玉米SSR引物尾巴序列的设计方法

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构建玉米新品种新科19指纹图谱的SSR引物筛选

构建玉米新品种新科19指纹图谱的SSR引物筛选

构建玉米新品种新科19指纹图谱的SSR引物筛选作者:王文洁,周联东,郭玉霞,刘经纬,刘喜存来源:《湖北农业科学》2011年第17期摘要:以玉米新品种新科19及其亲本为材料,从50对玉米SSR引物中筛选出在新科19双亲之间多态性明显、重复性较好的5对引物bmc1792、bnlg1496、umc2105、bnlg2291和phi065,可用于鉴定新科19的真实性,同时为鉴定该种子的纯度提供参考。

该方法具有准确可靠、实用性强等优点,可为生产上杂交种新科19真实性的快捷有效鉴定提供科学依据。

关键词:玉米;杂交种;SSR标记;真实性鉴定中图分类号:S513文献标识码:A文章编号:0439-8114(2011)17-3635-02ScreeningSSRPrimersforFingerprintEstablishmentofMaizeHybridXinke19WANGWen-jie,ZHOULian-dong,GUOYu-xia,LIUJing-wei,LIUXi-cun(XinxiangAcademyofAgriculturalSciencesofHenan,Xinxiang453000,Henan,China)Abstract:GenomicDNAofXinke19anditsparentswasextractedforscreeningSSRmarkersthatcould beappliedinfingerprintestablishmentfrom50pairsofSSRprimers.Asaresult,fivepairsofprimers,bmc1792,bnlg1496,umc2105,bnlg2291andphi065,whichpresented apparent polymorphismbetweentheparents,weredeterminedascandidatesfor authenticity identification ofXinke19.Thisprocedurewithhighaccuracyandstrongpracticalitywasapplicablefortestingseed authenticity ofXinke19rapidlyandefficiently.Keywords:maize(ZeamayL.);hybrid;SSRmarker; authenticity identification随着品种数量的增多以及少数骨干亲本的集中应用,玉米品种间的遗传差异越来越小,同工酶和蛋白质电泳技术已经不能有效鉴定种子的纯度和真实性。

玉米品种鉴定技术规程 ssr标记法

玉米品种鉴定技术规程 ssr标记法

玉米品种鉴定技术规程 ssr标记法SSR(Simple Sequence Repeat)标记法是一种用于玉米品种鉴定的技术规程。

以下是关于玉米品种鉴定技术规程 SSR 标记法的一些基本信息:1. SSR 标记的原理:SSR 标记是基于短小简单重复序列的分子标记技术。

这些重复序列在基因组中广泛存在且具有高度多态性。

通过设计特定的引物,可以扩增并检测这些 SSR 标记,从而识别不同品种之间的差异。

2. DNA 提取:从待鉴定的玉米样本中提取高质量的 DNA 是进行 SSR 分析的重要步骤。

通常使用适当的 DNA 提取方法,如 CTAB 法或商业试剂盒。

3. SSR 引物设计:针对玉米基因组中的 SSR 位点,设计特异性的引物对。

这些引物可以根据已发表的玉米 SSR 数据库或通过自行开发来获得。

4. PCR 扩增:使用设计的 SSR 引物对,对提取的 DNA 进行 PCR 扩增。

PCR 反应条件可以根据引物的特性和设备要求进行优化。

5. 电泳和凝胶分析:扩增产物通过电泳在琼脂糖凝胶或聚丙烯酰胺凝胶上进行分离。

根据 SSR 标记的大小差异,可以观察到不同的电泳条带。

6. 数据分析:对电泳结果进行分析,记录每个品种的 SSR 标记图谱。

通过比较不同品种之间的图谱差异,可以鉴定出品种的独特特征。

7. 品种鉴定:根据 SSR 标记的多态性和品种特有的图谱模式,可以对玉米品种进行准确的鉴定和区分。

需要注意的是,SSR 标记法需要专业的实验室设备和技术操作,同时也需要对玉米基因组和 SSR 标记的相关知识有一定的了解。

在进行品种鉴定时,建议遵循相关的标准操作程序和实验室安全规范。

SSR标记及其在玉米中的应用

SSR标记及其在玉米中的应用

Ke od :S (i l sq ec pa) oeu r res Ma e R v w yw r sS R s e eu ner et ;M lcl kr, i ; ei mp e a ma z e
玉米 是世 界上 分 布最广 泛 的粮食作 物 之一 , 植 面积 种 仅 次于小 麦 和水 稻而 居 第 三 位 。玉 米是 重 要 的 粮食 和饲 料作 物 , 是现 代食 品 、 也 医药 、 学 工 业 的 重要 原 料 作 物 。 化
中图分 类号
¥ 1 53
文献标识码

文章编号
10 7 3 (0 1 1 5 0 0 7— 7 1 2 1 ) 1— 5— 4
S R a k r Te h o o y a d IS Ap l a i n t a z S M r e c n l g n t p i t o M ie c o
布, 由于重复次数和重复程 度的不同 , 造成了每个基 因位
点 的多态性 。其 长度一 般较 短 , 广泛 分布 于基 因组 的不 同
西 南 山区及 其它旱 谷 地 区的 主要 粮 食 之 一 。近 年来 随着 各 国畜牧 业 的发展 , 全世界 玉米 需求 量大 幅增 长 。在 过去
几 十年 里 , 国玉米 种 植 面积 和 产 量 有 了很 大 的发 展 , 我 目
显性等优 点。简要 介绍 了 S R分子标记技 术的原理 和特 点 , 点介 绍了 SR标记在玉米遗传 多样性 、 因定位 、 子 S 重 S 基 分 辅 助标 记、 遗传 图谱构 建、 种质 资源鉴 定等方面的应用 , 并对 S R标记技 术在 玉米研 究 中的应用前景进行 了展 望。 S
关 键 词 :S 分 子 标记 ; S R; 玉米 ; 述 综

SSR分子标记在玉米育种中的研究进展

SSR分子标记在玉米育种中的研究进展

SSR分子标记在玉米育种中的研究进展摘要简要介绍了SSR分子标记的原理及特点,综述了近年来SSR分子标记在玉米遗传多样性分析、杂种优势群的划分、品种纯度及真伪鉴定、遗传连锁图谱的构建及基因定位、单倍体育种、分子标记辅助选择育种中的研究进展及应用前景,以期为SSR分子标记技术在作物育种中的应用提供参考。

关键词SSR;分子标记;玉米;遗传育种中图分类号S513 文献标识码 A 文章编号1007-5739(2016)07-0015-02Abstract The principle and characteristics of SSR molecular marker were simply introduced,the research advances and application prospect of SSR molecular marker in maize breeding were summarized in past years,such as the analysis of genetic diversity,division of heterosis groups,the detection of the hybred purity and its authenticity,construction of genetic spectrum and gene locating,haploid breeding and selection breeding assisted by molecular markers,in order to provide reference for the application of SSR molecular markers in crop breeding.Key words SSR;molecular markers;maize;geneticbreeding在传统的培育玉米的过程中,选择的依据常为表型的性状,由于受环境等多方面的影响,该依据效率不高,有很多缺点。

SSR分子标记剖析

SSR分子标记剖析

三、实验用品
1. 仪器设备与耗材:PCR扩增仪、电泳仪和电泳槽、 微型移液器、恒温水浴锅、凝胶成像系统等,离心 管、PCR管、移液器枪头等 2. 试剂 ① 提取缓冲液:100mmol/L Tris· Cl,20mmol/L EDTA ,500mmol/L NaCl,1.5% SDS。 ② 氯仿:异戊醇:乙醇(80:4:16)。
引物 设计

使用,筛选SSR位点
5'锚定PCR 分离SSR标记
K可以跟任何核苷酸配对,V不 能与A配对,R不能与G配对, 其他核苷酸均可与它们配对。 这样,VRVRV五个碱基一起 构成了一个封闭碱基群。在 PCR过程中,由于VRVRV不 能与GA配对,该引物与模板 DNA结合的时候,就不会在 (GA)n重复区滑动,只会结合 在如图1所示的位置上,以保 证SSR位点的长度多态性不会 丢失。
SSR座位突变率高,对变异反应非常敏感等等。
2. SSR分子标记的步骤
第一步:基因组DNA 提取 第二步:PCR 第三步:扩增产物电泳检测 第四步:结果分析
微卫星分子标记对18份基因型的扩增结果
3. SSR分子标记引物设计

从有关数据库(GenBank, EMBL DDBJ等)或文章中查 询
之用。
2. DNA提取
① ② ③ ④ ⑤ ⑥ ⑦ ⑧ ⑨ 将玉米幼叶在研钵中加液氮磨成粉状后,取约0.1g放入1.5ml离心管中,立 即加入0.5ml提取缓冲液(60℃水浴预热),摇动混匀。 60℃水浴保温30~60min(时间长,DNA产量高),不时摇动。 加入0.5ml氯仿:异戊醇:乙醇(80:4:16)溶液,颠倒混匀,室温下静 置5~10 min,使水相和有机相分层。 室温下12000rpm离心5 min。 小心移取上清液至另一1.5ml离心管,加入等体积异丙醇,混匀,室温下放 置片刻即出现絮状DNA沉淀。 室温下12000rpm离心5 min,去除上清液,再加入100μl TE溶解沉淀。 加入1/10体积(约10μl)的3mol/L NaAc及二倍体积(约300μl)预冷的无 水乙醇,混匀,-20℃放置20 min左右。 室温下12000rpm离心5 min。 去上清,用1ml 70%乙醇漂洗沉淀二次,待沉淀干燥后,重新加入100μl TE溶解,-20℃贮存,备用。

ssr分子标记引物序列书写格式

ssr分子标记引物序列书写格式

SSR 分子标记引物序列书写格式探究一、引言在分子生物学和遗传学领域,简单重复序列(Simple Sequence Repeats, SSR)被广泛应用于分子标记和遗传多样性研究。

而作为SSR分子标记的引物序列书写格式对于实验设计和数据分析具有重要意义。

本文将对SSR分子标记引物序列书写格式进行全面探讨,旨在帮助读者更深入地理解这一主题。

二、SSR 分子标记引物序列书写格式概述1. SSR分子标记的定义和作用在揭示DNA序列多样性、建立分子遗传连锁图谱、确定亲缘关系等方面,SSR分子标记具有重要应用价值。

它是由重复单元组成的DNA片段,重复单元通常包括二核苷酸甚至多核苷酸序列。

SSR分子标记通过PCR扩增和电泳分析可用于研究种群遗传结构、构建遗传图谱等。

2. 引物序列书写格式的重要性引物序列是进行PCR扩增的关键,其书写格式的准确与否直接影响着实验结果的可靠性。

了解和掌握SSR引物序列的书写格式至关重要。

三、SSR引物序列书写格式详解1. 引物序列的组成SSR引物序列通常由引物头部、SSR区域和引物尾部三部分组成。

其中,SSR区域是包含了重复单元的片段,引物头部和引物尾部则用于引导PCR扩增。

在书写SSR引物序列时,需要明确标注这三个部分的具体序列。

2. 引物序列的长度和序列特点根据SSR区域重复单元的长度和形式,引物序列的长度和特点会有所不同。

对于不同长度的SSR重复单元,引物序列的设计需考虑到引物长度的合理性以及引物串联的可能性。

3. 引物序列书写格式规范在书写SSR引物序列时,需要遵循一定的规范和格式,确保信息的准确性和可读性。

通常,引物序列的书写包括引物名称、引物序列、引物位置等内容,同时还需要标注引物头部和引物尾部的具体序列。

四、SSR引物序列书写格式的个人观点和理解在我的看来,了解和掌握SSR引物序列书写格式对于进行分子标记研究至关重要。

准确且规范的引物序列书写格式有助于确保实验结果的可靠性,帮助研究人员更好地开展遗传多样性和亲缘关系等方面的研究。

适于玉米杂交种纯度鉴定的SSR核心引物的确定及纯度鉴定图谱绘制

适于玉米杂交种纯度鉴定的SSR核心引物的确定及纯度鉴定图谱绘制

农业生物技术学报 Journal of Agricultural Biotechnology 2007,15(6):964~969*基金项目: 北京农业育种基础研究创新平台、 北京市自然科学基金项目 (No.YZPT02­06)、 北京市科技新星项目 (No.2003B23) 和吉林省科技 计划项目 (No.20030555) 资助。

**通讯作者。

Author for correspondence.赵久然, 研究员, 主要从事玉米遗传育种及品种鉴定研究。

E­mail:<jiuran@>; 戴景瑞, 院士, 教授, 主要从事玉米遗传育种研究。

E­mail:<daijr@>. 收稿日期:2006­11­21 接受日期:2007­01­31 ·研究论文· 适于玉米杂交种纯度鉴定的 SSR 核心引物的确定 *王凤格 1,2 , 赵久然 1 **,王 璐 1 , 易红梅 1 , 郭景伦 1 , 戴景瑞 2**, 原亚萍 3 , 卢柏山 1 ,杨国航 1 (1.北京市农林科学院玉米研究中心, 北京 100097; 2.中国农业大学农学与生物技术学院, 北京 100094;3.吉林大学植物科学学院, 长春 130062)摘要: 为了确定一套适于玉米杂交种纯度鉴定的核心 SSR 引物, 利用 10 个 SSR 引物对 420 份已知玉米 ( ) 杂交种进行 DNA 指纹分析。

综合考虑多态性和杂合率两个指标,确定 bnlg161和bnlg1450为玉米杂交种纯度鉴定的首选核心引 物,利用这两个引物进行筛选,412 个品种 (占 98%) 能够找到具有杂合带型的鉴定引物, 确定 5 个引物 bnlg439、 bnlg125、 umc2105、 umc1705和 bnlg1792为玉米杂交种纯度鉴定的备选核心引物。

利用SSR标记分析玉米群体遗传变异的取样方法

利用SSR标记分析玉米群体遗传变异的取样方法

D 表示 ,20 株叶片混合提取的 DNA (共 2 个混合样 本) 用 E 表示 ,每个群体共获得 70 个 DNA 样本 。
在聚丙烯酰胺凝胶上第 1 泳道是分子量标准 (pBR322/ Msp Ⅰ) ,将接下来的 65 个泳道分成 5 组 , 即每 13 个泳道为 1 组 。其中 ,第 1 组的 2~11 泳道 是 1~10 号单株 DNA 样本 ,第 12 和 13 泳道分别是 1~5 号和 6~10 号单株叶片混合提取的 DNA 样本 , 第 14 泳道是 1~10 号单株叶片混合提取的 DNA 样 本 ;第 2 组的 15~24 泳道是 11~20 号单株 DNA 样 本 ,第 25 和 26 泳道分别是 11~15 和 16~20 号单株 叶片混合提取的 DNA 样本 ,第 27 号泳道是 11~20 号单株叶片混合提取的 DNA 样本 ,依次类推 。第 66 、67 和 68 泳道分别是 1~15 、16~30 和 31~45 号 单株叶片混合提取的 DNA 样本 ;第 69 和 70 泳道分 别是 1~20 和 21~40 号单株叶片混合提取的 DNA 样本 。
关键词 : 玉米群体 ;SSR 标记 ;遗传多样性 ;DNA 样本 中图分类号 : S513
Sampling Method for Genetic Variation Survey in Maize Populations Detected by
SSR Markers
LIU Xue 3 , LI Ming2Shun 3 , LI Xin2Hai , TIAN Qing2Zhen , BAI Li , ZHANG Shi2Huang 3 3
(中国农业科学院作物科学研究所/ 农业部作物遗传育种重点开放实验室 , 北京 100081)

玉米品种鉴定技术规程 ssr标记法

玉米品种鉴定技术规程 ssr标记法

玉米品种鉴定技术规程 ssr标记法玉米(Zea mays L.)是世界上最重要的粮食作物之一,具有广泛的生态适应性和经济价值。

为了满足农业生产的需求和科学研究的需要,科学家们开发了多种玉米品种,并针对其进行了鉴定和分类。

其中,SSR标记法是一种常用的玉米品种鉴定技术规程,本文将重点介绍该技术规程的原理和步骤。

SSR(Simple Sequence Repeat)标记法是一种基于已知序列的重复单元寻找多态性位点的分子标记技术。

其原理是利用多态性位点的存在或不存在来鉴定不同的品种。

在玉米品种鉴定中,研究人员根据SSR标记法的原理,选取一些具有丰富多态性的SSR标记位点,通过PCR扩增和凝胶电泳等技术手段,检测和分离出目标位点,并根据目标位点的存在与否来判定玉米品种。

玉米品种鉴定的具体步骤如下:1. 提取玉米DNA:玉米DNA的提取是进行SSR标记法鉴定的关键步骤。

通常采用的方法是将玉米叶片或种子样品经过粉碎处理,使用提取试剂将DNA从细胞中分离出来。

2. PCR扩增:PCR(Polymerase Chain Reaction)是一种通过体外合成技术快速扩增特定DNA片段的方法。

在玉米品种鉴定中,选择目标SSR标记位点进行PCR 扩增,采用合适的引物组合和PCR条件,使目标位点得到特异性扩增。

3. 凝胶电泳:凝胶电泳是一种常用的分子生物学技术,用于分离和鉴定扩增产物。

将PCR扩增产物与DNA分子量标记物一同加载到琼脂糖凝胶孔中,施加电场后,根据扩增产物的大小,观察和记录目标位点的迁移距离。

4. 结果分析:通过观察凝胶电泳图像,可以判断目标位点的存在与否以及不同品种之间的差异。

如果目标位点在某个品种中存在,而在其他品种中不存在,则可以判定该品种具有独特的SSR标记,从而进行鉴定和分类。

SSR标记法作为一种快速、准确、可重复的玉米品种鉴定技术规程,广泛应用于玉米遗传育种和种质资源保护等领域。

它不仅可以用于鉴定玉米品种的纯度和纯度保持,还可用于种质资源的评价、亲源分析和遗传多样性研究等方面。

SSR标记在玉米研究中的应用研究进展

SSR标记在玉米研究中的应用研究进展

SSR标记在玉米研究中的应用研究进展SSR(Simple Sequence Repeats)是一类分子标记,在玉米研究中被广泛应用于遗传多样性分析、种质资源评价、亲缘关系确定、基因定位与连锁图构建、优良品种选育等方面。

随着分子生物学、生物信息学和基因组学等领域的快速发展,SSR标记的应用也得到了不断加强和拓展。

一、遗传多样性分析遗传多样性是指种群或个体间基因型和表型的差异程度。

通过SSR标记的多态性分析,可以准确测定玉米种质资源的遗传多样性水平,评估品种的亲缘关系,为玉米育种提供依据。

通过分析遗传多样性,可以发现不同地理分布的玉米亚种之间的遗传差异,从而为玉米的种质创新和种质改良提供理论指导。

二、新品种选育在玉米育种中,新品种的选育需要对大量的种质资源进行筛选和评估。

SSR标记可以帮助鉴定表现良好的亲本,加速杂交配制和品质改良过程。

通过SSR标记与目标性状之间的关联分析,可以筛选出与特定性状相关的分子标记,缩短选育周期,提高选育效率。

SSR标记也可用于品种纯度鉴定和品种保护。

三、基因定位与连锁图构建SSR标记常用于基因定位和连锁图构建,有助于了解玉米基因组结构和基因座间的遗传距离。

通过标记与性状的关联分析,可以找出与目标性状相关的分子标记,进而鉴定和定位相应的基因。

SSR标记的高度多态性和均匀分布特性,为构建高密度的连锁图提供了可靠的工具,促进了玉米的分子遗传学研究。

四、种质资源评价SSR标记可以帮助对玉米种质资源进行鉴定和评价。

通过遗传多样性的分析,可以评估遗传资源的丰富性和多样性。

通过SSR标记的分析,可以揭示种质资源中的关联关系和遗传背景,为玉米育种提供合适的亲本材料和育种策略。

SSR标记在玉米研究中有着广泛的应用。

通过对遗传多样性的研究,可以了解玉米种质资源的多样性和遗传背景,为玉米育种提供理论依据。

通过与目标性状的关联分析,可以筛选出与特定性状相关的分子标记,加速选育过程。

通过基因定位和连锁图构建,可以了解玉米基因组结构和基因座间的遗传距离。

SSR分子标记在玉米育种中的应用

SSR分子标记在玉米育种中的应用
D A序列。 N 它们普 遍存 在 于真核生 物 中 , 由于其序 列 构 建 进 展 很 快 。S R 分 子 标 记 可 以迅 速 寻 找 样 品 S
的重复 次数 变化 很 大 .S S R与 其 它 D A 标 记 相 比具 D A 分子 间多 态性差 异 。进而 得 到与 此差 异相 连锁 N N 有更 高 的多 态性 。 卫 星 D A两 端 多为相 对保 守 的 的标 记 。从 而将 目标基 因定 位 在这 一 区 域 内 。近年 微 N 单 拷 贝序 列 ,通 过设 计 特定 的引物 进行 P R 扩增 , 来 。利 用 S R 分子标 记 在玉米 的遗传 图谱 构建 及基 C S
[ 向道 权 , 海 河 ห้องสมุดไป่ตู้ 永 国, . 2 】 曹 曹 等 玉米 S R遗 传 图谱 的构 建 及 产 量 S 性 状基 因定 位 [ . 传 学 报,0 1 8 8 : 8 7 4 J遗 ] 20, () 7— 8. 2 7
及 系谱 分析 基本 一致 ; 希 慧等【 用 S R 分 子标 记 【 路 明, 芳 , 传 晓 , . 米 杂 交 种 掖 单 1 的 S R 连 锁 图 刘 7 J 利 S 3 】 周 谢 等玉 3号 S
增稳 定 、 物 序列 易 于交 流等 特 点 , 为 目前最 经 济 生化 常规 标 记来 构建 的 。这 些 遗传 标记 的数 量在 用 引 成
省 时 的 分 子 标 记 技术 之 一 _ 近年 来 ,S 标 记 在 玉 来 构 成作 图群体 的一对 亲本 材 料 中极 为有 限 , l 1 , SR 因此 , 米育 种 中得到 广泛 的应用 。文 章综 述 了 S R标 记 的 遗 传 图谱 的发展 极为缓 慢 。 组 D A 技术 的问世使 S 重 N 应用 原理 及其 在玉 米育种 上 的应用 。 得 几 乎所 有 的生 物 学学 科都 被 带入 了分 子 生 物 学 的

ssr分子标记技术及其在玉米种子鉴定上的应用

ssr分子标记技术及其在玉米种子鉴定上的应用

ssr分子标记技术及其在玉米种子鉴定上的应用随着现代农业的发展,种子质量的鉴定变得越来越重要。

其中,分子标记技术成为了种子鉴定的重要手段之一。

SSR分子标记技术是一种基于DNA序列多态性的分子标记技术,具有高度的稳定性、可重复性和高度的信息含量。

本文将介绍SSR分子标记技术及其在玉米种子鉴定上的应用。

一、SSR分子标记技术的基本原理SSR分子标记技术是基于DNA序列上短重复序列的多态性而开发的一种分子标记技术。

这些短重复序列通常为2-6个碱基的重复序列,如ATATAT、AGAGAG等。

在不同个体中,这些短重复序列的重复次数和排列方式不同,因此可以用作分子标记。

SSR分子标记技术的基本原理是:首先从待分析的DNA样品中提取出DNA,并使用PCR技术扩增出含有SSR位点的DNA片段。

然后,利用电泳技术将扩增出的DNA片段分离出来,并通过染色体特异性的显色剂进行染色。

最后,通过比较不同个体的DNA条带图谱,确定不同个体之间的遗传差异。

二、SSR分子标记技术在玉米种子鉴定中的应用SSR分子标记技术在玉米种子鉴定中的应用主要体现在以下几个方面:1.玉米品种的鉴定SSR分子标记技术可以通过比较不同玉米品种的DNA条带图谱,确定不同品种之间的遗传差异。

这种方法比传统的形态学鉴定方法更为准确和可靠。

2.杂交种子的鉴定杂交种子是由不同品种的玉米杂交而成的,因此杂交种子的遗传背景比较复杂。

使用SSR分子标记技术可以快速准确地鉴定杂交种子的亲本品种,有助于杂交育种的进展。

3.种子纯度的鉴定种子纯度是指种子中所含的杂质和其他品种的比例。

使用SSR分子标记技术可以准确地鉴定种子的纯度,有助于保证种子的品质和纯度。

4.种子存储的鉴定种子存储过程中,可能会发生一些突变和遗传变异,从而影响种子的品质和纯度。

使用SSR分子标记技术可以快速准确地鉴定种子存储过程中的遗传变异,有助于提高种子的品质和纯度。

三、SSR分子标记技术在玉米种子鉴定中的应用案例1.玉米品种的鉴定一项研究使用SSR分子标记技术对中国南方地区的20个玉米品种进行了鉴定。

玉米分子遗传图谱的SSR和AFLP标记构建

玉米分子遗传图谱的SSR和AFLP标记构建

玉米分子遗传图谱的SSR和AFLP标记构建
兰进好;张宝石
【期刊名称】《西北农林科技大学学报(自然科学版)》
【年(卷),期】2004(032)012
【摘要】以黄早四×Mo17自交形成的191个F2单株为作图群体,利用240对SSR引物和280对AFLP选扩引物,在亲本黄早四和Mo17之间进行了多态性检测,筛选出91对SSR引物和20对AFLP选扩引物用于F2群体分析.利用上述引物组合共检测到248个多态性标记位点,其中的218个标记构建了玉米分子连锁图谱,该图谱覆盖基因组全长2015.5 cM,标记间平均间距9.69 cM.
【总页数】6页(P28-32,37)
【作者】兰进好;张宝石
【作者单位】沈阳农业大学,农学院,辽宁,沈阳,110161;沈阳农业大学,农学院,辽宁,沈阳,110161
【正文语种】中文
【中图分类】S513.032
【相关文献】
1.利用SSR和ISSR标记技术构建西瓜分子遗传图谱 [J], 易克;徐向利;卢向阳;许勇;肖浪涛;王永健;康国斌
2.利用SRAP、SSR和AFLP标记构建甘蓝型油菜遗传连锁图谱 [J], 李媛媛;沈金雄;王同华;傅廷栋;马朝芝
3.基于SSR分子标记的鸭茅指纹图谱构建及遗传多样性分析 [J], 陈冬明;刘长清;
朱连发;李平;蒋艳君;马泽郎;毛晓尧;李松明;王庭鑫
4.基于SSR分子标记的鸭茅指纹图谱构建及遗传多样性分析 [J], 陈冬明;刘长清;朱连发;李平;蒋艳君;马泽郎;毛晓尧;李松明;王庭鑫
5.玉米SSR遗传图谱的构建及产量性状基因定位 [J], 向道权;曹海河;曹永国;杨俊品;黄烈健;王守才;戴景瑞
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SSR标记在玉米遗传多态性及杂种优势群划分中的应用

SSR标记在玉米遗传多态性及杂种优势群划分中的应用
记方法适合进行玉米种质遗传多样性的研究 " 他还 于 ;55= 年用 **& 和 &’(" 两种标记对 ;6 份玉米自 交系的杂种优势群进行了研究 ! 筛选出 :9 个 &’(" 探针酶组合和 99 对多态性 **& 引物变异 !**& 位点的平均 "+$ 值高于 &’(" ! 两种标记均将试材自交系划分为塘 四平头 # 旅大红骨 #(*$ #A*** 和 "BQ"M 种质 %: 个类
群 ! 划群结果与系谱分析基本一致 !并把系谱来源不 清的种质划分到相应的优势群中 " "M 群的确认 ! 进 一步完善了我国玉米种质杂种优势群的基本框架 ! 为育种实践提供了有价值的信息 "
; 地方玉米种质的遗传多样性及杂种 优势群
田孟良等依据 **& 标记 !研究了贵州 # 云南的 6 个糯玉米地方品种和 : 个普通玉米地方品种的遗传 差异 " 46 对 **& 引物共检测出 885 个等位基因变 异 ! 平均每个位点的等位基因变异为 73=D 个 " 聚类 分析表明 ! 在分子水平上糯玉米与普通玉米存在着 较大的遗传差异 ! 这不仅表现在 RFS 基因及相关位 点 ! 而且遍布整个基因组 " 吴渝生等用 **& 标记分
A*** 及 (F.@FKL-1 9 个类群 ! 划群结果与系谱分析 和育种家经验基本相符 " 除以前鉴定出的 : 个类群 外 ! 还鉴定出 "A 群 ! 同时将来源于 "M 材料的自交 系分为 "B 和 "A 群 " 刘杰等利用 **& 标记研究了 我国 =: 个骨干玉米自交系的遗传变异和优势类群 ! 75 个 **& 引物对共检测到 =DD 个等位基因变异 ! 每 个 **& 位点的等位基因数为 ; J 6 个 ! 平 均 为 734 个 " 位点的多态信息含量 H"+$% 值变幅 居 53895 J 53D:= 之间 ! 平均为 5394:!N.OP==5D 等 =5 个引物可 有效地将 =: 个自交系区分开来 " 供试材料可分为 7

3个玉米杂交种和亲本SSR指纹图谱的构建

3个玉米杂交种和亲本SSR指纹图谱的构建
(1华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室 ,湖北武汉 430070 ; 2云南农业大学农学与生物技术学院 ,云南昆明 650201)
摘 要 以 3 个云南省大面积推广的玉米杂交种及其亲本为试材 ,从 96 对 SSR 引物中筛选出 24 对引物 ,这些引物分布 在玉米基因组的 10 条染色体上 ,每对引物可以检测到 1~6 个数目不等的多态性片段 (allele) ,共 97 个多态性片段 ,平均 为 4. 04 个 ,片段大小介于 85~300 bp 之间 。在比较分析各试材图谱的基础上 ,探讨了构建品种指纹图谱的统计学方法 , 建立了适于种子检验中使用的标准 SSR 标记指纹图谱 。对随机挑选的 4 个自交系进行了指纹图谱构建的理论与实践验 证。 关键词 玉米 ; 指纹图谱 ; 种子检验 中图分类号 : S513 文献标识码 : A
玉米杂交种和亲本的遗传真实性是种子质量的 重要标志之一 ,它直接影响着玉米生产的产量和质 量 。建立快速 、标准的玉米种子质量检测的方法已 成为各级政府 、种子生产 、经营部门和广大农民十分 关注 ,规范市场经济秩序迫切需要的技术之一 。传 统的种子质量检验方法有田间性状鉴定和籽粒形态 鉴定 ,它们具有方法简单 、快速经济的特点 。但是 , 田间性状鉴定所需周期长 ,耗费大量人力 、物力和财
Establishment of Fingerprinting for Three Hybrids and Their Parents by SSR Mark2 ers
WU Yu2Sheng1 ,2 YANG Wen2Peng1 ZHENG Yong2Lian1 3
(1 National Key Laboratory of Crop Genetics and Improvement , Huazhong Agricultural University , Wuhan , Hubei 430070 ; 2 Faculty of Agronomy and Biotechnology , Yunnan Agricultural University , Kunming , Yunnan 650201 , China)

玉米SSR引物尾巴序列的设计方法

玉米SSR引物尾巴序列的设计方法

玉米SSR引物尾巴序列的设计方法匡猛;王凤格;赵久然;邢国风;易红梅;孙艳美;于新艳;王璐【期刊名称】《农业生物技术学报》【年(卷),期】2007(15)6【摘要】利用遗传分析仪进行高通量荧光检测时,一般做法是对SSR引物直接进行荧光标记,即在SSR引物的5'端或引物内部某个碱基进行荧光标记,然后应用自动荧光检测系统分析PCR产物的确切长度。

在需要检测的SSR引物数量大时,【总页数】2页(P1072-1073)【作者】匡猛;王凤格;赵久然;邢国风;易红梅;孙艳美;于新艳;王璐【作者单位】西南科技大学生命科学与工程学院,绵阳,621010;北京市农林科学院玉米研究中心,北京,100097;北京市农林科学院玉米研究中心,北京,100097;北京市农林科学院玉米研究中心,北京,100097;西南科技大学生命科学与工程学院,绵阳,621010;北京市农林科学院玉米研究中心,北京,100097;北京市农林科学院玉米研究中心,北京,100097;北京市农林科学院玉米研究中心,北京,100097;北京市农林科学院玉米研究中心,北京,100097【正文语种】中文【中图分类】S188【相关文献】1.玉米SSR引物和甘蔗EST-SSR引物在芒属中的通用性研究 [J], 卢玉飞;蒋建雄;易自力2.白皮松EST-SSR序列分布特征及引物开发 [J], 李昕蔓;金卓颖;苏安然;杨林夕;苏晟;王磊;张军3.中国玉米新品种DNA指纹库建立系列研究Ⅱ.适于玉米自交系和杂交种指纹图谱绘制的SSR核心引物的确定 [J], 赵久然;王凤格;郭景伦;陈刚;廖琴;孙世贤;陈如明;刘龙洲4.基于近缘物种SSR引物和EST-SSR序列的梅花SSR引物开发 [J], 吴根松;孙丽丹;张启翔;潘会堂;蔡明5.中国玉米新品种DNA指纹库建立系列研究Ⅲ.多重PCR技术在玉米SSR引物扩增中的应用 [J], 王凤格;赵久然;佘花娣;郭景伦;陈刚;廖琴;孙世贤;陈如明因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。

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农业生物技术学报 Journal of Agricultural Biotechnology 2007,15(6):1072~1073*基金项目: 北京农业育种基础研究创新平台和北京市自然科学基金项目 (No.YZPT02­06) 资助。

**通讯作者。

Author for correspondence.邢国风.研究员.E­mail : xingguofeng@ ; 赵久然.研究员.E­mail : jiuran@ 收稿日期:2006­12­28 接受日期: 2007­02­08 ·研究简报· 玉米 SSR 引物尾巴序列的设计方法*匡 猛 1,2 , 王凤格 2 ,赵久然 2 **,邢国风 1 **, 易红梅 2 ,孙艳美 2 ,于新艳 2 ,王 璐 2(1.西南科技大学生命科学与工程学院,绵阳621010;2.北京市农林科学院玉米研究中心,北京100097) 关键词: 玉米; SSR ; 尾巴序列; 毛细管电泳;荧光检测 中图分类号:S188 文献标识码: A 文章编号: 1006­1304(2007)06­1072­02A Method of Designing Tail Sequence for Maize SSR PrimersKUANG Meng 1,2 ,WANG Feng­ge 2 ,ZHAO Jiu­ran 2 **,XING Guo­feng 1 **,YI Hong­mei 2 ,SUN Yan­mei 2 ,YU Xin­yan 2 ,WANG Lu2maize ; SSR ; tail sequence ; capillary electrophoresis ; fluorescent detection利用遗传分析仪进行高通量荧光检测时, 一般做法是对 SSR 引物直接进行荧光标记,即在 SSR 引物的 5' 端或引物内部某个碱基进行荧光标记, 然后应用自动荧光检测系统分 析PCR 产物的确切长度。

在需要检测的 SSR 引物数量大时, 这种做法常常带来成本过高的问题。

Oetting.(1995)首次把M13序列引入 SSR 鉴定中, 后经 Schuelke(2000)进一步完 善。

李会勇等(2005) 将 M13 序列应用于高粱 SSR 基因型鉴 定中。

本研究以M13和序列为研究基础,从 Wang .(2007) 筛选出的玉米基因组通用 SSR 核心引物中, 挑选了 3 个SSR 位点作为尾巴序列的研究对象, 探索了一种尾巴序列 的设计方法。

1 材料和方法1.1 尾巴序列的设计1.1.1 设计原则 本研究对尾巴序列的设计做出了如下特殊 要求: ①值在 73~75 ℃, 引发效率 450 左右;②自身形成的二聚体和发夹结构尽可能的少;③具备很好的动力学特 征; ④非玉米基因组序列, 尽量减少与玉米基因组互补碱基 配对。

1.1.2 设计过程 首先利用 Oligo6.57 软件,根据尾巴序列的设计原则, 在 M13 (5'­CACGACGTTGTAAAACGAC­3')和 (5'­GCTCCTACAAATGCCATCA­3')序列的基础上经过仔细反复的碱基调试,设计出具有理想参数的引物序列。

然后, 将该 序列在 NCBI 玉米基因数据库上 Blast 评估,为了减少碱基配对情况, 再对序列做进一步的调整, 如此直到设计出同时 具有理想引物参数和与玉米基因组碱基配对尽可能少的引 物序列:tk1(5'­TAGCCGAGACCGTGTAGAGTGACTG­3'); tk3(5'­CTCTGCCCTACCTCTGTCAAGTGTG­3')。

经 Oligo6.57软件评估, 序列的基本信息见表 1。

通过在 NCBI 上 Blast 的结果表明,玉米基因数据库 1, 352、 142 和938个碱基, 2 、 025 和 354 个序列克隆中仅 3 个克隆隆序列与 部分序列配对, 1个克隆序列与 部分碱基互补配对。

表 1表明, 和 具有理想的引物参数,并尽 可能降低了与玉米基因组碱基互补配对的情况。

此外, 由软 件提供的这两条尾巴序列从 5′ 端到 3′ 端的动力学曲线呈 现典型的下降趋势, 具备作为引物序列良好的动力学特征。

1.2DNA 提取采用郭景伦等(1997)的玉米单粒种子 DNA 快速提取法。

1.3PCR 扩增20 滋 L PCR 扩增反应体系包括: 10mmol/L Tris­HCl , 50 mmol/L KCl , 0.001%gelatin , 2.5mmol/L MgCl 2 ,0.16mmol/L4dNTP , 0.025滋 mol/ 长引物对、 0.25滋 mol/L tk1 (荧光标记) 和 tk3, 1UDNA 聚合酶, 4 滋 L DNA 模板。

反应程序:94 ℃ 预变性 5min ,1个循环; 94 ℃变性40s , 62 ℃退火 35s , 72 ℃ 延伸 45s ,5 个循环, 94 ℃变性 40s , 68 ℃退火 35s , 72 ℃延 伸 45s ,35 个循环; 72 ℃延伸 10min , 1 个循环; 4 ℃ 保存待第 6期 匡 猛等:玉米 SSR引物尾巴序列的设计方法用。

PCR扩增在 PTC­100PCR仪上进行。

1.4 扩增产物的检测及数据分析采用易红梅 (2006) 关于利用 AB23730伊 LDNA分析仪检 测扩增产物及数据分析的方法。

2结果和分析 2.1 尾巴序列适用于哪些引物本研究从王凤格等(2007)筛选出的玉米基因组通用 SSR核心引物中, 挑选了 3个SSR位点作为尾巴序列的研究 对象, 根据需要对这 3个位点引物进行了重新设计, 新设计 引物软件评估信息 (引物的命名: 原引物名 +设计者代号 +序列号)见表 2。

本研究对于添加尾巴序列的玉米 SSR引物序列具有一 定的特殊要求: ①引发效率400左右, 且上下游引物引发效率 平衡对称; ②值 68℃左右; ③GC含量 40~55; ④避免引 物序列间的严重相互作用。

以上设计原则是为了能够产生足 够的尾巴序列模板,且在第 2阶段尽量消除长引物与尾巴序 列的竞争性扩增而设置的。

2.2 扩增体系的初步建立除了对SSR引物的特殊要求外,还需要相应的调整扩增 体系,参照以往的文献报道和本研究的初步探索:①引物浓度:普通引物浓度与尾巴序列浓度采用1颐 10较为合适; ②退火温 度:第 1阶段采用 62 ℃退火, 第 2阶段采用 68 ℃退火的设置 较理想; ③循环设置:第 1阶段 5个循环, 第 2阶段 35个循环 较为合理, 即可以使第 1阶段产生所需的模板量, 也可以保证 最终的目的产物量。

序列名称 Sequence name值/℃value74.474.0GC含量 /%GC content5656引发效率P.E.#457451二聚体Duplexes22发夹结构Hairpin stems3'端 值of3'end6.46.4表1 和 的软件评估信息Table1Information of and evaluated by soft表 2 3个 SSR位点新设计引物软件评估信息Table2Information of3SSR primers evaluated by soft序列名称 Primer name bnlg439k13 bnlg1450k4 phi072k16产物长度/bpProduct length305~371287~375286~306值/℃U;L;P68.0;68.2;85.867.9;67.5;81.067.0;68.2;82.8GC含量/ %U;L;P52.6;52.4;48.245.5;52.4;37.466.7;47.6;42.0引发效率P.E.#U;L425;362403;406385;389错误引发Mis P.E.#U;L117;4762;8395;92二聚体Duplexes U;L;P3;2;34;4;33;4;3发夹Hairpin stems U;L3; 03; 00; 33'值of3'end6.1;6.17.2;8.17.6;7.6① U,上游;L,下游;P,产物; UL,上下游之间。

②引物扩增片段区间范围是根据本课题组利用荧光引物对 96个自交系和 1300个杂交种的DNA指纹统计的结果 确定的。

① U, upper primer; L, lower primer;P, product; UL, between U and L.② Product length area was confirmed by DNA fingers statistic of96inbreeds and1300hybridizes got from fluorescent detection system.参 考 文 献Guo J L(郭景伦),Zhao J R(赵久然),Yu D M(尉德铭),Guo Q(郭强)and Wang B(王斌).A new DNA extration method from maize single dry seed(J). (北京农业科学),1997,15(2): 1~2(in Chinese)Li H Y(李会勇) ,Wang T Y(王天宇) and Li Y(黎裕) .Application of the TP­M13automated fluorescent­lablled system of SSR genotyping in sorghum(J)(植物遗传资源学 报)2005, 6(1): 68~70(in Chinese with English abstract)Oetting A.Linkage analysis with multiplexed short tandem repeat polymorphisms using infrared fluorescence and M13tailed primers (J). ,1995,30:450~458 Schuelke M.An economic method for the fluorescent labeling of PCR fragments(J)., 2000,18:233~234Wang F G(王凤格),Zhao J R(赵久然),Dai J R(戴景瑞),Yi H M(易红 梅),Kuang M(匡猛),Sun Y M(孙艳美),Yu X Y(于新艳),Guo J L(郭 景伦 )and Wang L(王璐 ).Selection and development of representative simple sequence repeat primers and multiplex SSR sets high throughput automated genotyping in maize(J).(科学通报)2007,52(2):215~223(in Chinese)Yi H M(易红梅), Establishment a high throught detection system of SSR markers fitting for maize variety based on capillary electrophoresis with flourescience(D).Beijing:Capital Normal University,2006.(in Chinese)1073。

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