解磷菌
解磷菌PSBHY-3的发酵培养工艺参数优化
解磷菌PSBHY-3的发酵培养工艺参数优化作者:胡晓娟许云娜徐创文杨铿文国樑曹煜成来源:《南方农业学报》2021年第02期摘要:【目的】优化解磷菌PSBHY-3的培养参数,为水产养殖专用解磷菌的工业化发酵生产提供技术支持。
【方法】通过单因素试验筛选适合解磷菌菌株PSBHY-3生长的发酵培养基碳氮源及其含量;采用Plackett-Burman试验筛选获得对菌量影响最显著的3个因子;通过最陡爬坡试验和Box-Behnken试验确定显著因子的最佳水平,建立主要培养参数的回归方程,得出优化后显著因子的最佳值及预测菌量;通过摇瓶试验验证,检验模型方程的准确性。
【结果】菌株PSBHY-3的最佳碳源、氮源分别为可溶性淀粉和蛋白胨—酵母膏(1∶1)。
以温度(A)、蛋白胨—酵母膏(B)和转速(C)为因素变量,菌株PSBHY-3的菌量为响应值,拟合得到二次多元回归方程Y=17.10-0.88A+0.55B+1.27C+0.24AB+0.34AC-0.24BC-3.57A2-2.78B2-6.13C2。
优化得到的解磷菌菌株PSBHY-3最佳发酵培养参数为:可溶性淀粉10.0g/L,蛋白胨10.18 g/L,酵母膏10.18 g/L,氯化钠3.0 g/L,硫酸镁1.0 g/L,pH 7,培养温度35.54 ℃,转速164 r/min,接种量1%,装液量60%(V/V)。
在最佳发酵培养条件下,菌量实际值为1.81×109 CFU/mL,与理论菌量(1.72×109 CFU/mL)间无显著差异(P>0.05),但显著高于优化前采用营养肉汤培养的菌量(1.90×108 CFU/mL)(P<0.05)。
【结论】通过单因素试验、Plackett-Burman试验、最陡爬坡试验和Box-Behnken试验等优化了菌株PSBHY-3的发酵参数,显著提高了目的菌量,回归方程预测准确,优化后的发酵参数可用于水产养殖专用解磷菌的工业化发酵生产。
解磷微生物的研究进展
解磷微生物的研究进展【摘要】磷素是限制植物生长的必需营养元素之一,磷在施入土壤后90%左右被土壤固定,使其有效性降低。
因此关于解磷菌的研究一直受到科学家的重视。
本文对土壤中解磷微生物的研究简史、解磷微生物的种类及生态分布特征、解磷作用机制及展望等方面的研究进展进行综述。
【关键词】解磷微生物;解磷;研究进展【Abstract】Phosphorus(P)is one of the major nutrients required for plant growth,However,the uptake of P by plants is limited due to its strong absorption onto soil.So the research on the phosphorus-dissolving microbes(PSM)has been a focus problem for many scientists.The objective of this paper was to review the brief history of the research on the PSM,the varieties,the ecological characteristics the phosphorus-dissolving mechanism and the prospect.【Key words】Phosphorus-dissolving microbes(PSM);Phosphorus-dissolving;Research advances磷是植物生长必需的营养元素之一,植物的光合作用和体内的生化过程都必须有磷参加。
我国有74%的耕地土壤缺磷,土壤中有95%以上的磷为无效形式,植物很难直接吸收利用。
其中难溶性有机磷占土壤全磷的20%~50%,占难溶性土壤磷总量的10%~85%。
沉积物解磷菌的研究进展:分布、解磷能力及功能基因
Research progress of phosphate-solubilizing bacteria in sediments :Distribution,phosphate-solubilizingability,and functional genesMA Kai,WANG Xiaochang,XIE Jiahui,GAO Li *(School of Ocean,Yantai University,Yantai 264005,China )Abstract :Phosphorus (P )is an important inducer of water eutrophication and harmful algal blooms.Sediment internal loading may be an important source of P in water when exogenous input is controlled effectively.As the primary drivers of P geochemical cycling,phosphate-solubilizing bacteria (PSB )play a critical role in sediment P release.However,research on PSB in sediments began later than studies on agricultural soils,especially research on the molecular mechanism of PSB.Therefore,this review summarizes the main species and distribution characteristics of PSB in sediments from different habitats,and the effects of algal blooms on PSB community compositionduring the outbreak and extinction phases.In addition,it outlines the main phosphate-solubilizing mechanisms (such as mineralization and solubilization )and functional genes of PSB,and provides a future direction of research on PSB in aquatic ecosystems.This review provides new ideas for research on P cycling and eutrophication mechanisms in water affected by algal blooms.Keywords :sediments;phosphate-solubilizing bacteria;phosphate-solubilizing mechanism;functional genes;harmful algal blooms沉积物解磷菌的研究进展:分布、解磷能力及功能基因马凯,王效昌,谢嘉慧,高丽*(烟台大学海洋学院,山东烟台264005)摘要:磷是大多数水体富营养化和有害藻华暴发的重要诱因。
解磷细菌的筛选与分离
土壤中解磷细菌的分离与纯化摘要:磷细菌是存在于自然界,主要是土壤中的一类溶解(dissolve)磷酸化合物(phosphate compound)能力较强的细菌的总称。
通过磷细菌的作用,可使土壤中不能被植物利用的磷化物转变成可被利用的可溶性磷化物。
故又称溶磷细菌。
主要有两类,一类称为有机磷细菌,主要作用是分解有机磷化物如核酸、磷脂等;另一类称为无机磷细菌,主要作用是分解无机磷化物,如磷酸钙、磷灰石等。
磷细菌主要是通过产生各种酶类或酸类而发挥作用的。
可用它制成细菌肥料,实践证明,对小麦、甘薯、大豆、水稻等多种农作物,以及苹果、桃等果树具有一定增产效果。
农业上常用的菌有解磷巨大芽孢杆菌(Bacillusmegatherium var.phosphaticum),俗称为“大芽孢”磷细菌,此外,还有其他芽孢杆菌和无色杆菌(Achromobacter)、假单胞菌(Pseudomonas)等。
我们此次试验目的是从土壤中分离出无机解磷细菌,观察解磷细菌的细胞形态,并进行生理生化鉴定,进一步熟悉掌握微生物实验的基本技能。
关键词:土壤解磷细菌无机磷细菌含磷培养基分离提纯生理生化反应实验目的1)掌握倒平板的方法和几种常用的分离纯化微生物的基本操作技术。
2)学习并掌握分离纯化无机解磷细菌的基本方法。
3)巩固和贯通所学的无菌技术、纯培养技术、保藏技术、显微技术、……等微生物操作技术。
4)学习通过微生物的形态特征、生理生化反应来鉴别解磷细菌与其他微生物的异同。
试验原理1)菌种来源:由于各种微生物对营养物质需求不同,在不同地方采样对选取所要的微生物含量和其它杂菌含量的多少直接有关。
所以要选择无机磷含量较高的土壤中采样。
2)培养基的选取:为了使所要的无机解磷细菌能生长,其它微生物生长受到一定的抑制,要用选择培养基。
还要把解磷菌与其他微生物相区别,还要用鉴别培养基。
为了达到即是选择培养基又是鉴别培养基,选取以磷酸钙为唯一磷源的培养基。
根系解磷菌对金桂扦插生根过程中内源激素变化的影响
唐 恒(重庆科技职业学院,重庆,400900)摘 要:中国栽培桂花已有数千年的历史,桂花从古至今便是我国十大名花之一,作为经济树种,桂花树被广泛用于园林绿化,深受各路文人墨客的喜爱。
本研究的主要目标在于对波叶金桂繁殖条件进行优化,以波叶金桂的枝条为研究对象,通过在扦插过程中添加不同浓度的根系解磷菌,观察不同浓度的解磷菌对金桂扦插过程中内源激素影响的变化,找到最适宜的解磷菌浓度,对波叶金桂的无性繁殖作出一个简单的优化。
关键词:波叶金桂;无性繁殖;根系解磷菌;内源激素中图分类号:S625.5+6 文献标识码:A 文章编号:1003-5494(2023)07-0079-031 国内外研究现状目前,有关桂树的研究主要集中在品种分类[1]、繁殖方法[2]及开花生理与花香成分比较等方面[3]。
对金桂扦插的研究多种多样,不同桂树在不同地区扦插的条件也不尽相同。
邓蓉[4]提出,在桂花的扦插繁殖当中,存在着各种各样的内在因素影响扦插苗的存活,诸如,植物种类、母树年龄、插条年龄、扦插枝条在母体上的不同部位、枝条的大小以及健壮程度、采摘时间等。
刘庚[5]提出,不同的植物在扦插繁殖的过程当中,即使采用相同的条件,也存在部分植物容易存活生根、部分难以存活的现象。
因此,同一个科、属不同的种或品种,扦插繁殖也存在着很多的影响因素。
比如,不同品种或者亲本,扦插的实验结果也大不相同。
姜自红[6]提出,随着母树的年龄增长,插穗的不定根形成能力也会大大减弱,即使是来自同一颗树木,插穗的性状以及对环境的表现也会大有不同。
亲本的茎干部位通过修剪而形成的嫩芽枝条,通常能表现出植株的年幼特性,若将其用作插穗,会比普通枝条的生根能力强很多。
对于一些生根比较困难的树种,除了采用生根粉以外,还可以采用萌芽枝扦插大大提高生根率。
因为插穗的生根过程与能力强弱,会与实验取材相关,所以不同部位的插穗形成能力也会大不相同。
插穗的选择对生根率的影响,会随着树种的不同而有较大的区别。
陕北果树根际解磷菌的初步研究
陕北果树根际解磷菌的初步研究摘要:试验利用pko培养基从陕北果树根际土壤中筛选得到4株可有效分解利用难溶性磷酸盐的菌株,对其解磷及促植物生长能力进行了研究。
结果表明,试验菌株在利用无机磷的同时,可产生有机磷、nh3和hcn,可有效促进植物的生长。
试验可为陕北果树专用菌肥的开发、生产打下基础。
关键词:果树根际;解磷菌;代谢产物;陕北abstract:fourstrainswhichcoulddegradephosphoruswereisolatedfromrhizosphereoffruittreesinnorthernshaanxibypkomediumandtheirabilitiesindegradingphosphorusandpromotingthegrowthofplantswerestudied.thesestrainscouldproduceorganophosphorus,nh3andhcn,andcouldpromotethegrowthofplantseffectively.theseresultslaidabasisforthedevelopmentandproductionofbacterialmanureforfruittreesinnorthernshaanxi.keywords:rhizosphereoffruittrees;phosphorus-degradingstrains;metabolites磷素是植物生长的重要养分因子,但是由于施入土壤的大部分磷与土壤中的ca2+、fe2+、fe3+、al3+等结合形成难溶性磷酸盐,成为生物低效磷[1]。
研究表明,解磷微生物可以分泌有机酸,有机酸与土壤中的ca2+、fe2+、fe3+、al3+等离子反应,从而使po43+释放出来,有助于植物对磷素的吸收[2,3]。
大部分解磷菌均属于根际微生物,由于受土壤物理结构、有机质含量、土壤类型、土壤肥力、耕作方式等因素的影响,在数量上存在较大差异。
花生根际解磷真菌的分离及其解磷能力研究
花生根际解磷真菌的分离及其解磷能力研究摘要[目的]分离花生根际解磷真菌及测定其解磷能力。
[方法]利用土壤稀释平板法,从花生根际土壤中分离筛选出解磷真菌PFK-2,接种于以Ca3(PO4)2为唯一磷源的液体培养基,振荡培养24、48、72、96、120、144、168 h时测定培养液的pH值、速效磷含量、菌丝混合物重。
[结果]随着培养时间的增加,培养液pH值先降低后升高,菌株的溶磷量先增加后降低,菌丝混合物重量增加,当培养时间为120 h时,培养液pH值最低,速效磷含量最大。
培养液pH值与菌丝重、菌株的溶磷量均呈极显著负相关(P<0.01)。
[结论]在振荡培养120 h时,溶磷真菌PFK-2的解磷效果最佳。
Abstract [Objective]Fungi,capable of dissolving phosphorus was isolated from peanut rhizosphere soil.[Method] The Fungi PFK-2 was screened from peanut rhizosphere soil,and Ca3(PO4)2 as the only P source of liquid culture medium were adopted to inoculate Fungi PFK-2,the pH value,available phosphorus content,weight of mycelium of culture medium and the P content absorbed by fungi were measured in shaking culture for 24,48,72,96,120,144 and 168 h.[Result]With the extending of culture time and the pH of culture medium was dropped firstly and then increased,the P solubilization capacity of strains raised firstly and then decrease,weight of mycelium increased,when the culture time was120 h,the pH of culture medium was the lowest,weight of mycelium the highest and the content of available phosphorus the largest.The pH of culture medium all had extremely significant negative correlation with the weight of mycelium and P solubilization capacity of strains (P<0.01).The P-dissolving ability of inorganic P by Fungi PFK-2 was better than the one of organic P.[Conclusion]The phosphate-dissolving effect of Fungi PFK-2 was the best when shaking culture was for 120 h.Key words phosphate-solubilizing fungi;available phosphorus content;peanut rhizosphere soil磷肥作为植物所需的大量营养元素之一,施用磷肥可以增加土壤中有效磷的含量,但磷与土壤中有机质、Ca2+、Fe3+、Al3+结合会形成难溶性的无机态或有机态磷,从而丧失有效性[1]。
解磷真菌产紫青霉菌SW-10全基因组测序及功能分析
㊀山东农业科学㊀2023ꎬ55(9):1~9ShandongAgriculturalSciences㊀DOI:10.14083/j.issn.1001-4942.2023.09.001收稿日期:2023-03-19基金项目:山东省自然科学基金青年项目(ZR2020QC108)ꎻ国家自然科学基金青年项目(32201905)ꎻ山东省玉米产业技术体系项目(SAIL-02-06)ꎻ青岛农业大学高层次人才基金项目(663/1119023)作者简介:刘峰(1997 )ꎬ男ꎬ硕士研究生ꎬ主要从事土壤微生物研究ꎮE-mail:liufeng9703@126.com通信作者:孙青(1990 )ꎬ女ꎬ博士ꎬ讲师ꎬ主要从事土壤微生物研究ꎮE-mail:sunqing0208@126.com解磷真菌产紫青霉菌SW-10全基因组测序及功能分析刘峰1ꎬ张培雨1ꎬ姜雯1ꎬ刘树堂2ꎬ孙雪芳1ꎬ赵子铉1ꎬ刘湘1ꎬ孙青1(1.青岛农业大学农学院ꎬ山东青岛㊀266109ꎻ2.青岛农业大学资源与环境学院ꎬ山东青岛㊀266109)㊀㊀摘要:磷是植物生长必需的营养元素之一ꎬ但土壤的固化作用等导致土壤有效磷只占土壤全磷含量的1%~5%ꎮ解磷真菌通过分泌有机酸及磷酸酶等能持续㊁稳定提高土壤磷素的有效性并促进作物对磷素的吸收ꎮ本课题组前期分离鉴定出一株对难溶性无机磷和有机磷均具有较好解磷效果的产紫青霉菌(Penicilliumpurpurogenum)ꎬ将其命名为SW-10ꎮ本研究采用IlluminaNovaSeq测序平台对菌株SW-10进行全基因组测序ꎬ完成基因组拼装后进行基因预测㊁功能注释和解磷相关基因分析ꎮ结果表明ꎬ菌株SW-10基因组大小为29.1Mbꎬ总基因序列长度15597887bpꎬ共预测到9195个编码基因ꎬ基因平均长度1696bpꎮ在GO㊁KEGG和KOG数据库中分别有6608㊁3878个和8817个基因得到注释ꎻ鉴定出多个与解磷相关的基因ꎬ包括柠檬酸合成酶基因2个㊁苹果酸脱氢酶基因2个㊁碱性磷酸酶基因2个㊁酸性磷酸酶基因7个㊁植酸酶基因1个和磷酸盐转运蛋白基因2个ꎻ利用hmmscan软件预测出菌株SW-10基因组序列中存在碳水化合物活性酶(CAZyme)基因共计460个ꎬ推测其具有较好的细胞壁水解酶活性ꎮ本研究结果可为后续产紫青霉菌解磷相关基因的挖掘利用及其遗传信息的改良提供相关理论依据ꎬ同时为其它解磷真菌的基因组学研究提供参考信息ꎮ关键词:产紫青霉菌SW-10ꎻ解磷ꎻ全基因组测序ꎻ基因预测ꎻ功能注释中图分类号:S154.38㊀㊀文献标识号:A㊀㊀文章编号:1001-4942(2023)09-0001-09WholeGenomeSequencingandFunctionAnalysisofPhosphate ̄SolubilizingFungiPenicilliumpurpurogenumSW ̄10LiuFeng1ꎬZhangPeiyu1ꎬJiangWen1ꎬLiuShutang2ꎬSunXuefang1ꎬZhaoZixuan1ꎬLiuXiang1ꎬSunQing1(1.CollegeofAgronomyꎬQingdaoAgriculturalUniversityꎬQingdao266109ꎬChinaꎻ2.CollegeofResourcesandEnvironmentꎬQingdaoAgriculturalUniversityꎬQingdao266109ꎬChina)Abstract㊀Phosphorusisanessentialnutrientelementforplantgrowth.Howeverꎬthesoilavailablephos ̄phorusonlyaccountsfor1%~5%oftotalphosphoruscontentduetosoilsolidification.Phosphate ̄solubilizingfungicanimprovetheavailabilityofsoilphosphorusandpromotetheabsorptionofphosphorusbycropscontin ̄uouslyandstablythroughsecretingorganicacidsandphosphatases.WeisolatedandidentifiedonePenicilliumpurpurogenumstrainwithgoodphosphate ̄solubilizingeffectsonbothinsolubleinorganicandorganicphosphor ̄usꎬandnamedSW ̄10.ThewholegenomeofthestrainSW ̄10wassequencedusingIlluminaNovaSeqsequen ̄cingplatform.Aftergenomeassemblyꎬgenepredictionꎬfunctionalannotationandphosphorus ̄relatedgeneswereanalyzed.TheresultsshowedthatthegenomesizeofstrainSW ̄10was29.1Mbꎬandthetotalgenese ̄quencelengthwas15597887bp.Atotalof9195codinggeneswerepredictedꎬandtheaveragegenelengthwas1696bp.Therewere6608ꎬ3878and8817genesannotatedintheGOꎬKEGGandKOGdatabasesꎬre ̄spectively.Severalgenesrelatedtophosphate ̄solubilizationwereidentifiedꎬincluding2citratesynthetasegenesꎬ2malatedehydrogenasegenesꎬ2alkalinephosphatasegenesꎬ7acidphosphatasegenesꎬ1phytasegeneand2phosphatetransportergenes.Atotalof460carbohydrateactiveenzyme(CAZyme)genesinthege ̄nomesequenceofstrainSW ̄10werepredictedbyhmmscansoftwareꎬwhichsuggestedthatithavegoodcellwallhydrolaseactivity.Theseresultscouldproviderelevanttheoreticalbasesforthesubsequentexcavationandutilizationofphosphate ̄solubilization ̄relatedgenesofPenicilliumpurpurogenumandimprovementofitsgeneticinformationꎬandprovidereferenceinformationforgenomicsstudiesofotherphosphate ̄solubilizingfungi.Keywords㊀PenicilliumpurpurogenumSW ̄10ꎻPhosphate ̄solubilizingꎻWholegenomesequencingꎻGenepredictionꎻFunctionalannotation㊀㊀磷是组成植物体内核酸和磷脂等物质的重要矿质元素ꎬ缺磷往往会导致植株矮小㊁瘦弱㊁抗逆性差和产量降低等[1]ꎮ我国耕地土壤全磷含量一般在0.2~1.1g/kgꎬ土壤磷素存量大ꎬ但其中约95%不能被植物直接吸收利用ꎬ而土壤中磷素供给不足常常是制约作物生长发育的重要原因之一[2]ꎮ我国约有74%的土壤缺磷ꎬ生产上通常采用外施大量磷肥补充作物对磷的需求ꎬ但大部分磷肥因土壤金属离子的吸附作用被固定成难溶磷在土壤中大量积累ꎬ只有1%~5%的土壤总磷是以可被植物吸收利用的可溶性形式存在ꎬ因此能够被植株吸收利用的量很低ꎬ磷肥利用率只有10%~25%ꎮ磷肥施用量高而利用率低的问题不仅造成了肥料的浪费ꎬ对土壤质量以及水质也带来了威胁[3]ꎮ另据报道ꎬ磷肥的生产原料磷矿石预计将在未来50~100年间消耗殆尽[4-5]ꎮ因此ꎬ通过绿色㊁高效㊁经济的解磷措施挖掘土壤潜在磷库对解决作物缺磷㊁实现作物对磷的高效利用㊁减轻土壤面源污染及维持生态系统的稳定具有重要意义ꎮ解磷微生物因其高效的解磷能力被认为是降解土壤难溶磷的有效途径之一ꎮ研究表明ꎬ土壤中存在大量的解磷微生物ꎬ解磷细菌包括芽孢杆菌属(Bacillus)㊁假单胞菌属(Pseudomonas)和不动杆菌属(Acinetobactersp.)等[6]ꎬ解磷真菌包括青霉菌属(Penicillium)和曲霉菌属(Aspergillus)等[7]ꎮ其中ꎬ解磷真菌的解磷能力一般是解磷细菌的几倍甚至更高ꎬ而且遗传性状更加稳定ꎬ对植酸钙㊁磷酸钙等难溶磷源均有较强解磷能力ꎬ具备解磷效率高㊁适应性强㊁多重解磷机制共同解磷的特点[8]ꎬ同时ꎬ解磷真菌还有促进植株生长和提高抗逆性等作用ꎬ被广泛开发成生物菌肥用于土壤潜在磷库的挖掘与利用[9-10]ꎮ如李豆豆等[11]从番茄根际土中分离出草酸青霉(Penicilliumoxalicum)ꎬ发现其对磷酸钙㊁磷酸铝等难溶性无机磷具有较好解磷效果ꎻ李小军等[12]从烟草根际土壤中筛选出一株烟曲霉(Aspergillusfumigatiaffi ̄nis)ꎬ能够有效提高土壤中有效磷含量ꎬ对烟草具有较好的促生效果ꎮ目前ꎬ关于解磷真菌的研究主要集中于解磷菌的筛选㊁解磷机理及其对作物生长的影响ꎬ对其解磷的分子机理研究较少ꎮ本课题组前期从玉米根际土中筛选到一株对难溶性无机磷和有机磷均具有较好解磷效果的解磷真菌SW-10ꎬ经形态学及分子鉴定确定为产紫青霉菌(Penicilliumpurpurogenum)ꎮ目前关于产紫青霉菌的报道多集中于其解磷条件的优化ꎬ如Scervino等[13]研究了产紫青霉菌解无机磷的最适pH值为6.5ꎬ碳源为葡萄糖ꎬ氮源为(NH4)2SO4ꎬ能通过产生有机酸溶解难溶性无机磷ꎻDellaMónica等[14]报道了产紫青霉菌产生胞外磷酸酶的最适pH值为6.0~6.5ꎬ磷源为卵磷脂ꎮ但对于产紫青霉菌解磷的分子机制尚无报道ꎮ本研究基于IlluminaNovaSeq平台对该SW-10菌株进行全基因组序列测序分析ꎬ并对解磷相关基因及代谢通路等进行初步分析ꎬ以期为阐明产紫青霉菌解磷机制㊁挖掘与利用功能基因提供遗传信息基础ꎮ1㊀材料与方法1.1㊀供试菌株产紫青霉菌(Penicilliumpurpurogenum)SW-10由青岛农业大学玉米生理生态实验室分离ꎬ已于中国普通微生物菌种保藏中心登记保藏(CGM ̄2山东农业科学㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀第55卷㊀CCNo.20737)ꎮ1.2㊀基因组DNA提取将菌株SW-10的分生孢子接种至灭菌PDA液体培养基ꎬ置于200r/min㊁28ħ的培养箱培养48h后过滤收集菌丝ꎬ无菌水冲洗3遍后用液氮速冻研磨ꎬ采用上海生工生物公司的Ezup柱式真菌DNA提取试剂盒提取基因组DNAꎮ1.3㊀测序方法选取质量检测合格的DNA用Covaris打断ꎬ使其片段化ꎬ并通过磁珠纯化分选目标片段ꎻ对DNA片段做末端修复和3ᶄ末端加Aꎬ连接测序接头ꎬ并用磁珠纯化连接产物ꎮ利用PCR选择性地富集两端连有接头的DNA片段ꎬ同时扩增DNA文库ꎻ随即利用Picogreen定量文库及AgilentBio ̄analyzer2100对PCR富集片段进行质控ꎬ随后通过IlluminaNovaSeq平台测序ꎮ1.4㊀基因组拼接原始数据经过接头污染去除等[15]处理后过滤生成高质量Reads序列ꎮ采用Falcon㊁CANU软件对测序数据进行从头拼装ꎬ并使用Pilon(v1.18)[16]软件校正结果ꎬ随后利用BUSCO(v3.0.2)评估基因组拼装的完整性ꎮ采用RepeatModler(v1.0.4)和RepeatMasker(v4.0.5)[17]软件分别进行从头注释和同源注释ꎬ以完成重复序列的分析与屏蔽㊁构成与种类统计ꎮ1.5㊀蛋白编码基因预测利用Augustus(v3.03)[18]㊁GlimmerHMM(v3.0.1)[19]和GeneMark-ES(v4.35)[20]三个软件对菌株SW-10的基因组序列进行从头预测ꎻ利用Exonerate软件(v2.2.0)和近缘物种的蛋白质序列进行同源预测ꎮ从头预测和同源预测的结果采用EVidenceModeler软件[21]整合ꎬ生成菌株SW-10的预测结果ꎮ1.6㊀基因注释蛋白编码基因的序列比对采用Diamond(v0.9.10.111)软件来完成ꎬ将预测得到的蛋白编码基因序列与NR㊁eggNOG㊁KEGG㊁Swiss-Prot㊁GO㊁P450㊁TCBD数据库包含的蛋白质序列进行比对ꎬ序列比对的临界值选取为10-6ꎮGO注释采用InterPro(v66.0)软件来完成ꎬ将InterPro注释得到的结果对应到InterPro2GO序列ID当中并提取得到GO号ꎮGOSlim注释结果采用Map2Slim完成ꎮKO及Pathway注释主要采用KEGG的KAAS(v2.1)自动化注释系统[22]完成ꎬ基因集选择 ForEukaryotes ꎬ基因KO判别规则选取bi ̄directionalbesthit(BBH)ꎬ注释完成后将KO映射到相应KEGGPathway通路ꎮKOG注释利用eggNOG-mapper软件完成ꎬ比对数据库为eggNOG(v4.5)ꎮ2㊀结果与分析2.1㊀基因组测序与组装本研究利用IlluminaNovaSeq测序平台对菌株SW-10进行全基因组测序ꎬ结果如表1所示ꎮ菌株SW-10基因组测序数据量总计4145395200bpꎬ原始Reads总数为27635968个ꎬ过滤后获得27257154个高质量ReadsꎬGC含量为47.10%ꎬK-mer预估其基因组大小为29.10MbꎮSW-10基因组测序数据拼装完成后ꎬ共获得699个scaf ̄foldsꎬ最小序列长度为504bpꎬ最大序列长度为2390315bpꎬN50是551686bpꎮ基因预测结果(表2)显示ꎬSW-10基因组共有9195个蛋白编码基因ꎬ总基因序列长度15597887bpꎬ每个基因平均长度1696bpꎬCDS平均长度1554bpꎬ平均每个基因含3个外显子ꎬ外显子平均长度505bpꎬ内含子平均长度68bpꎮ㊀㊀表1㊀产紫青霉菌SW-10基因组测序与组装类别数量碱基总数/bp4145395200原始Reads总数27635968高质量Reads数27257154GC含量/%47.10基因组大小/Mb29.10scaffold大片段数量699最小序列长度/bp504最大序列长度/bp2390315N50/bp551686㊀㊀表2㊀产紫青霉菌SW-10基因组基因预测结果类别数量蛋白编码基因数量/个9195总基因序列长度/bp15597887基因平均长度/bp1696CDS平均长度/bp1554基因的平均外显子数量/个3外显子平均长度/bp505内含子平均长度/bp683㊀第9期㊀㊀㊀㊀㊀㊀刘峰ꎬ等:解磷真菌产紫青霉菌SW-10全基因组测序及功能分析2.2㊀基因功能注释通过NCBI的NR数据库共注释到基因9123个ꎬ占预测基因总数的99.22%ꎻ利用KOG数据库和KEGG数据库分别注释到基因8817个和3878个ꎬ分别占预测基因总数的95.89%和42.18%ꎻ通过SwissProt数据库共注释到基因7026个ꎬ占预测基因总数的76.41%ꎻ通过GO数据库共注释到基因6608个ꎬ占预测基因总数的71.87%ꎻ利用P450数据库和TCDB数据库分别注释到基因9003个和1513个ꎬ分别占预测基因总数的97.91%和16.45%(图1)ꎮ2.2.1㊀GO功能注释㊀对菌株SW-10的基因组利用InterPro注释共得到6608个基因ꎬ按基因功能分为3大亚类ꎬ即生物学过程47个分支㊁分子功能27个分支和细胞组分15个分支(图2)ꎮ生图1㊀产紫青霉菌SW-10基因功能注释数据库分布情况图2㊀产紫青霉菌SW-10基因组GO功能分类结果4山东农业科学㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀第55卷㊀物学过程亚类中涉及基因较多的是生物过程和细胞氮化合物代谢过程ꎬ分别为6044个(91.46%)和1712个(25.91%)ꎻ细胞组分亚类中涉及基因最多的是细胞过程ꎬ达到2592个(39.21%)ꎻ分子功能亚类涉及基因较多的是分子功能和离子结合过程ꎬ分别为5535个(83.76%)和2321个(35.12%)ꎮ其中ꎬ具有柠檬酸合成酶活性基因5个ꎬ苹果酸脱氢酶活性基因4个ꎬ碱性磷酸酶活性基因2个ꎬ酸性磷酸酶活性基因15个ꎬ植酸酶活性基因1个ꎬ均参与分子功能过程ꎮ2.2.2㊀KEGG功能注释㊀对菌株SW-10进行KEGGPathway注释后发现能对应至代谢通路的基因共3878个ꎬ富集在52条代谢通路中(图3)ꎮ涉及基因数量较多的代谢通路主要有以下7条:遗传信息处理代谢通路ꎬ共2420个基因(62.40%)ꎻ信号和细胞过程通路ꎬ共646个基因(16.66%)ꎻ代谢通路ꎬ共542个基因(13.98%)ꎻ信号转导通路ꎬ共549个基因(14.16%)ꎻ碳水化合物代谢通路ꎬ共474个基因(12.22%)ꎻ氨基酸代谢通路ꎬ共430个基因(11.09%)ꎻ运输和分解代谢通路ꎬ共377个基因(9.72%)ꎮ其中ꎬ与菌株SW-10解磷相关基因包括柠檬酸合成酶基因5个㊁苹果酸脱氢酶基因5个㊁酸性磷酸酶基因7个㊁碱性磷酸酶基因2个和磷酸盐转运蛋白5个ꎬ主要参与碳水化合物代谢㊁信号和生物学过程等代谢通路ꎮ图3㊀产紫青霉菌SW-10基因组KEGG数据库主要代谢通路分析5㊀第9期㊀㊀㊀㊀㊀㊀刘峰ꎬ等:解磷真菌产紫青霉菌SW-10全基因组测序及功能分析2.2.3㊀KOG功能注释㊀通过eggNOG数据库对菌株SW-10进行基因注释及KOG预测分类ꎬ共注释到8817个基因ꎬ分为25个大类(图4)ꎮ除功能未知一类外ꎬ涉及到基因数量较多的分别是:碳水化合物运输和代谢类(G)ꎬ共691个基因ꎬ占比为7.84%ꎻ翻译后修饰㊁蛋白质周转及分子伴侣类(O)ꎬ共493个基因ꎬ占比为5.59%ꎻ次级代谢物的生物合成㊁运输和分解代谢类(Q)ꎬ共490个基因ꎬ占比为5.56%ꎻ转录类(K)ꎬ共389个基因ꎬ占比为4.41%ꎮ另外ꎬ无机离子运输与代谢类(P)和细胞壁/膜/包膜生物合成类(M)分别涉及161个和97个基因ꎬ占比分别为1.83%和1.10%ꎮ其中ꎬ与菌株SW-10有机酸分泌相关的基因包括柠檬酸合成酶基因5个和苹果酸脱氢酶基因4个ꎬ参与能量生产和转化ꎻ与有机磷矿化水解相关的基因包括3-植酸酶基因1个㊁酸性磷酸酶基因10个和碱性磷酸酶基因2个ꎬ参与脂质代谢与运输㊁碳水化合物运输和代谢等过程ꎻ磷酸盐转运蛋白基因6个ꎬ参与无机离子运输与代谢过程ꎮ图4㊀产紫青霉菌SW-10基因组KOG功能分类结果2.3㊀碳水化合物活性酶基因分析采用hmmscan软件预测菌株SW-10基因组序列中存在的CAZy酶类基因ꎬ发现其中有209个糖苷水解酶(glycosidehydrolasesꎬGH)基因㊁86个糖基转移酶(glycosyltransferasesꎬGT)基因㊁83个碳水化合物酯酶(carbohydrateesterasesꎬCE)基因㊁80个辅助活性酶(auxiliaryactivitiesꎬAA)基因㊁12个碳水化合物结合模块(carbohydrate-bindingmodulesꎬCBM)基因和2个多糖裂解酶(polysaccharidelyasesꎬPL)基因(图5)ꎮ2.4㊀解磷及磷酸盐转运相关基因分析解磷微生物可以通过产生和分泌有机酸(包括柠檬酸㊁苹果酸等)㊁磷酸酶(包括碱性磷酸酶和酸性磷酸酶)及植酸酶等将土壤中难溶性磷转化为可溶性磷ꎬ从而有利于植物对磷的吸收ꎮ经图5㊀产紫青霉菌SW-10基因组CAZyme基因数目6山东农业科学㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀第55卷㊀过蛋白编码基因的NR序列比对㊁KEGG㊁GO及KOG功能分析ꎬ本研究发现了2个柠檬酸合成酶基因㊁2个苹果酸脱氢酶基因㊁2个磷酸盐转运蛋白基因㊁2个碱性磷酸酶基因㊁7个酸性磷酸酶基因和1个植酸酶基因ꎬ推测其参与了解磷过程(表3)ꎮ㊀㊀表3㊀产紫青霉菌SW-10解磷及磷酸盐转运相关基因基因ID描述基因ID描述scaffold33.t81柠檬酸合成酶(citratesynthase)scaffold2.t328酸性磷酸酶(acidphosphatase)scaffold50.t31柠檬酸合成酶(citratesynthase)scaffold7.t264酸性磷酸酶(acidphosphatase)scaffold67.t10苹果酸脱氢酶(malatedehydrogenase)scaffold16.t71酸性磷酸酶(acidphosphatase)scaffold31.t21苹果酸脱氢酶(malatedehydrogenase)scaffold22.t29酸性磷酸酶(acidphosphatase)scaffold22.t88磷酸盐转运蛋白(phosphatetransporter)scaffold22.t29酸性磷酸酶(acidphosphatase)scaffold35.t2磷酸盐转运蛋白(phosphatetransporter)scaffold23.t4酸性磷酸酶(acidphosphatase)scaffold5.t108碱性磷酸酶(alkalinephosphatase)scaffold24.t6酸性磷酸酶(acidphosphatase)scaffold12.t7碱性磷酸酶(alkalinephosphatase)scaffold29.t12植酸酶(phytaseA)3㊀讨论活化土壤中的难溶性磷㊁增强土壤有效磷的供给能力对农业可持续发展具有重要意义ꎮ土壤解磷微生物能够通过酸解㊁酶解作用等将土壤中无效磷转化为有效磷供植物吸收利用ꎬ从而促进植物生长发育ꎮ解磷微生物改善土壤磷素营养是一项有利于资源节约㊁环境友好的重要农业措施[23]ꎮ本课题组前期从玉米根际土壤中分离出一株产紫青霉菌SW-10ꎬ研究发现该菌株对难溶性无机磷和有机磷均具有较好的解磷效果ꎬ并且能够促进玉米生长ꎬ接种产紫青霉菌后地上部鲜重和干重㊁根部鲜重和干重以及株高均显著增加ꎬ较对照分别增加36.33%㊁37.93%㊁31.20%㊁31.25%㊁13.03%ꎬ地上部和根部的磷含量分别增加了32.86%和9.77%[24]ꎮ为深入了解该菌株解磷的生物学特性ꎬ挖掘具有促进解磷的功能基因ꎬ本研究利用IlluminaNovaSeq测序平台获得菌株SW-10的全基因组序列ꎬ确定了该菌株的基因组大小为29.10Mbꎬ与已报道的烟曲霉㊁构巢曲霉等基因组大小相近[25]ꎻ同时将菌株SW-10基因组测序数据在NR㊁GO㊁KEGG㊁eggNOG等数据库比对分析ꎬ在分子生物学层面揭示其解磷过程中可能涉及到的基因及代谢通路ꎮ解磷真菌可通过产生苹果酸㊁柠檬酸等有机酸促进难溶性无机磷的磷酸根离子释放[26]ꎮCunningham等[27]发现比莱青霉在溶解磷酸钙时产生大量草酸和柠檬酸等有机酸ꎮ唐超西等[28]自黑曲霉H1获得解磷基因psgA和psgBꎬ均能促进甲酸㊁乙酸和苹果酸的合成ꎬ同时分别可以诱导合成α-酮戊二酸和柠檬酸ꎮLü等[29]研究发现将一株草酸青霉的苹果酸脱氢酶mMDH基因导入大肠杆菌后能够有效提高大肠杆菌的解磷能力ꎮ本研究发现产紫青霉菌SW-10基因组具有2个柠檬酸合成酶基因和2个苹果酸脱氢酶基因ꎬ表明其对难溶性无机磷具有降解潜力ꎮ解磷真菌也可通过分泌磷酸酶㊁植酸酶等加快有机磷矿化过程ꎮYadav等[30]研究发现解磷真菌在溶解有机磷时其分泌的植酸酶和磷酸酶活性分别可达19.9EU和0.29EUꎻ吴静[31]发现黑曲霉N-2含有植酸酶基因phyAꎬ能够促进真菌快速分泌植酸酶并提高植酸酶活性ꎬ进而加快植酸钙溶解ꎮ本研究发现菌株SW-10含有2个碱性磷酸酶基因㊁7个酸性磷酸酶基因和1个植酸酶基因ꎬ说明该菌株能够通过分泌植酸酶和磷酸酶等多种途径矿化土壤中难溶性有机磷ꎬ增加土壤磷的有效性ꎬ进而促进作物对养分的吸收ꎮ研究表明ꎬ碳水化合物活性酶(CAZymes)与抑菌作用相关[32]ꎮ本研究通过hmmscan软件预测到菌株SW-10中与碳水化合物活性酶相关基因共计460个ꎬ包括糖苷水解酶(GH)㊁糖基转移酶(GT)㊁碳水化合物酯酶(CE)㊁辅助活性酶(AA)㊁多糖裂解酶(PL)五类碳水化合物活性酶基因ꎬ这与Mardones等[33]报道产紫青霉Penicilli ̄umpurpurogenum具有大量的木质纤维素降解酶相一致ꎮ另外ꎬEcheverría等[34]从Penicilliumpur ̄purogenum基因组中鉴定出糖苷水解酶基因(XynD)ꎬ表明菌株SW-10可能具有较好的细胞7㊀第9期㊀㊀㊀㊀㊀㊀刘峰ꎬ等:解磷真菌产紫青霉菌SW-10全基因组测序及功能分析壁水解酶活性ꎬ可用于木质纤维素的降解过程ꎮ4㊀结论本研究采用IlluminaNovaSeq测序平台对解磷真菌产紫青霉菌SW-10进行全基因组测序ꎬ得到菌株的基因组大小为29.10Mbꎮ通过在NR㊁GO㊁KEGG㊁KOG及Swiss-Prot数据库比对ꎬ发现其含有2个柠檬酸合成酶基因㊁2个苹果酸脱氢酶基因㊁2个磷酸盐转运蛋白基因㊁2个碱性磷酸酶基因㊁7个酸性磷酸酶基因和1个植酸酶基因ꎬ从基因角度证实了菌株SW-10具有较强的解磷能力ꎻ同时ꎬ预测菌株SW-10基因组含有碳水化合物活性酶相关基因460个ꎬ推测其具有较好的细胞壁水解酶活性ꎮ本研究可为揭示产紫青霉菌的解磷分子机制㊁推动其在生物解磷方面的进一步开发利用及改良其遗传信息提供理论基础ꎮ参㊀考㊀文㊀献:[1]㊀NeloferRꎬSyedQꎬNadeemMꎬetal.Isolationofphosphorus ̄solubilizingfungusfromsoiltosupplementbiofertilizer[J].A ̄rabianJournalforScienceandEngineeringꎬ2016ꎬ41(6):2131-2138.[2]㊀刘英杰ꎬ张丽红ꎬ张宏ꎬ等.溶磷微生物在土壤磷循环中的作用研究进展[J/OL].微生物学通报ꎬ2023:1-23.DOI:10.13344/j.microbiol.china.221127.[3]㊀孟祥坤ꎬ于新ꎬ朱超ꎬ等.解磷微生物研究与应用进展[J].华北农学报ꎬ2018ꎬ33(S1):208-214.[4]㊀KanseOSꎬWhitelaw ̄WeckertMꎬKadamTAꎬetal.Phos ̄phatesolubilizationbystress ̄tolerantsoilfungusTalaromycesfuniculosusSLS8isolatedfromtheNeemrhizosphere[J].An 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解磷菌
人们在20世纪初开始注意到微生物与 土壤磷之间的关系。Sackett(1908)发现一 些难溶性的复合物施入土壤中,可以被作 为磷源而应用,他们从土壤中筛选出50株 细菌,其中36株在平板上形成了肉眼可见 的溶磷圈。1948年Gerretsen发现植物施入 不溶性的磷肥,经接种土壤微生物后,促 进了植株的生长,增加磷的吸收。他分离 出了这些微生物,发现这些微生物可帮助 磷矿粉的溶解。从此.许多科学家致力于 解磷菌的研究,相继报道了许多微生物具 有解磷作用。
二 解磷微生物的种类与分布
解磷微生物(Phosphate-solubilizing microoganism,PSM)是一类能够将植物难 以吸收的磷转化为可利用状态的微生物, 这类解磷微生物除了可以活化土壤中难溶 性的磷外,还可以通过影响植物根系分泌 物的种类和数量,以增加植物根系对周围 K,Ca,Mg,Fe,Zn等营养元素的吸收,使植物 能够适应盐碱缺磷的环境。
解磷微生物的筛选就是在分离出的具有 解磷能力的所有菌株中筛选出具有最强解 磷能力的菌株。 一般来说要以该解磷微生物将要应用的 实际环境作为筛选实验的条件,即在与应 环境相同的温度,pH值,盐度等条件下培 养解磷微生物,以解磷能力最强(一般以 培养基中有效磷含量最高为标准)的菌株 作为最优选择。
四 解磷机制
发酵条件优化 发酵条件优化一般分为两步:第一步确 定各个培养因子的最佳种类,第二部确定 各个最佳因子的最佳水平。 第一步一般采用分别确定各因子最佳种 类的方法。例如,在其他培养条件相同的 情况下,选用同一水平的不同碳源(葡萄 糖,蔗糖,淀粉,糖蜜,小麦麸皮等)培 养微生物,根据结果(如菌体鲜重,解磷 能力等)选择出最佳碳源。
五 解磷能力的测定
解磷能力是表征解磷微生物作用的重要指标, 可采用定性法和定量法两种方法测定。 定性法一般指的是平板溶磷圈法; 平板溶菌圈法:将溶磷菌株在含有难溶性磷酸 盐或有机磷的固体平板培养基上培养,测定周围 菌落产生透明圈的大小。无机磷平板一般采用磷 酸钙盐固体培养基,接种菌株培养数天后,以磷 酸钙盐平板上菌落周围出现透明圈的视为有解无 机磷能力的菌株。有机磷平板一般采用卵黄平板 培养基,以卵黄平板上菌落周围出现混浊圈的视 为有解有机磷能力(卵磷脂被水解形成脂肪和磷 酸)。
细菌解磷能力测定:从传统到现代
Overview
1. 磷循环与解磷细菌 2. 传统测定方法 3. 分子生物学技术 4. 微生物学与土壤学方法 5. 筛选与鉴定过程 6. 研究进展与挑战 7. 未来展望 8. 问答环节
磷循环与解磷细菌
土壤磷的重要性
• 关键营养元素:磷在生态系统中的基础角色,对植物生长至关重要。 • 土壤肥力:磷影响土壤肥力,决定作物产量和质量。 • 微生物作用:解磷细菌如何促进磷的生物可利用性,促进植物吸收。
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Thank you!
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未来展望
技术创新
• 高通量测序:提升微生物组学研究效率,揭示复杂群落结构。 • 系统生物学:整合多组学数据,构建微生物解磷能力的系统模型。 • 创新方法开发:探索新型实验技术,优化细菌磷代谢的精准测定。
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应用前景
• 生物肥料:利用微生物增强土壤肥力,减少化学肥料依赖。 • 环境修复:开发微生物技术修复污染土壤和水体,实现生态恢复。 • 可持续农业:推广生物肥料与环境修复策略,促进绿色农业发展。
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筛选与鉴定过程
实验设计
• 选择条件:优化培养环境,确保菌株最佳生长。 • 高效筛选:实施解磷活性实验,挑选出色菌株。 • 菌种鉴定:通过形态、生理生化特征,确认菌株特性。
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结果分析与评价
• 不同方法比较:对比传统与现代解磷技术,展示效率差异。 • 解磷效率评估:量化细菌解磷效果,展示实验数据。 • 环境影响分析:探讨解磷过程对环境的影响,权衡技术优劣。
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分子生物学技术
PCR 与基因检测
• 直接检测:针对解磷基因,使用 PCR 技术。 • 高灵敏快速:利用 PCR 提升检测速度和灵敏度。 • 专业要求:需专门设备和技能进行操作。
解磷菌的分离纯化 综述
解磷菌的分离纯化与鉴定谢冬东(大理学院农学与生物科学学院 2010级生物科学班,云南大理 671003)摘要:解磷菌在土壤中的解磷作用越来越受到农业生产中占据重要地位,本文将对解磷菌的研究现状、解磷机理、研究方法做一个简述,以及采用平板涂布法分析解磷菌对难溶性磷的分解能力进行测定和对菌种进行鉴定的认识。
关键词:解磷菌;解磷作用;解磷机理;分离纯化;鉴定磷是植物生长发育不可缺少的大量营养元素之一,是植物的重要组成成分,同时又以多种方式参与植物体内各种生理生化过程,对促进植物的生长发育和新陈代谢起着重要的作用(1)。
土壤含有丰富的磷素,既有无机态磷,也有有机态磷,一般是以无机态磷为主(2)。
土壤磷素循环是以微生物活动为中心的。
微生物的活动对土壤磷的转化和有效性影响很大。
国内外大量的研究证明土壤中存在许多微生物,能够将植物难以吸收利用的磷转化为可吸收利用的形态,具有这种能力的微生物叫做解磷菌或溶磷菌(phosphate-solubilizing microorganisms,PSM)。
大量研究表明,某些微生物具有很强的解磷功能,通过其分泌物或吸收作用把土壤中无效态磷转化成有效态磷,采用微生物的解磷作用能够将难溶性的磷酸盐转化为水溶性磷,有效地增加土壤活性磷的含量,从而供植物吸收利用。
因此,对解磷微生物的分离纯化,在生产含有解磷功能的微生物有机肥料对解决植物磷素供应问题是一条很好的途径(3) 。
1 解磷菌的研究现状不同的微生物解磷能力有较大的差异。
尹瑞龄从土壤中分离出了265 株细菌并测定其分解摩洛哥磷矿粉的能力,发现经过6d的培养,溶磷能力平均为2~30 mg/g ,其中株巨大芽孢杆菌、节杆菌、黄杆菌、欧文氏菌及假单胞菌的解磷能力较强为25~30 mg/ g。
Sundara利用Ca3(PO4)2作为磷源,经过14 d 的摇瓶培养,发现几株芽孢杆菌释放的可溶性磷为70. 52~56. 80μg/mL ,埃希氏菌属释放的可溶性磷为159. 70~170. 30μg/mL 。
解磷菌的分离、筛选、鉴定及解磷能力研究
收稿日期:2018-10-15作者简介:上官亦卿(1987-),男,陕西西安人,研究实习员,主要从事土壤微生物及其代谢产物的研究工作,(电话)135********(电子信箱)67900144@;通信作者,吕睿,助理研究员,主要从事土壤微生物及其代谢产物研究,(电子信箱)394700159@。
,,,.、、[J].,2019,58(1):30-34,38.磷是植物生长所需的一种主要营养元素,但植物对土壤中的磷元素利用率很低,严重影响着植物的生长[1]。
有机磷是土壤磷的重要组成部分,一般占土壤全磷的20%~50%,其中植酸磷占有机磷的10%~50%[2],是土壤有机磷的主要存在形式。
解磷菌能将植物难以吸收利用的难溶性或不溶性磷转化为可利用的形态,提高土壤中磷素的利用效率,减少化学肥料的施用,降低农业投入成本。
因此,对土壤环境进行微生物修复是提高作物产量、解决土壤速效磷缺乏的重要途径之一[3,4]。
存在于土壤中的根际细菌、内部共生细菌被认为是最有效的解磷微生物,它们能够利用自身的代谢物质[5]、通过NH 4+同化作用[6]或释放H 2S [7]将被土壤固定的无效态磷释放出来。
这些细菌能够将被土壤固定的矿物态磷释放出来,但是其在植物根际的数量不足以与其他微生物竞争,难以挥发其活性,因此筛选出具有高效溶磷能力的菌株,并将其添加到生物有机肥中,以供给作物充足的磷素显得尤为重解磷菌的分离、筛选、鉴定及解磷能力研究上官亦卿1,2,常帆2,吕睿2,齐凡1,贾凤安2,王艳2,丁浩2(1.陕西省科学院,西安710043;2.陕西省微生物研究所微生物代谢产物研究中心,西安710043)摘要:为开发高效微生物解磷肥,利用解磷菌选择培养基(蒙吉娜卵磷脂培养基)从陕西省西安市周至县猕猴桃园农田土壤中分离出11株解磷菌,通过纯化培养,筛选出1株高效解磷菌JYP9。
利用16S rDNA 基因序列分析方法对该菌株的分类信息进行鉴定,鉴定结果表明该菌株为假单胞菌(Pseudomonas extremori⁃entalis )。
解磷真菌分离鉴定及其溶磷能力分析
现代农业科技2024年第4期动物科学·生物技术解磷真菌分离鉴定及其溶磷能力分析姜焕焕张嘉敏梁云燕范宇清何洪活(肇庆学院生命科学学院,广东肇庆526061)摘要解磷菌能够溶解土壤中的难溶性磷或不溶性磷,在促进土壤养分循环和植物生长方面起着重要作用,是生物肥料中重要的微生物资源。
本研究采用稀释涂布平板法筛选得到5株解磷真菌(菌株SZ1、SZ2、GZ1、GZ2、HZ1),对菌株进行分子生物学鉴定,并利用液体摇瓶法测量菌株对磷酸三钙的溶磷能力。
结果表明,菌株SZ1、SZ2、GZ1、GZ2、HZ1的溶磷能力存在一定的差异,其中菌株SZ1、GZ2、HZ1的可溶性磷含量分别为58.30、2.69、8.65mg/L,菌株SZ2和GZ1没有溶解磷酸三钙的能力;菌株SZ1、SZ2、GZ1、GZ2、HZ1分别为香港史努基菌(Hongkongmyces snookiorum)、杂色曲霉(Aspergillus versicolor)、香港史努基菌(Hongkongmyces snookiorum)、棘孢木霉(Trichoderma asperellum)、林尼曼菌(Linnemannia exigua)。
关键词根际土壤;解磷真菌;分子生物学鉴定;溶磷能力中图分类号S154.3文献标识码A文章编号1007-5739(2024)04-0170-03DOI:10.3969/j.issn.1007-5739.2024.04.041开放科学(资源服务)标识码(OSID):磷是植物生长发育所需的矿物质元素之一,但土壤中的难溶性磷占比高达95%,能被植物直接吸收利用的磷占比不足5%[1]。
据相关报道,全世界范围内缺磷耕地占比约为43%,我国缺磷耕地比例约为74%[2]。
传统农业主要通过施用磷肥增加土壤中的有效磷含量,但过量施用磷肥导致磷被进一步固定在土壤中,造成土壤退化、重金属累积、水体富营养化等问题[3]。
随着人们环境保护意识的增强和农业可持续发展战略的实施,开发利用土壤微生物并将其制成微生物肥料用于提高土壤中的有效磷含量成为农业生产研究热点。
解磷菌作用机理与应用效果
解磷菌作用机理与应用效果解磷菌是一种微生物,能够释放磷元素,提高土壤中的磷含量,促进植物生长,提高农业生产效益。
本文将分别从解磷菌作用机理和应用效果两方面进行探讨。
一、解磷菌作用机理1.1 解磷菌的分类解磷菌广泛存在于土壤和水中,在分类上,可分为内生解磷菌、外生解磷菌和次生解磷菌三类。
内生解磷菌指的是与植物共生生长的解磷菌,例如根瘤菌、枯草芽孢杆菌等。
这类解磷菌是在植物根部形成一个生物群体,与植物根部交换养分。
内生解磷菌能够破坏植物中的有机磷物质,使之转化为无机磷,使植物能够更好地吸收磷元素。
外生解磷菌则是生存于土壤中的解磷菌,其主要特点是外生生长,不与植物形成共生关系,具有广泛的适应性和高强度的磷解除能力。
次生解磷菌是指能够利用有机氮、有机酸等有机物质来释放磷元素的解磷菌。
这类解磷菌存在于土壤和水中,能够产生大量的有机酸和胞外多糖,促进有机磷的矿化。
1.2 解磷菌作用机理解磷菌能够在土壤中分解有机磷,并将其转化为无机磷,提高土壤中的磷含量。
其机理主要有以下几方面:(1)胞外多糖解磷菌能够产生大量的胞外多糖,将有机酸和磷酸形成络合物,从而增加了磷元素在土壤中的稳定性和水溶性,促进了有机磷的矿化。
(2)酶类解磷菌会分泌磷酸酶和有机磷酶等酶类,将有机磷释放为无机磷,从而可被植物吸收利用,促进植物生长。
(3)生物群体一些内生解磷菌能够形成一个生物群体,与植物根部交换养分,不仅能够供给植物所需的磷元素,同时能够获得植物分泌的有机物质,利用有机磷,形成良性循环。
二、解磷菌应用效果解磷菌具有广泛的应用价值,主要有以下几方面:2.1 提高土壤肥力解磷菌能够分解有机磷,并将其转化为无机磷,提高土壤中的磷含量,促进植物生长,提高农业生产效益。
2.2 保护环境解磷菌能够代替化学肥料,减少肥料的使用量,降低了农业活动对环境的污染,同时也为土地保护提供了一种新思路。
2.3 养殖业中的应用解磷菌能够降低饲料中磷的含量,减少磷污染,对于养殖业来说是一种较为理想的环保措施。
解磷菌 促进植物 吸收磷 分子机制
解磷菌促进植物吸收磷分子机制下载温馨提示:该文档是我店铺精心编制而成,希望大家下载以后,能够帮助大家解决实际的问题。
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六 技术路线探讨
苏北盐碱滩涂土壤
解磷微生物的分离筛选
高效解磷菌的鉴定
高效解磷菌最佳培养条件
高效解磷菌剂
分子鉴定
传统真菌菌种鉴定方法主要以形态学为 依据,即通过培养后观察菌落形态和个体 显微特征,将菌种鉴定到纲、门、科、属、 种。然而真菌的形态特征复杂,且少数形 态特征和生理生化指标随着环境的变化而 不稳定,因此,在传统的真菌分类中常引 起分类系统的不稳定或意见分歧。 在真菌的现代分类学中引入了分子生物 学技术鉴定方法,可以使菌种的鉴定在以 形态特征和生理生化特征为基础的鉴定上 更加准确、可靠。
江苏海岸带地势开阔,土壤类型单 调,海堤以外主要分布滨海盐土类, 堤内老垦区分布潮土类。潮间带的土 壤为滨海盐土(海堤外至零米线的地区), 分为潮滩盐土、草甸海滨盐土和沼泽 海滨盐土三个亚类。 一般来说,从潮滩盐土到沼泽海 滨盐土, 土壤呈现含盐量逐渐降低, 有机质含量逐渐升高的趋势。
开发利用沿海滩涂土壤是我国农业生产中十 分迫切和重要的任务。随着耐盐作物育成和耐盐 经济植物发现 ,这些植物的营养状况将成为今后 解决的问题。 盐碱土壤的另一特点是可溶性有效磷含量低, 绝大部分以难溶性磷酸盐形式存在。而且盐碱土 壤一般无机盐丰富,有机质严重缺乏,土壤板结, 不宜施无机肥。 我国每年1/3的磷肥需要进口,复合肥料和微 生物肥料使用率不到30%(发达国家达到50%)。 土壤中的解磷微生物,可将土壤中难溶磷酸 盐转化为植物易吸收的可溶性磷,这为改善盐土 植物营养状况提供了出路。
发酵条件优化 发酵条件优化一般分为两步:第一步确 定各个培养因子的最佳种类,第二部确定 各个最佳因子的最佳水平。 第一步一般采用分别确定各因子最佳种 类的方法。例如,在其他培养条件相同的 情况下,选用同一水平的不同碳源(葡萄 糖,蔗糖,淀粉,糖蜜,小麦麸皮等)培 养微生物,根据结果(如菌体鲜重,解磷 能力等)选择出最佳碳源。
rDNA是核基因组中的序列,受到细胞 核中保护机制的保护,同时具有多变区和 保守区,利用其保守区可以研究高级分类 阶元关系,而利用多变区则也可研究种和 种下关系。 如核糖体DNA中18S,5.8S和28S的基 因组序列在大多数生物中趋于保守,在生 物种间变化小,而内转录间隔区ITS1和ITS2 作为非编码区,承受的选择压力较小,相 对变化较大,并且能够提供详尽的系统学 分析所需要的可遗传性状。 (技术路线)
二 解磷微生物的种类与分布
解磷微生物(Phosphate-solubilizing microoganism,PSM)是一类能够将植物难 以吸收的磷转化为可利用状态的微生物, 这类解磷微生物除了可以活化土壤中难溶 性的磷外,还可以通过影响植物根系分泌 物的种类和数量,以增加植物根系对周围 K,Ca,Mg,Fe,Zn等营养元素的吸收,使植物 能够适应盐碱缺磷的环境。
目前用于未知菌分类鉴定的核酸序列分 析最常选用的目的片段是rDNA。真菌基因 组中编码核糖体的基因包括4种,28S rDNA、5S rDNA、18S rDNA和5.8S rDNA。 它们在染色体上头尾相连、串联排列,相 互之间由间隔区分隔。 间隔区是位于核糖体大小亚基基因之间 的核苷酸序列。位于28S rDNA的3 ’端与 18S rDNA的5 ’端之间的序列称为核糖体内 转录间隔区(internal transcribed spacers, ITS),ITS1位于18S rDNA和5.8S rDNA之 间,ITS2位于5.8S rDNA和28S rDNA之间 (见图1)
人们在20世纪初开始注意到微生物与 土壤磷之间的关系。Sackett(1908)发现一 些难溶性的复合物施入土壤中,可以被作 为磷源而应用,他们从土壤中筛选出50株 细菌,其中36株在平板上形成了肉眼可见 的溶磷圈。1948年Gerretsen发现植物施入 不溶性的磷肥,经接种土壤微生物后,促 进了植株的生长,增加磷的吸收。他分离 出了这些微生物,发现这些微生物可帮助 磷矿粉的溶解。从此.许多科学家致力于 解磷菌的研究,相继报道了许多微生物具 有解磷作用。
土培(或砂培)法:一般是通过接种解磷菌 株到培养植物的土壤(或砂土)中,以不接种 解磷菌的植株为对照,通过测定土壤浸提 液中有效磷的含量来评定解磷菌株的解磷 能力。砂培法通常也结合同位素示踪法使 用。 同位素示踪法:在含标记有32P的不溶性 磷化合物(有机磷或无机磷)的培养基内接种 供试菌株,使菌体在培养过程中吸收32P, 再用含32P的菌体(以含32P的不接种菌株培 养基为对照)培育植物幼苗,测定该植株由 标记的菌体内吸入的32P量比对照样处理的 增加量,即为该菌体的解磷量。
按分解底物可以将解磷微生物分为两类:一 类是能够分解无机磷化合物的称为无机磷微生物 (包括假单孢菌属的一些种,无色杆菌属的一些种, 黄杆菌属的一些种以及氧化硫硫杆菌); 一类是具有分解有机磷化合物能力的称为有 机磷微生物(包括芽孢杆菌属的一些种,变形菌 属的一种,沙雷氏菌属的一些种)。 但由于解磷微生物解磷机理复杂,相当一部 分的解磷既能分泌有机酸溶解无机磷盐,又能分 泌磷酸酶物质分解有机磷(包括节杆菌属的一些 种、链霉菌属的一些种),因而很难准确区分无 机磷和有机磷微生物。
五 解磷能力的测定
解磷能力是表征解磷微生物作用的重要指标, 可采用定性法和定量法两种方法测定。 定性法一般指的是平板溶磷圈法; 平板溶菌圈法:将溶磷菌株在含有难溶性磷酸 盐或有机磷的固体平板培养基上培养,测定周围 菌落产生透明圈的大小。无机磷平板一般采用磷 酸钙盐固体培养基,接种菌株培养数天后,以磷 酸钙盐平板上菌落周围出现透明圈的视为有解无 机磷能力的菌株。有机磷平板一般采用卵黄平板 培养基,以卵黄平板上菌落周围出现混浊圈的视 为有解有机磷能力(卵磷脂被水解形成脂肪和磷 酸)。
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第二步一般采用正交实验的方法。
正交试验设计(Orthogonal experimental design)是研究多因素多 水平的又一种设计方法,它是根据正 交性从全面试验中挑选出部分有代表 性的点进行试验,这些有代表性的点 具备了“均匀分散,齐整可比”的特 点,正交试验设计是是一种高效率、 快速、经济的实验设计方法。
解磷微生物溶解难溶性磷化物的机制可归结为以下几类: (1) 通过生命代谢活动产生有机酸(细菌一般分泌乳酸、氨基 酸、草酸、延胡索酸和柠檬酸等,真菌主要分泌草酸、丙 二酸和乳酸等),这些酸一方面直接溶解土壤中难溶性磷 酸盐,另一方面则是通过鳌合作用释放出土壤磷素。 (2)由NH4+同化作用放出质子降低pH值,引起磷酸盐溶解。 (3)通过呼吸作用放出C02,降低环境pH值,从而引起磷酸盐 的溶解。 (4)磷细菌释放H2S,与磷酸铁进行化学反应产生硫酸亚铁和 可溶性磷酸盐。 (5)腐解植物残体而产生胡敏酸和富里酸。这两种酸能与复合 磷酸盐中的钙、铁鳌合,从而释放出磷酸根。它们也能与 铁、铝及磷酸盐形成稳定的可溶性复合物,这些复合物可 以被植物吸收利用。 (6)微生物对钙离子的吸收,使磷酸根离子进入土壤溶液。 (7)生物矿化作用。即通过分泌植酸酶、核酸酶和磷酸酶等物 质,将磷酸脂等有机磷降解。
解磷微生物(PSM)包括细菌、真菌和放线菌。 目前报道的解磷细菌主要有芽胞杆菌属 (Bacillus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、埃希氏 菌属(Escherichia)、欧文氏菌属(Erwinia)、土壤 杆菌属(Agrobacterium)、沙雷氏菌属(Serratia)、 黄杆菌属(Flavobacterium )、肠细菌属 (Enterbacter)、微球菌属(Micrococcus)、固氮菌 属(Azotobacter)、沙门氏菌属(Salmonella)、色杆 菌属(Chromobacterium)、产碱菌属(Alcali— genes)、节细菌属(Arthrobacter)、硫氧化硫功菌 (Thiobacillus thivoxidans)和多硫杆菌属 (Thiobacillus)等。 解磷真菌主要是青霉属(Penicillium)、曲霉属 (Aspergillus)和根霉属(Rhizopus )。 而解磷放线菌则绝大部分为链霉菌属 (Streptomyces)。
解磷微生物的分布表现出明显的根际效 应,主要表现在:根际土壤中的数量明显 高于非根际土壤。 解磷菌表现出的强根际效应可能与根 圈磷素营养亏缺诱导有关,但由于根圈微 生物的群落结构受根系分泌物及根脱落物 的影响,导致不同植物根圈微生物的组成 差别很大,这种作用也影响解磷菌的群落 组成。
同时,不同的植被类型和不同的生态环 境中,土壤解磷微生物的数量,种类及菌 群结构也不同。 林启美(2000) 等调查农田、林地、草 地和菜地等4种不同土壤生态环境中解磷菌 数量和种群结构时,发现前3种土壤中的有 机磷细菌只有菜地土壤的1/10,但农田土 壤中解磷细菌的总数所占比例并不低。耕 地土壤有机解磷菌主要是芽孢杆菌属,林 地和菜地则主要是假单胞杆菌属;无机磷 细菌种类比较少。
解磷微生物的筛选就是在分离出的具有 解磷能力的所有菌株中筛选出具有最强解 磷能力的菌株。 一般来说要以该解磷微生物将要应用的 实际环境作为筛选实验的条件,即在与应 环境相同的温度,pH值,盐度等条件下培 养解磷微生物,以解磷能力最强(一般以 培养基中有效磷含量最高为标准)的菌株 作为最优选择。
四 解磷机制
解磷微生物研究进展
郑琨
苏北盐碱滩涂土壤概况 解磷微生物的种类与分布 解磷微生物的分离筛选 解磷机制 解磷能力的测定 技术路线探讨
一 苏北盐碱滩涂土壤概况
江苏沿海滩涂资源总面积约65.24×104 平方公里,由潮上带(25.98×104平方公里)、 潮间带(26.57×104平方公里)及辐射沙脊群 的出露沙洲(12.69×104平方公里)组成。江 苏海岸由砂质海岸、基岩海岸、和淤泥质 海岸组成,以粉沙淤泥质海岸为主,占全 省海岸线长度的90.5%
三 解磷微生物的分离筛选
目前,分离解磷微生物的方法一般是根据在 以磷酸三钙为唯一磷源的平板上产生透明圈来确 定。 例如真菌无机磷培养基:蔗糖2g、葡萄糖2 g、 NH4Cl 1.5g、KCl 0.3g、MgSO4 .7H2O 0.4g、 NaCl 0.2g、磷酸钙20g,蒸馏水1000 mL, pH7.0。 如果筛选耐盐解磷菌株,则需要根据实地盐 浓度在培养基中添加NaCl。