥＳＴ数据，研究对蓖麻、麻疯树、木薯和橡胶树４种大戟科植物的Ｌｈｃｂ基因家
第３３卷第１２期２０１３年１２月
中南林业科技大学学报
ＪｏｕｒｎａｌｏｆＣｅｎｔｒａｌＳｏｕｔｈＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＦｏｒｅｓｔｒｙ＆Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ
Ｇｅｎｏｍｅ－ｗｉｄｅｉｄｅｎｔｉｉｃｆａｔｉｏｎ，ｃｌａｓｓｉｉｃｆａｔｉｏｎａｎｄｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃａｎａｌｙｓｉｓｏｆ
ＬｈｃｂｇｅｎｅｆａｍｉｌｙｉｎＥｕｐｈ０ｒｂｉａｃｅａｅｐｌａｎｔｓ
ＺＯＵＺｈｉ，ＡＮＦｅｎｇ，ＹＡＮＧＬｉ — ｆｕ，ＷＡＮＧＺｈｅｎ — ｈｕｉ，ＹＵＡＮＫｕｎ
百度文库
（ＫｅｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙｏｆＢｉｏｌｏｇｙａｎｄＧｅｎｅｔｉｃＲｅｓｏｕｒｃｅｓｏｆＲｕｂｂｅｒＴｒｅｅ，ＭｉｎｉｓｔｒｙｏｆＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅ／ＲｕｂｂｅｒＲｅｓｅａｒｃｈＩｎｓｔｉｔｕｔｅ（ＲＲＩ），Ｃｈｉｎｅｓｅ
ＡｃａｄｅｍｙｏｆＴｒｏｐｉｃａｌＡｇｒｉｃｕｌｕｒｔａｌＳｃｉｅｎｃｅｓ（ＣＡＴＡＳ），Ｄａｎｚｈｏｕ５７１７３７，Ｈａｉｎａｎ，Ｃｈｉｎａ）
Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｅｕｐｈｏｒｂｉａｃｅａｅｉｓａｌａｒｇｅｐｌａｎｔｆａｍｉｌｙｃｏｎｔａｉｎｉｎｇｍｏｒｅｔｈａｎ８０００ｓｐｅｃｉｅｓｗｈｉｃｈａｒｅｃｈａｒａｃｔｅｉｚｒｅｄｗｉｔｈｈｉｇｈｐｈｏｔｏｓｙｎｔｈｅｓｉｓ
和Ｌｈｃｂ６亚族仅在橡胶树中出现了扩增。
关键词：大戟科植物；全基因组；Ｌｈｃｂ基因家族；鉴定；分类；进化分析中图分类号：￥７１８．４６文献标志码：Ａ文章编号：１６７３ — ９２３Ｘ（２０１３）１２．００４６ — ０７
个亚家族，每个亚家族包含１～４个成员不等，基因的内含子数目在０～５个之间，部分基因还存在可变剪接形式。进化分析显示，Ｌｈｃｂｌ、Ｌｈｃｂ４、Ｌｈｃｂ５和Ｌｈｃｂ７亚族早于单细胞的藻类中就已产生，Ｌｈｃｂ３和Ｌｈｃｂ６亚族在光合生物向陆地进化后产生，Ｌｈｃｂ２亚族存在于高等植物中，Ｌｈｃｂ８亚族则为双子叶植物所特有；Ｌｈｃｂｌ亚族在所分析的４种大戟科植物中均出现了基因扩增，Ｌｈｃｂ２和Ｌｈｃｂ５亚族在木薯和橡胶树中出现了扩增，而Ｌｈｃｂ３