生物信息学常用工具介绍

删除文件或目录rm
从文件系统中删除文件及整个目录 rm [选项][文件列表] -r 删除文件列表中的目录 -i 指定交互模式。在执行删除前提示确认
。 文件列表：希望删除的用空格分隔的文
件列表，可以包括目录名
删除一个文件file1 #rm file1
使用-i选项 #rm -i file1 rm: remove `file1'? Y #
“Command not Found” 如果命令太长，要在第一行行尾键入“\”字符和
按下Enter键，在下一行的“>”后接着输入
使用Linux
开机 选择启动 注册 进入图形界面－－startx 远程登陆Linux－－telnet、ssh 注销－－logout、exit 关机－－shutdown、halt、reboot、poweroff
般性研究的丰富工具库
Linux图形界面
基于命令行 桌面环境: GNOME KDE ，类似于Windows
有哪些可用的Linux发行版？
Red Hat Fedora Core SusSE Debian Ubuntu CentOS
……
管理方式：基于Debian的pkg与基于Red Hat的RPM
生物信息学研究需要具备的技能
分子生物学的基础知识
有一两种分子生物学软件包的使用经历
— Emboss etc
在命令行计算环境下工作
— Unix / Linux Shell
一门程序设计语言
— C/C++, Java, Perl, Python, etc
为什么要使用Unix/Linux操作系统?
系统。 （VMware workstation）
Linux基础
如何使用Linux Linux的用户界面 Linux基础命令 Linux文件系统 Linux文件属性 Linux文件备份和压缩 进程管理
键入命令
在命令提示符（shell）下，输入命令，然后按下 Enter键。
命令提示符识别大小写 如果找不到你输入的命令，会显示反馈信息：
Linux文件系统
UNIX文件系统呈树形结构, 树的根结点
为根目录root,用/ 表示 树的叶结点可以
为普通文件、特殊文件、或者目录文件。
其它既非根结点也非叶结点的结点为目录
文件.
/ （root）
/bin /dev /etc /lib /tmp /usr /home
Linux文件名称
包含 大写键、小写键、数字、#、@、_ 不包含空格 不包含以下字符 * ? > < / ; $ \ ‘ “ 不能以 “+”或者“-”开头 区分大小写 最长文件名 255
功能强大，应用广泛 主要应用于高性能计算机 良好的多用户管理 与网络服务联系紧密：apache，php，WWW
服务 丰富的命令和应用程序（打包、免费）
Linux
天才大学生Linus Torvalds开发 用于 PC 的免费Unix 开放源代码，业余爱好者共同开发
它的出现，使得Unix成为一个低廉或免费的OS 系统资源消耗<<Windows or Mac 开发软件的接触平台，有用于计算机生物学和一
#cp file* team01
#cp –r team01 team02
移动/重命名文件命令mv
mv命令用来把文件从一个位置移动到另外 一个位置,也可以从一个分区移动到另外一 个分区。
mv [源文件列表] [目标文件]
将文件file1改名为file #mv file1 file
将目录team01下的两个文件file1、file2移 到team02下。 #ls team01 team02 #mv team01/file1 file2 /team02
观看日历 cal [月] [年]
常用Linux命令
查看目前所在位置： pwd
Pwd 的意义为 “打印当前工作目录（print working directory）
更改目录: cd
用法：cd pathname cd . cd ..
Linux文件系统
相关操作命令
文件及子目录名称列表--ls 显示一个文本文件的内容 – cat <文件名> 改变文件、目录名称，搬移整棵目录树 --mv <原文
基础命令
修改口令 Passwd <用户名>
查询及修改日期时间 date MMDDhhmm[[CC]YY][.ss] ，date后面的部分 是日期字符串，表示要修改的日期时间，MM代表 月份，DD代表日期，hh代表时，mm代表分，CC 代表年份的头两位，YY代表年份的后两位，[ ]表示 括号括住的内容是可以省略的（以下同），如果年 份被省略，则表示为当年，ss代表秒。
文件显示命令
cat more head tail

显示和合并文件 分屏显示文件 显示文件的前几行 显示文件的最后几行
显示和合并文件命令cat
可以结合多个文件，并将它们的内容输 出到标准输出设备。
Windows下运行Linux环境
Cygwin： cygwin是一个在windows平台上运行的 unix模拟环境，主要目的是通过重新编译，将 Linux、BSD，以及其他Unix系统上的软件移植到 Windows上。从而在windows环境下模拟该系统
虚拟机：指通过软件模拟的具有完整硬件系统功 能的、运行在一个完全隔离环境中的完整计算机
件或子目录名称> <新名称> 删除文件 – rm <文件名> 复制文件 -- cp <带路径指引的源文件名称> <带路
径指引的目标文件名称> 创建新的子目录 – mkdir [<路径>/]<新目录名称> 删除目录 --rmdir <带路径指引的目录名称>
通配符与多文件操作 硬链接 符号链接
复制文件或目录命令cp
cp命令用来复制文件。在缺省的情况下，这 个命令工作的时候不做任何显示；只有在出 现一个错误情况的时候才显示状态信息。
cp [源文件名] …… [目标文件名] cp –r [源目录名] [目标目录名]
将复制到team01目录里，再将team01目录 复制到team02目录里。 #cp file1 file2 team01 或