加工贸易内销征税的工作流程如下:企业申请→海关审核→通关归类审价→开出《加工贸易货物内销征税联系单》→海关审核通过→报关行预录入报关→海关接单并开具专用缴款书→经营单位凭专用缴款书到银行缴纳税款→经营单位将经银行盖章的专用缴款书第一联复印,交海关留存→核税→单证放行