完整word版lammps初学者in文件中文解析

in文件中文解析初学者——Lammps

1）初始化（Units：Units命令是用来设定模拟的原子类型。electron）si、cgs、metalUnits style（lammps现在提供的有style=LJ、real、、LJ是硬球模型Real 是真实的原子模型Metal是金属原子模型Si是硅（半导体）原子模型Cgs Electron是电子模型：Dimension命令是用来定义模拟的维度，默认情况为三维。Dimension ），3Dimension N （N=2Boundary：

Boundary命令是用来设定模拟的边界条件。

Boundary x y z （x，y，z=p，s，f，m四种类型中的一种或者两种）

P是周期性边界条件

S是自由边界条件（但是具有收缩性）

F是固定边界条件

是具有最小值的自由边界条件（但是具有收缩性）M．

：Atom-style Atom-style定义了模拟体系中的原子属性。Delete-atoms：：Pair-style Pair-style定义了相互作用力场类型，即势函数。2）原子定义（1、：Read-data/read-restart restart文件中读取内容来定义原子。或read-restart为从data或Read-data 2、：Lattice lattice是用来原子类型构建模型晶格结构。Lattice style scale keyword values...

、sc、bcc、fcc、hcp、diamond、sq、Style表示点阵类型，点阵类型有nonesq2、hex、custom。

Scale表示构建的点阵类型的单位长度

Keyword表示后面可以追加0个或者多个关键字，关键字有origin、orient、spacing、a1、a2、a3、basis。

各关键字意思为：

Region：

：Create-box

命令指定的区域内创建一个模拟的盒命令用于在Create-boxregion box 子。

Create_box N region-ID

N为使用该原子类型进行模拟使用模拟域Region-ID为使用区域的ID Create-atoms：Create-atoms用于在所创建的模拟的盒子中填充某种原子。Create_atoms type style args keyword values ...

3）设定：（力场系数Pair-coeff：模拟参数Neighbor

Neighbor是定义Neighbor skin style

为SkinStyle可取bin、nsq、multi

Neighbor-modify：

Group：

Timestep：

是定义模拟的时间步长。Timestep

Timestep dt

1ps

为时间步长（时间单位），默认为Dt：Reset-timestepFix

Fix为定义对部分原子或者对系综的操作。/doc/fix.html Fix ID group-ID style args

）32、…….ID=指定的操作名称编号（如1、……）Group-ID=制定操作范围的原子（如all 操作内容，如何操作Style= 相关操作内容的相关操作参数Args=（温

度）对时间积分（体积）、：恒定N（原子数量）、VTFix-nvt T对时间积分P：恒定N、、Fix-nptUnfix：

Compute/compute-modify：

输出选项

Thermo：

Thermo命令用于定义每隔一定时间步长输出一次采样内容。

Thermo N

每隔N个时间步长输出一次采样内容至屏幕或者log文件

Thermo_style：

LOG命令主要是用来说明采样的内容，即输出到屏幕或者Thermo_style

）（/doc/thermo_style.html文件中的内容。Thermo_style style args

custom 、、multiStyle=oneArgs=特定的参数列表

One args=none

Multi args=none

Custom args=list of attributes

Possible attributes=step、elaosed、elaplong、dt、cpu、tpcpu、spcpu、

Atoms、temp、press、pe、ke、otatal、enthalpy、

Evdwl、ecoul、epair、ebond、eangle、edihed、eimp、

Emol、elong、etail、

V ol、lx、ly、lz、xlo、xhi、ylo、yhi、zlo、zhi、

Xy、xz、yz、xlat、ylat、zlat、

Pxx、pyy、pzz、pxy、pyz、pxz、

Fmax、fnorm、

Cella、cellb、cellc、cellalpha、cellbeta、cellgamma、

c_ID、c_ID[I]、c_ID[I][J]、

f_ID、f_ID[I]、f_ID[I][J]、

V_name

Dump：

Dump命令主要是用来输出计算后单个原子的相关信息的。

Dump ID group-ID style N file args

ID：自己给这个dump命令定义的一个代号（自定义）

group-ID：那些信息需要被输出的原子群（预先定义好group）

Style：类型

N：每经过多少时间步输出信息

File：输出名称

Args：相关参数（每个类型不同）

Restart：

（4）运行

Run：

Minimize：

例一

units metal # 单位为lammps 中的metel 类型

boundary p p p # 周期性边界条件

atom_style atomic # 原子模式

lattice fcc 3.61 # Cu 的晶格常数3.61

region box block 0 4 0 4 0 4 # x,y,z 各方向上的晶胞重复单元数，也即区域大小create_box 1 box # 将上述区域指定为模拟的盒子

create_atoms 1 box # 将原子按晶格填满盒子

pair_style eam # 选取Cu 的EAM 势作为模型

pair_coeff * * Cu_u3.eam # EAM 势文件名称

run 0 # 运行0 步，仅为启动lammps 的热力学数据计算

variable E equal pe # 定义变量E 为系统总势能

variable N equal atoms # 定义变量N 为系统总原子数

打印信息print he number of atoms & system energy now are $N $E #

create_atoms 1 single 2.45 2.05 2.05 # 在该位置插入一个原子

min_style sd # 能量最小化模式，sd

minimize 1.0e-12 1.0e-12 1000 1000 # 能量最小化参数，指数越大最小化程度越深print interstitial introduced, minimized: $N atoms, energy is $E

fix 1 all nvt 100 100 100 drag 0.2 # nvt 系综，原子数、体积和温度保持不

变;T=100K

timestep 0.005 # 步长0.005fs

run 1000 # 运行1000 步

print

vt performed, temperature up: $N atoms, total energy is $E

fix 1 all nvt 100 0.0001 100 drag 0.2 # nvt 系综，温度由100K 到0.0001K

run 1000 # 运行1000 步

print

vt performed, temperature down: $N atoms, total energy is $E

compute 3 all pe/atom # 计算每个原子的势能

compute 4 all ke/atom # 计算每个原子的动能

compute 5 all coord/atom 3.0 # 计算每个原子的近邻原子数

dump 1 all custom 1 dump.atom id xs ys zs c_3 c_4 c_5 # 将信息写入dump.atom